analisis molekuler sebagian gen hbsag virus hepatitis b yang · a. dna hbv dalam sampel pasien hiv...

perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id

commit to user

ANALISIS MOLEKULER SEBAGIAN GEN HBsAg VIRUS HEPATITIS B

YANG MENGINFEKSI PASIEN HIV DI RUMAH SAKIT UMUM

DAERAH Dr. MOEWARDI DI SURAKARTA

TESIS

Disusun untuk Memenuhi Sebagian Persyaratan Mencapai Derajat Magister

Program Studi Biosain

oleh

Maria Magdalena Riyaniarti Estri Wuryandari

S901 308 004

PROGRAM PASCASARJANA BIOSAIN

UNIVERSITAS SEBELAS MARET

SURAKARTA

2014


commit to user

ii


commit to user

iii


commit to user

PERNYATAAN ORISINALITAS DAN PUBLIKASI ISI TESIS

Saya menyatakan dengan sebenar-benarnya bahwa:

1. Analisis Molekuler Sebagian Gen HBsAg Virus Hepatitis B

yang menginfeksi Pasien HIV Rumah Sakit Umum Daerah Dr. Moewardi di

Surakarta ini adalah karya penelitian saya sendiri dan tidak terdapat karya ilmiah

yang pernah diajukan orang lain untuk memperoleh gelar akademik serta tidak

terdapat karya atau pendapat yang pernah ditulis atau diterbitkan orang lain, kecuali

yang tertulis dengan acuan yang disebutkan sumbernya, baik dalam naskah karangan

dan daftar pustaka. Apabila ternyata di dalam naskah tesis ini dapat dibuktikan

terdapat unsur plagiasi, maka saya bersedia menerima sanksi, baik tesis beserta gelar

magister saya dibatalkan serta diproses sesuai peraturan perundang-undangan yang

berlaku ( UU No 20 Tahun 2003, pasal 25 ayat 2, dan pasal 70).

2. Tesis ini merupakan hak milik Prodi Biosain Program Pascasarjana UNS. Publikasi

sebagian atau keseluruhan isi tesis pada jurnal atau forum ilmiah lain harus seijin

Ketua Prodi Biosain Program Pascasarjana UNS. Publikasi sebagian atau

keseluruhan isi tesis di jurnal atau forum ilmiah harus menyertakan tim pembimbing

sebagai author dan Prodi Biosain Program Pascasarjana UNS sebagai institusinya.

Apabila saya melakukan pelanggaran dari ketentuan publikasi ini, maka saya

bersedia mendapatkan sanksi akademik yang berlaku.

Surakarta, 14 Desember 2014

Mahasiswa,

Maria Magdalena Riyaniarti Estri Wuryandari

S901308004


commit to user

iv

MOTTO

.


commit to user

v

PERSEMBAHAN

Karya ini kupersembahkan kepada:

Ibunda tercinta Christina Katarina Sutinah, M.Pd.,

Serta suami, dan anak-anakku tercinta Yesi, Rexy, dan Dio,

Terimakasih atas doa dan dukungan yang telah diberikan.

Kakakku Sutarno, S.Si., Apt., M.M.,

Walau sangat jauh di sana, Mas adalah motivasi terbesarku,

Terima kasih atas segala dukungan, semangat, dan doanya selama ini.


commit to user

vi

KATA PENGANTAR

Puji dan syukur Penulis panjatkan ke hadirat Tuhan Yang Maha Kuasa atas

berkat limpahan nikmat, rahmat, serta kuasa-Nya, Penulis dapat menyelesaikan tesis

yang berjudul Analisis Molekuler Sebagian Gen HBsAg Virus Hepatitis B yang

Menginfeksi Pasien HIV di Rumah Sakit Umum Daerah Dr. Moewardi di

Surakarta . Dalam melakukan penelitian maupun penyusunan tesis ini, Penulis

mendapatkan banyak masukan, bantuan, dan bimbingan dari berbagai pihak yang

bermanfaat baik secara langsung maupun tidak langsung. Oleh karena itu, Penulis

mengucapkan terima kasih kepada:

1. Prof. Dr. Ravik Karsidi, M. S. selaku Rektor Universitas Sebelas Maret.

2. Prof. Dr. Ir. Ahmad Yunus, M.S. selaku Direktur Program Pascasarjana

Universitas Sebelas Maret.

3. Prof. Dr. Sugiyarto, M.Si. selaku Ketua Program Studi Biosain Program

Pascasarjana Universitas Sebelas Maret yang telah memberikan arahan dalam

proses pembelajaran di Program Studi Biosain.

4. Dr. Ari Susilowati, M. Si. selaku Sekretaris Program Studi Biosain Program

Pascasarjana Universitas Sebelas Maret.

5. Prof. Drs. Sutarno, M.Sc., Ph.D. selaku pembimbing tesis yang telah memberikan

saran dan arahan.

6. Afiono Agung Prasetyo dr., Ph.D. selaku pembimbing tesis yang telah

memberikan saran, kritikan, arahan, dan motivasinya.

7. Laboran, staf administrasi, dan asisten Laboratorium Biomedik Fakultas

Kedokteran Universitas Sebelas Maret.

8. Staf administrasi Program Studi Biosain Program Pascasarjana Universitas

Sebelas Maret atas bantuan dan kerja samanya.

9. Orang tua, suami, dan anak-anak atas doa, dukungan, dan semangat yang selalu

dicurahkan.

10. Teman Program Studi Biosain Program Pascasarjana Universitas Sebelas Maret

angkatan 2013 atas semangat dan dukungannya.

11. Semua pihak yang tidak dapat Penulis sebutkan satu persatu atas segala

bantuannya dalam penelitian dan penyusunan tesis ini.


commit to user

vii

Penulis menyadari bahwa tesis ini masih jauh dari sempurna, oleh karena itu

Penulis mengharapkan kritik dan saran untuk perbaikan dan pembelajaran

selanjutnya. Akhir kata, Penulis mengharapkan agar tesis ini dapat memberikan

manfaat bagi semua pihak.

Surakarta, Desember 2014

Penulis


commit to user

viii

Maria Magdalena Riyaniarti Estri W. 2014. Analisis Molekuler Sebagian Gen HBsAg Virus Hepatitis B yang Menginfeksi pasien HIV di Rumah Sakit Umum Daerah Dr. Moewardi di Surakarta. TESIS. Pembimbing I: Prof. Drs. Sutarno, M.Sc., Ph.D., II: Afiono Agung Prasetyo dr., Ph.D. Program Studi Biosain, Program Pascasarjana, Universitas Sebelas Maret, Surakarta.

ABSTRAK Pendahuluan: Koinfeksi HBV sering ditemukan pada penderita HIV dan meningkatkan mortalitas dan morbiditas pasien, namun belum ada data terkait status koinfeksi HBV pada komunitas pasien HIV di Rumah Sakit Umum Dr. Moewardi. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui status koinfeksi HBV pada pasien HIV di Rumah Sakit Umum Daerah Dr. Moewardi di Surakarta. Metodologi: Lima puluh satu sampel plasma yang diperoleh dari 51 pasien HIV di VCT (Voluntary Counseling and Testing) Rumah Sakit Umum Daerah Dr. Moewardi di Surakarta diperiksa secara molekuler untuk HBV dengan PCR nested. Sebagian gen HBsAg diamplifikasi. Produk PCR disekuensing dan dianalisis secara molekuler. Hasil: DNA HBV terdeteksi dalam 3.9% (2/51) sampel. Semua isolat HBV diidentifikasi sebagai genotipe B3 dan subtipe adw2. Kesimpulan: Penelitian ini menunjukkan pentingnya pemeriksaan rutin HBV pada pasien HIV. Kata kunci: HIV, HBV, HBsAg, Surakarta.


commit to user

ix

Maria Magdalena Riyaniarti Estri W. 2014. Molecular analysis of part of HBsAg gene of HBV (hepatitis B virus) infecting HIV patients in Dr. Moewardi General Hospital in Surakarta. First supervisor: Prof. Drs. Sutarno, M.Sc., Ph.D. Second supervisor: Afiono Agung Prasetyo dr., Ph.D. Thesis. Biosain Postgraduate Program. Sebelas Maret University, Surakarta.

ABSTRACT

Introduction: Co-infection with HBV (hepatitis B virus) is common among the HIV infected individuals and increases the mortality and morbidity rate of the patients; however, there are no data of the HBV co-infection status in the Dr. Moewardi General Hospital HIV patient community. The aim of the present study was to investigate HBV co-infection status in HIV patients in Dr. Moewardi General Hospital in Surakarta. Methodology: Fifty-one plasma samples obtained from 51 HIV patients in VCT (voluntary counseling and testing) in Moewardi General Hospital in Surakarta were subjected for molecular detection of HBV by nested PCR. A portion of the HBsAg gene was amplified. The amplicons were sequenced and molecular analyzed. Results: HBV DNA was detected in 3.9% (2/51) samples. All HBV isolates were identified as genotype B3 subtype adw2. Conclusion: This study highlights the need to perform routine detection of HBV infection in HIV patients. Keywords: HIV, HBV, HBsAg, Surakarta.


commit to user

x

DAFTAR ISI

HALAMAN JUDUL

HALAMAN PENGESAHAN

HALAMAN PERSETUJUAN

PERNYATAAN ORISINALITAS DAN PUBLIKASI ISI TESIS

MOTTO

PERSEMBAHAN

KATA PENGANTAR

ABSTRAK

ABSTRACT

DAFTAR ISI

DAFTAR GAMBAR

DAFTAR TABEL

DAFTAR LAMPIRAN

BAB I. PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

B. Rumusan Masalah

C. Tujuan Penelitian

D. Manfaat Penelitian

BAB II. TINJAUAN PUSTAKA

A. Kajian Teori

1. Virus Hepatitis B (HBV)

2. Hepatitis B Surface Antigen (HBsAg)

3. Koinfeksi HBV pada pasien HIV/ AIDS

B. Kerangka Pemikiran

BAB III METODE PENELITIAN

A. Waktu dan Tempat Penelitian

B. Alat dan Bahan

1. Alat

2. Bahan

i

ii

iii

iv

v

vi

vii

ix

x

xi

xiii

xiv

xv

1

1

2

2

3

4

4

4

6

6

8

9

9

9

9

9


commit to user

xi

C. Cara Kerja

1. Preparasi sampel

2. Ekstraksi DNA

3. Amplifikasi sebagian gen HBsAg

4. Elektroforesis

5. Sekuensing produk positif PCR nested

D. Analisis Data

E. Alur Penelitian

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN

A. DNA HBV dalam Sampel Pasien HIV

B. Sekuensing dan Analisis Molekuler Isolat HBV

BAB V SIMPULAN DAN SARAN

A. Simpulan

B. Saran

DAFTAR PUSTAKA

10

10

10

11

12

13

13

14

15

15

16

22

22

22

23


commit to user

xii

DAFTAR GAMBAR

Gambar 1 (A).

Gambar 1 (B).

Gambar 2.

Gambar 3.

Gambar 4.

Gambar 5.

Gambar 6.

Virion HBV (Liang, 2009).

Genom HBV (Yang et al., 2014).

Kerangka pemikiran.

Alur penelitian.

Visualisasi hasil elektroforesis produk PCR nested

sebagian regio HBsAg.

Pohon filogenetik berdasarkan sekuens nukleotida

sebagian gen HBsAg isolat uji yang dibandingkan

dengan isolat rujukan dari masing-masing genotipe

HBV A hingga H.

Penyejajaran asam amino posisi 122-177 Regio S

an

subtipe HBV.

5

5

8

14

15

19

20


commit to user

xiii

DAFTAR TABEL

Tabel 1.

Tabel 2.

Tabel 3.

Tabel 4.

Komposisi reaksi PCR.

Kondisi PCR untuk siklus I dan II.

Homologi sekuen nukleotida isolat uji dengan seluruh

isolat di database GenBank berdasarkan analisis

BLASTN.

Daftar isolat rujukan HBV genotipe A-H yang

digunakan dalam analisis regio S (Liu et al., 2012).

11

12

17

18


commit to user

xiv

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1.

Lampiran 2.

Lampiran 3.

Lampiran 4.

Lampiran 5.

Lampiran 6.

Penyejajaran sebagian sekuen HBsAg D6-15 dengan

09IDSKAB-9.

Penyejajaran sebagian sekuen HBsAg HBV D6-37

dengan CJ43.

GenBank isolat CJ43.

GenBank isolat 09IDSKAB-9.

Hasil BLAST dari isolat HBV 09IDSKAB-9 (Diakses 5

Oktober 2014).

Hasil BLAST dari isolat HBV CJ43 (Diakses 5 Oktober

2014).

28

29

30

32

34

35

analisis molekuler sebagian gen hbsag virus hepatitis b yang · a. dna hbv dalam sampel pasien hiv...

Documents