Tugas Pengantar BioinformatikaPerbandingan sekuen GEN gamous (Ag) dengan Beberapa Tumbuhan

Oleh:Andrew Natanael Sinaga120805059

DEPARTEMEN BIOLOGIFAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAMUNIVERSITAS SUMATERA UTARAMEDAN 2015

SEKUEN GEN gamous (Ag) PADA BEBERAPA TANAMAN

A. Gen Agamous (Ag) AGAMOUS ( AG ) adalah gen identitas organ bunga C - fungsi , dan bertanggung jawab dalam pembentukan benang sari dan karpel di whorls ketiga dan keempat jenis bunga liar. Selain itu, AG diperlukan untuk determinasi meristem sehingga bunga mutan ag yang tak tentu dan yang menghasilkan sejumlah dasar uliran bunga yang tak berujung, mengulangi pola dasar : (sepal, petal , kelopak ) n . AG RNA mulai menumpuk di tahap 3 pembungaan dalam sel yang nantinya akan menghasilkan benang sari dan karpel . Kemudian dalam perkembangan bunga , AG RNA terus berkembang dalam benang sari dan karpel tetapi menjadi terbatas pada jenis sel tertentu

B. Alignment

Dapat dilihat dari gambar, bagian yang converse dimulai pada basa ke 170 sampai basa 870.

C. Translasi Expassy1. >gi|63014392|gb|AY936231.1| Amborella trichopoda AG (AG) mRNA, complete cdsMetG R G K I E I K R I E N T T N R Q V T F C K R R N G L L K K A Y E L S V L C D A E V A L I V F S S R G R L Y E Y A N N S V K T T I D R Y K K A C A D S S H S G T V S E A N S Q Y Y Q Q E A A K L R N Q I Q V L T N T N R Q LMetG D S V G SMetT V K E L R T L E N K L E K G I S K I R S K K N E L L F A E I D YMetQ N R E L E L Q K D NMetL L R A K I A E N E R A Q HMetNMetL P G P E Y D V L P P F D S R N Y L Q V N L L E P N H H N Y S H Q E Q T A L Q L GStopKodon start metionin dimulai pada basa pertama dan kodon stop pada basa ke 6702. >gi|685874321|gb|KM027370.1| Camellia japonica AG mRNA, complete cdsMetE F Q N Q SMetD V S R L S P Q R KMetG R G K I E I K R I E N T T N R Q V T F C K R R N G L L K K A Y E L S V L C D A E V A L I V F S T R G R L Y E Y A N N S V K A T I E R Y K K A C S G P S N T G S V S E L N A Q F Y Q Q E A A K L R V Q I G N L Q N S N R HMetR G E S L C S L SMetR D L K N L E G R L E R G I S R I R S K K N E L L F A E I E LMetQ K R E I D L H N N N Q Y L R A K I A E N E R A Q Q QMetS LMetP G G P E Y E LMetP S Q S F D A R N Y L QMetN G I Q Q Q Q P Q Q Q Q Q Q Q Q P P N H H H Y S R H D Q T A L Q L VStopKodon start metionin dimulai pada basa pertama dan kodon stop pada basa ke 7723. >gi|624682|gb|U19275.1|ACU19275 Aplysia californica glial-specific Ag protein mRNA, complete cdsMetK L F I L L F A VMetG L A E C T Y L S D L T S R S A V D T C A Q G L Q R C V A P I Q T GMetE SMetMetG L G T G F S S N S A I P E D A N I D T V C T R L E P F Q V C L R G A V R N C H Q Q T Q R D QMetT G L D QMetI G Y I C S A R G R A N V R EMetQ E S E C A T N E L K G L E L V E G I Q G C S T N Y V Y E V QMetA T I R AMetQ S Q G P P N I D L C G L T E E L R I C V T T E A R D R C G T A Y E T F V N E I W A I A S R T TMetR NMetG C A A P P D N T R R F A L R A L D IStopKodon start metionin dimulai pada basa pertama dan kodon stop pada basa ke 688

4. >gi|155967403|gb|EU068730.1| Prunus mume AGAMOUS-like protein (AG) mRNA, complete cdsMetA Y E N K SMetS L D S P Q R K L G R G K I E I K R I E N T T N R Q V T F C K R R N G L L K K A Y E L S V L C D A E V A L I V F S N R G R L Y E Y A N N S V K E T I E R Y K K A C A E S T N T G S V S E A S T Q Y Y Q Q E A A K L R A Q I G N L Q N S S R HMetMetG E S L S SMetNMetK D L K N L E S K L E K G I N R I R S K K N E L L F A E I E YMetQ K R E I D L H N N N Q L L R A K I A E N E R S Q Q N I N VMetA G G G S Y E IMetQ S Q P Y D S R N Y F Q V N A L Q P N H Q Y N S R Q D PMetA L Q L VStop Kodon start metionin dimulai pada basa pertama dan kodon stop pada basa ke 727

5. >gi|82879997|gb|DQ286724.1| Alpinia oblongifolia AGAMOUS-like protein (AG) mRNA, complete cdsMetG R G K I E I K R I E N T T S R Q V T F C K R R N G L L K K A Y E L S L L C D A E V A L V V F S C R G R L Y E Y A S S S V K S T I E R Y K K A C K D T T N D G F V S E A N A Q Y Y Q Q E A S K L R Q Q I N S I Q I S N R N LMetG E S L H SMetN L R D L K Q L E S R L E K G I S K I R N K K N E L L F A E I E YMetQ R R EMetE L Q S D N I F L R N K I A E T D R V H Q QMetSMetL P S T G A T V E Y E AMetP A Y Y S G T L C N A R I A A K P TStopKodon start metionin dimulai pada basa pertama dan kodon stop pada basa ke 640

6. >gi|340510765|gb|HQ222891.1| Paeonia suffruticosa agamous (AG) mRNA, complete cdsMetI L Q G R N L H R E KMetA G E R S R S S G S R T Q I I A K L P S V S E GMetD Y S K R PMetN C L F F VMetL R L P L S S S Q P V D A F L SMetL T T V L E Q Q L R G I K R Q V Q I P L V L D L F L R PMetL S I T S K K P Q N C V L K S G I C K I Q T G K C W V R PStopKodon start metionin dimulai pada basa pertama dan kodon stop pada basa ke 382

7. >gi|610259878|gb|KJ483236.1| Coffea arabica AG (AG) mRNA, complete cdsMetS C Q S D P S R E T S P Q R K L G R G K I E I K R I E N T T N R Q V T F C K R R N G L L K K A Y E L S V L C D A E V A L I V F S N R G R L Y E Y A N N S V K E T I K R Y K T V N S D S A N T G S I S E A N A Q H Y Q Q E A S K L R A Q I S N L Q N S N R NMetL G E S L G S L N L R E L K N I E S K V E R G I S R V R S K K N E L L F A E I E FMetQ K R E V D L H N N N Q Y L R S K I A E T E R A Q H DMetN L V P G S S D Y E L V S A Q P F D A R T F L Q V N G L Q L N N H Y P R Q E Q R P L Q L VStop

Kodon start metionin dimulai pada basa pertama dan kodon stop pada basa ke 787

8. >gi|315418857|gb|HQ113361.1| Actinidia arguta AG mRNA, complete cdsMetE G S L S P Q K KMetG G R G K I E I K R I E N T T N R Q V T F C K R R N G L L K K A Y E L S V L C D A E V A L I V F S T R G R L Y E Y A N N S V K G T I E R Y K K A S S G S S N T G S V S E L N A Q F Y Q Q E A A K L R V Q I N N L Q S S N S HMetH G D S L S SMetS L R E L K N L E G R L E R G I S R I R S K K N E L L F A E I E LMetQ K R E A Y L P Q N T Q C L R A K I A E G E R V Q QMetN LMetP A G S D Y E LMetQ Q P P S L D T R N Y L Q V D G R L Q S D H N S Y S R Q D Q T V L Q L VStopKodon start metionin dimulai pada basa pertama dan kodon stop pada basa ke 715

9. >gi|542080085|gb|KF170020.1| Allium cepa C-class MADS-box protein (AG) mRNA, complete cdsMetG R G K I E I K R I E N T T N R Q V T F C K R R N G L L K K A Y E L S V L C D A E V A L V V F S S R G R L Y E Y A T N S V K Q T I E R Y K K A S T D T S N T G T H V S E V N S Q Y Y Q Q E AMetK L R Q Q I A S L Q N S N R N L L G E S L S SMetN H K E L K Q L E T R L E K G I S K I R A K K N E L L F A E I E YMetQ K R EMetE L Q N D NMetY L R N K I A E N E S R A Q Q QMetN V L P T A S T S E Y E TMetT Q Y D S R N YMetH T N LMetD P S N G H Y G S Q Q Q T A L Q L GStopKodon start metionin dimulai pada basa pertama dan kodon stop pada basa ke 688

10. >gi|695094626|gb|KM190076.1| Sesamum indicum cultivar Rajeswari AGAMOUS (AG) mRNA, complete cdsMetE F P S D Q S R EMetS P Q R K N G R G E I E I K R I E N T T N R Q V T F C K R R N G L L K K A Y E L S V L C D A E V A L I V F S S R G R L Y E Y A N N S V K A T I E R Y K K A S S D S S N N G S I S E A N T Q Y Y Q Q E A S K L R A Q I S N L Q N Q N R NMetL G E S L G A L T L R D L K N L E S R V E R G I S R I R S K K N E L L F A E I E YMetQ K R Q E I D L H H N N Q F L P A K I A E T E R A Q Q HMetN LMetP G S S E F E L V Q Q P Q H F D A R N Y L E V G G L Q P N D D H P R P D Q P P L L L VStopKodon start metionin dimulai pada basa ke-1 dan kodon stop pada basa ke 544