laporan isolasi dna kromosom bawang merah

18
Laporan Praktikum Hari/Tanggal : Selasa/12 November 2013 Biokimia Waktu : 13.00-14.40 WIB PJP : Puspa Juliastia Puspita, S.Si, M.Sc Asisten : Resti Siti Mutmainah, S.Si Lusianawati, S.Si ISOLASI DNA KROMOSOM Kelompok 9 Hartadi Gunawan J3L112182 Rizki Cahya Putra J3L112047 Ryadhanisa Nur Sugiri J3L112112

Upload: hartadi-gunawan

Post on 24-Oct-2015

954 views

Category:

Documents


2 download

DESCRIPTION

Laporan Biokimia

TRANSCRIPT

Page 1: Laporan Isolasi DNA Kromosom Bawang Merah

Laporan Praktikum Hari/Tanggal : Selasa/12 November 2013Biokimia Waktu : 13.00-14.40 WIB

PJP : Puspa Juliastia Puspita, S.Si, M.ScAsisten : Resti Siti Mutmainah, S.Si

Lusianawati, S.Si

ISOLASI DNA KROMOSOM

Kelompok 9Hartadi Gunawan J3L112182Rizki Cahya Putra J3L112047Ryadhanisa Nur Sugiri J3L112112

PROGRAM KEAHLIAN ANALISIS KIMIAPROGRAM DIPLOMA

INSTITUT PERTANIAN BOGORBOGOR

2013

Page 2: Laporan Isolasi DNA Kromosom Bawang Merah

Pendahuluan

Deoxyribosa Nucleic Acid (DNA) adalah asam nukleat yang mengandung

materi genetik dan berfungsi untuk mengatur perkembangan biologis seluruh

bentuk kehidupan secara seluler. DNA terdapat pada nukleus, mitokondria dan

kloroplas. Perbedaan di antara ketiganya adalah DNA nukleus berbentuk linear

dan berasosiasi sangat erat dengan protein histon, sedangkan DNA mitokondria

dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi dengan protein histon.

Selain itu, DNA mitokondria dan kloroplas memiliki ciri khas, yaitu hanya

mewariskan sifat-sifat yang berasal dari garis ibu. Hal ini sangat berbeda dengan

DNA nukleus yang memiliki pola pewarisan sifat dari kedua orangtua. Dilihat

dari organismenya, struktur DNA prokariot berbeda dengan struktur DNA

eukariot. DNA prokariot tidak memiliki protein histon dan berbentuk sirkular,

sedangkan DNA eukariot berbentuk linear dan memiliki protein histon. (Harrow

1954).

RNA (Rybonucleic Acid) atau asam ribonukleat merupakan

makromolekul yang berfungsi sebagai penyimpan dan penyalur informasi genetik.

RNA sebagai penyimpan informasi genetik misalnya pada materi genetik virus,

terutama golongan retrovirus. RNA sebagai penyalur informasi genetik misalnya

pada proses translasi untuk sintesis protein. RNA juga dapat berfungsi sebagai

enzim yang dapat mengkalis formasi RNA-nya sendiri atau molekul RNA lain

(Harper 1950).

Prinsip kerja spektrofotometer UV-Vis adalah interaksi yang terjadi antara

energi yang berupa sinar monokromatis dari sumber sinar dengan materi yang

berupa molekul. Besar energi yang diserap tertentu dan menyebabkan elektron

tereksitasi dari keadaan dasar ke keadaan tereksitasi yang memiliki energi lebih

tinggi. Serapan tidak terjadi seketika pada daerah ultraviolet-visible untuk semua

struktur elektronik, tetapi hanya pada sistem-sistem terkonjugasi, struktur

elektronik dengan adanya ikatan π dan non bonding elektron .Prinsip kerja

spektrofotometer berdasarkan hukum Lambert Beer, yaitu bila cahaya

monokromatik (Io) melalui suatu media (larutan), maka sebagian cahaya tersebut

diserap (Ia), sebagian dipantulkan (Ir), dan sebagian lagi dipancarkan (It)

(Pangestu 2011).

Page 3: Laporan Isolasi DNA Kromosom Bawang Merah

Prinsip kerja sentrifus seperti komedi putar, yakni meletakkan sampel pada

suatu gaya dengan memutar sampel pada kecepatan tinggi sehingga terjadi

pengendapan partikel. Cara kerja sentrifus mirip saringan atau sedimentasi,

pengendapan yaitu pemisahan dua partikel dalam suspensi yang memiliki massa

dan densitas berbeda sehingga akan mengalami sedimentasi pada dasar tabung

dengan laju yang berbeda, substansi yang lebih berat (endapan) akan berada di

dasar tabung sedangkan substansi yang lebih ringan (filtrat) akan berada di atas

(McRae 2001).

Tujuan

Praktikum ini bertujuan untuk mengetahui sifat dan struktur DNA

kromosom melalui proses isolasi DNA.

Alat dan Bahan

Alat-alat yang digunakan yaitu neraca analitik, tabung reaksi, tabung

sentrifus, rak tabung, corong, kertas saring, water bath, gelas piala, sentrifus, pipet

mikro, dan mortar.

Bahan-bahan yang digunakan yaitu tris HCl, SDS 10%, EDTA, aquades,

umbi bawang merah, larutan lisis, buffer TE, NaCl, dan etanol.

Prosedur Percobaan

Bawang merah terlebih dahulu ditimbang sebanyak 20 gram, lalu potong

kecil-kecil bawang merah tersebut supaya mudah dihancurkan, tambahkan

sebanyak 40 mL larutan lisis dan 1,5 gram, kemudian hancurkan bawang merah,

larutan lisis dan garam dengan menggunakan mortar sampai menjadi halus,

masukkan hasil penggerusan ke dalam gelas piala 250 mL dan ditambahkan

larutan SDS 10% sebanyak 5 mL, campurkan secara homogen dengan mengaduk

larutan tersebut, setelah itu, inkubasi pada suhu 600C dalam water bath selama 2

menit dan aduk sesekali, hasil inkubasi disaring ke dalam gelas piala yang

ditempatkan di atas es supaya larutan tersebut segera menjadi dingin, setelah

dingin tambahkan 0,5 gram kristal protease ke dalam larutan, aduk sampai

homogen dan biarkan sampai 15 menit, biarkan larutan selama 5 menit dan

Page 4: Laporan Isolasi DNA Kromosom Bawang Merah

diambil lapisan atasnya dengan menggunakan pipet mikro, kemudian masukkan

ke dalam 2 tabung reaksi yang baru,sebanyak 10 mL larutan etanol di tambahkan

ke dalam tabung reaksi tersebut, tabung reaksi ditempatkan di atas es secara

perlahan, kemudian biarkan selama 2-5 menit, DNA kromosom akan mengendap

pada bagian atas dari etanol dan tampak sebagai benang-benang putih, DNA

kromosom yang terbentuk diambil dengan pipet Pasteur secara hati-hati dengan

sesedikit mungkin larutan etanol yang terambil dan ditambahkan sebanyak 1,5 mL

pada 2 tabung eppendorf, kedua tabung disentrifus selama 1 menit pada kecepatan

13.000 rpm pada banch microfuge, larutan etanol dibuang pada lapisan atas secara

hati-hati tanpa merusak pelet, lalu larutan etanol sebanyak 1 mL ditambahkan ke

pelet DNA, Resuspen pelet DNA kromosom divortex dalam 1 mL etanol dan

disentrifusa kembali selama 1 menit, larutan etanol dituang dan DNA kromosom

dibiarkan kering dalam bench selama 10 menit, setelah kering, sebanyak 1 mL TE

buffer/dH2O ditambahkan ke DNA kromosom untuk melarutkannya. DNA

kromosom siap untuk digunakan untuk berbagai keperluan rekayasa genetika,

larutan DNA diukur absorbansinya dengan spektrofotometer UV-Vis pada

panjang gelombang 260 nm dan 280 nm.

Hasil dan Data Pengamatan

Tabel 1 Data hasil pengukuran konsentrasi DNA dari umbi bawang merah

Larutan A260 A280 [DNA] [RNA] [DNA/RNA]

Blangko 0,000 0,000 0,000 0,000 0,000

Sampel 0,4829 0,4432 1690,15 1240,96 1,3620

Contoh perhitungan : [DNA] = A260 x 50 µg/mL x 70 mL (faktor pengenceran)

= 0,4829 x 50 µg/mL x 70 mL (faktor pengenceran)

[RNA] = A280 x 40 µg/mL x 70 mL (faktor pengenceran)

Keterangan : 50 : Larutan nilai absorbansi 1,0 sebanding dengan 50 µg untai

ganda DNA Per mL 50 µg ds DNA/mL.

40 : Larutan nilai absorbansi 1,0 sebanding dengan 50 µg untai

ganda DNA

Pembahasan

Page 5: Laporan Isolasi DNA Kromosom Bawang Merah

Tahap pertama dalam isolasi DNA adalah proses perusakan atau

penghancuran membran dan dinding sel pada bawang merah. Penggunaan bawang

merah dikarenakan bawang merah memiliki sedikit pati, sehingga DNA akan

terlihat lebih jelas. Pemecahan sel merupakan tahapan dari awal isolasi DNA yang

bertujuan untuk mengeluarkan isi sel. Tahap penghancuran sel atau jaringan

memiliki beberapa cara yakni dengan cara fisik seperti menggerus sampel dengan

menggunakan mortar dan pestle dalam nitrogen cair atau dengan menggunakan

metode freezing-thawing dan iradiasi. Cara lain yakni dengan menggunakan

kimiawi maupun enzimatik. Penghancuran dengan menggunakan kimiawi seperti

penggunaan detergen yang dapat melarutkan lipid pada membran sel sehingga

terjadi destabilisasi membran sel. Sementara cara enzimatik seperti menggunakan

proteinase K seperti untuk melisiskan membran pada sel darah serta mendegradasi

protein globular maupun rantai polipeptida dalam komponen sel (Kusnawijaya

1993).

Proses lisis dengan menggunakan detergen, sering digunakan sodium

dodecyl sulphate (SDS) sebagai tahap pelisisan membran sel. Detergen tersebut

selain berperan dalam melisiskan membran sel juga dapat berperan dalam

mengurangi aktivitas enzim nuklease yang merupakan enzim pendegradasi DNA.

Selain digunakan SDS, detergen yang lain seperti cetyl trimethylammonium

bromide (CTAB) juga sering dipakai untuk melisiskan membran sel pada isolasi

DNA tumbuhan. Parameter keberhasilan dalam penggunaan CTAB bergantung

pada beberapa hal. Pertama, Konsentrasi NaCl harus di atas 1.0 M untuk

mencegah terbentuknya kompleks CTAB-DNA, karena jumlah air dalam pelet sel

sulit diprediksi, maka penggunaan CTAB sebagai pemecah larutan harus dengan

NaCl dengan konsentrasi minimal 1.4 M. Kedua, ekstrak dan larutan sel yang

mengandung CTAB harus disimpan pada suhu ruang karena kompleks CTAB-

DNA bersifatinsolublepada suhu di bawah 15°C. Ketiga, penggunaan CTAB

dengan kemurnian yang baik akan menentukan kemurnian DNA yang didapatkan

dan dengan sedikit sekali kontaminasi polisakarida. Setelah ditambahkan CTAB,

sampel diinkubasikan pada suhu kamar. Tujuan inkubasi ini adalah untuk

mencegah pengendapan CTAB karena CTAB akan mengendap pada suhu 15°C.

Karena efektivitasnya dalam menghilangkan polisakarida, CTAB banyak

Page 6: Laporan Isolasi DNA Kromosom Bawang Merah

digunakan untuk purifikasi DNA pada sel yang mengandung banyak polisakarida

seperti terdapat pada sel tanaman dan bakteri gram negatif seperti Pseudomonas,

Agrobacterium, dan Rhizobium. Larutan lisis yang mengandung 25 mM Tris-Cl

(pH 8.0) 10 mM EDTA (pH 8.0), tris-HCl berfungsi sebagai buffer untuk menjaga

pH 8. EDTA sebagai kelator untuk mengikat ion Mg2+ untuk inaktivasi enzim

Dnase dan dapat mengikat ion metal, sehingga menghambat kerja enzim nuklease.

Jadi penggunaan larutan lisis ini yaitu untuk meresuspensi pelet sel bakteri setelah

pemanenan menggunakan sentrifus (Laberge dan Monique 2008). 

Penggunaan buffer CTAB seringkali ditambahkan reagen-reagen lain

seperti NaCl, EDTA, Tris-HCl, dan 2-mercaptoethanol. NaCl berfungsi untuk

menghilangkan polisakarida sementara 2-mercaptoethanol befungsi untuk

menghilangkan kandungan senyawa polifenol dalam sel tumbuhan. 2-

mercaptoethanol dapat menghilangkan polifenol dalam sel tanaman dengan cara

membentuk ikatan hidrogen dengan senyawa polifenol yang kemudian akan

terpisah dengan DNA. Senyawa polifenol perlu dihilangkan agar diperoleh

kualitas DNA yang baik. Polifenol juga dapat menghambat reaksi dari enzim Taq

polimerase pada saat dilakukan amplifikasi. Disamping itu, polifenol akan

mengurangi hasil ektraksi DNA serta mengurangi tingkat kemurnian DNA.

Penggunaan 2-mercaptoethanol dengan pemanasan juga dapat mendenaturasi

protein yang mengkontaminasi DNA (Page 1997). 

Konsentrasi dan pH dari bufer yang digunakan harus berada dalam rentang

pH 5 sampai 12. Larutan buffer dengan pH rendah akan mengkibatkan

depurifikasi dan mengakibatkan DNA terdistribusi ke fase fenol selama proses

deproteinisasi. Sedangkan pH larutan yang tinggi di atas 12 akan mengakibatkan

pemisahan untai ganda DNA. Fungsi larutan buffer adalah untuk menjaga struktur

DNA selama proses penghancuran dan purifikasi sehingga memudahkan dalam

menghilangkan protein dan RNA serta mencegah aktivitas enzim pendegradasi

DNA dan mencegah perubahan pada molekul DNA. Untuk mengoptimalkan

fungsi larutan buffer, dibutuhkan konsentrasi, pH, kekuatan ion, dan penambahan

inhibitor DNAase dan detergen (Page 1997). 

Tahapan ekstraksi DNA, seringkali digunakan chelating agent seperti

ethylenediamine tetraacetic acid (EDTA) yang berperan menginaktivasi enzim

Page 7: Laporan Isolasi DNA Kromosom Bawang Merah

DNase yang dapat mendenaturasi DNA yang diisolasi, EDTA menginaktivasi

enzim nuklease dengan cara mengikat ion magnesium dan kalsium yang

dibutuhkan sebagai kofaktor enzim DNAse. DNA yang telah diekstraksi dari

dalam sel selanjutnya perlu dipisahkan dari kontaminan komponen penyusun sel

lainnya seperti polisakarida dan protein agar DNA yang didapatkan memiliki

kemurnian yang tinggi. Fenol seringkali digunakan sebagai pendenaturasi protein,

ekstraksi dengan menggunakan fenol menyebabkan protein kehilangan

kelarutannya dan mengalami presipitasi yang selanjutnya dapat dipisahkan dari

DNA melalui sentrifugasi, penggunaan sentrifus ini untuk memisahkan suatu

isolasi DNA yang terbentuk dari larutan induknya, hal ini menyebutkan bahwa

setelah sentrifugasi akan terbentuk 2 fase yang terpisah yakni fase organik pada

lapisan bawah dan fase aquoeus (air) pada lapisan atas sedangkan DNA dan RNA

akan berada pada fase aquoeus setelah sentrifugasi sedangkan protein yang

terdenaturasi akan berada pada interfase dan lipid akan berada pada fase organik.

Selain fenol, dapat pula digunakan campuran fenol dan kloroform atau campuran

fenol, kloroform, dan isoamil alkohol untuk mendenaturasi protein. Ekstrak DNA

yang didapat seringkali juga terkontaminasi oleh RNA sehingga RNA dapat

dipisahkan dari DNA ekstrak dengan cara pemberian RNAse (Setiadi 2001).

Asam nukleat adalah molekul hidrofilik dan bersifat larut dalam air.

Disamping itu, protein juga mengandung residu hidrofobik yang mengakibatkan

protein larut dalam pelarut organik. Berdasarkan sifat ini, terdapat beberapa

metode deproteinisasi berdasarkan pemilihan pelarut organik. Biasanya pelarut

organik yang digunakan adalah fenol atau kloroform yang mengandung 4%

isoamil alkohol. Penggunaan kloroform isoamil alkohol (CIA) berdasarkan

perbedaan sifat pelarut organik. Kloroform tidak dapat bercampur dengan air dan

kemampuannya untuk mendeproteinisasi berdasarkan kemampuan rantai

polipeptida yang terdenaturasi untuk masuk atau termobilisasi ke dalam fase

antara kloroform – air. Konsentrasi protein yang tinggi pada fase antara tersebut

dapat menyebabkan protein mengalami presipitasi. Sedangkan lipid dan senyawa

organik lain akan terpisah pada lapisan kloroform (Poedjiadi 1994). 

Proses deproteinisasi yang efektif bergantung pada besarnya fase antara

kloroform-air. Proses ini dapat dilakukan dengan membentuk emulsi dari air dan

Page 8: Laporan Isolasi DNA Kromosom Bawang Merah

kloroform. Hal ini hanya dapat dilakukan dengan penggojogan atau sentrifugasi

yang kuat karena kloroform tidak dapat bercampur dengan air. Isoamil alkohol

berfungsi sebagai emulsifier dapat ditambahkan ke kloroform untuk membantu

pembentukan emulsi dan meningkatkan luas permukaan kloroform-air yang mana

protein akan mengalami presipitasi. Penggunaan kloroform isoamil alkohol ini

memungkinkan untuk didapatkan DNA yang sangat murni, namun dengan ukuran

yang terbatas (20.000–50.000 bp). Fungsi lain dari penambahan CIA ini adalah

untuk menghilangkan kompleks CTAB dan meninggalkan DNA pada fase

aquoeus. DNA kemudian diikat dari faseaquoeus dengan presipitasi etanol

(Harper 1980). 

Proses ekstraksi yang telah dilakukan, DNA yang didapat dapat

dipekatkan melalui presipitasi. Pada umumnya digunakan etanol atau isopropanol

dalam tahapan presipitasi. Kedua senyawa tersebut akan mempresipitasi DNA

pada fase aquoeus sehingga DNA menggumpal membentuk struktur fiber dan

terbentuk pellet setelah dilakukan sentrifugasi dan presipitasi juga berfungsi untuk

menghilangkan residu-residu kloroform yang berasal dari tahapan ekstraksi

(Poedjiadi 1994). 

Prinsip-prinsip presipitasi antara lain pertama, menurunkan kelarutan asam

nukleat dalam air. Hal ini dikarenakan molekul air yang polar mengelilingi

molekul DNA di larutan aquoeus. Muatan dipole positif dari air berinteraksi

dengan muatan negatif pada gugus fosfodiester DNA. Interaksi ini meningkatkan

kelarutan DNA dalam air. Isopropanol dapat bercampur dengan air, namun kurang

polar dibandingkan air. Molekul isopropanol tidak dapat berinteraksi dengan

gugus polar dari asam nukleat sehingga isopropanol adalah pelarut yang lemah

bagi asam nukleat. Kedua, penambahan isopropanol akan menghilangkan molekul

air dalam larutan DNA sehingga DNA akan terpresipitasi Ketiga, penggunaan

isopropanol dingin akan menurunkan aktivitas molekul air sehingga memudahkan

presipitasi DNA (Kusnawijaya 1993). 

Tahapan presipitasi ini, DNA yang terpresipitasi akan terpisah dari residu-

residu RNA dan protein yang masih tersisa. Residu tersebut juga mengalami

koagulasinamun tidak membentuk struktur fiber dan berada dalam bentuk

presipitat granular. Saat etanol atau isopropanol dibuang dan pellet dikeringkan

Page 9: Laporan Isolasi DNA Kromosom Bawang Merah

dalam tabung, maka pellet yang tersisa dalam tabung adalah DNA pekat. Proses

presipitasi kembali dengan etanol atau isopropanol sebelum pellet dikeringkan

dapat meningkatkan derajat kemurnian DNA yang diisolasi, pencucian kembali

pellet yang dipresipitasi oleh isopropanol dengan menggunakan etanol bertujuan

untuk menghilangkan residu-residu garam yang masih tersisa. Garam-garam yang

terlibat dalam proses ekstraksi bersifat kurang larut dalam isopropanol sehingga

dapat terpresipitasi bersama DNA, oleh sebab itu dibutuhkan presipitasi kembali

dengan etanol setelah presipitasi dengan isopropanol untuk menghilangkan residu

garam (Kusnawijaya). 

Proses presipitasi yang telah didapatkan dan dilakukan pencucian dengan

etanol, maka etanol kemudian dibuang dan pellet dikeringkan, perlakuan tersebut

bertujuan untuk menghilangkan residu etanol dari pelet DNA. Penghilangan

residu etanol dilakukan dengan cara evaporasi karena etanol mudah menguap

Tahap pencucian biasanya etanol dicampur dengan ammonium asetat yang

bertujuan untuk membantu memisahkan kontaminan yang tidak diinginkan seperti

dNTP dan oligosakarida yang terikat pada asam nukleat (Kusnawijaya 1993). 

Pellet DNA dikeringkan, tahap selanjutnya adalah penambahan buffer TE

ke dalam tabung yang berisi pellet dan kemudian disimpan di dalam freezer

dengan suhu sekitar -20ºC atau pada suhu dingin. Buffer TE dan penyimpanan

suhu pada -20ºC bertujuan agar sampel DNA yang telah diekstraksi dapat

disimpan hingga waktu berminggu-minggu. Pelarutan kembali dengan buffer TE

juga dapat memisahkan antara RNA yang mempunyai berat molekul lebih rendah

dibandingkan DNA sehingga DNA yang didapatkan tidak terkontaminasi oleh

RNA dan DNA sangat stabil ketika disimpan dalam keadaan terpresipitasi pada

suhu -20ºC. Isolasi DNA juga dapat dilakukan dengan menggunakan kit yang

sudah diproduksi oleh beberapa perusahan untuk mempermudah dan

mempercepat proses isolasi DNA. Kit isolasi juga disesuaikan dengan kebutuhan

oleh konsumen dan jenis sel yang akan digunakan. Berikut adalah bagan contoh

isolasi DNA tanaman dengan menggunakan Kit Nucleon Phytopure. Pengukuran

secara kuantitatif DNA dilakukan dengan menggunakan spektrofotometer UV-

Vis. Ultraviolet-visible digunakan untuk mengecek keberadaan DNA hasil

elektroforesis. DNA yang telah berikatan dengan etidium bromida akan berpendar

Page 10: Laporan Isolasi DNA Kromosom Bawang Merah

pada saat disinari oleh UV. Etidium bromida merupakan zat pewarna DNA yang

akan menyebabkan fluoresensi DNA saat disinari oleh UV. Etidium bromida akan

berikatan dengan bagian basa dari DNA dan menyebabkan transmisi sinar UV

menjadi dapat dilihat. Spektrofotometri merupakan metode analisis berdasarkan

pengukuran banyaknya energi radiasi yang diabsorpsi oleh suatu zat sebagai suatu

fungsi panjang gelombang. Teknik spektrofotomeri pada daerah ultra violet biasa

disebut spektrofotometri UV. Spektroskopi UV paling banyak digunakan dalam

analisis biologis. Spektrum absorpsi dapat diketahui panjang gelombang dengan

absorbans maksimum dari suatu unsur atau senyawa. Analisis protein biasa

dilakukan dengan pengukuran langsung pada panjang gelombang 280 nm. Metode

Spektrofotometri digunakan untuk melihat kemurnian dan konsentrasi DNA.

DNA memiliki nilai absorbansi maksimal pada panjang gelombang 260 nm (λ 260

nm) sedangkan protein memiliki absorbansi maksimal pada panjang gelombang

280 nm (λ 280 nm). Kemurnian DNA diketahui dari nilai rasio absorbansi DNA

pada λ 260 nm dengan λ 280 nm (A260/A280). Nilai rasio untuk DNA untai

ganda murni yaitu 1,8-2,0. Nilai rasio dibawah 1,8 menunjukkan adanya

kontaminan senyawa berat molekul besar misalnya protein. Nilai rasio diatas 2,0

menunjukkan adanya kontaminan senyawa berat molekul kecil misalnya RNA.

Hubungan antara absorbansi DNA pada λ 260 nm (A260) dengan konsentrasi

DNA ([DNA]) yaitu A260 = Є260. [DNA] pada Є260 adalah extinction

coefficient pada λ260. Nilai koefisien DNA untai ganda sebesar 0,02/ug.cm, pada

pengukuran di pH netral atau sedikit basa. Sehingga jika A260 adalah 1 maka

[DNA] sebesar 1/0,02 = 50 ug/ml. Sehingga [DNA] = A260.50 ug/ml (Harper

1980).

Berdasarkan hasil percobaan yang didapatkan bahwa nilai absorbansi

DNA daripada nilai absorbansi RNA. Hal ini dikarenakan bahwa DNA memiliki

berat molekul yang lebih tinggi dan penyusun yang lebih lengkap daripada RNA

dan mengarahkan sintesis RNA untuk penyimpan dan penyalur informasi genetik.

Sedangkan DNA pengemban kode genetik dan dapat mereproduksi atau

mereplikasi dirinya dengan tujuan membentuk sel-sel baru untuk reproduksi

organisme itu, dalam sebagian besar organisme, sehingga nilai konsentrasi DNA

pun lebih besar dibandingkan dengan RNA yaitu nilai konsentrasi DNA sebesar

Page 11: Laporan Isolasi DNA Kromosom Bawang Merah

1690,15, sedangkan nilai konsentrasi RNA sebesar 1240,96. Hal ini sesuai dengan

teori kemurnian suatu DNA atau RNA dari hasil isolasi DNA pada tanaman,

bahwa DNA memiliki absorbansi dan konsentrasi dibandingkan dengan RNA.

Selain itu, dalam suatu bahan pasti memiliki DNA atau RNA jadi, setian tanaman

atau memiliki perbandingan yang berbeda-beda. Data yang didapatkan dari hasil

percobaan yaitu sebesar 1,3620. Sehingga nilai rasio tidak sesuai dengan teori,

seharusnya yaitu berkisar antara 1,8-2,0. Tetapi nilai rasio yang didapatkan

dibawah 1,8. Hal ini menunjukkan adanya kontaminan senyawa berat molekul

besar misalnya protein. Kesalahan yang terjadi mungkin hasil ekstraksi sel

membuang sebagian atau hilangnya bagian dari DNA tersebut atau pada saat

dilakukan pemekatan, DNA tidak terlalu pekat atau larut ke dalam etanol yang

digunakan.

Simpulan

Berdasarkan percobaan dapat disimpulkan bahwa konsentrasi [DNA] yaitu

1690,15 sedangkan konsentrasi [RNA] yaitu 1240,96, dan nilai rasio [DNA/RNA]

yaitu 1,3620.

Daftar Pustaka

Harper, et al. 1980. Biokimia (Review of Physiological Chemistry) Edisi 17. Jakarta: EGC.

Harrow.1954. Textbook Of Biochemistry 6th Edition. U.S.A: Saunders Company.

Kusnawijaya. 1993. Biokimia. Bandung: Exact Ganeca.

Laberge, Monique. 2008. Essensial Chemistry Biochemistry. Chelsea House: An Imprint of Infobase Publishing.

McRae M. 2001. Centrifuge Safety In Handbook of Chemical Health and Safety. Washington, DC :Oxford University Press.

Page D. 1997. Prinsip-prinsip Biokimia.Jakarta:Erlangga.

Pengestu A. 2011. Spektrofotometer UV-VIS dan Refraktometer. Bogor : Institut Pertanian Bogor.

Poedjiadi A. 1994. Dasar-Dasar Biokimia.Jakarta: UI-Press.

Setiadi, Rahmat, dkk.2001. Biokimia. Jakarta:Universitas Terbuka Indonesia Press.

Page 12: Laporan Isolasi DNA Kromosom Bawang Merah