Secara umum media EMB agar adalah media isolasi untuk membedakan bakteri Enterobacteriaceae. Media EMB Agar memiliki pH asam yaitu pH 6.8 0,2. EMB Agar adalah media yang digunakan untuk mengetahui ada atau tidaknya bakteri coliform di dalam suatu sample. Media Eosin Methylene Blue Agar ini mempunyai keistimewaan mengandung laktosa dan berfungsi untuk membedakan mikroba yang memfermentasikan laktosa seperti S. aureus, P. aerugenosa, dan Salmonella. Mikroba yang memfermentasi laktosa menghasilkan koloni dengan inti berwarna gelap dengan kilap logam. Sedangkan mikroba lain yang dapat tumbuh koloninya tidak berwarna. Fungsi dari eosin dan metilen blue membantu mempertajam perbedaan warna. Namun demikian, jika media ini digunakan pada tahap awal, kuman lain bisa juga tumbuh terutama P. Aerugenosa dan Salmonella sp. Hal ini dapat menimbulkan keraguan. Bagaiamanapun media ini sangat baik untuk mengkonfirmasi bahwa kontaminan tersebut adalah E.coli. Media ini berbentuk padat berguna untuk menjaga sel tidak berpindah tempat sehingga akan mudah dihitung dan dipisahkan jenisnya ketika tumbuh menjadi koloni. Media padat juga menampakkan difusi hasil metabolit bakteri sehingga memudahkan dalam pengujian suatu hasil metabolit.

Sorbitol agar MacConkey adalah varian dari agar-agar MacConkey yang digunakan dalam deteksi E. coli O157: H7, agar MacConkey telah digunakan untuk membedakan jenis bakteri yang memfermentasi laktosa ataupun yang tidak. Hal ini penting karena bakteri usus, seperti Escherichia coli, biasanya dapat memfermentasi laktosa, sedangkan patogen usus yang penting lainnya, seperti Salmonella enterica dan sebagian shigellas tidak dapat memfermentasi laktosa. Shigella sonnei dapat memfermentasi laktosa, tetapi hanya setelah lama inkubasi, sehingga disebut sebagai fermentor akhir-laktosa.E. coli O157: H7 berbeda dengan kebanyakan jenis E. coli lainnya karena tidak mampu memfermentasi sorbitol. Dalam sorbitol MacConkey, laktosa diganti dengan sorbitol. Strain non-patogenik dari E. coli menfermentasi sorbitol untuk menghasilkan asam. Pathogenic E. coli tidak dapat memfermentasi sorbitol, sehingga virus ini menggunakan pepton untuk tumbuh. Hal ini menimbulkan pH medium, yang memungkinkan strain patogen dibedakan dari strain E.coli non-patogen lainnya melalui aksi indikator pH dalam medium. E.coli O157 tidak memfermentasi sorbitol dan, oleh karena itu, menghasilkan koloni berwarna. Sebaliknya, sebagian besar strain E. coli memfermentasi sorbitol dan membentuk koloni merah muda.

Indol

Tryptophan merupakan asam amino esensial yang dapat mengalami oksidasi dengan cara kegiatan enzimatik beberapa bakteri. Konversi triptofan menjadi produk metabolik di mediasi oleh enzim Tryptophanase. Media ini biasanya digunakan dalam indetifikasi yang cepat. Perbenihan indol digunakan untuk melihat kemampuan bakteri mendegradasi asam amino triptofan secara enzimatik. Hasil uji indol yang diperoleh negatif karena tidak terbentuk lapisan (cincin) berwarna merah muda pada permukaan biakan, artinya bakteri ini tidak membentuk indol dari tryptopan sebagai sumber karbon, yang dapat diketahui dengan menambahkan larutan kovaks. Asam amino triptofan merupakan komponen asam amino yang lazim terdapat pada protein, sehingga asam amino ini dengan mudah dapat digunakan oleh mikroorganisme akibat penguraian protein (Volk dan Wheeler, 1993).

2) MR-VP

Uji MR Perbenihan ini digunakan untuk mendeteksi bakteri yang memiliki kemampuan untuk mengoksidasi glukosa menghasilkan produk asam berkonsentrasi tinggi yang stabil sehingga menyebabkan pH media turun hingga dibawah 4,4 yang ditandai dengan hasil positif, terjadi perubahan warna menjadi merah setelah ditambahkan Methyl Red. Artinya, bakteri ini mengahasilkan asam campuran (metilen glikon) dari proses fermentasi glukosa yang terkandung dalam medium MR-VP (Lehninger, 1995).

3) Uji VP

Dengan hasil negatif, karena tidak terbentuk warna merah pada medium setelah ditambahkan -napthol dan KOH, artinya hasil akhir fermentasi bakteri inibukan asetil metil karbinol (asetolin) (Volk dan Wheeler, 1993).

4) Simmons Citrate

Perbenihan ini digunakan untuk melihat kemampuan organisme enterik berdasarkan kemampuan memfermentasi sitrat sebagai sumber karbon. Perbenihan Simmons Citrate ini mengandung indikator biru bromtimol yang akan berubah menjadi biru pada reaksi positif dan tetap hijau jika reaksi negatif (Volk dan Wheeler, 1993).Berikut beberapa uji Biokimia yang digunakan untuk identifikasi bakteri antara lain : a. Indol Media ini biasanya digunakan dalam indetifikasi yang cepat. Hasil uji indol yang diperoleh negatif karena tidak terbentuk lapisan (cincin) berwarna merah muda pada permukaan biakan, artinya bakteri ini tidak membentuk indol dari tryptopan sebagai sumber carbon, yang dapat diketahui dengan menambahkan larutan kovacs. Asam amino triptofan merupakan komponen asam amino yang lazim terdapat pada protein, sehingga asam amino ini dengan mudah dapat digunakan oleh mikroorganisme akibat penguraian protein(Anonim, 2008) b. MR-VP 1. Uji MR Hasilnya positif, terjadi perubahan warna menjadi merah setelah ditambahkan methyl red. Artinya, bakteri ini mengahasilkan asam campuran (metilen glikon) dari proses fermentasi glukosa yang terkandung dalam medium MR-VP. Terbentuknya asam campuran pada media akan menurunkan pH sampai 5,0 atau kurang, oleh karena itu bila indikator metil ditambahkan pada biakan tersebut dengan pH seredndah itu maka indikator tersebut menjkadi merah. Hal ini menandakan bahwa bakteri ini peragi asam campuran(Anonim, 2008) 2. Uji VP Hasilnya negatif, karena tidak terbentuk warna merah pada medium setelahditambahkan -napthol dan KOH, artinya hasil akhir fermentasi bakteri ini bukan asetil metil karbinol (asetolin) (Anonim, 2008) c. SIM Hasil yang diperoleh pada uji ini adalah positif, hal ini terlihat adanya penyebaran yang berwarna putih seperti akar disekitar inokulasi. Hal ini menunjukan adanya pergerakan dari bakteri yang diinokulasikan, yang berarti bahwa bakteri ini memiliki flagella. Dari uji juga terlihat ada warna hitam, yang berarti bakteri ini menghasilkan Hidrogen Sulfit (H2S) (Anonim, 2008) d. Simmons Citrate Hasil uji sitrat yang diperoleh negatif, yang ditandai dengan tidak terjadinya perubahan warna. Artinya bakteri ini tidak mempunyai enzim sitrat permiase yaitu enzim spesifik yang membawa sitrat ke dalam sel(Anonim, 2008) e. TSIA Pada uji TSIA warna media slant berubah menjadi merah karena bakteri bersifat basa ini menandakan bahwa bakteri ini tidak memfermentasi laktosa dan sukrosa(Anonim, 2008) Pembentukan gas positif ini hasil dari fermentasi H2 dan Co2 dapat dilihat dari pecahnya dan terangkatnya agar. Pembentukan H2S positif ditandai dengan adanya endapan berwarna hitam, endapan ini terbentuk karena bakteri mampu mendesulfurasi asam amino dan methion yang akan menghasilkan H2S, dan H2S akan bereaksi dengan Fe++ yang terdapat pada media dan menghasilkan endapan hitam(Anonim, 2008) Pada media daerah butt media berubah berwarna kuning ini menandakan bakteri memfermentasi glukosa. Media ini biasanya digunakan untuk membedakanSalmonelladanShigelladengan bakteri Gram negatif bentuk batang lainnya bedasarkan pola fermentasi penghasil hydrogen sulfide. Untuk pengamatan pola-pola pengunaan karbohidrat. TSIA agar mengadung laktosa dan sukrosa dalam konsentrasi 1%, glukosa 0,1% dan phenol red sebagai indicator yang menyebabkan perubahan warna dari merah orange menjadi kuning dalam suasana asam. TSIA juga mengandung natrium trisulfat, yaitu suatu substrat untuk penghasil H2S, ferro sulfat menghasilkan FeS (precipitat), bewarna hitam untuk membedakan bakteri H2S dengan bakteri-bakterinya(Anonim, 2008) f. Uji gula-gula(Glukosa, Laktosa, Sukrosa dan Manitol) Uji ini dilakukan untuk mengindetifikasi bakteri yang mampu memfermentasikan karbohidrat. Pada uji gula-gula hanya terjadi perubahan warna pada media glukosa yang berubah menjadi warna kuning, artinya bakteri ini membentuk asam dari fermentasi glukosa. Pada media glukosa juga terbentuk gelembung pada tabung durham yang diletakan terbalik didalam tabung media, artinya hasil fermentasi berbentuk gas(Anonim, 2008)UjiTriple Sugar Iron Agar keampuan utk memfermentasi gula-gula >> senyawa asam, basa, atau keduanya asam-basa, dengan ada atau tidaknya pembentukkan gas. TSIA terdiri ataslaktosa 1%, Sukrosa 1% dan gukosa 0,1%. Indikator asam-basa merah fenol dan natrium tiosulfat serta fero sulfat.+ menghasilkan asam beubah dari jingga jadi kuning, untuk basa + menjadi merah. Jika ada gas >>gelembung atau pecahnya agar di daerah tusukan, jika ada gas H2S >> endapan hitam FeS

SIM ( Sulfit Indol Motility )Media ini biasanya digunakan dalam identifikasi yang cepat, hasil uji indol yang negatif karena tidak terbentuk lapisan ( cincin ) berwarna merah muda pada permukaan biakan, artinya bakteri ini tidak membentuk indol dari tryptopan sebagai sumber carbon, yang dapat diketahui dengan menambahkan larutan kovacs. Asam amino triptopan merupan komponen asam amino yang lazim terdapat pada protein, sehingga asam amino ini dengan mudah dapat digunakan oleh mikroorganisme akibat penguraian protein. Hasil positif ditunjukkan terbentuk warna hitam yang berarti bekteri menghasilkan gas Hidrogen Sulfit (H2S) dan cincin indol berwarna merah muda setelah penambahan reagens kovacs (Pelczar dan Chan. 2005 ).Simmons Citrate

Uji sitrat digunakan untuk melihat kemampuan mikroorganisme menggunakan sitrat sebagai satu-satunya sumber karbon dan energi,dimana media simmons sitrat berupa media padat. Simmons sitrat agar merupakan media sintetik dengan Na sitrat sebagai satu-satunya sumber karbon, NH4+ sebagai sumber N dan Brom Thymol biru sebagai indikator pH. Hasil positif ditunjukkan dengan terjadinya perubahan warna dari hijau menjadi biru yang menunjukkan bahwa mikroorganisme mampu menggunakan sitrat sebagai satu-satunya sumber karbon ( Lay,1994 ).

e) TSIA ( Triple Sugar Iron Agar )

TSIA terutama digunakan untuk mengidentifikasikan bakteri Gram Negatif, medianya mengandung 3 macam gula yaitu glukosa, laktosa dan sukrosa. Mengandung indikator merah fenol dan FeSO4 untuk memperlihatkan pembentukan H2S yang ditunjukkan dengan adanya endapan berwarna hitam, endapan hitam terbentuk akibat H2S bereaksi dengan Fe menjadi FeS yang berwarna hitam ( Lay,1994 ).