Dengan memfokuskan pada percabangan filogenetik, analisis kladistik hanya menerima taksa monofiletik saja. Sebagai akibatnya, sistematika kladistik menghasilkan beberapa kejutan dalam bidang taksonomi. Sebagai contoh, titik percabangan antara burung dan buaya masih lebih baru dibandingkan dengan percabangan antara buaya dan reftil lainnya; hal ini berarti bahwa burung dan buaya memiliki sinapomorfi yang tidak ditemukan pada ular dan kadal. Sebenarnya catatan fosil memang mendukung hipotesis bahwa baik burung maupun buaya berevolusi selama masa Mesozoikum dan satu nenek moyang bersama, yang berbeda dari nenek moyang ular dan kadal. Dalam pandangan kladistik yang murni, tidak ada taksa seperti kelas Aves dan Kelas Reptilia, sebagaimana umumnya kita mengenalnya, karena pengelompokan ular, kadal dan buaya dalam kelompok taksonomik yang sama dan mengeluarkan burung dari kelompok tersebut tidak sesuai dengan sejarah evolusi. Taksonomi seperti itu merupakan takson parafiletik, dan hanya taksa monofiletik yang mencerminkan filogeni. Ternyata burung sangat jauh berbeda dengan adanya pemodelan ulang yang sangat ekstensif yang berhubungan dengan kemampuan terbangnya yang terjadi setelah burung menjadi cabang dari leluhur nenek moyangnya. Meskipun mengenali ketidakserasian dengan analisis kladistik, banyak ahli biologi masih menggunakan banyak Aves dan Reptilia untuk mengelompokan vertebrata yang umum ditemukan ini.