Terapi IBD meliputi penggunaan obat-obatan yang dapat mengurangi keluhan dan menurunkan inflamasi pada lumen colon. Asam 5-aminosalisilat termasuk kelompok obat antiinflamasi yang sering digunakan untuk terapi IBD. Obat obat lain seperti infliximab juga diindikasikan untuk pasien yang gagal dengan terapi konvensional dan dirawat di rumah sakit dengan IBD yang berat. Infliximab adalah antibodi monoklonal yang melawan tumor necrosis alfa (TNF-), sitokin yang berperan dalam inflamasi intestinum. Obat-obat immunomodulator lain, seperti thalidomide, dapat juga digunakan untuk terapi pasien dengan IBD yang berat. Obat yang dulunya digunakan untuk hipnotik sedatif ini memiliki efek signifikan mengurangi inflamasi akibat IBD. Meskipun demikian, dengan beberapa pertimbangan, bila terapi medikamentosa gagal, terapi bedah dapat menjadi pilihan. Operasi ini dikenal dengan colectomi, meliputi pengambilan usus besar. Tidak seperti colitis ulseratif yang dapat diobati dengan pengambilan colon, penyakit Crohns masih dapat kambuh setelah pembedahan.Meskipun medikamentosa masih menjadi pilihan terapi yang banyak digunakan untuk pengobatan IBD, sebagian besar obat-obatan memiliki efek samping seperti nyeri kepala, diare, dan mual, yang dapat mengurangi kepatuhan pasien dan memperburuk kondisi. Oleh karena itu, sebuah sistem yang tepat harus disusun untuk mengatasi keterbatasan terapi IBD yang ada saat ini. Sel micro-enkapsulasi buatan adalah alat yang menjanjikan dalam penelitian ilmiah yang membantu pelepasan obat ke sel target secara time-dependent. Tujuan penelitian saat ini adalah agar obat obat anti inflamasi dapat sampai ke saluran gastrointestinal yang paling terpengaruh oleh IBD.Tipe dan Gejala IBDMeskipun penyakit Crohns dan colitis ulseratif memiliki karakteristik yang serupa, tetapi lokasi dan perjalanan inflamasinya berbeda. Perbedaan antara dua penyakit ini yaitu, inflamasi pada penyakit Crohns dapat mempengaruhi seluruh bagian dari traktus gastrointestinal, sedangkan inflamasi pada colitis ulseratif terlokalisasi di usus besar. Prevalensi penyakit Crohns cenderung tinggi pada negara industri maju. Insidensi penyakit ini 5 dari 100.000 orang dan prevalensinya sekitar 30-50 tiap 100.000 orang di negara-negara barat. Pada tingkat mikroskopisnya, penyakit Crohns mempengaruhi seluruh lapisan dinding usus, sedangkan colitis ulseratif terbatas pada lapisan epitelial dari usus. Karena dua penyakit ini memiliki gejala yang serupa, seringkali sulit membedakan diagnosis satu jenis IBD dari lainnya. Sebagaimana telah disebutkan sebelumnya, terapi medikamentosa IBD sangat bergantung pada penggunaan obat-obat imunosupresan dan senyawa anti inflamasi. Remisi dari pasien IBD masih menjadi tantangan klinis meskipun terapi imunosupresan seperti azathioprine, mercaptopurine, dan methotrexate telah tersedia. Obat-obat jenis ini sangat efisien dalam mengurangi perluasan inflamasi, tetapi memiliki banyak efek samping. Sebagai contoh, pemberian senyawa farmakologis yang serupa dapat menyebabkan retensi cairan, insomnia, peningkatan berat badan, rasa kantuk, hipertensi, konstipasi, dan muntah. Oleh karena itu, pada penelitian tentang terapi tambahan yang masih terus berlangsung, beberapa penelitian memfokuskan pada terapi baru IBD yang punya efek samping minimal, meningkatkan kepatuhan pasien, sehingga didapatkan hasil klinis yang lebih baik.Gejala klinis IBD cenderung bervariasi tergantung tipe. Perbandingan ciri khusus penyakit Crohns dan colitis ulseratif ditunjukan pada tabel 1. Pasien dengan colitis ulseratif cenderung mengeluh nyeri perut kiri bawah seperti diare. Sehingga, pasien biasanya mengalami penurunan berat badan dan terdapat darah pada pemeriksaan rektal. Sebaliknya, pasien dengan penyakit Crohns mengeluh nyeri perut kanan bawah, dan perdarahan dari rektum lebih jarang bila dibandingkan dengan colitis ulseratif. Komplikasi tersering dari penyakit Crohns adalah sumbatan usus akibat pembengkakan, yang berakibat penebalan dinding usus. terlebih lagi, orang-orang dengan penyakit ini sering mengalami masalah terkait malnutrisi atau defisiensi nutrisi akibat buruknya absorbsi. Beberapa penelitian menunjukan peningkatan resiko kematian pasien dengan penyakit Crohns. Penelitian tentang analisis kolorektal dan kanker usus halus menunjukan bahwa seseorang dengan penyakit Crohns biasanya juga menderita penyakit komorbid lain seperti kanker kolorektal, penyakit cardiovasculer, dan penyakit pernafasan. Demikian juga, telah ada beberapa penelitian tentang angka kematian dihubungkan dengan colitis ulseratif. Meskipun demikian, tidak ada perbedaan bermakna resiko kematian pasien dengan kolitis ulseratif.