Penyakit yang sudah dan belum dikarantinaBerikut adalah beberapa contoh penyakit yang telah masuk daftar kekarantinaan antara lain :1. Penyakit darah pada pisang (blood disease;P. celebensis), yang telah diatur dalam Odonasi 10 September 1921 (Staatblad No. 52), guna mencegah penyebaran penyakit tersebut dari daerah kepulauan Sulawesi dan sekitarnya ke daerah-daerah lainnya di dalam wilayah Indonesia.2. Penyakit Phytophtora infestans pada kentang, yang diatur dalam ordonasi 18 Maret 1925 (Staatsblad No. 144) dan berdasarkan surat keputusan Gubernur Jenderal Hindia Belanda No. 26/1938 (Staatsblad No. 700), guna mencegah penyebaran penyakit kentang tersebut dari daerah-daerah tertentu di dalam wilayah Indonesia.3. Penyakit Cacar daun cengkeh (Phyllostica sp) yang sudah diatur berdasarkan surat keputusan Menteri Pertanian R.I Nomer 1047/Kpts/Um/12/1981 (tanggal 23 Desember 1981), guna mencegah penyakit cacar daun cengkeh tersebut dari wilayah Daerah Tingkat I Lampung ke daerah-daerah lainnya di dalam wilayah Negara R.I4. Penyakit CVPD pada jeruk (Bacterium like organism), yang sudah diatur berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pertanian R.I Nomer 129/Kpts/Um/3/1982 (tanggal 2 Maret 1982), guna mencegah penyebaran penyakit CVPD. Tersebut dari daerah pulau Jawa dan Sumatera ke daerah lainnya di dalam wilayah Indonesia. Hal ini diperbarui melalui surat Keputusan Menteri Pertanian R.I Nomer 737/Kpts/TP.036/11/1985 tentang pengangkutan tanaman jeruk untuk mencegah CVPD.5. Penyakit pada kentang nematode sista emas (Globodera rotochiensis) dan sista putih (G. palida) yang pertama kali muncul di Batu Malang, Jawa Timur sekitar tahun 2003, kemudian juga muncul di Jawa Tengah dan Jawa Barat, saat ini telah masuk dalam daftar karantina tumbuhan dnegan golongan A2.6. Penyakit kerdil pada pisang (bunchy-top), yang merupakan terbaru di Indonesia dan masih terbatas penyebarannya pada daerah Jawa Barat dan Jawa Timur.7. Penyakit akar gada (club root: Plamodiophora brassicae) ang merupakan penyakit penting pada tanaman kubis dan masih terbatas penyebarannya pada daerah pulau Jawa.8. Penyakit mati pucuk pada coklat (Vascular-streak dieback; Oncobasidium theobromae), yang merupakan penyakit penting pada tanaman coklat dan masih terbatas penyebarannya pada daerah Klaimantan Timur di pulau Sebatik.9. Penyakit tepung pada apel (Podospaera leucotrica), yang merupakan penyakit penting pada tanaman apel, dan masih terbatas penyebarannya di daerah pulau Jawa dan Nusa Tenggara Timur.

Daftar Penyakit yang belum masuk daftar karantina1. Hawar daun Amerika Selatan (SALB-South American Leaf Blight) pada tanaman karet ang disebabkan Mycrocylus ulei, yang mengancam perkebunan karet Indonesia.2. Penyakit layu stewart pada tanaman jagung merupakan penyakit baru di Indonesia, penyakit ini belum ada dalam daftar penyakit pada Badan Karantina Tumbuhan Indonesia dan Direktorat Perlindungan Tanaman Pangan Departemen Pertanian sampai tahun 2007. Penyakit ini tergolong berbahaya, di luar negeri telah dilaporkan dapat menyebabkan kehilangan hasil sampai 95%. (Rahma , Khairul.2009. Analisis Keragaman Fisiologis dan Molekular Bakteri Penyebab Layu Stewart: Penyakit Baru Pada Tanaman Jagung di Indonesia dan Pengelolaanya. Padang: Universitas Andalas3. Turnip mosai virus (TuMV) disebarkan melalui sekitar 40-50 spesies kutu daun dengan gejala seperti lesi klorosis lokal, mosaik, bintik-bintik, kerutan atau sifat berkerut.

Permasalahan Karantina di Indonesia1. Petugas yang masih terbatas. Dengan banyakanya Pulau dan pintu masuk bagi barang-barang impor yang tentunya membuka peluang bagi masuknya berbagai macam produk organik yang membawa patogen, belum lagi posisi Indonesia yang merupakan pasar potensial perdagangan bagi seluruh negara di dunia semakin meningkatkan resiko masuknya produk organik yang tercemar, tidak hanya itu, Indonesia sebagai negara kepulauan terbesar di dunia juga memliliki berbagai jalur pelabuhan tikus tempat masuknya barang-barang perdagangan yang tentu saja tidak terdapat fasilitas karantina. kondisi tersebut ternyata masih sangat bertolak belakang dengan jumlah petugas karantina. Kompetensi petugas yang masih kurang 2. Tidak meratanya teknologi dan kompetensi petugas karantina disetiap daerah. Sebagaimana diketahui salah satu permasalahn mendasar yang ada di Indonesia adalah berkaitan dengan infrastruktur dan teknologi yang tidak merata khususnya di wilayah Indonesia Timur yang terdapat kesenjangan dengan wilayah Indonesia bagian Barat, hal ini lah ang juga menjadi permasalahan bagi karantina yang ada di wilayah Barat dan Timur.3. Banyaknya Praktek KKN. Tidak dapat dipungkiri bahwa adanya karantina membuat beberapa oknum pengusaha nakal akan merasa dirugikan dengan adanya karantina, mengingat produk yang diimpor akan dimusnahkan sehingga akan menyebabkan kerugian bagi oknum pengusaha tersebut, hal ini lah yang menjadi celah terjadinya praktik KKN di kalangan oknum petugas karantina

http://isjd.pdii.lipi.go.id/index.php/Search.html?act=tampil&id=5405

http://www.academia.edu/5756777/Terpadu