BAB I PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang Perkembangan ilmu biologi telah mengalami revolusi dengan banyaknya penemuan dan investigasi dengan teknik molekular yang berkembang dalam kurun waktu 35 tahun terakhir. Hal tersebut memberikan dukungan terhadap definisi struktur dan mekanisme molekular pada proses biologis yang kompleks seperti pertumbuhan dan pembelahan sel, metabolisme sel, fungsi sel, difrensiasi, dan perkembangan sel. Secara signifikan, perkembangan tersebut memberikan suatu informasi agar manusia mengetahui beberapa teknik mutakhir. Teknikteknik tersebut ditemukan sehingga manusia dapat memanipulasi, mengobservasi, dan menemukan hubungan sistem kehidupan dari tingkat atom, molekul, sel, jaringan, hingga organ dengan permasalahan kehidupan (Davis, 1993). Salah satu teknik yang sudah banyak digunakan dalam Ilmu Biologi, khususnya bidang molekular dan genetika, adalah analisis DNA. Prosedur analisis DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA. Proses pemisahan DNA dari materimateri di dalam sel seperti protein, RNA, lipid dan lain-lain merupakan ekstraksi DNA. Sejalan dengan berkembangnya teknik ekstraksi DNA, secara umum dilakukan melalui beberapa tahap yaitu isoloasi dari jaringan, proses pelisisan dinding dan membran sel, ekstraksi dalam larutan, purifikasi dan kemudian presipitasi atau pemadatan. Ekstraksi DNA memiliki beberapa variasi metode dalam pengerjaannya yaitu dengan metode fenol-kloroform, metode membran dialisis, metode chilex, dan metode boom. Metode fenol kloroform yang diperkenalkan Sambrook dan Russel dalam Toha (2001) adalah metode ekstraksi yang umum dan konvensional. Keberhasilan analisis DNA sangat ditentukan oleh kualitas dan kuantitas hasil ekstraksi DNA. Kualitas dan kuantitas hasil ekstraksi DNA dipengaruhi oleh beberapa faktor salah satunya adalah bahan yang digunakan sebagai sumber DNA. Bahan ekstraksi yaitu bahan biologis yang diambil dari salah satu bagian tubuh mahluk hidup karena semua bagian tubuh mengandung DNA yang dapat1

diekstraksi. Bahan biologis tersebut dapat berupa darah, kulit, tulang , daging ,rambut dan lain-lain (Raven dan Johnson ,2002). Berdasarkan pada latar belakang tersebut maka pada makalah ini akan membahas ekstraksi DNA dari tulang dan daging kambing (Capra sp.) untuk mendapatkan DNA murni.

1.2 Rumusan masalah Adapun rumusan masalah dari praktek kerja lapang ini adalah : 1. Apakah DNA dapat diekstrak dari sampel tulang dan daging kambing ( Capra sp.) dengan metode fenol-kloroform? 2. Adakah perbedaan hasil ekstraksi DNA yang diperoleh dari sampel tulang dan daging kambing ( Capra sp.) dengan metode fenol-kloroform?

1.3 Tujuan Praktek Kerja Lapang (PKL) 1.3.1 Tujuan Umum Tujuan umum dari PKL ini adalah untuk menerapkan ilmu biologi bidang genetika dan biologi molekuler yang diperoleh pada saat perkuliahan yang dapat menjadikan mahasiswa menjadi mandiri, kreatif, bertanggung jawab, disiplin, dan berani menyampaikan hasil penelitian di depan forum melalui seminar Praktek Kerja Lapang (PKL). 1.3.2 Tujuan Khusus Tujuan Khusus dari PKL ini adalah : 1. Untuk mengetahui apakah DNA dapat diekstrak dari sampel tulang dan daging kambing ( Capra sp.) dengan metode fenol-kloroform. 2. Untuk mengetahui perbandingan hasil ekstraksi DNA yang diperoleh dari sampel tulang dan daging kambing ( Capra sp.) dengan metode fenolkloroform.

1.4 Manfaat Praktek Kerja Lapang (PKL) Dengan adanya PKL ini diharapkan mahasiswa dapat mengetahui dan melakukan esktraksi DNA dari berbagai sumber terutama dengan metode yang paling umum dan konvensional, metode fenol-kloroform dan mengetahui

2

perbandingan hasil ekstraksi DNA. Dalam makalah ini sumber DNA berasal dari tulang dan daging kambing ( Capra sp.).

3

BAB II TINJAUAN PUSTAKA

2.1 DNA (Deoxyribonuleic Acid/ Asam Deoksiribonukleat) Deoxyribonucleic acid atau Asam Deoksiribonukleat merupakan

persenyawaan kimia yang penting dalam kehidupan mahluk hidup. DNA membawa keterangan genetik antar sel atau mahluk hidup dari generasi ke generasi (Suryo, 2008). DNA terdapat di dalam tubuh semua mahluk hidup kecuali beberapa virus. Di dalam sel, jumlah DNA yang paling banyak ditemukan terdapat di dalam nukleus. Jumlah DNA dapat diukur dalam ukuran pikogram. Jumlah DNA konstan dari sel ke sel bahkan dari spesies ke spesies. Molekul DNA dari sel-sel eukariotik mempunyai bentuk seperti benang lurus dan tak bercabang. DNA berbentuk lingkaran pada sel-sel prokariotik Susunan kimia DNA terdiri atas 3 macam molekul yaitu, Gula pentosa yaitu deoksiribosa, asam fosfat, basa nitrogen (pirimidin dan purin). Rangka utama untai DNA terdiri dari gugus fosfat dan gula yang berselang-seling. Gula pada DNA adalah gula pentosa (berkarbon lima), yaitu deoksiribosa. Molekul DNA adalah sebuah polimer yang disebut polinukleotida. Dua gugus gula terhubung dengan fosfat melalui ikatan fosfodiester antara atom karbon ketiga (3-C) pada cincin gula pertama dan atom karbon kelima (C5) pada gula lainnya. DNA berbentuk dua pita spiral yang saling berpilin (double helix) terdiri dari dua deretan polinukleotida. Gula-fosfat membentuk tulang punnggung di bagian luar dan basa nitrogen (purin dan pirimidin) membentuk bagian dalam pada DNA. Deoxyribonucleic acid (DNA) sangat penting dalam aktivitas ilmu biologi terutama dalam beberapa cabang; sitologi, genetika, biologi molekular, biokimia dan evolusi (Suryo, 2008).

2.2 Ekstraksi DNA Ekstraksi DNA adalah adalah bagian dari proses analisis DNA. Ekstraksi DNA adalah proses untuk mendapatkan DNA dari suatu bahan biologis. Proses ini bertahap meliputi isolasi jaringan, pelisisan dinding dan membrane sel, ekstraksi4

dalam larutan kimia, purifikasi larutan, kemudian presipitasi atau pemadatan. Ekstraksi DNA pada umumnya dilakukan dengan beberapa metode; metode fenolkloroform, metode membran dialisis, metode chilex, dan metode boom. Metode fenol-kloroform adalah metode yang paling umum digunakan sedangkan beberapa metode yang lebih mutakhir pada prinsipnya memiliki dasar metode fenolkloroform (Sambrook dan Russel dalam Toha , 2001). Metode fenol-kloroform memiliki prinsip yaitu memisahkan protein dan DNA dari sebuah sel oleh fenolkloroform lalu presipitasi DNA digunakan alkohol. Proses sentrifugasi pada metode fenol-kloroform sangat penting karena gaya yang ditimbulkan terhadap larutan ekstraksi menyebabkan molekul ringan berada di bagian atas dan molekul berat berada di bagian bawah (Davis, 1993).

2.3 Kambing Kambing (Capra sp.) merupakan binatang memamah biak yang berukuran sedang. Kambing ternak (Capra aegagrus hircus) merupakan subspesies kambing liar yang hidup tersebar di Asia Barat Daya (daerah "Bulan sabit yang subur" dan Turki) dan Eropa secara alami. Kambing liar jantan maupun betina memiliki tanduk sepasang, tetapi tanduk pada kambing jantan lebih besar. Umumnya, kambing mempunyai jenggot, dahi cembung, ekor agak ke atas, dan kebanyakan berbulu lurus dan kasar. Panjang tubuh kambing liar, tidak termasuk ekor, adalah 1,3 meter - 1,4 meter, sedangkan ekornya 12 sentimeter - 15 sentimeter. Bobot yang betina 50 kilogram - 55 kilogram, sedangkan yang jantan bisa mencapai 120 kilogram. Kambing liar tersebar dari Spanyol ke arah timur sampai India, dan dari India ke utara sampai Mongolia dan Siberia. Habitat yang disukainya adalah daerah pegunungan yang berbatu-batu. Di Indonesia persebaran kambing telah mengalami beberapa perkawinan silang antar kambing (Anonim, 2012b). Variasi yang terdapat pada beberapa kambing di Indonesia merupakan implikasi dari adanya variasi genetik. Perbedaan struktur DNA merupakan dasar yang mempengaruhi variasi genetik (Suryo, 2008).

5

2.4 Tulang Tulang adalah organ kaku yang merupakan bagian dari endoskeleton vertebrata. Tulang berperan dalam mendukung dan melindungi berbagai organ tubuh, memproduksi sel darah merah dan putih. Tulang dapat dikelompokkan dalam berbagai bentuk dan memiliki struktur internal dan eksternal yang kompleks, yang ringan namun kuat dan keras, dan menopang beberapa fungsi, tulang korteks atau kompak dan tulang trambekula yang berongga (Spongy) lalu tulang woven dan tulang berlapis lamellar. Komposisi tulang terdiri atas sel dan matriks ekstraseluler yang mengandung serat kolagen yang memberikan fleksibilitas dan kalsium fosfat yang memberikan kekuatan pada tulang. Di dalam tulang, terdapat beberapa jenis sel yang membentuk beberapa jaringan pada tulang yaitu sel osteoblas, osteoklas, dan osteosit. Sel pada tulang memiliki materi-materi sel yang berbeda tergantung pada fungsinya. Sel osteosit memiliki satu inti dan jumlah organel yang bervariasi, sel osteoblas memiliki beberapa organel sel salah satunya mitokondria. Inti sel dan mitokondria merupakan sumber DNA pada saat analisis DNA. Selain itu, pada tulang ditemukan beberapa jenis jaringan lain yang membantu sistem kerja fisiologi tulang; endosteum dan periosteum, saraf,

pembuluh darah (Anonim, 2012c; Raven and Johnson, 2002). Jaringan-jaringan lain yang terdapat pada tulang ini juga dapat memberikan sumber DNA pada proses analisis apabila tulang masih dalam keadaan segar.

2.5 Daging Daging adalah bagian otot hewan yang digunakan manusia untuk dimakan. Daging adalah otot yaitu sebuah jaringan dalam tubuh dengan tugas utama untuk berkontraksi. Otot diklasifikasikan menjadi tiga jenis yaitu otot lurik, otot polos dan otot jantung. Otot menyebabkan hewan dapat bergerak secara aktif dan pasif (Anonim, 2012a). Otot lurik atau otot rangka adalah jenis otot yang bersifat dapat disadari saat berkerja, berbentuk silindirs, bergerak dalam waktu yang cepat dan sangat mudah lelah. Otot lurik yang mendominasi tubuh vertebrata merupakan sel otot berinti banyak di tiap selnya. Otot polos yaitu otot yang berkerja secara tidak disadari mengandung sel penghubung yang erat, setiap selnya memiliki satu sel

6

inti. Setiap sel berikatan dekat satu sama lain diikat oleh gap junctions. Otot jantung memiliki kesamaan dengan otot polos pada jumlah inti sel dalam membrane yang hanya terdapat satu di dalam satu sel (Raven and Johnson, 2002; Tobin, 1997). Pada proses analisis DNA dengan metode ekstraksi DNA, otot lurik berpeluang besar dalam memberikan data yang baik dibanding dengan otot polos dan jantung.

7

BAB III METODELOGI 3.1. Metode Pengumpulan Data 3.1.1 Waktu dan Tempat Pelaksanaan PKL Sampel daging dan tulang kambing (Capra sp.) diperoleh dari warung sate kambing Yuli di Denpasar. Ekstraksi DNA dilaksanakan di Laboratorium Serologi dan Biologi molekular UPT Forensik Universitas Udayana Bukit Jimbaran mulai dari 6 Februari 2012 8 Februari 2012 sedangkan proses elektroforesis DNA dilaksanakan di Laboratorium Biosains Universitas Udayana pada tanggal 9 Februari 2012.

3.1.2 Materi PKL Materi dari Praktek Kerja Lapangan (PKL) ini adalah sel-sel daging dan tulang kambing (Capra sp.)

3.1.3 Metode Pelaksanaan 3.1.3.1 Pengambilan Sampel Dari Daging Kambing Daging kambing dipotong-potong hingga menjadi kecil, lalu dihancurkan dalam mortir dengan stamper. Sampel daging diambil dan ditimbang seberat 0,025 dan 0,050 gram lalu dimasukkan ke dalam tabung sentrifugasi 1,5 ml. Tiap tabung ditambahkan lysis buffer yang mengandung NaCl 5M, EDTA 0,2M, TrisCl 2M, Urea 4M, dan air distilisasi. Sampel daging diberi kode VD25 untuk variasi berat 0,025 gram dan VD50 untuk variasi berat 0,050 gram. . 3.1.3.2 Pengambilan Sampel Dari Tulang Kambing Tulang kambing yang berukuran 2-3 cm dihancurkan dengan bantuan alat mortir dan stamper hingga menjadi bubuk. Bubuk tulang diambil dan ditimbang seberat 0,025 dan 0,050 gram kemudian dimasukkan ke dalam tabung sentrifugasi dan diisi dengan lysis buffer yang mengandung NaCl 5M, EDTA 0,2M, Tris-Cl 2M, Urea 4M, dan air distilisasi. Sampel tulang diberi kode VT25 untuk variasi berat 0,025 gram dan VT50 untuk variasi berat 0,050 gram.

8

3.1.3.3 Ekstraksi DNA Daging dan tulang kambing ( Capra sp. ) merupakan sumber ekstraksi DNA. Sampel tulang dan kambing yang digunakan untuk ekstraksi DNA terdapat dua variasi berat, masing-masing sampel 0,025 dan 0,050 gram. Tiap sampel dimasukkan lysis buffer yang mengandung NaCl 5M, EDTA 0,2M, Tris-Cl 2M, Urea 4M, dan air distilisasi sampai volume 300 l dalam tabung sentrifugasi kemudian dilakukan pelarutan dengan vortex.. Setelah itu dilakukan penambahan beberapa bahan kimia yang berperan dalam pelisisan komponen-komponen sel; 50 l SDS 10%. 100 l 1x STE, 150 l fenol, 150 l CIAA, 20 l NaCl 5M. Proses homogenisasi dilakukan untuk membantu proses pelisisan sel yang dilakukan selama 2 jam. Setelah proses homogenisasi, dilanjutkan ke tahap sentrifugasi dengan kecepatan 10.000 rpm selama 10 menit. Proses berikutnya ialah pemindahan supernatan (fase aquose) yang terbentuk ke tabung yang baru. Supernatan yang telah dipindahkan ditambahkan etanol absolute sebanyak 2 x volume supernatan yang dipindahkan. Setelah itu, sampel disimpan di dalam freezer selama satu malam dengan suhu -20oC. Setelah disimpan satu malam, sampel disentrifuge dengan kecepatan 10.000 rpm selama 15 menit. Supernatan dibuang dan pellet ditambahkan etanol 70 % dalam TE ( 7 ml etanol, 3 ml TE) sebanyak volume supernatan saat fase aquose dan dilakukan resuspensi untuk mencuci pellet kemudian dilanjutkan proses sentrifugasi selama 15 menit dengan kecepatan 10.000 rpm. Etanol 70% dalam TE dibuang kemudian pellet dikeringanginkan selama satu malam. Proses selanjutnya pellet ditambahkan TE 80% sebanyak 50 l dan siap digunakan.

3.1.3.4 Uji Kualitas DNA Hasil Ekstraksi Hasil ekstraksi DNA diuji kuantitas dan kualitasnya pada gel agarosa 2% dengan cara elektroforesis. Sebanyak dua gram agarosa ditambahkan 100 ml 1X TAE lalu dimasukkan ke dalam tabung Erlenmeyer dan dipanaskan di dalam microwave selama 1 menit. Sisir pembuat sumuaran untuk gel dipasang pada cetakan gel. Gel dituang ke dalam cetakan hingga kurang lebih menutupi bagian. Gel yang telah memadat, sisir dicabut sehingga terlihat sumuran gel.

9

Proses selanjutnya, Gel dimasukkan ke dalam tangki elektroforesis yang tela berisi buffer TAE. Sampel diambil sebanyak 5 l lalu dicampur dengan 1 l loading dye di atas kertas parafilm. Sampel yang telah tercampur dimasukkan ke dalam sumuran gel. Mesin elektroforesis dialiri listrik pada tegangan 100 volt selama 45. Proses perwarnaan, gel direndam dalam larutan ethidium bromide (EtBr) selama 15 menit. Pengamatan DNA dilakukan dengan bantuan lampu UV di ruangan gelap.

3.2 Jadwal PKL

Tabel 1. Matriks Kegiatan PKL Januari No Jenis Kegiatan Minggu ke Februari Minggu ke Maret Minggu ke 1 2 3 4 April Minggu 1

1 2 3 4 5 1 2 3 4 1 2 Pertemuan PKL Penyerahan usulan PKL 3 Pelaksanaan PKL 4 Penyerahan aktivitas PKL 5 Penyusunan laporan 6 7 Seminar PKL Penyerahan laporan PKL

10

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1. Hasil Elektroforesis Hasil ekstraksi DNA dari tulang dan daging kambing (Capra sp.) kemudian dielektroforesis untuk menguji kualitas DNA yang diperoleh. Hasil elektroforesis disajikan dalam gambar 1.

Gambar 1. Hasil Visualisasi DNA pada gel Agarosa dengan sinar ultraviolet. Keterangan gambar : No.1,2, 7 : sumuran gel yang tidak berisi genom DNA No. 3 : sumuran gel yang berisi genom DNA hasil ekstraksi DNA dari tulang seberat 0,025 gram No. 4 : sumuran gel yang berisi genom DNA hasil ekstraksi DNA dari tulang seberat 0,050 gram No. 5 : sumuran gel yang berisi genom DNA hasil ekstraksi DNA dari daging seberat 0,025 gram No. 6 : sumuran gel yang berisi genom DNA hasil ekstraksi DNA dari tulang seberat 0,050 gram

11

4.2. Pembahasan 4.2.1 Hasil Ekstraksi DNA Berbagai jenis sel penyusun mahluk hidup secara umum dapat diekstrak atau diisolasi untuk mendapatkan DNA (Putra,2008). Sumber ekstraksi DNA diperoleh dari tulang dan daging kambing. Pada penelitian- penelitian sebelumnya, ekstraksi DNA dari tulang, khusunya fosil tulang, pernah dipublikasikan di bulan juli 1997 oleh beberapa peneliti dari jerman dan amerika yang dipimpin oleh Svante Pbo ( Krings et all ,1997). Ekstraksi DNA dalam PKL ini untuk melatih ketrampilan dan kemampuan teknik ekstraksi DNA. Dalam PKL ini, proses ekstraksi DNA yang dilakukan menggunakan metode fenol-kloroform dengan modifikasi diuji kuantitas dan kualitasnya dengan Elekroforesis. Menurut Yuwono (2005) pengujian kuantitas dan kualitas hasil ekstraksi akan terlihat pada gel agarosa yang telah diwarnai dengan ethidum bromide (EtBr) sebagai pita-pita yang berpendar oleh sinar UV. Pada proses ekstraksi DNA beberapa bahan kimia yang digunakan sangat berperan dalam mendegradasi komponen sel yang tidak diperlukan dalam ekstraksi DNA yang akan menjadi kontaminan saat diuji dengan elektroforesis (Rohland, 2007). Pengunaan lysis buffer yang mengandung NaCl 5M, EDTA 0,2M, Tris-Cl 2M, Urea 4M, dan air distilisasi. Pemberian lysis buffer dilakukkan untuk melisiskan beberapa komponen sel terutama membran sel yang melindungi sel eukariotik (Davis, 1993). Proses dilanjutkkan pada penambahan beberapa bahan yaitu SDS 10%, 1x STE, fenol, CIAA, NaCl 5M kemudian dihomogenisasi adalah suatu proses yang berguna dalam melepaskan beberapa komponen sel yang saling berikatan. Fenol-kloroform berperan memisahkan protein dan DNA dari sebuah sel. Bahan-bahan tersebut juga menjaga komponen sel agar tidak mengalami post-mortem. Etanol abosolute yang ditambahkan beberapa kali dalam metode fenol-kloroform berguna dalam proses presipitasi DNA. Sentrifugasi ialah proses mekanik yang berfungsi untuk memisahkan bagian-bagian sel menurut massanya. Etanol 70% dalam TE ditambahkan pada proses setelah sentrifugasi untuk proses penjernihan DNA. TE 80% digunakan untuk menjaga kualitas DNA agar siap digunakan dalam jangka waktu yang lama (Davis, 1993).

12

Hasil pengujian dengan elektroforesis pada gel agarosa dengan perwarnaa ethidium bromide (EtBr) ditampilkan pada gambar 4.1. Hasil visualisasi DNA dengan penyinaran UV dapat dilihat pada sumuran nomor 3, 5, dan 6 menunjukkan adanya pita DNA yang berpendar terlihat dibagian tengah lajur dan akhir lajur sumur. Sumuran gel nomor 4 tidak menunjukkan pita DNA tetapi muncul alur yang berfluorensi berwarna jingga. Hal tersebut menunjukkan bahwa pada sumuran nomor 3, 5, dan 6 DNA berhasil diekstraksi sedangkan pada sumuran nomor 4, DNA tidak berhasil diekstraksi. Berdasarkan data diatas maka dapat dikatakan, ekstraksi DNA dari tulang dan daging kambing berhasil dilakukan. DNA hasil ekstraksi adalah DNA keseluruhan tubuh (whole DNA) yang terdiri dari DNA kromosomal dan mitokondria . Hasil visualisasi DNA gambar 4.1, sumur no.3, pita-pita DNA yang ditampilkan pada lajur pendarannya yang baik sedangkan pada sumur no. 5 dan 6, pita-pita DNA terlihat tetapi tidak terlalu jelas jika dibandingkan pada lajur sumur no.3. Pita-pita DNA tidak terlihat ditunjukkan pada sumur no.4, yang terlihat adalah garis tebal berwarna jingga. Keadaan ini disebut smear. Pada gambar 4.1 hasil visualisasi DNA, menunjukkan baik atau tidakknya tingkat kuantitas dan kualitas hasil ekstraksi DNA. Tingkat kuantitas hasil ekstraksi DNA ditunjukkan oleh tebal tipisnya DNA yang berpendar sedangkan kualitas ekstraksi DNA dilihat dari ketajaman dan kebersihan pita yang berpendar. Kualitas DNA yang buruk pada sumuran gel bila mengalami smear, yaitu pita-pita DNA tertutup seperti bayangan, bayangan tersebut bahkan dapat menutupi pita DNA sehingga tidak dapat terlihat pita-pita DNA. Ada beberapa faktor yang dapat mempengaruhi kuantitas dan kualitas hasil ekstraksi DNA. Kuantitas hasil ekstraksi DNA dipengaruhi oleh sumber materi yang digunakan pada ekstraksi. Pada proses ekstrasksi digunakan dua sumber dengan dua variasi berat 0,025 gram dan 0,050 gram. Sumber pertama adalah tulang. Tulang sebagai sumber dibedakan menjadi dua variasi berat 0,025 dan 0,050 gram sebagai pembanding. Sumber tulang dengan jumlah berat 0,025 diberi kode VT25 dan VT50 untuk jumlah berat 0,050 gram. Sumber yang kedua yaitu daging. Daging dibedakan menjadi dua variasi berat 0,025 dan 0,050 gram sebagai

13

pembanding. Sumber daging dengan jumlah berat 0,025 diberi kode VD25 dan VD50 untuk jumlah berat 0,050 gram. Jumlah sampel yang lebih banyak akan memberikan hasil kuantitas yang lebih baik daripada yang sedikit. Hasil visualisasi pada sumuran 3 dan 4, VT25 muncul pita-pita DNA sedangkan pada VT50 tidak muncul pita DNA (smear). Hasil tersebut membuat kedua variasi tidak dapat dibandingkan. Sumuran 5 dan 6, VD25 pita-pita DNA terlihat begitu juga dengan VD50. Pita-pita DNA VD25 dan VD50 berjarak sama jika diukur dari posisi negatif (dari atas ke bawah pada gambar 4.1) yang bearti molekulmolekulnya berukuran sama (Becker, 1996). Kualitas hasil ekstraksi DNA digolongkan dalam kualitas baik apabila jalur pada tiap sumuran genom DNA terlihat bersih dan tajam saat dilihat dengan bantuan sinar UV. Ketajaman pendaran terlihat baik yang ditandai dengan tidak adanya smear di tiap jalur pada sumuran. Kualitas hasil esktraksi DNA dapat dipengaruhi oleh beberapa faktor. Fakor bahan mentah yang digunakan sebagai sumber ekstraksi, bahan yang digunakan harus bebas kontaminan dan proses saat ekstraksi DNA yang sudah dijelaskan. Kontaminan tersebut dapat berupa bahan biologis individu lain seperti protein, lemak, dan RNA. Kontaminan lain yaitu bahan abiotik tempat bahan diambil contohnya tanah ( Krings et all ,1997).

14

BAB V KESIMPULAN DAN SARAN

5.1 Kesimpulan Berdasarkan pada hasil dan pembasan maka dapat disimpulkan yaitu : 1. DNA berhasil diekstraksi dari sampel tulang dan daging kambing ( Capra sp.) dengan metode fenol-kloroform 2. Pada hasil ekstrkasi DNA dari sampel tulang dan daging kambing (Capra sp.) yang telah dielektroforesis pada gel Agarosa kemudian

divisualisasikan dengan bantuan sinar UV terdapat perbedaan secara kuantitas dan kualitas. Sampel dari tulang lebih baik kuantitas dan kualitasnya daripada sampel daging meskipun salah satu sampel tulang mengalami smear.

5.2 Saran Dari penelitian PKL ini dapat disaranakan perlu dilakukan penambahan variasi berat dari masing-masing sampel. Pada penelitian PKL yang lain dapat dilakukan ekstraksi DNA dengan metode yang lain dengan sumber yang sama.

15

DAFTAR PUSTAKA Anonim. 2012a. Muscle. Available at : http://en.wikipedia.org/wiki/Muscle Opened : 16.02.2012 Anonim. 2012b. Kambing. Available at : http://id.wikipedia.org/wiki/Kambing Opened : 16.02.2012 Anonim. 2012c. Bone. Available at : http://en.wikipedia.org/wiki/Bone Opened : 16.02.2012 Becker J.M., G.A Caldwell, E.A Zuchgo. 1996. Biotechnology A Laboratory Course. San Diego: Academic Press Davis, Leonard G., W. Michael Kuehl, James F. Battey. 1993. Basic Methods in Molecular Biology. Second Edition. Appelton & Lange. Norwalk, Connecticut. USA Krings M., Stone A., Schmitz R.W., Krainitzki H., Stoneking M., and Pbo S. (1997): Neandertal DNA sequences and the origin of modern humans. Cell, 90:19-30. Raven, Peter H. and George B. Johnson. 2002. Biology. Sixth Edition. McGraw-Hills Company. USA Rohland, Nadin and Michael Hofreiter. Journal BioTechniques 42:343-352 (March 2007) doi 10.2144/000112383 Suryo. 2008. Genetika. Gadjah Mada University Press.Yokyakarta Tobin, Allan and Richard. E. Morrel.1997. Asking About Cells. Saunders College Pusblihings. USA Toha, A. H. A. 2001. Biokimia : Metabolisme Biomolekul. Alfabeta. Bandung

16

LAMPIRAN Lampiran 1. Aktivitas Kegiatan PKL Tempat PKL : Laboratorium DNA dan Serologi Forensik UPT Forensik dan Kriminologi Universitas Udayana. Tabel 2. Rincian akitivitas kegiatan Praktek Kerja Lapang (PKL) NO. 1. Pertemuan PKL o Pengumpulan di AR atas o Pertemuan dengan pembimbing bidang genetika o Bimbingan konsep PKL 2. Penyerahan usulan PKL o Pembuatan Abstrak dan Revisi o Pengumpulan Berkas 3. Pelaksanaan PKL o Pencarian sampel o Sterilisasi alat o Persiapan alat dan bahan o Pembuatan larutan stok o Diskusi Ekstraksi DNA o Sampel ekstraksi DNA disiapkan o Pemberian Lysis buffer, divortex dan penambahan beberapa bahan o Proses Homegenisasi (tilting) o Fase aquose, pemindahan supernatant o Sentrifugasi setelah dari freezer , supernatant dibuang, penamabahan Etanol, resuspensi pellet, sentrifugasi. Kemudian dikeringanginkan o Penambahan TE 80%, proses o 2 jam 30 menit o 2 jam o 1 jam 30 menit o 1 jam 30 menit o 30 menit o 1 jam 30 menit o 2 jam 30 menit o 30 menit o 2 jam 10 menit o 1 jam 20 menit o 1 jam o 2 jam o 1 jam o 2 jam o 2 jam Jenis Kegiatan Durasi Pelaksanaan

17

elektroforesis. (pembuatan gel agarosa, pewarnaan, dan visualisasi dengan sinar UV) 4. Penyusunan laporan PKL o Pencarian literature dan pembuatan bab I dan II. o Konsultasi pembimbing, revisi ke 1 dan 2 lalu Acc oleh pembimbing. o Pengumpulan ke penguji, diperiksa redaksional o Pembuatan laporan bab III dan IV o Konsultasi pembimbing, revisi laporan bab III dan IV kemudian acc oleh pembimbing. o Pembuatan akhir laporan dan slide untuk seminar proposal 5. Seminar laporan PKL (pemakalah) Seminar laporan PKL (peserta) 6. 7. Pengumpulan laporan PKL Total Durasi Akitivitas PKL o 5 jam 30 menit o 1 jam o 14 jam o 10 menit o 76 jam o 2 jam o 30 menit o 10 jam 30 menit o 2 jam 30 menit o 8 jam 30 menit o 4 jam

Lampiran 2. Hasil sementara sampel yang telah disentrifugasi.

a

b

c

d

Gambar 3. Sampel pada (a) VT25 (b) VT50 (c) VD25 (d) VD50

18

Lampiran 3. Gambar-gambar alat, bahan, dan proses PKL.

a b c Gambar 4. (a) Alat vortex dan (b) pipet tip 1000 l, pipet ukuran 100 l dan 1000 l (c) Alat Sentrifugasi.

A b c Gambar 5. (a) Alat Stirer di bagian bawah dan tabung penyimpanan gel agarosa (b) Microwave (c) Tempat pencetakan sumuran gel agarosa

a b Gambar 4. (a) Alat Elektroforesis (b) Loyang pewarnaan gel agarosa dan spatula

19