iss

[Type text] Page 0

ACD/CHEMSKETCHFOR MICROSOFT WINDOWS

TUTORIAL CHEMSKETCH 2014

M. Eka Putra Ramandha

Tri Settya Rini

Nurrima Suryani

Ely Nurul wahyuni

Maya Anggraini

IKIP MATARAM

KATA PENGANTAR

Pada kesempatan ini kami menyampaikan penghargaan kepada

semua pihak yang telah terlibat dalam penyusunan buku ini, yang

tidak dapat kami sebutkan satu persatu. Semoga Tuhan Yang Maha

Esa membalas semua kebaikan dan jerih payah saudara-saudara

sekalian.

Dalam penyusunan buku ini, kami akui masih jauh dari sempurna.

Untuk itu saran dan kritik yang membangun kearah penyempurnaan

buku ini kami terima dengan tangan terbuka

Akhirnya, mudah-mudahan buku ini dapat berguna dan membantu

siapa saja yang membaca dan membutuhkan cara membuat struktur

kimia dengan baik dan benar.

Penulis,

ACD/Chemsketch Page i

DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR............................................................................................................................... i

1. PENGENALAN CHEMSKETCH..........................................................................................................1

1.1 Memulai ACD/Chemsketch......................................................................................................1

1.2 Menyimpan File ACD/Chemsketch...........................................................................................4

1.3 Mengakhiri ACD/chemsketch...................................................................................................6

2. DASAR-DASAR CHEMSKETCH.........................................................................................................7

2.1 Menggambar Struktur Sederhana............................................................................................7

2.2 Menambahkan cabang pada struktur atom.............................................................................9

2.3 Memberi nama pada struktur atom.......................................................................................11

2.4 Membuat ikatan rangkap.......................................................................................................12

2.5 Menghapus Atom...................................................................................................................13

2.6 Undo Tool...............................................................................................................................13

2.7 Mengubah Atom....................................................................................................................15

2.8 Cara menggambar stuktur Lewis ...........................................................................................17

2.9 Menampilkan Struktur 3-Dimensi (3D)...................................................................................21

2.10 Menampilkan Molekul dalam MS-Word..............................................................................34

2.11 Menyimpan Molekul dalam Berbagai Format......................................................................41

3. MENGGAMBAR STRUKTUR KOMPLEKS........................................................................................41

3.1 Menggunakan Tabel Radikal...................................................................................................46

3.2 Menggunakan Ring Struktur...................................................................................................47

3.3 Menghapus atom dan Fragmen.............................................................................................49

3.4 Menghapus Beberapa Atom Bersamaan................................................................................49

3.5 Mengatur ikatan rangkap dua dan tiga..................................................................................50

3.6 Membuat Anion, Kation dan Radikal......................................................................................51

DAFTAR PUSTAKA.............................................................................................................................54

[Type text] Page ii

TUTORIAL CHEMSKETCH

1 PENGENALAN CHEMSKETCH

Pada Bab awal ini kita akan membahas mengenai pengenalan

tentang chemsketch yaitu:

1. Cara memulai/membuka program chemsketch

2. Cara menyimpan file pada chemsketch

3. Cara mengakhiri program chem sketch

1.1 Memulai ACD/Chemsketch

Setelah program ACD/chemsketch terinstall pada computer

anda ikuti langkah – langkah dasar berikut ini untuk membuka

program ACD/Chemsketch yang telah anda install tadi.

1. Dari menu windows : Start > Program > ACDLABS 11.0 >

Chemsketch

ACD/Chemsketch Page 1

TUTORIAL CHEMSKETCH


TUTORIAL CHEMSKETCH

2. Klik OK ketika muncul Tip of the Day


TUTORIAL CHEMSKETCH

1.2 Menyimpan File ACD/Chemsketch

Jika anda akan menyimpan hasil kerja anda pada chemsketch,

berikut ini langkah-langkahnya:

1. Pada Menu Bar klik “FILE” yang ada di pojok kiri atas

2. Lalu akan muncul pilihan “SAVE or SAVE AS”

3. Pilih SAVE AS untuk menyimpan dengan menggunakan nama

4. Pilih folder dimana akan anda simpan hasil kerja anda tadi

5. Klik save, sekarang file anda telah tersimpan


TUTORIAL CHEMSKETCH


TUTORIAL CHEMSKETCH

Atau anda bisa mengklkik tombol save yang ada pada toolbar

,maka secara otomatis file anda akan tersimpan.

1.3 Mengakhiri ACD/chemsketch

Klik Close yang ada di pojok kanan atas, maka secara

otomatis anda mengakhiri/menutup program ACD/chemsketch


TUTORIAL CHEMSKETCH

2 DASAR-DASAR CHEMSKETCH

2.1 Menggambar Struktur Sederhana

1. Aktifkan tool draw chain yang ada di bagian kiri atas editor.

Dalam editor klik dan tarik rantai sampai muncul tulisan C5

pada ujung rantai.

2. Selanjutnya kita akan menambahkan gugus –OH, aktifkan

tombol oxygen yang ada di sebelah kiri editor, kemudian


TUTORIAL CHEMSKETCH

tambahkan gugus –OH pada ujung rantai dengan cara

mengklik salah satu gugus (-CH).


TUTORIAL CHEMSKETCH

2.2 Menambahkan cabang pada struktur atom.

Pada bagian ini kita akan mencoba menambahkan cabang pada

suatu struktur. Langkah-langkahnya sebagai berikut:

1. Pastikan tombol tombol Draw chain aktif

2. klik tombol carbon yang ada di sebelah kiri editor, karena

cabang yang akan ditambahkan adalah rantai carbon.

3. Selanjutnya letakkan cursor pada sudut (-CH2-) yang kita

inginkan. Kemudian klik kiri dan drag kursor keatas atau

kebawah untuk menambah rantai carbon sesuai keinginan.


TUTORIAL CHEMSKETCH


TUTORIAL CHEMSKETCH

2.3 Memberi nama pada struktur atom

Aplikasi ACD/Chemsketch ini juga bisa memberi nama pada

struktur yang telah kita gambar. Langkah-langkahnya sebagai

berikut:

1. Klik menu Tool > Generate >Name for sturctur atau klik icon

yang berada pada bagian kanan atas


TUTORIAL CHEMSKETCH

2.4 Membuat ikatan rangkap

Sekarang kita akan membuat struktur yang memiliki ikatan

rangkap, seperti Alkena dan Alkuna. Langkah-langkahnya sebagai

berikut :

1. Pada struktur klik ikatan terakhir untuk membuat ikatan

rangkap dua

2. Klik pada ikatan rangkap dua tadi untuk membuat ikatan

rangkap tiga

3. Dan klik ditempat yang sama untuk membuat ikatan tunggal

kembali


TUTORIAL CHEMSKETCH

2.5 Menghapus Atom

Jika Anda telah menambahkan terlalu banyak atom, Anda dapat

menghapusnya.

1. Pada General toolbar, klik DELETE

2. Dengan mengaktifkan DELETE tool klik atom yang akan

dihapus.

Struktur sekarang terlihat seperti ini

2.6 Undo Tool

Operasi lain yang penting adalah Undo Tool

1. Klik Undo tool untuk. Ini akan mengatur ulang layar

ChemSketch persis seperti sebelum anda melakukan

perubahan terakhir.(jika Undo tool dijalankan, Redo Tool juga

akan aktif).


TUTORIAL CHEMSKETCH

Catatan: Perintah Undo dapat diulang sampai 50 kali. Ketika

Anda mulai untuk membuat suatu struktur yang lebih

kompleks atau objek grafis.

2.7 Mengubah Atom

Anda dapat merubah suatu atom dengan atom yang lainnya

yang anda inginkan.

1. Buatlah struktur sederhana terlebih dahulu. Seperti Gambar

ini :

2. Pada atom toolbar klik Tabel Periodik untuk membuka

Tabel Periodik Unsur.


TUTORIAL CHEMSKETCH

3. Klik Fluor dalam Tabel Periodik Unsur dan klik OK.

Perhatikan bahwa Fluor sekarang muncul di Atom toolbar.

4. Klik karbon paling kiri untuk menggantinya dengan atom

fluorin.

Catatan: Bila Anda memilih unsur-unsur baru dari Tabel Periodik

Unsur , tombol yang sesuai secara otomatis ditambahkan ke Atom

toolbar . Untuk menghapus tombol ini dari Atom toolbar , klik


TUTORIAL CHEMSKETCH

ganda pada salah satu dari mereka atau double - klik pada Atom

toolbar dan pilih Yes . Ini akan menghapus semua kecuali tombol

atom default.


TUTORIAL CHEMSKETCH

2.8 Cara menggambar stuktur Lewis

1. Buka ChemSketch: Klik Start-> Program ACDLabs 12 ->

ChemSketch

2. Klik F5 atau klik menu Template -> Template Windows

3. Pilih model struktur Lewis yang sesuai dengan meng-klik-

nya dan kemudian klik pada area kerja Chemsketch.

Misalnya saya pilih struktur Lewis dari CH4.


TUTORIAL CHEMSKETCH


TUTORIAL CHEMSKETCH

4. Pindahkan dari mode structur ke mode Draw agar struktur

lewis tadi bisa dicopy.

5. Pilih stuktur lewis tadi, kemudian copy dengan menekan

tombol CTRL+C atau klik edit ->Copy

6. Buka pengolah data yang biasa anda gunakan


TUTORIAL CHEMSKETCH

7. Paste struktur lewis tadi dengan menekan CTRL+V pada

pengolah data yang anda gunakan.

8. Lakukan hal yang sama pada struktur lewis yang lainnya.


TUTORIAL CHEMSKETCH

2.9 Menampilkan Struktur 3-Dimensi (3D)

Kita akan mengubah/membuat tampilan suatu struktur menjadi

3-Dimensi (3D). Lakukanlah langkah-langkah berikut untuk

membuat tampilan struktur menjadi 3-Dimensi (3D)

1. Buatlah rumus sederhana seperti dibawah ini :

2. Jalankan program 3D Viewer dengan melakukan perintah

menu berikut : ACD/Labs > 3D Viewer (Freware) Akan

muncul program 3D Viewer dengan latar belakang berwarna

hitam.


TUTORIAL CHEMSKETCH


TUTORIAL CHEMSKETCH

3. Selanjutnya dengan menekan salah satu dari 6 tombal pada

batang perkakas (Toolbar) di bagian atas layar (lihat bagian

yang dilingkari pada gambar di atas), kita dapat mengubah

tampilan molekul dari (mulai dari kiri): wire, stick, ball-and-

stick, space-fill dan cloud. Silakan dicoba. Bisa dilihat di

halaman-halaman berikut, berbagai tampilan molekul tersebut

tidaklah menunjukkan struktur 3 dimensinya, karena molekul

tersebut hasil copy dari gambar 2 dimensi. Kita harus

melakukan “optimasi geometri” dengan mekanika molekul

sederhana, yang akan kita lakukan di bawah ini.


TUTORIAL CHEMSKETCH

Tampilan molekul “Stick”


TUTORIAL CHEMSKETCH

Tampilan molekul “ball-and-stick”


TUTORIAL CHEMSKETCH

Tampilan molekul “space-fill”


TUTORIAL CHEMSKETCH

Tampilan molekul “disks”

4. Satu tombol lagi tepat di sebelah kanan dari 6 tombol diatas

merupakan tombol untuk menampilkan awan electron yang

dapat dikombinasikan dengan salah satu dari ke-6 tombol

disebelah kirinya, seperti dapat dilihat pada gambar dibawah.


TUTORIAL CHEMSKETCH

5. Selanjutnya lakukan optimasi geometri dengan perintah menu:

Tools > 3D Optimazion. Akan dihasilkan tampilan 3 dimensi,

yang juga memunculkan atom-atom hydrogen.


TUTORIAL CHEMSKETCH


TUTORIAL CHEMSKETCH

6. Kita dapat mengubah tampilan menjadi ball-and-stick dengan

mengklik tombol yang sesuai


TUTORIAL CHEMSKETCH

7. Kita dapat memutar-mutar molekul dengan menggerak-

gerakkan kursor keatas atau kebawah, kekiri atau kekanan

sambil terus mengklik layar hitam.


TUTORIAL CHEMSKETCH


TUTORIAL CHEMSKETCH

2.10 Menampilkan Molekul dalam MS-Word


TUTORIAL CHEMSKETCH

Kita ingin agar diktat/makalah yang kita buat dapat memuat

molekul dalam tampilan 3dimensi. Berikut langkah- langkahnya:

1. Jalankan Microsoft Word.

2. Kembali ke program 3D Viewer, putar molekul agar

tamplinnya sesuai dengan yang akan dimunculkan dalam MS-

Word. Salin(copy) molekul tersebut dengan perintah menu:

Edit > Copy > atau tekan Ctrl+C

3. Kembali ke MS-Word lalu lakukan perintah: Edit > Paste, atau

tekan Ctrl+V


TUTORIAL CHEMSKETCH

Ternyata latar belakang hitam turut ter-copy, yang membuat

hasilnya agak mengecewakan. Kita menginginkan agar latar

belakangnya putih, agar sesuai dengan latar belakang tulisan kita di

MS-Word. Jadi, kita klik gambar di atas, lalu tekan Del untuk

menghapusnya dari MS-Word, agar kita dapat mengulang perintah

meng-copy molekul setelah latar belakangnya dibuat putih. Program

3D Viewer menyediakan perintah untuk mengubah warna latar

belakang.


TUTORIAL CHEMSKETCH

4. Jika Anda belum melakukannya, silakan klik gambar molekul

berlatar hitam pada MS-Word, lalu tekan Del. Setelah itu

berpindahlah kembali ke program 3D Viewer.

5. Lakukan perintah menu di 3D Viewer: Options > Colors, lalu

di kotak dialog yang muncul, ubah warna latar belakang

(background) menjadi putih, lalu klik OK.


TUTORIAL CHEMSKETCH


TUTORIAL CHEMSKETCH

6. Ulangi rangkaian perintah untuk meng-copymolekul dari 3D

Viewer ke MS-Word, tapi sekarang dengan latar belakang

molekul berwarna putih


TUTORIAL CHEMSKETCH


TUTORIAL CHEMSKETCH

2.11 Menyimpan Molekul dalam Berbagai Format

Di bawah ini kita akan menyimpan molekul 3 dimensi di atas

dengan nama (extension s3d otomatis diberikan oleh ChemSketch

ketika kita menyimpan file). Karena setelah ini kita akan mencoba

menampilkan molekul tersebut di web, maka kita akan simpan file

pula tersebut dalam format yang lain juga.

1. Simpan molekul 3 dimensi ini, dengan melakukan perintah

menu ChemSketch: File > Save, lalu beri nama, dan klik Save


TUTORIAL CHEMSKETCH

2. Simpan pula molekul yang sama dalam format yang lain,

dalam hal ini format MDL Molfiles (*.mol), dengan

melakukan perintah: File > Save As, lalu pada bagian Save as

type, pilih MDL Molfiles (*.mol). Beri nama sama, lalu klik

Save.


TUTORIAL CHEMSKETCH


TUTORIAL CHEMSKETCH

3. MENGGAMBAR STRUKTUR KOMPLEKS

3.1 Menggunakan Tabel Radikal

Tabel Radikal meliputi dari asam amino, gugus fungsi, serta

nukleotida dan radikal lain yang sering digunakan.

1. Pada Reference toolbar klik Table of radical untuk

menampilkan Tabel radikal.

2. Klik rumus strkur yang anda inginkan, maka rumus struktur

yang anda pilih akan muncul pada lembar kerja anda.


TUTORIAL CHEMSKETCH

3.2 Menggunakan Ring Struktur

Sekarang kita akan membuat/menggambar struktur dari

hexadecahydrocyclopenta [ c ] fluoren-3 asam ,4,5,7,8,9-

hexacarboxylic

1. Pada Reference toolbar, klik

2. Klik di laman kerja anda untuk menggambar struktur yang

sudah anda pilih tadi

3. Dan pada Reference toolbar, klik

4. Klik pada lembar kerja, untuk membuat struktur seperti ini:

5. Ulangi terus langkah tadi, hingga mendapatkan struktur seperti

ini :

6. Pada struktur toolbar klik Set bond vertical untuk

memutar struktur tadi menjadi seperti ini:


TUTORIAL CHEMSKETCH

7. Pada Reference toolbar klik

8. Klik atom ditunjukkan pada gambar ini

untuk membuat struktur seperti ini

3.3 Menghapus atom dan Fragmen


TUTORIAL CHEMSKETCH

Kita akan menghapus atom ditunjukkan oleh tanda panah

untuk membuat struktur seperti gambar dibawah ini

3.4 Menghapus Beberapa Atom Bersamaan

Pada bagian ini, Anda akan belajar bagaimana untuk

menghapus semua elemen structural secara bersamaan.

1. Pada struktur toolbar klik Lassao On/Off untuk

mengaktifkan Lasso mode deteksi

2. Drag pada struktru yang telah dibuat tadi untuk memimih

atom-atom mana yang tidak dibutuhkan


TUTORIAL CHEMSKETCH

3. Pada toolbar General, klik Delete, maka secara otomatis atom

tersebeut akan terhapus secara bersamaan.

3.5 Mengatur ikatan rangkap dua dan tiga

1. Aktifkan salah satu dari ketiga draw tool, Draw Normal

Draw Continuous Draw Chains

Klik ikatan pada struktur, sepert gambar dibawah ini :

untuk membuat ikatan rangkap dua seperti ini :


TUTORIAL CHEMSKETCH

2. Gunakan tombol change position untuk merubah posisi

pada atom. Klik tombol tersebut dan klik gugus hydrogen pada

struktur tersebut

3.6 Membuat Anion, Kation dan Radikal

Pada bagian ini kita akan beelajar cara membuat struktur-

struktru seperti ini

1. Pada Atom toolbar , klik carbon dan pastikan tool Draw

Normal aktif

2. Klik tiga kali pada tempat yang sam untuk membuat struktur

seperti ini :


TUTORIAL CHEMSKETCH

3. Pada atom toolbar klik Nitrogen dan kemudian klik

dibagian tengah dari struktrur tadi, maka akan terbentuk

struktur seperti ini:

4. Pada atom toolbar klik increment (+) charge untuk

menampilkan tombol-tombol seprtri ini :

5. Klik Decrement (-) charge dan kilik NH untuk membuat

anion

6. Klik kanan untuk beralih ke increment (+) charge , dan

klik dua kali untuk membuat cation.

7. Klik Radical untuk membuat radical dan klik NH untuk

menambahkan radical pada struktur tersebut


TUTORIAL CHEMSKETCH

8. Klik kanan pada lembar kerja yang kosong, untuk beralih ke

tombol Positive Radical Ion dan klik untuk membuat

Positive radical pada struktur

9. Klik kanan pada lembar kerja yang kosong, untuk beralih ke

tombol Negative Radical Ion dan klik untuk membuat

Negative radical pada struktur

10. Pada Group of button klik Radical dan klik dua kali pada

struktur yang anda buat, agar menghasilkan struktur seperti ini

11.Klik lagi pada struktur yang sama dengan menggunakan

radical tool, sampai menghasilkan struktur seperti ini


TUTORIAL CHEMSKETCH

DAFTAR PUSTAKA


iss

Documents