Colony counter Mikroba merupakan mikroorganisme yang sangat kecil. Untuk mengetahui banyaknya mikroba sangat tidak mungkin dilakukan bila tidak menggunakan suatu metode perhitungan. Terdapat dua metode perhitungan mikroba yaitu metode perhitungan mikroskopis langsung (direct microscopis count), metode hitungan tak langsung (indirect microscopis count) dan dengan hitungan cawan, baik dengan metode penyebaran maupun penuangan. Pada hakikatnya perhitungan dasar ada 2 yakni penentuan jumlah sel(untuk mikroba bersel tunggal seperti bakteri) dan penentuan massa sel (untuk mikroba bersel tunggal dan berfilamen seperti kapang). Colony counter adalah alat yang berguna untuk menghitung koloni yang telah diinkubasi dalam cawan. Alat ini dilengkapi dengan kacapembesar dan dengan skala/kuadran yg membantu dlm pengamatan. Jmlh koloni dlm cawan dptditandai dan dihitung secara otomatis. Range perhitungan adalah 30-300 koloni. Colony counter termasuk dalam metode perhitungan dengan cawan. Metode perhitungan ini merupakan metode penaksiran jumlah kepadatan mikroorganisme secara tidak langsung dan informasi yang didapatkan hanya jumlah bakteri yang hidup saja, bakteri yg mati tdk terhitung. Metode ini didasarkan pada asumsi bahwa setiap sel mikroorganisme hidup dalam suspensi akan tumbuh menjadi 1 koloni setelah proses pertumbuhan. Tetapi koloni yang tumbuh tidak selalu berasal dari stu sel mikroorganisme krna beberapa mikroorganisme tertentu cenderung untuk membentuk kelompok/berantai. Metode ini bergantung pada inokulum, kesesuaian media dan lama waktu inkubasi.

HemasitometerPenentuan konsentrasi sel penting untuk mikrobiologi, biakan sel, dan banyak aplikasi yang membutuhkan penggunaan dari larutan sel. Suatu alat yg digunakan untuk perhitungan sel disebut ruang hitung. Jenis ruang hitung yang paling umum dikenal adalah hemasitometer. Hemasitometer merupakan ruang kaca dg sisi yang menjulang dan kaca penutup yang akan menahan cairan tepat 0,1 mm dri atas lanta ruang kaca. rUang hitung memiliki total luas permukaan 9 mm persegi. Dengan metode ini sampel yg akan dihitung hanya tinggal di masukkan ke dalam alat dan jumlah sel dapat ditentukan secara langsung dengan bantuan mikroskop. Sehingga pelaksanaanya cepat dan tidak memerlukan banyak peralatan. Namun,metode ini memiliki kelemahan yaitu tidak bias membedakan mikroorganisme yang hidup dan mati. Sehingga yang didapatkan nantinya dalah jumlah total sel dalam populasi. hemasitometer dibagi menjadi 9 arena yg masing berukuran 1 mm persegi. Kotak yg ditengah dibagi menjadi 25 kotak besar, dan dlm masing kotak besar ada 16 kotak kecil. Sehingga di bagian tengah ada 400 kotak kecil. Jumlah sel yg akurat adalah bila sel terhitung dalam 80 kotak kecil antara 120-200 sel, jika lebih dari 200 maka sampel diencerkan.agar miring Dalam teknik pembiakan murni tidak saja diperlukan bagaimana memperoleh suatu biakan yang murni,tetapi juga bagaimana memeliharaserta mencegah pencaemaran baru dari luar,media untuk membiakan bakteri haruslah steril untuk digunakan. Teknik inokulasi merupakan suatu pekerjaan memindahkan bakteri dari medium lama kemedium yang baru dengan ingkat ketelitian yang sangat tinggi.dengan demikian akan diperoleh biakan mikroorganisme yang dapat digunakan untuk pembelajaran mikrobiologi.identifikasi biakan mikroorganisme sering kali memerlukan penanam biakan segar tanpa terjadi pencemaran.pemindahan mikroorganisme ini ilakukan dengan teknik aseptik untuk mempertahankan kemurnian biakan selama peminahan berulankali.mkroorganisme dapat ditumbuhkan dalam biakan cair atau padat,(Lay:1988) Pertumbuhan mikro organime daam agar menggambarkan aktifitas metabolismenya,mikro aerob obligat berkembang biak pada lapian permukaan karena pada bagian ini kanungan oksigennya inggi,mikrooranisme dapat memperlihatkan pertumbuhan dengan ciri tertentu dalam biakan padat seperi agar miring atau empengan agar. Agar miring lazimnya digunakan untuk menyimpan biakan murni sedangkan agar lempengan lazimnya digunakan untuk memurnikan mikroorganisme,(lay:1988) Media agar miring yaitu media agar padat dalam tabung reaksi yang diletakan miring sehingga mempunyai permukaan media yang lebih luas daripada permukaan yang agak tegak , digunakan untuk menumbuhkan dan menyimpan biakan murni sebagai stok biakan murni agar nutrient digunakan untuk pertumbuhan mayoritas dari mikroorganisme yang tak selektip (mikroorganisme heterotrop). Penanaman bakteri atau biasa disebut juga inokulasi adalah pekerjaan memindahkan bakteri dari medium yang lama ke medium yang baru dengan tingkat ktelitian yang sangat tinggi. Untuk melakukan penanaman bakteri(inokuasi) terlebh dahulu diusahakan agar semua alat yang ada dalam hubungannya dengan medium agar tetap teril,hal ini untuk menjaga terjadinya kontaminasi,(dwijoseputro:1998) Dalam teknik inokulasi ada beberapa metode yang digunakan untuk mengisolasi biakan murni mikroorganisme yaitu: Metode gores,dalam metode ini memerlukan keterampilan-keterampilan yang diperoleh dengan peltihan.penggoresan penggoresan sederhana yang sempurna akan menghasilkan koloni yang terpisah.inokulum digoreskandipermukaan mdia agar nutrient. Diantara goresan akan terdapat sel-sel yang cukup terpisah sehingga dapat tumbuh menjadi koloni,(winarni:1997) Cara penggarisan dilakukan pada medium pembiakan padat,bila dilakukan dengan baik maka akan mnghasilkan baik.ada beberapa teknik dalam metode goresan yakni goresan T,goresan kuadran,goresan radian,goresan sinambung,(kurs irianto:2006) Ada beberapa macam media yang di gunakan untuk inokulasi yaitu mixed kiultur (berisi dua atau lebih species mikroorganisme), pate cultur (media padat dalam petidris), slant culture (media padat dalam tabung reaksi). Perbedaan inokulasi jamur da bakteri adalah inokulasi jamur menggunakan jarum ose bentuk batang, hifa yang berbentuk benang mudah diambil dengan mengunakan jarum ose, sedangkan yang kedua yaitu inokulasi baktei menggunakan jarum ose bentuk bulat, pada jarum ose yang berbentuk bulat bakteri akan dapat terambil dalam jumlah yang relative banyak, (rohmat:2002)