lapak biotek isolasi dna kromosom

21

Click here to load reader

Upload: nuraini-insiyah

Post on 26-Oct-2015

178 views

Category:

Documents


5 download

DESCRIPTION

isolasi DNA

TRANSCRIPT

Page 1: Lapak Biotek Isolasi Dna Kromosom

ISOLASI DNA KROMOSOM

I. TUJUAN

Memahami metode isolasi DNA kromosom dari sel prokariot berupa bakteri gram negatif menggunakan Gene JETTM Genomic DNA Purification Kit.

II. PRINSIP

Sel bakteri gram negatif dipecahkan menggunakan Proteinase K solution dan Digestion Solution atau Lysis Solution. RNA dihilangkan dengan penambahan RNAse A. Lisat dicampurkan dengan etanol, lalu dituangkan ke dalam kolom purifikasi, sehingga molekul DNA terikat pada membran silika. Kolom dicuci dengan Wash Buffer untuk membuang kontaminan. DNA kromosom dielusi dari membran silika pada kondisi kekuatan ionik yang rendah menggunakan Elution Buffer.

III. TEORI

Asam nukleat dan protein merupakan senyawa polimer utama yang terdapat pada

sel. Asam nukleat berfungsi menyimpan dan mentransmisikan informasi genetic dalam

sel (Gaffar, 2007).

Dua tipe utama asam nukleat adalah asam dioksiribonukleat (DNA) dan asam

ribonukleat (RNA). DNA terutama ditemui dalam inti sel, asam ini merupakan

pengemban kode genetik dan dapat memproduksi atau mereplikasi dirinya dengan tujuan

membentuk sel-sel baru untuk memproduksi organisme itu dalam sebagian besar

organisme, DNA suatu sel mengerahkan sintesis molekul RNA, satu tipe RNA, yaitu

messenger RNA (mRNA), meninggalkan inti sel dan mengarahkan tiosintesis dari

berbagai tipe protein dalam organisme itu sesuai dengan kode DNA-nya (Fessenden,

1990).

DNA dan RNA mempunyai sejumlah sifat kimia dan fisika yang sama sebab

antara unit-unit mononukleotida terdapat ikatan yang sama yaitu melalui jembatan

fosfodiester antara posisi 3′ suatu mononukleotida dan posisi 5′ pada mononukleotida

lainnya (Harper, 1980).

DNA terdiri dari molekul yang disebut nukleotida. Setiap nukleotida mengandung

gugus fosfat, kelompok gula dan basa nitrogen. Empat jenis basa nitrogen adenin (A),

Page 2: Lapak Biotek Isolasi Dna Kromosom

timin (T), guanin (G) dan sitosin (C). Urutan dasar tersebut adalah apa yang menentukan

instruksi DNA, atau kode genetik. Mirip dengan cara urutan huruf dalam alfabet dapat

digunakan untuk membentuk suatu kata, urutan basa nitrogen dalam urutan DNA

membentuk gen, yang dalam bahasa sel, memberitahu sel bagaimana membuat protein.

Tipe lain dari asam nukleat, asam ribonukleat, atau RNA, mentransmisikan informasi

genetik dari DNA menjadi protein. Molekul DNA yang panjang, pada kenyataannya

mereka tidak dapat masuk ke dalam sel tanpa kemasan yang tepat. Untuk muat di dalam

sel, DNA melingkar erat untuk membentuk struktur yang kita sebut kromosom. Setiap

kromosom mengandung molekul DNA tunggal. Manusia memiliki 23 pasang kromosom,

yang ditemukan di dalam inti sel (Rettner, 2013).

Plasmid merupakan molekul DNA sirkular kecil yang dapat masuk ke dalam

bakteri dan bereplikasi sendiri, terpisah dari genom inang. Kebalikan dari virus, plasmid

tidak bersifat menginfeksi, plasmid tidak merubah sel inang menjadi pabrik untuk

memproduksi plasmid. Plasmid biasanya mengode gen yang memberikan sifat tertentu

pada bakteri, misalnya gen pengode resistan antibiotik. Ahli rekayasa genetika

menggunakan plasmid sebagai alat untuk mentransfer gen asing ke dalam bakteri karena

sepotong DNA dengan cepat bergabung dengan DNA plasmid (Gaffar, 2007).

DNA memiliki fungsi sebagai berikut;

a. sebagai pembawa materi genetika dari generasi ke generasi berikutnya.

b. mengontrol aktivitas hidup secara langsung maupun tidak langsung.

c. melakukan sintesis protein.

d. sebagai autokatalis, yaitu kemampuan DNA untuk menggandakan diri (replikasi).

e. sebagai heterokatalis, yaitu kemampuan DNA untuk dapat mensintesis senyawa lain

(Black, 2013).

Sel prokariot seperti bakteri mengandung lebih banyak DNA dibanding virus.

Misalnya saja bakteri E.Coli. Escherichia coli adalah bakteri gram negatif berbentuk

batang dalam sel tunggal atau berpasangan, merupakan anggota family

Enterobacteriacea dan flora normal intestinal yang mempunyai kontribusi pada fungsi

normal intestine dan nutrisi tetapi bakteri ini akan menjadi pathogen bila mencapai

jaringan di luar jaringan intestinal. Spesies E.coli bersifat motil dengan flagel peritrik

yang dimilikinya, tetapi beberapa ada yang nonmotil (Noviana, 2004).

Page 3: Lapak Biotek Isolasi Dna Kromosom

Kromosom E. Coli merupakan molekul DNA sirkular rantai ganda. Disamping

DNA kromosom, beberapa bakteri juga mengandung DNA ekstrakromosom yang

disebut DNA plasmid. DNA plasmid juga berbentuk sirkular dengan ukuran yang jauh

lebih kecil dibanding DNA kromosom. Beberapa plasmid dapat bergabung dengan DNA

kromosom dan kemudian dapat dipotong lagi dengan tepat pada peristiwa rekombinasi.

DNA plasmid hanya berukuran 1.000-100.000 pasang basa. Plasmid membawa informasi

genetik dan mengalami replikasi untuk menghasilkan plasmid yang identik dan

diturunkan selama pembelahan sel. Beberapa plasmid tidak memberikan manfaat pada

inangnya, namun beberapa plasmid yang lain membawa gen yang mengakibatkan bakteri

resistan terhadap antibiotik. Sebagai contoh plasmid yang membawa gen pengkode

enzim β-laktamase, menyebabkan bakteri resistan terhadap antibiotik yang mengandung

cincin β-laktam, seperti penisilin dan amoxicillin (Gaffar, 2007).

Prinsip isolasi DNA kromosom adalah memisahkan DNA kromosom atau DNA

genom dari komponen-komponen sel lain. Sumber DNA bisa dari tanaman, kultur

mikroorganise, atau sel manusia. Membran sel dilisis dengan menambahkan detergen

untuk membebaskan isinya, kemudian pada ekstrak sel tersebut ditambahkan protease

(yang berfungsi mendegradasi protein) dan RNase (yang berfungsi untuk mendegradasi

RNA), sehingga yang tinggal adalah DNA. Selanjutnya ekstrak tersebut dipanaskan

sampai suhu 90ºC untuk menginaktifasi enzim yang mendegradasi DNA (DNase).

Larutan DNA kemudian di presipitasi dengan etanol dan bisa dilarutkan lagi dengan air

(Albert, 1994).

Isolasi DNA kromosom bakteri secara garis besar meliputi tahap-tahap perusakan

dan pembuangan dinding sel, lisis sel, pembuangan remukan sel, serta pemisahan DNA

dari protein dan RNA. Perusakan dinding sel antara lain dapat dilakukan dengan

pemberian lisozim, sedangkan untuk lisis sel biasanya digunakan triton X-100 atau

sodium dodesil sulfat (SDS). Pembuangan remukan sel dilakukan dengan cara

sentrifugasi, sedangkan protein dan RNA masing-masing dihilangkan menggunakan

kloroform dan RNAse. Molekul DNA yang telah diisolosi tersebut kemudian

dimurnikan, misalnya dengan penambahan amonium asetat dan alkohol. DNA hasil

isolasi dikatakan baik apabila mempunyai tingakt kemurnian yang tinggi dan tidak

mengalami fragmentasi (Albert, 1994).

Page 4: Lapak Biotek Isolasi Dna Kromosom

IV. ALAT DAN BAHAN

A. Alat1. Beaker glass.

2. Freezer atau wadah berisi balok-balok es

3. GeneJETTM Genomic DNA Purification Column

4. Inkubator

5. Mikropipet ukuran 2—20 µL, 10—100 µL, 100—1000 µL

6. Pembakar spiritus

Page 5: Lapak Biotek Isolasi Dna Kromosom

7. Sarung tangan dan masker

8. Sentrifugator

9. Tabung eppendorf

10. Tabung reaksi

11. Tip mikropipet biru dan kuning.

Page 6: Lapak Biotek Isolasi Dna Kromosom

12. Vortex

B. Bahan1. Ampicillin 2. Aqua bidestilata steril 3. Biakan bakteri Escherichia coli 4. Etanol 50%5. GeneJETTM Genomic DNA Purification Kit: Proteinase K solution, Rnase A

solution, Digestion solution, Lysis Solution, Wash Buffer I,Wash Buffer II, Elution Buffer (10mM TrisCl, pH 9 0,5 mM, EDTA), GeneJETTM Genomic DNA Purification Column, tabung kolektor 2 mL.

6. Media Lurea Bertani (LB) cair.

V. PROSEDUR

Semua alat dan bahan disiapkan meliputi tip mikropipet, mikropipet, bunsen,

eppendorf, vortex, kolom, mikrosentrifuga, waterbath, lemari pendingin, biakan bakteri

Escherichia colli T 10, ddH2O, digestion solution, proteinase K, RNAse, etanol 50%,

wash buffer I dan II, elution buffer. Bakteri dari media diremajakan pada media LB baru

dengan cara 1 koloni bakteri dari plate biakan berumur 18-24 jam diinokulasikan dalam

5 ml media LB yang telah ditambahkan kloramfenikol 100µg/ml (dilakukan oleh selain

praktikan). Langkah berikutnya yaitu panensel. Suspensi bakteri dipindahkan pada

eppendorf 1.5 ml dan dilakukan sentrifugasi pada 5000g selama 5 menit, pengerjaan

dilakukan sampai suspensi habis disentrifugasi semuanya. Supernatan yang dihasilkan

kemudian dibuang dan pelet disatukan dalam satu eppendorf dengan cara menambahkan

larutan 500µl ddH20 sehingga pelet mudah dipindahan. Kumpulan pelet setelah panen sel

disatukan dalam satu eppendorf lalu disentrifugasi lagi pada 5000g selama 5 menit.

Supernatan yang dihasilkan kemudian dibunang. Pelet yang tersisa ditambahkan lagi

Page 7: Lapak Biotek Isolasi Dna Kromosom

500µl ddH2O lalu diresuspensi dengan cara pipeting sampai pelet tersuspensikan dalam

ddH2O. Setelah homogen tambahkan 45µl digestion solution lalu lakukan resuspensi

ulang kemudian tambahkan 5µl proteinase K setelah itu tabung tersebut divortex hingga

homogen. Hasil dari perlakuan tersebut adalah suspensi sel yang telah pecah. Perlakuan

selanjutnya yaitu proses ekstrasi dengan cara suspensi tersebut diinkubasi pada suhu

56oC selama 30 menit. Hasil ekstrasi kemudian ditambahkan 5µl RNAse lalu dvortex

hingga homogen selama 10 detik. Setela itu ditambahkan lagi 50µl lisis solution dan

dihomogenkan kembali dengan cara di vortex selama 15 detik. Ekstrak lalu ditambahkan

etanol 50% kemudian di vortex lagi. Ekstrak dalam eppendorf lalu dituangkan kedalam

kolom yang sudah terpasang dengan tabung kolektor. Kemudian kolom disentrifugasi

selama 1 menit pada 6000G. Supernatan yang dihasilkandalam tabung kolektor

kemudian dibunang. Kolom dimasukan kembali ke dalam tabung kolektor yang sama.

Setela itu ditambahkan 250µl Wash Buffer I ke dalam kolom. Lalu disentrifugasi selama

1 menit pada 8000g. Supernatan yang dihasilkan didalam tabung kolektor dibuang, lalu

kolom purifikasi ditempatkan kembali dalam tabung kolektor yang sama. Sebanyak

250µl Wash buffer II (dengan penambahan etanol) ditambahkan ke dalam kolom, lalu

disentrifugasi selama 3 menit pada 12000g. jika larutan residu masih ada dalam kolom,

maka tabung kolektor dikosongkan dan disentrifugasi kembali pada 12000g selama 1

menit. Supernatant pada tabung kolektor dibuang dan kolom dipindahkan ke dalam

tabung eppendorf 1,5 mL baru. Sebanyak 50µl Elution Buffer ditambahkan ke dalam

bagian tengah membran kolom plasmid (tip mikropipet tidak boleh menyentuh membran

kolom) untuk mengelusi DNA kromosom. Kemudian kolom diinkubasi selama 2 menit

pada suhu ruang, lalu disentrifugasi pada 8000g selama 1 menit dilakukan sebanyak 2

kali. Kolom purifikasi dilepaskan dari tabung eppendorf, tabung eppendorf diberi simbol

1 fraksi A, DNA murn disimpan pada suhu -20oC. Kemudian kolom dipasang ke dalam

eppendorf 1,5 mL baru, lalu lakukan teknik yang sama seperti diatas, setelah selesai

lepas kolom dan eppendorf diberi simbol 2 fraksi B, DNA murni disimpan pada suhu -

20oC.

VI. DATA PENGAMATAN

No Perlakuan Hasil

1. Dibiakan bakteri E. coli top 10 dalam 5 ml

LB cair steril ditambah

Diperoleh suspensi bakteri E. coli

Page 8: Lapak Biotek Isolasi Dna Kromosom

ampicilin/kloramfenikol sebanyak 5 ml.

Diinkubasi pada suhu 37 o selama 12-16 jam

2. Larutan biakan suspensi E. coli diambil

masing-masing 1 ml dipindahkan pada 2

tabung eppendrof 1,5 ml. Disentrifugasi

pada kecepatan 6000 rpm (5000 x g) selama

5 menit. Lakukan sampai larutan suspensi

habis.

Diperoleh pelet dan supernatan

(dibuang).

3. Pelet ditambahkan 500 µl ddH2O kepada

salah satu tabung diresuspensi. Kemudian

dipindahkan pada tabung eppendrof lainnya.

Pelet dan ddH2O bercampur homogen.

Diperoleh 1 tabung eppendrof.

4. Tabubng eppendrof di sentrifugasi

kecepatan 6000 rpm (5000 x g) selama 5

menit

Diperoleh pelet dan supernatan

( dibuang).

5. Ditambahkan 45 µl digest solution,

kemudian dipipeting, ditambah 5 µl

proteinase K, di vortex

Larutan tercampur homogen. Suspensi

sel yang pecah

6. Dipanaskan diatas penangas air 56 0 C

selama 30 menit.

diperoleh Ekstrak sel , suspensi menjadi

panas

7. Ditambahkan 5 µl RNAse A, divortex,

disimpan pada suhu ruangan

Ekstrak sel

8. Ditambahkan 50 µl lisis solution, divorteks Suspensi menjadi homogen

9. Ditambahkan 100 µl etanol 50 % dan di

vortex

Suspensi menjadi homogen

10. Dipindahkan pada GeneJETTM Genomic

DNA Purification Column dalam tabung

kolektor. Disentrifugasi pada 6000 g selama

1 menit.

Supernatan dalam tabung kolektor

dibuang.

11. Ditambahkan 250 µl wash buffer I ke dalam Supernatan dalam tabung kolektor

Page 9: Lapak Biotek Isolasi Dna Kromosom

kolom. Kemudian disentrifugasi dengan

kecepatan 8000 g dalam 1 menit.

dibuang.

12. Ditambahkan 250 µl wash buffer II ke dalam

kolom. Kemudian disentrifugasi dengan

kecepatan 1200 g dalam 3 menit.

Supernatan dalam tabung kolektor

dibuang.

13. Kolom dipindahkan pada tabung eppendorf

baru.

14. Ditambahkan 50 µl elution buffer,

diinkubasi pada suhu ruang selama 2 menit .

kemudian disentrifugasi dengan kecepatan

8000 g selama 1 menit dilakukan dua kali

sentrifugasi.

Kolom dilepas, supernatan pada tabung

eppendorf diambil dan disimpan pada

suhu -200 C.

VII. PEMBAHASAN

Praktikum kali ini adalah isolasi DNA Kromosom. Tujuannya adalah untuk

memahami metode isolasi DNA kromosom dari sel prokariot berupa bakteri Gram

negatif menggunakan GeneJETTM Genomic DNA Purification Kit. Pada prinsipnya

bakteri gram negatif dipecahkan menggunakan Proteinase K dan Digestion Solution atau

Lysis Solution. RNA dihilangkan dengan penambahan RNase A. Lisat dicampurkan

dengan etanol, lalu dituangkan ke dalam kolom purifikasi, sehingga molekul DNA

terikat pada membran silika. Kolom dicuci dengan Wash Buffer untuk membuang

kontaminan. DNA kromosom dielusi dari membran silika pada kondisi kekuatan ionik

rendah menggunakan Elution Buffer.

Ada lima tahap untuk melakukan isolasi DNA, yaitu : isolasi sel, pelisisan

dinding sel dan membran sel, pengekstraksian dalam larutan, purifikasi, dan presipitasi.

Tahap pertama yang dilakukan yaitu mengisolasi sel yang ingin digunakan. Pada

praktikum kali ini sudah disediakan Escherichia coli top 10 yang diambil dari pelet

biakan berumur 18-24 jam, lalu diinokulasikan ke dalam medium LB (Lurea Bertani)

yang telah ditambahkan antibiotik kloramfenikol 100 μg/ml. Biakan di inkubasi selama

12-16 jam pada suhu 37oC dengan pengocokan 200-250 rpm.

Page 10: Lapak Biotek Isolasi Dna Kromosom

Sebanyak 1,5 ml biakan bakteri dimasukkan ke dalam tabung Eppendrof 1,5 ml.

Tabung Eppendrof adalah mikrotabung sentrifuga yang berfungsi untuk sentrifugasi

sampel dalam ukuran mikroliter. Sampel disentrifugasi pada kecepatan 6000 rpm (5000 x

g) selama 5 menit. Sentrifugasi adalah suatu teknik atau metode pemisahan melalui

proses pengendapan dengan memberikan gaya sentrifuga atau kecepatan sentrifuga pada

partikel-partikelnya.

Campuran heterogen yang terdapat dalam sampel dengan berat jenis berdekatan

akan sangat sulit untuk dipisahkan sehingga dilakuakn metode sentrifugasi untuk

memisahkan bakteri dari media dan pengotornya, atau disebut panen sel. Membiarkan

senyawa tersebut terendapkan karena adanya gravitasi yang berjalan sangat lambat.

Setelah dilakukan sentrifugasi selama 5 menit, supernatannya dibuang.

Supernatan adalah bagian dari cairan yang berada diatas fase endapan, biasanya berisi

pengotor dan dibuang karena yang dibutuhkan adalah bakteri yang mengendap pada

dasar tabung Eppendorf. Langkah diatas dilakukan sampai biakan bakteri yang berada

dalam tabung habis sehingga didapat endapan atau pelet sel bakteri dari semua biakan.

Kemudian pelet bakteri ditambahkan 1,0 ml aquabidest. Aquabidest adalah air

yang telah melaui proses destilasi sebanyak dua kali sehingga steril. Aquabidest ini

ditambahkan untuk pencucian. Setelah aquabidest dimasukkan, dilakukan pipeting

dengan menggunakan mikropipet, dengan cara dipipet dan dibuang pada tabung tersebut

sehingga aquabidest dengan pelet menjadi suspensi. Kemudian disentrifugasi pada

kecepatan 8000 rpm (5000 x g) agar pelet kembali terbentuk. Kemudian supernatannya

dibuang. Tahap pencucian ini dilakukan sebanyak dua kali.

Setelah selesai dengan pencucian, pelet ditambahkan 45 μl Digest Solution.

Kemudian dilakuakn pipeting sehingga digest solution mengenai smeua pelet sel dan sel

akan lisis. Digest Solution adalah larutan yang berfungsi untuk melisis sel sehingga

komponen-komponennya akan lisis. Digest solution ini bersifat merusak dinding dan

membran sel bakteri dan menghasilkan komponen-komponen sel, seperti DNA, RNA,

protein dan lain-lain. Kemudian untuk menghilangkan protein dari hasil lisis sel

ditambahkan Proteinase. Proteinase merupakan enzim yang mendenaturasi protein atau

bersifat merusak protein dengan cara mengubah proteosa, pepton dan polipeptida

menjadi asam amino. Setelah dimasukan proteinase, dugunakan alat vortex yang

berfungsi untuk menggetarkan bagian bawah tabung eppendorf sehingga pelet yang

Page 11: Lapak Biotek Isolasi Dna Kromosom

menempel dan tidak terangkat pada proses pipeting akan terangkat dan bergabung

menjadi suspensi. Vortex digunakan hanya beberapa detik karena getarannya sudah

cukup mencampurkan pelet menjadi suspensi sel yang pecah.

Suspensi sel yang pecah diinkubasi pada suhu 56oC selama 30 menit untuk

mendapat ekstrak sel. Setelah itu, suspensi sel yang telah pecah di inkubasi pada suhu 56o

C selama 30 menit untuk mengoptimalkan kerja enzim yang sangat dipengaruhi oleh

suhu. Kemudian, ekstrak sel yang diperoleh ditambahkan 5 µl RNase A untuk

menghancurkan RNA sehingga yang tertinggal dalam ekstrak hanya DNA dan hasil yang

diisolasi berupa DNA murni. Lalu, ekstrak tersebut dikocok menggunakan vortex agar

larutannya homogen. Selanjutnya, campuran tersebut diisolasi selama 10 menit pada

suhu ruangan untuk menginaktivasi enzim yang mendegradasi DNA (DNAase).

Kemudian 50 µl Lysis Solution ditambahkan ke dalam campuran untuk melisis

dinding dan membran sel bakteri. Lalu, campuran ini dihomogenkan dengan pengocokan

menggunakan vortex selama 15 detik. Ekstrak tersebut kemudian ditambahkan dengan

100 µl etanol 50 % untuk membantu presipitasi DNA karena adanya perbedaan polaritas.

Lalu, laurtan dihomogenkan lagi dengan vortex. Kemudian larutan dipipet ke kolom

dalam tabung kolektor dengan menggunakan mikropipet. Pemipetan ini dilakukan tegak

lurus dan hati-hati agar tidak meusak kolom. Lalu kolom disentrifugasi selama 1 menit

pada kecepatan 6.000 x g. Hal ini bertujuan untuk memisahkan kontaminan yang

mungkin masih terdapat pada supernatan. Kemudian supernatan dalam tabung kolektor

dibuang. Dan kolom dimasukkan kembali ke dalam tabung kolektor yang sama.

Kemudian sebanyak 250 µl Wash buffer I dimasukkan ke dalam kolom, lalu

disentrifugasi selama 1 menit pada kecepatan 9400 rpm ( 8000 x g ) . Teknologi Wash

Buffer adalah sebuah formulasi optimal buffer dan garam yang memaksimalkan

penyerapan antibodi dan antigen ke piring plastik. Selama proses adsorpsi, kinerjanya

untuk menstabilkan protein yang terlapisi, memungkinkan untuk mengikat reaktivitas

yang lebih besar dengan molekul deteksi, sehingga meningkatkan sinyal tertentu. Dengan

menghasilkan sinyal tertentu yang lebih tinggi, konsentrasi yang lebih rendah dari

protein mantel mungkin diperlukan ketika buffer ini digunakan, sehingga menghemat

reagen. Tujuan dari sentrifugasi ini adalah untuk mendapatkan pellet yang akan

mengendap di dasar kolom. pada saat kontak langsung dengan wash buffer , diharapkan

berhati – hati , karena zat ini dapat menimbulkan iritasi terhadap kulit. Setelah itu,

supernatan dalam tabung kolektor dibuang. Supernatan adalah substansi hasil

Page 12: Lapak Biotek Isolasi Dna Kromosom

sentrifugasi yang memiliki bobot jenis yang lebih rendah. Posisi dari substansi ini berada

pada lapisan atas dan warnanya lebih jerbih. Sementara pelet adalah substansi hasil

sentrifugasi yang memiliki bobot jenis yang lebih tinggi. Posisinya berada pada bagian

bawah (berupa endapan) dan warnanya lebih keruh. Lalu, kolom purifikasi ditempatkan

kembali dalam tabung kolektor yang sama.

Langkah selanjutnya adalah sebanyak 250 µL Wash Buffer II (dengan

penambahan etanol) ditambahkan ke dalam kolom, lalu disentrifugasi selama 3 menit

pada kecepatan 14.000 rpm (12.000 x g). Supernatan pada tabung kolektor dibuang dan

kolom dipindahkan ke dalam tabung Eppendorf 1,5 mL baru. Tabung Eppendorf ini

berguna untuk mengisolasi DNA kromosom yang dilakukan.

Kemudian sebanyak 250 µL Elution Buffer ditambahkan ke bagian tengah

membran kolom plasmid untuk mengelusi DNA kromosom, tip mikropipet tidak boleh

menyentuh membran kolom karena akan menimbulkan kontaminasi. Kolom diinkubasi

selama 2 menit pada suhu ruang, lalu disentrifugasi pada kecepatan 9.400 rpm (8000 x g)

selama 1 menit, tahap ini dilakukan 2 kali agar mendapatkan kemurnian yang baik.

Kolom purifikasi dilepaskan dari tabung Eppendorf. DNA murni disimpan pada suhu -

20° C.

VIII. KESIMPULAN

Page 13: Lapak Biotek Isolasi Dna Kromosom

Telah dipahami prinsip isolasi DNA kromosom dan telah dilakukan metode isolasi DNA kromosom dari sel prokariot berupa bakteri gram negatif menggunakan Gene JETTM Genomic DNA Purification Kit.

DAFTAR PUSTAKA

Page 14: Lapak Biotek Isolasi Dna Kromosom

Albert, Brush. 1994. Biologi Molekular Sel Edisi ke-2. Jakarta: Gramedia.

Black, Rahmatdi. 2013. Fungsi serta Peranan DNA. Tersedia di http://www.csbioinformatika.us/2013/07/fungsi-serta-peranan-dna.html [Diakses tanggal 25 September 2013].

Fessenden, Ralph J. 1990. Kimia Organik Jilid I. Jakarta: Erlangga.

Gaffar, Shabarin. 2007. Buku Ajar Bioteknologi Molekul. Bandung: Universitas Padjadjaran.

Harper, et al. 1980. Biokimia Review of Physiological Chemistry Edisi 17. Jakarta: EGC.

Noviana, Hera. 2004. Pola Kepekaan Antibiotik E.Coli yang diisolasi dari Berbaga Spesimen

Klinis. Tersedia di http://www.univmed.org/wpcontent/uploads/2011/02/Hera.pdf

[Diakses taggal 25 September 2013].

Rettner, Rachael. 2013. DNA: Definition, Structure and Discovery. Available online at

http://www.livescience.com/37247-dna.html [Diakses tanggal 25 September 2013].