Setelah dilakukan proses pewarnaan protein, prosedur yang dilakukan berikutnya adalah pengambilan lysate dari cacing. Sel lysate (lisat asli) merupakan suatu larutan protein seluler yang dihasilkan ketika sel-sel yang segaris (rusak terpisah) dalam kondisi, yang mempertahankan struktur dan fungsi proteinnya. Proses untuk memperoleh lysate disebut lisis. Lisis mengacu pada penghancuran suatu sel yang sering disebabkan oleh virus, enzymic, atau mekanisme osmotik yang menganggu keutuhan sel tersebut. Pada prosedur sebelumnya telah dilakukan pemanasan selama 7 menit pada air mendidih menggunakan penangas. Lysate diambil dan dipindahkan ke tabung sentifugasi baru.

Selanjutnya, tabung disentrifugasi selama 5 menit pada 6000 rpm di sentrifugator. Sentrifugasi sendiri merupakan salah satu metode dasar yang penting dalam studi biologi sel. Prinsip sentrifugasi didasarkan atas fenomena bahwa partikel yang tersuspensi di dalam suatu wadah akan mengendap ke dasar wadah karena pengaruh gravitasi. Sentrifugasi ini dilakukan untuk memisahkan komponen yang ada pada cacing berdasarkan perbedaan massa jenis partikel. Partikel yang lebih berat akan berada dibawah sementara partikel yang lebih ringan akan berada di bagian atas. Selain itu sentrifugasi dilakukan untuk menghilangkan bagian-bagian komponen yang tidak larut. Sentrifugasi yang dilakukan termasuk dalam putaran yang cukup tinggi.

Setelah dilakukan sentrifugasi maka akan terbentuk 2 jenis lapisan pada tabung sentrifugasi. Bagian atas merupakan supernatan yang berupa cairan yang mengandung sel-sel protein cacing, sementara bagian bawah merupakan merupakan sisa sentrifugasi berbentuk endapan yang tidak mengandung protein cacing yang disebut pelet. Supernatan kemudian diambil dengan cara dekantasi. Dekantasi dilakukan menggunakan pipet yang telah disumbat dengan kapas sehingga yang terambil hanya cairan supernatan saja sementara endapan pelet akan tertahan oleh kapas sehingga tidak ikut terambil. Supernatan kemudian dipindahkan ke tabung sentrifugasi yang baru sementara sisa pelet dibuang. Setelah itu supernatant disimpan pada suhu rendah atau didalam es untuk menjaga kestabilan protein yang ada di dalam supernatant tersebut.