laporan kimkom modul 5 fix alsa sah alhamdulilah

7/26/2019 Laporan Kimkom Modul 5 Fix Alsa Sah Alhamdulilah

1/19

LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA KOMPUTASI

MODUL V

Molecular Docking

Diajukan untuk memenuhi salah satu tugas praktikum

Kelompok 5/G4

Nama : Alsa Giani MaheshaNPM : 21131088Kelas : 3 FA2

SEKOLAH TINGGI FARMASI BANDUNG!"#

Alsa Giani Mahesha / 21131088


2/19

Molecular Docking

I. Tujuan Instruksional Umum Mampu melakukan simulasi molecular docking untuk mempela ari interaksi antara suatu lig

dengan makromolekul !protein"# Tujuan Instruksional Khusus

Mampu melakukan persiapan untuk melakukan molecular docking# Mampu melakukan $alidasi metode docking# Mampu melakukan simulasi molecular docking menggunakan metode hasil $alidasi#

II. Dasar Teori

Penam%atan molekul !molecular docking" adalah metode komputasi &ang %ertu uan men

peristi'a interaksi suatu molekul ligan dengan protein &ang men adi targetn&a pada u i in($!Motie unas ) *ade+ 200,"# -i dalam penam%atan molekul+ molekul ligan ditam%atkan pasitus akti. atau situs tam%at dari suatu protein &ang sedang diam !statik"+ dengan men&ertakmolekul ko(.aktor dan / atau 2 di dalamn&a atau tidak# -ari sini+ diperoleh data mengenaposisi dan orientasi ligan(ligan itu di dalam situs akti. atau situs tam%at terse%ut# -ari data indapat disimpulkan gugus(gugus .ungsional ligan &ang penting untuk interaksin&a+ sehingga ti%oleh dihilangkan+ dan gugus(gugus .ungsionaln&a &ang dapat ditingkatkan kekuatinteraksin&a# n.ormasi ini men adi petun uk untuk modi.ikasi ligan terse%ut# -engan adpetun uk terse%ut+ modi.ikasi ligan dan u i in($itro turunan(turunann&a dapat %erlangsung

e.isien!Putra+ 201 " -alam %idang pemodelan molekul+ docking adalah metode untumemprediksi orientasi &ang le%ih diutamakan dari suatu molekul ketika terikat satu sama launtuk mem%entuk kompleks &ang sta%il# n.ormasi tentang orientasi ini dapat digunakan umemprediksi kekuatan hu%ungan atau a.initas ikatan antara dua molekul &ang digunakanmisaln&a .ungsi penilaian# u%ungan antara molekul %iologis &ang rele$an seperti protein+ nukleat+ kar%ohidrat+ dan lipid memainkan peran sentral dalam transduksi sin&al# 4elan uorientasi relati$e dari dua pasangan &ang %erinteraksi dapat mempengaruhi enis sin&al &dihasilkan# leh karena itu docking %erguna untuk memprediksi %aik kekuatan dan enis sin&ang dihasilkan#

-ocking sering digunakan untuk memprediksi orientasi ikatan kandidat o%at %ermolekul keterhadap target proteinn&a untuk memprediksi a.initas dan akti$itas molekul kecil# Maka dockmemainkan peran penting dalam desain o%at secara rasional!Mukesh ) 5akesh+ 2011" nteraksligan dengan protein di atas ter adi han&a apa%ila terdapat kecocokan !.it" %entuk dan $olumantara molekul ligan dan situs akti. atau situs tam%at protein terse%ut !Motie unas ) *ade200,"# 4elain itu+ gugus(gugus .ungsional pada molekul ligan itu harus %erada pada posisi &amemadai dari asam(asam amino &ang men adi pasangann&a pada situs akti. atau situs tam%terse%ut !4chneider ) 6aringhaus+ 2008" 7adi+ kecocokan di antara molekul ligan dan situs akatau situs tam%at proteinn&a adalah demikian spesi.ik+ %agaikan kecocokan lu%ang kudengan anak kuncin&a !lock(and(ke&" !Motie unas ) *ade+ 200,"# ntuk menu u kecocokan

situs akti. atau situs tam%at mendesak !menginduksi" pengu%ahan kon.ormasi ligan !Foloppe9hen+ 200 ; Motie unas ) *ade+ 200,"# 6ersama dengan pengu%ahan kon.ormasi terse%utAlsa Giani Mahesha / 21131088


3/19

di%e%askanlah se umlah energi &ang dinamakan energi Gi%%s penam%atan !


4/19

4

Formula igann9h Ke&

9hain

1"3"4"#-tetrahy$r -2H-1"#-benz $iazepin-2-

neC17 H 22 N 4 O

HPSNXSAYALRMQW-LLV !ON"SA-N

A+6+9

%en*a a o3at *an, i,"nakan :

4s!irin lor! enira-in

I!. Prosedur Perco"aano Pemisahan protein dan ligan menggunakan perangkat lunak -isco$er& 4tudio @isuali=er 201,

ProteinFile H open H pilih protein &ang akan dipisahkan H script H selection H select 'atemolecule H edit H delete H script H selection H select ligands H edit H delete#iganFile H open H pilih protein &ang akan dipisahkan H script H selection H select 'atemolecule H edit H delete H script H selection H select ligands H in$ert selection H edidelete !kemudian menampilkan ligan sa a dan pilih ligan utaman&a sedangkan liganlainn&a di delete"

o Persiapan protein &ang akan di docking

6uat 1 .older &ang %erisi protein+ ligan+ autodoct + autogrid

o @alidasi docking menggunakan perangkat lunak Auto-ock Eools #21# File H read molecule H pilih protein2# Bdit H hidrogen H add H polar onl& H ok3# Bdit H charges H add kolman charges

# Grid H macromolecule H choose H klik protein H select molecule H sa$e protein !P-6IE"># igand H input H open H pilih ligan,# Bdit H charges H compute gastelger H ok

# igan H torsion tree H detect root8# igan H torsion tree H choose torsions H done

# igan H output H sa$e as P-6IE H sa$e ligan !P-6IE"Alsa Giani Mahesha / 21131088


5/19

10# Grid H macromolecule H choose H klik protein H select molecule H sa$e protein !P-6IE"replace

11# Grid H set map t&pes H choose ligand12# Grid H grid %o? H center on ligand ! ukuran %o? disesuaikan hingga ligan tertutup tapi

sampai mena%rak protein " H .ile H close sa$ing current

13# Grid H output H sa$e GPF ! simpan .ile Jgp."1 # 5un H autogrid H program pathname !pilih %ro'se pilih autogrid " Hparameter .ile !p

%ro'se pilih Jgp." H cmd !patikan setelah nama .ile Jgp.+ ada tanda l+ kemudian %erikutnlangsung nama log n&a# apus tulisan path &ang ada didepann&a " H launch

1># -ocking H macromolecule H set rigid .ilename H pilih protein#pd%Lt H open1,# -ocking H ligand H choose H pilih ligand H select ligand H accept1 # -ocking H search parameter H genetic algorithm

18# -ocking H docking parameter H accept1 # -ocking H output H lamarckian GA H simpan .ile Jdp.20# 5un H run autodoct H launch



6/19

21# akukan analisis hasil redocking# 7ika hasil 5M4- tidak 2 Angstrom+ parameter docktidak $alid# langi proses docking dengan pengaturan parameter &ang lain# 7ika hasi5M4- 2 Angstrom+ parameter docking sudah $alid#

o Persiapan analisisis iktan h&drogen

9op& model sampai endmdl pindahkan ke notepad H sa$e as dengan .ormat docking#pd%

o denti.ikasi ikatan hidrogen menggunakan perangkat lunak -isco$er& 4tudio @isuali=er 201

1# File H open H pilih protein2# File H open H pilih docking#pd%3# 6lok docking sampai kuning kemudian cop& H paste di protein

# 4cript H ligand interactions H sho' ligand sile %inding ! lakukan analisis ikatan hidrogen"

!. Data PraktikumParameter run autogrid



7/19

Parameter Genetic Algorithm


#$%&'( )&*+ ,o '()+*)%('$'( '*/% 20 40 20 %(/%$ s ' *() 0 375 A.

Coo&+*('/ (/&'l )&*+o*(/ 4.412 56.683

#$%&'( )&*+ ,o '()+*)%('$'( '*/% 42 36 16 %(/%$ s ' *() 0 375 A.

Coo&+*('/ (/&'l )&*+

#$%&'( )&*+ ,o '()+*)%('$'( '*/% 42 36 16 %(/%$ s ' *() 0 375 A.

Coo&+*('/ (/&'l )&*+

#$%&'( )&*+ ,o '()+*)%('$'( '*/% 42 36 16 %(/%$ s ' *() 0 375 A.

Coo&+*('/ (/&'l )&*+


8/19


9/19

_____________________________________________________________________ | | | | | |Rank | Sub- | Run | Binding | Cluster | Reference | Gre | Rank | | Energ! | RMSD | RMSD | "attern_____|______|______|___________|_________|_________________|___________ # # $ -%&%' (&(( #&)% RA*+,*G # ' -%&%# #) #&)$ RA*+,*G # ' . -%&%# (&.. #&'% RA*+,*G # . ) -%&%( #) #&%# RA*+,*G # / #( -%&)$ #) #&%( RA*+,*G # ) % -%&)0 #& ( #&)) RA*+,*G # % / -%&)0 #$ #&)0 RA*+,*G # 0 # -%&)' #& #&)0 RA*+,*G # $ -%&)( #& ' #&)% RA*+,*G # #( 0 -%&/0 #& #&)) RA*+,*G_______________________________________________________________________

L12EST E*ERG3 D1C+ED C1*41RMAT,1* fro5 EAC6 CL7STER

___________________________________________________7SER RMSD fro5 reference structure 8 #&))0 A7SER7SER Esti5ated 4ree Energ! of Binding 8 -%&%' kcal95ol:8;#


10/19

0

___RMSD TABLE_______

_____________________________________________________________________ | | | | | |Rank | Sub- | Run | Binding | Cluster | Reference | Gre | Rank | | Energ! | RMSD | RMSD | "attern_____|______|______|___________|_________|_________________|___________ # # #( -.&). (&(( %0$ RA*+,*G # # -.&) (&$$ %%&$) RA*+,*G # ' / -.&.$ (&$# %0&(' RA*+,*G # . . -.&.. #& $ %%&$$ RA*+,*G # / ' -.&' #&'% %0&(. RA*+,*G # ) 0 -.&' (&0. %%&$/ RA*+,*G # % -.' (&00 %%&0/ RA*+,*G # 0 % -'&)) #&/( %%&0( RA*+,*G

# ) -'&.# (&(( %)&%/ RA*+,*G $ -'&' (&0 %)&.' RA*+,*G


As *&*(

As *&*(

P&o/ *( +'( 's *&*( s , l%+*l'$%$'( +o $*()

's *&*( s / l'; +*l'$%$'(+o $*() , &'+' +* +'l'


11/19

1

_______________________________________________________________________

L12EST E*ERG3 D1C+ED C1*41RMAT,1* fro5 EAC6 CL7STER___________________________________________________

7SER7SER RMSD fro5 reference structure 8 %0$( A7SER7SER Esti5ated 4ree Energ! of Binding 8 -.&). kcal95ol:8;#


12/19

2

RMSD TABLE__________

_____________________________________________________________________ | | | | | |Rank | Sub- | Run | Binding | Cluster | Reference | Gre | Rank | | Energ! | RMSD | RMSD | "attern

_____|______|______|___________|_________|_________________|___________ # # # -)&/( (&(( %)&' RA*+,*G # $ -)&' (&)) %)&'# RA*+,*G # ' ) -)& % (&) %)&.# RA*+,*G # . ' -)& # (&%. %)&'' RA*+,*G # / . -/&)% #&(0 %/&$% RA*+,*G # / -/&$ (&(( %/&'% RA*+,*G -/&0# (&.) %/&// RA*+,*G ' % -/&/. #&/( %)& ( RA*+,*G ' # #( -/&/$ (&(( %)&.% RA*+,*G . # 0 -/&'( (&(( %/&0/ RA*+,*G______________________________________________________________________

L12EST E*ERG3 D1C+ED C1*41RMAT,1* fro5 EAC6 CL7STER___________________________________________________


C;lo& (*&' *(, &'+' +* +'l'

P&o/ *( +'( C;lo& (*&' *(s / l'; +*l'$%$'( +o $*()

P&o/ *( +'( C;lo& (*&' *(s , l% +*l'$%$'( +o $*()


13/19

3

7SER RMSD fro5 reference structure 8 %)&' A7SER7SER Esti5ated 4ree Energ! of Binding 8 -)&/( kcal95ol:8;#-6M &ang %erikatan kdengan 9P 03 atau ligan >8N+ Karena protein &ang ada didalam pd%#org semua ligan sudah terikatreseptorn&a maka terle%ih dahulu ligan dan protein dipisahkan dengan menggunakan aplikasi -isco$4tudio 201, 9lient# Proses docking pertama dilakukan untuk ligan alami terle%ih dahulu+ karena hasil doligan alami ini &ang akan di adikan hasil $alidasi &ang %aik untuk digunakan ligan %uatan# Proses peligan dengan protein dilakukan dengan menseleksi 'ater molekul untuk dihilangkan karena molekul air dapat mengganggu proses docking 6arulah setelah itu dilakukan proses docking dengan tergantung paddua komponen &aitu pencarian algoritma dan .ungsi scoring# Eahap pertama &ang dilakukan &aitu preprotein# Preprasi protein ini dimaksudkan untuk melakukan proses $alidasi autogrid se%elum dilakukandocking# -ilakukan dengan menentukan titik kordinat+ penentuan titik kordinat ?+ &+ = %erdasarkan pa

grid %o?+ dengan melihat posisi ligan harus tertutupi oleh grid%o? tetapi grid %o? &ang menutup ligan %oleh mena%rak protein %esar+ kecuali protein kecil# al ini dimaksudkan agar hasil $alidasi autogrid



14/19

4

Nilai ?+ &+ = &ang di peroleh &aitu ?O + 12 ; &O >,+,83 ; =O #21+ nilai rotasi ini se%agai parauntuk menentukan run docking# 4elain nilai rotasi parameter kedua &ang harus terpenuhi untuk run doc&aitu menentukan nilai num%er o. GA runs dan ma?imum mem%er o. e$al# Num%er GA runs ini te%e%erapa kelipatan &aitu 10+ >0+ 100+ 1>0+ 200# Ma?imum mem%er o. e$al ini terdapat %e%erapilihan &aitu short+ medium+ long# 4emakin long+ akan semakin lama proses dockingn&a# Pada paramsa&a memilih GAruns 10 dan ma?imum o. e$al dipilih short+ karena 'aktu run docking &ang diperlukan h10(1> menit# alu dilakukan proses run docking# asil docking ligan alami &ang $alid ditandai dengan nrata 5M4- dari re.erence structure 2 atau O2 + hasil ini sesuai karena nilai &ang diperoleh 1+,amstrong# 5M4- merupakan nilai &ang digunakan untuk menentukan apakah prediksi mous ikatan terse%erhasil atau tidak dan penting untuk $alidasi program docking# -engan pen&impangan &ang semakin %semakin %esar kesalahan pada prediksi interaksi ligand dengan protein# 5M4- merupakan nilapen&impangan antara satu kon.ormasi ligand dengan pem%andingn&a# Nilai %inding energ& &ang dse%esar ( + 3 kcal/mol# Eanda negati$e &ang diperoleh men&atakan %ah'a semakin kecil nilai %indingakan semakin %aik+ dan proses docking semakin %aik# Nilai konstanta inhi%isi &ang diperoleh se%esar!micromolar"# 4etelah proses docking ligan alami telah $alid+ kemudian di lakukan analisis ikatan hidr

&ang terdapat pada protein dan ligan alami+ dilakukan dengan cara menganalisis di aplikasi -isco$er& 4t201, 9lient untuk Mengetahui %esar arak ikatan hidrogen antara protein dengan ligan# -ari hasil analisidapatkan tiga ikatan hidrogen &ang terdapat pada protein dengan ligan alami

katan hidrogen &ang ke 1 : Asam amino A4N !Asparagine" pada rantai A ke 11,8 se%agai donor atom dengan sim%ol N-

%erikatan dengan ligan >8N di rantai A ke 1201 se%agai akseptor atom dengan sim%ol A den arak ikatan &ang ter adi se%esar 2#80 8 #



15/19

5

katan hidrogen &ang ke 2 :Asam amino A4N !Asparagine" pada rantai A ke 11,8 se%agai donor atom dengan sim%ol N-%erikatan dengan asam amino A A !Alanine" di rantai A ke 11, se%agai akseptor atom dengsim%ol dengan arak ikatan &ang ter adi se%esar 2# >

katan hidrogen &ang ke 3:igan >8N pada rantai A ke 1201 se%agai donor atom dengan sim%ol NAG %erikatan dengan A

amino A4N !Asparagine" di rantai A ke 11,8 se%agai akseptor atom dengan sim%ol -1 dengan arikatan &ang ter adi se%esar 3#1,1118#

Pengu ian kedua dilakuan dengan proses docking antara protein dengan ligan %uatan &aitAspirine dan Kloram.eniramin# Aspirin atau asam asetilsalisilat !asetosal" adalah se eniso%at turunandarisalisilat &ang sering digunakan se%agai sen&a'aanalgesik !penahan rasa sakit atau n&eri minor"+antipiretik !terhadap demam"+ dan anti(in.lamasi !peradangan"# Klor.eniramin maleat adalah turunanalkilamin &ang merupakan antihistamin dengan indeks terapetik !%atas keamanan" cukup %esdengan e.ek samping dan toksisitas &ang relati. rendah# Klor.eniramin maleat merupakan o%golongan antihistamin pengham%at reseptor 1 !A 1"#Pemasukan gugus klor pada posisi para cincinaromatik .eniramin maleat akan meningkatkan akti.itas antihistamin# Proses docking inpenger aann&a sama seperti haln&a mendocking ligan alami# Parameter paramater &ang digunapada saat proses docking ligan %uatan sama dengan ligan alami+ seperti parameter grid %o? &amenggunakan titik kordinat ?O + 12 ; &O >,+,83 ; =O #21+ menggunakan Num%er o. GA dan ma?imum num%er o. e$al &ang digunakan short# 4etelah selesai proses docking ligan %uat

aspirine dengan chlorpheniramin+ dilakukan e$aluasi $alidasi hasil docking#ntuk ligan aspirine+ nilai rata rata 5M4- dari re.erence structure 8#1 0 + nilai ini tidak meme

pers&aratan karena merupakan nilai 5msd dari ligan %uatan# Nilai %inding energ& &ang diperoleh se%eskcal/mol# Nilai konstanta inhi%isi &ang diperoleh se%esar 3 8#32 uM !micromolar"# 4etelah itu dilakukaikatan hidrogen# -ari hasil analisis di dapatkan dua ikatan hidrogen &ang terdapat pada protein dengan li%uatan#

https://id.wikipedia.org/wiki/Obathttps://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Salisilat&action=edit&redlink=1https://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Salisilat&action=edit&redlink=1https://id.wikipedia.org/wiki/Analgesikhttps://id.wikipedia.org/wiki/Sakithttps://id.wikipedia.org/wiki/Sakithttps://id.wikipedia.org/wiki/Antipiretikhttps://id.wikipedia.org/wiki/Inflamasihttps://id.wikipedia.org/wiki/Inflamasihttps://id.wikipedia.org/wiki/Obathttps://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Salisilat&action=edit&redlink=1https://id.wikipedia.org/wiki/Analgesikhttps://id.wikipedia.org/wiki/Sakithttps://id.wikipedia.org/wiki/Antipiretikhttps://id.wikipedia.org/wiki/Inflamasi


16/19

6

katan hidrogen &ang ke 1 :Asam amino A4N !Asparagine" pada rantai A ke 11,8 se%agai donor atom dengan sim%ol N-%erikatan dengan ligan NK0+ se%agai akseptor atom dengan sim%ol dengan arak ikatan &ter adi se%esar 3+0 1,,

katan hidrogen &ang ke 2 :

Asam amino A4N !Asparagine" pada rantai A ke 11,8 se%agai donor atom dengan sim%olN-%erikatan dengan asam amino A A !Alanine" di rantai A ke 11, se%agai aksepor atom dengasim%ol dengan arak ikatan &ang ter adi se%esar 2# > #

ntuk ligan 9hlorpeniramine+ nilai rata rata 5M4- dari re.erence structure ,#322m +nilai ini tidak memenuhi pers&aratan karena merupakan nilai 5msd dari ligan %uatan# Nilai %ienerg& &ang diperoleh se%esar (,#>0 kcal/mol# Nilai konstanta inhi%isi &ang diperoleh se1 #0 uM !micromolar"# 4etelah itu dilakukan analisis ikatan hidrogen# -ari hasil analisis

dapatkan dua ikatan hidrogen &ang terdapat pada protein dengan ligan %uatan#



17/19

7

katan hidrogen &ang ke 1 :Asam amino A4N !Asparagine" pada rantai A ke 11,8 se%agai donor atom dengan sim%ol N-%erikatan dengan ligan NK0+ se%agai akseptor atom dengan sim%ol N dengan arak ikatan &ter adi se%esar 3#1> #

katan hidrogen &ang ke 2 :Asam amino A4N !Asparagine" pada rantai A ke 11,8 se%agai donor atom dengan sim%ol N-%erikatan dengan protein A A !Alanine" di rantai A ke 11, + se%agai akseptor atom dengsim%ol dengan arak ikatan &ang ter adi se%esar 2# >

ntuk mem%andingkan ligan mana &ang cocok untuk protein >-6M+ dapat dilihat dari niikatan energi %e%as dan nilai konstanta inhi%isi# -ari semua hasil docking %erupa hasil dock$alidasi ligan alami dengan protein+ hasil docking ligan %uatan aspirine dengan protein+ hasil docprotein dengan ligan %uatan chlorpheniramin+ dapat dipilih hasil docking protein dengan ligan al&ang le%ih %aik+ hal ini di tun ukan dengan nilai konstanta inhi%isi pada ligan memiliki nilai !micromolar"+ nilai ini merupakan nilai &ang paling minimum atau kecil di antara ligan lain

konstanta inhi%isi ligan %uatan aspirin se%esar 3 8+32 uM !micromolar"+ konstanta inchlorpheniramine 1 +0 uM !micromolar"+ karena semakin kecil konstanta inhi%isi+ makadocking semakin %agus# Konstanta inhi%isi merupakan nilai konsentrasi &ang diperlukan unmelakukan pengham%atan se%esar >0Q# 6ila nilai konstanta inhi%isi kecil %erarti dengan konsenkecil sudah dapat mengham%at proses docking &ang tidak diinginkan se%esar >0Q# 4elain itu lialami+ memiliki nilai 5M4- rata(rata re.erence 2 &aitu 1#,,8 A#

ntuk hasil docking ligan %uatan &ang le%ih %aik adalah ligan chlorpeniramine# alditun ukan ligan chlorpeniramine memiliki nilai ikatan energi %e%as &ang kecil di%andingkan dligan aspirine+ karena semakin kecil/semakin negati. nilai ikatan energi %e%as maka ikatan eneantara protein dengan ligan akan semakin kuat# Nilai ikatan energi %e%as chlorpeniramine se%e



18/19

8

(,+>0 kcal/mol+ nilai ikatan energi %e%as aspirin se%esar ( +, kcal/mol# 4elain dilihat dari nilaenergi %e%as+ ligan chlorpeniramine memiliki nilai konstanta inhi%isi &ang kecil di%andingkanligan aspirin &aitu se%esar 1 +0 uM !micromolar"+ sedangkan aspirin 3 8+32 uM !microKarena semakin kecil konstanta inhi%isi+ maka hasil docking semakin %agus#

!II. Kesimpulan

( Persiapan molecular docking dilakukan dengan memenuhi pers&aratan parameter$alidasi auto grid+ dengan mengatur titik ?+ &+= !kordinat" &aitu + mengatur $alautock Num%er o. GA runs dan ma?imum mem%er o. e$al# ?O + 12 ; &O >,+,83

#21+ menggunakan Num%er o. GA runs 10+ dan ma?imum num%er o. e$al &digunakan short#

( @alidasi docking &ang %erhasil ditandai terdapatn&a rata rata 5M4- re.erence dengannilai 2 A pada proses docking protein dengan ligan alami#

( 4imulasi molecular docking &ang dilakukan menggunakan 2 ligan %uatan+ &aiinteraksi antara protein dengan ligan aspirin dan interaksi antara protein dengan liganchlorpeniramine# -engan menggunakan paramater hasil $alidasi ligan alami#

( asil docking &ang le%ih %aik menun ukan nteraksi protein dengan lig9hlorpheniramine+ karena ligan chlorpeniramine memiliki nilai ikatan energi %e%as &kecil di%andingkan dengan ligan aspirin# Nilai ikatan energi %e%as chlorpeniramise%esar (,+>0 kcal/mol+ nilai ikatan energi %e%as aspirin se%esar ( +, kcal/mol# 4itu+ ligan chlorpeniramine memiliki nilai konstanta inhi%isi &ang kecil di%andingdengan ligan aspirin &aitu se%esar 1 +0 uM !micromolar"+ sedangkan aspirin 3 8uM !micromolar"#

!III. Da'tar Pustaka Modul Praktikum Kimia Komputasi 4ekolah Einggi Farmasi 6andung# Funkhouser+ E# 200 # Protein( igand -ocking Methods# Ne' 7erse&: Princeton

ni$ersit& Mukesh ) 5akesh# 2011# Molecular -ocking: A 5e$ie'# 75AP + 6o&le+ N#+ 6anck+ M#+ 7ames+ 9#+ Morle&+ 9#+ $an der Meersch+ E#+ ) utch

!2011"# pen 6a%el: An pen 9hemical Eool%o?# 7ournal o. 9hemin.ormatics# 3!33"# Putra+ A# M# 7# 201 # Penam%atan molekul !molecular docking" dengan me

komputasi#



19/19

-iakses pada http://'''#komputasi#lipi#go#id/utama#cgiRartikel)13 2 382 >


laporan kimkom modul 5 fix alsa sah alhamdulilah

Documents