I. PENDAHULUAN

I.1 latar Belakang

Pencemaran air dapat terjadi akibat masuknya atau dimasukkannya bahan

pencemar dari berbagai kegiatan, seperti rumah tangga, pertanian,dan industri.

Penurunan kualitas air akibat pencemaran, dapat mengubah struktur komunitas

organisme akuatik yang hidup. Pencemaran senyawa organik, padatan

tersuspeni, nutrien berlebih, substansi toksik, limbah industri dapat menyebabkan

gangguan kualitas air dan menyebabkan perubahan keanekaragaman dan

komposisi organisme akuatik di perairan.

Jika lingkungan berada dibawah suatu tekanan maka keanekaan jenis

akan menurun pada suatu komunitas. Pencemaran kualitas air dapat diketahui

dari kondisi komunitas biota akuatik di dalam badan perairan tersebut. Hal ini

berarti biota akuatik dapat dijadikan sebagai indikator biologi, karena memiliki

sifat sensitif terhadap keadaan pencemaran tertentu sehingga dapat digunakan

sebagai alat untuk menganalisis pencemaran air.

Logam berat dalam air mudah diserap dan tertimbun dalam fitoplankton

yang merupakan titik awal dari rantai makanan, selanjutnya melalui rantai

makanan sampai ke organisme lainnya. Kadar logam berat dalam air selalu

berubah-ubah tergantung pada saat pembuangan limbah, tingkat kesempurnaan

pengelolaan limbah dan musim. Unsur-unsur logam berat dapat masuk ke tubuh

manusia melalui makanan dan minuman serta pernafasan dan kulit. Peningkatan

kadar logam berat dalam air laut akan diikuti oleh peningkatan logam berat dalam

tubuh ikan dan biota lainnya, sehingga pencemaran air laut oleh logam berat

akan mengakibatkan ikan yang hidup di dalamnya tercemar (Muchyidin, 2007)

Daerah pesisir pantai merupakan area yang sering terpapar timbal sebagai

akibat dari muara aliran sungai yang mengandung limbah (Berniyanti dalam Ulfin,

2001). Logam berat seperti timbal (Pb) yang terikat dalam sedimen relatif sukar

untuk lepas kembali melarut dalam air, sehingga semakin banyak sedimen maka

semakin besar kandungan logam berat didalamnya. Adanya timbal dalam

lingkungan tentunya akan mempengaruhi biota di dalamnya, seperti organisme

bentik yang siklus hidupnya selalu di substrat dasar suatu perairan, baik bersifat

sesil (melekat) maupun vagil (bergerak bebas), organisme bentik ini biasa

disebut “benthos”.

Alasan pemilihan benthos sebagai biomarker kualitas disuatu ekosistem

perairan karena pergerakannya yang sangat terbatas sehingga memudahkan

dalam pengambilan sampel, ukuran tubuhnya relatif besar sehingga mudah

diidentifikasi, hidup didasar perairan serta relatif diam sehingga secara terus

menerus mengakibatkan benthos sangat berpengaruh oleh berbagai perubahan

lingkungan yang mempengaruhi kondisi air tersebut dan perubahan faktor-faktor

lingkungan ini akan mempengaruhi keanekaragaman komunitas benthos (Barus,

2002).

Salah satu benthos adalah kerang khususnya pada spesies Anadara

granosa merupakan biota akuatik yang mempunyai karakteristik sebagai

biomonitor yang baik untuk pencemaran logam berat. Mereka memiliki sifat hidup

yang menetap, distribusi di perairan tropis dan hidup pada sedimen berlumpur

(Dame, 1996 dalam Yap, 2011). Beberapa studi sebelumnya telah menunjukkan

bahwa A. Granosa mampu mengakumulasi Cd dan Cu pada tingkat yang

signifikan dalam jaringan mereka (Noorddin, 1995 dalam Yap, 2011).

Kerang darah yang terekspos oleh timbal (Pb), kemungkinan mengalami

stres protein. Untuk mengetahui apakah terjadi perubahan ekspresi protein

dengan adanya kadar amonia yang tinggi dihabitatnya, dapat digunakan

mekanisme analisa proteomic. Metode proteomic (Amelina et al, 2006)

merupakan metode yang memungkinkan analisa global pada unsur pokok sel

yang dapat mengkarakterisasi sebanyak puluhan ribu protein yang dinyatakan

dalam sebuah tipe sel yang diberikan pada waktu tertentu, apakah dalam sebuah

molekul atau nilai-nilai isoelektrik protein tersebut. Proteomic merupakan tonggak

informasi yang baru untuk menguji seluruh complement protein yang terekspresi

pada sel, jaringan atau organ pada waktu dan kondisi tertentu. Ekspresi protein

diatur dalam level yang berbeda dari transkripsi sampai proses pematangan

polypeptida oleh translasi mRNA matang (Pueyo et al, 2011). Beberapa

penelitian menunjukkan bahwa peruubahan lingkungan dapat mempengaruhi

ukuran berat molekul protein tersebut, sehingga protein tersebut , sehingga

protein tersebut mengalami perubahan ekspresi. Perubahan ekspresi protein

pada organisme kemungkinan berbeda. Tergantung seberapa banyak kadar

bahan pencemar yang terakumulasi dalam tubuhnya.

Namun, seberapa banyak akumulasi timbal dalam tubuh organisme itu

ditentukan oleh kondisi lingkungannya, apakah di lingkungan perairan tersebut

banyak terakumulasi bahan pencemar atau tidak. Perbedaan kandungan timbal

(Pb) pada tiga lokasi yaitu Pantai Prigi (Kabupaten Trenggalek), UPPPP

Mayangan (Kabupaten Probolinggo) dan muara sungai porong (Kabupaten

Sidoarjo) inilah yang mendorong penulis untuk melakukan penelitian untuk

mengetahui adanya perubahan ekspresi protein pada A. Granosa di ketiga

perairan tersebut.

I.2 Rumusan Masalah

Apakah adanya timbal (Pb) di perairan memberikan pengaruh terhadap

ekspresi protein Anadara granosa? Dan jika terjadi perubahan terhadap

proteinnya, protein apakah yang berubah?

I.3 Tujuan Penulisan

Tujuan dari penulisan ini adalah untuk mengetahui pengaruh adanya

timbal (Pb) terhadap ekspresi protein Anadara granosa pada tiga lokasi yaitu

Pantai Prigi (Kabupaten Trenggalek), UPPPP Mayangan (Kabupaten

Probolinggo) dan muara sungai porong (Kabupaten Sidoarjo) dan untuk

mengetahui protein apakah yang berubah karena paparan timbal (Pb) tersebut.

II. TINJAUAN PUSTAKA

II.1 Biologi Kerang Darah (Anadara granosa)

Kerang darah  (Anadara granosa)  adalah sejenis kerang yang biasa

dimakan oleh warga Asia Timur dan Asia Tenggara. Anggota suku Arcidae ini

disebut kerang darah karena ia menghasilkan hemoglobin dalam cairan merah

yang dihasilkannya.

Kerang anadara termasuk ke dalam sub kelas lamellibranchia, dimana

filament insang. Klasifikasi kerang darah adalah sebagai berikut :

Kindom : Animalia

Fillum : Moluska

Kelas : Bivalva

Subkelas : Pteriomorphia

Ordo : Arcoida

Famili : Arcidae

Subfamii : Anadarinae

Genus : Anadara

Spesies : Anadara granosa

Gambar 1. Morfologi Anadara granosa

Seperti kerang pada umumnya, kerang darah merupakan jenis bivalvia

yang hidup pada dasar perairan dan mempunyai ciri khas yaitu ditutupi oleh dua

keping cangkang (valve) yang dapat dibuka dan ditutup karena terdapat sebuah

persendian berupa engsel elastis yang merupakan penghubung kedua valve

tersebut.

Kerang darah mempunyai dua buah cangkang yang dapat membuka dan

menutup dengan menggunakan otot aduktor dalam tubuhnya. Cangkang pada

bagian dorsal tebal dan bagian ventral tipis. Cangkang ini terdiri atas 3 lapisan,

yaitu

1. periostrakum adalah lapisan terluar dari kitin yang berfungsi sebagai

pelindung.

2. lapisan prismatic tersusun dari kristal-kristal kapur yang berbentuk prisma,

3. lapisan nakreas atau sering disebut lapisan induk mutiara, tersusun dari

lapisan kalsit (karbonat) yang tipis dan paralel.

Gambar 2. Anatomi Anadara granosa

Puncak cangkang disebut umbo dan merupakan bagian cangkang yang

paling tua. Garis-garis melingkar sekitar umbo menunjukan pertumbuhan

cangkang. Mantel pada pelecypoda berbentuk jaringan yang tipis dan lebar,

menutup seluruh tubuh dan terletak di bawah cangkang. Beberapa kerang ada

yang memiliki banyak mata pada tepi mantelnya. Banyak diantaranya

mempunyai banyak insang. Umumnya memiliki kelamin yang terpisah, tetapi

diantaranya ada yang hermaprodit dan dapat berubah kelamin.

Kakinya berbentuk seperti kapak pipih yang dapat dijulurkan keluar. Kaki

kerang berfungsi untuk merayap dan menggali lumpur atau pasir. Kerang

bernafas dengan dua buah insang dan bagian mantel. Insang ini berbentuk

lembaran-lembaran (lamela) yang banyak mengandung batang insang. Antara

tubuh dan mantel terdapat rongga mantel yang merupakan jalan keluar

masuknya air.

II.2 Proteomik

Proteomik adalah studi skala besar protein, khususnya struktur dan fungsi.

Protein adalah bagian penting dari organisme hidup, karena mereka adalah

komponen utama dari jalur metabolisme fisiologis sel.

Proteome adalah komplemen seluruh protein, Sekarang diketahui bahwa

mRNA tidak selalu diterjemahkan menjadi protein, dan jumlah protein yang

dihasilkan untuk suatu jumlah tertentu tergantung pada mRNA gen itu

ditranskripsi dari dan pada keadaan fisiologis saat ini sel. Proteomika

menegaskan kehadiran protein dan menyediakan ukuran langsung dari jumlah

ini.

Proteomik, atau studi tentang protein yang dipaparkan oleh genom adalah

sebuah aplikasi dalam menentukan ukaran kualitas lingkungan yang buruk, dan

dapat memberikan data yang lebih akurat dalam merfleksi status fungsional

dibandingkan dengan ekspresi mRNA. Prinsip yang mendasarinya adalah bahwa

proteomik berbeda dari sel ke sel dan terus-menerus berubah melalui interaksi

biokimia dengan genom dan lingkungan. Sehingga, kondisi lingkungan

mendorrong ekspresi yang unik dalam protein pada jenis organisme, jaringan

atau sel yang terkena bahan asing dari luar (Ripley et al, 2011)

Proteom sangat dinamis dan terus menerus mengalami perubahan sebagai

respon terhadap berbagai sinyal intra dan ekstraseluler. Hal ini diakui bahwa

semua makhluk hidup merespon bahkan perubahan lingkungan yang paling

halus melalui perubahan dalam ekspresi gen dan beberapa protein. Empat

proses yang berbeda yang terlibat dalam konsentrasi protein seluler tiap individu

yaitu: (i) sintesis protein, (ii) pengolahan protein, (iii) protein sekresi dan (iv)

degradasi protein (Lemos, 2010).

Penggunaan proteomik dilingkungan yang toksik masih dalam masa

perkembangan karena sejumlah keelemahan masih terbatas pada jumlah

organisme dalam database sequence. Namun, beberapa penulis melaporkan

bahwa tekanan pada lingkungan, seperti logam berat, xenostrogen, senyawa

klorinberdampak pada ekspresi protein dalam jaringan berbeda dari organisme

akuatik yang relevan. Dengan menggunakan pendekatan proteomik, studi terkini

dalam menentukan tekanan ektrim pada ekspresi protein di dalam dua larva ikan

yang menghasilkan telur (Silvestre, 2010)

II.3 Pencemaran Logam Berat

Berdasarkan Undang Undang Lingkungan Hidup, pencemaran adalah

masuk atau dimasukkannya makhluk hidup, zat, energi, dan atau komponen lain

kedalam lingkungan dan atau berubahnya tatanan lingkungan oleh kegiatan

manusia atau oleh proses alam, sehingga kualitas lingkungan menjadi kurang

atau tidak dapat berfungsi lagi dengan peruntukannya.

Pengaruh pencemaran terhadap biota laut akan berdampak pada struktur

fisiologi maupun hormon organisme tersebut, namun adapula beberapa

organisme yang merespon adanya pencemaran dengan perubahan metabolisme

dan variasi aktivitas enzimnya (Amelina et al, 2006). Perubahan metabolisme

atau adanya variasi pada aktifitas enzim tersebut disebabkan karena

tereksposenya sel sebagai akibat dari stres protein.

Logam berat dapat didefinisikan sebagai unsur-unsur yang mempunyai

nomor atom 22-92 dan terletak pada periode 4-7 pada susunan berkala

Mendelev. Logam berat mempunyai efek racun terhadap manusia dan makhluk

hidup lainnya. Logam berat yang berbahaya dan sering mencemari lingkungan

adalah merkuri (Hg), timbal (Pb), arsenik (Ar), kadmium (Cd), kloronium (Cr), dan

nikel (Ni). Logam-logam tersebut dapat menggumpal di dalam tubuh organisme

dan tetap tinggal didalam tubuh dalam jangka waktu yang lama sebagai racun

yang terakumulasi (Fardiaz, 1992).

II.4 Respon Organisme Akuatik terhadap Pencemaran Logam Berat

Kerang Darah atau “cockle” (Anadara granosa) adalah salah satu

komoditas pangan hasil laut yang mempunyai nilai komersial dan disukai

konsumen di Indonesia maupun di Asia secara umum (Whitten, 1996 dalam

Widianarko 2002). Cara hidup Kerang Darah sebagai “filter feeder” ini yang

menyebabkan komoditas ini sangat berpotensi mengakumulasi substansi-

substansi pencemar, baik logam berat ataupun mikrobia. Bila lingkungan

perairan tersebut tercemar oleh logam berat ataupun mikrobia, maka pencemar

tersebut akan diserap oleh kerang dan masuk ke dalam jaringan tubuhnya.

Beberapa penelitian sebelumnya telah menunjukkan bahwa A. granosa

mampu mengakumulasi Cd dan Cu untuk tingkat yang signifikan dalam jaringan

mereka. Paparan Cd menyebabkan peningkatan yang signifikan dalam

konsentrasi Cd dalam insang, hepatopankreas dan jaringan lunak total kerang

dibandingkan dengan kontrol (Chan et al., 2002 dalam Yap et al, 2011). Namun,

sedikit yang diketahui tentang distribusi Cu dan Zn di jaringan lunak dan keras

dari A. granosa.

Organisme individu menampilkan beberapa tanggapan terhadap stres

polutan. Respon fisiologis tergantung pada ketersediaan hayati, penyerapan,

akumulasi detoksifikasi, dan disposisi dari polutan dalam tubuh. Kepala di antara

perubahan fisiologis negatif adalah mereka secara langsung mempengaruhi

pada, reproduksi pertumbuhan organisme dan kelangsungan hidup. Misalnya,

efek toksik subletal polusi umumnya mengubah pasokan energi untuk

pertumbuhan dan reproduksi dari organisme laut (Almroth, 2008).

II.5 Deskripsi Lokasi Penelitian

Seperti diketahui bahwa kondisi lingkungan berbeda antara satu dengan

tempat lainnya, terutama kualitas airnya. Di muara Sungai Porong, boleh

dikatakan bahwa kualitas airnya sedang tercemar. Hal ini karena adanya

pembuangan lumpur yang dilakukan oleh PT. Lapindo Brantas ke Sungai

Porong. Adanya masukan lumpur tersebut membawa partikel tersuspensi,

nutrien dan bahan organik terlarut lainnya (Abida, 2009). Dengan adanya

pembuangan lumpur Lapindo ke muara sungai porong akan mempengaruhi

kualitas dan kuantitas airnya, apabila mengandung minyak, limbah industri dan

kotoran lainnya (Haeruman, 1984). Selain pengaruh buangan limbah PT.

Lapindo, muara sungai porong juga dijadikan sebagai tempat berbagai aktivitas

warga sekitar, seperti penambangan pasir, pengurukan tanggul, serta adanya

pengurukan untuk reklamasi pantai (Abida, 2009). Dengan adanya masukan

baru akibat perbuatan manusia tersebut selain mempengaruhi kualitas air juga

akan mempengaruhi konsentrasi terlarut bahan-bahan tertentu seperti logam

berat Pb (timbal).

Berbeda dengan muara sungai porong, Teluk Prigi (Kabupaten

Trenggalek) juga dimungkinkan terdapat kandungan logam berat. Teluk Prigi

merupakan salah satu pusat usaha perikanan di Pantai Selatan Jawa. Selain

pusat perikanan, teluk ini juga dikenal dengan pemandangannya yang indah,

tempat rekreasi, ekowisata,. Namun ditengarai dalam beberapa tahun terakhir ini,

Teluk Prigi mulai terancam kontamina logam berat. Pb merupakan salah satu

jenis logam berat yang potensial menjadi bahan kontaminan. Menurut Afriati et al

(2011), tingginya kandungan Pb di Teluk Prigi dapat berasal dari limbah industri

dikawasan pelabuhan, serta limbah cair domestik yang terbawa aliran sungai

yang kemudian bermuara di sekitar pelabuhan. Sedangkan sumber dari laut, bisa

berasal dari buangan bahan bakar mesin kapal, cat kapal, dan kegiatan wisata.

Dalam menjalankan aktivitasnya kegiatan dilaut ini menghabiskan bahan bakar

solar ± 4.443 ton/tahun, oli ± 103 ton/tahun, bensin ± 1.473 ton/tahun, minyak

tanah 70 ton/tahun (Statistik PPN Prigi, 2010) serta sebelum berangkat kapal

tersebut harus dihidupkan di pelabuhan selama ± 1 jam, dengan demikian limbah

asap masuk ke perairan pelabuhan. Selain hal tersebut, knalpot (pembuangan

sisa gas hasil proses pembakaran bahan bakar) terletak di bawah kapal atau

dekat dengan permukaan laut, sehingga gas buangannya langsung berinteraksi

dengan air laut, yang akan menambah kontaminan.

Kondisi lingkungan yang berbeda lainnya juga terjadi di Pelabuhan

Mayangan (Kabupaten Probolinggo). Tempat ini merupakan pelabuhan yang

aktif di Pantai Utara Jawa. Banyak aktivitas perikanan di tempat ini juga

menyebabkan adanya berbagai kandungan bahan pencemar lingkungan

perairan seperti logam berat timbal (Pb). Bahan pencemar ini antara lain berasal

dari industri perikanan yang menghasilkan berbagai limbah cair dan limbah

padat, juga aktivitas kapal yang ada di pelabuhan ini. Hal ini dapat ditenggarai

dengan kondisi perairan Pantai Mayangan yang warnanya sudah sangat

memprihatinkan, banyak ubur-ubur daripada organisme lainnya yang

mengindikasikan bahwa perairan tersebut sudah tercemar.

III. METODOLOGI

III.1 Lokasi Penelitian

Lokasi penelitian dilakukan di 3 lokasi yang berbeda yang telah ditentukan,

yaitu lokasi pertama di area wisata sekaligus pelabuhan perikanan yang berada

di perairan laut selatan yaitu Pantai Prigi (Kabupaten Trenggalek) pada koordinat

8º16’56” LS dan 111º43’6” BT yanng merupakan pantai dengan aktifitas industri

perikanan dan pariwisata. Lokasi kedua berada di daerah UPPPP Mayangan

(Kabupaten Probolinggo) yang terletak pada koordinat 07º40’56” LS dan

113º14’46” BT merupakan daerah pelabuhan perikanan di perairan laut utara

yang aktif di Jawa Timur dengan tingkat pencemaran dari limbah kapal dan

aktifitas industri perikanan yang menghasilkan limbah cair dan padat yang cukup

tinggi. Lokasi ketiga berada di muara Sungai Porong (Jabon) Kabupaten Sidoarjo

yang terletak pada koordinat 07º33’0.96” LS dan 112º50’48.2” BT merupakan

daerah pembuangan lumpur PT. Lapindo sehingga memiliki tingkat pencemaran

dari limbah industri dengan tingkat bahan pencemar dari bahan kimia termasuk

logam berat yang cukup tinggi. Sampel dari ketiga tempat tersebut diambil dan

dibuat perbandingan kandungan proteinnya dengan menggunakan analisa

proteomic.

Gambar 3. Peta Lokasi Pengambilan Sampel Anadara granosa

III.2 Pengambilan Sampel

Sampel Annadara granosa sebanyak 5 ekor untuk setiap lokasi yang

memiliki kelengkapan morfologis, tidak mengalami kerusakan atau cacat, dan

ukuran tubuh yang hampir sama. Sampel tersebut disimpan ke dlam cool box

untuk menjaga agar organ A. Granosa tetap segar, kemudian segera dibawa ke

laboratorium untuk diamati. Setiap sampel yang sudah diambil kemudian

dihancurkan dan dilakukan pengulangan sebanyak 3 kali.

III.3 Purification

Semua sampel hewan yang sudah dihancurkan selanjutnya dimineralisasi

dengan metode mocrowave tekanan tinggi. Kemudian sampel yang berupa pellet

dikumpulkan dan disimpan dalam cairan nitrogen atau langsung di proses untuk

analisa proteinnya.

III.4 Homogenization

Sampel atau pelet tersebut diambil ± 3,5 ml. Ditambahkan anticoagulant

buffer yang terdiri dari 80% CM-ASW (Calcium/Magnesium Free Artificial

Seawater, osmolarity 1200 mOsM: 36 g/L NaCl-0.665 g/L KCL-3,916 g/L

Na2SO4-0,914 g/L NaHCO3) dan 20% EDTA stock solution (13,53 g/L).

Suspensi sel kemudian di sentrifugasi pada 1500xg selama 10 menit pada suhu

kamar, sel pellet disuspensi kembali pada lysis buffer (1%-PMSF-1% Triton X-

100-58mM EDTA) dan disimpan pada suhu 200ºC sampai akan digunakan.

III.5 SDS-PAGE

Fraksi eluted yang diendapkan dengan 20% TCA dalam 100 % aseton

dingin dengan 0,07% β-mercaptoethanol dan dibilas dengan 1ml aseton dan

0,07% (v/v) β-mercaptoethanol. Protein diekstraksi dengan metode ini yang larut

dalam soulubilization buffer (7M urea, 2M thiourea, 2% CHAPS (w/v), 2%

CHAPS (w/v), 0,5% triton X-100, 1% β-mercaptoethanol, 1% (v/v) pharmalyte (3-

10), dan 1% DTT (w/v)) modifikasi dari Rabiloud. Setelah itu, sampel dialkilasi

dengan 30 mM IAA selama 15 menit dalam kegelapan dan kemudian dicampur

dengan larutan rehidrasi yang terdiri dari 8M urea, 2% CHAPS (w/v), 15 mM

DDT, 1% β-mercaptoethanol (v/v) dan 0,2% Pharmalyte (v/v) (3-10). Solubilized

samples doaplikasikan dalam 11 cm IPG trips, pH 4-7 (Bio-Rad, Hercules, CA).

Total protein yang diaplikasikan per gel adalah 300 µg. Isoelektrik berpusat pada

tampilan Protein IEF Cell (Bio-Rad) pada suhu 20ºC menggunakan langkah

berikut ini: passive rehydration selama 12 jam dengan peningkatan tegangan

pada setiap langkahnya. Langkah 1.250 V selama 15 menit. Langkah 2, 2.800 V

selama 2,5 jam dan langkah 3, 800 V hingga mencapai 35000 Vh. Setelah itu,

IPG strips di reduksi (1% DTT (w/v)) dan kemudian dialkylated (4% IAA (x/v))

dalam equilibration buffer (6M urea, 50mM Tris, pH 8,8, 30 % gliserol (v/v), 2%

SDS (w/v), dan 0,002% CBB (w/v)). Dimensi kedua kemudian dilakukan

homogenous 12,5% T Vvriterion precast gels (Bio-Rad, Hercules, CA) pada

tegangan 120 V selama 2 jam menggunakan Criterion Dodeca Cells (Bio-Rad).

III.6 Analisa Gambar

Spot protein dalam gel yang divisualisasi dengan staining menggunakan

CBB G-250, dan gel image didapatkan dengan menggunakan Image scanner

(Amersham Biosciences). Analisa data menggunakan Image Master 2D Platinum

6.0 dari Amersham Biosciences analisa gambar termasuk deteksi spot,

kuantifikasi spot dan normalisasi, background substraction, dan spot matching

dan juga bisa disertai dengan analisa statistik. Jumlah protein per spot ditetapkan

dari jumlah dari intensitas dari semua pixel yang me-make up spot tersebut.

Untuk mengkoreksi variabilitas dengan CBB staining dan untuk merefleksi variasi

kuantitatif antar spot, volume spot yang dinormalisasi dengan persentasi dari

total volume dari semua spot dalam gel. Dengan demikian nilai persen untuk

semua protein spot akan dievaluasi apakah memiliki perbedaan signifikan antar

grup. Oleh karena itu, 2-DE map yang didapat dari polluted site dicocokkan

dengan referensi 2-DE map (uncontaminant station).

Secara umum metode analisa proteomic adalah sebagai berikut:

Gambar 4. Metode Analisa Proteomic

III.7 Kerangka Pemikiran Penelitian

Anadara granosa

Diambil di 3 lokasi yang berbeda

Pantai Mayangan Kabupaten Probolinggo

Pantai Prigi Kabupaten Trenggalek

Muara Sungai Porong Sidoarjo

Analisis spesies sebagai

biomarker

Analisis ProteomicEkstraksi Protein

Cemli homogenized

buffer

Dibandingkan hasil analisis

proteomic pada 3 lokasi yang

berbeda

2D elektroforesis

HASIL

Anadara granosa

Diambil di 3 lokasi yang berbeda

Anadara granosa