acara 4
DESCRIPTION
merupakan cara kerja dan poin pembahasanTRANSCRIPT
-
ELEKTROFORESIS
Tujuan (ada dibuku kuning)
Alat dan Bahan
Alat yang digunakan antara lain mikropipet, tip, parafilm, microtube rack, alat elektroforesis
horizontal dan power supply. Bahan yang digunakan antara lain TBE buffer (1x), Loading
dye, DNA Ladder, SYBR Safe DNA Gel Stain dan Agarose.
Cara Kerja
1. Pembuatan Gel Agarose (1%)
Masukkan serbuk agarose 0,5 gram dan 50 ml TBE (1x) ke dalam gelas elenmeyer
Panaskan selama 60 detik sampai larutan jernih
Biarkan sejenak hingga hangat, lalu tambahkan 5 l SYBR Safe DNA Gel Stain, aduk rata
Tuangkan agarose kedalam cetakan yang sudah disiapkan dengan comb
Biarkan hingga membeku membentuk gel sekitar 20 menit
Pindahkan gel ke dalam bak elektroforesis horizontal dan mengisi TBE (1x) hingga gel
terendam seluruhnya
2. Elektroforesis
Pipet 1 l loading dye dan pipet 5 l sampel DNA/ DNA Ladder ke atas parafilm,
homogenkan
Pipet kedalam sumuran gel agarose
Catat urutan loading sampel
Running elektroforesis selama 30 menit pada tegangan 100 volt
3. Visualisasi Elektroforesis
Siapkan Gel Doc system, buka pintu mesin transluminator, letakkan Gel agarose diatas trans-
illuminator, tutup pintu
Buka software Kodak 1D 3.6 Gel Logic dan klik Capture GI 200 pada pojok kiri atas
Pada mesin transluminator, putar knop Trans UV
Klik Preview dan pastikan posisi gel telah ter-capture, kemudian klik Capture
Putar knop OFF untuk mematikan Trans UV*
Atur kontras/brightness agar band DNA nampak jelas
-
File Save as JPEG Folder Praktikum Teknologi Molekuler 2015 Folder Golongan
(1/2/3/4) Ketik File Nama : Kelompok (1/2/3/4) _ (07042015)_(nomor sumuran)
*paparan Trans UV tidak boleh lebih dari 30 detik, karena dapat menyebabkan band pada gel agarose hilang
Hasil
Tabel 1. Visualisasi Hasil Elektroforesis Sampel DNA (stroberi/ bawang putih/ saliva/
A10/ A6/ T/ Y1 *)
Sampel DNA* Metode Isolasi DNA Hasil DNA
Stroberi / Bawang Putih Sederhana
Saliva Sederhana
A 10/ A 6/ T/ Y1 PCE
Penulisan Hasil DNA : (Single/Double) band / Smear band / Faint (Single/Double) Band / No
Band
*Tulis sesuai sampel kelompok, jangan tulis semua =.= tulisan ini jangan tulis
jg..rajin amat ditulis semua
POIN PEMBAHASAN
1. Elektroforesis (Pengertian, Prinsip, Jenis (horizontal/vertical) (yang digunakan di UAJY
Lab Biomolekuler adalah jenis horizontal dengan merk .......))
2. Gel Imaging System (Merk, Prinsip cara kerja UV Transluminator dalam
memvisualisasikan Gel Agarose, *perlu diingat UV Transluminator adalah bagian dari Gel
Imaging System*)
3. Faktor yang dapat mempengaruhi proses elektroforesis / mobilitas DNA dalam
proses elektroforesis*
4. Fungsi larutan Sybr safe stain (bandingkan dengan Ethidium Bromide), TBE buffer
(fungsi tiap komposisi, dan bandingkan dengan TAE buffer), Loading dye (Blue Juice
dibandingkan dengan Gel loading dye Blue (6x)), dan DNA Ladder
5. Bahas Hasil tiap sampel DNA (bagaimana bentuk band? Clear band/smear band/no band;
Mengapa demikian, kaitkan dengan faktor yang mempengaruhi mobilitas DNA sehingga
visualisasi band kurang baik)
*Kalian bisa cari di google dengan search key: Troubleshooting Guide for DNA
Electrophoresis, Detection of DNA in Agarose Gels, Factors affect the separation and
visualisation of DNA
http://res.hmu.edu.iq/Portals/0/Users/Bazhdar/DNA_Troubleshooting.pdfhttp://res.hmu.edu.iq/Portals/0/Users/Bazhdar/DNA_Troubleshooting.pdfhttp://vcr.um.ac.ir/parameters/vetbiotech/filemanager/new_admin/electrophorsis/Detection%20of%20DNA%20in%20Agarose%20Gels.pdfhttp://www.protocol-online.org/biology-forums/posts/22233.htmlhttp://www.protocol-online.org/biology-forums/posts/22233.html