8/18/2019 Asnia y.u 4311413040 Tugas k.komputasi

1/5

 Nama : Asnia Yulinda Utami

 NIM : 4311413040

Prodi : Kimia

Tugas Kimia Komputasi

BAB 1

1. Berian !onto" masala"#masala" imia $ang dapat diselesaian dengan

metode imia omputasi% &eraitan dengan :

a. 'u&ungan on(ormasi dengan energi

 &. )pe!tra U*#*is dan I+ !. Meanisme reasi imia% terutama pada penentuan energi strutur 

transisi

d. )imulasi Monte ,arlo dan dinamia moleul

Jawab:

a. 'u&ungan on(ormasi dengan energ$

- kajian konformasi dan struktur molekul. 'al ini men$angut

 penggam&aran side#!"ain pada satu orientasi daripada $ang lain% &entu 

ursi dan pera"u dan penggam&aran iatan "$drogen. )emua masala"

ini dapat diselesaian dengan pemodelan moleul. 'al ini menadi

 penting arena on(ormasi aan mempengaru"i si(at dan energ$

moleul.

 &. )pe!tra U*#*is dan I+ 

- kajian sifat molekul. Be&erapa si(at moleul $ang dapat diai dari

 per"itungan imia omputasi adala" muatan atom &ersi"% momen

dipole% si(at spe!tra U*% I+% dan NM+.

!. Meanisme reasi imia% terutama pada penentuan energi strutur 

transisi- kajian makanisme reaksi.  'al ini men$angut aian moleul

 pada eadaan "usus% seperti eadaan transisi $ang mungin

mempun$ai si(at &er&eda dari moleul dalam eadaan normal.

Kele&i"an dari imia omputasi adala" dapat menentuan energ$ dan

on(ormasi dari strutur "ipotesis apapun. 'al ini sangat mem&antu

dalam penentuan meanisme reasi dengan !ara mempredisi

emunginan eadaan transisi $ang teradi. Keadaan transisi tida dapat

8/18/2019 Asnia y.u 4311413040 Tugas k.komputasi

2/5

diterangan dengan data esperimen arena sangat !epatn$a eadaan

transisi terse&ut &eru&a".

d. )imulasi Monte ,arlo dan dinamia moleul

- mekanika statistik . )ala" satu metode maania statisti! adala"

metode Monte ,arlo $ang dapat mem&erian gam&aran tentang strutur 

dan energ$ dalam eseim&angan.

Dinamika molekul. Penerapan dinamia moleul pada sistem

 pelarut/at terlarut memunginan dilauan$a per"itungan si(at sistem

seperti oe(isien di(usi atau (ungsi distri&usi radial untu digunaan

dalam per"itungan meania statisti!.

Simulasi Dinamika Molekular mampu menelasan dan mem&erian

gam&aran tentang proses suatu sistem imia dalam men!apaieseim&angan sistem.

. ,arila" sum&er in(ormasi di internet tentang penggunaan imia omputasi

dalam industri o&at terutama dalam mendesain o&at &aru. 2elasan peranan

imia omputasi dalam mengurangi strutur &ia$a produsi o&at#o&atan.

Jawab:

Metode in itro dan in io laim digunaan dalam proses penemuan

o&at. ,omputer menaaran metode in sili!o% suatu metode $ang

menggunaan emampuan !omputer dalam ran!ang o&at se&agai

omplemen dari in itro dan in io. Kemampuan omputasi $ang

meningat se!ara esponensial merupaan peluang mengem&angan

simulasi dan alulasi dalam meran!ang o&at &aru.

5esain o&at merupaan proses iterasi dimulai dengan penentuan

sen$aa $ang menunuan si(at &iologi penting dan dia"iri dengan

langa" optimasi% &ai dari pro(ilatiitas maupun sintesis sen$aa imia.

Tanpa pengeta"uan lengap tentang proses &ioimia $ang

 &ertanggungaa& ter"adap atiitas &iologis% "ipotesis desain o&at padaumumn$a didasaran pada penguian emiripan stru!tural dan pem&edaan

antara moleul ati( dan ta ati(. Kom&inasi antara strategi mensintesis dan

ui atiitasn$a menadi sangat rumit dan memerluan atu $ang lama

untu sampai pada peman(aatan o&at. 5engan emauan di &idang imia

omputasi% peneliti dapat menggunaan !omputer untu mengoptimasi

atiitas% geometrid an reatiitas% se&elum sen$aa disintesis se!ara

esperimental. 'al ini dapat meng"indaran langa" sintesis suatu sen$aa

8/18/2019 Asnia y.u 4311413040 Tugas k.komputasi

3/5

8/18/2019 Asnia y.u 4311413040 Tugas k.komputasi

4/5

stoiometri% termasu uga otomatisasi alat uur $ang dapat

mengonersi signal eletroni menadi data numeri.

!9 5apat se&agai alat isualisasi dan animasi

d9 Mem&antu mengesplorasi si(at sen$aa dan pada umumn$a program

terse&ut tela" dilengapi dengan isualisasi dan animasi% seperti

 program '$per,"em% @aussian% Tur&omol% +asmol dll.

e9 Meng"itung si(at#si(at moleul dan peru&a"ann$a maupun melauan

simulasi ter"adap sistem#sistem &esar 7maromoleul seperti protein

atau sistem &an$a moleul seperti gas% !airan% padatan% dan Kristal

!air9% dan menerapan program terse&ut pada sistem imia n$ata.

(9 )imulasi ter"adap maromoleul 7seperti protein dan asam nuleat9 dan

sistem &esar &isa men!aup aian on(ormasi moleul dan peru&a"ann$a 7mis. Proses denatrasi protein9% peru&a"an (asa% serta

 peramalan si(at#si(at marosopi 7seperti alor enis9 &erdasaran

 perilau di tingat atom.

. Buatla" suatu per&andingan emampuan &e&erapa perangat luna imia

omputasi $ang tersedia sampai saat ini.

Jawab:

)o(tare imia omputasi !onto"n$a adala" @aussian% @amess% #,"em%

A,6)% 5alton% )partan% Psi% PAT< 7Pa!age (or inear ,om&ination o( 

Atomi!

8/18/2019 Asnia y.u 4311413040 Tugas k.komputasi

5/5

moleuler% optimasi geometri moleuler% dan

mempredisi si(at spetrosopis suatu sistem 7misaln$a

U*#*is% NM+% I+% 6P+% Moss&auer% ,5% dan lain lain9.

4 #,"em #,"em adala" program perangat luna imia a& initioomputasi. #,"em dapat melauan seumla"

 per"itungan umum imia uantum% termasu 'artree#

=o! % teori erapatan (ungsional 75=T9% !oupled !luster 

7,,9% on(igurasi interasi 7untu esitasi eletron

tunggal#,I)9 dan lain#lain.

)partan )partan adala" pemodelan moleul dan apliasi imia

omputasi dari Cae(un!tion% In!. )partan

mem(asilitasi &er&agai tugas imia omputasi% termasu 

 pen!arian on(ormasi% strutur% energi% si(at spetrum%

dan menguur esamaan moleul 35.

D ,"em5ra Menggam&ar strutur 5 dalam &idang ilmu imia%

terutama imia organi% &ioimia% dan polimer.

E ,"em5oodle menggam&ar strutur imia &ai dalam &entu 5 atau

35.

F ,"ema&  Untu simulasi pratium &er&asis digital.

G 2mol Untu isualisasi strutur moleul dalam tiga dimensi.

10 Aogadro Pemodelan moleul

11 +asMol Untu memisualisasi protein% asam nuleat% dan

moleul#moleul e!il.

1 *M5 Untu memisualisasi dan analisis &iopolimer seperti

 protein% asam nuleat% mem&rane.