Kelompok 5 Muhammad Fahmi Zaenal Abidin 1206212520

Laras Ragil K.P. 1206212363

Kasandika Ganiarsa 1206350304

Sabrina Zahra Fitriani 1206249391

Tiara Febriani 1206262140

BIOKATALISIS Enzim Taq DNA Polimerase

Outline

Sumber Taq DNA Polimerase (bakteri

Thermus aquaticus)

Proses Produksi Taq DNA

Polimerase

Produk

Industri dan Harga dari Taq DNA

Polimerase di berbagai negara

Paper terkini tentang Taq DNA

Polimerase

SUMBER

Karena kestabilannya pada suhu tinggi Taq

polimerase yang dihasilkan dari Thermus

aquaticus digunakan untuk PCR (Teknik Perbanyakan DNA)

Menghasilkan enzim Taq polimerase yang dapat

membiarkan bakteri membelah saat suhu

lingkungan yang tinggi

Ditemukan di Yellowstone National Park hot

spring, 55-100 derajat celcius, pH 5-9

Bakteri gram negatif (mengandung peptidoglikan

yang sedikit dan mengandung lipoprotein.)

Thermus aquaticus Klasifikasi: Bacteria; Deinococcus-Thermus; Deinococci; Themales; Thermophilus; Aquaticus

Thermus aquaticus Karakteristik DNA Polimerase dari Thermus aquaticus

Fungsi Dengan

memanfaatkan

aktifitas eksonuklease

5’ ke 3’, PCR dapat

dilaksanakan

Ukuran dan

Aktivitas Taq berukuran 94 kd,

dengan aktivitas DNA

polimerasi

terlokalisasi pada C

terminal dan aktivitas

eksonuklease

terlokalisasi 5’ ke 3’

pada N terminal

Temperatur Dapat hidup di

temperatur diatas 45

derajat celcius dan

optimum saat 80

derajat celcius.

Kation

Monovalent

dan Divalent Optimum saat

konsentrasi NaCL 40

mM dan KCl 60 mM,

jika lebih aktifitas

katalitik terganggu.

pH pH optimum

dikisaran 7-8 pH unit

dengan suhu 80

derajat celcius,

bervariasi tergantung

buffer yang

digunakan.

PROSES

PRODUKSI

Proses Produksi Bahan yang digunakan

STRAIN T. aquaticus

strain YT-1

M E D I A K U L T U R

55-60oC; padat

mengandung

1.5% agar dan

nutrien

H O S T E. Coli DH1 de-ngan

medium LB 80

mikro gram/ml

ampicillin

Proses Produksi Aktivitas protein

KONSENTRASI ditentukan dengan mengukur absorbansi :

280 dan 260 nm

VISUALISASI elektroforesis (gel polyacrylamide) dan

staining Coomasie brilliant blue R

Proses Produksi Purifikasi Taq DNA Polimerase

Persiapan

strain dan

media kultur

Menentukan

konsentrasi

protein PCR

Memproduk

si clone T.

aquaticus

(amplifikasi

PCR)

Purifikasi

PRODUK

Aplikasi

Biotechnology

Molecular biology Proses PCR

Thermus aquaticus Enzim Taq Polymerase

Sumber: www.brenda-enzyme.com

Produk Enzim Taq Polimerase

Deoxynucleoside triphosphate

(dATP)

DNAn

Diphosphate +

DNAn + 1

Sumber: www.brenda-enzyme.com

Skema Reaksi Taq Polimerase

Sumber: www.brenda-enzyme.com

Patent

Patent Number : 5,108,892

Date of Patent : Apr. 28, 1992

• Method of Using a Taq DNA Polymerase

Without 5’-3’-Exonuclease Activity

Patent Number : US 7,972,830 B2

Date of Patent : Jul. 5, 2011

• Thermostable Taq Polymerase Fragment

INDUSTRI

DAN HARGA

Aplikasi dalam Industri

Taq DNA Polymerase

sebagai standar untuk PCR

Memiliki buffer untuk berbagai macam aplikasi

PCR

Tersedia dalam berbagai jenis

format

Perusahaan

New England Biolabs Inc.

Phusion ® High-Fidelity DNA Polymerase

• 100U, 2000 U/mL : $105.00

• 500U, 2000 U/mL : $420.00

GenScript USA Inc.

Taq DNA Polymerase

• 50x1000U : $2,700.00

• 1000U : $60.00

PENELITIAN

TERKINI

Sumber Jurnal

Daftar Pustaka

• Detection of specific polymerase chain reaction product utilizing the 5’ – 3’ exonuclease activity of Thermus aquaticus DNA polymerase. 1991. Holland, P. M., Abramson, R.D., Watsohn, R., Gelfand, D.H. Proc. Natl. Acad. Sci. 88: 7276-7280

• Deoxyribonucleic acid polymerase from the extreme thermophile Thermus aquaticus. 1976. Chien, A., Edgar, D.B., Trela, J.M.Journal of Bacteriology. 127 (3): 1550-1557

• Characterization of the 5’ to 3’ exonuclease associated with Thermus aquaticus DNA polymerase. 1990. Longley, M.J., Bennett, S.E., Mosbaugh, D.W. Nucleic Acid Research 18(24):7317-7322

• Characterization of contaminating DNA in Taq polymerase which occurs during amplification with a primer set for Legionella 5S ribosomal RNA. 1994. Maiwald, M., Ditton, H.J., SonnTaq, H.G., von Knebel Doeberitz, M. Molecular and Cellular Probes 8(1):11-14

• Optimizing Taq polymerase concentration for improved signal-to-noise in the broad range detection of low abundance bacteria. 2009. Spangler, R., Goddard, N.L., Thaler, D.S. PLoS ONE 4(9):e7010

• High fidelity DNA synthesis by the Thermus aquaticus DNA polymerase. 1990. Eckert, K.A. and Kunkel, T.A. Nucleic Acids Research18:3739-3744

• Comparison of different decontamination methods for reagents to detect low concentrations of bacterial 16S DNA by real-time pcr. 2002. Klaschik, S., Lehmann, L.E., Raadts, A., Hoeft, A., Stuber, F. Molecular Biology 22(3):231-242

• Optimization of real-time PCR assay for rapid and sensitive detection of eubacterial 16S ribosomal DNA in platelet concentrates. 2003. Mohammadi,T., Reesink, H.W., Vandenbroucke-Grauls, C.M.J.E., Savelkoul, P.H.M. Journal of Clinical Microbiology41(10):4796–4798

• Engelke, David R., dkk. “Purification of Thermus aquaticus DNA Polymerase Expressed in Escheria coli” (sumber: http://degradome.uniovi.es/jmpf/Bibliograf/Analytical%20Biochemistry%201990%20Engelke%20Taq%20purification.pdf) Diakses pada 4 November 2014 Pukul 16.30