kelompok 5 kimia b (sekuensing dna)
TRANSCRIPT
JURUSAN KIMIAFAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS HALU OLEOKENDARI
2016
Kelompok 5 :
IRWAN (F1C1 13072) LA ODE AGUS SALIM (F1C1 13068)AMINA SARI MUIS (F1C1 13006)WIWI DAYANTI (F1C1 13074)
“BIOTEKNOLOGI MOLEKULER”
SEKUENSING DNA
SEJARAH SEKUENSING
SUB MATERI
PENDAHULUANPRINSIP
SEKUENSING
METODE SEKUENSING
DNA (DEOXYRIBO NUCLEIC ACID
PENDAHULUAN
Suatu Asam Nukleat yang menyimpan segala informasi biologis dari setiap makhluk hidup yang menentukan jenis rambut, warna kulit dan sifat-sifat khusus dari manusia
DNA dapat mereplikasi membentuk salinannya sendiri dan setiap untainya berisi atas
unit berulang yang disebut nukleotida
Metode Penentukan urutan basa nukleotida, adenin, guanin, citosin, timin pada sepotong DNA.Sekuensing
Urutan Basa Nukleotida
Urutan Asam Amino
Struktur Protein Dan Fungsinya
Perubahan Sequence
DNA
Perubahan Protein
Protein Non Fungsional
SEJARAH SEKUENSING DNA
Robert Holley (1965) Cornell University di New York, Amerika
Serikat
Mempublikasikan sekuens tRNA alanin dari khamir yang terdiri atas 77 nukleotida selama 7 tahun dan hasilnya merupakan sekuens DNA yang pertama kali dipubilkasikan adalah DNA sepanjang 12 nukleotida dari bakteriofag lambda (1971)
Federick Sanger dan Alan Coulson (1975)
Medical Research Council Inggris
Mempublikasikan metode sekuensing DNA secara langsung disebut teknik plus-minus. Dan berhasil melakukan sekuensing DNA
sebagian besar Genom bakteriofog sepanjang 5.375 nukleotida dan dipublis
pada tahun 1977
Februari 1977, Allan Maxam dan Waltert Gilbert dari Harvard University
mempublikasikan sekuensing DNA mereka
PRINSIP DASAR SEKUENSING DNA
DNA sequencing menggunakan metode PCR (Polymerase Chain Reaction) sebagai pijakannya.
DNA yang akan ditentukan urutan basa ACGT-nya dijadikan sebagai cetakan (template)
kemudian diamplifikasi menggunakan enzim dan bahan-bahan yang mirip dengan reaksi PCR,
namun ada penambahan beberapa pereaksi tertentu seperti buffer, dNTPs dan ddNTP. Proses ini
dinamakan cycle sequencing
KOMPENEN-KOMPONEN SEQUENSING
Bahan-bahan sekuensing DNA Fungsi
DNA Template/ DNA Strand Sebagai Cetakan DNA
DNA Primer Beberapa pasang basa pada DNA
DNA Polimerase I Enzim yang merepikasi DNA, berfungsi memperpanjang
dNTP Bahan pembentuk sintesis DNA
ddNTPs (ddATP, ddTTP, ddCTP, ddGTP)
Menghentikan reaksi pemanjangan untai DNA atau sintesis DNA
Maxam Gilbert Method (REAKSI KIMIA)
Sanger Method (REAKSI ENZIMATIK)
Next Generation Sequensing
Maxam Gilbert Method (Reaksi Kimia)
♦ Metode pengakhiran rantai (chain termination) dan degradasi kimia.
♦ Didasarkan pada pembelahan nukleotida oleh bahan kimia yang spesifik.
♦ tidak mmerlukan DNA untai ganda sehingga tidak memerlukan primer untuk mensintesi untai baru kembali.
♦ Pemotongan DNA terjadi secara kimia sehingga reagen kimia tertentu harus ditambahkan kedalam sistem reaksi.
• piperidin • Hidrazin
• Dimetil sulfat • Asam format
SENYAWA KIMIA METODE MAXAM- GILBERT
Tahapan Metode Maxam Gilbert
► Sekuen molekul DNA untai ganda yang akan digunakan dipotong bagian posisi ikatan antara fosfat dan guladeoksiribosa menggunakan piperidin
► Fragmen DNA diberilabel pada salah satu ujungnya atau pada nukleotida 3’ menggunakan fosfat radioaktif
► Basa dimodifikasi dengan spesifik menggunakan bahan kimia tertentu. a.Dimetilsulfat (DMS) akan memetilasi basa Gb. Asam format menyerang A dan G c.Hidrazin akan menghidrolisis C dan Td.Hidrazin, piperidin dan garam bekerja pada C
► Kemudian akan diperoleh empat fragmen yang berbeda masing-masing ujungnya adalah G, A atau G, C atau T dan C.
► Dilihat laju migrasi masing-masing fragmen dalam bentuk pita. Dengan cara membandingkan lajur pertama dan kedua, serta lajur ketiga dengan keempat.
► Diurutkan berdasarkan lajur migrasinya dari yang terkecil ke yang besar.
Reaksi Purin dengan dimetil sulfat Reaksi Pirimidin dengan dimetil sulfat
KELEBIHAN DAN KEKURANGAN
KELEBIHAN KEKURANGAN
Memiliki Tekhnik yang Rumit
Menggunakan Bahan Kimia yang berbahaya seperti hydrazine yang bersifat
neurotoxin
Kesulitan dalam Scale-up
Dapat digunakan baik untuk DNA ganda maupun tunggal
Menghasilkan fragmen yang bermacam-macam
Metode Sanger
Metode yang pertama kali dikembangkan oleh Frederick Sanger pada tahun 1975, yaitu dengan melakukan reaksi cycle sequencing pada empat tabung terpisah yang masing-masing berisi semua pereaksi yang dibutuhkan.
Metode Sanger menggunakan dideoxynucleotide triphosphates (ddNTPs) yang
memiliki sebuah H pada karbon-3 dari gula ribosa. Yang normal memiliki OH pada
deoxynucleotide triphosphates (dNTPs).
Dideoxynucleotides merupakan penghenti rantai. Dalam reaksi sintesis jika
dideoxynucleotide ditambahkan dan bukan normal deoxynucleotide, sintesis akan
berhenti karena 3’OH yang diperlukan untuk penambahan nukleotida berikutnya
tidak ada.
Metode Sanger
1. DNA utas sebagai template DNA
2. Primer yang sesuai (sepotong kecil DNA yang berpasangan dengan
template DNA dan berfungsi sebagai starting point untuk replikasi
3. DNA polymerase (enzim yang mengkopi DNA, menambahkan nukleotida
baru ke ujung 3 dari template
4. Sejumlah kecil dideoxynucleotide yang dilabel (radioaktif atau dengan
pewarna fluorescent)6.Template DNA direplikasi melibatkan nukeotida normal tetapi secara random dideoxy nukleotida diambil (dipasangkan).
7. Penambahan dideoxynukeotida menyebabkan reaksi berhenti. Khusus
untuk ddNTP, yang ditambahkan hanya 1 jenis untuk setiap tabung. Setiap
tabung diberi tanda, A jika yang ditambahkan adalah ddATP, G jika ddGTP, C
jika ddCTP dan T jika ddTTP.
8. Karena tiap panjang yang berbeda bergerak dengan kecepatan yang
berbeda selama elektroforesis, maka urutannya dapat ditentukan
1
2
3
4
• kelebihAN DAN KEKURANGAN
• VIDEO
Ekstraksi DNAUntuksekuensing DNA
Sekuensing menggunakan Dye
Terminator Sekuensing Dengan
bahan Kimia
Faktor Penentu keberhasilan sekuensing
DNA
FAKTOR PENENTU KEBERHASILAN
SEKUENSING DNA
Sekuensing menggunakan Dye primers
Nex Generation
Teknik pemetaan DNA yang berdasarkan deteksi terhadap pirofosfat (PPi) yang dilepaskan selama sintesis DNA.Teknik ini memanfaatkan reaksi enzimatik yang dikatalisis oleh ATP sulfurilase dan luciferase untuk pirofosfat inorganik yang dilepaskan selama penambahan nukleotida.
Pyrosequencing
Metode sekuensing ini ditemukan oleh perusahaan Illumina. Sekuensing Illumina menggunakan primer yang akan berkomplemen dengan adaptor yang telah disediakan oleh perusahaan pada sebuah plat.Proses sekuensing ini menggunakan teknik bridge PCR, yaitu terbentuknya jembatan pada saat elongasi. Nukleotida penghenti akan diberikan dan pendaranan fluoresens akan direkam oleh kamer
Ilumina
Aplikasi Sekuensing DNA
untuk menentukan identitas maupun fungsi gen atau fragmen DNA lainnya dengan cara membandingkan sekuens-nya dengan sekuens DNA lain yang sudah diketahui.
riset dasar biologi
Kedokteran
bioteknologi
forensik
Sekuensing DNA dapat digunakan untuk mengidentifikasi, mendiagnosis, dan mengembangkan pengobatan penyakit genetik
ilmu pengobatan
Sebagai Contoh :
ALAT-ALAT SEKUENSING DNA
APPLIED BIOSYSTEMS PRISM 3100 (CAPILLARY, 16 CAPILLARIES) APPLIED BIOSYSTEMS PRISM 3700
(CAPILLARY, 96 CAPILLARIES)
Metode untuk sekuensing protein umumnya melibatkan pemutusan ikatan yang diikuti dengan identifikasi asam amino.
SEKUENSING PROTEIN
Sekuensing protein atau sekuensing peptida adalah penentuan urutan asam amino pada suatu protein atau peptida (oligopeptida maupun polipeptida
Senyawa organik kompleks berbobot molekul tinggi dari monomer-monomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain oleh ikatan peptida
PROTEIN
Metode Klasik Metode Modern
Edman Degradation
Mass Spectrometry
Metode Sekuencing Protein
Setelah setiap pemotongan, residu asam amino yang telah dipotong tersebut dapat diidentifikasi menggunakan kromatografi
METODE KLASIK
DEGRADASI EDMAN
metode degradasi Edman, residu pada ujung-N (ujung amino) protein dipotong satu per satu dengan reaksi kimia
Metode Degradasi Edman
Reaksi Edman untuk memotong dan menderivatisasi asam amino yang terpenggal. Derivat asam amino diidentifikasi menggunakan kromatografi atau elektroforesis dengan standar 20 asam amino derivat.
METODE MODERN
MASS SPECTROSCOPY
Metode ini memanfaatkan spektrometri massa yang mampu mengukur massa peptida dengan tepat
Protein yang hendak di-sekuensing dipotong-potong secara enzimatik maupun kimia menjadi peptida-peptida yang kemudian dianalisis menggunakan spektrometri massa.
Dalam proses spektrometri massa, peptida-peptida tersebut dipecah secara ionisasi, misalnya dengan bantuan laser
MS PROCEDURES FOR SEQUENCE IDS
PROTEIN SEQUENCING: OVERLAPPING SEQUENCES
PROTEIN SEQUENCE FROM DNA SEQUENCE
APLIKASI SEKUENSING DNA DAN PROTEIN
Sekuensing DNA dapat dimanfaatkan untuk :
-Mengidentifikasi tersangka potensial yang mungkin cocok dengan DNA bukti di TKP-Mencocokkan donor organ dengan penerima dalam program transplantasi-Menentukan silsilah untuk benih atau bibit ternak.
Sekian dan Terima Kasih