Efek negatif dari kontaminasi mycoplasma salah satunya yaitu

menghambat metabolisme dan pertumbuhan serta gangguan sintesis asam nukleat

dan antigenitas sel. Terdapat dua pendekatan utama untuk mendeteksi

mycoplasma yaitu pewarnaan Hoechst 33258 dan probe DNA-Mycoplasma

tertentu. Teknik lain yaitu dengan menggunakan PCR berbasis layanan pengujian

mycoplasma.

Sebenarnya ada banyak metode untuk mendeteksi mycoplasma antaranya

adalah pertumbuhan langsung di kaldu/agar, pewarnaan DNA, PCR, ELISA,

pelabelan RNA dan prosedur enzimatik. Namun, tidak satupun dari metode ini

sepenuhnya dapat diandalkan. Metode pertumbuhan langsung relatif sensitif

terhadap sebagian besar spesies, prosedur keseluruhan panjang, mahal dan kurang

sensitif terhadap spesies noncultivable.

PCR telah terbukti menjadi metode yang spesifik dan cepat serta sangat

sensitif untuk mendeteksi kontaminasi mycoplasma dalam kultur sel. Primer yang

dirancang yaitu primer spesifik telah dirancang dari DNA yang dikodekan ke

RNA ribosom (16SrRNA). Urutan gen untuk RNA yang digunakan yaitu yang

tidak mengalami mutasi signifikan sehingga primer dapat dirancang untuk daerah-

daerah tersebut, yang spesifik untuk mycoplasma dan tidak akan mendeteksi

urutan DNA bakteri atau hewan.

Beberapa literatur menjelaskan bahwa metode PCR untuk mendeteksi

mycoplasma dapat dilakukan seperti menggunakan sejumlah primer untuk

mendapatkan deteksi spesies mycoplasma tertentu, dan nested PCR (dua siklus

PCR berturut-turut menggunakan primer yang berbeda) untuk memperkuat

sensitivitas dan spesifisitas. Teknik pengujian PCR didasarkan pada amplifikasi

fragmen DNA menggunakan primer dipersiapkan sebelumnya dan identifikasi

fragmen biasanya dilakukan dengan elektroforesis.

Penggunaan semakin luas sehingga muncul metode-metode yang lebih

canggih dan sensitif untuk mendeteksi kontaminasi mycoplasma dalam kultur sel.

Hal ini menimbulkan masalah bagaimana untuk menghilangkan kontaminasi

mycoplasma dimana solusi idealnya adalah untuk membuang sel-sel yang

terkontaminasi. Namun, jika sel-sel yang disimpan dalam nitrogen cair juga

terkontaminasi, solusi diperlukan untuk menghilangkan mycoplasma dan

mempersiapkan bank sel baru.

Sejumlah metode yang efektif untuk penghapusan kontaminasi

mycoplasma dalam kultur sel telah dipopulerkan, seperti pecegahan dengan serum

hyperimmune spesifik (antibodi). Paparan analog asam nukleat yang mencegah

reproduksi mycoplasma, maupun paparan sel terkontaminasi dengan makrofag

mencit. Metode yang dipilih dalam hal kesederhanaan adalah pencegahan dengan

antibiotik, yang tidak merusak atau mengubah sel. Antibiotik seperti penisilin

yang menyerang dinding sel bakteri tidak efektif dalam hal ini karena

mycoplasma tidak memiliki dinding sel. Beberapa antibiotik menghilangkan

mycoplasma efektif antara lain seperti Tylosin, Neomycin, Tetracycline dan

Gentamycin.

Namun, efektivitas antibiotik ini dibatasi untuk spesies mycoplasma

tertentu dan sering hanya mengurangi konsentrasi mycoplasma daripada

mensterilkan kultur sel. Oleh karena itu, segera setelah treatment selesai,

kontaminasi akan terulang kembali. Pencegahan dengan antibiotik tidak boleh

digunakan berulang kali dalam kultur sel karena akan menimbulkan potensi

resistensi.

Pewarnaan trypan blue digunakan untuk menentukan viabilitas sel yang

terdapat dalam suspensi sel. Hal ini didasarkan pada prinsip sel-sel hidup

memiliki membran sel utuh yang mengecualikan pewarna seperti tripan atau eosin

sedangkan sel mati tidak. Di dalam tes, suspensi biasanya dicampurkan dengan

pewarna kemudian secara visual diperiksa untuk mementukan apakah sel mati

menyerap warna. Dalam sel hidup tidak menyerap warna karena memiliki

sitoplasma.