LAPORAN RESMIPRAKTIKUM MIKROBIOLOGIMODUL IIIIsolasi Bakteri Simbion

Disusun OlehAlfianto Kusuma Jathi26020111130034Kelompok5

PROGRAM STUDI ILMU KELAUTANJURUSAN ILMU KELAUTANFAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTANUNIVERSITAS DIPONEGOROSEMARANG2011

BAB IPENDAHULUAN

1.1Latar BelakangSimbiosisberasal dari bahasa Yunanisymyangberartidengandanbiosisyang berartikehidupan. Simbiosis merupakan interaksi antara duaorganismeyang hidup berdampingan.Simbiosis merupakan polainteraksiyang sangat erat dan khusus antara dua makhluk hidup yang berlainan jenis( Hermawati, 2010).Makhluk hidup yang melakukan simbiosis disebut simbion.Ada beberapa bentuk simbiosis yakni:A.Parasitismeadalah di mana pihak yang satumendapat keuntungandan merugikan pihak lainnya.B. Mutualismeadalah hubungan sesamemahklukhidupyang salingmenguntungkan kedua pihak.C. Komensalisme, adalah di mana pihak yang satu mendapatkeuntungan tapi pihak lainnya tidak dirugikan dan tidakdiuntungkan.D. Amensalisme, yaitu saat satu pihak dirugikan dan pihak lainnyatidak diuntungkan maupundirugikan.E. Kompetisi, di mana kedua pihak saling merugikan, biasanya terjadimelalui kompetisi dalam memperebutkan makanan.F.Netralisme, dimana kedua pihak tidak saling diuntungkan maupundirugikan. Interaksi antar kedua spesies tidak menyebabkankeuntungan maupun kerugian bagi keduanya. ( Hutagalung, 2010)

Simbion, yaitu makhluk hidup yang hidup bersama dengan makhluk hidup yanglain.Bakteri itu sendiri adalah organisme yang sangat kecil dan hanya bisa dilihat menggunakan mikroskop atau secara singkat dapat dikatakan hewan mikroskopik. Bakteri simbion itu sendiri adalah bakteri yang hidup di suatu biota dimana biota tersebut sebagai host. Bakteri itu sendiri dapat menguntungkan atau merugikan Host yang dia tempati.

Bakteri dibedakan menjadi bakteri heterotrof dan autototrof. Bakteri heterotrof adalah bakteri yang tidak dapat mebuat makanan sendiri, sehingga bakteri ini mengambil energi dengan memanfaatkan lingkungan sekitar, sedangkan bakteri autototrof adalah bakteri yang dapat membuat makanannya sendiri. Bakteri heterotrof ini yang melakukan simbiosis terhadap host atau inangnya.Faktor utama yaitu ketersediaan energi yang dibutuhkan oleh simbion pada host atau inang. Faktor inilah yang menjadi penyebab terjadinya simbiosis. Selain itu dapat juga berupa kondisi di mana keduanya saling membutuhkan untuk pertahanan hidup dan berkembangbiak. Hal ini dinamakan simbiosis mutualisme di mana keduanya saling diuntungkan. Pada simbion jahat, interaksi yang terjadi hanya satu arah. Salah satu pihak/ host pasti dirugikan oleh bakteri simbion tersebut.Pemindahan bakteri dari medium lama ke medium yang baru atau yang dikenal dengan istilah inokulasi bakteri ini memerluakn banyak ketelitian. Terlebih dahulu kita harus mengusahakan agar semua alat- alat yang akan digunakan untuk pengerjaan medium dan pengerjaan inokulasi benar- benar steril. Hal ini untuk menghindari terjadinya kkontaminasi, yaitu masuknya mikrooba lain yang tidak diinginkan sehingga biakan yang tumbuh di dalam medium adalah benar- benar biakan murni (Dwidjoseputro, 1990).Di dalam keadaaan yang sebenarnya dapat dikatakan bahwa tidak ada bakteri yang hidup secara tersendiri terlepas dari spesies yang lainnya. Kerap kali bakteri patogen kedapatan bersama- sama dengan bakteri saprob. Untuk menyendirikan suatu spesies dikenal beberapa cara, yaitu (Dwidjoseputro, 1990) :

A.Dengan pengenceranCara ini pertama kali dilakukan oleh Lister pada tahun 1865.Ia berhasil memelihara Streptococcus lactis dalampiraan murni yang diisolasi dari sampel susu Yang sudah masam.Suatu sampel dari suatu suspensi yang berupa campuran bermacam- macam spesies diencerkan dalam suatu tabung yang tersendiri.Dari hasil pengenceran ini kemudian di ambil kira- kira 1 mL untuk diencerkan lebih lanjut. Jika dari pengenceran yang ketiga ini diambil 0,1 mL untuk disebarkan pada suatu medium padat, kemungkinan besar kita akan mendapatkan beberapa koloni yang akan tumbuh dalam mdium tersebut, akan tetapi mungkin juga kita hanya akan memperoleh satu koloni saja. Dalam hal yang demikian ini dapat kita jadikan piaraan murni.Jika kita belum yakin, Bahwa koloni tunggal yang kita peroleh tersebut merupakan koloni yang murni, maka kita dapat mengulang pengenceran dengan menggunakan koloni ini sebagai sampel.

B.Dengan penuanganRobert Koch (1843- 1905) mempunyai metode yang lain, yaitu dengan mengambil sedikti sampel campuran bakteri yang mudah diencerkan, dan sampel ini kemudian di sebar di dalam suatu medium yang terbuat dari kaldu dan gelatin encer.Dengan demikian dia memperoleh suatu piaraan adukan. Setelah medium tersebut mengental maka selang beberapa jam kemudian nampaklah koloni- koloni yang masing- masing dapat dianggap murni. Dengan mengulang pekerjaan di atas, maka akhirnya akan diperoleh piaraan murni yang lebih terjamin

Menurut Lay (1994) ada beberapa metode yang biasanya dilakukan untuk menanam biakan di dalam medium diantaranya adalah :

1.Metode cawan goresMetode ini mempunyai dua keuntungan yaitu menghemat bahan dan waktu.Namun untuk memperoleh hasil yang baik diperlukan keterampilan yang lumayan yang biasanya diperoleh dari pengalaman. Metode cawan gores yang dilakukan dengan baik kebanyakan akan menyebabkan terisolasinya mikroorganisme yang diinginkan. Dua macam kesalahan yang umum sekali dilakukan adalah tidak memanfaatkan permukaan medium dengan sebaik- baiknya untuk digores sehingga pengenceran mikroorganisme menjafi kurang lanjut dan cenderung untuk menggunakan inokulum terlalu banyak sehingga menyulitkan pemisahan sel- sel yang digores.

2.Metode cawan tuang

Cara lain untuk mempeeroleh biakan koloni murni dari populasi campuran mikroorganisme ialah dengan mengencerkan eksperimen dalam medium agar yang telah dicairkan dan didinginkan yang kemudian di cawankan. Karena konsentrasi sel- sel mikroba di dalam eksperimen pada umumnya tidak diketahui sebelumnya, maka pengenceran perlu dilakukan beberapa tahap sehingga sekurang- kurangnyya satu di antara cawan cawan tersebut mengandung koloni- koloni terpisah baik di atas permukaan maupun di dalam agar. Metode ini memboroskan waktu dan bahan namun tidak memerlukan keterampilan yang terlalu tinggi.Proses pemisahan/pemurnian dari mikroorganisme lain perlu dilakukan karena semua pekerjaan mikrobiologis, misalnya telaah dan identifikasi mikroorganisme, memerlukan suatu populasi yang hanya terdiri dari satu macam mikroorganisme saja. Teknik tersebut dikenal dengan Isolasai Mikroba. Terdapat berbagai cara mengisolasi mikroba, yaitu (Admin, 2008) :

Isolasi pada agar cawanPrinsip pada metode isolasi pada agar cawan adalah mengencerkan mikroorganisme sehingga diperoleh individu spesies yang dapat dipisahkan dari organisme lainnya.Setiap koloni yang terpisah yang tampak pada cawan tersebut setelah inkubasi berasal dari satu sel tunggal. Terdapat beberapa cara dalam metode isolasi pada agar cawan, yaitu: Metode gores kuadran, dan metode agar cawantuang.Metode gores kuadran. Bila metode ini dilakukan dengan baik akan menghasilkan terisolasinya mikroorganisme, dimana setiap koloni berasal dari satusel.Metode agar tuang. Berbeda dengan metode gores kuadran, cawan tuang menggunakan medium agar yang dicairkan dan didinginkan (50oC), yang kemudian dicawankan. Pengenceran tetap perlu dilakukan sehingga pada cawan yang terakhir mengandung koloni-koloni yang terpisah di atas permukaan/di dalamcawan.

Isolasi pada medium cairMetode isolasi pada medium cair dilakukan bila mikroorganisme tidak dapat tumbuh pada agar cawan (medium padat), tetapi hanya dapat tumbuh pada kultur cair. Metode ini juga perlu dilakukan pengenceran dengan beberapa serial pengenceran.Semakin tinggi pengenceran peluang untuk mendapatkan satu sel semakin besar.

Isolasi sel tunggalMetode isolasi sel tunggal dilakukan untuk mengisolasi sel mikroorganisme berukuran besar yang tidak dapat diisolasi dengan metode agar cawan/medium cair.Sel mikroorganisme dilihat dengan menggunakan perbesaran sekitar 100 kali.Kemudian sel tersebut dipisahkan dengan menggunakan pipet kapiler yang sangat halus ataupun micromanipulator, yang dilakukan secara aseptis.OlehNuniek (2001) isolasi mikroba dapat dilakukan dengan dua cara yaitu cara penggoresan dan cara penaburan.A.Isolasi mikroba dengan cara penggoresanTujuan utama dari penggoresan ini adalah untuk menghasilkan koloni-koloni bakteri yang terpisah dengan baik dari suspensi sel yang pekat. Cara ini lebih menguntungkan bila ditinjau dari sudut ekonomi dan waktu, tapi memerlukan ketrampilan yang diperoleh dengan latihan. Penggoresan yang sempurna akan menghasilkan koloni yang terpisah.Ada beberapa teknik goresan, antara lain :1.Goresan T2.Goresan kuadran3.Goresan radian4.Goresan sinambung (Nuniek, 2001).B.Isolasi mikroba dengan cara penaburanCara penaburan ( pour plate) merupakan cara yang kedua di samping penggoresan untukmemperoleh biakan murni dari biakan campuran mikroba. Cara ini berbeda dari carapenggoresan dimana media agar diinokulasi dalam keadaan tetap cair yaitu pada suhu 45 C, dan demikian pula koloni-koloni akan berkembang di seluruh media, tidak hanyapada permukaan. Untuk beberapa tujuan hal ini menguntungkan, contohnya dalam mempelajari pertumbuhan kolonistreptococcal pada sel-sel darah merah.

1.2 Tujuan Praktikum1.2.1Praktikan dapat memahami bermacam-macam teknik isolasi mikroba1.2.2Praktikan mempunyai keterampilan melakukan isolasi mikroba

BAB IIMATERI DAN METODE2.1Waktu dan Pelaksanaan Praktikum2.1.1Sampling Lapanganhari:Senintanggal:22 Oktober 2012pukul:10.00 11.00 WIBtempat:Dermaga Marine Station, Teluk Awur, Jepara, JawaTengah2.1.2Praktikum Laboratoriumhari:Senintanggal :22 Oktober 2012pukul:11.00 12.00 WIBtempat:Laboratorium Ekologi Laut, Marine Station FPIK,Teluk Awur, Jepara, Jawa Tengah.2.2Alat dan Bahan2.2.1AlatNoNama AlatGambar AlatFungsi AlatKeterangan

1Alumunium foilPembungkus botol sampel agar terisolasi

2Kertas labelAlat untuk menandai sampel

3Botol sampelSebagai temapt sampel pada waktu pengambilan sampel

4bunsenUntuk membantu dalam proses aseptis

5Kain percaAlat yang digunakan untuk membantu proses sterilisasi

6kameraAlat yang digunakan untuk mendokumentasikan

7tipAlat bantu dalam mikro pipet. Untu pengambilan sampel

8Cawan petriSebagai tempat sampel ketika proses penanaman

9Alat tulisAlat bantu dalam proses pendokumentasio=an data lapangan dan laboratorium

10Paper wrapAlat yang digunakan untuk membungkus cawan petri sebelum proses inkubasi

11Tabung reaksiSebagai wadah sampel yang akan diencerkan.

12sprayerSebagai wadah bahan yang akan digunakan untuk proses sterilisasi

13Mikro pipetAlat yang digunakan untuk mengambil sampel

14spreaderAlat untuk meratakan distribusi bakteri ada media

2.2.2BahanNoNama BahanFungsi BahanKeterangan

1AlcoholSebagai senyawa untuk sterilisasi alat dan user

2Zobell 2216 e brothSebagai media yang berperan dalam proses pengenceran

3Zobell 2216 e agarSebagai media yang digunakan untuk isolasi bakteri dari sampel yang telah diencerkan

4Air lautBahan yang digunakan untuk mengambil sampel bakteri

5Air laut sterilBahan yang digunakan untuk sterilisasi bahan dan media

2.3Cara Kerja2.3.1Sampling Lapangan

-Menyiapkan alat dan menentukan titik samplingyang akan diambil-Melakukan kalibrasi botol sampel.(Dengan cara memasukkan air laut ke dalam botol dan mengeluarkannya kembali. dilakukan sebanyak 2 kali pengulangan)-Mengambil sampel air laut yang dekat dengan terumbu karang, danlalu langsung menutup botol sampel di bawah permukaan air.Jangan sampai sedimen terbawa masuk juga-Memasukkan botol sampel ke dalam iced box. Menutupnya dan membawa iced box ke laboratorium.-Melakukan dokumentasi sampling

2.3.2Bactery Selection Process-Menyiapkan alat dan bahan yang akan digunakan-Mengambil sampel yang ada di iced box-Membuang air pada botol sampel-Kemudian sampel dibersihkan dengan air laut steril untuk menghilangkan bakteri asosiasi yang masih menempel2.3.3Proses Pengenceran-Menyiapkan alat dan bahanyang akan digunakan-Menyalakan bunsen, tunggu hingga 5 menit-Menyiapkan mikro pipet dan tip, atur ukuran hingga 0.5 mL(500 m ml)-Menyiapkan 5 tabung reaksi berisi air laut steril. Beri label dari 10-1 10-5.(seluruh proses pengenceran dilakukan di dekat bunsen agar aseptitas bahan dan alat terjaga)-Mengambil 0.5 mL air laut dari botol sampel, lalu memasukkannya ke dalam tabung reaksi pertama.-Melakukan vortex pada tiap tabung agar larutan menjadi homogen-Mengambil larutan pada tabung reaksi pertama sebanyak 0.5 mL lalu memasukkannya ke dalam tabung reaksi ke dua.-Melakukan hal yang sama hingga tabung reaksi ke lima (10-5)

2.3.4Proses Penanaman Bakteri (Inokulasi)-Menyiapkan alat dan bahan-Menyiapkan media zobell 2216 e agar sebanyak 3 cawan petri-Menyiapkan hasil pengenceran dari larutan 10-3 10-5.-Mengambil larutan dari tabung reaksi 10-3sebanyak0.1 mL dengan menggunakan mikro pipet.(seluruh proses inokulasi dilakukan di dekat bunsen agar aseptitas alat dan bahan tetap terjaga)-Menyiapkan media agar pertama sambil memutar-mutar cawan dengan tangan kiri di dekat bunsen-Memasukkan sampel air laut 10-3dalam mikro pipet ke dalam media agar pertama.-Sampel yang telah berada di atas media lalu diratakan distribusinya oleh spreader secara perlahan.-Setelah itu, menaruh cawan petri di meja dengan posisi terbalik sambil diberi label.-Melakukan hal yang serupa pada larutan dan media selanjutnya 10-4dan10-5.-Setelah seluruh sampel selesai, ketiga cawan petri ditumpuk lalu dibungkus dengan paper wrap. Diisolasi rapat lalu diberi label.-Setelah itu media yang telah siap lalu diinkubasi pada suhu 30oC selama 5 hari.

BAB IIIHASIL DAN PEMBAHASAN3.1 Hasil

3.2 PembahasanPada praktikum isolasi bakteri simbion kali inimengambil sampel bakteri di air laut yang dekat dengan terumbu karang. Setiap bakteri yang yang sifatnya heterotrof, dia akan bersimbiosis dengan inangnya agar mendaptkan energi yang dibutuhkan oleh bakteri. Dalam simbiosis ini bakteri terkadang merugikan, menguntungkan, dan tidak berpengaruh apa-apa. Dalam bahasa yang lebih ilmiah simbiosis ini dapat dikatakan sebagai mutualisme, komensalisme, dan parasitisme.Simbiosis ini terjadi karena inang menghasilkan nutrien dan energi yang dibutuhkan oleh bakteri. Tetapi selain itu, bakteri tidak hanya merugikan bagi inangnya. Menurut penelitian dari berbagai referensi, terdapat bakteri yang mampu menghasilkan senyawa sekunder yang dapat melindungi inangnya dari patogen(Strobel & Daisy,2003 ; Khairani, 2009). Bakteri tersebut biasanya disebut dengan bakteri endofit. Bakteri tersebut dapat melakukannya juga membutuhkan inangnya, inang menghasilkann nutrien yang dibutuhkan. Jadi mereka saling bersimbisosis secara mutualisme. Biasanya mikroba endofit ini terdapat pada bagian bawah suatu inang. Mikroba ini juga bisa dimanfaatkan untuk membantu manusia mengatasi bakteri patogen yang berbahaya bagi manusia.Sebelum melakukan sampling,yang pertama kali dilakukan adalah menyiapkan botol sampel yang akan digunakan. Botol sampel dibungkus menggunakan alumunium foil. Kemudian menentukan titik sampling, dalam penentuan titik sampling cari terumbu karang yang masih hidup . Dalam hal ini karena kelompok saya menggunak bakteri air laut yang di daerah terumbu karang. Ambil sampel air laut tepat dibawah terumbu karang. Sebelum menyimpannya , lakukan kalibrasi botol sampel , agar konsentrasi di dalam tidak berubah dan tidak mengganggu bakteri yang ada. Lakukan penutupan botol sampel pada saat didalam air , hal tersebut dimaksudkan agar tidak terjadi kontaminasi karena udara.Botol sampel dibungkus dengan alumunium foilagar pada saat pengambilan sampel dan pada saat pemindahan sampel dari habitatnya, sampel dan bakteri yang didalamnya tidak terpengaruh oleh cahaya matahari. Cahaya matahari dapat menyebabkan proses-proses metabolisme tambahan yang dapat merusak orisinalitas bakteri dari habitat aslinya. Selain itu mempersiapkan boks yang telah diisi oleh es batu sebagai alat untuk memindahkan botol sampel dari lapangan menuju laboratorium. Hal ini juga berguna untuk isolasi sampel dari habitatnya agar tidak terpengaruh oleh lingkungan dan perubahan suhu.Pada tahap pemeriksaan laboratorium, proses isolasi terbagi menjadi 3 bagian yaitu seleksi, pengenceran dan inokulasi atau penanaman bakteri kepada media. Pada seleksi bakteri dilakukan tahapan yang berguna untuk memperoleh bakteri yang terbaik yang dapat diinokulasi selanjutnya. Hal ini berguna agar pada saat penanaman dan inkubasi, bakteri tidak mudah mati. Ketentuannya yaitu alat dan bahan yang digunakan harus steril dari pengaruh kontaminan dan setiap langkah kerja diperhatikan dengan teliti.Tahap kedua yaitu proses pengenceran. Proses inibertujuan untukmemperkecil atau mengurangi jumlah mikroba yang tersuspensi dalam cairan.Penentuan besarnya atau banyaknya tingkat pengenceran tergantung kepada perkiraan jumlah mikroba dalam sampel. Digunakan perbandingan 1 : 9 untuk sampel dan pengenceran pertama dan selanjutnya, sehingga pengenceran berikutnya mengandung 1/10 sel mikroorganisma dari pengenceran sebelumnya.. Ketentuannya yaitu saat pengenceran, aseptitas dari alat yang digunakan perlu diperhatikan. Seluruh proses pengenceran dilakukan di dekat bunsen agar aseptitas alat tetap terjaga. Hal ini berguna untuk mengisolasi sampel dari kontaminan. Selain itu, pada tiap tabung reaksi dilakukan vortex dengan mikro pipet. Hal ini bertujuan agar larutan menjadi homogen.Tahap ketiga yaitu penanaman bakteri atau inoklasi. Penanamaninimerupakan lajutan dari pengenceran bertingkat. Pengambilan suspensi dapat diambil dari pengenceran mana saja tapi biasanya untuk tujuan isolasi (mendapatkan koloni tunggal) diambil beberapa tabung pengenceran terakhir(10-3 10-5),menggunakan media zobell agar 2216 e. Inokulasi juga dilakukan di dekat bunsen untuk menjaga aseptitas alat yang digunakan.Setelah itu menggunakan spread plate.Spread plateadalah teknik menanam dengan menyebarkan suspensi bakteri di permukaan agar diperoleh kultur murni. Adapun prosedur kerja yang dapat dilakukan adalah Ambil suspensi cairan sebanyak 0,1 ml dengan mikropipet kemudian teteskan diatas permukaan agar yang telah memadat. Spreader diambil kemudian disemprot alkohol dan dibakar diatas bunsen beberapa saat, kemudian didinginkan dan ditunggu beberapa detik. Kemudian disebarkan dengan menggosokannya pada permukaan agar supaya tetesan suspensi merata, penyebaran akan lebih efektif bila cawan ikut diputar. Hal yang perlu diingat bahwa Spreader yang terlalu panas dapat menyebabkan sel-sel mikroorganisme dapat mati karena panas.Seluruh proses pada tahapan isolasi bakteri perlu dilakukan dengan cermat dan hati-hati. Karena bakteri merupakan organisme yang sangat sensitif terhadap perubahan lingkungan. Jika salah dalam penanganan maka bakteri akan mati. Oleh karena itu, aseptitas alat dan bahan yang digunakan pada praktikum harus tetap dijaga. Media yang digunakan juga jangan sampai mengalami kerusakan saat pengolesan menggunakan spreader. Seluruh alat yang digunakan setelahnya direndam dengan alkohol untuk sterilisasi alat.BAB IVKESIMPILAN DAN SARAN4.1KesimpulanDalam praktikum ini dapat disimpulkan teknik isolat bakteri yang digunakan adalah dengan seleksi bakteri, pengenceran bertingkat, dan penanaman bakteri. Dalam proses isolaso tersebut alat alat yang digunakan harus selalu aseptis. Hal tersebut dapat dilakukan dengan cara mendekatkan atau memanaskannya ke bunsen.

4.2Saran1.Dalam praktikum sebaiknya assisten lebih bisa sabar dalam memberi arahan ke praktikan2.Sebelum dimulai sebaiknya tempat kerja harus disterilkan

Daftar PustakaAdmin.,2008,http://www.ubb.ac.id/menulengkap.php?judul=Sejarah-Perkembangan Mikrobiologi.Diakses pada tanggal 08 maret 2009, Makassar.Dwidjoseputro, S. 1990. Mikrobiologi Pangan, Gramedia Pustaka Utama,JakartaHermawati H. 2010. Ekosistem.11 Apr 2010.Hutagalung RA. 2010. Ekologi Dasar. Jakarta.Khairani. 2009. Aktivitas oksidasi metan bakteri metanotrof asal lahan sawah pada konsentrasi oksigen yang berbeda. [Tesis]. Bogor: Departemen Biologi, Institut Pertanian Bogor.Lay, Bibiana W. 1994. Analisis Mikroba di Laboratorium, PT RajaGrafindo Persada : Jakarta.Nuniek, T. 2001.Diktat Kuliah Mikrobiologi Industri . Teknik KimiaFTI-ITS : SurabayaStrobel G, Daisy B. 2003. Bioprospecting for microbial endophytes and theirnatural products. Microbiol and Mol Biol Rev 67:491-502.