DEFISIENSI VITAMIN D DAN RENDAHNYA KADAR KATELISIDIN SEBAGAI FAKTOR RISIKO INFEKSI RESPIRATORI AKUT BAGIAN BAWAH PADA BAYI DAN/ATAU ANAK USIA DI BAWAH LIMA TAHUN,

SERTA GAMBARAN POLIMORFISME GEN RESEPTOR VITAMIN D EKSON 2

 

 

 

 

 

IDA BAGUS SUBANADA

 

PROGRAM PASCASARJANA UNIVERSITAS UDAYANA

DENPASAR 2016

DISERTASI

DEFISIENSI VITAMIN D DAN RENDAHNYA KADAR KATELISIDIN SEBAGAI FAKTOR RISIKO INFEKSI RESPIRATORI AKUT BAGIAN BAWAH PADA BAYI DAN/ATAU ANAK USIA DI BAWAH LIMA TAHUN,

SERTA GAMBARAN POLIMORFISME GEN RESEPTOR VITAMIN D EKSON 2

 

 

 

IDA BAGUS SUBANADA NIM: 1390271013

PROGRAM DOKTOR

PROGRAM STUDI ILMU KEDOKTERAN PROGRAM PASCASARJANA

UNIVERSITAS UDAYANA DENPASAR

2016

DISERTASI

  ii  

Lembar Pengesahan

DISERTASI INI TELAH DISETUJUI TANGGAL: 8 MARET 2016

Promotor

Prof. Dr. dr. I Made Bakta, Sp.PD(KHOM) NIP: 19480628 197903 1 001

Kopromotor I, Kopromotor II,

Mengetahui

Prof. Dr. dr. Putu Astawa, Sp.OT(K). M. Kes NIP:19530131 198003 1 004

Dr. dr. I Wayan Bikin Suryawan, Sp.A(K) NIP:19600919 198710 1 001

Direktur Program Pascasarjana Universitas Udayana

Ketua Program Pascasarjana Universitas Udayana

Prof. Dr. dr. A. A. Raka Sudewi, Sp.S(K) NIP:19590215 198510 2 001

Dr. dr. Bagus Komang Satriyasa, M. Repro NIP: 19640417 199601 1 001

  iii  

Disertasi Ini Telah Diuji dan Dinilai oleh Panitia Penguji

pada Program Pascasarjana Universitas Udayana

pada Tanggal : 29 Pebruari 2016

Berdasarkan SK Rektor Universitas Udayana

No. : 046/UN.14.4.10/PK/2016

Tanggal : 24 Pebruari 2016

Panitia Penguji Ujian Tertutup adalah:

Ketua : Prof. Dr. Ir. Ida Bagus Putra Manuaba, M.Phill

Anggota :

1. Prof. Dr. dr. I Made Bakta, Sp.PD(KHOM)

2. Prof. Dr. dr. Putu Astawa, Sp.OT(K), M.Kes

3. Dr. dr. I Wayan Bikin Suryawan, Sp.A(K)

4. Prof. drh. I Nyoman Mantik Astawa, Ph.D

5. Dr. dr. I Wayan Putu Sutirta Yasa, M.Si

6. Dr. dr. Bagus Komang Satriyasa, M.Repro

7. dr. Rina Triasih, Sp.A(K), M.Med(Paed), Ph.D

  iv  

PERNYATAAN BEBAS PLAGIARISME

Yang bertanda tangan di bawah ini:

1. Nama : Ida Bagus Subanada

2. Program Studi : Doktor Ilmu Kedokteran

Program Pascasarjana Universitas Udayana

3. N I M : 1390271013

4. No. Telp/HP : (0361)467380/ 081239365655

5. Email : subanada@yahoo.com

6. Judul Disertasi :

Defisiensi Vitamin D dan Rendahnya Kadar Katelisidin Sebagai Faktor

Risiko Infeksi Respiratori Akut Bagian Bawah pada Bayi dan/atau Anak

Usia di Bawah Lima Tahun, serta Gambaran Polimorfisme Gen Reseptor

Vitamin D Ekson 2

Merupakan hasil karya original yang bisa dipertanggungjawabkan keasliannya

serta tidak mengandung unsur plagiarisme. Pernyataan ini saya buat dengan

sebenar-benarnya, dan apabila di kemudian hari ditemukan adanya pelanggaran,

maka saya bersedia mempertanggungjawabkan sesuai peraturan yang berlaku.

Denpasar, 29 Pebruari 2016

Yang membuat pernyataan,

(Ida Bagus Subanada)

  v  

UCAPAN TERIMA KASIH

Pertama-tama penulis memanjatkan puji syukur kehadapan Ida Sang

Hyang Widhi Wasa/Tuhan Yang Maha Esa karena berkat karunia dan tuntunan-

Nya-lah disertasi ini dapat diselesaikan. Selain itu, selesainya disertasi ini sudah

tentu tidak lepas dari peran berbagai pihak. Untuk itu pada kesempatan ini

perkenankanlah penulis mengucapkan terima kasih dan penghargaan yang

sebesar-besarnya kepada Prof. Dr. dr. I Made Bakta, Sp.PD(KHOM) selaku

promotor sekaligus penguji yang telah banyak meluangkan waktunya dengan

penuh kesabaran dalam memberikan dorongan, semangat, bimbingan, dan saran

kepada penulis sehingga disertasi ini dapat terselesaikan.

Ucapan terima kasih yang sebesar-besarnya juga penulis sampaikan

kepada Prof. Dr. dr. Putu Astawa, Sp.OT(K), M.Kes, selaku ko-promotor 1

sekaligus sebagai penguji yang sebelumnya sebagai pembimbing akademis yang

telah menyetujui proposal disertasi yang penulis ajukan, serta banyak memberikan

arahan-arahan atau masukan-masukan yang sangat bermanfaat dalam penyusunan

disertasi ini. Ucapan yang sama juga ditujukan kepada Dr. dr. I Wayan Bikin

Suryawan, Sp.A(K) selaku ko-promotor 2 sekaligus sebagai penguji yang banyak

memberikan masukan atau saran kepada penulis demi perbaikan disertasi ini.

Penulis juga mengucapkan terima kasih yang sebesar-besarnya kepada

Dr. Bagus Ngurah Putu Arhana, Sp.A(K) selaku Kepala Bagian/SMF Ilmu

Kesehatan Anak FK Unud/RSUP Sanglah Denpasar yang telah memberikan

kesempatan dan dukungan kepada penulis untuk mengikuti pendidikan Program

  vi  

Doktor Program Studi Ilmu Kedokteran Program Pascasarjana Universitas

Udayana. Ungkapan yang sama penulis sampaikan kepada Dr. Anak Ayu

Saraswati, M.Kes selaku Direkur Utama RSUP Sanglah yang telah memberikan

ijin kepada penulis untuk mengikuti pendidikan Progam Doktor pada Progam

Pascasarjana Universitas Udayana.

Ucapan terima kasih juga ditujukan kepada Prof. Dr. dr. Ketut Suastika,

Sp.PD(KEMD) selaku Rektor Universitas Udayana atas kesempatan dan fasilitas

yang diberikan kepada penulis untuk mengikuti dan menyelesaikan pendidikan

Program Doktor di Universitas Udayana. Begitu juga kepada Prof. Dr. dr. A. A.

Raka Sudewi, Sp.S(K), Prof. Dr. Made Budiarsa, M.A, dan Prof. Made Sudiana

Mahendra, Ph.D selaku Direktur, Asisten Direktur I, dan Asisten Direktur II

Program Pascasarjana Universitas Udayana atas kesempatan yang diberikan

kepada penulis untuk menjadi mahasiswa Program Doktor pada Program

Pascasarjana Universitas Udayana. Penulis juga tidak lupa menyampaikan ucapan

terima kasih kepada Dr. dr. Bagus Komang Satriyasa, M.Repro dan Dr. dr. Wayan

Putu Sutirta Yasa, M.Si, selaku Ketua dan mantan Ketua Program Studi Doktor

Ilmu Kedokteran Program Pascasarjana Univeristas Udayana sekaligus sebagai

penguji yang telah banyak memberikan arahan atau masukan dalam penyusunan

disertasi ini.

Pada kesempatan ini penulis juga mengucapkan banyak terima kasih

kepada para penguji lainnya yaitu Prof. Dr. Ir. Ida Bagus Putra Manuaba, M.Phill,

Prof. drh. I Nyoman Mantik Astawa, Ph.D, dan Dr. Rina Triasih, Sp.A(K),

M.Med (Paed), Ph.D, yang begitu banyak memberikan masukan, saran,

  vii  

sanggahan maupun koreksi sehingga disertasi ini dapat terwujud seperti ini.

Ucapan terima kasih juga penulis sampaikan kepada Dr. rer. nat. dr. Ni Nyoman

Ayu Dewi, M.Si, Dr. Putu Diah Vedaswari, Dr. Ni Ketut Mena Epiani, dan Dr.

Luh Sri Apsari yang telah banyak membantu penulis dalam pelaksanan penelitian

disertasi ini sehingga data disertasi bisa diperoleh.

Penulis menyampaikan terima kasih dan penghargaan yang setinggi-

tingginya kepada subjek penelitian dan orangtua/wali subjek atas pengertian dan

kerjasamanya yang baik sehingga penelitian ini dapat berjalan sebagaimana

mestinya. Ucapan terima kasih juga penulis sampaikan kepada teman sejawat di

Bagian/SMF Ilmu Kesehatan Anak Fakultas Kedokteran Unud/RSUP Sanglah dan

IDAI Cabang Bali atas semangat atau dorongan yang diberikan sehingga penulis

dapat menyelesaikan studi Program Doktor pada Program Pascasarjana

Universitas Udayana.

Terakhir penulis menyampaikan ucapan terima kasih yang tidak

terhingga kepada kedua orangtua yaitu Ida Bagus Djati, BA (almarhum) dan

Djero Ketut Danun yang telah membentuk, menuntun, maupun memberi

dorongan sehingga penulis bisa seperti sekarang ini. Begitu juga kepada istri

tercinta Sitti Nursinah, SE, serta anak tersayang Ida Ayu Okti Cahyani Putri dan

Ida Ayu Meilasari Dewi yang telah banyak berkorban untuk memberikan

dukungan sehingga penulis bisa menyelesaikan disertasi ini.

Akhir kata semoga disertasi ini bermanfaat, baik untuk akademis,

pelayanan kesehatan maupun untuk pengembangan penelitian selanjutnya

sehingga semakin menambah bukti tentang efek vitamin D ini pada penyakit

  viii  

infeksi respiratori akut bagian bawah. Semoga Ida Sang Hyang Widhi

Wasa/Tuhan Yang Maha Esa selalu melimpahkan asung kerta waranugraha-Nya

kepada kita semua.

Denpasar, 29 Pebruari 2016 Penulis Ida Bagus Subanada

  ix  

RINGKASAN

DEFISIENSI VITAMIN D DAN RENDAHNYA KADAR KATELISIDIN SEBAGAI FAKTOR RISIKO INFEKSI RESPIRATORI AKUT BAGIAN

BAWAH PADA BAYI DAN/ATAU ANAK USIA DI BAWAH LIMA TAHUN, SERTA GAMBARAN POLIMORFISME GEN RESEPTOR

VITAMIN D EKSON 2

Infeksi respiratori akut bagian bawah (IRA-B) merupakan penyakit infeksi dengan angka kesakitan dan angka kematian yang cukup tinggi (khususnya pneumonia). Selain beberapa faktor risiko yang telah diketahui (Sectish dan Prober, 2004; Carroll dkk., 2007; Mayo-Wilson dkk., 2011; Watts dan Goodman, 2011; Ali dkk., 2012; Crowe, 2012; Jackson dkk., 2013), beberapa mikronutrien juga dihubungkan dengan IRA-B. Salah satu dari mikronutrien tersebut adalah vitamin D. Ada beberapa penelitian sebelumnya yang mencari hubungan antara kadar vitamin D dengan kejadian IRA-B (Wayse dkk., 2004; Belderbos dkk., 2011; Camargo dkk., 2012; Leis dkk., 2012), tetapi penelitian-penelitian tersebut ada yang masih mempunyai kelemahan antara lain pengambilan sampel secara convenient, adanya analisis post-hoc, pengambilan kontrol dengan kemungkinan terpapar faktor risiko yang tidak sama dengan kasus, serta tidak diukurnya kadar 25(OH)D pada saat subjek menderita IRA-B. Vitamin D bekerja melalui ikatan dengan reseptor vitamin D (RVD), selanjutnya akan mengaktivasi gen hCAP18 untuk melepaskan katelisidin. Katelisidin merupakan salah satu pertahanan tubuh alamiah yang dapat mengurangi risiko IRA-B (Bartley, 2010; Bruce dkk., 2010).

Adanya polimorfisme gen RVD Fok1 genotip ff akan mengganggu penggunaan vitamin D sehingga terjadi gangguan aktivasi gen hCAP18 yang selanjutnya mengakibatkan gangguan pelepasan katelisidin (Roth dkk., 2008). Roth dkk. (2008) mendapatkan bahwa gen RVD genotip ff (dibanding genotip FF) merupakan faktor risiko IRA-B (predominan bronkiolitis), tetapi Yildiz dkk. (2012) mendapatkan hasil yang tidak berbeda dalam hal polimorfisme gen RVD antara penderita tonsilofaringitis berulang dengan anak sehat.

Penelitian Gombart dkk. (2009) pada orang dewasa mendapatkan tingginya angka kematian akibat penyakit infeksi berhubungan dengan katelisidin kadar rendah di sirkulasi. Begitu juga dengan penelitian Jeng dkk. (2009) pada orang dewasa yang melaporkan rerata kadar katelisidin lebih rendah secara bermakna pada subjek yang sakit kritis dibanding orang sehat. Sebaliknya dengan penelitian Leow dkk. (2011) pada orang dewasa penderita pneumonia yang mendapatkan hasil bahwa kematian tidak bisa diprediksi berdasarkan kadar katelisidin.

Sampai saat ini belum ada penelitian yang sekaligus mencari hubungan antara kadar vitamin D, polimorfisme gen RVD, dan kadar katelisidin dengan kejadian IRA-B pada balita. Selain itu belum ada teridentifikasi gen RVD lain selain Fok1 pada gen RVD ekson 2.

  x  

Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui gambaran polimorfisme gen RVD ekson 2, serta membuktikan bahwa defisiensi vitamin D, polimorfisme RVD Fok1 genotip ff, dan rendahnya kadar katelisidin sebagai faktor risiko IRA-B pada balita.

Penelitian dengan rancangan kasus-kontrol berpasangan dilakukan di Bagian/SMF Ilmu Kesehatan Anak Fakultas Kedokteran Universitas Udayana/RSUP Sanglah Denpasar selama 6 bulan. Kasus adalah 35 balita penderita bronkiolitis atau pneumonia, sedangkan kontrol adalah 35 anak sehat yang dipasangkan dalam hal umur dan jenis kelamin dengan kasus, serta merupakan tetangga terdekat kasus. Subjek dieksklusi sebagai kasus bila ditemukan menderita PJB, defisiensi imun, malnutrisi, obesitas, palsi serebral, defisiensi vitamin A, ada riwayat minum obat yang mengandung vitamin D sejak gejala IRA mulai, dan orangtua/wali menolak berpartisipasi; sedangkan sebagai kontrol akan dieksklusi bila orangtua/wali menolak berpartisiasi. Defisiensi vitamin D ditegakkan bila kadar 25(OH)D ≤20 ng/mL, polimorfisme gen RVD Fok1 akan membandingkan genotip ff dengan FF, katelisidin kadar rendah ditegakkan bila kadar katelisidin <50 ng/mL. Data yang diperoleh dianalisis dengan uji Kai-kuadrat atau uji mutlak Fisher, dan regresi logistik dengan tingkat kemaknaan (p) < 0,05. Penelitian ini mendapatkan gambaran gen RVD Fok1 merupakan gambaran polimorfisme gen RVD ekson 2. Gen RVD Fok1 genotip ff didapat sebanyak 9 (12,9%), genotip Ff sebanyak 25 (35,7%), dan genotip FF sebanyak 36 (51,4%). Defisiensi vitamin D dan rendahnya kadar katelisidin merupakan faktor risiko IRA-B dengan RO=5,824 (IK95% 1,706 sampai 19,886), p=0,005 dan RO=4,073 (IK95% 1,097 sampai 15,124), p=0,036, berturut-turut; sedangkan gen RVD Fok1 genotip ff bukan faktor risiko IRA-B [RO=1,118 (IK95% 0,258 sampai 4,858), p=1,000]. Analisis subgroup mendapatkan bahwa risiko menderita bronkiolitis lebih besar daripada pneumonia pada subjek dengan defisiensi vitamin D maupun katelisidin kadar rendah.

Kebaharuan penelitian ini antara lain: [1] penelitian ini merupakan penelitian yang pertama sekaligus mencari hubungan antara defisiensi vitamin D, polimorfisme gen RVD Fok1, dan rendahnya kadar katelisidin dengan kejadian IRA-B pada balita, [2] penelitian ini mendapatkan defisiensi vitamin D dan rendahnya kadar katelisidin sebagai faktor risiko IRA-B dengan nilai cut off point yang berbeda dengan penelitian sebelumnya, dan [3] penelitian ini mendapatkan risiko yang lebih besar untuk menderita bronkiolitis dibanding pneumonia pada subjek yang mengalami defisiensi vitamin D maupun katelisidin kadar rendah.

Disimpulkan bahwa defisiensi vitamin D maupun rendahnya kadar katelisidin merupakan faktor risiko IRA-B, sedangkan polimorfisme gen RVD Fok1 genotip ff bukan faktor risiko IRA-B. Gambaran gen RVD Fok1 merupakan gambaran gen RVD ekson 2 dengan genotip ff sebanyak 12,9%, genotip Ff 35,7%, dan genotip FF 51,4%. Berdasarkan hasil/simpulan di atas, pencegahan terjadinya defisiensi vitamin D merupakan hal yang penting dilakukan pada balita.

  xi  

DAFTAR ISI

Halaman

SAMPUL DALAM ……………………………………………………....... i

LEMBAR PENGESAHAN ……………………………………………….. ii

PENETAPAN PANITIA PENGUJI……………………………………….. iii

PERNYATAAN BEBAS PLAGIARISME……………………………….. iv

UCAPAN TERIMA KASIH ……………………………………………… v

RINGKASAN …………………………………………………………….. ix

DAFTAR ISI ………………...…….……………..…………………….... xi

DAFTAR GAMBAR ………………....………..………………………… xvi

DAFTAR TABEL….. ……………….….…..…………………………….. xviii

DAFTAR SINGKATAN DAN LAMBANG .……..…..…………………. xx

DAFTAR LAMPIRAN……. ……..………………………………………. xxii

BAB I PENDAHULUAN….. …..……......…….…………………….……. 1

1.1 Latar Belakang…….....………..…...….………………………….. 1

1.2 Rumusan Masalah.....……………….....………………………….. 7

1.3 Tujuan Penelitian........………………......………………………… 8

1.3.1 Tujuan umum..................………......…………………….. 8

1.3.2 Tujuan khusus............…………….……………………… 8

1.4 Manfaat Penelitian......…………………….……………………… 8

1.4.1 Manfaat akademis............................................................... 8

1.4.2 Manfaat praktis................................................................... 9

BAB II KAJIAN PUSTAKA .............…………………………………….. 10

2.1 Infeksi Respiratorius Akut bagian Bawah….……………………... 10

2.1.1 Bronkiolitis............................................................................. 10

2.1.2 Pneumonia…………………………….…………………… 12

2.2 Peranan Faktor Inang, Penyebab, dan Lingkungan terhadap Kejadian

IRA-B…………………………………………..…......................... 14

  xii  

Halaman

2.2.1 Peranan faktor inang terhadap kejadian IRA-B…………..... 14

2.2.1.1 Vitamin D dalam tubuh.............................................. 14

2.2.1.1.1 Metabolisme vitamin D...................................... 15

2.2.1.1.2 Melanin dan sintesis vitamin D.......................... 22

2.2.1.1.3 Mekanisme kerja molekular vitamin D.............. 23

2.2.1.1.4 Insufisiensi/defisiensi vitamin D dan penyakit

infeksi…………………………………………. 24

2.2.1.1.5 Vitamin D dan sistem imun alamiah ................. 26

2.2.1.2 Gen reseptor vitamin D............................................... 29

2.2. 1.2.1 Karakteristik gen reseptor vitamin D................ 29

2.2.1.2.2 Nomenklatur reseptor vitamin D........................ 34

2.2.1.2.3 Nama lain gen reseptor vitamin D ……….…… 35

2.2.1.2.4 Fungsi normal gen reseptor vitamin D…..……. 35

2.2.1.2.5 Polimorfisme gen reseptor vitamin D..……….. 36

2.2.1.2.5.1 Polimorfisme Cdx2 ……………………... 40

2.2.1.2.5.2 Polimorfisme FokI ……………………… 41

2.2.1.2.5.3 Polimorfisme Bsm-Apa-Taq, dan 3’UTR . 44

2.2.1.2.6 Linkage disequilibrium dan haplotip ………… 50

2.2.1.2.7 Variasi etnis polimorfisme gen reseptor vitamin D.. 53

2.2.1.2.8 Kondisi-kondisi kesehatan yang berhubungan

dengan perubahan gen reseptor vitamin D ........ 55

2.2.1.3 Katelisidin................................................................... 56

2.2.1.3.1 Struktur molekular hCAP18 .............................. 57

2.2.1.3.2 Struktur genetik hCAP18 ................................... 58

2.2.1.3.3 Sintesis dan regulasi pelepasan hCAP18 ……... 59

2.2.1.3.4 Mekanisme kerja hCAP18…………………….. 61

2.2.1.3.5 Mekanisme kerja anti-infeksi hCAP18............... 62

2.2.1.3.5.1 Peranan hCAP18 pada infeksi virus...…... 63

2.2.1.3.5.2 Peranan hCAP18 pada infeksi bakteri ….. 64

2.2.1.3.5.3 Peranan hCAP18 pada infeksi mikobakterium..67

  xiii  

Halaman

2.2.1.3.5.4 Peranan hCAP18 pada infeksi jamur …… 67

2.2.1.4 Umur............................................................................ 68

2.2.1.5 Jenis kelamin............................................................... 68

2.2.1.6 Status nutrisi................................................................ 68

2.2.1.7 Palsi serebral................................................................ 69

2.2.1.8 Riwayat bayi berat lahir rendah................................... 69

2.2.1.9 Riwayat bayi kurang bulan.......................................... 70

2.2.1.10 Asma.......................................................................... 70

2.2.1.11 Penyakit jantung bawaan........................................... 70

2.2.1.12 Defisiensi imun.......................................................... 71

2.2.1.13 Defisiensi vitamin A.................................................. 72

2.2.1.14 Konsumsi vitamin D sejak gejala IRA mulai............ 72

2.2.1.15 Status imunisasi......................................................... 72

2.2.2 Peranan faktor penyebab terhadap kejadian penyakit

IRA-B……………………………………………...…………. 73

2.2.3 Peranan faktor lingkungan terhadap kejadian penyakit

IRA-B………………………………………………………… 74

2.2.3.1 Letak geografi............................................................... 74

2.2.3.2 Riwayat ASI non-eksklusif........................................... 75

2.2.3.3 Polusi di dalam rumah.................................................. 76

2.2.3.4 Hunian rumah padat...................................................... 76

2.2.3.5 Paparan asap rokok....................................................... 77

2.2.3.6 Dititip di tempat penitipan anak................................... 77

BAB III KERANGKA BERPIKIR, KERANGKA KONSEP, DAN

HIPOTESIS PENELITIAN ........................................................... 78

3.1 Kerangka Berpikir..........…………………………………………. 78

3.2 Kerangka Konsep.....……………………………………………… 79

3.3 Hipotesis Penelitian.....…………………………………………… 80

BAB IV METODE PENELITIAN.....…………………………………….. 81

4.1 Rancangan Penelitian………………...…………………………… 81

  xiv  

Halaman

4.2 Tempat dan Waktu Penelitian……….……………………………. 81

4.3 Populasi Penelitian….....………………………………………….. 82

4.4 Sampel dan Cara Pemilihan Sampel…..………………………….. 83

4.5 Estimasi Besar Sampel..................................................................... 83

4.6 Kriteria Inklusi dan Eksklusi ........................................................... 84

4.7 Persetujuan Setelah Penjelasan........................................................ 85

4.8 Identifikasi dan Klasifikasi Variabel …………………………….. 85

4.9 Hubungan Antarvariabel………………………………………….. 85

4.10 Definisi Operasional Variabel.......………………………………. 86

4.11 Prosedur Penelitian …...………………………………………… 92

4.11.1 Alokasi subjek………....………………………………… 92

4.11.2 Pengukuran……………...………………………………. 93

4.12 Alur Penelitian............................................................................... 113

4.13 Pengolahan dan Analisis Data…………....................................... 114

BAB V HASIL PENELITIAN………………………………………......... 115

5.1 Karakteristik Subjek………………………………………………. 115

5.2 Defisiensi Vitamin D dan Risiko IRA-B……………..…………… 116

5.3 Gambaran Polimrfisme Gen RVD Exon 2 dan Risiko IRA-B……. 118

5.4 Katelisidin Kadar Rendah dan Risiko IRA-B. ……………………. 121

5.5 Sebaran Kadar Katelisidin berdasarkan Kadar Vitamin D………... 122

5.6 Sebaran Subjek pada Kelompok Kasus dan Kontrol berdasarkan

Berbagai Kombinasi dari Kadar Vitamin D, Genotip Gen RVD

Fok1, dan Kadar Katelisidin…………………………………….. 123

5.7 Análisis Multivariat Beberapa Faktor Risiko IRA-B……………. 123

BAB VI PEMBAHASAN………………………………………………. 125

6.1 Defisiensi Vitamin D dan Risiko IRA-B………………………… 126

6.2 Gambaran Polimorfisme Gen RVD Exon 2 dan Risiko IRA-B…. 132

6.3 Katelisidin Kadar Rendah dan Risiko IRA-B……………………. 134

6.4 Kabaharuan Penelitian...…………………………………………. 139

6.5 Keterbatasan Penelitian…………………………………………… 140

  xv  

Halaman

BAB VII SIMPULAN DAN SARAN……………………………………. 141

7.1 Simpulan…………………………………………………………. 141

7.2 Saran……………………………………………………………… 142

DAFTAR PUSTAKA ……..……………………………………………… 143

LAMPIRAN-LAMPIRAN....……………………………………………… 161

  xvi  

DAFTAR GAMBAR

Halaman Gambar 2.1 Sintesis dan Metabolisme Vitamin D dalam Metabolisme

Tulang, Kalsium, dan Fosfor …………………………………. 18

Gambar 2.2 Metabolisme 25(OH)D menjadi 1,25(OH2)D untuk

Fungsi Non-skeletal................................................................... 21

Gambar 2.3 Mekanisme Kerja Molekular Vitamin D .................................. 23

Gambar 2.4 Mekanisme Vitamin D dalam Respon Imun Alamiah dan Didapat. 30

Gambar 2.5 Lokasi Gen RVD pada Lengan Panjang Kromosom 12 ……... 30

Gambar 2.6 Struktur Genomik RVD pada Kromoson 12q13.1……………. 31

Gambar 2.7 Gen RVD terdiri dari Promotor (1a-1f), Ekson 2-9, yang Menyandi

Enam Domain (A-F), dan Regulatory Region ………………. 32

Gambar 2.8 Struktur Intron-Ekstron Gen RVD dan Posisi Polimorfisme… 32

Gambar 2.9 Struktur dan Posisi Polimorfisme pada 3’UTR dari Gen RVD. 38

Gambar 2.10 Pentingnya Gene-Wide Haplotypes pada Gen RVD ………... 46

Gambar 2.11 Struktur Dasar Katelisidin LL-37/hCAP18 untuk Manusia dan

CRAM Tikus ........................................................................... 59

Gambar 2.12 Proses Sintesis hCAP18 …………………………………….. 61

Gambar 2.13 Fungsi Biologik yang Multipel dari Katelisidin yang Berfungsi

Sebagai Pertahanan Alamiah pada Permukaan Epitel Inang

Melawan Infeksi Bakteri ......................................................... 66

Gambar 3.1 Kerangka Konsep Penelitian...................................................... 79

Gambar 4.1 Rancangan Penelitian…………...…………………………….. 82

Gambar 4.2 Bagan Hubungan Antarvariabel………………………….…… 86

Gambar 4.3 Sebuah Contoh Fragmen-Fragmen yang Potensial yang Dapat

Diproduksi pada Tabung “G”…………………..…………….. 99

Gambar 4.4 Sebuah Gel Poliakrilmid dari Reaksi-Reaksi pada Tabung “G” 100

Gambar 4.5 Sebuah Autoradiogram dari Dideoxy Sequencing Gel……….. 101

Gambar 4.6 Sekuensing Otomatis Oligonukleotid Primer .……………….. 102

  xvii  

Halaman

Gambar 4.7 Hasil dari Gel Elektroforesis untuk The Dye Labeled DNA pada

Sekuensing Otomatis ………………………………………… 102

Gambar 4.8 Hasil Sekuensing Otomatis dalam Bentuk Kromatogram …… 103

Gambar 4.9 Urutan Protokol Elisa ………………………………………… 110

Gambar 4.10 Alur Penelitian ……………………………………………… 113

Gambar 5.1 Hasil Elektroforesis Fragmen DNA dengan Amplikon

(Produk PCR) berukuran 250 bp ……………………………. 118

Gambar 5.2 Hasil BLAST yang Mendapatkan Genotip ff………………… 119

Gambar 5.3 Kromatogram yang Menampakkan Hasil Heterozigot Ff……. 119

Gambar 5.4 Hasil BLAST yang Mendapatkan Mutasi 30920 T>C

yang Menandakan Genotip FF ……………………………… 120

  xviii  

DAFTAR TABEL

Halaman Tabel 2.1 Hasil Beberapa Penelitian yang Mencari Hubungan antara

Vitamin D dengan IRA-B …… ….…………………………...… 27

Tabel 2.2 BbAtTt Nomenklatur RVD ……………………………………... 34

Tabel 2.3 Kondisi PCR-RFLP dari SNP RVD ……………………………. 35

Tabel 2.4 Efek Fungsional Polimorfisme RVD Berdasarkan Beberapa

Penelitian in vivo ……………………………………………..… 48

Tabel 2.5 Efek Fungsional dari Polimorfisme RVD: Penelitian-Penelitian in vivo

Berupa Respon Terhadap Pengobatan ………………………….. 49

Tabel 2.6 Sebaran Polimorfisme RVD pada Tiga Etnis …………………... 54

Tabel 2.7 Beberapa Agent Patogen yang Sensitif terhadap Kerja hCAP18 65

Tabel 2.8 Virus Penyebab Pneumonia berdasarkan Umur.....…………...… 73

Tabel 2.9 Bakteri Penyebab Pneumonia berdasarkan Umur…....……….… 74

Tabel 4.1 Pengenceran Serial Larutan Standar dengan Wash Dilution Buffer.. 106

Tabel 5.1 Karakteristik Subjek ………………………………………….… 116

Tabel 5.2 Risiko IRA-B berdasarkan Kadar Vitamin D ………………….. 117 Tabel 5.3 Risiko Bronkiolitis berdasarkan Kadar Vitamin D…………..… 117

Tabel 5.4 Risiko Pneumonia berdasarkan Kadar Vitamin D …………….. 117 Tabel 5.5 Risiko IRA-B berdasarkan Genotip Gen RVD Fok1……………. 120 Tabel 5.6 Risiko IRA-B berdasarkan Kadar Katelisidin ……………..…... 121 Tabel 5.7 Risiko Bronkiolitis berdasarkan Kadar Katelisidin…...……….. 121 Tabel 5.8 Risiko Pneumonia berdasarkan Kadar Katelisidin……………… 122 Tabel 5.9 Sebaran Kadar Katelisidin berdasarkan Kadar Vitamin D……... 122

  xix  

Halaman

Tabel 5.10 Sebaran Subjek pada Kelompok Kasus dan Kontrol berdasarkan Berbagai Kombinasi dari Kadar Vitamin D, Genotip Gen RVD

Fok, dan Kadar Katelisidin …………………………………..… 124

Tabel 5.11 Analisis Multivariat Regresi Logistik Beberapa Faktor Risiko IRA-B ……………………...……………………………….… 124

  xx  

DAFTAR SINGKATAN DAN LAMBANG

AMP : antimicrobial peptide

ASI : air susu ibu

BBLR : bayi berat lahir rendah

BCB : bayi cukup bulan

BKB : bayi kurang bulan

CAMP : cathelicidin antimicrobial peptide

CD : cluster of differentition

DEFB2 : defensin betha-2

DEM : dosis eritema minimal

DSA : defek septum atrium

DSV : defek septum ventrikel

ELISA : enzim linked immunosorbent assay

FGF : fibroblast growth factor

hCAP : human cathelicidin antimicrobial protein

HIV : human immunodeficiency virus

hMPV : human metapneumovirus

IK : interval kepercayaan

IRA : infeksi respiratori akut

IRA-A : infeksi respiratori akut bagian atas

IRA-B : infeksi respiratori akut bagian bawah

KPAM : katelisidin peptida antimikrobial

MK : masa kehamilan

MP-ASI : makanan pendamping air susu ibu

NCH : napas cuping hidung

PAM : peptida antimikrobial

PCR : polymerase chain reaction

PDA : paten duktus arteriosus

PJB : penyakit jantung bawaan

RANKL : receptor activator of nuclear factor-kB ligand

RO : rasio odds

  xxi  

RSV : respiratory syncytial virus

RVD : reseptor vitamin D

RXR : retinoid X receptor

SNP : single nucleotide polymorphism

TB : tuberkulosis

TF : tetralogi Fallot

TLR : toll-like receptor

TPA : tempat penitipan anak

UNICEF : united nation international and emergency fund

UV : ultraviolet

UV-A : ultraviolet A

UV-B : ultraviolet B

VDR : vitamin D receptor

VDREs : vitamin D response elements

WHO : world health organization

25(OH)D : 25-hidroksivitamin D

1,25(OH)2D : 1,25-dihidroksivitamin D

  xxii  

DAFTAR LAMPIRAN

Halaman

Lampiran 1 Penjelasan Penelitian untuk Kasus...................................……. 161

Lampiran 2 Penjelasan Penelitian untuk Kontrol......................................… 163

Lampiran 3 PSP untuk Kasus….............………………………………….. 165

Lampiran 4 PSP untuk Kontrol………….....................……………………. 167

Lampiran 5 Kuesioner Penelitian………………………………………….. 169

Lampiran 6 Hasil Sekuensing dan Analisis Statistik………………………. 174