I.

PENDAHULUAN

1.1 Latar belakang

Sifat dari respon inang, sebagian diidentifikasi PAMP yang tepat oleh sel-sel dari sistem kekebalan tubuh bawaan. Komlipakasi klinis terjadi karena identefikasi PAMP yang tidak efektif atau respon yang tidak layak, seperti sirkulasi bakteri atau septic shock. Lipopolisakarida (LPS), komponen dinding sel bakteri, respon inang prokoagulan dan septic schok merupakan pemicu utama dari dampak klinis yang berakibat infeksi dari bakteri gram negative.

Kerentanan bakteri gram negatif pada populasi manusia telah dikaitkan dengan variasi alelik di TLR4 dengan konsekuensi untuk penyakit menular, inflamasi dan kardiovaskular. Dengan percobaan Microarray dapat membandingkan PAMP dari organisme yang berbeda pada manusia monosit darah perifer dan menunjukkan

respon yang sangat stereotip, bahkan antara ligan TLR yang berbeda. Sebaliknya, studi respon LPS dengan cara high-density microarray pada tikus, menyebabkan perubahan garis monosit RAW264, yang dikontrol dengan sistem kultur sel dimana terjadi divergensiantara TLR agonis yang berbeda, bahkan sistem kultur sel ini menunjukkan heterogenitas respon ke PAMP tunggal. Strain tikus inbrida telah menjadi pusat pemahaman kita tentang fungsi sistem

kekebalan tubuh bawaan. Strain individu memiliki perbedaan kerentanan untuk onset penyakit dan patologi di sejumlah macam model penyakit eksperimental. lima strain tikus bawaan, dengan spektrum kerentanan LPS sebagai alat genetik untuk menentukan sifat dan keragaman respon imun bawaan untuk stimulus patogen

tunggal. Strain yang dipilih (C57Bl/6J, DBA2, BALB / c, C3H/ARClpsn dan C3H/HeJlpsd) berbeda setidaknya pada dua lokus genetik yang diketahui pengaruh respon imun bawaan. Misalnya, polimorfisme dalam Slc11A1 pada lokus (juga dikenal sebagai ity atau Lsh) BCG,kontrol kerentanan terhadap patogen intraseluler. C57Bl/6J dan BALB / c membawa alel rentan (Bcgs), substitusi G169D di TM4 untuk prediksi protein Slc11A1 , sedangkan DBA2 dan C3H substrains membawa alel resisten (Bcgr). Varian Slc11A1 memberi efek pleiotropic pada ekspresi gen sitokin LPS-inducible. makrofag dari setiap regangan memiliki tampilan profil ekspresi gen istimewa pada saat aktivasi LPS, hal ini menunjukkan bahwa lokus selain TLR4 sangat mempengaruhi respon LPS, mengidentifikasi satu set gen inti yang merespon LPS dengan cara TLR4-tergantung, terlepas dari latar belakang genetik. Hal ini menjelaskan penggandaan program transkripsi mendasari respon inflamasi untuk LPS. Metode Strain tikus Tikus-tikus BALB / c, C3H/ARC, C57Bl/6J dan DBA2 bersumber dari Pusat Sumber Daya Hewan, Western Australia dan bertempat di fasilitas SPF, Fakultas Biologi dan Kimia, University of QLD, Australia. C3H/HeJlpsd tikus yang bersumber dari Walter dan Eliza Hall Institute, Victoria. Genotipe TLR4 setiap strain dikonfirmasi oleh sekuensing genom. Semua prosedur dilakukan berdasarkan pedoman NH & MRC untuk penelitian hewan; lisensi etika hewan nomor IMB132/00. Derivasi dan budaya BMM Perubahan fenotipik secara kasar terkait dengan diferensiasi makrofag dimonitor dan saat hari ke-5 BMMs dari semua strain telah menjadi semi-adherent pada bactoplastic, dengan ukuran seragam dan menunjukkan karakteristik sitoplasma dan morfologi inti. Pada hari ke-6 makrofag adalah unggulan pada 1 106 sel / ml dan dirangsang pada hari berikutnya dengan

10 ng / ml LPS Salmonella minnesota (Sigma-Aldrich, St Louis, MO). 3 x 10 cm yang tersedia dipanen untuk setiap titik waktu - distimulasi (waktu 0), 30 menit, 2, 7 dan 21 jam. Dosis optimal LPS 10 ng / ml ditentukan oleh pengujian produksi iNOS dan TNF- dalam keberadaan dan ketiadaan IFN-, di mana 10 ng / ml memberikan aktivasi maksimal di semua jenis, namun tidak ada tanggapan pada tikus C3H/HeJLpsd. Pelabelan, hibridisasi, scanning dan analisis susunan micro Secara singkat, cDNA langsung dilabeli dengan aminoallyl-terkonjugasi Cy3 (program waktu) atau Cy5 (embrio), dan dihibridisasi semalaman untuk RIKEN 19.000 full-length cDNA microarray. Slide dicuci dan discan pada ScanArray confocal scanner laser 5000. Hybridisations dilakukan dalam rangkap dua untuk meniru setiap titik data, ditampilkan sebagai rata-rata di gambar. Setiap elemen itu terlihat ke susunan, tapi kelebihan di set RIKEN 19 K menyediakan beberapa peristiwa hibridisasi untuk banyak gen yang diwakili pada susunan. Sebagian besar unsur-unsur (80%) dinyatakan oleh BMM tidak mengubah apapun sepanjang waktu, dan banyak dari (>60%) tidak berubah di tingkat ekspresi antara strain tikus. Hibridisasi susunan mikro secara inheren berisikan pada kekuatan sinyal di luar rentang deteksi linier. Elemen dinyatakan di bawah 700 unit dan di atas 65.000 unit karena itu dikeluarkan dari analisis selanjutnya. Data ditandai untuk tempat kosong, tinggi sinyal / noise rasio, rasio tempat CV menyimpang dan titik morfologi abnormal, dan nilai replika kepercayaan (p) kurang dari 0,1 (atau lebih besar dari 90% yakin).

Penanganan data dan penjelasan cluster Rasio sinyal eksperimental / sinyal kontrol untuk titik masing-masing dihitung di mana rasionya adalah dikurangi dengan sisa fit Lowess dari intensitas versus kurva rasio. Dataset dibatasi titik-titik yang lewat pada saluran kontrol atas setiap hibridisasi, di setiap seri temporal dan pada 5 strain tikus yang terpisah. Sebuah cutoff 2 kali lipat digunakan untuk

mengidentifikasi elemen dari median populasi normal 1. Sebuah normalisasi tambahan dilakukan untuk mengidentifikasi elemen-elemen yang diatur secara temporal, di mana pada setiap titik waktu pasca-lps intensitas dari setiap elemen dibagi dengan intensitas rata-rata pada waktu 0. Satu set gen diidentifikasi terinduksi jika mereka menemukan lebih dari 2 SD dari median sampel-normalisasi populasi 1 dan daftar disusun untuk setiap strain tikus. Sebuah subset kecil (415) gen diidentifikasi di semua 4 strain responden, tetapi bukan C3H/HeJlpsd. Set ini adalah berkelompok menggunakan alat pengelompokan tanpa pengawasan hirarki dalam GeneSpring, di mana kesamaan diukur dengan korelasi Pearson, rasio pemisahan adalah 0,5 dan jarak minimum 0,001. 441 gen yang diidentifikasi oleh Genespring4.2 secara statistik berbeda antara C57Bl/6J dan BALB / c (Tabel 3 3), menggunakan uji parametrik, variasi tidak diasumsikan sama (Welch t-test), nilai p 0,05 cutoff, di mana beberapa pengujian koreksi yang digunakan adalah Benjamini dan Pilihan tingkat penemuan kesalahan Hochberg. Pembatasan ini menguji 5.039 gen; 153 gen memiliki data cukup untuk perbandingan, dan 5,0% dari gen yang diidentifikasi dapat diharapkan untuk lulus pembatasan..

Genom analisis transkrip LPS-inducible Urutan panjang total cDNA dipetakan ke genom tikus menggunakan fungsi BLAST dari server FANTOM2. Pengidentifikasi susunan pertama kali dikaitkan dengan transkrip perwakilan mereka menggunakan BLAST lokal tag urutan dari susunan RIKEN 19 K dan transkrip perwakilan dan protein mengatur versi RTPS 6.2. Klon yang paling mungkin telah ditiadakan dari set RTPS karena urutan artefak yang terkait dengan klon - urutan yang tersedia minim, atau tidak ada kemiripan dengan urutan di EST dan database genomik, dan dijelaskan sebagai "transkrip yang tidak bisa diklasifikasikan. Urutan penjelasan FANTOM termasuk pemetaan setiap RTPS dengan SIM4 dan bLEST, yang merupakan program

keselarasan cDNA-genom terintegrasi dalam urutan pemetaan genomik indeks gen TIGR. Output yang digunakan dalam analisis ini diperoleh sebagai nomor kromosom, dan posisi dasar pasangan yang dinomori dari proksimal ke distal. Frekuensi Transkrip diplot terhadap nomor kromosom dalam excel untuk menentukan distribusi transkrip seluruh genom (gambar

8).

Sejumlah studi pemetaan tikus konvensional telah mengidentifikasi

lokus genetik yang terkait dengan kerentanan terhadap patogen, tetapi ini telah didasarkan pada sitogenetika atau peta genetik daripada peta fisik. Lokasi transkrip masing-masing pada kromosom yang sesuai telah ditampilkan sebagai fungsi dari kedua posisi fisik (basepairs pada sumbu y) dan posisi sitogenetika (band kromosom) pada sumbu x (gambar 6).

Hasil dan diskusi Untuk menentukan efek latar belakang genetik pada respon makrofag untuk LPS, kami mendapatkan populasi utama dari makrofag sumsum tulang (BMM) dari setiap strain mouse untuk LPS selama 21 jam. Untuk keperluan analisis microarray cDNA, sistem ini memiliki keuntungan tambahan: populasi murni sel mengalami perubahan yang relatif sinkron, dan mereproduksi ekspresi gen. Kami sebelumnya telah menunjukkan bahwa makrofag yang

berasal dari sumsum tulang dari tiga klaster strain ini berfungsi sebagai subtipe jaringan tunggal ketika dibandingkan dengan jaringan embrio 49 tikus lainnya. Dalam sistem ini, tikus C3H/HeJlpsd tidak mengekspresikan transkrip inflamasi dalam menanggapi persiapan LPS kita, dan cluster pada cabang terpisah dari pohon keturunan makrofag diaktifkan untuk LPSresponsif strain [17]. BMM dirangsang dengan adanya faktor pertumbuhan makrofag, CSF-1, yang telah terbukti memperkuat induksi kunci pro-inflamasi sitokin oleh LPS [18]. Konsentrasi LPS (10ng/ml)merupakan hasil penjenuhan, dan waktu yang dipilih (30 menit, 2, 7, 21 jam) membedakan kelas gen temporal yang diinduksi dalam kaskade aktivasi gen berurutan. Kami mengamati elemen array 19.000 timbul dari RIKEN gen tikus [19], dengan menggunakan embrio RNA 17.5dpc C57Bl/6J sebagai acuan untuk setiap titik waktu.

Stimulasi LPS pada perubahan taranksripsi di makrofag umum Analisis dibatasi pada unsur-unsur yang terdeteksi di setiap hibridisasi pada saluran referensi. Ini merupakan hasil yang diberikan filter bervariasi dalam ekspresi antara titik waktu atau strain tikus yang bukan disebabkan karena tempat artefak. Meskipun ini dieliminasi, beberapa gen yang diekspresikan dalam makrofag tidak terdeteksi dalam embrio referensi RNA, hal sangat meningkatkan reproduktifitas data. 3612 elemen array yang melewati filter untuk direprodusi,menghasilkan sinyal deteksi 2 kali lipat diatas rata rata dan mendapatkan keakuratan sinyal referensi di semua hibridisasi.

Pada gambar 1, setiap hubungan elemen ditandai dengan stimulasi titik waktu C57Bl/6J untuk menggambarkan perubahan yang cepat dalam ekspresi gen pada saat aktivasi LPS. Seiring dari perubahan waktu C57Bl6J, 918 (25%) dari gen diekspresikan pada tingkat rata-rata (kuning) atau di bawah median (biru) pada waktu nol ketika diinduksi oleh LPS, dan 696 (19%) dari gen diekspresikan pada median tingkat (kuning) atau di atas (merah) pada beberapa titik waktu.Proses ini menggunakan cut-off 2 kali lipat dari median.

Identifikasi program transkirpsi pada inti Tlr-4 dengan jalur mandiri 415 unsur telah diidentifikasi (Tabel 1 1) sebagai induksi temporal dalam keempat strain LPS responsif, tetapi tidak diatur oleh LPS pada tikus C3H/HeJLpsd. Set Pengelompokan hirarkis

set inflamasi inti

(Gambar 2) menggambarkan

konservasi temporal pada sebagian besar induksi gen antara strain tikus responden, tetapi tidak semua kelompok gen. Karena redundansi dalam RIKEN set ini 415 elemen terkompres menjadi 383 transkrip yang unik, dan ada sekitar 40% (146 transkrip) yang belum diketahui. 237 gen yang terhubung sebagai bagian dari proses seluler berikut

(Gambar 3): sitoskeleton (43 gen), pertumbuhan dan diferensiasi (35 gen); fagositosis (33 gen); jalur sinyal sel (32 gen); transkripsi (26 gen) ; sitokin atau kemokin (19 gen); stres oksidatif (14 gen); apoptosis / anti-apoptosis (13 gen); antigen presentasi (12 gen) dan metabolisme lipid (9 gen). Semua menggambarkan proses induksi yang dikenal untuk menemani aktivasi makrofag, tapi ini adalah perakitan pertama dan paling komprehensif dari setiap proses dalam aktivasi makrofag oleh LPS. Proporsi terbesar (32%) dari gen induksi diketahui pada saat aktivasi LPS adalah komponen sitoskeletal atau komponen dari phagosome, yang berkorelasi dengan perubahan morfologi ,proses ini terjadi dalam BMM pada saat aktivasi dengan LPS

Dampak LPS pada program proliferasi dan diferensiasi transkripsional

CSF-1 sendiri telah terbukti untuk meningkatkan aktivasi dari beberapa gen oleh LPS [18]. Dalam studi in vitro bertujuan untuk menilai aktivasi makrofag karena harus dilakukan dengan adanya dari CSF-1. Pada set transkrip dari LPS 30 memiliki dengan 22 gen dalam peran mengatur

pertumbuhan, siklus sel dan diferensiasi identifikasi sebagai bagian dari jalur TLR4. Pertumbuhan haematopoietic dan faktor diferensiasi sel granula protein (gdf3), onkogen myeloid PIM1, glia faktor pematangan (gmfg) dan interferon-inducible induk Ly6e sel penanda juga aktif diinduksi oleh LPS sebagai bagian dari inti TLR4-dimediasi transkripsi program menunjukkan peran baru untuk faktor pertumbuhan fibroblas dasar dalam pertumbuhan dimediasi makrofag LPS serta kelangsungan hidup sel. Induksi elemen ini menunjukkan bahwa mereka diinduksi oleh peristiwa sekunder dalam kaskade inflamasi. Data-data ini konsisten dengan mengaktifkan LPS yang bertahan hidup dalam makrofag, bahkan di hadapan dari CSF-1.

Modulasi temporal dari infalamasi kaskade Cluster ini memberikan informasi yang paling akurat dengan umpan balik ke dalam kaskade inflamasi. Studi sebelumnya telah menunjukkan bahwa,ketika LPS menginduksi kaskade, kompleks transkripsi yang ada mengarah ke keadaan stabil disesuaikan dengan transkripsi yang ada pada paparan LPS kontinyu [29]. Setelah 21 jam Cluster elemen menunjukkan amplifikasi dari kaskade inflamasi melalui paparan LPS terus-menerus. Pemetaan diinduksi transkrip untuk =cluster genom Stimulasi LPS dari makrofag pada semua strain menghasilkan induksi yang sama ketika dilakukan 30 menit paparan. Hal ini membuat fenomena gen yang terjadi pada awal induksi akan terlihat secara jelas,tetapi hal ini biasanya terjadi karena perubahan secara transisi pada sturktur kromatin, transport RNA, atau stabilitas induksi pesan.

LPS akan melaporkan dengan cepat perubahan struktur kromatin pada lokus MHC[34], dan kromatin akan dirubah setelah menginduksi transkripsi gen sesuai tempatnya. Kami berhasil memetakan 379 dari 415 transkrip LPS yang digandakan secara responsif terhadap genom tikus. Berdasarkan hal ini timbul kesimpulan bahwa perubahan model kromatin akan mengakibatkan percepatan pada system yang terinduksi, LPS yang responsive menjadi bukti akan amplifikasi spesifik dalam infalamasi kaskade.

Sensitasi spesifik Strain dari respon LPS Bahkan dalam set yang sangat lestari C57BL6 / J dan DBA2 BMM yang digambarkan terutama dengan subset dari 18 gen yang diinduksi begitu cepat sehingga mereka diduga menjadi target langsung dari riam sinyal LPS, terlihat dalam Gambar. 2 dan 5. Induksi yang tertunda pada makrofag C3H/ARC dan BALB / c ini menyarankan bahwa transkrip diinduksi sebagai respon sekunder dalam strain, menyiratkan kurangnya faktor sinyal awal yang mana bisa diinduksi oleh LPS itu sendiri. Mengingat eksposur LPS terus-menerus dalam sistem kami, kemungkinan bahwa ekspresi dari kelompok gen adalah saling bergantung pada kedua faktor autokrin yang tidak diketahui dan LPS ini, dan menyiratkan bahwa C57Bl6J dan DBA2 BMM peka terhadap LPS oleh produksi endogen dari faktor ini. Perbedaan spesifik strain pada tipe 1 antarferon endogen produksi, atau target hilir tipe 1 interferons bisa mendasari dua pola induksi gen. Penelitian susunan mikro manusia telah menunjukkan konsistensi yang luar biasa atas respon antara individu-individu untuk berbagai PAMPs, termasuk LPS. Variasi besar yang telah kita amati antara strain tikus muncul tercecer dalam heterogenitas dari populasi manusia yang

tidak dibesarkan. Satu studi menemukan "donor respon varian" antara individu-individu yang sehat dalam satu set transkrip responsif antar feron. Bukti untuk lokus genetik baru yang mendasari respon spesifik strain LPS Profil sitokin dari limfosit T yang telah dirangsang, berbeda antara strain-strain tikus. Variasi tersebut menyebabkan penemuan sel T pembantu fenotipe yang terkait dengan imunitas yang diperantarai sel (Th1) atau imunitas humoral (Th2) . C57Bl/6J dan BALB / c Th1 Th2 pola dasar dan strain masing-masing . Kita membandingkan strain-strain ini untuk mencari perbedaan transkripsi dalam populasi makrofag yang menyediakan sifat dari setiap polarisasi Th1/Th2 berikutnya. Analisis yang lebih kecil dan lebih focus, memperbolehkan 5039 elemen untuk melewati pembatasan antara BALB / c dan C57Bl6J .. Kami tidak melihat bukti perbedaan endogen dalam sitokin Th1/Th2-regulating dikenal IL-12 atau 18, meskipun IL-18

diinduksi sebelumnya di C57Bl6J kemudian di BALB / c (Gambar 5)

. Dalam

definisi mereka M1-M2 fenotipe makrofag, Mills, dkk. Mengidentifikasi regulasi arginase sebagai faktor pembeda kunci dalam kecenderungan respon T-sel Th1 atau Th2. Ini adalah metabolisme alternatif arginin menjadi oksida nitrat atau ornithine yang memprediksi pengembangan M1 atau M2. Dengan demikian, tikus BALB / c dan DBA / 2 tergolong ke kelas M2 sementara C57Bl6J adalah strain M1. Arginase I dan II juga C57BL / 6 yang dibedakan dari BALB / c dalam penelitian kami. mRNA arginase diinduksi 10-50 kali lipat berkurang dalam BALB / c makrofag daripada di C57Bl/6J BMM atau salah satu dari strain LPS responsif lainnya (Gambar 5). Model yang diajukan oleh Mills dkk dihasilkan pada tingkat enzim, dimana data ekspresi gen kita bertentangan dengan hipotesis M1/M2.

Pengamatan kami bahwa C57Bl/6J dan DBA / 2 memiliki profil ekspresi yang sama, bahkan dalam keadaan tidak aktif mungkin mencerminkan kenyataan sebenarnya bahwa kedua strain genetik berhubungan . Data ini tidak mendukung klasifikasi DBA sebagai suatu strain M2, atau memang cenderung untuk strain berbasis M1 atau M2, setidaknya pada suatu tingkat transkripsi.

Beberapa efektor jalur 1 aktivasi Rac ditemukan secara signifikan untuk diatur dalam C57Bl6J dibandingkan BALB / c, termasuk Rac 1, enzim pengaktif farnesyltransferase, dan penghubung Profilin. Rac1 memiliki peran dalam membangkitkan spesies oksigen reaktif (ROS) dalam sel fagosit dan nonfagosit , dan seperti yang telah ditunjukkan untuk mengaktifkan STAT3 dalam menanggapi ROS . Demikian pula, sejumlah gen yang diperlukan untuk induksi ROS, termasuk sitokrom b-245 dan faktor ke 4 neutrofil sitosol juga secara turunan ditunjukkan antara C57Bl/6J dan BALB / c makrofag. Data ini menunjukkan bahwa makrofag C57BL6 / J lebih mudah diaktifkan untuk menghasilkan radikal bebas oksigen sitosil. Menariknya, status redoks BMM telah ditunjukkan oleh yang lain untuk menjadi penting dalam mendukung polarisasi sel yang memberikan antigen . Slc11A1 diperkirakan mempengaruhi potensi redoks melalui homeostasis besi di fagosome , tetapi BALB / c dan C57Bl6J berbagi alel Slc11A1 yang rentan di lokus BCG. 61 (12,5%) dari 436 gen secara berbeda dinyatakan antara BALB / c dan C57Bl/6J dipetakan pada kromosom 11 tikus (Gambar 9, tabel 4 ). 45% dipetakan ke sebuah ikatan sitogenetika tunggal, 11b. Daerah kromosom 11 tikus diidentifikasi sebagai pemberian fenotipe tahan salmonella dalam studi antara ketahanan C57Bl/6J dan strain tikus liar yang rentan MOLF / Ei [54], meskipun pemetaan itu beresolusi rendah. Data kami lebih memurnikan lokus 11b

untuk dua daerah dimana kluster gen dinyatakan secara berbeda dalam 10 Mb antara satu

sama lain (Gambar 10). 12 kandidat kluster di 70 Mb, dan ini termasuk 7 protein baru dan satu RNA putatif yang belum dikode. 11 dari 12 transkrip dalam cluster ini memiliki ekspresi signifikan lebih rendah pada strain C57Bl/6J yang tahan Salmonella daripada di BALB / c. Profilin1 (Pfn1) adalah satu-satunya pemetaan transkrip ke cluster ini yang secara signifikan lebih tinggi pada C57Bl6J yang tidak distimulasi daripada BALB / c BMM, dan diinduksi oleh LPS C57Bl6J tetapi bukan BALB / c. Pfn1 adalah protein cytoskeletal yang penting untuk kelangsungan hidup sel dan pembelahan dan bertindak dengan suatu cara yang tergantung dosis . Tiga gen yang dikenal lainnya Slc25a11, suatu mitokondria pengangkut, sedangkan molekul adhesi sel vitronektin dan Supt6h, suatu protein struktural kromatin untuk mengatur transkripsi . Vitronektin adalah satu-satunya protein di set ini dengan suatu ilmu biologi yang dikenal dalam adhesi makrofag dan aktivasi, mengikat inhibitor pengaktif plasminogen 1 (PAI-1) dan activator plasminogen urokinase (u-PA) [57,58], dan merekrut pemberi sinyal ERK1 melalui alpha ( v) 3 beta integrin . iNOS juga ada di dalam, tetapi tidak ada pada susunan RIKEN 19 K, dan tidak dapat diatur dalam ketiadaan IFN- priming dari BMM.

9 gen terkumpul bersama sekitar 100 Mb. Daerah ini mencakup kompleks keratin 1 - sebuah wilayah 9 keratin asam, 4 diantaranya diidentifikasi berbeda secara signifikan antara BALB / c dan C57BL6 / J dalam analisis ini; keratin 1, 13, 17 dan 19. Keratin-keratin yang tersisa di kompleks ini ada pada susunan. Yang diidentifikasi dalam cluster ini adalah reseptor kalsitonin memodifikasi protein 2 (Ramp2); granulin, sebuah macropain (Psmc5), dan antigen limfosit CMRF35. Data ini menunjukkan bahwa daerah genetik dominan

mengendalikan perubahan LPS terinduksi dalam kebohongan statusnya redoks diluar lokus BCG, dan memfokuskan pada calon baru untuk kerentanan LPS / Salmonella dalam suatu wilayah kromosom 11 yang berlimpah dalam mediator kekebalan bawaan.

I.

KESIMPULAN

Kami memberikan bukti transkripsi untuk variasi dalam respons individu terhadap tantangan patogen, memberikankan variabel secara tak terbatas dan perubahan wujud patogen. Data kami memberikan gambaran tentang jaringan genetik diaktifkan oleh induksi LPS dalam makrofag primer dari latar belakang genetik yang berbeda. Data menunjukkan banyak kemungkinan konsekuensi transkripsional atas aktivasi makrofag oleh LPS dengan cara regangan bergantung. Kesimpulan yang diambil semata-mata fungsional dari data gen dapat bertentangan dengan kadar protein - memang meningkat dalam gen dapat menjadi konsekuensi langsung atas penurunan di tingkat protein yang sesuai. Kami menguraikan suatu TLR4/MyD88/NfkB menunjukkan riam yang diperkuat pada tingkat transkripsi selama waktu 24 jam. Transkrip yang telah diatur secara terkoordniansi ini berfungsi dalam konteks kekebalan tubuh bawaan, dan memberikan kandidat untuk analisis fungsional lebih lanjut tentang latar belakang individu tikus. Perbedaan yang telah kami tunjukkan antara strain bawaan tikus berbeda secara kontras dengan respon stereotip yang diamati pada monosit dari individu manusia yang sehat ke rangkaian bahan patogen termasuk LPS . Namun variasi dalam TLR4 dan Slc11A1 terjadi pada manusia dan mendasari kerentanan terhadap penyakit menular dan arteriosclerosis . MutasiP712H TLR4 telah terbukti bertindak sebagai gram negatif yang dominan pada beberapa latar belakang tikus (C3H/b11r30m) , dan tingkat hypo responsiveness LPS di tikus TLR4 null dapat dimodulasi oleh mutasi dalam RAN / GTPase pada latar belakang C3H, atau dalam IL-12R dengan latar belakang C57Bl10Cr [64]. Lokus

TLR4 jelas penting dalam menentukan sensitivitas LPS, namun banyak lokus genetik tambahan mengontrol tingkat dan sifat respon transkripsi yang dipromosikan oleh LPS.