TUTORIAL DOCKING

Langkah-langkah Tutorial Docking oleh Jutti Levita

TUTORIAL DOCKING

Software yang digunakan: AutoDock4.2, ChemDraw, SwissPdBviewer, OpenBabelGUI, Command Prompt

Persiapan Reseptor (makromolekul protein) :1. Download proteinnya dari www.pdb.org2. Lalu dibuka file tadi dengan mengunakan software SwissPdbViewer (didownload dari http://www.expasy.org), gunanya untuk memperbaiki struktur protein yang mungkin rusak pada saat pengkristalan.3. Klik File, lalu Open PDB file4. Klik menu Window (dekat menu Help), lalu klik Control Panel5. Akan keluar rantai2 asam amino penyusun protein tadi.6. Cari sisi rantai yang aktif (rantai A atau B) berdasarkan pustaka yang telah didapatkan.7. Pilih salah satu rantai, lalu yang lainnya dihapus.8. Cara penghapusannya adalah dengan mengkliki bagian paling atas rantai tersebut di jendela Control Panel.9. Setelah itu klik File, Save, lalu klik Layer.10. Beri nama file tersebut, misal : Reseptor.pdb11. Tutup SwissPdbViewer-nya.12. Lalu buka Software AutoDock13. Klik File, Read Molecule, cari file Reseptor.pdb, lalu Open.14. Lalu Edit, klik Hydrogen, klik Add polar only, klik OK15. Lalu Edit lagi, klik Charges, klik Add Kollman charges16. Klik File, klik Save, klik write pdbq. Lalu beri nama file tersebut,misal : Reseptor.pdbq17. Lalu kembali ke AutoDock window.18. Klik Edit, lalu Klik Delete All Molecule.19. Klik File, klik read molecule, cari file Reseptor.pdbq tadi, lalu Open.20. Klik Grid, Klik Macromolecule, klik Choose.21. Klik Save, beri nama misal : Reseptor.pdbqt

Persiapan Ligan :1. Gambar senyawa ligan dengan menggunakan ChemDraw.2. Ubah gambar senyawa 2D tersebut menjadi bentuk 3D dengan menggunakan software ChemDraw 3D, lalu save ke dalam format *.mol3. Lalu buka software OpenBabelGUI (didownload dari http://OpenBabel.sourforge.net )4. Ubah format *.mol ke dalam bentuk format *.pdb, misal menjadi ligan.pdb5. Buka software AutoDock, lalu klik File, Read molecule, cari file ligan.pdb, Open.6. Edit, Hydrogen, All hydrogen, OK7. Edit lagi, klik Charges, klik Compute Gasteiger8. Edit, Hydrogen, Merge non polar, Continue9. File, Save, Write pdbq, beri nama filenya, misal : ligan.pdbq10. Klik Ligand, Input, Choose, pilih nama ligan, Select11. Klik Ligand lagi, Torsion tree, Detect root, Choose torsion12. Klik Ligand, Torsion tree, Set number of torsion, pilih Fewest atoms13. Klik Ligand, Output, Save, beri nama file-nya, misal : ligan.pdbqt

Pembuatan file parameter grid :1. Edit, Delete all molecules2. Klik File, Read molecule, cari file reseptor.pdbqt3. Klik File, Read molecule, cari file ligan.pdbqt4. Sekarang di jendela ada dua gambar: gambar protein dan gambar ligan5. Klik Grid, Macromolecle, Choose, Select6. Klik Grid, Set map types, Choose ligand, Select, Accept7. Klik Grid, Grid box, pilih parameter grid : misalnya 60 x 60 x 70 atau berapapun, kalau molekul ligannya agak besar, kira-kira sekitar > 608. Lalu klik Grid lagi, Output, Save gpf 9. Beri nama filenya, misal : dock.gpf

Proses Docking :1. Klik Docking, Macromolecule, Set rigid file name, Open file pdbqt2. Klik Docking, Ligand, Choose [cari nama ligan], Select, Accept3. Klik Docking, Search parameter, Genetic Algorithm, Accept4. Klik Docking, Docking parameter, Accept5. Klik Docking, Output, Lamarckian Genetic Algorithm, Save, beri nama dock.dpf6. Buka program Command Prompt.(sebelumnya, simpan SEMUA file di satu drive, misal drive D, lalu simpan di dalam satu folder)7. Lalu ketik d : cd(spasi)namafolder, Enter8. Ketik autogrid3(spasi)-p(spasi)dock.gpf (spasi)-l(spasi)dock.glg(spasi)& Enter9. Tunggu sekitar 10 menit hingga keluar kalimat : SUCCESFUL COMPLETION10. Lalu setelah itu ketik :autodock3(spasi)-p(spasi)dock.dpf(spasi)-l(spasi)dock.dlg(spasi)& Enter11. Tunggu sekitar 15 menit hingga keluar kalimat : SUCCESFUL COMPLETION12. Lalu kembali ke AutoDock window13. Edit, delete all molecules14. Klik File, Read molecule, cari file Reseptor.pdbqt15. Analyze, Macromolecule, Choose, pilih Reseptor.pdbqt16. Analyze, Docking, Open, pilih Dock.dlg17. Analyze, Conformation, Play18. Analyze, Macromolecule, Choose, Reseptor19. Analyze, Docking, Show interaction20. Klik Update display, Display spheres as (Wireframe), On atoms in (Hydrogen Bonds), Display labels on residues . Jika ada atom logam klik Display pi-cation interactions21. Akan terlihat gambar senyawa di dalam pocket(jika ingin melihat energi dan jarak klik Hydrogen bonds , Display, As lines, lalu klik Show all, Show distance, Show energy)22. Lalu Zoom, dilihat interaksinya, ikatan hidrogen yg terbentuk, residu AA-nya apa saja

Jutti Levita-Jutti Levita-Jutti Levita-Jutti Levita-Jutti Levita-Amsterdam 2008