ELEKTROFORESIS

Tujuan (ada dibuku kuning)

Alat dan Bahan

Alat yang digunakan antara lain mikropipet, tip, parafilm, microtube rack, alat elektroforesis

horizontal dan power supply. Bahan yang digunakan antara lain TBE buffer (1x), Loading

dye, DNA Ladder, SYBR Safe DNA Gel Stain dan Agarose.

Cara Kerja

1. Pembuatan Gel Agarose (1%)

Masukkan serbuk agarose 0,5 gram dan 50 ml TBE (1x) ke dalam gelas elenmeyer

Panaskan selama 60 detik sampai larutan jernih

Biarkan sejenak hingga hangat, lalu tambahkan 5 l SYBR Safe DNA Gel Stain, aduk rata

Tuangkan agarose kedalam cetakan yang sudah disiapkan dengan comb

Biarkan hingga membeku membentuk gel sekitar 20 menit

Pindahkan gel ke dalam bak elektroforesis horizontal dan mengisi TBE (1x) hingga gel

terendam seluruhnya

2. Elektroforesis

Pipet 1 l loading dye dan pipet 5 l sampel DNA/ DNA Ladder ke atas parafilm,

homogenkan

Pipet kedalam sumuran gel agarose

Catat urutan loading sampel

Running elektroforesis selama 30 menit pada tegangan 100 volt

3. Visualisasi Elektroforesis

Siapkan Gel Doc system, buka pintu mesin transluminator, letakkan Gel agarose diatas trans-

illuminator, tutup pintu

Buka software Kodak 1D 3.6 Gel Logic dan klik Capture GI 200 pada pojok kiri atas

Pada mesin transluminator, putar knop Trans UV

Klik Preview dan pastikan posisi gel telah ter-capture, kemudian klik Capture

Putar knop OFF untuk mematikan Trans UV*

Atur kontras/brightness agar band DNA nampak jelas

File Save as JPEG Folder Praktikum Teknologi Molekuler 2015 Folder Golongan

(1/2/3/4) Ketik File Nama : Kelompok (1/2/3/4) _ (07042015)_(nomor sumuran)

*paparan Trans UV tidak boleh lebih dari 30 detik, karena dapat menyebabkan band pada gel agarose hilang

Hasil

Tabel 1. Visualisasi Hasil Elektroforesis Sampel DNA (stroberi/ bawang putih/ saliva/

A10/ A6/ T/ Y1 *)

Sampel DNA* Metode Isolasi DNA Hasil DNA

Stroberi / Bawang Putih Sederhana

Saliva Sederhana

A 10/ A 6/ T/ Y1 PCE

Penulisan Hasil DNA : (Single/Double) band / Smear band / Faint (Single/Double) Band / No

Band

*Tulis sesuai sampel kelompok, jangan tulis semua =.= tulisan ini jangan tulis

jg..rajin amat ditulis semua

POIN PEMBAHASAN

1. Elektroforesis (Pengertian, Prinsip, Jenis (horizontal/vertical) (yang digunakan di UAJY

Lab Biomolekuler adalah jenis horizontal dengan merk .......))

2. Gel Imaging System (Merk, Prinsip cara kerja UV Transluminator dalam

memvisualisasikan Gel Agarose, *perlu diingat UV Transluminator adalah bagian dari Gel

Imaging System*)

3. Faktor yang dapat mempengaruhi proses elektroforesis / mobilitas DNA dalam

proses elektroforesis*

4. Fungsi larutan Sybr safe stain (bandingkan dengan Ethidium Bromide), TBE buffer

(fungsi tiap komposisi, dan bandingkan dengan TAE buffer), Loading dye (Blue Juice

dibandingkan dengan Gel loading dye Blue (6x)), dan DNA Ladder

5. Bahas Hasil tiap sampel DNA (bagaimana bentuk band? Clear band/smear band/no band;

Mengapa demikian, kaitkan dengan faktor yang mempengaruhi mobilitas DNA sehingga

visualisasi band kurang baik)

*Kalian bisa cari di google dengan search key: Troubleshooting Guide for DNA

Electrophoresis, Detection of DNA in Agarose Gels, Factors affect the separation and

visualisation of DNA

http://res.hmu.edu.iq/Portals/0/Users/Bazhdar/DNA_Troubleshooting.pdfhttp://res.hmu.edu.iq/Portals/0/Users/Bazhdar/DNA_Troubleshooting.pdfhttp://vcr.um.ac.ir/parameters/vetbiotech/filemanager/new_admin/electrophorsis/Detection%20of%20DNA%20in%20Agarose%20Gels.pdfhttp://www.protocol-online.org/biology-forums/posts/22233.htmlhttp://www.protocol-online.org/biology-forums/posts/22233.html