I. Bidang Keanekaragaman Hayati

SB/P/KR/01

IDENTIFIKASI GENOTIP HIBRIDA HASIL PERSILANGAN ANGGREK LOKAL

Vanda tricolor Lindl. var suavis ASAL MERAPI DAN Vanda limbata Blume. DENGAN

PCR-RFLP PADA DAERAH INTERGENIK trnL-F DNA KLOROPLAS

Aries Bagus Sasongko 1, Ari Indrianto

1,2 , Endang Semiarti

1,2 *

1. Sekolah Pasca Sarjana, Pusat Studi Bioteknologi, UGM. Jl. Teknika Utara, Yogyakarta 55281,

Indonesia. Correspondence author : e-mail: bagusbiologi@yahoo.co.id

2. Fakultas Biologi, UGM, Jl. Teknika Selatan, Sekip Utara, Yogyakarta 55281, Indonesia

*Correspondence author , email : esemiart@yahoo.com

PENDAHULUAN

Anggrek merupakan tanaman hias

berbunga bernilai ekonomi dengan ragam

bentuk, warna dan aroma. Dari 20.000

spesies anggrek di dunia, Indonesia

memiliki sekitar 5000 spesies anggrek alam

(Irawati, 2002; Tsai, et al., 2008).

Kemampuan anggrek untuk dikawin-

silangkan dengan spesies yang sama, antar

spesies dalam genus yang sama, antar genus,

antar subtribe, antar tribe, bahkan antar

subfamili, menjadikannya berpotensi untuk

ditingkatkan keragaman genetiknya dan

kualitasnya. Perakitan sifat-sifat unggul

berbagai anggrek lokal Indonesia diharapkan

akan dihasilkan hibrida anggrek unggul,

unik dan khas. Keberhasilan persilangan

anggrek ditentukan oleh beberapa faktor,

antara lain memiliki hubungan evolusi atau

kekerabatan yang dekat (Topik dan Pancoro,

2008).

Hibrida atau kultivar baru yang

dihasilkan dari persilangan anggrek lokal

perlu diidentifikasi. Dikarenakan siklus

hidup anggrek yang panjang menyebabkan

identifikasi fenotip pada tahap awal kurang

efektif sehingga perlu dilakukan identifikasi

secara genotip. PCR-RFLP pada DNA

kloroplas adalah salah satu metode

identifikasi genotip untuk menjelaskan

hubungan persilangan antara dua spesies

(Handa, 1998).

Penelitian ini difokuskan pada

perakitan kultivar anggrek lokal Indonesia

yaitu Vanda tricolor Lindl.var.suavis asal

Merapi dan Vanda limbata Blume serta

identifikasi genotipenya berdasarkan PCR-

RFLP pada daerah intergena trnL-F. DNA

kloroplas (CpDNA) .

Seminar Nasional Biologi 2010

Fakultas Biologi UGM, Yogyakarta 24-25 September 2010754

METODE PENELITIAN

Bahan Tanaman

Tanaman anggrek V. tricolor Lindl.

var.suavis asal Merapi dan V. limbata

Blume yang digunakan dalam penelitian ini

adalah koleksi Laboratorium Kultur Jaringan

Tumbuhan, Fakultas Biologi UGM.

Tanaman dipelihara pada kondisi optimal

pertumbuhan di dalam rumah kaca

Laboratorium Kultur Jaringan Tumbuhan

Fakultas Biologi UGM.

Persilangan Anggrek dan Keberhasilan

Persilangan

Bunga anggrek V. tricolor dan V.

limbata masing-masing berjumlah 3-5

kuntum pada saat mekar sempurna berumur

dua hari dilakukan persilangan sendiri

maupun bastar. Keberhasilan persilangan

diukur dengan membandingkan jumlah

bunga yang berhasil membentuk buah

dengan total bunga yang disilangkan.

Identifikasi Genotip dengan PCR-RFLP

Daerah Intergenik trnL-F CpDNA

DNA genom tanaman tetua dan

protokorm anggrek berumur 1 bulan

diamplifikasi pada daerah intergena trnL-F

CpDNA menggunakan primer C= 5’-

CGAAATCGGTAGACGCTACG dan

primer

F=5’ATTTGAACTGGTGACACGAG.

Amplifikasi dilakukan dengan program:

initial denaturation 3 menit pada 940C,

denaturasi 940C sela 1 menit, annealing

pada suhu 580C selama 1 menit, elongasi

pada suhu 720C selama 10 menit, hold 4

0C

dan 35 siklus (dengan modifikasi, Semiarti

et al.,2008). PCR produk dipotong

menggunakan EcoR1. PCR produk dan

pemotongannya dengan EcoR1 dielektro-

foresis menggunakan agarose 2%.

HASIL DAN PEMBAHASAN

Hasil penelitian ini menunjukkan

bahwa frekuensi keberhasilan persilangan V.

tricolor dan V. limbata pada semua

persilangan adalah sebesar 100% dengan

sebaran tipe V. tricolor 100.%, tipe V.

limbata 100% dan tipe hibrida keduanya

adalah 100%. Waktu masak buah pada

semua persilangan adalah 170-180 hari.

Analisis PCR-RFLP dengan primer spesifik

daerah intergenik spacer trnL-F

menunjukkan adanya polimorfisme.

Fragmen DNA hasil amplifikasi daerah

trnL-F intergenik spacer V. tricolor dan

V.tricolor x V.limbata panjangnya ±1206 bp

dan V. Limbata dan V.limbata x V.tricolor

panjangnya ±1141 bp. Pemotongan hasil

amplifikasi pada daerah trnL-F dengan

EcoR1 pada V.tricolor dan V.limbata

menghasilkan 3 fragmen dengan polimorfik.

Seminar Nasional Biologi 2010

Fakultas Biologi UGM, Yogyakarta 24-25 September 2010 755

Seminar Nasional Biologi 2010

Fakultas Biologi UGM, Yogyakarta 24-25 September 2010756

KESIMPULAN

Frekuensi keberhasilan persilangan

V.tricolor Lindl.var.suavis asal Merapi dan

V.limbata Blume sangat tinggi yaitu sebesar

100%. Waktu masak buah adalah 170-180

hari. Anggrek hibrida hasil persilangan

V.tricolor dan V.limbata memiliki pola

daerah trnL-F dan RFLP seperti induk

betinanya.

UCAPAN TERIMA KASIH

Penelitian ini didanai dengan dana Proyek

Penelitian RUSNAS UGM untuk KP4 tahun

2009.

REFERENSI

Handa, T. 1998. Utilization of Molecular

Marker for Ornamental Plants.

J.Japan.Soc.Hort.Sci. 67 (6) : 1197-

1199. 1998.

Irawati, 2002. The Conservation of Orchid

Species in Indonesia. Proceeding of

Indonesian Orchid Seminar, at

Yogyakarta, October 20. 2002, p. 46-

56

Semiarti, E., Machida, Y., and Machida, C.

2008. A New Method for Identifying

the Progeny of Intergeneric Orchid

Breeding Based on Its Chloroplast

TrnL-F Sequences as a Molecular

Marker. Proceding of the 4th

Indonesian Biotechnology

Conference (IBC), 5-7 August. 2008

Topik, H. and Pancoro, A. 2008. Kajian

Filogenetika Molekular dan

Peranannya dalam Menyediakan

Informasi Dasar untuk

Meningkatkan Kualitas Sumber

Genetik Anggrek. Jurnal AgroBiogen

4 (1):35-40

Tsai, W.C., Hsiao, Y.Y., Pan, Z.N., Hsu,

C.C., Chen, W.H., and Chen, H.H.

2008. Molecular Biology of Orchid

Flowers: With Emphasis on

Phalaenopsis. Advances in Botanical

Research vol. 47, Incorporating

Advances in Plant Pathology

Seminar Nasional Biologi 2010

Fakultas Biologi UGM, Yogyakarta 24-25 September 2010 757

; . _

- go

P^S q s

r-$86" ' i 9c>

lS. E; ?- S 19E o|9rF g ;6 ^ot<<9:J X,: i - ! i Sai .S '= - = ;

A-* Edi,f €. S ! != 6

= \- i .9 9: - -

is:En;Os\ ! i ] n!2 $* x a E- \ - ! o E- *xo: 6E* E d q I<\ = ,.':z-*E,3 ".r=€; >-ilrJ \s -u .!. i;t r f f ! _u!e i | j i i -6 9\F.?

o *5; . j

6.9

4.

a

C'

o

b0.!

lrl

ll'

A

II€

Fr-{

M

hg"Hr*

4E

I

a

H!-

, f !€.e

FE

lii l

HF'LB.

;(

e

I

zf-.)|-lU)

Z

zE

C')

!)<i