PRAKTIKUM 1

Tugas:

(A) Dengan menggunakan MarvinSketch gambar struktur F6P, F1,6BP, ATP, Asam sitrat,

F2,6BP.

Jawab:

1. Struktur F6P

2. Struktur F1,6BP

3. Struktur ATP

4. Struktur Asam Sitrat

5. Struktur F2,6BP

(B) Lengkapi tabel berikut:

No Senyawa Format SMILES

1 F1,6BP [H]O[C@@]1([H])[C@]([H])(OOP([H])[H])O[C@@](O[H])(C([H])

([H])OP([H])[H])[C@]1([H])O[H]

2 F2,6BP [H]OC([H])([H])[C@@]1(OP(=O)(O[H])O[H])O[C@]([H])(C([H])

([H])OP(=O)(O[H])O[H])[C@@]([H])(O[H])[C@]1([H])O[H]

3 ATP [H]O[C@]1([H])[C@@]([H])(O[H])[C@@]([H])

(O[C@@]1([H])N1C([])=NC2=C1N=C([H])N=C2N([H])[H])C([H])

([H])O[P@](=O)(O[H])O[P@](=O)(O[H])OP(=O)(O[H])O[H]

4 Asam sitrat [H]OC(=O)C([H])([H])C(O[H])(C(=O)O[H])C([H])([H])C(=O)O[H]

(C) Lakukan analisis konformasi untuk menampilkan struktur dengan energi terendah

masing-masing molekul di atas. Setelah itu lengkapi tabel di bawah ini:

No Senyawa Struktur 3D energi terendah Energi konformasi (kkal/mol)

1 F1,6BP 56,38

2 F2,6BP 109,88

3 ATP 176,95

4 Asam sitrat 11,46

(E) Tampilkan struktur 3D dari PFK dengan membuka file 1PFK dengan program

MarvinSpace. Perhatikan komponen apa saja yang ditampilkan dalam file pdb tersebut.

Simpan gambar yang diperoleh dalam bentuk file image.

(F) Fokuskan analisis pada salah satu subunit. Tentukan residu yang terlibat dalam mengikat

substrat F6P dan ATP. Untuk mempermudah pencarian residu dalam pusat katalitik gunakan

Catalytic Site Atlas (http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/CSA/) untuk mengidentifi-

kasi residu tersebut. Perbesar gambar bilamana diperlukan dan fokuskan analisis dengan

mengatur ”depth cue” atau ”clipping planes”. Simpan hasil analisis ini dalam file image.

PRAKTIKUM II

Selain PFK, regulasi proses glikolisis juga dilakukan pada enzim heksokinase (EC 2.7.1.1),

yaitu enzim yang mengkatalisis reaksi transfer fosfat dari ATP ke glukosa. Tugas praktikum

di bawah ini akan difokuskan pada dinamika struktur heksokinase dan sebagai ilustrasi

akan digunakan heksokinase dari ragi Saccharomyces cerevisiae.

Tugas:

(A) Tampilkan struktur heksokinase dalam keadaan tidak mengikat substrat (1IG8.pdb) dan

dalam keadaan mengikat substrat (3B8A.pdb). Perhatikan perbedaan struktur keduanya.

Untuk memudahkan, tampilkan kedua struktur dalam bentuk surface dengan pewarnaan

elektrostatik (Dalam MarvinSpace pilih menu Display > Color type > Surface > Electrostatic

Potential). Simpan hasilnya dalam format image untuk ditampilkan dalam laporan.

Dalam bentuk surface:

(B) Fokuskan analisis pada struktur heksokinase yang mengikat substrat, tentukan residu

yang terlibat dalam proses pengikatan subsrat (Gunakan situs CSA bilamana diperlukan).

Perbesar gambar bilamana diperlukan dan fokuskan analisis dengan mengatur ”depth cue”

atau ”clipping planes”. Simpan hasil analisis ini dalam file image.

PRAKTIKUM III

Enzim ketiga yang juga diregulasi dalam proses glikolisis adalah piruvat kinase (PK) (EC

2.1.7.40). Download file pdb dari PK yang berasal dari ragi Saccharomyces cerevisiae dari

www.rscb.org. File pdb yang didownload haruslah yang lengkap dengan substrat dan

kofaktornya.

Tugas:

(A) Apa substrat dari enzim ini. Gambarkan dengan MarvinSketch.

(Beta-Fructose-1,6-Diphosphate)

(B) Tampilkan struktur PK dengan MarvinSpace. Perhatikan jumlah subunit dari enzim ini.

Tampilkan warna yang berbeda untuk tiap subunit (Dalam MarvinSpace hal ini dapat

dilakukan dengan mengatur menu pewarnaan pada Display > Color Type > Macromolecule >

Chain). Buat gambar dengan tampilan terbaik dengan memperhatikan detail dari komponen

lain seperti substrat dan kofaktor lainnya.

(C) Lakukan analisis untuk menentukan residu yang terlibat dalam pengikatan substrat.

Tampilkan dalam bentuk gambar.