7/18/2019 cadd

http://slidepdf.com/reader/full/cadd55cf8aa255034654898c8718 1/6

Potential drug-like inhibitors of

Group 1 influenza neuraminidase

identified through computer-aideddrug design

7/18/2019 cadd

http://slidepdf.com/reader/full/cadd55cf8aa255034654898c8718 2/6

INTRODUCTIONInfluenza disebabkan oleh virus RNA dari keluarga Orthomyxoviridae.

Umumnya tidak mengancam kehidupan pada orang deasa yang sehat!

virus sesekali bermutasi men"adi bentuk yang lebih mematikan dan

telah bertanggung "aab pada beberapa pandemik di abad terakhir ini. #aru$baru ini! strain baru

 pandemik influenza %&'N'( yang mampu menginfeksi manusia telah

diidentifikasi! dengan la"u raat inap sekitar )*. +elain itu! strain yang

 berbeda dari flu burung %&,N'( muncul pada tahun '))- yang dapat

menyebabkan pandemik global yang sama dimasa depan. +etelah pembentukan! partikel virus influenza tetap terikat

 pada membran sel melalui residu asam sialat. Neuraminidase

memotong residu ini! melepaskan virus dan memungkinkan

 perkembangpembiakan virus

7/18/2019 cadd

http://slidepdf.com/reader/full/cadd55cf8aa255034654898c8718 3/6

Neuraminidase adalah target beberapa obatyang disetujui FDA, termasuk zanamivir danoseltamivir, karena sangat penting untukperkembangbiakan virus dan memiliki sisiaktif yang baik untuk dikembangkan

Sayangnya, strain yang resistan terhadap

obat baru telah muncul dan kebutuhan baruinhibitor besar

7/18/2019 cadd

http://slidepdf.com/reader/full/cadd55cf8aa255034654898c8718 4/6

Barubaru ini dikembangkan program desainobat yang dibantu oleh komputer, untukmemandu desain beberapa inhibitorneuraminidase yang diprediksi akanberpotensi mengikat lebih baik dari obat yangsaat ini telah divalidasi!

7/18/2019 cadd

http://slidepdf.com/reader/full/cadd55cf8aa255034654898c8718 5/6

"enghitungan #eksibilitas protein$ntuk menghitung #eksibilitas protein, kita

mengambil pada simulasi dinamika molekulneuraminidase yang telah dijelaskansebelumnya! %onformasi protein diekstraksidari &'ns, simulasi ini dikelompokkankedalam () kelompok dengan akar pangkatdeviasi *rmsd+ pengelompokan konformasimenggunakan algoritma pengelmpokkan-./.S, seperti yang diterapkan di -./.S00 analisis perangkat lunak

7/18/2019 cadd

http://slidepdf.com/reader/full/cadd55cf8aa255034654898c8718 6/6

Secara singkat, jarak rmsd dihitung untuk setiap pasanganprotein konformasi diekstrak dari simulasi /D! "asanganmereka dengan jarak rmsd terkait lebih besar dari 1!2A

akan dibuang! %onformasi tunggal yang paling sering hadirdalam sisa pasangan, bersamasama dengan konformasiyang sesuai lainnya, masingmasing "asangan digabungmenjadi daftar konformasi yang disebut dengan clusterpertama! %onformasi dari cluster pertama yang kemudiandihapus dari kesatuan konformasi diekstrak dari simulasi/D, dan proses diulang sampai tidak ada konformasi tetap!3entroid dari setiap cluster terpilih, menghasilkan ()struktur unik protein untuk me4akili dari banyak sampelprotein yang dikonformasi selama simulasi!