AbstraksiVibrio cholerae , merupakan penyebab penyakit dari diare pada penyakit kolera , dapat membunuh orang dewasa yang terinfeksi dalam waktu 24 jam . V.cholerae hidup sebagai mikroba dengan habitat alami di muara , sungai dan perairan pesisir . pemahaman mengenai jalur metabolismenya akan membantu pengembangan pengobatan yang lebih efektif dan akan memberikan pemahaman yang lebih mendalam tentang bagaimana bakteri ini tetap dalam habitat perairan alami . Menggunakan urutan genom V.cholerae dan software patologis , kami menciptakan VchoCyc , sebuah jalur Database - genom yang memperkirakan 171 kemungkinanjalur metabolisme dalam bakteri . Tes klinis memberikan bukti mendukung tujuh jalur , dengan enam jalurdidukung oleh kedua metode . VchoCyc memberikan ahli biologi alat yang berguna untuk menganalisis metabolisme dan informasi genomik organisme ini , yang dapat memberikan pengetahuan mengenai bahan yang berpotensi menjadi bahan anti bakteri.. VchoCyc tersedia dalam database BioCyc

PENDAHULUANVibrio cholerae merupakan penyebab kolera , penyakit diare yang paling sering terjadi dalam bentuk epidemi yang parah Ada tujuh pandemi di seluruh dunia sejak 1817 ; pandemi saat ini dimulai pada tahun 1961 dan mempengaruhi enam benua . Bila tidak diobati , orang dewasa yang terinfeksi dapat meninggal dalam waktu 24 jam.V.cholerae adalah bakteri Gram - negatif , anaerob fakultatif bakteri , ia memiliki dua khas gaya hidup : sebagai patogen yang hidup dalam usus manusia dan sebagai bakteri yang dapat beradaptasi dengan baik untuk bertahan hidup di berbagai habitat perairan , termasuk simbiosis asosiasi dan simbiosis komensal dengan fitoplankton dan zooplankton , . Akibatnya , adalah spekulasi bahwa repertoar memiliki kapasitas untuk mengangkut dan mengasimilasi nutrisi dari lingkungan yang beragam . Kami tertarik pada prediksijalur metabolisme organisme ini untuk lebih memahami biokimia dan mendapatkan pengetahuan atautarget untuk agen anti - bakteri baru . . Di sini , kita menggambarkan VchoCyc dan melaporkan eksperimentalbukti dukungan tambahan yang diprediksi komputerisasi mengenai jalur metabolismenya. Hasil penelitian berasal dari gen microarray.Studi ekspresi dilakukan dengan V.cholerae terisolasi dari tiga pasien.

1. Lobitz,B., Beck,L., Huq,A., Wood,B., Fuchs,G., Faruque,A.S. andColwell,R. (2000) Climate and infectious disease: use of remotesensing for detection of Vibrio cholerae by indirect measurement.Proc. Natl Acad. Sci. USA, 97, 14381443.2. Colwell,R.R. (1996) Global climate and infectious disease: the choleraparadigm. Science, 274, 20252031.3. Schoolnik,G.K. and Yildiz,F.H. (2000) The complete genome sequenceof Vibrio cholerae: a tale of two chromosomes and of two lifestyles.Genome Biol., 1, REVIEWS1016.4. Heidelberg,J.F., Eisen,J.A., Nelson,W.C., Clayton,R.A., Gwinn,M.L.,Dodson,R.J., Haft,D.H., Hickey,E.K., Peterson,J.D., Umayam,L. et al.(2000) DNA sequence of both chromosomes of the cholera pathogenVibrio cholerae. Nature, 406, 477483.5. Karp,P.D., Krummenacker,M., Paley,S. and Wagg,J. (1999) Integratedpathway-genome databases and their role in drug discovery.Trends Biotechnol, 17, 275281.6. Karp,P.D. (2000) An ontology for biological function based onmolecular interactions. Bioinformatics, 16, 269285.7. Karp,P.D. (2001) Pathway databases: a case study in computationalsymbolic theories. Science, 293, 20402044.8. Paley,S.M. and Karp,P.D. (2002) Evaluation of computationalmetabolic-pathway predictions for Helicobacter pylori. Bioinformatics,18, 715724.9. Caspi,R., Foerster,H., Fulcher,C.A., Hopkinson,R., Ingraham,J.,Kaipa,P., Krummenacker,M., Paley,S., Pick,J., Rhee,S.Y. et al. (2006)MetaCyc: a multiorganism database of metabolic pathways andenzymes. Nucleic Acids Res., 34, D511D516.10. Green,M.L. and Karp,P.D. (2004) A Bayesian method for identifyingmissing enzymes in predicted metabolic pathway databases. BMCBioinformatics, 5, 76.