laporan resmi p2 biosel

8/16/2019 Laporan Resmi p2 Biosel

1/27

LAPORAN RESMI

PRAKTIKUM BIOLOGI SEL MOLEKULER

P-2 ANALISIS GEN DAN HOMOLOGI PROTEIN

Asisten Pengampu : Eisa !i"ia Septie Nuga#aini

DISUSUN OLEH :

DEDD$ SET$A%AN &'()*'*'+,

GOL. I!

LABORATORIUM KIMIA /ARMASI

/AKULTAS /ARMASI

UNI!ERSITAS %AHID HAS$IM

SEMARANG

2*'+


2/27

LAPORAN RESMI

PRAKTIKUM BIOLOGI SEL MOLEKULER

P-' MERAN0ANG PROBE

I. TU1UAN

1. Mampu melakukan analisis terhadap ekspresi gen dan dapat mendeteksi hasil ekspresi

gen.

2. Dapat mencarai homologi gen penghasil protein tertentu dari manusia dengan gen

beberapa organisme lain.

II. DASAR TEORI

Ekspresi gen pada dasarnya merupakan suatu proses sintesis protein. Proses ekspresi

gen ditentukan oleh sel itu sendiri. Jika sel tersebut membutuhkan suatu protein maka

gen tertentu akan diekspresikan namun jika sel tersebut tidak membutuhkan protein

maka gen tersebut tidak diekspresikan. Jika tidak semua gen akan diekspresikan pada

saat yang bersamaan namun tergantung dari kebutuhan sel tersebut.

Salah satu fungsi dasar yang harus dijalankan oleh DNA sebagai materi genetic

adalah fungsi fenotipik. Artinya DNA harus mampu mengatur pertumbuhan dandi

ferensiasi indi!idu organisme sehingga dihasilkan suatu fenotipe tertentu.

"enotipe organisme sangat ditentukan oleh hasil interaksi protein#protein didalam

sel. Setiap protein tersusun dari sejumlah asam amino dengan ururtan tertentu dan

setiap asam amino pembentukannya disandi oleh urutan basa nitrogen didalam molekul

DNA. $angkaian proses ini mulai dari DNA hingga terbentuknya asam amino dikenalsebagai "gma senta3 4i3gi m3e5u3e.

Perubahan urutan basa didalam molekul DNA menjadi urutan basa molekul $NA

dinamakan transkripsi sedangkan penerjemahan urutan basa $NA menjadi urutan asam

amino suatu protein dinamakan translasi. $eaksi dasar dari sintesis protein adalah

pembentukan ikatan polipeptida antara gugus karboksil dari asam amino yang akan

tumbuh dengan gugus amina dari asam amino bebas. $eaksi sintesis protein ini


3/27

membutuhkan cetakan atau template yaitu m$NA dimana m$NA diperoleh dari hasil

transkripsi DNA.

%ranskripsi merupakan pembentukan&sintesis $NA dari salah satu rantai

DNA sehingga terjadi proses pemindahan informasi genetik dari DNA ke $NA.

"ungsi ini disebut fungsi #ete5ata3is DNA karena DNA mampu mensintesis

senya'a lain yaitu $NA. Sebuah rantai DNA digunakan untuk mencetak rantai

tunggal m$NA dengan bantuan en(im polimerase. En(im tersebut menempel pada

kodon permulaan umumnya adalah kodon untuk asam amino metionin.

%ranskripsi DNA akan menghasilkan m$NA )messenger $NA*. Pada

organisme eukariot m$NA yang dihasilkan itu tidak langsung dapat berfungsidalam sintesis polipeptida sebab masih mengandung segmen#segmen yang tidak

berfungsi yang disebut intn. Sedangkan segmen#segmen yang berfungsi untuk

sintesis protein disebut e5sn. Di dalam nukleus terjadi pematangan&pemasakan

m$NA yaitu dengan jalan melepaskan segmen#segmen intron dan merangkaikan

segmen#segmen ekson. +abungan segmen#segmen ekson membentuk satu

rantai&utas m$NA yang mengandung sejumlah kodon untuk penyusunan polipeptida.

Proses transkripsi ini terjadi di dalam inti sel )nukleus*. DNA tetap berada di

dalam nukleus sedangkan hasil transkripsinya dikeluarkan dari nukleus menuju

sitoplasma dan melekat pada ribosom. ,ni dimaksudkan agar gen asli tetap

terlindung sementara hasil kopinya ditugaskan untuk melaksanakan pesan#pesan

yang dikandungnya. Jika $NA rusak akan segera diganti dengan hasil kopian yang

baru.

%ranskripsi berlangsung dalam empat tahap yaitu pengenalan promoterinisiasielongasi dan terminasi. Masing masingakan dijelaskan sebagai berikut-

. Promoter

Daerah DNA di mana $NA polimerase melekat dan menga'ali

transkripsi disebut sebagai pmte yang mempunyai urutan basa

tertentu sepanjang /0 sampai /00 basa. 1aik pada prokariot maupun


4/27

eukariot promoter selalu memba'a suatu urutan basa yang tetap atau

hamper tetap sehingga urutan ini dikatakan sebagai urutan konsensus.

/. ,nisiasi )permulaan*

Setelah mengalami pengikatan oleh Suatu promoter menentukan di mana

transkripsi dimulai. $NA polimerase akan terikat pada suatu tempatdidekat daerah promoter yang dinamakan a'al polimerasasi. Nukleosida

trifosfat pertama akan diletakkan ditempat ini dan sintesis $NA pun

dimulai hal ini juga menentukan yang mana dari kedua untai heliks DNA

yang digunakan sebagai cetakan.

2. Elongasi )pemanjangan*

Selama sintesis $NA berlangsung $NA polymerase akan bergerak di

sepanjang molekul DNA $NA membuka untaian heliks ganda DNA

dengan bantuan en(im polimerase sehingga terbentuklah molekul $NA

yang akan lepas dari cetakan DNA#nya.

3. %erminasi )pengakhiran*

%ranskripsi berlangsung sampai $NA polimerase mentranskripsi urutan DNA

yang disebut teminat. %erminator yang ditranskripsi merupakan suatu urutan

$NA yang berfungsi sebagai kodon terminasi )kode stop* yang sesungguhnya.

%erminasi dapat terjadi oleh dua macam sebab yaitu terminasi yang hanya

bergantung kepada urutan basa cetakan )terminasi diri* dan terminasi yang

memerlukan kehadiran suatu protein khusu )protein rho*. Diantara keduanya

terminasi diri lebih umum dijumpai. %erminasi diri terjadi pada urutan basa

palindrom yang diikuti oleh beberapa Adenin )A*. 4rutan palindrom adalah urutan

yang sama jika dibaca dari dua arah yang berla'anan. 5leh karena urutan palindrom


5/27

ini biasanya diselingi oleh beberapa basa tertentu maka molekul $NA yang

dihasilkan akan mempunyai ujung terminasi berbentuk batang dan kala.

Produk#produk gen tertentu seperti protein ribosomal r$NA t$NA $NA

polymerase dan en(im#en(im yang mengatalis berbagai reaksi metabolism yang

berkaitan dengan fungsi pemeliharaan sel merupakan komponen esensial bagi semua

sel. +en#gen yang menyandi pembentukan produk semacam itu perlu diekspresikan

terusmenerus sepanjang umur indi!idu di hamper semua jenis sel tanpa bergantung

kepada kondisi lingkungan disekitarnya. Sementara itu banyak pula gen lainnya

yang ekspresinya sangat ditentukan oleh kondisi lingkungan sehingga mereka hanya

akan diekspresikan pada 'aktu dan di dalam jenis sel tertentu. 4ntuk gen#gen

semacam ini harus ada mekanisme pengaturan ekspresinya.

Pengaturan ekspresi gen dapat terjadi pada berbagai tahap misalnya

transkripsi prosesing m$NA atau trnaslasi. Namun sejumlah data hasil penelitian

menunjukan bah'a pengaturan ekspresi gen khususnya pada prokariot paling

banyak terjadi pada tahap transkripsi.

Protein merupakan polipeptida yang tersusun atas asam amino. Sekuens

asam amino dari masing ‐ masing protein ditentukan oleh gen yang meng‐kodenya.

+en ditranskripsi menjadi m$NA dan selanjutnya m$NA ditranslasikan menjadi

protein oleh ribosom. 4rutan basa yang berbeda pada m$NA akan menghasilkan

asam amino yang berbeda. 1eberapa organisme dapat memiliki jenis protein yang

sama. Sebagai contoh hormon insulin terdapat pada manusia babi sapi dan

beberapa he'an mamalia lainnya. "ungsi insulin pada masing‐masing organisme

tersebut adalah sama yaitu mengubah glukosa menjadi glikogen sehingga kadar

gula darah dapat terkontrol. Namun demikian ternyata insulin pada masing‐masing

organisme memiliki struktur primer yang berbeda karena adanya perbedaan

beberapa sekuen asam amino.

5leh sebab itu diperlukan penelitian mengenai homologi protein antar ‐

organisme sehinga dapat dibandingkan kemiripan asam amino yang menyusun

protein. Melalui program blastp pada situs N61, dapat dilakukan pencarian protein

homolog dari berbagai macam organisme. 7omologi bukan berarti sama persisnamun terdapat kemiripan antara satu dengan yang lainnya dengan persentase


6/27

kemiripan tertentu. 4ntuk tujuan terapi misalnya diinginkan suatu protein pengganti

dari he'an tertentu tentu akan dipilih protein yang memiliki persen kemiripan yang

paling tinggi dengan protein yang kita miliki sehingga diharapkan reaksi alergi

tidak terjadi. Dalam bidang en(imologi homologi protein diperlukan untuk

mengetahui kemiripan sekuen asam amino suatu en(ym yang dihasilkan oleh suatu

organisme dibandingkan dengan organisme lain.


7/27

III. ALAT DAN BAHAN

A. ALAT

8aptop

6argher

Stop 9ontak

Modem&:ifi

B. BAHAN

Situs N61, - http-&& '''.ncbi.nlm.nih.go!&

9ode +enetik-

• 8atihan - NM6***'2).,

• %ugas - NM6**'7)8.,

I!. 0ARA KER1A

A. Ana3isi E5spesi Gen

Membuka situs N61, - http-&& '''.ncbi.nlm.nih.go!&

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/http://www.ncbi.nlm.nih.gov/http://www.ncbi.nlm.nih.gov/http://www.ncbi.nlm.nih.gov/


8/27

Mengganti pilihan ;All Databases< dengan ;Nucleotide


9/27

1uka situs N61, yang baru kemudian klik DATA SO/T%ARE


10/27

Selanjutnya 6ari dan 9lik 5pen $eading "rame "inder )5$" ",NDE$*

Masukkan sekuens 6DS yang telah dicopy ke kolom

or se=uence "AS%A "5$MA%


11/27

9lik OR/ /INDER maka akan muncul beberapa jumlah frame tergantung kode gen#nya

9lik frame tersebut satu persatu maka akan muncul sekuen asam amino hasil transkripsi

dari 6DS yang telah dimasukan sebelumnya. 6arilah frame mana yang merupakan sekuens

gen protein pengkode target dengan mencocokkan sekuens asam amino yang didapat dengan

sekuen asam amino yang didapat dengan sekuen asam amino

pada tampilan a'al identitas gen.

FRA


12/27

B. Hm3gi Ptein

Membuka situs N61, - http-&& '''.ncbi.nlm.nih.go!&

Mengganti pilihan ;All Databases< dengan ;Nucleotide


13/27

Memasukan kode gen latihan dan tugas pada kotak ;Search Nucleotide

9emudian muncul data kode gen untuk dianalisis ditemukan klik link PROTEIN pada

halaman PAGE SE;UEN0E !IE%ER atau Re3ate" In


14/27

PAS%E sekuens asam amino pada kotak ;UER$ untuk mencari homologinya.

4ntuk 14 Tit3e isi nama praktikan.


15/27

%ekan BLAST untuk mengetahui homologi protein yang gen yang dicari

7asil homologi protein


16/27

!. Hasi3 PengamatanA. E5spesi Gen

'. Lati#an

9ode +en - NM6***'2).,

9ode Protein - NP6***''+.2 Nama +en - 7omo sapiens estrogen receptor

Nama Protein - Estrogen $eceptor ,soform >7omo Sapiens?

6DS - /2@.../0//


17/27

OR/ /in"e

N /ame Asam Amin Stat K"n Stp K"n

. @B@ /C %+A

/. / 3 %+A

2. / @B / #

3. 2 2 # %+A

@. 2 2 %AA

. # B/ / %+A

C. #/ 0 2 %A+

. #/ @2 B %+A

B. #2 3 %+A

Tans3atin="MTMTLHTKASGMALLHQIQGNELEPLNRPQLKIPLERPLGEVYL DSSKPAVYNYPEGAAYEFNAAAAANAQVYGQTGLPYGPGSEAAAFGSNGLGGFP

PLNS

VSPSPLMLLHPPPQLSPFLQPHGQQVPYYLENEPSGYTVREAGPPAFYRPNSDN

RRQG

GRERLASTNDKGSMAMESAKETRYCAVCNDYASGYHYGVWSCEGCKAFFKRSIQ

GHND

YMCPATNQCTIDKNRRKSCQACRLRKCYEVGMMKGGIRKDRRGGRMLKHKRQRD

DGEG

RGEVGSAGDMRAANLWPSPLMIKRSKKNSLALSLTADQMVSALLDAEPPILYSE

YDPT

RPFSEASMMGLLTNLADRELVHMINWAKRVPGFVDLTLHDQVHLLECAWLEILM

IGLV

WRSMEHPGKLLFAPNLLLDRNQGKCVEGMVEIFDMLLATSSRFRMMNLQGEEFV

CLKS

IILLNSGVYTFLSSTLKSLEEKDHIHRVLDKITDTLIHLMAKAGLTLQQQHQRL

AQLL

LILSHIRHMSNKGMEHLYSMKCKNVVPLYDLLLEMLDAHRLHAPTSRGGASVEE

TDQS

HLATAGSTSSHSLQKYYITGEAEGFPATV"

Summa>: %his gene encodes an estrogen receptor a ligand#acti!ated transcription factor

composed of se!eral domains important for hormone binding DNA binding and acti!ation

of transcription. %he protein locali(es to the nucleus 'here it may form a homodimer or a

heterodimer 'ith estrogen receptor /. Estrogen and its receptors are essential for seFual

de!elopment and reproducti!e function but also play a role in other tissues such as bone.

Estrogen receptors are also in!ol!ed in pathological processes including breast cancer

endometrial cancer and osteoporosis. Alternati!e promoter usage and alternati!e splicing


18/27

result in do(ens of transcript !ariants but the full#length nature of many of these !ariants has

not been determined. >pro!ided by $efSe= Mar /03?.

Ring5asan: +en ini mengkode reseptor estrogen ligan#diaktifkan faktor transkripsi terdiri

dari hormon mengikat DNA mengikat dan akti!asi transkripsi. ,tu protein melokalisasi ke

nukleus di mana ia dapat membentuk homodimer atau heterodimer dengan reseptor estrogen

/. Estrogen dan reseptor penting untuk perkembangan seksual dan fungsi reproduksi tetapi

juga berperan dalam jaringan lain seperti tulang. reseptor estrogen juga terlibat dalam proses

patologis termasuk payudara kanker kanker endometrium dan osteoporosis. promotor

alternati!e penggunaan dan splicing alternatif hasil dalam puluhan transkrip !arian tetapi

sifat full#length dari banyak !arian ini memiliki belum ditentukan. >Disediakan oleh $efSe=Mar /03?.

2. Tugas

9ode +en - NM6**'7)8.,

9ode Protein - NP6**'7)*.'

Nama +en - 7omo Sapiens 6yclin )66ND/* m$NA

Nama Protein - +&S#specific cyclin#D/ >7omo sapiens?

6DS - 20GC@


19/27

N /ame Asam Amin Stat K"n Stp K"n

. /B %+A

/. / 0 # %+A

2. / #

3. 2 # %+A. # /C 2 #

C. #/ 3/ / %AA

Tans3atin="MELLCHEVDPVRRAVRDRNLLRDDRVLQNLLTIEERYLPQCSYF

KCVQKDIQPYMRRMVATWMLEVCEEQKCEEEVFPLAMNYLDRFLAGVPTPKSHLQLLG

AVCMFLASKLKETSPLTAEKLCIYTDNSIKPQELLEWELVVLGKLKWNLAAVTPHDFI

EHILRKLPQQREKLSLIRKHAQTFIALCATDFKFAMYPPSMIATGSVGAAICGLQQDE

EVSSLTCDALTELLAKITNTDVDCLKACQEQIEAVLLNSLQQYRQDQRDGSKSEDELD

QASTPTDVRDIDL"

Summa>: %he protein encoded by this gene belongs to the highly conser!ed cyclin family

'hose members are characteri(ed by a dramatic periodicity in protein abundance through the

cell cycle. 6yclins function as regulators of 6D9 kinases. Different cyclins eFhibit distinct

eFpression and degradation patterns 'hich contribute to the temporal coordination of each

mitotic e!ent. %his cyclin forms a compleF 'ith 6D93 or 6D9 and functions as a

regulatory subunit of the compleF 'hose acti!ity is re=uired for cell cycle +&S transition.

%his protein has been sho'n to interact 'ith and be in!ol!ed in the phosphorylation of tumor

suppressor protein $b. 9nockout studies of the homologous gene in mouse suggest the

essential roles of this gene in o!arian granulosa and germ cell proliferation. 7igh le!el

eFpression of this gene 'as obser!ed in o!arian and testicular tumors. Mutations in this gene

are associated 'ith megalencephaly#polymicrogyria#polydactyly#hydrocephalus syndrome

2)MPP72*. >pro!ided by $efSe= Sep /03?.

Ring5asan: Protein yang dikode oleh gen ini milik yang sangat dilestarikan keluarga

cyclin yang anggotanya ditandai dengan periodisitas dramatis dalam kelimpahan protein

melalui siklus sel. Siklin berfungsi sebagai regulator dari 6D9 kinase. siklin yang berbeda

menunjukkan berbeda ekspresi dan degradasi pola yang berkontribusi koordinasi temporal

setiap peristi'a mitosis. ,ni cyclin membentuk kompleks dengan 6dk3 atau 6D9 dan fungsi

sebagai subunit peraturan kompleks yang akti!itasnya diperlukan untuk siklus sel +&S


20/27

transisi. Protein ini telah ditunjukkan untuk berinteraksi dengan dan terlibat dalam fosforilasi

penekan tumor $b protein. Studi 95 gen homolog pada tikus menyarankan peran penting

dari gen ini dalam granulosa o!arium dan proliferasi sel germinal. ekspresi tingkat tinggi gen

ini diamati pada tumor o!arium dan testis. Mutasi pada gen ini berhubungan

dengan megalencephaly#polymicrogyria#polydactyly#hidrosefalus sindrom 2 )MPP72*.

>Disediakan oleh $efSe= Sep /03?.

B. Hm3gi ptein

'. Lati#an

9ode +en - NM6***'2).,

9ode Protein - NP6***''+.2

Nama +en - 7omo Sapiens Estrogen $eceptor Nama protein - Estrogen $eceptor ,soform >7omo Sapiens?

6DS - /2@.../0//

N Des5ipsi S?e ;. ?@e

. Predicted- estrogen receptor isoform F/ )pan troglodytes* //B 00H

/. Predicted- estrogen receptor isoform F/ )pan paniscus* // 00H

2. Predicted- estrogen receptor isoform F/ )pongo abelli* //C 00H

3. Predicted- estrogen receptor isoform )Macaca Mulatta* //C 00H

@. Predicted- estrogen receptor isoform F/ )6olobus angollensis palliatus* //@ 00H

2. Tugas

9ode +en - NM6**'7)8.,

9ode Protein - NP6**'7)*.'

Nama +en - 7omo Sapiens 6yclin )66ND/* m$NA

Nama Protein - +&S#specific cyclin#D/ >7omo sapiens?

6DS - 20GC@

N

.Des5ipsi S?e ;. ?@e

. Predicted- +&S#specific cyclin#D/ >Pongo abelii? @ 00H

/.Predicted- +&S#specific cyclin#D/ >Saimiri boli!iensis

boli!iensis?@C 00H

2. Predicted- +&S#specific cyclin#D/ >Macaca fascicularis? @ 00H

3. Predicted- +&S#specific cyclin#D/ >$hinopithecus roFellana? @@ 00H

@. Predicted- +&S#specific cyclin#D/ >5tolemur garnettii? @2 00H

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#alnHdr_297690873http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#alnHdr_403303212http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#alnHdr_403303212http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#alnHdr_297690873http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#alnHdr_403303212http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#alnHdr_403303212


21/27

!I. PEMBAHASAN

Percobaan ini bertujuan untuk menganalisis ekspresi gen dan mendeteksi hasil

ekspresi gen juga mencari homologi gen penghasil protein tertentu dari manusia dengan

beberapa organisme lain. Ekpresi gen disebut juga dengan rangkaian atau !arian asam amino.

Proses ekspresi gen dia'ali dengan transkripsi DNA menjadi m$NA yang kemudian

ditranslasikan menjadi asam amino. Asam amino inilah yang kemudian menjadi protein.

Analisis ekspresi gen dilakukan dengan cara melihat sekuens suatu gen yang diekspresikan

melalui sintesis protein dalam proses translasi.

Pencarian homologi gen dia'ali dengan kode gen NMI000/@.2 7omo Sapiens

Estrogen $esceptor atau ES$. ES$ memiliki panjang 220 base-pair dan bersumber dari

manusia )7omo sapiens* keluarga 7ominidae genus 7omo.ES$ memiliki 6DS dari /2@#

/0//. ES$ mengkode reseptor estrogen mengaktifkan ligan dan faktor transkripsi yang

terdiri dari beberapa (at penting untuk mengikat hormon mengikat DNA dan memulai

transkripsi. ES$ ini berlokasi di nukleus di mana ES$ ini dapat membentuk homodimer

atau heterodimer dengan reseptor estrogen /. Estrogen dan reseptornya penting untuk

perkembangan seksual dan fungsi organ reproduksi serta memainkan peran dalam jaringan

lain seperti jaringan tulang. Setelah dianalisis dengan 5$" "inder.

5$" "inder adalah 5pen $eading "rame yang berfungsi untuk menunjukkan analisis

protein yang ditunjukkan dalam bentuk frame. %erdapat frame yang diketahui pada 5$"

"inder. Pada "rame terdapat Start 9odon yang terbanyak karena "rame tersebut dicopy

dari seluruh bagian sekuens pada range 6DS )terpanjang* yaitu /C Start 9odon

)A%+*.Sedangkan pada 2 tidak memiliki start kodon dikarenakan pada saat pengcopyan

bagian start yang terdeteksi oleh 5$" "inder bukan A%+ tetapi basa sehingga start kodon

tidak terdeteksi )yang sebenarnya ada*.

Setelah pembacaan 5$" "inder pada langkah kerja berikutnya diperoleh kode protein NPI000./. Pada protein tersebut dapat dilihat kecocokan antara 5$" "inder dengan

origin protein yang disintesisnya. Setelah di#1last didapatkan tabel yang menunjukkan

homolog antara protein manusia ES$ dengan protein he'an.


22/27

1erikut adalah @ he'an yang memiliki ES$ sehomolog dengan ES$ manusia-

. ES$ memiliki homolog dengan protein he'an mamalia yaitu Pan troglodytes seperti

gambar di ba'ah dengan skor tertinggi adalah //B. Pan troglodytes sering disebut

dengan ‘common chimpanzee”.

/. ES$ kedua adalah sehomolog dengan Pan paniscus dengan skor //. Pan paniscus

termasuk golongan simpanse yang sering dikenal dengan nama “Bonobo” atau “ pygmychimpanzee”.

9ingdom- Animalia

Phylum- 6hordata

6lass- Mammalia

5rder- Primates

"amily- 7ominidae

+enus- Pan

Species- P. paniscus

9ingdom - Animalia

Phylum - 6hordata

6lass - Mammalia

5rder - Primates

"amily - 7ominidae

%ribe - Panini

+enus - Pan

Species - P. troglodytes

https://en.wikipedia.org/wiki/Animalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Chordatehttps://en.wikipedia.org/wiki/Mammalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Primatehttps://en.wikipedia.org/wiki/Hominidaehttps://en.wikipedia.org/wiki/Chimpanzeehttps://en.wikipedia.org/wiki/Animalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Chordatehttps://en.wikipedia.org/wiki/Mammalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Primatehttps://en.wikipedia.org/wiki/Hominidaehttps://en.wikipedia.org/wiki/Panina_(subtribe)https://en.wikipedia.org/wiki/Chimpanzeehttps://en.wikipedia.org/wiki/Animalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Chordatehttps://en.wikipedia.org/wiki/Mammalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Primatehttps://en.wikipedia.org/wiki/Hominidaehttps://en.wikipedia.org/wiki/Chimpanzeehttps://en.wikipedia.org/wiki/Animalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Chordatehttps://en.wikipedia.org/wiki/Mammalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Primatehttps://en.wikipedia.org/wiki/Hominidaehttps://en.wikipedia.org/wiki/Panina_(subtribe)https://en.wikipedia.org/wiki/Chimpanzee


23/27

2. 7omologi ES$ dengan skor tertinggi lain adalah Pongo abeli. Pongo abeli dikenal dengan

5rangutan Sumatera. 7omologi ES$ dengan Pongo abeli memiliki skor //C.

3. ES$ juga sehomolog dengan Macaca mulatta dengan skor //C. Macaca mulatta dikenal

dengan “old world monkey”.

9ingdom- Animalia

Phylum- 6hordata

6lass- Mammalia

5rder- Primates

"amily- 6ercopithecidae

+enus- MacacaSpecies- M. mulatta

@. 7e'an lain dengan ES$ yang sehomolog adalah Colobus Angolensis Palliatus dengan

skor //@.

9ingdom- Animalia

Phylum- 6hordata

6lass- Mammalia

5rder- Primates

"amily- 6ercopithecidae

+enus- Colobus

Species- C. angolensis

7ampir seluruh homolog ES$ adalah dengan golongan mamalia khususnya kera

dengan ordo primata dan famili hominidae )sama seperti manusia* sehingga jika ES$ ini

diambil dari kelima he'an tersebut maka tidak akan menimbulkan alergi & reaksi antigen#antibody pada tubuh manusia karena struktur ES$#nya mirip.

9ingdom- AnimaliaPhylum- 6hordata

6lass- Mammalia

5rder- Primates

"amily- 7ominidae

Subfamily- Ponginae

+enus- Pongo

Species- P. abelii

https://en.wikipedia.org/wiki/Animalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Chordatehttps://en.wikipedia.org/wiki/Mammalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Primatehttps://en.wikipedia.org/wiki/Cercopithecidaehttps://en.wikipedia.org/wiki/Macaquehttps://en.wikipedia.org/wiki/Animalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Chordatehttps://en.wikipedia.org/wiki/Mammalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Primatehttps://en.wikipedia.org/wiki/Cercopithecidaehttps://en.wikipedia.org/wiki/Colobushttps://en.wikipedia.org/wiki/Animalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Chordatahttps://en.wikipedia.org/wiki/Mammalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Primateshttps://en.wikipedia.org/wiki/Hominidaehttps://en.wikipedia.org/wiki/Ponginaehttps://en.wikipedia.org/wiki/Orangutanhttps://en.wikipedia.org/wiki/Animalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Chordatehttps://en.wikipedia.org/wiki/Mammalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Primatehttps://en.wikipedia.org/wiki/Cercopithecidaehttps://en.wikipedia.org/wiki/Macaquehttps://en.wikipedia.org/wiki/Animalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Chordatehttps://en.wikipedia.org/wiki/Mammalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Primatehttps://en.wikipedia.org/wiki/Cercopithecidaehttps://en.wikipedia.org/wiki/Colobushttps://en.wikipedia.org/wiki/Animalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Chordatahttps://en.wikipedia.org/wiki/Mammalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Primateshttps://en.wikipedia.org/wiki/Hominidaehttps://en.wikipedia.org/wiki/Ponginaehttps://en.wikipedia.org/wiki/Orangutan


24/27

Pencarian homologi yang kedua adalah dengan kode [email protected] dengan nama gen

7omo Sapiens 6yclin D/ )66ND/* m$NA m$NA bersumber dari manusia )7omo

sapiens*.+en ini memiliki 6DS 20...C@. 6DS merupakan gen yang bisa diekspresikan dari

nomor 20 sampai C@.

+en dengan kode tersebut dianalisis dengan 5$" "inder. %erdapat frame yang

diketahui pada 5$" "inder. Pada "rame terdapat Start 9odon yang terbanyak karena

"rame tersebut dicopy dari seluruh bagian sekuens pada range 6DS )terpanjang* yaitu Start

9odon dan stop kodon %+A. Sedangkan pada # memilik Star 9odon 2 dengan Stop 9odon

tidak ada dan #/ memiliki Start 9odon . Stop 9odon yaitu %AA.

Setelah pembacaan 5$" "inder pada langkah kerja berikutnya diperoleh kode protein

NPI00C@0.. Pada protein tersebut dapat dilihat kecocokan antara 5$" "inder dengan

origin protein yang disintesisnya. Setelah di#1last didapatkan tabel yang menunjukkan

homolog antara protein manusia.Pada tabel setelah di#1last diketahui bah'a gen protein

homolog dengan he'an golongan mamalia yaitu Pongo Abelli dengan skor @.

1erikut adalah @ he'an yang memiliki 7omo Sapiens 6yclin D/ )66ND/* m$NA

sehomolog dengan 7omo Sapiens 6yclin D/ )66ND/* m$NA manusia-

. 7omologi 7omo Sapiens 6yclin D/ )66ND/* m$NA m$NA dengan skor tertinggi @

adalah Pongo abeli. Pongo abeli dikenal dengan 5rangutan Sumatera.

! 7omologi 7omo Sapiens 6yclin D/ )66ND/* m$NA m$NA dengan skor tertinggi lain

kedua @Cadalah "aimiri boli#iensis boli#iensis. "aimiri boli#iensis boli#iensis dikenal

dengan Monyet 1ajing.

9ingdom- Animalia

Phylum- 6hordata

6lass- Mammalia

5rder- Primates

"amily- 7ominidae

Subfamily- Ponginae

+enus- Pongo

Species- P. abelii

9ingdom- AnimaliaPhylum- 6hordata

6lass- Mammalia

5rder- Primates

"amily- 6ebidae

+enus- Saimiri

Species- S. Boliviensis

https://en.wikipedia.org/wiki/Animalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Chordatahttps://en.wikipedia.org/wiki/Mammalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Primateshttps://en.wikipedia.org/wiki/Hominidaehttps://en.wikipedia.org/wiki/Ponginaehttps://en.wikipedia.org/wiki/Orangutanhttps://en.wikipedia.org/wiki/Animalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Chordatahttps://en.wikipedia.org/wiki/Mammalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Primateshttps://en.wikipedia.org/wiki/Animalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Chordatahttps://en.wikipedia.org/wiki/Mammalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Primateshttps://en.wikipedia.org/wiki/Hominidaehttps://en.wikipedia.org/wiki/Ponginaehttps://en.wikipedia.org/wiki/Orangutanhttps://en.wikipedia.org/wiki/Animalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Chordatahttps://en.wikipedia.org/wiki/Mammalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Primates


25/27

2. 7omologi 7omo Sapiens 6yclin D/ )66ND/* m$NA m$NA dengan skor tertinggi lain

kedua @ adalah maccaca $ascicularis. maccaca $ascicularis dikenal dengan Monyet 9ra.

3. 7omologi 7omo Sapiens 6yclin D/ )66ND/* m$NA m$NA dengan skor tertinggi lain

kedua @@ adalah %hinopithecus %o&ellana! %hinopithecus %o&ellana dikenal dengan

Monyet 1erhidung Pesek.

@. 7omologi 7omo Sapiens 6yclin D/ )66ND/* m$NA m$NA dengan skor tertinggi lain

kedua @2 adalah 'tolemur garnettii! 'tolemur garnettii dikenal dengan Pukang.

9ingdom

-Animalia

Phylum- 6hordata

6lass- Mammalia5rder- Primates

"amily-6ercopithecida

e

+enus- Macaca

Species- M.

fascicularis

9ingdom- Animalia

Phylum- 6hordata

6lass- Mammalia

5rder- Primates

"amily-6ercopithecida

e

+enus- %hinopithecus

Species- R. roxellana

9ingdom- Animalia

Phylum- 6hordata

6lass- Mammalia

5rder- Primates

Suborder Strepsirrhin

i

"amily- +alagidae

+enus- 5tolemur

Species- O. garnettii

https://en.wikipedia.org/wiki/Animalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Chordatehttps://en.wikipedia.org/wiki/Mammalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Primatehttps://en.wikipedia.org/wiki/Cercopithecidaehttps://en.wikipedia.org/wiki/Cercopithecidaehttps://en.wikipedia.org/wiki/Macaquehttps://en.wikipedia.org/wiki/Animalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Chordatehttps://en.wikipedia.org/wiki/Mammalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Primatehttps://en.wikipedia.org/wiki/Cercopithecidaehttps://en.wikipedia.org/wiki/Cercopithecidaehttps://en.wikipedia.org/wiki/Rhinopithecushttps://en.wikipedia.org/wiki/Animalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Chordatehttps://en.wikipedia.org/wiki/Mammalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Primatehttps://en.wikipedia.org/wiki/Cercopithecidaehttps://en.wikipedia.org/wiki/Animalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Chordatehttps://en.wikipedia.org/wiki/Mammalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Primatehttps://en.wikipedia.org/wiki/Cercopithecidaehttps://en.wikipedia.org/wiki/Cercopithecidaehttps://en.wikipedia.org/wiki/Macaquehttps://en.wikipedia.org/wiki/Animalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Chordatehttps://en.wikipedia.org/wiki/Mammalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Primatehttps://en.wikipedia.org/wiki/Cercopithecidaehttps://en.wikipedia.org/wiki/Cercopithecidaehttps://en.wikipedia.org/wiki/Rhinopithecushttps://en.wikipedia.org/wiki/Animalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Chordatehttps://en.wikipedia.org/wiki/Mammalhttps://en.wikipedia.org/wiki/Primatehttps://en.wikipedia.org/wiki/Cercopithecidae


26/27

7ampir seluruh 7omologi 7omo Sapiens 6yclin D/ )66ND/* m$NA m$NA

adalah dengan golongan mamalia khususnya kera dengan ordo primata dan famili hominidae

)sama seperti manusia* sehingga jika 7omologi 7omo Sapiens 6yclin D/ )66ND/* m$NA

m$NA ini diambil dari he'an kelima di atas maka tidak akan menimbulkan alergi & reaksi

antigen#antibody pada tubuh 7omologi 7omo Sapiens 6yclin D/ )66ND/* m$NA m$NA

karena strukturnya mirip.

!II. KESIMPULAN

. Analisis protein ES$ dan 7omo Sapiens 6yclin D/ )66ND/* m$NA m$NA pada 5$"

"inder memiliki kecocokan seluruhnya dengan protein pada 5rigin.

/. Analisis homologi protein ES$ memiliki skor tertinggi pada Pan troglodytes dengan skor

//B dan terendah pada Colobus angollensis palliatus //@.

2. Analisis homologi protein 7omo Sapiens 6yclin D/ )66ND/* m$NA m$NA memiliki

skor tertinggi pada Pongo Abeli dengan skor @ dan terendah pada 'tolemur garnettii

dengan skor @2.

3. Mayoritas homolog protein ES$ dan 7omo Sapiens 6yclin D/ )66ND/* m$NA m$NA

adalah pada mamalia golongan kera dengan orde Primata dan keluarga 7ominidae )sama

seperti manusia*

@. Penggunaan protein dari he'an yang memiliki protein sehomolog mengurangi reaksi

antigen#antibody.

DA/TAR PUSTAKA

Susanto A.7 )/00/* Bahan A(ar )enetika *asar "akultas 1iologi 4NS5ED

Pur'okerto

u'ono %. /00 Biologi Molekular Erlangga Jakarta

http-&&'''.ncbi.nlm.nih.go!

https://en. wikipedia.org/

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/https://en.wikipedia.org/https://en.wikipedia.org/https://en.wikipedia.org/https://en.wikipedia.org/https://en.wikipedia.org/http://www.ncbi.nlm.nih.gov/https://en.wikipedia.org/


27/27

https://id. wikipedia.org/
https://id.wikipedia.org/https://id.wikipedia.org/https://id.wikipedia.org/https://id.wikipedia.org/https://id.wikipedia.org/

laporan resmi p2 biosel

Documents