Mengenai banyaknya masalah batas wilayah yang terjadi di Indonesia bila dihubungkan dengan Indonesia sebagai negara berdaulat, yang artinya Indonesia sebagai suatu negara memiliki kekuasaan tertinggi baik ke dalam (kedaulatan ke dalam) yaitu negara Indonesia memiliki kekuasaan tertinggi untuk mengatur rakyat dan wilayahnya sendiri, maupun ke luar (kedaulatan ke luar), yaitu kekuasaan tertinggi yang harus dihormati oleh negara-nagara lain. Permasalahan batas wilayah ini merupakan sesuatu yang sangat sensitif karena berkaitan langsung dengan hubungan internasional suatu Negara dengan Negara lainnya.

Kembali pada syarat Negara yang berdaulat yaitu ‘adanya pengakuan dari Negara lain’, maka sebagai Negara Indonesia, sudah sepantasnya bahwa Negara lain mengakui batas Negara Indonesia, jika mereka mengakui Indonesia tapi mereka malah mengakui daerah yang seharusnya merupakan wilayah Indonesia berarti mereka melanggar aturan dasar dari Negara yang berdaulat itu sendiri, dan dengan begitu seharusnya ada tindakan yang tegas dari Indonesia.

Upaya untuk menyelesaikan konflik batas wilayah di timor leste adalah dengan menggunakan 2 metode yaitu, metode diplomatik, metode legal, dan metode melalui organisasi Internasional

Metode diplomatik terdiri dari

a) Negosiasi

Pada dasarnya negosiasi hanya berpusat pada diskusi yang dilakukan oleh pihak-pihak yang terkait.

b) Mediasi

Mediasi bentuk lain dari negosiasi, namun mediasi melibatkan pihak ketiga yang bertindak sebagai pelaku mediasi (mediator).

c) Inquiry

Metode ini digunakan untuk mencapai penyelesaian sebuah sengketa dengan cara mendirikan sebuah komisi atau badan yang bersifat internasional untuk mencari dan mendengarkan semua bukti-bukti yang relevan dengan permasalahan

d) Konsiliasi

Metode penyelesaian pertikaian yang bersifat intenasional dalam suatu komisi yang dibentuk oleh pihak-pihak baik sifatnya permanent atau sementara berkaitan dengan proses penyelesaian pertikaian.

Metode legal terdiri dari

a) Arbitrase

Metode ini digunakan dalam hokum nasional dan hukum internasional. Secara tradisional arbitrasi digunakan bagi persoalan-persoalan hukum, biasa persengketaan mengenai perbatasan dan wilayah.

b) The International Court of Justice (ICJ)Mahkamah Pengadilan Internasional  merupakan pengadilan yang memiliki yurisdiksi atas berbagai  macam persoalan internasional.   ICJ mendapatkan kewenangan untuk memutuskan atas sebuah kasus melalaui persetujuan dai semua pihak yang bersengketa.  

Metode Penyelesaian Sengketa Melalui Organisasi Internasional terdiri dari

a) Organisasi Regional

Salah satu fungsi utama organisasi regional adalah menyediakan wadah yang terstruktur bagi pemerintah-pemerintah untuk melakukan hubungan-hubungan diplomatic. Contoh organisasi regional : NATO, Masyarakat Ekonomi Eropa, ASEAN, Liga Arab, dll

b) PBBSebagaimana amanat yang dinyatakan dalam pasal 1 Piagam PBB, salah satu tujuannya adalah  mempertahankan perdamaian dan keamanan internasional. Tujuan tersebut sangat terkait erat dengan upaya penyelesaian sengketa secara damai.