universitas indonesia manfaat uji imunokromatografi tb ag

82
UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag MPT64 untuk Diferensiasi Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan Mycobacterium Non Tuberculosis Kompleks. TESIS Budi Haryanto NPM. 1006768950 PROGRAM PENDIDIKAN DOKTER SPESIALIS MIKROBIOLOGI KLINIK FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS INDONESIA JAKARTA JANUARI 2015

Upload: lamphuc

Post on 12-Jan-2017

227 views

Category:

Documents


1 download

TRANSCRIPT

Page 1: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

UNIVERSITAS INDONESIA

Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag MPT64 untuk Diferensiasi

Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan Mycobacterium Non

Tuberculosis Kompleks

TESIS

Budi Haryanto

NPM 1006768950

PROGRAM PENDIDIKAN DOKTER SPESIALIS MIKROBIOLOGI KLINIK

FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS INDONESIA

JAKARTA

JANUARI 2015

i

Universitas Indonesia

UNIVERSITAS INDONESIA

Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag MPT64 untuk Diferensiasi

Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan Mycobacterium Non Tuberculosis

Kompleks

TESIS

Diajukan sebagai salah satu sarat untuk memperoleh gelar

Spesialis-I

Mikrobiologi Klinik

Budi Haryanto

1006768950

FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS INDONESIA

PROGRAM STUDI MIKROBIOLOGI KLINIK

JAKARTA

2015

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

v

Universitas Indonesia

KATA PENGANTAR

Puji syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT yang telah memberikan

hidayah-Nya akhirnya tesis yang berjudul ldquoDeteksi dan Identifikasi

Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan Mycobacterium non tuberkulosis

Kompleks Menggunakan Metode Uji Imunokromatografi TB AgMPT64rdquo

Ucapan terimakasih dan penghargaan setingi-tingginya penulis ucapkan

kepada para pembimbing guru-guru rekan sejawat PPDS rekan-rekan P3S

kekhususan Mikrobiologi staf administrasi dan laboratorium mikrobiologi

Khususnya kepada

Prof dr Agus Syahrurachman PhD SpMK(K) sebagai pembimbing I

atas bimbingan yang berharga bagi penyelesaian tesis ini Terimakasih atas

arahan yang sangat membuka wawasan berpikir dan memberikan motivasi

penulis

dr Tjahjani Mirawati Sudiro PhD sebagai pembimbing II atas

bimbingan dan arahan dalam penulisan tesis ini Perhatian atas detil

penelitian ini yang sangat berharga bagi pengembangan penulisan tesis ini

dr Ceva Wicaksono P SpPD (K) sebagai pembimbing III atas arahan

penulisan tesis ini Terimakasih atas waktu yang diberikan di sela-sela

kesibukan yang padat

Prof dr Amin Soebandrio PhD SpMK(K) selaku Ketua Program

Studi PPDS Mikrobiologi Klinik FKUI yang memberi kesempatan kepada

penulis untuk menimba ilmu mikrobiologi dan dorongan semangat dalam

menyelesaikan tesis ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

vi

Universitas Indonesia

dr R Fera Ibrahim MSc PhD SpMK(K) selaku Kepala Departemen

Mikrobiologi FKUI yang telah mengijinkan penulis mempergunakan

sarana dan prasarana Departemen dalam kelancaran studi dan penelitian

dr Yulia Rosa SpMK dan DR dr Budiman Bela SpMK(K) sebagai

kepala LMK terdahulu serta dr Anis Karuniawati PhD SpMK(K)

selaku kepala LMK saat ini atas pemberian ijin penggunaan fasilitas

laboratorium sebagai wahana belajar dan penelitian

Prof dr Usman Chatib Warsa PhD SpMK(K) Prof dr Amin

Soebandrio PhD SpMK(K) Prof dr Pratiwi P Sudharmono PhD

SpMK(K) dr R Fera Ibrahim MSc PhD SpMK(K) dr Lucky H

Moehario PhD SpMK(K) dr T Mirawati Sudiro PhD dr Anis

Karuniawati PhD SpMK(K) dr Mardiastuti HWK MSc

SpMK(K) DRdr Budiman Bela SpMK(K) dr Yeva Rosana

SpMK(K) dr Retno Kadarsih SpMK (alm) dr Yulia Rosa SpMK

Dra Betty Ernawati PhD DR Andi Yasmon Andriansyah Ssi

MBiomed PhD Dra Conny Tjampakasari Dra Elizabeth Harahap

Dra Ariani M Biomed Dra Ikaningsih MBiomed semua guru-guru

atas ilmu pengalaman keteladanan dan inspirasi bagi penulis untuk

menatap masa depan

Staf Dapur LMK Ibu Lina ldquothe media expertrdquo dan ibu semua orang

Mbak Sinta Mas Ayub Ibu Itje Mbak Maria Staf LMK Bu Tatik

Mbak Aisyah Mang Encep Mang Aan Mas Syarief Mbak Linda

Mas Toyo Mbak Yatmin Asih Temen ndash temen analis di lab TB yang

sudah pergi maupun yang masih bekerja (Mbak Nunung Tika) Makasih

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

vii

Universitas Indonesia

ya ilmunya (Sifa Ofa) Putri Ayu mas Sarif dan Nita ( kapan ke

Bandung lagi) Pak Prawoto yang mau nyimpenin hasil LAB Teknisi

PCR maksih Mbak Lolita atas ilmunya yang setia menemani dari awal

hingga selesai Mas Alvian Mbak Nila Staf administrasi Mbak Tita

Rosita yang sangat membantu dan sangat pengertian Mbak Wiwik

Mbak Hesti Mbak Heni Mbak Ayi dan Ayi Temen ndashtemen blakang

Apri Herman Ucup sardi Sauri dll

Dra Ariani M Biomed dan Andriansyah Ssi MBiomed PhD

sebagai guru dan pembimbing yang mau disusahkan dan selalu

membantu penelitian ini saya ucapkan trimakasih

Rekan-rekan seperjuangan dan senior Mbak Leli Mbak Iva Mbak

Enty Mas Hagni Mas Teguh my best friend Mbak Rina Ka Dian

Arum Delly Mbak Hesty Seto Angky Rini yang semuanya sudah

SpMK terimakasih dukungannya yang selalu menanyakan kapan maju

Tesisnya dan adik-adik kelas hidup IRMK Makasih sinta sudah mau

edit penulisan penelitian ini salam juga buat Robet yang mau edit PPT

penulis

Yang tercinta almarhum Bapak akan doa restu dan semangat yang

diberikan dan IBU penulis mohon dimaafkan jika selama pendidikan

melakukan kesalahan dan tindakan yang kurang berkenan

Yang tercinta Mama dan Papa yang telah memberikan doa dan semangat

kepada penulis dalam menyelesaikan studi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

viii

Universitas Indonesia

Yang tercinta Mbk Nunung Mas Slamet Mas Bambang Mbk May

Mas Joko Mbk Nining sebagai kakak yang selalu memberikan dukungan

moril maupun materil kepada penulis dalam menyelesaikan studi ini

Eka putrisa dan Myelino Disa Kaisan Cena Disa Kavialtan istri dan

putra penulis yang telah memberikan segalanya kepada penulis agar dapat

menyelesaikan studi ini

Semoga Allah SWT melimpahkan rahmat dan hidayah-Nya kepada kita

semua Tesis ini masih jauh dari sempurna oleh karena itu saran dan

masukan sangat penulis harapkan

Jakarta 8 Januari 2014

Penulis

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

ix

Universitas Indonesia

ABSTRAK

Nama Budi Haryanto

Program studi Spesialis Mikrobiologi Klinik

Judul Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag MPT64 untuk

Diferensiasi Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan

Mycobacterium non tuberculosis Kompleks

Latar belakang Mycobacterium tuberculosis merupakan bakteri intraselular

fakultatif penyebab Tuberkulosis (TB) Jumlah penderita 17 milyar orang di

seluruh dunia dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya

Prevalensi TB di Indonesia tahun 2013 sebesar 297 per 100000 penduduk

dengan kasus baru setiap tahun mencapai 460000 kasus Total kasus hingga 2013

mencapai sekitar 800000-900000 kasus Faktor yang menghambat diagnosis TB

dapat ditegakkan adalah lamanya waktu menunggu hasil kultur dan uji

identifikasi penyebab TB Menumbuhkan kuman penyebab TB berkisar 6-8

minggu Pemeriksaan identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu

Total waktu yang diperlukan untuk pemeriksaan kultur yaitu 7-9 minggu Oleh

karena itu dibutuhkan metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat

Tujuan Penelitian ini bertujuan mendapatkan data keberhasilan identifikasi

MTB dan MOTT menggunakan alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg)

Mengetahui nilai sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif (NPP) dan Nilai

prediktif negative (NPN) dari uji imonochromatograpic (SD TB AgMPT64reg)

Metode Penelitian Menggunakan uji diagnostik baku emas yang digunakan

dalam penelitian ini dengan pemeriksaan PCR TB Sampel Penelitian ATCC

Mycobaterium non tuberculosis ( MOTT ) isolate Mycobacterium tuberculosis

H37RV dan isolat Mycobacterium tuberculosis yang merupakan bahan biologi

tersimpan milik Departemen Mikrobiologi FKUI

Hasil penelitian nilai sensitivitas dan spesifisitas ICT TB Ag MPT64 yang

diperoleh 100(IK95 904-100) dan 100(IK95 662-100) NPP

100(IK95 904-100) NPN 100(IK95 662-100) pemeriksaan

niacin dan PNB nilai sensitivitasnya 100(IK95 904-100) spesifisitas

888(IK95 517-981) dan NPP 973 (IK 95 861-996) NPN

100 (IK95 629-100)

Kesimpulan Analisis hasil penelitian ini menunjukkan uji identifikasi ICT TB

AgMPT64 memiliki nilai sensitivitas yang sama dengan uji Niasin paper strip

uji PNB LJ dan nilai spesifisitas yang lebih tinggi

Kata kunci Mycobacterium tuberculosisMycobacterium other than M

tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) denganAg MPT64 Uji Niasin

paper strip Uji PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

x

Universitas Indonesia

ABSTRACT

Name Budi Haryanto

Study Program Clinical Microbiology

Title Benefits Imunocromatography TB Ag MPT64 for

differentiation of Mycobacterium tuberculos

complex and Mycobacterium non tuberculosis

complex

Background Mycobacterium tuberculosis is a facultative intracellular bacterium

causes tuberculosis (TB)The number of patients 17 billion people around the

world and there is an addition of 3 million new cases each year The prevalence of

TB in Indonesia besad on surveillance in 2013 was to 297 per 100000 population

with new cases every year reach in 460000 cases Thus the total number of cases

to 2013 reached approximately 800000-900000 cases One of the efforts to control

the spread of infection is to diagnose TB quickly and accurately so it can be reach

all levels of society There are several factors that hamper the diagnosis of TB one

of them is the time of culture and species identification The identification

Mycobacterium is important to determine the approproate treatment Growing the

bacteria that causes TB ranges from 6-8 weeks Identification takes 3 days to 1

week So the total time required for culture is 7-9 weeks Therefore it needs a

method that can do identification more quickly and accurately

Objective Knowing the value of the sensitivity specificity positive predictive

value (NPP) and negative predictive value (NPN) of an imonochromatograpic (SD

TB AgMPT64reg) test with the gold standard TB PCR

Methods This study used a diagnostic test the gold standard used in this study

was TB PCR Sample Research ATCC mycobaterium non tuberculosis (MOTT)

and isolates of Mycobacterium tuberculosis H37Rv stock Mtuberculosis isolate

which is stored biological materials belong to Department of Microbiology

Faculty of Medicine

Results the sensitivity and specificity of ICT TB Ag MPT64 were 100(CI95

904-100) dan 100(CI95 662-100) NPP 100(CI95 904-

100) NPN 100(CI95 662-100) sensitivity of niacin paper strip dan

PNB LJ were 100(CI95 904-100) spesificity 888(IK95 517-

981) and NPP 973 (IK 95 861-995) NPN 100 (IK95 629-

100)

Conclusion Analysis of the results of this study indicate the identification of ICT

TB test AgMPT64 have the same sensitivity as niacin paper strip test PNB LJ and

had higher specificity values

Key words Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium other than M

tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) with Ag MPT64 Niacin paper

strip Test Test PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xi

Universitas Indonesia

DAFTAR ISI

HALAMAN JUDUL

HALAMAN PERNYATAAN ORSINILITAS

i

ii

LEMBAR PENGESAHAN iii

LEMBAR PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA ILMIAH iv

KATA PENGANTAR v

ABSTRAK

ABSTRACT

ix

x

DAFTAR ISI xi

DAFTAR GAMBAR xiii

DAFTAR TABEL xiv

DAFTAR LAMPIRAN

DAFTAR TANDA DAN SINGKATAN

xv

xvi

I PENDAHULUAN 1

11 Latar Belakang 1

12 PertanyaanPenelitian 4

13 Tujuan Penelitian 4

14 Manfaat Penelitian 5

II TINJAUAN PUSTAKA 6

21 Mycobacterium sp

211 Morfologi dan Struktur bakteri

212 Fisiologi Pertumbuhan

213 Patogenesis Penyakit Tuberkulosis

6

6

7

10

22 Perbedaan MTB dan MOTT di Indonesia dengan negara lain 12

23 Uji Identifikasi MPT64 14

231 MPT 64 14

232 Immunochromatography MPT64 15

24 P-Nitrobenzoic acid (PNB) 16

25 Paper strip Niasin tes 17

26 Polymerase Chain reaction (PCR) 18

Kerangka Teori 20

Konsep Penelitian 20

III METODOLOGI PENELITIAN 21

31 Desain penelitian 21

32 Waktu dan tempat penelitian 21

33 Sampel Penelitian 21

34 Perkiraan besar Sampel Penelitian 21

35 Kriteria inklusi 22

36 Alur Kerja Penelitian

361 Pembuatan isolat dari Stok Kuman MOTT

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

364 Uji Niasin dengan Paper strip

22

24

24

25

25

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xii

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrasi DNA

3652 Amplifikasi PCR

3653 Analisis Produk PCR

26

26

26

27

37 Difinisi Operasional

371 MT64 SD DUO

372 Uji PNB

373 Uji Niasin paper strip

374 Uji PCR

28

28

28

28

28

38 Analisis Data 29

4 HASIL PENELITIAN 30

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis (MOTT) 30

42 Pemeriksaan Identifikasi dengan MPT64 32

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip 33

44 Pemeriksaan Identifikasi dengan PNB LJ 34

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR 34

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin tes PNB LJ MPT64 PCR

47 Hasil Uji diagnostik dengan tabel 2x2

35

36

5 PEMBAHASAN 38

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu satu minggu

38

38

39

52 Uji Identifikasi SD TB AgMPT64 40

53 Niasin Paper strip BDreg

54 Uji PNB LJ

42

43

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 niasin PNBLJ

551 Keuntungan dan kerugian Uji MPT64

5 52 Keuntungan dan kerugian Uji NiasinPNBLJ

56 Keterbatasan Penelitian

45

45

45

46

6 KESIMPULAN DAN SARAN 47

61 Kesimpulan 47

62 Saran 48

DAFTAR PUSTAKA 49

LAMPIRAN

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xiii

Universitas Indonesia

DAFTAR GAMBAR

Gambar 21 Cara Kerja ICT Ag MPT64

15

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

17

Gambar 41 Morfologi Mycobacterium dalam medium LJ 32

Gambar 42 Hasil Pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 33

Gambar 43 Hasil Identifikasi tes Niasin paper strip 33

Gambar 44 Medium PNB LJ setelah 8 minggu 34

Gambar 45 Hasil PCR

35

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xiv

Universitas Indonesia

DAFTAR TABEL

Tabel 21 Temuan MOTT berdasar Geografis dan kasus klinis 13

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di 3 kota

besar ( Padang Semarang dan Surabaya)

14

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni 30

Tabel 42 Perhitungan Uji Diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD DUOreg

Tabel 43 Perhitungan Uji diagnosa Tabel 2x2 Niasin tes

Tabel 44 Perhitungan Uji Diagnostik Tabel 2x2 PNBLJ

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

36

36

37

37

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xv

Universitas Indonesia

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1 Hasil PCR

Lampiran 2 Foto uji identifikasi MPT64 Niasin paper strip dan PNB LJ

Lampiran 3 Distribusi Sampel Penelitian

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

Lampiran 5 Hasil Uji Niasin Paper strip

Lampiran 6 Hasil Uji PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

Lampiran 8 Hasil Rekapitulasi Uji Identifikasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xvi

Universitas Indonesia

Daftar Lambang dan Singkatan

BTA = Batang Tahan Asam

Bp = basepair

CAS = Asia Tengah

CD4 = Cluster Determinant 4

CD8 = Cluster Determinant 8

oC = Derajat celsius

CI = Confidence interval

DNA = Deoxyribonucleic acid

dNTP = Deoksinukleosida trifosfat

EAI = Afrika Timur-India

H = Haarlem

ICT = imunocromatograpi

IK = Interval kepercayaan

IFN = interferon-

kDa = Kilo dalton

LAM = Amerika latin dan Mediterania

LJ = Lowenstein ndash Jensen

MAC = Mycobacterium avium intracellular complex

MTB = Myobacterium tuberculosis kompleks

MOTT = Mycobacteria other than mycobacterium tuberculosis

MPT64 = Mycobacterium protein tuberculosis

MDR TB = multi drug resistant Tuberculosis

PCR = Polymerase chain reaction

PNB = P-Nitrobenzoic acid

SpolDB4 = spoligotype

TNFα = Tumor necrosis factor α

TB = Tuberkulosis

WHO = World Health organization

= Persen

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

1

Universitas Indonesia

BAB I

PENDAHULUAN

11 Latar Belakang

Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif

penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi

penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama

sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia

dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1

Tujuh puluh lima

persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi

penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini

Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina

India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun

2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai

460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-

900000 kasus3

Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat

antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya

penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat

keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4

Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan

mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua

lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)

didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan

asam56

Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen

dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak

dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu

perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

2

Universitas Indonesia

memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita

TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than

Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat

menimbulkan efek resistensi obat TB8

Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk

menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan

identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang

diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan

metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9

Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi

fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh

pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan

menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat

karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan

hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna

melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9

Selain uji niasin dilakukan juga

pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium

tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut

Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara

lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu

uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan

menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan

oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-

negara berkembang910

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama

pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

3

Universitas Indonesia

terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara

immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8

Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy

dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun

extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji

identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB

menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)

Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life

sciences Germany)10

Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan

oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina

terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat

menghasilkan protein MPT6413

Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di

Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan

pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype

(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12

Perbedaan ini memunculkan pertayaan

apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64

Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat

dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan

bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang

dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan

mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan

dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk

mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia

harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal

Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain

menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

4

Universitas Indonesia

identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk

mengurangi kesalahan identifikasi

Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk

membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan

sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat

digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang

dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang

membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih

Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau

metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena

itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography

dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip

dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan

diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di

Indonesia

I2 Pertanyaan penelitian

Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan

penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif

dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT

(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip

dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR

I3 Tujuan Penelitian

a Tujuan Umum

- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi

menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)

Niasin paper strip dan uji PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

5

Universitas Indonesia

b Tujuan Khusus

- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan

alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg

) dengan mengetahui nila

sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif

dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)

sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding

dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi

dengan PCR13

- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan

cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip

dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB

I4 Manfaat Penelitian

1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau

MOTT

2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan

MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program

pemberantasan penyakit TB di Indonesia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

6

Universitas Indonesia

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

II1 Mycobacterium species

II11 Morfologi dan struktur bakteri

Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae

ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus

atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat

batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding

bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen

lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam

bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam

lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-

C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan

dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping

kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)

Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan

polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya

adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut

menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu

mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis

tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun

dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang

berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks

peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan

membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari

kuman Mycobacterium13-15

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

7

Universitas Indonesia

Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14

1 Lipid

Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul

bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel

Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari

molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk

melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen

serum

2 Protein

Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon

imun seluler penjamu terhadap infeksi16

Beberapa spesies Mycobacterium

terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan

penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein

Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi

reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)

3 Polisakarida

Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti

perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi

hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi

dengan serum pasien

II12 Fisiologi Pertumbuhan

Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa

oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-

70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini

sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda

selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

8

Universitas Indonesia

bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak

setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk

cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua

kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis

complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis

Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan

Mycobacterium mungi)1516

Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat

dibedakan menjadi empat kelompok 17

a) Kelompok 1 (Photochromogen)

Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna

kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan

Mycobacterium marinum)

b) Kelompok 2 (Scotochromogen)

Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan

(Mycobacterium scrofulaceum)

c) Kelompok 3 (Nonchromogen)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan

pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun

tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali

Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri

yang tergolong dalam koloni ini

d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh

yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus

Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

9

Universitas Indonesia

MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari

atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari

Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel

MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam

waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya

pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang

tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15

Perbedaan

dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen

antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa

air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat

membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat

warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat

tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16

Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan

kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien

seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam

amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan

bakteri18

Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media

padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37

oC Medium yang

digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ

Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium

sp15

Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang

berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat

ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama

yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB

tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

10

Universitas Indonesia

oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early

secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya

dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10

Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien

TB1819

II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis

Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB

Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan

menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk

percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit

basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam

udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam

karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021

Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau

sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo

yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih

dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau

ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis

adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara

yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang

mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu

Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan

untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari

bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T

sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )

yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam

infeksi21

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

11

Universitas Indonesia

Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak

dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar

melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah

bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar

ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya

Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif

untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering

terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis

(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk

sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya

Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang

terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan

yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi

fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin

yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon

menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921

Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru

karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan

tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan

semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan

nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus

Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam

percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau

terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa

dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan

lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

12

Universitas Indonesia

II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain

Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun

terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak

sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan

penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain

Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di

Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip

dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM

di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712

Hal ini sama dengan penelitian yang

dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan

hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di

setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12

Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang

menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti

klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323

Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis

yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23

Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya

disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24

Akhir-akhir ini beberapa

pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan

oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies

diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324

Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)

Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22

Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti

oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen

tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di

Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

13

Universitas Indonesia

oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra

paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT

lainnya23-25

Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru

yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan

Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi

kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai

spesies MOTT26

Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26

NO Daerah Frekwensi Kasus

1 Jakarta 17 TB paru

2 Padang Sumbar 802 TB paru

3 Semarang 24 TB paru

4 Surabaya 115 TB paru

5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi

6 JakartaBandung 207 TB Paru

7 JakartaBandung 188 TB ektra paru

8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta

Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar

611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi

mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

14

Universitas Indonesia

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang

Semarang dan Surabaya26

No Spesies MOTT

1 M simle 973

2 Mfortuitum 638

3 Mkansasii 1193

4 Mplhei 253

5 Mgastri 23

6 Mcheconae 33

7 Mscrofulaceum 185

8 Mavium 088

9 Msmegmatis 088

10 Mflavescens 094

11 M teracee complex 009

12 Mszulgai 7

13 Mmalmoense 45

14 Mxenopi 025

15 Mmarinum 1

16 Mgordonae 05

17 Mulcerans 0

18 Muknown 32

Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru

di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii

merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26

II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography

II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang

terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi

oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000

D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827

Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda

adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

15

Universitas Indonesia

untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media

padat18

II32 Immunochromatography MPT64

Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi

sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan

identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932

Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk

mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan

catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup

Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64

Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan

terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian

lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit

sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml

diakses tanggal 12-12-2013) 29

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

16

Universitas Indonesia

Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64

rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant

Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe

MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif

MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal

105 cfuml

31

Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh

Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana

dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat

26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip

(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv

dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410

Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan

kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan

sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan

padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133

isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif

pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil

kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan

karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432

II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)

Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor

asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme

PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat

Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

17

Universitas Indonesia

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi

PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -

Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme

PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33

Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat

tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat

PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman

dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34

Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M

fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan

konsentrasi PNB 103 - 10

5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan

pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat

dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk

menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada

kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435

II5 Niasin paper strip tes

Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak

memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa

spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang

dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36

Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat

menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa

strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB

Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 2: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

i

Universitas Indonesia

UNIVERSITAS INDONESIA

Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag MPT64 untuk Diferensiasi

Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan Mycobacterium Non Tuberculosis

Kompleks

TESIS

Diajukan sebagai salah satu sarat untuk memperoleh gelar

Spesialis-I

Mikrobiologi Klinik

Budi Haryanto

1006768950

FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS INDONESIA

PROGRAM STUDI MIKROBIOLOGI KLINIK

JAKARTA

2015

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

v

Universitas Indonesia

KATA PENGANTAR

Puji syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT yang telah memberikan

hidayah-Nya akhirnya tesis yang berjudul ldquoDeteksi dan Identifikasi

Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan Mycobacterium non tuberkulosis

Kompleks Menggunakan Metode Uji Imunokromatografi TB AgMPT64rdquo

Ucapan terimakasih dan penghargaan setingi-tingginya penulis ucapkan

kepada para pembimbing guru-guru rekan sejawat PPDS rekan-rekan P3S

kekhususan Mikrobiologi staf administrasi dan laboratorium mikrobiologi

Khususnya kepada

Prof dr Agus Syahrurachman PhD SpMK(K) sebagai pembimbing I

atas bimbingan yang berharga bagi penyelesaian tesis ini Terimakasih atas

arahan yang sangat membuka wawasan berpikir dan memberikan motivasi

penulis

dr Tjahjani Mirawati Sudiro PhD sebagai pembimbing II atas

bimbingan dan arahan dalam penulisan tesis ini Perhatian atas detil

penelitian ini yang sangat berharga bagi pengembangan penulisan tesis ini

dr Ceva Wicaksono P SpPD (K) sebagai pembimbing III atas arahan

penulisan tesis ini Terimakasih atas waktu yang diberikan di sela-sela

kesibukan yang padat

Prof dr Amin Soebandrio PhD SpMK(K) selaku Ketua Program

Studi PPDS Mikrobiologi Klinik FKUI yang memberi kesempatan kepada

penulis untuk menimba ilmu mikrobiologi dan dorongan semangat dalam

menyelesaikan tesis ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

vi

Universitas Indonesia

dr R Fera Ibrahim MSc PhD SpMK(K) selaku Kepala Departemen

Mikrobiologi FKUI yang telah mengijinkan penulis mempergunakan

sarana dan prasarana Departemen dalam kelancaran studi dan penelitian

dr Yulia Rosa SpMK dan DR dr Budiman Bela SpMK(K) sebagai

kepala LMK terdahulu serta dr Anis Karuniawati PhD SpMK(K)

selaku kepala LMK saat ini atas pemberian ijin penggunaan fasilitas

laboratorium sebagai wahana belajar dan penelitian

Prof dr Usman Chatib Warsa PhD SpMK(K) Prof dr Amin

Soebandrio PhD SpMK(K) Prof dr Pratiwi P Sudharmono PhD

SpMK(K) dr R Fera Ibrahim MSc PhD SpMK(K) dr Lucky H

Moehario PhD SpMK(K) dr T Mirawati Sudiro PhD dr Anis

Karuniawati PhD SpMK(K) dr Mardiastuti HWK MSc

SpMK(K) DRdr Budiman Bela SpMK(K) dr Yeva Rosana

SpMK(K) dr Retno Kadarsih SpMK (alm) dr Yulia Rosa SpMK

Dra Betty Ernawati PhD DR Andi Yasmon Andriansyah Ssi

MBiomed PhD Dra Conny Tjampakasari Dra Elizabeth Harahap

Dra Ariani M Biomed Dra Ikaningsih MBiomed semua guru-guru

atas ilmu pengalaman keteladanan dan inspirasi bagi penulis untuk

menatap masa depan

Staf Dapur LMK Ibu Lina ldquothe media expertrdquo dan ibu semua orang

Mbak Sinta Mas Ayub Ibu Itje Mbak Maria Staf LMK Bu Tatik

Mbak Aisyah Mang Encep Mang Aan Mas Syarief Mbak Linda

Mas Toyo Mbak Yatmin Asih Temen ndash temen analis di lab TB yang

sudah pergi maupun yang masih bekerja (Mbak Nunung Tika) Makasih

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

vii

Universitas Indonesia

ya ilmunya (Sifa Ofa) Putri Ayu mas Sarif dan Nita ( kapan ke

Bandung lagi) Pak Prawoto yang mau nyimpenin hasil LAB Teknisi

PCR maksih Mbak Lolita atas ilmunya yang setia menemani dari awal

hingga selesai Mas Alvian Mbak Nila Staf administrasi Mbak Tita

Rosita yang sangat membantu dan sangat pengertian Mbak Wiwik

Mbak Hesti Mbak Heni Mbak Ayi dan Ayi Temen ndashtemen blakang

Apri Herman Ucup sardi Sauri dll

Dra Ariani M Biomed dan Andriansyah Ssi MBiomed PhD

sebagai guru dan pembimbing yang mau disusahkan dan selalu

membantu penelitian ini saya ucapkan trimakasih

Rekan-rekan seperjuangan dan senior Mbak Leli Mbak Iva Mbak

Enty Mas Hagni Mas Teguh my best friend Mbak Rina Ka Dian

Arum Delly Mbak Hesty Seto Angky Rini yang semuanya sudah

SpMK terimakasih dukungannya yang selalu menanyakan kapan maju

Tesisnya dan adik-adik kelas hidup IRMK Makasih sinta sudah mau

edit penulisan penelitian ini salam juga buat Robet yang mau edit PPT

penulis

Yang tercinta almarhum Bapak akan doa restu dan semangat yang

diberikan dan IBU penulis mohon dimaafkan jika selama pendidikan

melakukan kesalahan dan tindakan yang kurang berkenan

Yang tercinta Mama dan Papa yang telah memberikan doa dan semangat

kepada penulis dalam menyelesaikan studi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

viii

Universitas Indonesia

Yang tercinta Mbk Nunung Mas Slamet Mas Bambang Mbk May

Mas Joko Mbk Nining sebagai kakak yang selalu memberikan dukungan

moril maupun materil kepada penulis dalam menyelesaikan studi ini

Eka putrisa dan Myelino Disa Kaisan Cena Disa Kavialtan istri dan

putra penulis yang telah memberikan segalanya kepada penulis agar dapat

menyelesaikan studi ini

Semoga Allah SWT melimpahkan rahmat dan hidayah-Nya kepada kita

semua Tesis ini masih jauh dari sempurna oleh karena itu saran dan

masukan sangat penulis harapkan

Jakarta 8 Januari 2014

Penulis

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

ix

Universitas Indonesia

ABSTRAK

Nama Budi Haryanto

Program studi Spesialis Mikrobiologi Klinik

Judul Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag MPT64 untuk

Diferensiasi Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan

Mycobacterium non tuberculosis Kompleks

Latar belakang Mycobacterium tuberculosis merupakan bakteri intraselular

fakultatif penyebab Tuberkulosis (TB) Jumlah penderita 17 milyar orang di

seluruh dunia dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya

Prevalensi TB di Indonesia tahun 2013 sebesar 297 per 100000 penduduk

dengan kasus baru setiap tahun mencapai 460000 kasus Total kasus hingga 2013

mencapai sekitar 800000-900000 kasus Faktor yang menghambat diagnosis TB

dapat ditegakkan adalah lamanya waktu menunggu hasil kultur dan uji

identifikasi penyebab TB Menumbuhkan kuman penyebab TB berkisar 6-8

minggu Pemeriksaan identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu

Total waktu yang diperlukan untuk pemeriksaan kultur yaitu 7-9 minggu Oleh

karena itu dibutuhkan metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat

Tujuan Penelitian ini bertujuan mendapatkan data keberhasilan identifikasi

MTB dan MOTT menggunakan alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg)

Mengetahui nilai sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif (NPP) dan Nilai

prediktif negative (NPN) dari uji imonochromatograpic (SD TB AgMPT64reg)

Metode Penelitian Menggunakan uji diagnostik baku emas yang digunakan

dalam penelitian ini dengan pemeriksaan PCR TB Sampel Penelitian ATCC

Mycobaterium non tuberculosis ( MOTT ) isolate Mycobacterium tuberculosis

H37RV dan isolat Mycobacterium tuberculosis yang merupakan bahan biologi

tersimpan milik Departemen Mikrobiologi FKUI

Hasil penelitian nilai sensitivitas dan spesifisitas ICT TB Ag MPT64 yang

diperoleh 100(IK95 904-100) dan 100(IK95 662-100) NPP

100(IK95 904-100) NPN 100(IK95 662-100) pemeriksaan

niacin dan PNB nilai sensitivitasnya 100(IK95 904-100) spesifisitas

888(IK95 517-981) dan NPP 973 (IK 95 861-996) NPN

100 (IK95 629-100)

Kesimpulan Analisis hasil penelitian ini menunjukkan uji identifikasi ICT TB

AgMPT64 memiliki nilai sensitivitas yang sama dengan uji Niasin paper strip

uji PNB LJ dan nilai spesifisitas yang lebih tinggi

Kata kunci Mycobacterium tuberculosisMycobacterium other than M

tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) denganAg MPT64 Uji Niasin

paper strip Uji PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

x

Universitas Indonesia

ABSTRACT

Name Budi Haryanto

Study Program Clinical Microbiology

Title Benefits Imunocromatography TB Ag MPT64 for

differentiation of Mycobacterium tuberculos

complex and Mycobacterium non tuberculosis

complex

Background Mycobacterium tuberculosis is a facultative intracellular bacterium

causes tuberculosis (TB)The number of patients 17 billion people around the

world and there is an addition of 3 million new cases each year The prevalence of

TB in Indonesia besad on surveillance in 2013 was to 297 per 100000 population

with new cases every year reach in 460000 cases Thus the total number of cases

to 2013 reached approximately 800000-900000 cases One of the efforts to control

the spread of infection is to diagnose TB quickly and accurately so it can be reach

all levels of society There are several factors that hamper the diagnosis of TB one

of them is the time of culture and species identification The identification

Mycobacterium is important to determine the approproate treatment Growing the

bacteria that causes TB ranges from 6-8 weeks Identification takes 3 days to 1

week So the total time required for culture is 7-9 weeks Therefore it needs a

method that can do identification more quickly and accurately

Objective Knowing the value of the sensitivity specificity positive predictive

value (NPP) and negative predictive value (NPN) of an imonochromatograpic (SD

TB AgMPT64reg) test with the gold standard TB PCR

Methods This study used a diagnostic test the gold standard used in this study

was TB PCR Sample Research ATCC mycobaterium non tuberculosis (MOTT)

and isolates of Mycobacterium tuberculosis H37Rv stock Mtuberculosis isolate

which is stored biological materials belong to Department of Microbiology

Faculty of Medicine

Results the sensitivity and specificity of ICT TB Ag MPT64 were 100(CI95

904-100) dan 100(CI95 662-100) NPP 100(CI95 904-

100) NPN 100(CI95 662-100) sensitivity of niacin paper strip dan

PNB LJ were 100(CI95 904-100) spesificity 888(IK95 517-

981) and NPP 973 (IK 95 861-995) NPN 100 (IK95 629-

100)

Conclusion Analysis of the results of this study indicate the identification of ICT

TB test AgMPT64 have the same sensitivity as niacin paper strip test PNB LJ and

had higher specificity values

Key words Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium other than M

tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) with Ag MPT64 Niacin paper

strip Test Test PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xi

Universitas Indonesia

DAFTAR ISI

HALAMAN JUDUL

HALAMAN PERNYATAAN ORSINILITAS

i

ii

LEMBAR PENGESAHAN iii

LEMBAR PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA ILMIAH iv

KATA PENGANTAR v

ABSTRAK

ABSTRACT

ix

x

DAFTAR ISI xi

DAFTAR GAMBAR xiii

DAFTAR TABEL xiv

DAFTAR LAMPIRAN

DAFTAR TANDA DAN SINGKATAN

xv

xvi

I PENDAHULUAN 1

11 Latar Belakang 1

12 PertanyaanPenelitian 4

13 Tujuan Penelitian 4

14 Manfaat Penelitian 5

II TINJAUAN PUSTAKA 6

21 Mycobacterium sp

211 Morfologi dan Struktur bakteri

212 Fisiologi Pertumbuhan

213 Patogenesis Penyakit Tuberkulosis

6

6

7

10

22 Perbedaan MTB dan MOTT di Indonesia dengan negara lain 12

23 Uji Identifikasi MPT64 14

231 MPT 64 14

232 Immunochromatography MPT64 15

24 P-Nitrobenzoic acid (PNB) 16

25 Paper strip Niasin tes 17

26 Polymerase Chain reaction (PCR) 18

Kerangka Teori 20

Konsep Penelitian 20

III METODOLOGI PENELITIAN 21

31 Desain penelitian 21

32 Waktu dan tempat penelitian 21

33 Sampel Penelitian 21

34 Perkiraan besar Sampel Penelitian 21

35 Kriteria inklusi 22

36 Alur Kerja Penelitian

361 Pembuatan isolat dari Stok Kuman MOTT

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

364 Uji Niasin dengan Paper strip

22

24

24

25

25

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xii

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrasi DNA

3652 Amplifikasi PCR

3653 Analisis Produk PCR

26

26

26

27

37 Difinisi Operasional

371 MT64 SD DUO

372 Uji PNB

373 Uji Niasin paper strip

374 Uji PCR

28

28

28

28

28

38 Analisis Data 29

4 HASIL PENELITIAN 30

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis (MOTT) 30

42 Pemeriksaan Identifikasi dengan MPT64 32

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip 33

44 Pemeriksaan Identifikasi dengan PNB LJ 34

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR 34

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin tes PNB LJ MPT64 PCR

47 Hasil Uji diagnostik dengan tabel 2x2

35

36

5 PEMBAHASAN 38

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu satu minggu

38

38

39

52 Uji Identifikasi SD TB AgMPT64 40

53 Niasin Paper strip BDreg

54 Uji PNB LJ

42

43

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 niasin PNBLJ

551 Keuntungan dan kerugian Uji MPT64

5 52 Keuntungan dan kerugian Uji NiasinPNBLJ

56 Keterbatasan Penelitian

45

45

45

46

6 KESIMPULAN DAN SARAN 47

61 Kesimpulan 47

62 Saran 48

DAFTAR PUSTAKA 49

LAMPIRAN

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xiii

Universitas Indonesia

DAFTAR GAMBAR

Gambar 21 Cara Kerja ICT Ag MPT64

15

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

17

Gambar 41 Morfologi Mycobacterium dalam medium LJ 32

Gambar 42 Hasil Pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 33

Gambar 43 Hasil Identifikasi tes Niasin paper strip 33

Gambar 44 Medium PNB LJ setelah 8 minggu 34

Gambar 45 Hasil PCR

35

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xiv

Universitas Indonesia

DAFTAR TABEL

Tabel 21 Temuan MOTT berdasar Geografis dan kasus klinis 13

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di 3 kota

besar ( Padang Semarang dan Surabaya)

14

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni 30

Tabel 42 Perhitungan Uji Diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD DUOreg

Tabel 43 Perhitungan Uji diagnosa Tabel 2x2 Niasin tes

Tabel 44 Perhitungan Uji Diagnostik Tabel 2x2 PNBLJ

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

36

36

37

37

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xv

Universitas Indonesia

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1 Hasil PCR

Lampiran 2 Foto uji identifikasi MPT64 Niasin paper strip dan PNB LJ

Lampiran 3 Distribusi Sampel Penelitian

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

Lampiran 5 Hasil Uji Niasin Paper strip

Lampiran 6 Hasil Uji PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

Lampiran 8 Hasil Rekapitulasi Uji Identifikasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xvi

Universitas Indonesia

Daftar Lambang dan Singkatan

BTA = Batang Tahan Asam

Bp = basepair

CAS = Asia Tengah

CD4 = Cluster Determinant 4

CD8 = Cluster Determinant 8

oC = Derajat celsius

CI = Confidence interval

DNA = Deoxyribonucleic acid

dNTP = Deoksinukleosida trifosfat

EAI = Afrika Timur-India

H = Haarlem

ICT = imunocromatograpi

IK = Interval kepercayaan

IFN = interferon-

kDa = Kilo dalton

LAM = Amerika latin dan Mediterania

LJ = Lowenstein ndash Jensen

MAC = Mycobacterium avium intracellular complex

MTB = Myobacterium tuberculosis kompleks

MOTT = Mycobacteria other than mycobacterium tuberculosis

MPT64 = Mycobacterium protein tuberculosis

MDR TB = multi drug resistant Tuberculosis

PCR = Polymerase chain reaction

PNB = P-Nitrobenzoic acid

SpolDB4 = spoligotype

TNFα = Tumor necrosis factor α

TB = Tuberkulosis

WHO = World Health organization

= Persen

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

1

Universitas Indonesia

BAB I

PENDAHULUAN

11 Latar Belakang

Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif

penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi

penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama

sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia

dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1

Tujuh puluh lima

persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi

penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini

Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina

India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun

2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai

460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-

900000 kasus3

Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat

antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya

penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat

keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4

Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan

mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua

lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)

didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan

asam56

Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen

dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak

dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu

perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

2

Universitas Indonesia

memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita

TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than

Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat

menimbulkan efek resistensi obat TB8

Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk

menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan

identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang

diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan

metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9

Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi

fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh

pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan

menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat

karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan

hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna

melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9

Selain uji niasin dilakukan juga

pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium

tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut

Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara

lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu

uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan

menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan

oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-

negara berkembang910

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama

pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

3

Universitas Indonesia

terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara

immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8

Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy

dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun

extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji

identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB

menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)

Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life

sciences Germany)10

Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan

oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina

terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat

menghasilkan protein MPT6413

Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di

Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan

pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype

(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12

Perbedaan ini memunculkan pertayaan

apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64

Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat

dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan

bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang

dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan

mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan

dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk

mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia

harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal

Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain

menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

4

Universitas Indonesia

identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk

mengurangi kesalahan identifikasi

Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk

membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan

sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat

digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang

dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang

membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih

Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau

metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena

itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography

dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip

dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan

diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di

Indonesia

I2 Pertanyaan penelitian

Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan

penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif

dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT

(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip

dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR

I3 Tujuan Penelitian

a Tujuan Umum

- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi

menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)

Niasin paper strip dan uji PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

5

Universitas Indonesia

b Tujuan Khusus

- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan

alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg

) dengan mengetahui nila

sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif

dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)

sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding

dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi

dengan PCR13

- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan

cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip

dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB

I4 Manfaat Penelitian

1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau

MOTT

2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan

MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program

pemberantasan penyakit TB di Indonesia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

6

Universitas Indonesia

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

II1 Mycobacterium species

II11 Morfologi dan struktur bakteri

Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae

ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus

atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat

batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding

bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen

lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam

bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam

lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-

C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan

dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping

kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)

Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan

polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya

adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut

menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu

mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis

tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun

dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang

berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks

peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan

membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari

kuman Mycobacterium13-15

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

7

Universitas Indonesia

Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14

1 Lipid

Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul

bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel

Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari

molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk

melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen

serum

2 Protein

Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon

imun seluler penjamu terhadap infeksi16

Beberapa spesies Mycobacterium

terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan

penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein

Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi

reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)

3 Polisakarida

Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti

perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi

hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi

dengan serum pasien

II12 Fisiologi Pertumbuhan

Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa

oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-

70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini

sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda

selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

8

Universitas Indonesia

bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak

setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk

cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua

kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis

complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis

Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan

Mycobacterium mungi)1516

Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat

dibedakan menjadi empat kelompok 17

a) Kelompok 1 (Photochromogen)

Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna

kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan

Mycobacterium marinum)

b) Kelompok 2 (Scotochromogen)

Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan

(Mycobacterium scrofulaceum)

c) Kelompok 3 (Nonchromogen)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan

pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun

tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali

Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri

yang tergolong dalam koloni ini

d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh

yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus

Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

9

Universitas Indonesia

MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari

atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari

Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel

MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam

waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya

pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang

tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15

Perbedaan

dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen

antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa

air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat

membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat

warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat

tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16

Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan

kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien

seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam

amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan

bakteri18

Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media

padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37

oC Medium yang

digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ

Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium

sp15

Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang

berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat

ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama

yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB

tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

10

Universitas Indonesia

oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early

secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya

dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10

Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien

TB1819

II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis

Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB

Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan

menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk

percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit

basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam

udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam

karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021

Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau

sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo

yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih

dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau

ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis

adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara

yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang

mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu

Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan

untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari

bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T

sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )

yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam

infeksi21

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

11

Universitas Indonesia

Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak

dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar

melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah

bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar

ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya

Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif

untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering

terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis

(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk

sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya

Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang

terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan

yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi

fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin

yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon

menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921

Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru

karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan

tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan

semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan

nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus

Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam

percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau

terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa

dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan

lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

12

Universitas Indonesia

II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain

Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun

terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak

sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan

penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain

Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di

Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip

dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM

di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712

Hal ini sama dengan penelitian yang

dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan

hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di

setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12

Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang

menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti

klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323

Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis

yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23

Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya

disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24

Akhir-akhir ini beberapa

pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan

oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies

diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324

Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)

Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22

Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti

oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen

tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di

Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

13

Universitas Indonesia

oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra

paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT

lainnya23-25

Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru

yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan

Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi

kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai

spesies MOTT26

Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26

NO Daerah Frekwensi Kasus

1 Jakarta 17 TB paru

2 Padang Sumbar 802 TB paru

3 Semarang 24 TB paru

4 Surabaya 115 TB paru

5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi

6 JakartaBandung 207 TB Paru

7 JakartaBandung 188 TB ektra paru

8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta

Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar

611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi

mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

14

Universitas Indonesia

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang

Semarang dan Surabaya26

No Spesies MOTT

1 M simle 973

2 Mfortuitum 638

3 Mkansasii 1193

4 Mplhei 253

5 Mgastri 23

6 Mcheconae 33

7 Mscrofulaceum 185

8 Mavium 088

9 Msmegmatis 088

10 Mflavescens 094

11 M teracee complex 009

12 Mszulgai 7

13 Mmalmoense 45

14 Mxenopi 025

15 Mmarinum 1

16 Mgordonae 05

17 Mulcerans 0

18 Muknown 32

Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru

di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii

merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26

II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography

II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang

terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi

oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000

D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827

Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda

adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

15

Universitas Indonesia

untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media

padat18

II32 Immunochromatography MPT64

Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi

sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan

identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932

Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk

mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan

catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup

Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64

Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan

terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian

lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit

sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml

diakses tanggal 12-12-2013) 29

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

16

Universitas Indonesia

Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64

rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant

Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe

MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif

MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal

105 cfuml

31

Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh

Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana

dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat

26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip

(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv

dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410

Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan

kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan

sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan

padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133

isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif

pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil

kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan

karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432

II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)

Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor

asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme

PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat

Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

17

Universitas Indonesia

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi

PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -

Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme

PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33

Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat

tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat

PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman

dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34

Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M

fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan

konsentrasi PNB 103 - 10

5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan

pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat

dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk

menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada

kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435

II5 Niasin paper strip tes

Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak

memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa

spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang

dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36

Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat

menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa

strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB

Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 3: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

v

Universitas Indonesia

KATA PENGANTAR

Puji syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT yang telah memberikan

hidayah-Nya akhirnya tesis yang berjudul ldquoDeteksi dan Identifikasi

Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan Mycobacterium non tuberkulosis

Kompleks Menggunakan Metode Uji Imunokromatografi TB AgMPT64rdquo

Ucapan terimakasih dan penghargaan setingi-tingginya penulis ucapkan

kepada para pembimbing guru-guru rekan sejawat PPDS rekan-rekan P3S

kekhususan Mikrobiologi staf administrasi dan laboratorium mikrobiologi

Khususnya kepada

Prof dr Agus Syahrurachman PhD SpMK(K) sebagai pembimbing I

atas bimbingan yang berharga bagi penyelesaian tesis ini Terimakasih atas

arahan yang sangat membuka wawasan berpikir dan memberikan motivasi

penulis

dr Tjahjani Mirawati Sudiro PhD sebagai pembimbing II atas

bimbingan dan arahan dalam penulisan tesis ini Perhatian atas detil

penelitian ini yang sangat berharga bagi pengembangan penulisan tesis ini

dr Ceva Wicaksono P SpPD (K) sebagai pembimbing III atas arahan

penulisan tesis ini Terimakasih atas waktu yang diberikan di sela-sela

kesibukan yang padat

Prof dr Amin Soebandrio PhD SpMK(K) selaku Ketua Program

Studi PPDS Mikrobiologi Klinik FKUI yang memberi kesempatan kepada

penulis untuk menimba ilmu mikrobiologi dan dorongan semangat dalam

menyelesaikan tesis ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

vi

Universitas Indonesia

dr R Fera Ibrahim MSc PhD SpMK(K) selaku Kepala Departemen

Mikrobiologi FKUI yang telah mengijinkan penulis mempergunakan

sarana dan prasarana Departemen dalam kelancaran studi dan penelitian

dr Yulia Rosa SpMK dan DR dr Budiman Bela SpMK(K) sebagai

kepala LMK terdahulu serta dr Anis Karuniawati PhD SpMK(K)

selaku kepala LMK saat ini atas pemberian ijin penggunaan fasilitas

laboratorium sebagai wahana belajar dan penelitian

Prof dr Usman Chatib Warsa PhD SpMK(K) Prof dr Amin

Soebandrio PhD SpMK(K) Prof dr Pratiwi P Sudharmono PhD

SpMK(K) dr R Fera Ibrahim MSc PhD SpMK(K) dr Lucky H

Moehario PhD SpMK(K) dr T Mirawati Sudiro PhD dr Anis

Karuniawati PhD SpMK(K) dr Mardiastuti HWK MSc

SpMK(K) DRdr Budiman Bela SpMK(K) dr Yeva Rosana

SpMK(K) dr Retno Kadarsih SpMK (alm) dr Yulia Rosa SpMK

Dra Betty Ernawati PhD DR Andi Yasmon Andriansyah Ssi

MBiomed PhD Dra Conny Tjampakasari Dra Elizabeth Harahap

Dra Ariani M Biomed Dra Ikaningsih MBiomed semua guru-guru

atas ilmu pengalaman keteladanan dan inspirasi bagi penulis untuk

menatap masa depan

Staf Dapur LMK Ibu Lina ldquothe media expertrdquo dan ibu semua orang

Mbak Sinta Mas Ayub Ibu Itje Mbak Maria Staf LMK Bu Tatik

Mbak Aisyah Mang Encep Mang Aan Mas Syarief Mbak Linda

Mas Toyo Mbak Yatmin Asih Temen ndash temen analis di lab TB yang

sudah pergi maupun yang masih bekerja (Mbak Nunung Tika) Makasih

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

vii

Universitas Indonesia

ya ilmunya (Sifa Ofa) Putri Ayu mas Sarif dan Nita ( kapan ke

Bandung lagi) Pak Prawoto yang mau nyimpenin hasil LAB Teknisi

PCR maksih Mbak Lolita atas ilmunya yang setia menemani dari awal

hingga selesai Mas Alvian Mbak Nila Staf administrasi Mbak Tita

Rosita yang sangat membantu dan sangat pengertian Mbak Wiwik

Mbak Hesti Mbak Heni Mbak Ayi dan Ayi Temen ndashtemen blakang

Apri Herman Ucup sardi Sauri dll

Dra Ariani M Biomed dan Andriansyah Ssi MBiomed PhD

sebagai guru dan pembimbing yang mau disusahkan dan selalu

membantu penelitian ini saya ucapkan trimakasih

Rekan-rekan seperjuangan dan senior Mbak Leli Mbak Iva Mbak

Enty Mas Hagni Mas Teguh my best friend Mbak Rina Ka Dian

Arum Delly Mbak Hesty Seto Angky Rini yang semuanya sudah

SpMK terimakasih dukungannya yang selalu menanyakan kapan maju

Tesisnya dan adik-adik kelas hidup IRMK Makasih sinta sudah mau

edit penulisan penelitian ini salam juga buat Robet yang mau edit PPT

penulis

Yang tercinta almarhum Bapak akan doa restu dan semangat yang

diberikan dan IBU penulis mohon dimaafkan jika selama pendidikan

melakukan kesalahan dan tindakan yang kurang berkenan

Yang tercinta Mama dan Papa yang telah memberikan doa dan semangat

kepada penulis dalam menyelesaikan studi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

viii

Universitas Indonesia

Yang tercinta Mbk Nunung Mas Slamet Mas Bambang Mbk May

Mas Joko Mbk Nining sebagai kakak yang selalu memberikan dukungan

moril maupun materil kepada penulis dalam menyelesaikan studi ini

Eka putrisa dan Myelino Disa Kaisan Cena Disa Kavialtan istri dan

putra penulis yang telah memberikan segalanya kepada penulis agar dapat

menyelesaikan studi ini

Semoga Allah SWT melimpahkan rahmat dan hidayah-Nya kepada kita

semua Tesis ini masih jauh dari sempurna oleh karena itu saran dan

masukan sangat penulis harapkan

Jakarta 8 Januari 2014

Penulis

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

ix

Universitas Indonesia

ABSTRAK

Nama Budi Haryanto

Program studi Spesialis Mikrobiologi Klinik

Judul Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag MPT64 untuk

Diferensiasi Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan

Mycobacterium non tuberculosis Kompleks

Latar belakang Mycobacterium tuberculosis merupakan bakteri intraselular

fakultatif penyebab Tuberkulosis (TB) Jumlah penderita 17 milyar orang di

seluruh dunia dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya

Prevalensi TB di Indonesia tahun 2013 sebesar 297 per 100000 penduduk

dengan kasus baru setiap tahun mencapai 460000 kasus Total kasus hingga 2013

mencapai sekitar 800000-900000 kasus Faktor yang menghambat diagnosis TB

dapat ditegakkan adalah lamanya waktu menunggu hasil kultur dan uji

identifikasi penyebab TB Menumbuhkan kuman penyebab TB berkisar 6-8

minggu Pemeriksaan identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu

Total waktu yang diperlukan untuk pemeriksaan kultur yaitu 7-9 minggu Oleh

karena itu dibutuhkan metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat

Tujuan Penelitian ini bertujuan mendapatkan data keberhasilan identifikasi

MTB dan MOTT menggunakan alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg)

Mengetahui nilai sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif (NPP) dan Nilai

prediktif negative (NPN) dari uji imonochromatograpic (SD TB AgMPT64reg)

Metode Penelitian Menggunakan uji diagnostik baku emas yang digunakan

dalam penelitian ini dengan pemeriksaan PCR TB Sampel Penelitian ATCC

Mycobaterium non tuberculosis ( MOTT ) isolate Mycobacterium tuberculosis

H37RV dan isolat Mycobacterium tuberculosis yang merupakan bahan biologi

tersimpan milik Departemen Mikrobiologi FKUI

Hasil penelitian nilai sensitivitas dan spesifisitas ICT TB Ag MPT64 yang

diperoleh 100(IK95 904-100) dan 100(IK95 662-100) NPP

100(IK95 904-100) NPN 100(IK95 662-100) pemeriksaan

niacin dan PNB nilai sensitivitasnya 100(IK95 904-100) spesifisitas

888(IK95 517-981) dan NPP 973 (IK 95 861-996) NPN

100 (IK95 629-100)

Kesimpulan Analisis hasil penelitian ini menunjukkan uji identifikasi ICT TB

AgMPT64 memiliki nilai sensitivitas yang sama dengan uji Niasin paper strip

uji PNB LJ dan nilai spesifisitas yang lebih tinggi

Kata kunci Mycobacterium tuberculosisMycobacterium other than M

tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) denganAg MPT64 Uji Niasin

paper strip Uji PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

x

Universitas Indonesia

ABSTRACT

Name Budi Haryanto

Study Program Clinical Microbiology

Title Benefits Imunocromatography TB Ag MPT64 for

differentiation of Mycobacterium tuberculos

complex and Mycobacterium non tuberculosis

complex

Background Mycobacterium tuberculosis is a facultative intracellular bacterium

causes tuberculosis (TB)The number of patients 17 billion people around the

world and there is an addition of 3 million new cases each year The prevalence of

TB in Indonesia besad on surveillance in 2013 was to 297 per 100000 population

with new cases every year reach in 460000 cases Thus the total number of cases

to 2013 reached approximately 800000-900000 cases One of the efforts to control

the spread of infection is to diagnose TB quickly and accurately so it can be reach

all levels of society There are several factors that hamper the diagnosis of TB one

of them is the time of culture and species identification The identification

Mycobacterium is important to determine the approproate treatment Growing the

bacteria that causes TB ranges from 6-8 weeks Identification takes 3 days to 1

week So the total time required for culture is 7-9 weeks Therefore it needs a

method that can do identification more quickly and accurately

Objective Knowing the value of the sensitivity specificity positive predictive

value (NPP) and negative predictive value (NPN) of an imonochromatograpic (SD

TB AgMPT64reg) test with the gold standard TB PCR

Methods This study used a diagnostic test the gold standard used in this study

was TB PCR Sample Research ATCC mycobaterium non tuberculosis (MOTT)

and isolates of Mycobacterium tuberculosis H37Rv stock Mtuberculosis isolate

which is stored biological materials belong to Department of Microbiology

Faculty of Medicine

Results the sensitivity and specificity of ICT TB Ag MPT64 were 100(CI95

904-100) dan 100(CI95 662-100) NPP 100(CI95 904-

100) NPN 100(CI95 662-100) sensitivity of niacin paper strip dan

PNB LJ were 100(CI95 904-100) spesificity 888(IK95 517-

981) and NPP 973 (IK 95 861-995) NPN 100 (IK95 629-

100)

Conclusion Analysis of the results of this study indicate the identification of ICT

TB test AgMPT64 have the same sensitivity as niacin paper strip test PNB LJ and

had higher specificity values

Key words Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium other than M

tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) with Ag MPT64 Niacin paper

strip Test Test PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xi

Universitas Indonesia

DAFTAR ISI

HALAMAN JUDUL

HALAMAN PERNYATAAN ORSINILITAS

i

ii

LEMBAR PENGESAHAN iii

LEMBAR PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA ILMIAH iv

KATA PENGANTAR v

ABSTRAK

ABSTRACT

ix

x

DAFTAR ISI xi

DAFTAR GAMBAR xiii

DAFTAR TABEL xiv

DAFTAR LAMPIRAN

DAFTAR TANDA DAN SINGKATAN

xv

xvi

I PENDAHULUAN 1

11 Latar Belakang 1

12 PertanyaanPenelitian 4

13 Tujuan Penelitian 4

14 Manfaat Penelitian 5

II TINJAUAN PUSTAKA 6

21 Mycobacterium sp

211 Morfologi dan Struktur bakteri

212 Fisiologi Pertumbuhan

213 Patogenesis Penyakit Tuberkulosis

6

6

7

10

22 Perbedaan MTB dan MOTT di Indonesia dengan negara lain 12

23 Uji Identifikasi MPT64 14

231 MPT 64 14

232 Immunochromatography MPT64 15

24 P-Nitrobenzoic acid (PNB) 16

25 Paper strip Niasin tes 17

26 Polymerase Chain reaction (PCR) 18

Kerangka Teori 20

Konsep Penelitian 20

III METODOLOGI PENELITIAN 21

31 Desain penelitian 21

32 Waktu dan tempat penelitian 21

33 Sampel Penelitian 21

34 Perkiraan besar Sampel Penelitian 21

35 Kriteria inklusi 22

36 Alur Kerja Penelitian

361 Pembuatan isolat dari Stok Kuman MOTT

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

364 Uji Niasin dengan Paper strip

22

24

24

25

25

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xii

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrasi DNA

3652 Amplifikasi PCR

3653 Analisis Produk PCR

26

26

26

27

37 Difinisi Operasional

371 MT64 SD DUO

372 Uji PNB

373 Uji Niasin paper strip

374 Uji PCR

28

28

28

28

28

38 Analisis Data 29

4 HASIL PENELITIAN 30

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis (MOTT) 30

42 Pemeriksaan Identifikasi dengan MPT64 32

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip 33

44 Pemeriksaan Identifikasi dengan PNB LJ 34

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR 34

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin tes PNB LJ MPT64 PCR

47 Hasil Uji diagnostik dengan tabel 2x2

35

36

5 PEMBAHASAN 38

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu satu minggu

38

38

39

52 Uji Identifikasi SD TB AgMPT64 40

53 Niasin Paper strip BDreg

54 Uji PNB LJ

42

43

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 niasin PNBLJ

551 Keuntungan dan kerugian Uji MPT64

5 52 Keuntungan dan kerugian Uji NiasinPNBLJ

56 Keterbatasan Penelitian

45

45

45

46

6 KESIMPULAN DAN SARAN 47

61 Kesimpulan 47

62 Saran 48

DAFTAR PUSTAKA 49

LAMPIRAN

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xiii

Universitas Indonesia

DAFTAR GAMBAR

Gambar 21 Cara Kerja ICT Ag MPT64

15

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

17

Gambar 41 Morfologi Mycobacterium dalam medium LJ 32

Gambar 42 Hasil Pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 33

Gambar 43 Hasil Identifikasi tes Niasin paper strip 33

Gambar 44 Medium PNB LJ setelah 8 minggu 34

Gambar 45 Hasil PCR

35

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xiv

Universitas Indonesia

DAFTAR TABEL

Tabel 21 Temuan MOTT berdasar Geografis dan kasus klinis 13

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di 3 kota

besar ( Padang Semarang dan Surabaya)

14

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni 30

Tabel 42 Perhitungan Uji Diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD DUOreg

Tabel 43 Perhitungan Uji diagnosa Tabel 2x2 Niasin tes

Tabel 44 Perhitungan Uji Diagnostik Tabel 2x2 PNBLJ

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

36

36

37

37

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xv

Universitas Indonesia

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1 Hasil PCR

Lampiran 2 Foto uji identifikasi MPT64 Niasin paper strip dan PNB LJ

Lampiran 3 Distribusi Sampel Penelitian

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

Lampiran 5 Hasil Uji Niasin Paper strip

Lampiran 6 Hasil Uji PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

Lampiran 8 Hasil Rekapitulasi Uji Identifikasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xvi

Universitas Indonesia

Daftar Lambang dan Singkatan

BTA = Batang Tahan Asam

Bp = basepair

CAS = Asia Tengah

CD4 = Cluster Determinant 4

CD8 = Cluster Determinant 8

oC = Derajat celsius

CI = Confidence interval

DNA = Deoxyribonucleic acid

dNTP = Deoksinukleosida trifosfat

EAI = Afrika Timur-India

H = Haarlem

ICT = imunocromatograpi

IK = Interval kepercayaan

IFN = interferon-

kDa = Kilo dalton

LAM = Amerika latin dan Mediterania

LJ = Lowenstein ndash Jensen

MAC = Mycobacterium avium intracellular complex

MTB = Myobacterium tuberculosis kompleks

MOTT = Mycobacteria other than mycobacterium tuberculosis

MPT64 = Mycobacterium protein tuberculosis

MDR TB = multi drug resistant Tuberculosis

PCR = Polymerase chain reaction

PNB = P-Nitrobenzoic acid

SpolDB4 = spoligotype

TNFα = Tumor necrosis factor α

TB = Tuberkulosis

WHO = World Health organization

= Persen

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

1

Universitas Indonesia

BAB I

PENDAHULUAN

11 Latar Belakang

Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif

penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi

penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama

sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia

dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1

Tujuh puluh lima

persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi

penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini

Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina

India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun

2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai

460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-

900000 kasus3

Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat

antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya

penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat

keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4

Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan

mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua

lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)

didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan

asam56

Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen

dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak

dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu

perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

2

Universitas Indonesia

memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita

TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than

Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat

menimbulkan efek resistensi obat TB8

Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk

menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan

identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang

diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan

metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9

Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi

fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh

pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan

menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat

karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan

hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna

melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9

Selain uji niasin dilakukan juga

pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium

tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut

Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara

lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu

uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan

menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan

oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-

negara berkembang910

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama

pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

3

Universitas Indonesia

terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara

immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8

Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy

dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun

extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji

identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB

menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)

Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life

sciences Germany)10

Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan

oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina

terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat

menghasilkan protein MPT6413

Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di

Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan

pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype

(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12

Perbedaan ini memunculkan pertayaan

apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64

Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat

dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan

bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang

dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan

mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan

dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk

mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia

harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal

Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain

menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

4

Universitas Indonesia

identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk

mengurangi kesalahan identifikasi

Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk

membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan

sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat

digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang

dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang

membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih

Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau

metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena

itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography

dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip

dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan

diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di

Indonesia

I2 Pertanyaan penelitian

Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan

penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif

dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT

(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip

dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR

I3 Tujuan Penelitian

a Tujuan Umum

- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi

menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)

Niasin paper strip dan uji PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

5

Universitas Indonesia

b Tujuan Khusus

- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan

alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg

) dengan mengetahui nila

sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif

dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)

sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding

dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi

dengan PCR13

- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan

cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip

dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB

I4 Manfaat Penelitian

1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau

MOTT

2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan

MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program

pemberantasan penyakit TB di Indonesia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

6

Universitas Indonesia

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

II1 Mycobacterium species

II11 Morfologi dan struktur bakteri

Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae

ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus

atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat

batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding

bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen

lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam

bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam

lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-

C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan

dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping

kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)

Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan

polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya

adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut

menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu

mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis

tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun

dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang

berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks

peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan

membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari

kuman Mycobacterium13-15

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

7

Universitas Indonesia

Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14

1 Lipid

Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul

bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel

Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari

molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk

melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen

serum

2 Protein

Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon

imun seluler penjamu terhadap infeksi16

Beberapa spesies Mycobacterium

terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan

penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein

Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi

reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)

3 Polisakarida

Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti

perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi

hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi

dengan serum pasien

II12 Fisiologi Pertumbuhan

Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa

oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-

70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini

sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda

selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

8

Universitas Indonesia

bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak

setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk

cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua

kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis

complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis

Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan

Mycobacterium mungi)1516

Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat

dibedakan menjadi empat kelompok 17

a) Kelompok 1 (Photochromogen)

Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna

kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan

Mycobacterium marinum)

b) Kelompok 2 (Scotochromogen)

Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan

(Mycobacterium scrofulaceum)

c) Kelompok 3 (Nonchromogen)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan

pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun

tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali

Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri

yang tergolong dalam koloni ini

d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh

yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus

Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

9

Universitas Indonesia

MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari

atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari

Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel

MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam

waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya

pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang

tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15

Perbedaan

dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen

antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa

air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat

membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat

warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat

tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16

Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan

kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien

seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam

amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan

bakteri18

Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media

padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37

oC Medium yang

digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ

Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium

sp15

Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang

berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat

ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama

yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB

tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

10

Universitas Indonesia

oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early

secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya

dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10

Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien

TB1819

II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis

Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB

Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan

menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk

percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit

basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam

udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam

karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021

Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau

sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo

yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih

dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau

ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis

adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara

yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang

mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu

Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan

untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari

bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T

sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )

yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam

infeksi21

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

11

Universitas Indonesia

Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak

dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar

melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah

bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar

ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya

Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif

untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering

terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis

(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk

sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya

Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang

terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan

yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi

fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin

yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon

menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921

Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru

karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan

tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan

semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan

nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus

Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam

percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau

terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa

dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan

lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

12

Universitas Indonesia

II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain

Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun

terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak

sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan

penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain

Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di

Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip

dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM

di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712

Hal ini sama dengan penelitian yang

dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan

hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di

setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12

Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang

menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti

klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323

Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis

yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23

Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya

disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24

Akhir-akhir ini beberapa

pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan

oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies

diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324

Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)

Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22

Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti

oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen

tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di

Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

13

Universitas Indonesia

oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra

paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT

lainnya23-25

Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru

yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan

Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi

kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai

spesies MOTT26

Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26

NO Daerah Frekwensi Kasus

1 Jakarta 17 TB paru

2 Padang Sumbar 802 TB paru

3 Semarang 24 TB paru

4 Surabaya 115 TB paru

5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi

6 JakartaBandung 207 TB Paru

7 JakartaBandung 188 TB ektra paru

8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta

Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar

611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi

mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

14

Universitas Indonesia

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang

Semarang dan Surabaya26

No Spesies MOTT

1 M simle 973

2 Mfortuitum 638

3 Mkansasii 1193

4 Mplhei 253

5 Mgastri 23

6 Mcheconae 33

7 Mscrofulaceum 185

8 Mavium 088

9 Msmegmatis 088

10 Mflavescens 094

11 M teracee complex 009

12 Mszulgai 7

13 Mmalmoense 45

14 Mxenopi 025

15 Mmarinum 1

16 Mgordonae 05

17 Mulcerans 0

18 Muknown 32

Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru

di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii

merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26

II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography

II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang

terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi

oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000

D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827

Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda

adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

15

Universitas Indonesia

untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media

padat18

II32 Immunochromatography MPT64

Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi

sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan

identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932

Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk

mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan

catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup

Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64

Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan

terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian

lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit

sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml

diakses tanggal 12-12-2013) 29

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

16

Universitas Indonesia

Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64

rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant

Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe

MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif

MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal

105 cfuml

31

Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh

Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana

dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat

26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip

(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv

dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410

Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan

kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan

sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan

padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133

isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif

pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil

kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan

karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432

II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)

Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor

asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme

PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat

Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

17

Universitas Indonesia

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi

PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -

Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme

PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33

Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat

tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat

PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman

dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34

Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M

fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan

konsentrasi PNB 103 - 10

5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan

pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat

dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk

menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada

kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435

II5 Niasin paper strip tes

Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak

memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa

spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang

dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36

Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat

menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa

strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB

Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 4: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

v

Universitas Indonesia

KATA PENGANTAR

Puji syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT yang telah memberikan

hidayah-Nya akhirnya tesis yang berjudul ldquoDeteksi dan Identifikasi

Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan Mycobacterium non tuberkulosis

Kompleks Menggunakan Metode Uji Imunokromatografi TB AgMPT64rdquo

Ucapan terimakasih dan penghargaan setingi-tingginya penulis ucapkan

kepada para pembimbing guru-guru rekan sejawat PPDS rekan-rekan P3S

kekhususan Mikrobiologi staf administrasi dan laboratorium mikrobiologi

Khususnya kepada

Prof dr Agus Syahrurachman PhD SpMK(K) sebagai pembimbing I

atas bimbingan yang berharga bagi penyelesaian tesis ini Terimakasih atas

arahan yang sangat membuka wawasan berpikir dan memberikan motivasi

penulis

dr Tjahjani Mirawati Sudiro PhD sebagai pembimbing II atas

bimbingan dan arahan dalam penulisan tesis ini Perhatian atas detil

penelitian ini yang sangat berharga bagi pengembangan penulisan tesis ini

dr Ceva Wicaksono P SpPD (K) sebagai pembimbing III atas arahan

penulisan tesis ini Terimakasih atas waktu yang diberikan di sela-sela

kesibukan yang padat

Prof dr Amin Soebandrio PhD SpMK(K) selaku Ketua Program

Studi PPDS Mikrobiologi Klinik FKUI yang memberi kesempatan kepada

penulis untuk menimba ilmu mikrobiologi dan dorongan semangat dalam

menyelesaikan tesis ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

vi

Universitas Indonesia

dr R Fera Ibrahim MSc PhD SpMK(K) selaku Kepala Departemen

Mikrobiologi FKUI yang telah mengijinkan penulis mempergunakan

sarana dan prasarana Departemen dalam kelancaran studi dan penelitian

dr Yulia Rosa SpMK dan DR dr Budiman Bela SpMK(K) sebagai

kepala LMK terdahulu serta dr Anis Karuniawati PhD SpMK(K)

selaku kepala LMK saat ini atas pemberian ijin penggunaan fasilitas

laboratorium sebagai wahana belajar dan penelitian

Prof dr Usman Chatib Warsa PhD SpMK(K) Prof dr Amin

Soebandrio PhD SpMK(K) Prof dr Pratiwi P Sudharmono PhD

SpMK(K) dr R Fera Ibrahim MSc PhD SpMK(K) dr Lucky H

Moehario PhD SpMK(K) dr T Mirawati Sudiro PhD dr Anis

Karuniawati PhD SpMK(K) dr Mardiastuti HWK MSc

SpMK(K) DRdr Budiman Bela SpMK(K) dr Yeva Rosana

SpMK(K) dr Retno Kadarsih SpMK (alm) dr Yulia Rosa SpMK

Dra Betty Ernawati PhD DR Andi Yasmon Andriansyah Ssi

MBiomed PhD Dra Conny Tjampakasari Dra Elizabeth Harahap

Dra Ariani M Biomed Dra Ikaningsih MBiomed semua guru-guru

atas ilmu pengalaman keteladanan dan inspirasi bagi penulis untuk

menatap masa depan

Staf Dapur LMK Ibu Lina ldquothe media expertrdquo dan ibu semua orang

Mbak Sinta Mas Ayub Ibu Itje Mbak Maria Staf LMK Bu Tatik

Mbak Aisyah Mang Encep Mang Aan Mas Syarief Mbak Linda

Mas Toyo Mbak Yatmin Asih Temen ndash temen analis di lab TB yang

sudah pergi maupun yang masih bekerja (Mbak Nunung Tika) Makasih

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

vii

Universitas Indonesia

ya ilmunya (Sifa Ofa) Putri Ayu mas Sarif dan Nita ( kapan ke

Bandung lagi) Pak Prawoto yang mau nyimpenin hasil LAB Teknisi

PCR maksih Mbak Lolita atas ilmunya yang setia menemani dari awal

hingga selesai Mas Alvian Mbak Nila Staf administrasi Mbak Tita

Rosita yang sangat membantu dan sangat pengertian Mbak Wiwik

Mbak Hesti Mbak Heni Mbak Ayi dan Ayi Temen ndashtemen blakang

Apri Herman Ucup sardi Sauri dll

Dra Ariani M Biomed dan Andriansyah Ssi MBiomed PhD

sebagai guru dan pembimbing yang mau disusahkan dan selalu

membantu penelitian ini saya ucapkan trimakasih

Rekan-rekan seperjuangan dan senior Mbak Leli Mbak Iva Mbak

Enty Mas Hagni Mas Teguh my best friend Mbak Rina Ka Dian

Arum Delly Mbak Hesty Seto Angky Rini yang semuanya sudah

SpMK terimakasih dukungannya yang selalu menanyakan kapan maju

Tesisnya dan adik-adik kelas hidup IRMK Makasih sinta sudah mau

edit penulisan penelitian ini salam juga buat Robet yang mau edit PPT

penulis

Yang tercinta almarhum Bapak akan doa restu dan semangat yang

diberikan dan IBU penulis mohon dimaafkan jika selama pendidikan

melakukan kesalahan dan tindakan yang kurang berkenan

Yang tercinta Mama dan Papa yang telah memberikan doa dan semangat

kepada penulis dalam menyelesaikan studi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

viii

Universitas Indonesia

Yang tercinta Mbk Nunung Mas Slamet Mas Bambang Mbk May

Mas Joko Mbk Nining sebagai kakak yang selalu memberikan dukungan

moril maupun materil kepada penulis dalam menyelesaikan studi ini

Eka putrisa dan Myelino Disa Kaisan Cena Disa Kavialtan istri dan

putra penulis yang telah memberikan segalanya kepada penulis agar dapat

menyelesaikan studi ini

Semoga Allah SWT melimpahkan rahmat dan hidayah-Nya kepada kita

semua Tesis ini masih jauh dari sempurna oleh karena itu saran dan

masukan sangat penulis harapkan

Jakarta 8 Januari 2014

Penulis

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

ix

Universitas Indonesia

ABSTRAK

Nama Budi Haryanto

Program studi Spesialis Mikrobiologi Klinik

Judul Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag MPT64 untuk

Diferensiasi Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan

Mycobacterium non tuberculosis Kompleks

Latar belakang Mycobacterium tuberculosis merupakan bakteri intraselular

fakultatif penyebab Tuberkulosis (TB) Jumlah penderita 17 milyar orang di

seluruh dunia dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya

Prevalensi TB di Indonesia tahun 2013 sebesar 297 per 100000 penduduk

dengan kasus baru setiap tahun mencapai 460000 kasus Total kasus hingga 2013

mencapai sekitar 800000-900000 kasus Faktor yang menghambat diagnosis TB

dapat ditegakkan adalah lamanya waktu menunggu hasil kultur dan uji

identifikasi penyebab TB Menumbuhkan kuman penyebab TB berkisar 6-8

minggu Pemeriksaan identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu

Total waktu yang diperlukan untuk pemeriksaan kultur yaitu 7-9 minggu Oleh

karena itu dibutuhkan metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat

Tujuan Penelitian ini bertujuan mendapatkan data keberhasilan identifikasi

MTB dan MOTT menggunakan alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg)

Mengetahui nilai sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif (NPP) dan Nilai

prediktif negative (NPN) dari uji imonochromatograpic (SD TB AgMPT64reg)

Metode Penelitian Menggunakan uji diagnostik baku emas yang digunakan

dalam penelitian ini dengan pemeriksaan PCR TB Sampel Penelitian ATCC

Mycobaterium non tuberculosis ( MOTT ) isolate Mycobacterium tuberculosis

H37RV dan isolat Mycobacterium tuberculosis yang merupakan bahan biologi

tersimpan milik Departemen Mikrobiologi FKUI

Hasil penelitian nilai sensitivitas dan spesifisitas ICT TB Ag MPT64 yang

diperoleh 100(IK95 904-100) dan 100(IK95 662-100) NPP

100(IK95 904-100) NPN 100(IK95 662-100) pemeriksaan

niacin dan PNB nilai sensitivitasnya 100(IK95 904-100) spesifisitas

888(IK95 517-981) dan NPP 973 (IK 95 861-996) NPN

100 (IK95 629-100)

Kesimpulan Analisis hasil penelitian ini menunjukkan uji identifikasi ICT TB

AgMPT64 memiliki nilai sensitivitas yang sama dengan uji Niasin paper strip

uji PNB LJ dan nilai spesifisitas yang lebih tinggi

Kata kunci Mycobacterium tuberculosisMycobacterium other than M

tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) denganAg MPT64 Uji Niasin

paper strip Uji PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

x

Universitas Indonesia

ABSTRACT

Name Budi Haryanto

Study Program Clinical Microbiology

Title Benefits Imunocromatography TB Ag MPT64 for

differentiation of Mycobacterium tuberculos

complex and Mycobacterium non tuberculosis

complex

Background Mycobacterium tuberculosis is a facultative intracellular bacterium

causes tuberculosis (TB)The number of patients 17 billion people around the

world and there is an addition of 3 million new cases each year The prevalence of

TB in Indonesia besad on surveillance in 2013 was to 297 per 100000 population

with new cases every year reach in 460000 cases Thus the total number of cases

to 2013 reached approximately 800000-900000 cases One of the efforts to control

the spread of infection is to diagnose TB quickly and accurately so it can be reach

all levels of society There are several factors that hamper the diagnosis of TB one

of them is the time of culture and species identification The identification

Mycobacterium is important to determine the approproate treatment Growing the

bacteria that causes TB ranges from 6-8 weeks Identification takes 3 days to 1

week So the total time required for culture is 7-9 weeks Therefore it needs a

method that can do identification more quickly and accurately

Objective Knowing the value of the sensitivity specificity positive predictive

value (NPP) and negative predictive value (NPN) of an imonochromatograpic (SD

TB AgMPT64reg) test with the gold standard TB PCR

Methods This study used a diagnostic test the gold standard used in this study

was TB PCR Sample Research ATCC mycobaterium non tuberculosis (MOTT)

and isolates of Mycobacterium tuberculosis H37Rv stock Mtuberculosis isolate

which is stored biological materials belong to Department of Microbiology

Faculty of Medicine

Results the sensitivity and specificity of ICT TB Ag MPT64 were 100(CI95

904-100) dan 100(CI95 662-100) NPP 100(CI95 904-

100) NPN 100(CI95 662-100) sensitivity of niacin paper strip dan

PNB LJ were 100(CI95 904-100) spesificity 888(IK95 517-

981) and NPP 973 (IK 95 861-995) NPN 100 (IK95 629-

100)

Conclusion Analysis of the results of this study indicate the identification of ICT

TB test AgMPT64 have the same sensitivity as niacin paper strip test PNB LJ and

had higher specificity values

Key words Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium other than M

tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) with Ag MPT64 Niacin paper

strip Test Test PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xi

Universitas Indonesia

DAFTAR ISI

HALAMAN JUDUL

HALAMAN PERNYATAAN ORSINILITAS

i

ii

LEMBAR PENGESAHAN iii

LEMBAR PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA ILMIAH iv

KATA PENGANTAR v

ABSTRAK

ABSTRACT

ix

x

DAFTAR ISI xi

DAFTAR GAMBAR xiii

DAFTAR TABEL xiv

DAFTAR LAMPIRAN

DAFTAR TANDA DAN SINGKATAN

xv

xvi

I PENDAHULUAN 1

11 Latar Belakang 1

12 PertanyaanPenelitian 4

13 Tujuan Penelitian 4

14 Manfaat Penelitian 5

II TINJAUAN PUSTAKA 6

21 Mycobacterium sp

211 Morfologi dan Struktur bakteri

212 Fisiologi Pertumbuhan

213 Patogenesis Penyakit Tuberkulosis

6

6

7

10

22 Perbedaan MTB dan MOTT di Indonesia dengan negara lain 12

23 Uji Identifikasi MPT64 14

231 MPT 64 14

232 Immunochromatography MPT64 15

24 P-Nitrobenzoic acid (PNB) 16

25 Paper strip Niasin tes 17

26 Polymerase Chain reaction (PCR) 18

Kerangka Teori 20

Konsep Penelitian 20

III METODOLOGI PENELITIAN 21

31 Desain penelitian 21

32 Waktu dan tempat penelitian 21

33 Sampel Penelitian 21

34 Perkiraan besar Sampel Penelitian 21

35 Kriteria inklusi 22

36 Alur Kerja Penelitian

361 Pembuatan isolat dari Stok Kuman MOTT

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

364 Uji Niasin dengan Paper strip

22

24

24

25

25

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xii

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrasi DNA

3652 Amplifikasi PCR

3653 Analisis Produk PCR

26

26

26

27

37 Difinisi Operasional

371 MT64 SD DUO

372 Uji PNB

373 Uji Niasin paper strip

374 Uji PCR

28

28

28

28

28

38 Analisis Data 29

4 HASIL PENELITIAN 30

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis (MOTT) 30

42 Pemeriksaan Identifikasi dengan MPT64 32

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip 33

44 Pemeriksaan Identifikasi dengan PNB LJ 34

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR 34

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin tes PNB LJ MPT64 PCR

47 Hasil Uji diagnostik dengan tabel 2x2

35

36

5 PEMBAHASAN 38

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu satu minggu

38

38

39

52 Uji Identifikasi SD TB AgMPT64 40

53 Niasin Paper strip BDreg

54 Uji PNB LJ

42

43

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 niasin PNBLJ

551 Keuntungan dan kerugian Uji MPT64

5 52 Keuntungan dan kerugian Uji NiasinPNBLJ

56 Keterbatasan Penelitian

45

45

45

46

6 KESIMPULAN DAN SARAN 47

61 Kesimpulan 47

62 Saran 48

DAFTAR PUSTAKA 49

LAMPIRAN

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xiii

Universitas Indonesia

DAFTAR GAMBAR

Gambar 21 Cara Kerja ICT Ag MPT64

15

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

17

Gambar 41 Morfologi Mycobacterium dalam medium LJ 32

Gambar 42 Hasil Pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 33

Gambar 43 Hasil Identifikasi tes Niasin paper strip 33

Gambar 44 Medium PNB LJ setelah 8 minggu 34

Gambar 45 Hasil PCR

35

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xiv

Universitas Indonesia

DAFTAR TABEL

Tabel 21 Temuan MOTT berdasar Geografis dan kasus klinis 13

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di 3 kota

besar ( Padang Semarang dan Surabaya)

14

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni 30

Tabel 42 Perhitungan Uji Diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD DUOreg

Tabel 43 Perhitungan Uji diagnosa Tabel 2x2 Niasin tes

Tabel 44 Perhitungan Uji Diagnostik Tabel 2x2 PNBLJ

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

36

36

37

37

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xv

Universitas Indonesia

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1 Hasil PCR

Lampiran 2 Foto uji identifikasi MPT64 Niasin paper strip dan PNB LJ

Lampiran 3 Distribusi Sampel Penelitian

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

Lampiran 5 Hasil Uji Niasin Paper strip

Lampiran 6 Hasil Uji PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

Lampiran 8 Hasil Rekapitulasi Uji Identifikasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xvi

Universitas Indonesia

Daftar Lambang dan Singkatan

BTA = Batang Tahan Asam

Bp = basepair

CAS = Asia Tengah

CD4 = Cluster Determinant 4

CD8 = Cluster Determinant 8

oC = Derajat celsius

CI = Confidence interval

DNA = Deoxyribonucleic acid

dNTP = Deoksinukleosida trifosfat

EAI = Afrika Timur-India

H = Haarlem

ICT = imunocromatograpi

IK = Interval kepercayaan

IFN = interferon-

kDa = Kilo dalton

LAM = Amerika latin dan Mediterania

LJ = Lowenstein ndash Jensen

MAC = Mycobacterium avium intracellular complex

MTB = Myobacterium tuberculosis kompleks

MOTT = Mycobacteria other than mycobacterium tuberculosis

MPT64 = Mycobacterium protein tuberculosis

MDR TB = multi drug resistant Tuberculosis

PCR = Polymerase chain reaction

PNB = P-Nitrobenzoic acid

SpolDB4 = spoligotype

TNFα = Tumor necrosis factor α

TB = Tuberkulosis

WHO = World Health organization

= Persen

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

1

Universitas Indonesia

BAB I

PENDAHULUAN

11 Latar Belakang

Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif

penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi

penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama

sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia

dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1

Tujuh puluh lima

persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi

penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini

Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina

India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun

2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai

460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-

900000 kasus3

Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat

antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya

penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat

keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4

Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan

mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua

lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)

didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan

asam56

Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen

dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak

dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu

perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

2

Universitas Indonesia

memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita

TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than

Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat

menimbulkan efek resistensi obat TB8

Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk

menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan

identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang

diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan

metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9

Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi

fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh

pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan

menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat

karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan

hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna

melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9

Selain uji niasin dilakukan juga

pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium

tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut

Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara

lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu

uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan

menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan

oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-

negara berkembang910

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama

pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

3

Universitas Indonesia

terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara

immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8

Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy

dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun

extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji

identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB

menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)

Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life

sciences Germany)10

Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan

oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina

terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat

menghasilkan protein MPT6413

Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di

Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan

pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype

(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12

Perbedaan ini memunculkan pertayaan

apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64

Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat

dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan

bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang

dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan

mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan

dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk

mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia

harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal

Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain

menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

4

Universitas Indonesia

identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk

mengurangi kesalahan identifikasi

Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk

membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan

sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat

digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang

dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang

membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih

Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau

metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena

itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography

dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip

dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan

diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di

Indonesia

I2 Pertanyaan penelitian

Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan

penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif

dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT

(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip

dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR

I3 Tujuan Penelitian

a Tujuan Umum

- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi

menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)

Niasin paper strip dan uji PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

5

Universitas Indonesia

b Tujuan Khusus

- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan

alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg

) dengan mengetahui nila

sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif

dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)

sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding

dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi

dengan PCR13

- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan

cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip

dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB

I4 Manfaat Penelitian

1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau

MOTT

2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan

MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program

pemberantasan penyakit TB di Indonesia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

6

Universitas Indonesia

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

II1 Mycobacterium species

II11 Morfologi dan struktur bakteri

Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae

ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus

atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat

batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding

bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen

lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam

bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam

lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-

C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan

dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping

kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)

Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan

polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya

adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut

menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu

mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis

tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun

dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang

berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks

peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan

membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari

kuman Mycobacterium13-15

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

7

Universitas Indonesia

Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14

1 Lipid

Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul

bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel

Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari

molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk

melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen

serum

2 Protein

Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon

imun seluler penjamu terhadap infeksi16

Beberapa spesies Mycobacterium

terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan

penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein

Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi

reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)

3 Polisakarida

Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti

perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi

hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi

dengan serum pasien

II12 Fisiologi Pertumbuhan

Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa

oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-

70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini

sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda

selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

8

Universitas Indonesia

bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak

setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk

cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua

kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis

complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis

Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan

Mycobacterium mungi)1516

Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat

dibedakan menjadi empat kelompok 17

a) Kelompok 1 (Photochromogen)

Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna

kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan

Mycobacterium marinum)

b) Kelompok 2 (Scotochromogen)

Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan

(Mycobacterium scrofulaceum)

c) Kelompok 3 (Nonchromogen)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan

pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun

tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali

Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri

yang tergolong dalam koloni ini

d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh

yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus

Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

9

Universitas Indonesia

MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari

atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari

Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel

MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam

waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya

pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang

tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15

Perbedaan

dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen

antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa

air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat

membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat

warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat

tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16

Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan

kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien

seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam

amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan

bakteri18

Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media

padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37

oC Medium yang

digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ

Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium

sp15

Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang

berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat

ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama

yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB

tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

10

Universitas Indonesia

oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early

secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya

dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10

Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien

TB1819

II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis

Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB

Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan

menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk

percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit

basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam

udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam

karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021

Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau

sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo

yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih

dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau

ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis

adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara

yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang

mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu

Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan

untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari

bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T

sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )

yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam

infeksi21

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

11

Universitas Indonesia

Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak

dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar

melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah

bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar

ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya

Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif

untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering

terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis

(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk

sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya

Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang

terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan

yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi

fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin

yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon

menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921

Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru

karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan

tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan

semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan

nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus

Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam

percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau

terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa

dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan

lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

12

Universitas Indonesia

II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain

Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun

terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak

sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan

penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain

Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di

Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip

dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM

di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712

Hal ini sama dengan penelitian yang

dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan

hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di

setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12

Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang

menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti

klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323

Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis

yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23

Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya

disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24

Akhir-akhir ini beberapa

pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan

oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies

diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324

Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)

Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22

Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti

oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen

tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di

Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

13

Universitas Indonesia

oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra

paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT

lainnya23-25

Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru

yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan

Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi

kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai

spesies MOTT26

Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26

NO Daerah Frekwensi Kasus

1 Jakarta 17 TB paru

2 Padang Sumbar 802 TB paru

3 Semarang 24 TB paru

4 Surabaya 115 TB paru

5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi

6 JakartaBandung 207 TB Paru

7 JakartaBandung 188 TB ektra paru

8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta

Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar

611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi

mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

14

Universitas Indonesia

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang

Semarang dan Surabaya26

No Spesies MOTT

1 M simle 973

2 Mfortuitum 638

3 Mkansasii 1193

4 Mplhei 253

5 Mgastri 23

6 Mcheconae 33

7 Mscrofulaceum 185

8 Mavium 088

9 Msmegmatis 088

10 Mflavescens 094

11 M teracee complex 009

12 Mszulgai 7

13 Mmalmoense 45

14 Mxenopi 025

15 Mmarinum 1

16 Mgordonae 05

17 Mulcerans 0

18 Muknown 32

Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru

di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii

merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26

II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography

II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang

terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi

oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000

D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827

Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda

adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

15

Universitas Indonesia

untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media

padat18

II32 Immunochromatography MPT64

Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi

sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan

identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932

Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk

mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan

catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup

Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64

Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan

terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian

lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit

sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml

diakses tanggal 12-12-2013) 29

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

16

Universitas Indonesia

Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64

rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant

Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe

MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif

MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal

105 cfuml

31

Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh

Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana

dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat

26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip

(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv

dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410

Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan

kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan

sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan

padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133

isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif

pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil

kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan

karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432

II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)

Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor

asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme

PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat

Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

17

Universitas Indonesia

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi

PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -

Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme

PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33

Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat

tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat

PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman

dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34

Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M

fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan

konsentrasi PNB 103 - 10

5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan

pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat

dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk

menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada

kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435

II5 Niasin paper strip tes

Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak

memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa

spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang

dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36

Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat

menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa

strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB

Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 5: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

v

Universitas Indonesia

KATA PENGANTAR

Puji syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT yang telah memberikan

hidayah-Nya akhirnya tesis yang berjudul ldquoDeteksi dan Identifikasi

Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan Mycobacterium non tuberkulosis

Kompleks Menggunakan Metode Uji Imunokromatografi TB AgMPT64rdquo

Ucapan terimakasih dan penghargaan setingi-tingginya penulis ucapkan

kepada para pembimbing guru-guru rekan sejawat PPDS rekan-rekan P3S

kekhususan Mikrobiologi staf administrasi dan laboratorium mikrobiologi

Khususnya kepada

Prof dr Agus Syahrurachman PhD SpMK(K) sebagai pembimbing I

atas bimbingan yang berharga bagi penyelesaian tesis ini Terimakasih atas

arahan yang sangat membuka wawasan berpikir dan memberikan motivasi

penulis

dr Tjahjani Mirawati Sudiro PhD sebagai pembimbing II atas

bimbingan dan arahan dalam penulisan tesis ini Perhatian atas detil

penelitian ini yang sangat berharga bagi pengembangan penulisan tesis ini

dr Ceva Wicaksono P SpPD (K) sebagai pembimbing III atas arahan

penulisan tesis ini Terimakasih atas waktu yang diberikan di sela-sela

kesibukan yang padat

Prof dr Amin Soebandrio PhD SpMK(K) selaku Ketua Program

Studi PPDS Mikrobiologi Klinik FKUI yang memberi kesempatan kepada

penulis untuk menimba ilmu mikrobiologi dan dorongan semangat dalam

menyelesaikan tesis ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

vi

Universitas Indonesia

dr R Fera Ibrahim MSc PhD SpMK(K) selaku Kepala Departemen

Mikrobiologi FKUI yang telah mengijinkan penulis mempergunakan

sarana dan prasarana Departemen dalam kelancaran studi dan penelitian

dr Yulia Rosa SpMK dan DR dr Budiman Bela SpMK(K) sebagai

kepala LMK terdahulu serta dr Anis Karuniawati PhD SpMK(K)

selaku kepala LMK saat ini atas pemberian ijin penggunaan fasilitas

laboratorium sebagai wahana belajar dan penelitian

Prof dr Usman Chatib Warsa PhD SpMK(K) Prof dr Amin

Soebandrio PhD SpMK(K) Prof dr Pratiwi P Sudharmono PhD

SpMK(K) dr R Fera Ibrahim MSc PhD SpMK(K) dr Lucky H

Moehario PhD SpMK(K) dr T Mirawati Sudiro PhD dr Anis

Karuniawati PhD SpMK(K) dr Mardiastuti HWK MSc

SpMK(K) DRdr Budiman Bela SpMK(K) dr Yeva Rosana

SpMK(K) dr Retno Kadarsih SpMK (alm) dr Yulia Rosa SpMK

Dra Betty Ernawati PhD DR Andi Yasmon Andriansyah Ssi

MBiomed PhD Dra Conny Tjampakasari Dra Elizabeth Harahap

Dra Ariani M Biomed Dra Ikaningsih MBiomed semua guru-guru

atas ilmu pengalaman keteladanan dan inspirasi bagi penulis untuk

menatap masa depan

Staf Dapur LMK Ibu Lina ldquothe media expertrdquo dan ibu semua orang

Mbak Sinta Mas Ayub Ibu Itje Mbak Maria Staf LMK Bu Tatik

Mbak Aisyah Mang Encep Mang Aan Mas Syarief Mbak Linda

Mas Toyo Mbak Yatmin Asih Temen ndash temen analis di lab TB yang

sudah pergi maupun yang masih bekerja (Mbak Nunung Tika) Makasih

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

vii

Universitas Indonesia

ya ilmunya (Sifa Ofa) Putri Ayu mas Sarif dan Nita ( kapan ke

Bandung lagi) Pak Prawoto yang mau nyimpenin hasil LAB Teknisi

PCR maksih Mbak Lolita atas ilmunya yang setia menemani dari awal

hingga selesai Mas Alvian Mbak Nila Staf administrasi Mbak Tita

Rosita yang sangat membantu dan sangat pengertian Mbak Wiwik

Mbak Hesti Mbak Heni Mbak Ayi dan Ayi Temen ndashtemen blakang

Apri Herman Ucup sardi Sauri dll

Dra Ariani M Biomed dan Andriansyah Ssi MBiomed PhD

sebagai guru dan pembimbing yang mau disusahkan dan selalu

membantu penelitian ini saya ucapkan trimakasih

Rekan-rekan seperjuangan dan senior Mbak Leli Mbak Iva Mbak

Enty Mas Hagni Mas Teguh my best friend Mbak Rina Ka Dian

Arum Delly Mbak Hesty Seto Angky Rini yang semuanya sudah

SpMK terimakasih dukungannya yang selalu menanyakan kapan maju

Tesisnya dan adik-adik kelas hidup IRMK Makasih sinta sudah mau

edit penulisan penelitian ini salam juga buat Robet yang mau edit PPT

penulis

Yang tercinta almarhum Bapak akan doa restu dan semangat yang

diberikan dan IBU penulis mohon dimaafkan jika selama pendidikan

melakukan kesalahan dan tindakan yang kurang berkenan

Yang tercinta Mama dan Papa yang telah memberikan doa dan semangat

kepada penulis dalam menyelesaikan studi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

viii

Universitas Indonesia

Yang tercinta Mbk Nunung Mas Slamet Mas Bambang Mbk May

Mas Joko Mbk Nining sebagai kakak yang selalu memberikan dukungan

moril maupun materil kepada penulis dalam menyelesaikan studi ini

Eka putrisa dan Myelino Disa Kaisan Cena Disa Kavialtan istri dan

putra penulis yang telah memberikan segalanya kepada penulis agar dapat

menyelesaikan studi ini

Semoga Allah SWT melimpahkan rahmat dan hidayah-Nya kepada kita

semua Tesis ini masih jauh dari sempurna oleh karena itu saran dan

masukan sangat penulis harapkan

Jakarta 8 Januari 2014

Penulis

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

ix

Universitas Indonesia

ABSTRAK

Nama Budi Haryanto

Program studi Spesialis Mikrobiologi Klinik

Judul Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag MPT64 untuk

Diferensiasi Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan

Mycobacterium non tuberculosis Kompleks

Latar belakang Mycobacterium tuberculosis merupakan bakteri intraselular

fakultatif penyebab Tuberkulosis (TB) Jumlah penderita 17 milyar orang di

seluruh dunia dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya

Prevalensi TB di Indonesia tahun 2013 sebesar 297 per 100000 penduduk

dengan kasus baru setiap tahun mencapai 460000 kasus Total kasus hingga 2013

mencapai sekitar 800000-900000 kasus Faktor yang menghambat diagnosis TB

dapat ditegakkan adalah lamanya waktu menunggu hasil kultur dan uji

identifikasi penyebab TB Menumbuhkan kuman penyebab TB berkisar 6-8

minggu Pemeriksaan identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu

Total waktu yang diperlukan untuk pemeriksaan kultur yaitu 7-9 minggu Oleh

karena itu dibutuhkan metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat

Tujuan Penelitian ini bertujuan mendapatkan data keberhasilan identifikasi

MTB dan MOTT menggunakan alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg)

Mengetahui nilai sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif (NPP) dan Nilai

prediktif negative (NPN) dari uji imonochromatograpic (SD TB AgMPT64reg)

Metode Penelitian Menggunakan uji diagnostik baku emas yang digunakan

dalam penelitian ini dengan pemeriksaan PCR TB Sampel Penelitian ATCC

Mycobaterium non tuberculosis ( MOTT ) isolate Mycobacterium tuberculosis

H37RV dan isolat Mycobacterium tuberculosis yang merupakan bahan biologi

tersimpan milik Departemen Mikrobiologi FKUI

Hasil penelitian nilai sensitivitas dan spesifisitas ICT TB Ag MPT64 yang

diperoleh 100(IK95 904-100) dan 100(IK95 662-100) NPP

100(IK95 904-100) NPN 100(IK95 662-100) pemeriksaan

niacin dan PNB nilai sensitivitasnya 100(IK95 904-100) spesifisitas

888(IK95 517-981) dan NPP 973 (IK 95 861-996) NPN

100 (IK95 629-100)

Kesimpulan Analisis hasil penelitian ini menunjukkan uji identifikasi ICT TB

AgMPT64 memiliki nilai sensitivitas yang sama dengan uji Niasin paper strip

uji PNB LJ dan nilai spesifisitas yang lebih tinggi

Kata kunci Mycobacterium tuberculosisMycobacterium other than M

tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) denganAg MPT64 Uji Niasin

paper strip Uji PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

x

Universitas Indonesia

ABSTRACT

Name Budi Haryanto

Study Program Clinical Microbiology

Title Benefits Imunocromatography TB Ag MPT64 for

differentiation of Mycobacterium tuberculos

complex and Mycobacterium non tuberculosis

complex

Background Mycobacterium tuberculosis is a facultative intracellular bacterium

causes tuberculosis (TB)The number of patients 17 billion people around the

world and there is an addition of 3 million new cases each year The prevalence of

TB in Indonesia besad on surveillance in 2013 was to 297 per 100000 population

with new cases every year reach in 460000 cases Thus the total number of cases

to 2013 reached approximately 800000-900000 cases One of the efforts to control

the spread of infection is to diagnose TB quickly and accurately so it can be reach

all levels of society There are several factors that hamper the diagnosis of TB one

of them is the time of culture and species identification The identification

Mycobacterium is important to determine the approproate treatment Growing the

bacteria that causes TB ranges from 6-8 weeks Identification takes 3 days to 1

week So the total time required for culture is 7-9 weeks Therefore it needs a

method that can do identification more quickly and accurately

Objective Knowing the value of the sensitivity specificity positive predictive

value (NPP) and negative predictive value (NPN) of an imonochromatograpic (SD

TB AgMPT64reg) test with the gold standard TB PCR

Methods This study used a diagnostic test the gold standard used in this study

was TB PCR Sample Research ATCC mycobaterium non tuberculosis (MOTT)

and isolates of Mycobacterium tuberculosis H37Rv stock Mtuberculosis isolate

which is stored biological materials belong to Department of Microbiology

Faculty of Medicine

Results the sensitivity and specificity of ICT TB Ag MPT64 were 100(CI95

904-100) dan 100(CI95 662-100) NPP 100(CI95 904-

100) NPN 100(CI95 662-100) sensitivity of niacin paper strip dan

PNB LJ were 100(CI95 904-100) spesificity 888(IK95 517-

981) and NPP 973 (IK 95 861-995) NPN 100 (IK95 629-

100)

Conclusion Analysis of the results of this study indicate the identification of ICT

TB test AgMPT64 have the same sensitivity as niacin paper strip test PNB LJ and

had higher specificity values

Key words Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium other than M

tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) with Ag MPT64 Niacin paper

strip Test Test PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xi

Universitas Indonesia

DAFTAR ISI

HALAMAN JUDUL

HALAMAN PERNYATAAN ORSINILITAS

i

ii

LEMBAR PENGESAHAN iii

LEMBAR PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA ILMIAH iv

KATA PENGANTAR v

ABSTRAK

ABSTRACT

ix

x

DAFTAR ISI xi

DAFTAR GAMBAR xiii

DAFTAR TABEL xiv

DAFTAR LAMPIRAN

DAFTAR TANDA DAN SINGKATAN

xv

xvi

I PENDAHULUAN 1

11 Latar Belakang 1

12 PertanyaanPenelitian 4

13 Tujuan Penelitian 4

14 Manfaat Penelitian 5

II TINJAUAN PUSTAKA 6

21 Mycobacterium sp

211 Morfologi dan Struktur bakteri

212 Fisiologi Pertumbuhan

213 Patogenesis Penyakit Tuberkulosis

6

6

7

10

22 Perbedaan MTB dan MOTT di Indonesia dengan negara lain 12

23 Uji Identifikasi MPT64 14

231 MPT 64 14

232 Immunochromatography MPT64 15

24 P-Nitrobenzoic acid (PNB) 16

25 Paper strip Niasin tes 17

26 Polymerase Chain reaction (PCR) 18

Kerangka Teori 20

Konsep Penelitian 20

III METODOLOGI PENELITIAN 21

31 Desain penelitian 21

32 Waktu dan tempat penelitian 21

33 Sampel Penelitian 21

34 Perkiraan besar Sampel Penelitian 21

35 Kriteria inklusi 22

36 Alur Kerja Penelitian

361 Pembuatan isolat dari Stok Kuman MOTT

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

364 Uji Niasin dengan Paper strip

22

24

24

25

25

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xii

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrasi DNA

3652 Amplifikasi PCR

3653 Analisis Produk PCR

26

26

26

27

37 Difinisi Operasional

371 MT64 SD DUO

372 Uji PNB

373 Uji Niasin paper strip

374 Uji PCR

28

28

28

28

28

38 Analisis Data 29

4 HASIL PENELITIAN 30

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis (MOTT) 30

42 Pemeriksaan Identifikasi dengan MPT64 32

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip 33

44 Pemeriksaan Identifikasi dengan PNB LJ 34

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR 34

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin tes PNB LJ MPT64 PCR

47 Hasil Uji diagnostik dengan tabel 2x2

35

36

5 PEMBAHASAN 38

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu satu minggu

38

38

39

52 Uji Identifikasi SD TB AgMPT64 40

53 Niasin Paper strip BDreg

54 Uji PNB LJ

42

43

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 niasin PNBLJ

551 Keuntungan dan kerugian Uji MPT64

5 52 Keuntungan dan kerugian Uji NiasinPNBLJ

56 Keterbatasan Penelitian

45

45

45

46

6 KESIMPULAN DAN SARAN 47

61 Kesimpulan 47

62 Saran 48

DAFTAR PUSTAKA 49

LAMPIRAN

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xiii

Universitas Indonesia

DAFTAR GAMBAR

Gambar 21 Cara Kerja ICT Ag MPT64

15

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

17

Gambar 41 Morfologi Mycobacterium dalam medium LJ 32

Gambar 42 Hasil Pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 33

Gambar 43 Hasil Identifikasi tes Niasin paper strip 33

Gambar 44 Medium PNB LJ setelah 8 minggu 34

Gambar 45 Hasil PCR

35

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xiv

Universitas Indonesia

DAFTAR TABEL

Tabel 21 Temuan MOTT berdasar Geografis dan kasus klinis 13

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di 3 kota

besar ( Padang Semarang dan Surabaya)

14

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni 30

Tabel 42 Perhitungan Uji Diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD DUOreg

Tabel 43 Perhitungan Uji diagnosa Tabel 2x2 Niasin tes

Tabel 44 Perhitungan Uji Diagnostik Tabel 2x2 PNBLJ

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

36

36

37

37

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xv

Universitas Indonesia

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1 Hasil PCR

Lampiran 2 Foto uji identifikasi MPT64 Niasin paper strip dan PNB LJ

Lampiran 3 Distribusi Sampel Penelitian

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

Lampiran 5 Hasil Uji Niasin Paper strip

Lampiran 6 Hasil Uji PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

Lampiran 8 Hasil Rekapitulasi Uji Identifikasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xvi

Universitas Indonesia

Daftar Lambang dan Singkatan

BTA = Batang Tahan Asam

Bp = basepair

CAS = Asia Tengah

CD4 = Cluster Determinant 4

CD8 = Cluster Determinant 8

oC = Derajat celsius

CI = Confidence interval

DNA = Deoxyribonucleic acid

dNTP = Deoksinukleosida trifosfat

EAI = Afrika Timur-India

H = Haarlem

ICT = imunocromatograpi

IK = Interval kepercayaan

IFN = interferon-

kDa = Kilo dalton

LAM = Amerika latin dan Mediterania

LJ = Lowenstein ndash Jensen

MAC = Mycobacterium avium intracellular complex

MTB = Myobacterium tuberculosis kompleks

MOTT = Mycobacteria other than mycobacterium tuberculosis

MPT64 = Mycobacterium protein tuberculosis

MDR TB = multi drug resistant Tuberculosis

PCR = Polymerase chain reaction

PNB = P-Nitrobenzoic acid

SpolDB4 = spoligotype

TNFα = Tumor necrosis factor α

TB = Tuberkulosis

WHO = World Health organization

= Persen

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

1

Universitas Indonesia

BAB I

PENDAHULUAN

11 Latar Belakang

Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif

penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi

penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama

sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia

dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1

Tujuh puluh lima

persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi

penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini

Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina

India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun

2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai

460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-

900000 kasus3

Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat

antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya

penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat

keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4

Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan

mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua

lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)

didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan

asam56

Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen

dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak

dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu

perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

2

Universitas Indonesia

memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita

TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than

Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat

menimbulkan efek resistensi obat TB8

Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk

menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan

identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang

diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan

metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9

Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi

fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh

pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan

menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat

karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan

hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna

melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9

Selain uji niasin dilakukan juga

pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium

tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut

Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara

lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu

uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan

menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan

oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-

negara berkembang910

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama

pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

3

Universitas Indonesia

terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara

immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8

Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy

dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun

extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji

identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB

menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)

Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life

sciences Germany)10

Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan

oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina

terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat

menghasilkan protein MPT6413

Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di

Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan

pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype

(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12

Perbedaan ini memunculkan pertayaan

apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64

Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat

dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan

bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang

dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan

mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan

dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk

mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia

harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal

Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain

menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

4

Universitas Indonesia

identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk

mengurangi kesalahan identifikasi

Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk

membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan

sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat

digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang

dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang

membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih

Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau

metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena

itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography

dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip

dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan

diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di

Indonesia

I2 Pertanyaan penelitian

Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan

penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif

dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT

(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip

dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR

I3 Tujuan Penelitian

a Tujuan Umum

- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi

menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)

Niasin paper strip dan uji PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

5

Universitas Indonesia

b Tujuan Khusus

- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan

alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg

) dengan mengetahui nila

sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif

dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)

sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding

dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi

dengan PCR13

- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan

cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip

dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB

I4 Manfaat Penelitian

1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau

MOTT

2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan

MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program

pemberantasan penyakit TB di Indonesia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

6

Universitas Indonesia

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

II1 Mycobacterium species

II11 Morfologi dan struktur bakteri

Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae

ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus

atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat

batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding

bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen

lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam

bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam

lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-

C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan

dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping

kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)

Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan

polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya

adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut

menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu

mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis

tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun

dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang

berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks

peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan

membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari

kuman Mycobacterium13-15

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

7

Universitas Indonesia

Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14

1 Lipid

Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul

bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel

Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari

molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk

melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen

serum

2 Protein

Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon

imun seluler penjamu terhadap infeksi16

Beberapa spesies Mycobacterium

terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan

penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein

Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi

reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)

3 Polisakarida

Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti

perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi

hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi

dengan serum pasien

II12 Fisiologi Pertumbuhan

Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa

oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-

70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini

sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda

selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

8

Universitas Indonesia

bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak

setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk

cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua

kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis

complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis

Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan

Mycobacterium mungi)1516

Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat

dibedakan menjadi empat kelompok 17

a) Kelompok 1 (Photochromogen)

Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna

kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan

Mycobacterium marinum)

b) Kelompok 2 (Scotochromogen)

Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan

(Mycobacterium scrofulaceum)

c) Kelompok 3 (Nonchromogen)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan

pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun

tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali

Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri

yang tergolong dalam koloni ini

d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh

yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus

Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

9

Universitas Indonesia

MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari

atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari

Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel

MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam

waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya

pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang

tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15

Perbedaan

dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen

antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa

air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat

membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat

warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat

tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16

Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan

kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien

seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam

amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan

bakteri18

Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media

padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37

oC Medium yang

digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ

Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium

sp15

Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang

berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat

ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama

yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB

tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

10

Universitas Indonesia

oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early

secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya

dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10

Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien

TB1819

II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis

Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB

Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan

menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk

percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit

basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam

udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam

karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021

Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau

sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo

yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih

dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau

ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis

adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara

yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang

mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu

Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan

untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari

bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T

sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )

yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam

infeksi21

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

11

Universitas Indonesia

Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak

dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar

melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah

bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar

ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya

Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif

untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering

terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis

(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk

sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya

Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang

terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan

yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi

fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin

yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon

menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921

Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru

karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan

tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan

semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan

nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus

Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam

percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau

terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa

dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan

lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

12

Universitas Indonesia

II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain

Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun

terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak

sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan

penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain

Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di

Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip

dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM

di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712

Hal ini sama dengan penelitian yang

dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan

hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di

setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12

Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang

menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti

klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323

Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis

yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23

Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya

disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24

Akhir-akhir ini beberapa

pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan

oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies

diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324

Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)

Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22

Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti

oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen

tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di

Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

13

Universitas Indonesia

oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra

paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT

lainnya23-25

Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru

yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan

Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi

kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai

spesies MOTT26

Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26

NO Daerah Frekwensi Kasus

1 Jakarta 17 TB paru

2 Padang Sumbar 802 TB paru

3 Semarang 24 TB paru

4 Surabaya 115 TB paru

5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi

6 JakartaBandung 207 TB Paru

7 JakartaBandung 188 TB ektra paru

8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta

Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar

611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi

mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

14

Universitas Indonesia

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang

Semarang dan Surabaya26

No Spesies MOTT

1 M simle 973

2 Mfortuitum 638

3 Mkansasii 1193

4 Mplhei 253

5 Mgastri 23

6 Mcheconae 33

7 Mscrofulaceum 185

8 Mavium 088

9 Msmegmatis 088

10 Mflavescens 094

11 M teracee complex 009

12 Mszulgai 7

13 Mmalmoense 45

14 Mxenopi 025

15 Mmarinum 1

16 Mgordonae 05

17 Mulcerans 0

18 Muknown 32

Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru

di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii

merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26

II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography

II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang

terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi

oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000

D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827

Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda

adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

15

Universitas Indonesia

untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media

padat18

II32 Immunochromatography MPT64

Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi

sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan

identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932

Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk

mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan

catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup

Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64

Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan

terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian

lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit

sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml

diakses tanggal 12-12-2013) 29

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

16

Universitas Indonesia

Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64

rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant

Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe

MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif

MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal

105 cfuml

31

Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh

Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana

dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat

26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip

(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv

dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410

Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan

kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan

sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan

padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133

isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif

pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil

kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan

karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432

II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)

Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor

asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme

PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat

Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

17

Universitas Indonesia

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi

PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -

Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme

PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33

Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat

tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat

PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman

dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34

Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M

fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan

konsentrasi PNB 103 - 10

5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan

pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat

dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk

menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada

kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435

II5 Niasin paper strip tes

Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak

memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa

spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang

dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36

Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat

menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa

strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB

Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 6: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

v

Universitas Indonesia

KATA PENGANTAR

Puji syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT yang telah memberikan

hidayah-Nya akhirnya tesis yang berjudul ldquoDeteksi dan Identifikasi

Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan Mycobacterium non tuberkulosis

Kompleks Menggunakan Metode Uji Imunokromatografi TB AgMPT64rdquo

Ucapan terimakasih dan penghargaan setingi-tingginya penulis ucapkan

kepada para pembimbing guru-guru rekan sejawat PPDS rekan-rekan P3S

kekhususan Mikrobiologi staf administrasi dan laboratorium mikrobiologi

Khususnya kepada

Prof dr Agus Syahrurachman PhD SpMK(K) sebagai pembimbing I

atas bimbingan yang berharga bagi penyelesaian tesis ini Terimakasih atas

arahan yang sangat membuka wawasan berpikir dan memberikan motivasi

penulis

dr Tjahjani Mirawati Sudiro PhD sebagai pembimbing II atas

bimbingan dan arahan dalam penulisan tesis ini Perhatian atas detil

penelitian ini yang sangat berharga bagi pengembangan penulisan tesis ini

dr Ceva Wicaksono P SpPD (K) sebagai pembimbing III atas arahan

penulisan tesis ini Terimakasih atas waktu yang diberikan di sela-sela

kesibukan yang padat

Prof dr Amin Soebandrio PhD SpMK(K) selaku Ketua Program

Studi PPDS Mikrobiologi Klinik FKUI yang memberi kesempatan kepada

penulis untuk menimba ilmu mikrobiologi dan dorongan semangat dalam

menyelesaikan tesis ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

vi

Universitas Indonesia

dr R Fera Ibrahim MSc PhD SpMK(K) selaku Kepala Departemen

Mikrobiologi FKUI yang telah mengijinkan penulis mempergunakan

sarana dan prasarana Departemen dalam kelancaran studi dan penelitian

dr Yulia Rosa SpMK dan DR dr Budiman Bela SpMK(K) sebagai

kepala LMK terdahulu serta dr Anis Karuniawati PhD SpMK(K)

selaku kepala LMK saat ini atas pemberian ijin penggunaan fasilitas

laboratorium sebagai wahana belajar dan penelitian

Prof dr Usman Chatib Warsa PhD SpMK(K) Prof dr Amin

Soebandrio PhD SpMK(K) Prof dr Pratiwi P Sudharmono PhD

SpMK(K) dr R Fera Ibrahim MSc PhD SpMK(K) dr Lucky H

Moehario PhD SpMK(K) dr T Mirawati Sudiro PhD dr Anis

Karuniawati PhD SpMK(K) dr Mardiastuti HWK MSc

SpMK(K) DRdr Budiman Bela SpMK(K) dr Yeva Rosana

SpMK(K) dr Retno Kadarsih SpMK (alm) dr Yulia Rosa SpMK

Dra Betty Ernawati PhD DR Andi Yasmon Andriansyah Ssi

MBiomed PhD Dra Conny Tjampakasari Dra Elizabeth Harahap

Dra Ariani M Biomed Dra Ikaningsih MBiomed semua guru-guru

atas ilmu pengalaman keteladanan dan inspirasi bagi penulis untuk

menatap masa depan

Staf Dapur LMK Ibu Lina ldquothe media expertrdquo dan ibu semua orang

Mbak Sinta Mas Ayub Ibu Itje Mbak Maria Staf LMK Bu Tatik

Mbak Aisyah Mang Encep Mang Aan Mas Syarief Mbak Linda

Mas Toyo Mbak Yatmin Asih Temen ndash temen analis di lab TB yang

sudah pergi maupun yang masih bekerja (Mbak Nunung Tika) Makasih

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

vii

Universitas Indonesia

ya ilmunya (Sifa Ofa) Putri Ayu mas Sarif dan Nita ( kapan ke

Bandung lagi) Pak Prawoto yang mau nyimpenin hasil LAB Teknisi

PCR maksih Mbak Lolita atas ilmunya yang setia menemani dari awal

hingga selesai Mas Alvian Mbak Nila Staf administrasi Mbak Tita

Rosita yang sangat membantu dan sangat pengertian Mbak Wiwik

Mbak Hesti Mbak Heni Mbak Ayi dan Ayi Temen ndashtemen blakang

Apri Herman Ucup sardi Sauri dll

Dra Ariani M Biomed dan Andriansyah Ssi MBiomed PhD

sebagai guru dan pembimbing yang mau disusahkan dan selalu

membantu penelitian ini saya ucapkan trimakasih

Rekan-rekan seperjuangan dan senior Mbak Leli Mbak Iva Mbak

Enty Mas Hagni Mas Teguh my best friend Mbak Rina Ka Dian

Arum Delly Mbak Hesty Seto Angky Rini yang semuanya sudah

SpMK terimakasih dukungannya yang selalu menanyakan kapan maju

Tesisnya dan adik-adik kelas hidup IRMK Makasih sinta sudah mau

edit penulisan penelitian ini salam juga buat Robet yang mau edit PPT

penulis

Yang tercinta almarhum Bapak akan doa restu dan semangat yang

diberikan dan IBU penulis mohon dimaafkan jika selama pendidikan

melakukan kesalahan dan tindakan yang kurang berkenan

Yang tercinta Mama dan Papa yang telah memberikan doa dan semangat

kepada penulis dalam menyelesaikan studi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

viii

Universitas Indonesia

Yang tercinta Mbk Nunung Mas Slamet Mas Bambang Mbk May

Mas Joko Mbk Nining sebagai kakak yang selalu memberikan dukungan

moril maupun materil kepada penulis dalam menyelesaikan studi ini

Eka putrisa dan Myelino Disa Kaisan Cena Disa Kavialtan istri dan

putra penulis yang telah memberikan segalanya kepada penulis agar dapat

menyelesaikan studi ini

Semoga Allah SWT melimpahkan rahmat dan hidayah-Nya kepada kita

semua Tesis ini masih jauh dari sempurna oleh karena itu saran dan

masukan sangat penulis harapkan

Jakarta 8 Januari 2014

Penulis

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

ix

Universitas Indonesia

ABSTRAK

Nama Budi Haryanto

Program studi Spesialis Mikrobiologi Klinik

Judul Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag MPT64 untuk

Diferensiasi Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan

Mycobacterium non tuberculosis Kompleks

Latar belakang Mycobacterium tuberculosis merupakan bakteri intraselular

fakultatif penyebab Tuberkulosis (TB) Jumlah penderita 17 milyar orang di

seluruh dunia dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya

Prevalensi TB di Indonesia tahun 2013 sebesar 297 per 100000 penduduk

dengan kasus baru setiap tahun mencapai 460000 kasus Total kasus hingga 2013

mencapai sekitar 800000-900000 kasus Faktor yang menghambat diagnosis TB

dapat ditegakkan adalah lamanya waktu menunggu hasil kultur dan uji

identifikasi penyebab TB Menumbuhkan kuman penyebab TB berkisar 6-8

minggu Pemeriksaan identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu

Total waktu yang diperlukan untuk pemeriksaan kultur yaitu 7-9 minggu Oleh

karena itu dibutuhkan metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat

Tujuan Penelitian ini bertujuan mendapatkan data keberhasilan identifikasi

MTB dan MOTT menggunakan alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg)

Mengetahui nilai sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif (NPP) dan Nilai

prediktif negative (NPN) dari uji imonochromatograpic (SD TB AgMPT64reg)

Metode Penelitian Menggunakan uji diagnostik baku emas yang digunakan

dalam penelitian ini dengan pemeriksaan PCR TB Sampel Penelitian ATCC

Mycobaterium non tuberculosis ( MOTT ) isolate Mycobacterium tuberculosis

H37RV dan isolat Mycobacterium tuberculosis yang merupakan bahan biologi

tersimpan milik Departemen Mikrobiologi FKUI

Hasil penelitian nilai sensitivitas dan spesifisitas ICT TB Ag MPT64 yang

diperoleh 100(IK95 904-100) dan 100(IK95 662-100) NPP

100(IK95 904-100) NPN 100(IK95 662-100) pemeriksaan

niacin dan PNB nilai sensitivitasnya 100(IK95 904-100) spesifisitas

888(IK95 517-981) dan NPP 973 (IK 95 861-996) NPN

100 (IK95 629-100)

Kesimpulan Analisis hasil penelitian ini menunjukkan uji identifikasi ICT TB

AgMPT64 memiliki nilai sensitivitas yang sama dengan uji Niasin paper strip

uji PNB LJ dan nilai spesifisitas yang lebih tinggi

Kata kunci Mycobacterium tuberculosisMycobacterium other than M

tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) denganAg MPT64 Uji Niasin

paper strip Uji PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

x

Universitas Indonesia

ABSTRACT

Name Budi Haryanto

Study Program Clinical Microbiology

Title Benefits Imunocromatography TB Ag MPT64 for

differentiation of Mycobacterium tuberculos

complex and Mycobacterium non tuberculosis

complex

Background Mycobacterium tuberculosis is a facultative intracellular bacterium

causes tuberculosis (TB)The number of patients 17 billion people around the

world and there is an addition of 3 million new cases each year The prevalence of

TB in Indonesia besad on surveillance in 2013 was to 297 per 100000 population

with new cases every year reach in 460000 cases Thus the total number of cases

to 2013 reached approximately 800000-900000 cases One of the efforts to control

the spread of infection is to diagnose TB quickly and accurately so it can be reach

all levels of society There are several factors that hamper the diagnosis of TB one

of them is the time of culture and species identification The identification

Mycobacterium is important to determine the approproate treatment Growing the

bacteria that causes TB ranges from 6-8 weeks Identification takes 3 days to 1

week So the total time required for culture is 7-9 weeks Therefore it needs a

method that can do identification more quickly and accurately

Objective Knowing the value of the sensitivity specificity positive predictive

value (NPP) and negative predictive value (NPN) of an imonochromatograpic (SD

TB AgMPT64reg) test with the gold standard TB PCR

Methods This study used a diagnostic test the gold standard used in this study

was TB PCR Sample Research ATCC mycobaterium non tuberculosis (MOTT)

and isolates of Mycobacterium tuberculosis H37Rv stock Mtuberculosis isolate

which is stored biological materials belong to Department of Microbiology

Faculty of Medicine

Results the sensitivity and specificity of ICT TB Ag MPT64 were 100(CI95

904-100) dan 100(CI95 662-100) NPP 100(CI95 904-

100) NPN 100(CI95 662-100) sensitivity of niacin paper strip dan

PNB LJ were 100(CI95 904-100) spesificity 888(IK95 517-

981) and NPP 973 (IK 95 861-995) NPN 100 (IK95 629-

100)

Conclusion Analysis of the results of this study indicate the identification of ICT

TB test AgMPT64 have the same sensitivity as niacin paper strip test PNB LJ and

had higher specificity values

Key words Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium other than M

tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) with Ag MPT64 Niacin paper

strip Test Test PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xi

Universitas Indonesia

DAFTAR ISI

HALAMAN JUDUL

HALAMAN PERNYATAAN ORSINILITAS

i

ii

LEMBAR PENGESAHAN iii

LEMBAR PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA ILMIAH iv

KATA PENGANTAR v

ABSTRAK

ABSTRACT

ix

x

DAFTAR ISI xi

DAFTAR GAMBAR xiii

DAFTAR TABEL xiv

DAFTAR LAMPIRAN

DAFTAR TANDA DAN SINGKATAN

xv

xvi

I PENDAHULUAN 1

11 Latar Belakang 1

12 PertanyaanPenelitian 4

13 Tujuan Penelitian 4

14 Manfaat Penelitian 5

II TINJAUAN PUSTAKA 6

21 Mycobacterium sp

211 Morfologi dan Struktur bakteri

212 Fisiologi Pertumbuhan

213 Patogenesis Penyakit Tuberkulosis

6

6

7

10

22 Perbedaan MTB dan MOTT di Indonesia dengan negara lain 12

23 Uji Identifikasi MPT64 14

231 MPT 64 14

232 Immunochromatography MPT64 15

24 P-Nitrobenzoic acid (PNB) 16

25 Paper strip Niasin tes 17

26 Polymerase Chain reaction (PCR) 18

Kerangka Teori 20

Konsep Penelitian 20

III METODOLOGI PENELITIAN 21

31 Desain penelitian 21

32 Waktu dan tempat penelitian 21

33 Sampel Penelitian 21

34 Perkiraan besar Sampel Penelitian 21

35 Kriteria inklusi 22

36 Alur Kerja Penelitian

361 Pembuatan isolat dari Stok Kuman MOTT

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

364 Uji Niasin dengan Paper strip

22

24

24

25

25

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xii

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrasi DNA

3652 Amplifikasi PCR

3653 Analisis Produk PCR

26

26

26

27

37 Difinisi Operasional

371 MT64 SD DUO

372 Uji PNB

373 Uji Niasin paper strip

374 Uji PCR

28

28

28

28

28

38 Analisis Data 29

4 HASIL PENELITIAN 30

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis (MOTT) 30

42 Pemeriksaan Identifikasi dengan MPT64 32

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip 33

44 Pemeriksaan Identifikasi dengan PNB LJ 34

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR 34

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin tes PNB LJ MPT64 PCR

47 Hasil Uji diagnostik dengan tabel 2x2

35

36

5 PEMBAHASAN 38

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu satu minggu

38

38

39

52 Uji Identifikasi SD TB AgMPT64 40

53 Niasin Paper strip BDreg

54 Uji PNB LJ

42

43

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 niasin PNBLJ

551 Keuntungan dan kerugian Uji MPT64

5 52 Keuntungan dan kerugian Uji NiasinPNBLJ

56 Keterbatasan Penelitian

45

45

45

46

6 KESIMPULAN DAN SARAN 47

61 Kesimpulan 47

62 Saran 48

DAFTAR PUSTAKA 49

LAMPIRAN

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xiii

Universitas Indonesia

DAFTAR GAMBAR

Gambar 21 Cara Kerja ICT Ag MPT64

15

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

17

Gambar 41 Morfologi Mycobacterium dalam medium LJ 32

Gambar 42 Hasil Pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 33

Gambar 43 Hasil Identifikasi tes Niasin paper strip 33

Gambar 44 Medium PNB LJ setelah 8 minggu 34

Gambar 45 Hasil PCR

35

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xiv

Universitas Indonesia

DAFTAR TABEL

Tabel 21 Temuan MOTT berdasar Geografis dan kasus klinis 13

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di 3 kota

besar ( Padang Semarang dan Surabaya)

14

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni 30

Tabel 42 Perhitungan Uji Diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD DUOreg

Tabel 43 Perhitungan Uji diagnosa Tabel 2x2 Niasin tes

Tabel 44 Perhitungan Uji Diagnostik Tabel 2x2 PNBLJ

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

36

36

37

37

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xv

Universitas Indonesia

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1 Hasil PCR

Lampiran 2 Foto uji identifikasi MPT64 Niasin paper strip dan PNB LJ

Lampiran 3 Distribusi Sampel Penelitian

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

Lampiran 5 Hasil Uji Niasin Paper strip

Lampiran 6 Hasil Uji PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

Lampiran 8 Hasil Rekapitulasi Uji Identifikasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xvi

Universitas Indonesia

Daftar Lambang dan Singkatan

BTA = Batang Tahan Asam

Bp = basepair

CAS = Asia Tengah

CD4 = Cluster Determinant 4

CD8 = Cluster Determinant 8

oC = Derajat celsius

CI = Confidence interval

DNA = Deoxyribonucleic acid

dNTP = Deoksinukleosida trifosfat

EAI = Afrika Timur-India

H = Haarlem

ICT = imunocromatograpi

IK = Interval kepercayaan

IFN = interferon-

kDa = Kilo dalton

LAM = Amerika latin dan Mediterania

LJ = Lowenstein ndash Jensen

MAC = Mycobacterium avium intracellular complex

MTB = Myobacterium tuberculosis kompleks

MOTT = Mycobacteria other than mycobacterium tuberculosis

MPT64 = Mycobacterium protein tuberculosis

MDR TB = multi drug resistant Tuberculosis

PCR = Polymerase chain reaction

PNB = P-Nitrobenzoic acid

SpolDB4 = spoligotype

TNFα = Tumor necrosis factor α

TB = Tuberkulosis

WHO = World Health organization

= Persen

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

1

Universitas Indonesia

BAB I

PENDAHULUAN

11 Latar Belakang

Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif

penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi

penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama

sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia

dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1

Tujuh puluh lima

persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi

penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini

Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina

India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun

2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai

460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-

900000 kasus3

Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat

antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya

penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat

keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4

Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan

mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua

lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)

didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan

asam56

Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen

dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak

dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu

perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

2

Universitas Indonesia

memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita

TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than

Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat

menimbulkan efek resistensi obat TB8

Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk

menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan

identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang

diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan

metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9

Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi

fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh

pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan

menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat

karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan

hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna

melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9

Selain uji niasin dilakukan juga

pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium

tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut

Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara

lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu

uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan

menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan

oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-

negara berkembang910

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama

pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

3

Universitas Indonesia

terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara

immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8

Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy

dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun

extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji

identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB

menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)

Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life

sciences Germany)10

Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan

oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina

terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat

menghasilkan protein MPT6413

Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di

Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan

pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype

(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12

Perbedaan ini memunculkan pertayaan

apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64

Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat

dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan

bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang

dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan

mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan

dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk

mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia

harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal

Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain

menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

4

Universitas Indonesia

identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk

mengurangi kesalahan identifikasi

Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk

membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan

sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat

digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang

dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang

membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih

Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau

metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena

itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography

dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip

dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan

diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di

Indonesia

I2 Pertanyaan penelitian

Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan

penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif

dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT

(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip

dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR

I3 Tujuan Penelitian

a Tujuan Umum

- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi

menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)

Niasin paper strip dan uji PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

5

Universitas Indonesia

b Tujuan Khusus

- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan

alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg

) dengan mengetahui nila

sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif

dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)

sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding

dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi

dengan PCR13

- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan

cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip

dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB

I4 Manfaat Penelitian

1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau

MOTT

2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan

MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program

pemberantasan penyakit TB di Indonesia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

6

Universitas Indonesia

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

II1 Mycobacterium species

II11 Morfologi dan struktur bakteri

Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae

ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus

atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat

batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding

bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen

lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam

bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam

lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-

C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan

dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping

kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)

Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan

polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya

adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut

menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu

mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis

tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun

dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang

berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks

peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan

membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari

kuman Mycobacterium13-15

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

7

Universitas Indonesia

Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14

1 Lipid

Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul

bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel

Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari

molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk

melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen

serum

2 Protein

Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon

imun seluler penjamu terhadap infeksi16

Beberapa spesies Mycobacterium

terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan

penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein

Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi

reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)

3 Polisakarida

Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti

perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi

hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi

dengan serum pasien

II12 Fisiologi Pertumbuhan

Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa

oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-

70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini

sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda

selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

8

Universitas Indonesia

bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak

setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk

cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua

kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis

complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis

Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan

Mycobacterium mungi)1516

Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat

dibedakan menjadi empat kelompok 17

a) Kelompok 1 (Photochromogen)

Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna

kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan

Mycobacterium marinum)

b) Kelompok 2 (Scotochromogen)

Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan

(Mycobacterium scrofulaceum)

c) Kelompok 3 (Nonchromogen)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan

pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun

tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali

Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri

yang tergolong dalam koloni ini

d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh

yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus

Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

9

Universitas Indonesia

MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari

atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari

Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel

MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam

waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya

pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang

tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15

Perbedaan

dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen

antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa

air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat

membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat

warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat

tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16

Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan

kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien

seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam

amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan

bakteri18

Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media

padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37

oC Medium yang

digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ

Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium

sp15

Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang

berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat

ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama

yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB

tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

10

Universitas Indonesia

oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early

secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya

dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10

Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien

TB1819

II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis

Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB

Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan

menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk

percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit

basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam

udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam

karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021

Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau

sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo

yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih

dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau

ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis

adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara

yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang

mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu

Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan

untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari

bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T

sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )

yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam

infeksi21

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

11

Universitas Indonesia

Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak

dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar

melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah

bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar

ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya

Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif

untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering

terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis

(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk

sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya

Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang

terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan

yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi

fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin

yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon

menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921

Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru

karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan

tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan

semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan

nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus

Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam

percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau

terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa

dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan

lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

12

Universitas Indonesia

II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain

Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun

terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak

sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan

penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain

Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di

Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip

dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM

di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712

Hal ini sama dengan penelitian yang

dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan

hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di

setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12

Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang

menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti

klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323

Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis

yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23

Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya

disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24

Akhir-akhir ini beberapa

pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan

oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies

diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324

Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)

Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22

Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti

oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen

tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di

Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

13

Universitas Indonesia

oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra

paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT

lainnya23-25

Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru

yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan

Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi

kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai

spesies MOTT26

Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26

NO Daerah Frekwensi Kasus

1 Jakarta 17 TB paru

2 Padang Sumbar 802 TB paru

3 Semarang 24 TB paru

4 Surabaya 115 TB paru

5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi

6 JakartaBandung 207 TB Paru

7 JakartaBandung 188 TB ektra paru

8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta

Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar

611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi

mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

14

Universitas Indonesia

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang

Semarang dan Surabaya26

No Spesies MOTT

1 M simle 973

2 Mfortuitum 638

3 Mkansasii 1193

4 Mplhei 253

5 Mgastri 23

6 Mcheconae 33

7 Mscrofulaceum 185

8 Mavium 088

9 Msmegmatis 088

10 Mflavescens 094

11 M teracee complex 009

12 Mszulgai 7

13 Mmalmoense 45

14 Mxenopi 025

15 Mmarinum 1

16 Mgordonae 05

17 Mulcerans 0

18 Muknown 32

Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru

di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii

merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26

II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography

II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang

terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi

oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000

D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827

Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda

adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

15

Universitas Indonesia

untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media

padat18

II32 Immunochromatography MPT64

Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi

sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan

identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932

Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk

mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan

catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup

Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64

Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan

terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian

lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit

sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml

diakses tanggal 12-12-2013) 29

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

16

Universitas Indonesia

Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64

rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant

Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe

MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif

MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal

105 cfuml

31

Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh

Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana

dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat

26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip

(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv

dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410

Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan

kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan

sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan

padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133

isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif

pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil

kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan

karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432

II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)

Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor

asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme

PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat

Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

17

Universitas Indonesia

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi

PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -

Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme

PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33

Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat

tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat

PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman

dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34

Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M

fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan

konsentrasi PNB 103 - 10

5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan

pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat

dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk

menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada

kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435

II5 Niasin paper strip tes

Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak

memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa

spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang

dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36

Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat

menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa

strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB

Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 7: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

vi

Universitas Indonesia

dr R Fera Ibrahim MSc PhD SpMK(K) selaku Kepala Departemen

Mikrobiologi FKUI yang telah mengijinkan penulis mempergunakan

sarana dan prasarana Departemen dalam kelancaran studi dan penelitian

dr Yulia Rosa SpMK dan DR dr Budiman Bela SpMK(K) sebagai

kepala LMK terdahulu serta dr Anis Karuniawati PhD SpMK(K)

selaku kepala LMK saat ini atas pemberian ijin penggunaan fasilitas

laboratorium sebagai wahana belajar dan penelitian

Prof dr Usman Chatib Warsa PhD SpMK(K) Prof dr Amin

Soebandrio PhD SpMK(K) Prof dr Pratiwi P Sudharmono PhD

SpMK(K) dr R Fera Ibrahim MSc PhD SpMK(K) dr Lucky H

Moehario PhD SpMK(K) dr T Mirawati Sudiro PhD dr Anis

Karuniawati PhD SpMK(K) dr Mardiastuti HWK MSc

SpMK(K) DRdr Budiman Bela SpMK(K) dr Yeva Rosana

SpMK(K) dr Retno Kadarsih SpMK (alm) dr Yulia Rosa SpMK

Dra Betty Ernawati PhD DR Andi Yasmon Andriansyah Ssi

MBiomed PhD Dra Conny Tjampakasari Dra Elizabeth Harahap

Dra Ariani M Biomed Dra Ikaningsih MBiomed semua guru-guru

atas ilmu pengalaman keteladanan dan inspirasi bagi penulis untuk

menatap masa depan

Staf Dapur LMK Ibu Lina ldquothe media expertrdquo dan ibu semua orang

Mbak Sinta Mas Ayub Ibu Itje Mbak Maria Staf LMK Bu Tatik

Mbak Aisyah Mang Encep Mang Aan Mas Syarief Mbak Linda

Mas Toyo Mbak Yatmin Asih Temen ndash temen analis di lab TB yang

sudah pergi maupun yang masih bekerja (Mbak Nunung Tika) Makasih

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

vii

Universitas Indonesia

ya ilmunya (Sifa Ofa) Putri Ayu mas Sarif dan Nita ( kapan ke

Bandung lagi) Pak Prawoto yang mau nyimpenin hasil LAB Teknisi

PCR maksih Mbak Lolita atas ilmunya yang setia menemani dari awal

hingga selesai Mas Alvian Mbak Nila Staf administrasi Mbak Tita

Rosita yang sangat membantu dan sangat pengertian Mbak Wiwik

Mbak Hesti Mbak Heni Mbak Ayi dan Ayi Temen ndashtemen blakang

Apri Herman Ucup sardi Sauri dll

Dra Ariani M Biomed dan Andriansyah Ssi MBiomed PhD

sebagai guru dan pembimbing yang mau disusahkan dan selalu

membantu penelitian ini saya ucapkan trimakasih

Rekan-rekan seperjuangan dan senior Mbak Leli Mbak Iva Mbak

Enty Mas Hagni Mas Teguh my best friend Mbak Rina Ka Dian

Arum Delly Mbak Hesty Seto Angky Rini yang semuanya sudah

SpMK terimakasih dukungannya yang selalu menanyakan kapan maju

Tesisnya dan adik-adik kelas hidup IRMK Makasih sinta sudah mau

edit penulisan penelitian ini salam juga buat Robet yang mau edit PPT

penulis

Yang tercinta almarhum Bapak akan doa restu dan semangat yang

diberikan dan IBU penulis mohon dimaafkan jika selama pendidikan

melakukan kesalahan dan tindakan yang kurang berkenan

Yang tercinta Mama dan Papa yang telah memberikan doa dan semangat

kepada penulis dalam menyelesaikan studi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

viii

Universitas Indonesia

Yang tercinta Mbk Nunung Mas Slamet Mas Bambang Mbk May

Mas Joko Mbk Nining sebagai kakak yang selalu memberikan dukungan

moril maupun materil kepada penulis dalam menyelesaikan studi ini

Eka putrisa dan Myelino Disa Kaisan Cena Disa Kavialtan istri dan

putra penulis yang telah memberikan segalanya kepada penulis agar dapat

menyelesaikan studi ini

Semoga Allah SWT melimpahkan rahmat dan hidayah-Nya kepada kita

semua Tesis ini masih jauh dari sempurna oleh karena itu saran dan

masukan sangat penulis harapkan

Jakarta 8 Januari 2014

Penulis

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

ix

Universitas Indonesia

ABSTRAK

Nama Budi Haryanto

Program studi Spesialis Mikrobiologi Klinik

Judul Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag MPT64 untuk

Diferensiasi Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan

Mycobacterium non tuberculosis Kompleks

Latar belakang Mycobacterium tuberculosis merupakan bakteri intraselular

fakultatif penyebab Tuberkulosis (TB) Jumlah penderita 17 milyar orang di

seluruh dunia dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya

Prevalensi TB di Indonesia tahun 2013 sebesar 297 per 100000 penduduk

dengan kasus baru setiap tahun mencapai 460000 kasus Total kasus hingga 2013

mencapai sekitar 800000-900000 kasus Faktor yang menghambat diagnosis TB

dapat ditegakkan adalah lamanya waktu menunggu hasil kultur dan uji

identifikasi penyebab TB Menumbuhkan kuman penyebab TB berkisar 6-8

minggu Pemeriksaan identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu

Total waktu yang diperlukan untuk pemeriksaan kultur yaitu 7-9 minggu Oleh

karena itu dibutuhkan metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat

Tujuan Penelitian ini bertujuan mendapatkan data keberhasilan identifikasi

MTB dan MOTT menggunakan alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg)

Mengetahui nilai sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif (NPP) dan Nilai

prediktif negative (NPN) dari uji imonochromatograpic (SD TB AgMPT64reg)

Metode Penelitian Menggunakan uji diagnostik baku emas yang digunakan

dalam penelitian ini dengan pemeriksaan PCR TB Sampel Penelitian ATCC

Mycobaterium non tuberculosis ( MOTT ) isolate Mycobacterium tuberculosis

H37RV dan isolat Mycobacterium tuberculosis yang merupakan bahan biologi

tersimpan milik Departemen Mikrobiologi FKUI

Hasil penelitian nilai sensitivitas dan spesifisitas ICT TB Ag MPT64 yang

diperoleh 100(IK95 904-100) dan 100(IK95 662-100) NPP

100(IK95 904-100) NPN 100(IK95 662-100) pemeriksaan

niacin dan PNB nilai sensitivitasnya 100(IK95 904-100) spesifisitas

888(IK95 517-981) dan NPP 973 (IK 95 861-996) NPN

100 (IK95 629-100)

Kesimpulan Analisis hasil penelitian ini menunjukkan uji identifikasi ICT TB

AgMPT64 memiliki nilai sensitivitas yang sama dengan uji Niasin paper strip

uji PNB LJ dan nilai spesifisitas yang lebih tinggi

Kata kunci Mycobacterium tuberculosisMycobacterium other than M

tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) denganAg MPT64 Uji Niasin

paper strip Uji PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

x

Universitas Indonesia

ABSTRACT

Name Budi Haryanto

Study Program Clinical Microbiology

Title Benefits Imunocromatography TB Ag MPT64 for

differentiation of Mycobacterium tuberculos

complex and Mycobacterium non tuberculosis

complex

Background Mycobacterium tuberculosis is a facultative intracellular bacterium

causes tuberculosis (TB)The number of patients 17 billion people around the

world and there is an addition of 3 million new cases each year The prevalence of

TB in Indonesia besad on surveillance in 2013 was to 297 per 100000 population

with new cases every year reach in 460000 cases Thus the total number of cases

to 2013 reached approximately 800000-900000 cases One of the efforts to control

the spread of infection is to diagnose TB quickly and accurately so it can be reach

all levels of society There are several factors that hamper the diagnosis of TB one

of them is the time of culture and species identification The identification

Mycobacterium is important to determine the approproate treatment Growing the

bacteria that causes TB ranges from 6-8 weeks Identification takes 3 days to 1

week So the total time required for culture is 7-9 weeks Therefore it needs a

method that can do identification more quickly and accurately

Objective Knowing the value of the sensitivity specificity positive predictive

value (NPP) and negative predictive value (NPN) of an imonochromatograpic (SD

TB AgMPT64reg) test with the gold standard TB PCR

Methods This study used a diagnostic test the gold standard used in this study

was TB PCR Sample Research ATCC mycobaterium non tuberculosis (MOTT)

and isolates of Mycobacterium tuberculosis H37Rv stock Mtuberculosis isolate

which is stored biological materials belong to Department of Microbiology

Faculty of Medicine

Results the sensitivity and specificity of ICT TB Ag MPT64 were 100(CI95

904-100) dan 100(CI95 662-100) NPP 100(CI95 904-

100) NPN 100(CI95 662-100) sensitivity of niacin paper strip dan

PNB LJ were 100(CI95 904-100) spesificity 888(IK95 517-

981) and NPP 973 (IK 95 861-995) NPN 100 (IK95 629-

100)

Conclusion Analysis of the results of this study indicate the identification of ICT

TB test AgMPT64 have the same sensitivity as niacin paper strip test PNB LJ and

had higher specificity values

Key words Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium other than M

tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) with Ag MPT64 Niacin paper

strip Test Test PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xi

Universitas Indonesia

DAFTAR ISI

HALAMAN JUDUL

HALAMAN PERNYATAAN ORSINILITAS

i

ii

LEMBAR PENGESAHAN iii

LEMBAR PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA ILMIAH iv

KATA PENGANTAR v

ABSTRAK

ABSTRACT

ix

x

DAFTAR ISI xi

DAFTAR GAMBAR xiii

DAFTAR TABEL xiv

DAFTAR LAMPIRAN

DAFTAR TANDA DAN SINGKATAN

xv

xvi

I PENDAHULUAN 1

11 Latar Belakang 1

12 PertanyaanPenelitian 4

13 Tujuan Penelitian 4

14 Manfaat Penelitian 5

II TINJAUAN PUSTAKA 6

21 Mycobacterium sp

211 Morfologi dan Struktur bakteri

212 Fisiologi Pertumbuhan

213 Patogenesis Penyakit Tuberkulosis

6

6

7

10

22 Perbedaan MTB dan MOTT di Indonesia dengan negara lain 12

23 Uji Identifikasi MPT64 14

231 MPT 64 14

232 Immunochromatography MPT64 15

24 P-Nitrobenzoic acid (PNB) 16

25 Paper strip Niasin tes 17

26 Polymerase Chain reaction (PCR) 18

Kerangka Teori 20

Konsep Penelitian 20

III METODOLOGI PENELITIAN 21

31 Desain penelitian 21

32 Waktu dan tempat penelitian 21

33 Sampel Penelitian 21

34 Perkiraan besar Sampel Penelitian 21

35 Kriteria inklusi 22

36 Alur Kerja Penelitian

361 Pembuatan isolat dari Stok Kuman MOTT

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

364 Uji Niasin dengan Paper strip

22

24

24

25

25

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xii

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrasi DNA

3652 Amplifikasi PCR

3653 Analisis Produk PCR

26

26

26

27

37 Difinisi Operasional

371 MT64 SD DUO

372 Uji PNB

373 Uji Niasin paper strip

374 Uji PCR

28

28

28

28

28

38 Analisis Data 29

4 HASIL PENELITIAN 30

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis (MOTT) 30

42 Pemeriksaan Identifikasi dengan MPT64 32

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip 33

44 Pemeriksaan Identifikasi dengan PNB LJ 34

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR 34

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin tes PNB LJ MPT64 PCR

47 Hasil Uji diagnostik dengan tabel 2x2

35

36

5 PEMBAHASAN 38

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu satu minggu

38

38

39

52 Uji Identifikasi SD TB AgMPT64 40

53 Niasin Paper strip BDreg

54 Uji PNB LJ

42

43

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 niasin PNBLJ

551 Keuntungan dan kerugian Uji MPT64

5 52 Keuntungan dan kerugian Uji NiasinPNBLJ

56 Keterbatasan Penelitian

45

45

45

46

6 KESIMPULAN DAN SARAN 47

61 Kesimpulan 47

62 Saran 48

DAFTAR PUSTAKA 49

LAMPIRAN

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xiii

Universitas Indonesia

DAFTAR GAMBAR

Gambar 21 Cara Kerja ICT Ag MPT64

15

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

17

Gambar 41 Morfologi Mycobacterium dalam medium LJ 32

Gambar 42 Hasil Pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 33

Gambar 43 Hasil Identifikasi tes Niasin paper strip 33

Gambar 44 Medium PNB LJ setelah 8 minggu 34

Gambar 45 Hasil PCR

35

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xiv

Universitas Indonesia

DAFTAR TABEL

Tabel 21 Temuan MOTT berdasar Geografis dan kasus klinis 13

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di 3 kota

besar ( Padang Semarang dan Surabaya)

14

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni 30

Tabel 42 Perhitungan Uji Diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD DUOreg

Tabel 43 Perhitungan Uji diagnosa Tabel 2x2 Niasin tes

Tabel 44 Perhitungan Uji Diagnostik Tabel 2x2 PNBLJ

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

36

36

37

37

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xv

Universitas Indonesia

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1 Hasil PCR

Lampiran 2 Foto uji identifikasi MPT64 Niasin paper strip dan PNB LJ

Lampiran 3 Distribusi Sampel Penelitian

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

Lampiran 5 Hasil Uji Niasin Paper strip

Lampiran 6 Hasil Uji PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

Lampiran 8 Hasil Rekapitulasi Uji Identifikasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xvi

Universitas Indonesia

Daftar Lambang dan Singkatan

BTA = Batang Tahan Asam

Bp = basepair

CAS = Asia Tengah

CD4 = Cluster Determinant 4

CD8 = Cluster Determinant 8

oC = Derajat celsius

CI = Confidence interval

DNA = Deoxyribonucleic acid

dNTP = Deoksinukleosida trifosfat

EAI = Afrika Timur-India

H = Haarlem

ICT = imunocromatograpi

IK = Interval kepercayaan

IFN = interferon-

kDa = Kilo dalton

LAM = Amerika latin dan Mediterania

LJ = Lowenstein ndash Jensen

MAC = Mycobacterium avium intracellular complex

MTB = Myobacterium tuberculosis kompleks

MOTT = Mycobacteria other than mycobacterium tuberculosis

MPT64 = Mycobacterium protein tuberculosis

MDR TB = multi drug resistant Tuberculosis

PCR = Polymerase chain reaction

PNB = P-Nitrobenzoic acid

SpolDB4 = spoligotype

TNFα = Tumor necrosis factor α

TB = Tuberkulosis

WHO = World Health organization

= Persen

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

1

Universitas Indonesia

BAB I

PENDAHULUAN

11 Latar Belakang

Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif

penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi

penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama

sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia

dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1

Tujuh puluh lima

persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi

penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini

Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina

India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun

2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai

460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-

900000 kasus3

Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat

antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya

penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat

keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4

Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan

mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua

lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)

didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan

asam56

Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen

dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak

dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu

perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

2

Universitas Indonesia

memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita

TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than

Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat

menimbulkan efek resistensi obat TB8

Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk

menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan

identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang

diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan

metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9

Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi

fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh

pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan

menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat

karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan

hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna

melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9

Selain uji niasin dilakukan juga

pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium

tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut

Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara

lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu

uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan

menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan

oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-

negara berkembang910

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama

pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

3

Universitas Indonesia

terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara

immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8

Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy

dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun

extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji

identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB

menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)

Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life

sciences Germany)10

Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan

oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina

terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat

menghasilkan protein MPT6413

Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di

Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan

pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype

(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12

Perbedaan ini memunculkan pertayaan

apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64

Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat

dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan

bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang

dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan

mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan

dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk

mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia

harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal

Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain

menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

4

Universitas Indonesia

identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk

mengurangi kesalahan identifikasi

Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk

membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan

sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat

digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang

dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang

membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih

Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau

metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena

itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography

dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip

dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan

diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di

Indonesia

I2 Pertanyaan penelitian

Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan

penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif

dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT

(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip

dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR

I3 Tujuan Penelitian

a Tujuan Umum

- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi

menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)

Niasin paper strip dan uji PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

5

Universitas Indonesia

b Tujuan Khusus

- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan

alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg

) dengan mengetahui nila

sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif

dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)

sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding

dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi

dengan PCR13

- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan

cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip

dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB

I4 Manfaat Penelitian

1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau

MOTT

2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan

MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program

pemberantasan penyakit TB di Indonesia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

6

Universitas Indonesia

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

II1 Mycobacterium species

II11 Morfologi dan struktur bakteri

Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae

ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus

atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat

batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding

bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen

lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam

bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam

lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-

C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan

dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping

kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)

Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan

polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya

adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut

menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu

mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis

tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun

dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang

berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks

peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan

membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari

kuman Mycobacterium13-15

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

7

Universitas Indonesia

Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14

1 Lipid

Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul

bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel

Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari

molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk

melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen

serum

2 Protein

Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon

imun seluler penjamu terhadap infeksi16

Beberapa spesies Mycobacterium

terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan

penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein

Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi

reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)

3 Polisakarida

Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti

perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi

hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi

dengan serum pasien

II12 Fisiologi Pertumbuhan

Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa

oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-

70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini

sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda

selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

8

Universitas Indonesia

bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak

setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk

cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua

kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis

complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis

Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan

Mycobacterium mungi)1516

Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat

dibedakan menjadi empat kelompok 17

a) Kelompok 1 (Photochromogen)

Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna

kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan

Mycobacterium marinum)

b) Kelompok 2 (Scotochromogen)

Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan

(Mycobacterium scrofulaceum)

c) Kelompok 3 (Nonchromogen)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan

pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun

tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali

Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri

yang tergolong dalam koloni ini

d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh

yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus

Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

9

Universitas Indonesia

MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari

atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari

Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel

MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam

waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya

pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang

tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15

Perbedaan

dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen

antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa

air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat

membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat

warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat

tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16

Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan

kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien

seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam

amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan

bakteri18

Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media

padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37

oC Medium yang

digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ

Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium

sp15

Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang

berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat

ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama

yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB

tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

10

Universitas Indonesia

oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early

secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya

dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10

Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien

TB1819

II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis

Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB

Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan

menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk

percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit

basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam

udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam

karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021

Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau

sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo

yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih

dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau

ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis

adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara

yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang

mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu

Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan

untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari

bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T

sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )

yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam

infeksi21

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

11

Universitas Indonesia

Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak

dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar

melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah

bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar

ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya

Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif

untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering

terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis

(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk

sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya

Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang

terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan

yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi

fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin

yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon

menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921

Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru

karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan

tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan

semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan

nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus

Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam

percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau

terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa

dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan

lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

12

Universitas Indonesia

II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain

Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun

terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak

sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan

penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain

Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di

Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip

dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM

di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712

Hal ini sama dengan penelitian yang

dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan

hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di

setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12

Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang

menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti

klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323

Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis

yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23

Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya

disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24

Akhir-akhir ini beberapa

pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan

oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies

diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324

Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)

Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22

Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti

oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen

tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di

Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

13

Universitas Indonesia

oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra

paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT

lainnya23-25

Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru

yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan

Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi

kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai

spesies MOTT26

Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26

NO Daerah Frekwensi Kasus

1 Jakarta 17 TB paru

2 Padang Sumbar 802 TB paru

3 Semarang 24 TB paru

4 Surabaya 115 TB paru

5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi

6 JakartaBandung 207 TB Paru

7 JakartaBandung 188 TB ektra paru

8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta

Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar

611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi

mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

14

Universitas Indonesia

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang

Semarang dan Surabaya26

No Spesies MOTT

1 M simle 973

2 Mfortuitum 638

3 Mkansasii 1193

4 Mplhei 253

5 Mgastri 23

6 Mcheconae 33

7 Mscrofulaceum 185

8 Mavium 088

9 Msmegmatis 088

10 Mflavescens 094

11 M teracee complex 009

12 Mszulgai 7

13 Mmalmoense 45

14 Mxenopi 025

15 Mmarinum 1

16 Mgordonae 05

17 Mulcerans 0

18 Muknown 32

Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru

di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii

merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26

II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography

II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang

terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi

oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000

D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827

Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda

adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

15

Universitas Indonesia

untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media

padat18

II32 Immunochromatography MPT64

Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi

sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan

identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932

Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk

mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan

catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup

Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64

Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan

terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian

lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit

sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml

diakses tanggal 12-12-2013) 29

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

16

Universitas Indonesia

Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64

rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant

Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe

MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif

MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal

105 cfuml

31

Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh

Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana

dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat

26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip

(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv

dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410

Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan

kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan

sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan

padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133

isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif

pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil

kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan

karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432

II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)

Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor

asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme

PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat

Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

17

Universitas Indonesia

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi

PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -

Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme

PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33

Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat

tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat

PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman

dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34

Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M

fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan

konsentrasi PNB 103 - 10

5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan

pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat

dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk

menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada

kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435

II5 Niasin paper strip tes

Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak

memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa

spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang

dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36

Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat

menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa

strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB

Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 8: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

vii

Universitas Indonesia

ya ilmunya (Sifa Ofa) Putri Ayu mas Sarif dan Nita ( kapan ke

Bandung lagi) Pak Prawoto yang mau nyimpenin hasil LAB Teknisi

PCR maksih Mbak Lolita atas ilmunya yang setia menemani dari awal

hingga selesai Mas Alvian Mbak Nila Staf administrasi Mbak Tita

Rosita yang sangat membantu dan sangat pengertian Mbak Wiwik

Mbak Hesti Mbak Heni Mbak Ayi dan Ayi Temen ndashtemen blakang

Apri Herman Ucup sardi Sauri dll

Dra Ariani M Biomed dan Andriansyah Ssi MBiomed PhD

sebagai guru dan pembimbing yang mau disusahkan dan selalu

membantu penelitian ini saya ucapkan trimakasih

Rekan-rekan seperjuangan dan senior Mbak Leli Mbak Iva Mbak

Enty Mas Hagni Mas Teguh my best friend Mbak Rina Ka Dian

Arum Delly Mbak Hesty Seto Angky Rini yang semuanya sudah

SpMK terimakasih dukungannya yang selalu menanyakan kapan maju

Tesisnya dan adik-adik kelas hidup IRMK Makasih sinta sudah mau

edit penulisan penelitian ini salam juga buat Robet yang mau edit PPT

penulis

Yang tercinta almarhum Bapak akan doa restu dan semangat yang

diberikan dan IBU penulis mohon dimaafkan jika selama pendidikan

melakukan kesalahan dan tindakan yang kurang berkenan

Yang tercinta Mama dan Papa yang telah memberikan doa dan semangat

kepada penulis dalam menyelesaikan studi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

viii

Universitas Indonesia

Yang tercinta Mbk Nunung Mas Slamet Mas Bambang Mbk May

Mas Joko Mbk Nining sebagai kakak yang selalu memberikan dukungan

moril maupun materil kepada penulis dalam menyelesaikan studi ini

Eka putrisa dan Myelino Disa Kaisan Cena Disa Kavialtan istri dan

putra penulis yang telah memberikan segalanya kepada penulis agar dapat

menyelesaikan studi ini

Semoga Allah SWT melimpahkan rahmat dan hidayah-Nya kepada kita

semua Tesis ini masih jauh dari sempurna oleh karena itu saran dan

masukan sangat penulis harapkan

Jakarta 8 Januari 2014

Penulis

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

ix

Universitas Indonesia

ABSTRAK

Nama Budi Haryanto

Program studi Spesialis Mikrobiologi Klinik

Judul Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag MPT64 untuk

Diferensiasi Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan

Mycobacterium non tuberculosis Kompleks

Latar belakang Mycobacterium tuberculosis merupakan bakteri intraselular

fakultatif penyebab Tuberkulosis (TB) Jumlah penderita 17 milyar orang di

seluruh dunia dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya

Prevalensi TB di Indonesia tahun 2013 sebesar 297 per 100000 penduduk

dengan kasus baru setiap tahun mencapai 460000 kasus Total kasus hingga 2013

mencapai sekitar 800000-900000 kasus Faktor yang menghambat diagnosis TB

dapat ditegakkan adalah lamanya waktu menunggu hasil kultur dan uji

identifikasi penyebab TB Menumbuhkan kuman penyebab TB berkisar 6-8

minggu Pemeriksaan identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu

Total waktu yang diperlukan untuk pemeriksaan kultur yaitu 7-9 minggu Oleh

karena itu dibutuhkan metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat

Tujuan Penelitian ini bertujuan mendapatkan data keberhasilan identifikasi

MTB dan MOTT menggunakan alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg)

Mengetahui nilai sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif (NPP) dan Nilai

prediktif negative (NPN) dari uji imonochromatograpic (SD TB AgMPT64reg)

Metode Penelitian Menggunakan uji diagnostik baku emas yang digunakan

dalam penelitian ini dengan pemeriksaan PCR TB Sampel Penelitian ATCC

Mycobaterium non tuberculosis ( MOTT ) isolate Mycobacterium tuberculosis

H37RV dan isolat Mycobacterium tuberculosis yang merupakan bahan biologi

tersimpan milik Departemen Mikrobiologi FKUI

Hasil penelitian nilai sensitivitas dan spesifisitas ICT TB Ag MPT64 yang

diperoleh 100(IK95 904-100) dan 100(IK95 662-100) NPP

100(IK95 904-100) NPN 100(IK95 662-100) pemeriksaan

niacin dan PNB nilai sensitivitasnya 100(IK95 904-100) spesifisitas

888(IK95 517-981) dan NPP 973 (IK 95 861-996) NPN

100 (IK95 629-100)

Kesimpulan Analisis hasil penelitian ini menunjukkan uji identifikasi ICT TB

AgMPT64 memiliki nilai sensitivitas yang sama dengan uji Niasin paper strip

uji PNB LJ dan nilai spesifisitas yang lebih tinggi

Kata kunci Mycobacterium tuberculosisMycobacterium other than M

tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) denganAg MPT64 Uji Niasin

paper strip Uji PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

x

Universitas Indonesia

ABSTRACT

Name Budi Haryanto

Study Program Clinical Microbiology

Title Benefits Imunocromatography TB Ag MPT64 for

differentiation of Mycobacterium tuberculos

complex and Mycobacterium non tuberculosis

complex

Background Mycobacterium tuberculosis is a facultative intracellular bacterium

causes tuberculosis (TB)The number of patients 17 billion people around the

world and there is an addition of 3 million new cases each year The prevalence of

TB in Indonesia besad on surveillance in 2013 was to 297 per 100000 population

with new cases every year reach in 460000 cases Thus the total number of cases

to 2013 reached approximately 800000-900000 cases One of the efforts to control

the spread of infection is to diagnose TB quickly and accurately so it can be reach

all levels of society There are several factors that hamper the diagnosis of TB one

of them is the time of culture and species identification The identification

Mycobacterium is important to determine the approproate treatment Growing the

bacteria that causes TB ranges from 6-8 weeks Identification takes 3 days to 1

week So the total time required for culture is 7-9 weeks Therefore it needs a

method that can do identification more quickly and accurately

Objective Knowing the value of the sensitivity specificity positive predictive

value (NPP) and negative predictive value (NPN) of an imonochromatograpic (SD

TB AgMPT64reg) test with the gold standard TB PCR

Methods This study used a diagnostic test the gold standard used in this study

was TB PCR Sample Research ATCC mycobaterium non tuberculosis (MOTT)

and isolates of Mycobacterium tuberculosis H37Rv stock Mtuberculosis isolate

which is stored biological materials belong to Department of Microbiology

Faculty of Medicine

Results the sensitivity and specificity of ICT TB Ag MPT64 were 100(CI95

904-100) dan 100(CI95 662-100) NPP 100(CI95 904-

100) NPN 100(CI95 662-100) sensitivity of niacin paper strip dan

PNB LJ were 100(CI95 904-100) spesificity 888(IK95 517-

981) and NPP 973 (IK 95 861-995) NPN 100 (IK95 629-

100)

Conclusion Analysis of the results of this study indicate the identification of ICT

TB test AgMPT64 have the same sensitivity as niacin paper strip test PNB LJ and

had higher specificity values

Key words Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium other than M

tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) with Ag MPT64 Niacin paper

strip Test Test PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xi

Universitas Indonesia

DAFTAR ISI

HALAMAN JUDUL

HALAMAN PERNYATAAN ORSINILITAS

i

ii

LEMBAR PENGESAHAN iii

LEMBAR PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA ILMIAH iv

KATA PENGANTAR v

ABSTRAK

ABSTRACT

ix

x

DAFTAR ISI xi

DAFTAR GAMBAR xiii

DAFTAR TABEL xiv

DAFTAR LAMPIRAN

DAFTAR TANDA DAN SINGKATAN

xv

xvi

I PENDAHULUAN 1

11 Latar Belakang 1

12 PertanyaanPenelitian 4

13 Tujuan Penelitian 4

14 Manfaat Penelitian 5

II TINJAUAN PUSTAKA 6

21 Mycobacterium sp

211 Morfologi dan Struktur bakteri

212 Fisiologi Pertumbuhan

213 Patogenesis Penyakit Tuberkulosis

6

6

7

10

22 Perbedaan MTB dan MOTT di Indonesia dengan negara lain 12

23 Uji Identifikasi MPT64 14

231 MPT 64 14

232 Immunochromatography MPT64 15

24 P-Nitrobenzoic acid (PNB) 16

25 Paper strip Niasin tes 17

26 Polymerase Chain reaction (PCR) 18

Kerangka Teori 20

Konsep Penelitian 20

III METODOLOGI PENELITIAN 21

31 Desain penelitian 21

32 Waktu dan tempat penelitian 21

33 Sampel Penelitian 21

34 Perkiraan besar Sampel Penelitian 21

35 Kriteria inklusi 22

36 Alur Kerja Penelitian

361 Pembuatan isolat dari Stok Kuman MOTT

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

364 Uji Niasin dengan Paper strip

22

24

24

25

25

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xii

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrasi DNA

3652 Amplifikasi PCR

3653 Analisis Produk PCR

26

26

26

27

37 Difinisi Operasional

371 MT64 SD DUO

372 Uji PNB

373 Uji Niasin paper strip

374 Uji PCR

28

28

28

28

28

38 Analisis Data 29

4 HASIL PENELITIAN 30

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis (MOTT) 30

42 Pemeriksaan Identifikasi dengan MPT64 32

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip 33

44 Pemeriksaan Identifikasi dengan PNB LJ 34

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR 34

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin tes PNB LJ MPT64 PCR

47 Hasil Uji diagnostik dengan tabel 2x2

35

36

5 PEMBAHASAN 38

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu satu minggu

38

38

39

52 Uji Identifikasi SD TB AgMPT64 40

53 Niasin Paper strip BDreg

54 Uji PNB LJ

42

43

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 niasin PNBLJ

551 Keuntungan dan kerugian Uji MPT64

5 52 Keuntungan dan kerugian Uji NiasinPNBLJ

56 Keterbatasan Penelitian

45

45

45

46

6 KESIMPULAN DAN SARAN 47

61 Kesimpulan 47

62 Saran 48

DAFTAR PUSTAKA 49

LAMPIRAN

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xiii

Universitas Indonesia

DAFTAR GAMBAR

Gambar 21 Cara Kerja ICT Ag MPT64

15

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

17

Gambar 41 Morfologi Mycobacterium dalam medium LJ 32

Gambar 42 Hasil Pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 33

Gambar 43 Hasil Identifikasi tes Niasin paper strip 33

Gambar 44 Medium PNB LJ setelah 8 minggu 34

Gambar 45 Hasil PCR

35

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xiv

Universitas Indonesia

DAFTAR TABEL

Tabel 21 Temuan MOTT berdasar Geografis dan kasus klinis 13

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di 3 kota

besar ( Padang Semarang dan Surabaya)

14

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni 30

Tabel 42 Perhitungan Uji Diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD DUOreg

Tabel 43 Perhitungan Uji diagnosa Tabel 2x2 Niasin tes

Tabel 44 Perhitungan Uji Diagnostik Tabel 2x2 PNBLJ

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

36

36

37

37

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xv

Universitas Indonesia

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1 Hasil PCR

Lampiran 2 Foto uji identifikasi MPT64 Niasin paper strip dan PNB LJ

Lampiran 3 Distribusi Sampel Penelitian

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

Lampiran 5 Hasil Uji Niasin Paper strip

Lampiran 6 Hasil Uji PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

Lampiran 8 Hasil Rekapitulasi Uji Identifikasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xvi

Universitas Indonesia

Daftar Lambang dan Singkatan

BTA = Batang Tahan Asam

Bp = basepair

CAS = Asia Tengah

CD4 = Cluster Determinant 4

CD8 = Cluster Determinant 8

oC = Derajat celsius

CI = Confidence interval

DNA = Deoxyribonucleic acid

dNTP = Deoksinukleosida trifosfat

EAI = Afrika Timur-India

H = Haarlem

ICT = imunocromatograpi

IK = Interval kepercayaan

IFN = interferon-

kDa = Kilo dalton

LAM = Amerika latin dan Mediterania

LJ = Lowenstein ndash Jensen

MAC = Mycobacterium avium intracellular complex

MTB = Myobacterium tuberculosis kompleks

MOTT = Mycobacteria other than mycobacterium tuberculosis

MPT64 = Mycobacterium protein tuberculosis

MDR TB = multi drug resistant Tuberculosis

PCR = Polymerase chain reaction

PNB = P-Nitrobenzoic acid

SpolDB4 = spoligotype

TNFα = Tumor necrosis factor α

TB = Tuberkulosis

WHO = World Health organization

= Persen

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

1

Universitas Indonesia

BAB I

PENDAHULUAN

11 Latar Belakang

Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif

penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi

penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama

sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia

dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1

Tujuh puluh lima

persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi

penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini

Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina

India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun

2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai

460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-

900000 kasus3

Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat

antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya

penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat

keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4

Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan

mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua

lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)

didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan

asam56

Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen

dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak

dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu

perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

2

Universitas Indonesia

memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita

TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than

Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat

menimbulkan efek resistensi obat TB8

Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk

menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan

identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang

diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan

metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9

Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi

fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh

pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan

menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat

karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan

hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna

melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9

Selain uji niasin dilakukan juga

pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium

tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut

Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara

lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu

uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan

menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan

oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-

negara berkembang910

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama

pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

3

Universitas Indonesia

terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara

immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8

Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy

dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun

extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji

identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB

menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)

Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life

sciences Germany)10

Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan

oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina

terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat

menghasilkan protein MPT6413

Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di

Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan

pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype

(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12

Perbedaan ini memunculkan pertayaan

apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64

Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat

dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan

bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang

dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan

mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan

dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk

mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia

harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal

Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain

menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

4

Universitas Indonesia

identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk

mengurangi kesalahan identifikasi

Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk

membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan

sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat

digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang

dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang

membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih

Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau

metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena

itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography

dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip

dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan

diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di

Indonesia

I2 Pertanyaan penelitian

Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan

penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif

dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT

(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip

dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR

I3 Tujuan Penelitian

a Tujuan Umum

- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi

menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)

Niasin paper strip dan uji PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

5

Universitas Indonesia

b Tujuan Khusus

- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan

alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg

) dengan mengetahui nila

sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif

dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)

sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding

dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi

dengan PCR13

- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan

cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip

dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB

I4 Manfaat Penelitian

1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau

MOTT

2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan

MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program

pemberantasan penyakit TB di Indonesia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

6

Universitas Indonesia

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

II1 Mycobacterium species

II11 Morfologi dan struktur bakteri

Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae

ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus

atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat

batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding

bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen

lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam

bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam

lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-

C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan

dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping

kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)

Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan

polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya

adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut

menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu

mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis

tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun

dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang

berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks

peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan

membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari

kuman Mycobacterium13-15

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

7

Universitas Indonesia

Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14

1 Lipid

Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul

bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel

Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari

molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk

melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen

serum

2 Protein

Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon

imun seluler penjamu terhadap infeksi16

Beberapa spesies Mycobacterium

terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan

penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein

Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi

reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)

3 Polisakarida

Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti

perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi

hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi

dengan serum pasien

II12 Fisiologi Pertumbuhan

Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa

oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-

70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini

sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda

selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

8

Universitas Indonesia

bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak

setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk

cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua

kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis

complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis

Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan

Mycobacterium mungi)1516

Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat

dibedakan menjadi empat kelompok 17

a) Kelompok 1 (Photochromogen)

Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna

kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan

Mycobacterium marinum)

b) Kelompok 2 (Scotochromogen)

Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan

(Mycobacterium scrofulaceum)

c) Kelompok 3 (Nonchromogen)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan

pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun

tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali

Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri

yang tergolong dalam koloni ini

d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh

yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus

Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

9

Universitas Indonesia

MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari

atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari

Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel

MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam

waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya

pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang

tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15

Perbedaan

dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen

antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa

air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat

membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat

warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat

tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16

Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan

kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien

seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam

amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan

bakteri18

Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media

padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37

oC Medium yang

digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ

Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium

sp15

Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang

berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat

ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama

yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB

tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

10

Universitas Indonesia

oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early

secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya

dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10

Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien

TB1819

II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis

Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB

Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan

menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk

percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit

basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam

udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam

karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021

Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau

sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo

yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih

dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau

ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis

adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara

yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang

mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu

Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan

untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari

bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T

sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )

yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam

infeksi21

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

11

Universitas Indonesia

Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak

dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar

melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah

bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar

ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya

Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif

untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering

terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis

(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk

sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya

Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang

terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan

yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi

fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin

yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon

menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921

Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru

karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan

tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan

semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan

nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus

Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam

percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau

terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa

dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan

lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

12

Universitas Indonesia

II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain

Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun

terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak

sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan

penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain

Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di

Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip

dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM

di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712

Hal ini sama dengan penelitian yang

dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan

hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di

setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12

Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang

menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti

klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323

Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis

yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23

Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya

disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24

Akhir-akhir ini beberapa

pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan

oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies

diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324

Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)

Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22

Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti

oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen

tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di

Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

13

Universitas Indonesia

oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra

paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT

lainnya23-25

Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru

yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan

Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi

kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai

spesies MOTT26

Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26

NO Daerah Frekwensi Kasus

1 Jakarta 17 TB paru

2 Padang Sumbar 802 TB paru

3 Semarang 24 TB paru

4 Surabaya 115 TB paru

5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi

6 JakartaBandung 207 TB Paru

7 JakartaBandung 188 TB ektra paru

8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta

Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar

611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi

mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

14

Universitas Indonesia

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang

Semarang dan Surabaya26

No Spesies MOTT

1 M simle 973

2 Mfortuitum 638

3 Mkansasii 1193

4 Mplhei 253

5 Mgastri 23

6 Mcheconae 33

7 Mscrofulaceum 185

8 Mavium 088

9 Msmegmatis 088

10 Mflavescens 094

11 M teracee complex 009

12 Mszulgai 7

13 Mmalmoense 45

14 Mxenopi 025

15 Mmarinum 1

16 Mgordonae 05

17 Mulcerans 0

18 Muknown 32

Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru

di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii

merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26

II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography

II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang

terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi

oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000

D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827

Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda

adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

15

Universitas Indonesia

untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media

padat18

II32 Immunochromatography MPT64

Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi

sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan

identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932

Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk

mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan

catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup

Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64

Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan

terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian

lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit

sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml

diakses tanggal 12-12-2013) 29

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

16

Universitas Indonesia

Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64

rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant

Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe

MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif

MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal

105 cfuml

31

Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh

Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana

dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat

26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip

(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv

dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410

Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan

kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan

sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan

padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133

isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif

pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil

kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan

karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432

II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)

Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor

asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme

PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat

Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

17

Universitas Indonesia

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi

PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -

Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme

PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33

Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat

tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat

PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman

dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34

Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M

fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan

konsentrasi PNB 103 - 10

5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan

pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat

dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk

menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada

kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435

II5 Niasin paper strip tes

Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak

memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa

spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang

dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36

Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat

menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa

strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB

Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 9: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

viii

Universitas Indonesia

Yang tercinta Mbk Nunung Mas Slamet Mas Bambang Mbk May

Mas Joko Mbk Nining sebagai kakak yang selalu memberikan dukungan

moril maupun materil kepada penulis dalam menyelesaikan studi ini

Eka putrisa dan Myelino Disa Kaisan Cena Disa Kavialtan istri dan

putra penulis yang telah memberikan segalanya kepada penulis agar dapat

menyelesaikan studi ini

Semoga Allah SWT melimpahkan rahmat dan hidayah-Nya kepada kita

semua Tesis ini masih jauh dari sempurna oleh karena itu saran dan

masukan sangat penulis harapkan

Jakarta 8 Januari 2014

Penulis

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

ix

Universitas Indonesia

ABSTRAK

Nama Budi Haryanto

Program studi Spesialis Mikrobiologi Klinik

Judul Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag MPT64 untuk

Diferensiasi Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan

Mycobacterium non tuberculosis Kompleks

Latar belakang Mycobacterium tuberculosis merupakan bakteri intraselular

fakultatif penyebab Tuberkulosis (TB) Jumlah penderita 17 milyar orang di

seluruh dunia dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya

Prevalensi TB di Indonesia tahun 2013 sebesar 297 per 100000 penduduk

dengan kasus baru setiap tahun mencapai 460000 kasus Total kasus hingga 2013

mencapai sekitar 800000-900000 kasus Faktor yang menghambat diagnosis TB

dapat ditegakkan adalah lamanya waktu menunggu hasil kultur dan uji

identifikasi penyebab TB Menumbuhkan kuman penyebab TB berkisar 6-8

minggu Pemeriksaan identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu

Total waktu yang diperlukan untuk pemeriksaan kultur yaitu 7-9 minggu Oleh

karena itu dibutuhkan metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat

Tujuan Penelitian ini bertujuan mendapatkan data keberhasilan identifikasi

MTB dan MOTT menggunakan alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg)

Mengetahui nilai sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif (NPP) dan Nilai

prediktif negative (NPN) dari uji imonochromatograpic (SD TB AgMPT64reg)

Metode Penelitian Menggunakan uji diagnostik baku emas yang digunakan

dalam penelitian ini dengan pemeriksaan PCR TB Sampel Penelitian ATCC

Mycobaterium non tuberculosis ( MOTT ) isolate Mycobacterium tuberculosis

H37RV dan isolat Mycobacterium tuberculosis yang merupakan bahan biologi

tersimpan milik Departemen Mikrobiologi FKUI

Hasil penelitian nilai sensitivitas dan spesifisitas ICT TB Ag MPT64 yang

diperoleh 100(IK95 904-100) dan 100(IK95 662-100) NPP

100(IK95 904-100) NPN 100(IK95 662-100) pemeriksaan

niacin dan PNB nilai sensitivitasnya 100(IK95 904-100) spesifisitas

888(IK95 517-981) dan NPP 973 (IK 95 861-996) NPN

100 (IK95 629-100)

Kesimpulan Analisis hasil penelitian ini menunjukkan uji identifikasi ICT TB

AgMPT64 memiliki nilai sensitivitas yang sama dengan uji Niasin paper strip

uji PNB LJ dan nilai spesifisitas yang lebih tinggi

Kata kunci Mycobacterium tuberculosisMycobacterium other than M

tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) denganAg MPT64 Uji Niasin

paper strip Uji PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

x

Universitas Indonesia

ABSTRACT

Name Budi Haryanto

Study Program Clinical Microbiology

Title Benefits Imunocromatography TB Ag MPT64 for

differentiation of Mycobacterium tuberculos

complex and Mycobacterium non tuberculosis

complex

Background Mycobacterium tuberculosis is a facultative intracellular bacterium

causes tuberculosis (TB)The number of patients 17 billion people around the

world and there is an addition of 3 million new cases each year The prevalence of

TB in Indonesia besad on surveillance in 2013 was to 297 per 100000 population

with new cases every year reach in 460000 cases Thus the total number of cases

to 2013 reached approximately 800000-900000 cases One of the efforts to control

the spread of infection is to diagnose TB quickly and accurately so it can be reach

all levels of society There are several factors that hamper the diagnosis of TB one

of them is the time of culture and species identification The identification

Mycobacterium is important to determine the approproate treatment Growing the

bacteria that causes TB ranges from 6-8 weeks Identification takes 3 days to 1

week So the total time required for culture is 7-9 weeks Therefore it needs a

method that can do identification more quickly and accurately

Objective Knowing the value of the sensitivity specificity positive predictive

value (NPP) and negative predictive value (NPN) of an imonochromatograpic (SD

TB AgMPT64reg) test with the gold standard TB PCR

Methods This study used a diagnostic test the gold standard used in this study

was TB PCR Sample Research ATCC mycobaterium non tuberculosis (MOTT)

and isolates of Mycobacterium tuberculosis H37Rv stock Mtuberculosis isolate

which is stored biological materials belong to Department of Microbiology

Faculty of Medicine

Results the sensitivity and specificity of ICT TB Ag MPT64 were 100(CI95

904-100) dan 100(CI95 662-100) NPP 100(CI95 904-

100) NPN 100(CI95 662-100) sensitivity of niacin paper strip dan

PNB LJ were 100(CI95 904-100) spesificity 888(IK95 517-

981) and NPP 973 (IK 95 861-995) NPN 100 (IK95 629-

100)

Conclusion Analysis of the results of this study indicate the identification of ICT

TB test AgMPT64 have the same sensitivity as niacin paper strip test PNB LJ and

had higher specificity values

Key words Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium other than M

tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) with Ag MPT64 Niacin paper

strip Test Test PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xi

Universitas Indonesia

DAFTAR ISI

HALAMAN JUDUL

HALAMAN PERNYATAAN ORSINILITAS

i

ii

LEMBAR PENGESAHAN iii

LEMBAR PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA ILMIAH iv

KATA PENGANTAR v

ABSTRAK

ABSTRACT

ix

x

DAFTAR ISI xi

DAFTAR GAMBAR xiii

DAFTAR TABEL xiv

DAFTAR LAMPIRAN

DAFTAR TANDA DAN SINGKATAN

xv

xvi

I PENDAHULUAN 1

11 Latar Belakang 1

12 PertanyaanPenelitian 4

13 Tujuan Penelitian 4

14 Manfaat Penelitian 5

II TINJAUAN PUSTAKA 6

21 Mycobacterium sp

211 Morfologi dan Struktur bakteri

212 Fisiologi Pertumbuhan

213 Patogenesis Penyakit Tuberkulosis

6

6

7

10

22 Perbedaan MTB dan MOTT di Indonesia dengan negara lain 12

23 Uji Identifikasi MPT64 14

231 MPT 64 14

232 Immunochromatography MPT64 15

24 P-Nitrobenzoic acid (PNB) 16

25 Paper strip Niasin tes 17

26 Polymerase Chain reaction (PCR) 18

Kerangka Teori 20

Konsep Penelitian 20

III METODOLOGI PENELITIAN 21

31 Desain penelitian 21

32 Waktu dan tempat penelitian 21

33 Sampel Penelitian 21

34 Perkiraan besar Sampel Penelitian 21

35 Kriteria inklusi 22

36 Alur Kerja Penelitian

361 Pembuatan isolat dari Stok Kuman MOTT

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

364 Uji Niasin dengan Paper strip

22

24

24

25

25

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xii

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrasi DNA

3652 Amplifikasi PCR

3653 Analisis Produk PCR

26

26

26

27

37 Difinisi Operasional

371 MT64 SD DUO

372 Uji PNB

373 Uji Niasin paper strip

374 Uji PCR

28

28

28

28

28

38 Analisis Data 29

4 HASIL PENELITIAN 30

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis (MOTT) 30

42 Pemeriksaan Identifikasi dengan MPT64 32

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip 33

44 Pemeriksaan Identifikasi dengan PNB LJ 34

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR 34

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin tes PNB LJ MPT64 PCR

47 Hasil Uji diagnostik dengan tabel 2x2

35

36

5 PEMBAHASAN 38

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu satu minggu

38

38

39

52 Uji Identifikasi SD TB AgMPT64 40

53 Niasin Paper strip BDreg

54 Uji PNB LJ

42

43

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 niasin PNBLJ

551 Keuntungan dan kerugian Uji MPT64

5 52 Keuntungan dan kerugian Uji NiasinPNBLJ

56 Keterbatasan Penelitian

45

45

45

46

6 KESIMPULAN DAN SARAN 47

61 Kesimpulan 47

62 Saran 48

DAFTAR PUSTAKA 49

LAMPIRAN

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xiii

Universitas Indonesia

DAFTAR GAMBAR

Gambar 21 Cara Kerja ICT Ag MPT64

15

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

17

Gambar 41 Morfologi Mycobacterium dalam medium LJ 32

Gambar 42 Hasil Pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 33

Gambar 43 Hasil Identifikasi tes Niasin paper strip 33

Gambar 44 Medium PNB LJ setelah 8 minggu 34

Gambar 45 Hasil PCR

35

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xiv

Universitas Indonesia

DAFTAR TABEL

Tabel 21 Temuan MOTT berdasar Geografis dan kasus klinis 13

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di 3 kota

besar ( Padang Semarang dan Surabaya)

14

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni 30

Tabel 42 Perhitungan Uji Diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD DUOreg

Tabel 43 Perhitungan Uji diagnosa Tabel 2x2 Niasin tes

Tabel 44 Perhitungan Uji Diagnostik Tabel 2x2 PNBLJ

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

36

36

37

37

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xv

Universitas Indonesia

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1 Hasil PCR

Lampiran 2 Foto uji identifikasi MPT64 Niasin paper strip dan PNB LJ

Lampiran 3 Distribusi Sampel Penelitian

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

Lampiran 5 Hasil Uji Niasin Paper strip

Lampiran 6 Hasil Uji PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

Lampiran 8 Hasil Rekapitulasi Uji Identifikasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xvi

Universitas Indonesia

Daftar Lambang dan Singkatan

BTA = Batang Tahan Asam

Bp = basepair

CAS = Asia Tengah

CD4 = Cluster Determinant 4

CD8 = Cluster Determinant 8

oC = Derajat celsius

CI = Confidence interval

DNA = Deoxyribonucleic acid

dNTP = Deoksinukleosida trifosfat

EAI = Afrika Timur-India

H = Haarlem

ICT = imunocromatograpi

IK = Interval kepercayaan

IFN = interferon-

kDa = Kilo dalton

LAM = Amerika latin dan Mediterania

LJ = Lowenstein ndash Jensen

MAC = Mycobacterium avium intracellular complex

MTB = Myobacterium tuberculosis kompleks

MOTT = Mycobacteria other than mycobacterium tuberculosis

MPT64 = Mycobacterium protein tuberculosis

MDR TB = multi drug resistant Tuberculosis

PCR = Polymerase chain reaction

PNB = P-Nitrobenzoic acid

SpolDB4 = spoligotype

TNFα = Tumor necrosis factor α

TB = Tuberkulosis

WHO = World Health organization

= Persen

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

1

Universitas Indonesia

BAB I

PENDAHULUAN

11 Latar Belakang

Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif

penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi

penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama

sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia

dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1

Tujuh puluh lima

persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi

penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini

Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina

India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun

2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai

460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-

900000 kasus3

Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat

antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya

penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat

keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4

Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan

mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua

lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)

didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan

asam56

Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen

dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak

dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu

perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

2

Universitas Indonesia

memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita

TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than

Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat

menimbulkan efek resistensi obat TB8

Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk

menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan

identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang

diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan

metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9

Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi

fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh

pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan

menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat

karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan

hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna

melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9

Selain uji niasin dilakukan juga

pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium

tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut

Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara

lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu

uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan

menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan

oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-

negara berkembang910

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama

pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

3

Universitas Indonesia

terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara

immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8

Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy

dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun

extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji

identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB

menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)

Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life

sciences Germany)10

Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan

oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina

terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat

menghasilkan protein MPT6413

Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di

Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan

pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype

(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12

Perbedaan ini memunculkan pertayaan

apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64

Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat

dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan

bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang

dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan

mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan

dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk

mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia

harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal

Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain

menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

4

Universitas Indonesia

identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk

mengurangi kesalahan identifikasi

Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk

membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan

sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat

digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang

dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang

membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih

Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau

metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena

itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography

dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip

dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan

diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di

Indonesia

I2 Pertanyaan penelitian

Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan

penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif

dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT

(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip

dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR

I3 Tujuan Penelitian

a Tujuan Umum

- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi

menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)

Niasin paper strip dan uji PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

5

Universitas Indonesia

b Tujuan Khusus

- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan

alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg

) dengan mengetahui nila

sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif

dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)

sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding

dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi

dengan PCR13

- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan

cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip

dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB

I4 Manfaat Penelitian

1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau

MOTT

2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan

MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program

pemberantasan penyakit TB di Indonesia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

6

Universitas Indonesia

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

II1 Mycobacterium species

II11 Morfologi dan struktur bakteri

Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae

ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus

atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat

batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding

bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen

lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam

bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam

lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-

C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan

dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping

kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)

Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan

polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya

adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut

menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu

mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis

tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun

dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang

berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks

peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan

membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari

kuman Mycobacterium13-15

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

7

Universitas Indonesia

Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14

1 Lipid

Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul

bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel

Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari

molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk

melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen

serum

2 Protein

Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon

imun seluler penjamu terhadap infeksi16

Beberapa spesies Mycobacterium

terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan

penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein

Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi

reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)

3 Polisakarida

Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti

perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi

hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi

dengan serum pasien

II12 Fisiologi Pertumbuhan

Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa

oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-

70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini

sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda

selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

8

Universitas Indonesia

bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak

setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk

cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua

kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis

complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis

Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan

Mycobacterium mungi)1516

Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat

dibedakan menjadi empat kelompok 17

a) Kelompok 1 (Photochromogen)

Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna

kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan

Mycobacterium marinum)

b) Kelompok 2 (Scotochromogen)

Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan

(Mycobacterium scrofulaceum)

c) Kelompok 3 (Nonchromogen)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan

pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun

tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali

Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri

yang tergolong dalam koloni ini

d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh

yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus

Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

9

Universitas Indonesia

MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari

atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari

Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel

MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam

waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya

pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang

tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15

Perbedaan

dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen

antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa

air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat

membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat

warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat

tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16

Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan

kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien

seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam

amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan

bakteri18

Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media

padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37

oC Medium yang

digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ

Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium

sp15

Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang

berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat

ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama

yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB

tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

10

Universitas Indonesia

oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early

secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya

dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10

Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien

TB1819

II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis

Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB

Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan

menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk

percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit

basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam

udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam

karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021

Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau

sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo

yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih

dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau

ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis

adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara

yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang

mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu

Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan

untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari

bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T

sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )

yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam

infeksi21

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

11

Universitas Indonesia

Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak

dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar

melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah

bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar

ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya

Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif

untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering

terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis

(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk

sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya

Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang

terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan

yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi

fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin

yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon

menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921

Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru

karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan

tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan

semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan

nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus

Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam

percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau

terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa

dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan

lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

12

Universitas Indonesia

II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain

Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun

terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak

sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan

penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain

Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di

Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip

dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM

di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712

Hal ini sama dengan penelitian yang

dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan

hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di

setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12

Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang

menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti

klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323

Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis

yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23

Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya

disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24

Akhir-akhir ini beberapa

pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan

oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies

diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324

Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)

Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22

Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti

oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen

tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di

Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

13

Universitas Indonesia

oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra

paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT

lainnya23-25

Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru

yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan

Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi

kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai

spesies MOTT26

Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26

NO Daerah Frekwensi Kasus

1 Jakarta 17 TB paru

2 Padang Sumbar 802 TB paru

3 Semarang 24 TB paru

4 Surabaya 115 TB paru

5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi

6 JakartaBandung 207 TB Paru

7 JakartaBandung 188 TB ektra paru

8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta

Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar

611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi

mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

14

Universitas Indonesia

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang

Semarang dan Surabaya26

No Spesies MOTT

1 M simle 973

2 Mfortuitum 638

3 Mkansasii 1193

4 Mplhei 253

5 Mgastri 23

6 Mcheconae 33

7 Mscrofulaceum 185

8 Mavium 088

9 Msmegmatis 088

10 Mflavescens 094

11 M teracee complex 009

12 Mszulgai 7

13 Mmalmoense 45

14 Mxenopi 025

15 Mmarinum 1

16 Mgordonae 05

17 Mulcerans 0

18 Muknown 32

Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru

di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii

merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26

II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography

II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang

terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi

oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000

D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827

Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda

adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

15

Universitas Indonesia

untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media

padat18

II32 Immunochromatography MPT64

Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi

sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan

identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932

Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk

mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan

catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup

Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64

Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan

terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian

lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit

sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml

diakses tanggal 12-12-2013) 29

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

16

Universitas Indonesia

Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64

rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant

Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe

MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif

MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal

105 cfuml

31

Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh

Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana

dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat

26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip

(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv

dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410

Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan

kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan

sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan

padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133

isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif

pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil

kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan

karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432

II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)

Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor

asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme

PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat

Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

17

Universitas Indonesia

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi

PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -

Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme

PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33

Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat

tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat

PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman

dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34

Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M

fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan

konsentrasi PNB 103 - 10

5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan

pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat

dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk

menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada

kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435

II5 Niasin paper strip tes

Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak

memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa

spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang

dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36

Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat

menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa

strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB

Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 10: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

ix

Universitas Indonesia

ABSTRAK

Nama Budi Haryanto

Program studi Spesialis Mikrobiologi Klinik

Judul Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag MPT64 untuk

Diferensiasi Mycobacterium tuberculosis Kompleks dan

Mycobacterium non tuberculosis Kompleks

Latar belakang Mycobacterium tuberculosis merupakan bakteri intraselular

fakultatif penyebab Tuberkulosis (TB) Jumlah penderita 17 milyar orang di

seluruh dunia dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya

Prevalensi TB di Indonesia tahun 2013 sebesar 297 per 100000 penduduk

dengan kasus baru setiap tahun mencapai 460000 kasus Total kasus hingga 2013

mencapai sekitar 800000-900000 kasus Faktor yang menghambat diagnosis TB

dapat ditegakkan adalah lamanya waktu menunggu hasil kultur dan uji

identifikasi penyebab TB Menumbuhkan kuman penyebab TB berkisar 6-8

minggu Pemeriksaan identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu

Total waktu yang diperlukan untuk pemeriksaan kultur yaitu 7-9 minggu Oleh

karena itu dibutuhkan metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat

Tujuan Penelitian ini bertujuan mendapatkan data keberhasilan identifikasi

MTB dan MOTT menggunakan alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg)

Mengetahui nilai sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif (NPP) dan Nilai

prediktif negative (NPN) dari uji imonochromatograpic (SD TB AgMPT64reg)

Metode Penelitian Menggunakan uji diagnostik baku emas yang digunakan

dalam penelitian ini dengan pemeriksaan PCR TB Sampel Penelitian ATCC

Mycobaterium non tuberculosis ( MOTT ) isolate Mycobacterium tuberculosis

H37RV dan isolat Mycobacterium tuberculosis yang merupakan bahan biologi

tersimpan milik Departemen Mikrobiologi FKUI

Hasil penelitian nilai sensitivitas dan spesifisitas ICT TB Ag MPT64 yang

diperoleh 100(IK95 904-100) dan 100(IK95 662-100) NPP

100(IK95 904-100) NPN 100(IK95 662-100) pemeriksaan

niacin dan PNB nilai sensitivitasnya 100(IK95 904-100) spesifisitas

888(IK95 517-981) dan NPP 973 (IK 95 861-996) NPN

100 (IK95 629-100)

Kesimpulan Analisis hasil penelitian ini menunjukkan uji identifikasi ICT TB

AgMPT64 memiliki nilai sensitivitas yang sama dengan uji Niasin paper strip

uji PNB LJ dan nilai spesifisitas yang lebih tinggi

Kata kunci Mycobacterium tuberculosisMycobacterium other than M

tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) denganAg MPT64 Uji Niasin

paper strip Uji PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

x

Universitas Indonesia

ABSTRACT

Name Budi Haryanto

Study Program Clinical Microbiology

Title Benefits Imunocromatography TB Ag MPT64 for

differentiation of Mycobacterium tuberculos

complex and Mycobacterium non tuberculosis

complex

Background Mycobacterium tuberculosis is a facultative intracellular bacterium

causes tuberculosis (TB)The number of patients 17 billion people around the

world and there is an addition of 3 million new cases each year The prevalence of

TB in Indonesia besad on surveillance in 2013 was to 297 per 100000 population

with new cases every year reach in 460000 cases Thus the total number of cases

to 2013 reached approximately 800000-900000 cases One of the efforts to control

the spread of infection is to diagnose TB quickly and accurately so it can be reach

all levels of society There are several factors that hamper the diagnosis of TB one

of them is the time of culture and species identification The identification

Mycobacterium is important to determine the approproate treatment Growing the

bacteria that causes TB ranges from 6-8 weeks Identification takes 3 days to 1

week So the total time required for culture is 7-9 weeks Therefore it needs a

method that can do identification more quickly and accurately

Objective Knowing the value of the sensitivity specificity positive predictive

value (NPP) and negative predictive value (NPN) of an imonochromatograpic (SD

TB AgMPT64reg) test with the gold standard TB PCR

Methods This study used a diagnostic test the gold standard used in this study

was TB PCR Sample Research ATCC mycobaterium non tuberculosis (MOTT)

and isolates of Mycobacterium tuberculosis H37Rv stock Mtuberculosis isolate

which is stored biological materials belong to Department of Microbiology

Faculty of Medicine

Results the sensitivity and specificity of ICT TB Ag MPT64 were 100(CI95

904-100) dan 100(CI95 662-100) NPP 100(CI95 904-

100) NPN 100(CI95 662-100) sensitivity of niacin paper strip dan

PNB LJ were 100(CI95 904-100) spesificity 888(IK95 517-

981) and NPP 973 (IK 95 861-995) NPN 100 (IK95 629-

100)

Conclusion Analysis of the results of this study indicate the identification of ICT

TB test AgMPT64 have the same sensitivity as niacin paper strip test PNB LJ and

had higher specificity values

Key words Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium other than M

tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) with Ag MPT64 Niacin paper

strip Test Test PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xi

Universitas Indonesia

DAFTAR ISI

HALAMAN JUDUL

HALAMAN PERNYATAAN ORSINILITAS

i

ii

LEMBAR PENGESAHAN iii

LEMBAR PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA ILMIAH iv

KATA PENGANTAR v

ABSTRAK

ABSTRACT

ix

x

DAFTAR ISI xi

DAFTAR GAMBAR xiii

DAFTAR TABEL xiv

DAFTAR LAMPIRAN

DAFTAR TANDA DAN SINGKATAN

xv

xvi

I PENDAHULUAN 1

11 Latar Belakang 1

12 PertanyaanPenelitian 4

13 Tujuan Penelitian 4

14 Manfaat Penelitian 5

II TINJAUAN PUSTAKA 6

21 Mycobacterium sp

211 Morfologi dan Struktur bakteri

212 Fisiologi Pertumbuhan

213 Patogenesis Penyakit Tuberkulosis

6

6

7

10

22 Perbedaan MTB dan MOTT di Indonesia dengan negara lain 12

23 Uji Identifikasi MPT64 14

231 MPT 64 14

232 Immunochromatography MPT64 15

24 P-Nitrobenzoic acid (PNB) 16

25 Paper strip Niasin tes 17

26 Polymerase Chain reaction (PCR) 18

Kerangka Teori 20

Konsep Penelitian 20

III METODOLOGI PENELITIAN 21

31 Desain penelitian 21

32 Waktu dan tempat penelitian 21

33 Sampel Penelitian 21

34 Perkiraan besar Sampel Penelitian 21

35 Kriteria inklusi 22

36 Alur Kerja Penelitian

361 Pembuatan isolat dari Stok Kuman MOTT

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

364 Uji Niasin dengan Paper strip

22

24

24

25

25

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xii

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrasi DNA

3652 Amplifikasi PCR

3653 Analisis Produk PCR

26

26

26

27

37 Difinisi Operasional

371 MT64 SD DUO

372 Uji PNB

373 Uji Niasin paper strip

374 Uji PCR

28

28

28

28

28

38 Analisis Data 29

4 HASIL PENELITIAN 30

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis (MOTT) 30

42 Pemeriksaan Identifikasi dengan MPT64 32

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip 33

44 Pemeriksaan Identifikasi dengan PNB LJ 34

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR 34

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin tes PNB LJ MPT64 PCR

47 Hasil Uji diagnostik dengan tabel 2x2

35

36

5 PEMBAHASAN 38

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu satu minggu

38

38

39

52 Uji Identifikasi SD TB AgMPT64 40

53 Niasin Paper strip BDreg

54 Uji PNB LJ

42

43

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 niasin PNBLJ

551 Keuntungan dan kerugian Uji MPT64

5 52 Keuntungan dan kerugian Uji NiasinPNBLJ

56 Keterbatasan Penelitian

45

45

45

46

6 KESIMPULAN DAN SARAN 47

61 Kesimpulan 47

62 Saran 48

DAFTAR PUSTAKA 49

LAMPIRAN

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xiii

Universitas Indonesia

DAFTAR GAMBAR

Gambar 21 Cara Kerja ICT Ag MPT64

15

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

17

Gambar 41 Morfologi Mycobacterium dalam medium LJ 32

Gambar 42 Hasil Pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 33

Gambar 43 Hasil Identifikasi tes Niasin paper strip 33

Gambar 44 Medium PNB LJ setelah 8 minggu 34

Gambar 45 Hasil PCR

35

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xiv

Universitas Indonesia

DAFTAR TABEL

Tabel 21 Temuan MOTT berdasar Geografis dan kasus klinis 13

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di 3 kota

besar ( Padang Semarang dan Surabaya)

14

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni 30

Tabel 42 Perhitungan Uji Diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD DUOreg

Tabel 43 Perhitungan Uji diagnosa Tabel 2x2 Niasin tes

Tabel 44 Perhitungan Uji Diagnostik Tabel 2x2 PNBLJ

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

36

36

37

37

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xv

Universitas Indonesia

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1 Hasil PCR

Lampiran 2 Foto uji identifikasi MPT64 Niasin paper strip dan PNB LJ

Lampiran 3 Distribusi Sampel Penelitian

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

Lampiran 5 Hasil Uji Niasin Paper strip

Lampiran 6 Hasil Uji PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

Lampiran 8 Hasil Rekapitulasi Uji Identifikasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xvi

Universitas Indonesia

Daftar Lambang dan Singkatan

BTA = Batang Tahan Asam

Bp = basepair

CAS = Asia Tengah

CD4 = Cluster Determinant 4

CD8 = Cluster Determinant 8

oC = Derajat celsius

CI = Confidence interval

DNA = Deoxyribonucleic acid

dNTP = Deoksinukleosida trifosfat

EAI = Afrika Timur-India

H = Haarlem

ICT = imunocromatograpi

IK = Interval kepercayaan

IFN = interferon-

kDa = Kilo dalton

LAM = Amerika latin dan Mediterania

LJ = Lowenstein ndash Jensen

MAC = Mycobacterium avium intracellular complex

MTB = Myobacterium tuberculosis kompleks

MOTT = Mycobacteria other than mycobacterium tuberculosis

MPT64 = Mycobacterium protein tuberculosis

MDR TB = multi drug resistant Tuberculosis

PCR = Polymerase chain reaction

PNB = P-Nitrobenzoic acid

SpolDB4 = spoligotype

TNFα = Tumor necrosis factor α

TB = Tuberkulosis

WHO = World Health organization

= Persen

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

1

Universitas Indonesia

BAB I

PENDAHULUAN

11 Latar Belakang

Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif

penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi

penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama

sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia

dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1

Tujuh puluh lima

persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi

penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini

Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina

India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun

2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai

460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-

900000 kasus3

Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat

antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya

penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat

keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4

Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan

mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua

lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)

didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan

asam56

Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen

dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak

dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu

perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

2

Universitas Indonesia

memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita

TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than

Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat

menimbulkan efek resistensi obat TB8

Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk

menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan

identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang

diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan

metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9

Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi

fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh

pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan

menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat

karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan

hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna

melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9

Selain uji niasin dilakukan juga

pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium

tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut

Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara

lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu

uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan

menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan

oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-

negara berkembang910

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama

pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

3

Universitas Indonesia

terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara

immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8

Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy

dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun

extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji

identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB

menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)

Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life

sciences Germany)10

Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan

oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina

terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat

menghasilkan protein MPT6413

Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di

Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan

pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype

(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12

Perbedaan ini memunculkan pertayaan

apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64

Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat

dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan

bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang

dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan

mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan

dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk

mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia

harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal

Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain

menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

4

Universitas Indonesia

identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk

mengurangi kesalahan identifikasi

Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk

membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan

sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat

digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang

dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang

membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih

Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau

metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena

itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography

dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip

dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan

diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di

Indonesia

I2 Pertanyaan penelitian

Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan

penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif

dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT

(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip

dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR

I3 Tujuan Penelitian

a Tujuan Umum

- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi

menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)

Niasin paper strip dan uji PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

5

Universitas Indonesia

b Tujuan Khusus

- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan

alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg

) dengan mengetahui nila

sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif

dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)

sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding

dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi

dengan PCR13

- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan

cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip

dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB

I4 Manfaat Penelitian

1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau

MOTT

2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan

MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program

pemberantasan penyakit TB di Indonesia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

6

Universitas Indonesia

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

II1 Mycobacterium species

II11 Morfologi dan struktur bakteri

Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae

ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus

atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat

batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding

bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen

lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam

bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam

lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-

C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan

dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping

kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)

Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan

polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya

adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut

menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu

mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis

tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun

dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang

berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks

peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan

membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari

kuman Mycobacterium13-15

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

7

Universitas Indonesia

Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14

1 Lipid

Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul

bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel

Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari

molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk

melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen

serum

2 Protein

Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon

imun seluler penjamu terhadap infeksi16

Beberapa spesies Mycobacterium

terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan

penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein

Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi

reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)

3 Polisakarida

Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti

perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi

hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi

dengan serum pasien

II12 Fisiologi Pertumbuhan

Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa

oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-

70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini

sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda

selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

8

Universitas Indonesia

bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak

setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk

cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua

kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis

complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis

Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan

Mycobacterium mungi)1516

Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat

dibedakan menjadi empat kelompok 17

a) Kelompok 1 (Photochromogen)

Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna

kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan

Mycobacterium marinum)

b) Kelompok 2 (Scotochromogen)

Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan

(Mycobacterium scrofulaceum)

c) Kelompok 3 (Nonchromogen)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan

pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun

tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali

Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri

yang tergolong dalam koloni ini

d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh

yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus

Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

9

Universitas Indonesia

MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari

atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari

Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel

MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam

waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya

pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang

tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15

Perbedaan

dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen

antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa

air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat

membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat

warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat

tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16

Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan

kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien

seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam

amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan

bakteri18

Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media

padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37

oC Medium yang

digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ

Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium

sp15

Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang

berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat

ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama

yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB

tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

10

Universitas Indonesia

oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early

secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya

dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10

Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien

TB1819

II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis

Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB

Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan

menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk

percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit

basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam

udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam

karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021

Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau

sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo

yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih

dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau

ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis

adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara

yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang

mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu

Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan

untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari

bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T

sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )

yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam

infeksi21

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

11

Universitas Indonesia

Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak

dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar

melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah

bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar

ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya

Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif

untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering

terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis

(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk

sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya

Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang

terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan

yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi

fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin

yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon

menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921

Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru

karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan

tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan

semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan

nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus

Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam

percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau

terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa

dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan

lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

12

Universitas Indonesia

II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain

Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun

terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak

sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan

penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain

Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di

Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip

dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM

di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712

Hal ini sama dengan penelitian yang

dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan

hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di

setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12

Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang

menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti

klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323

Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis

yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23

Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya

disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24

Akhir-akhir ini beberapa

pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan

oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies

diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324

Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)

Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22

Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti

oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen

tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di

Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

13

Universitas Indonesia

oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra

paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT

lainnya23-25

Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru

yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan

Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi

kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai

spesies MOTT26

Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26

NO Daerah Frekwensi Kasus

1 Jakarta 17 TB paru

2 Padang Sumbar 802 TB paru

3 Semarang 24 TB paru

4 Surabaya 115 TB paru

5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi

6 JakartaBandung 207 TB Paru

7 JakartaBandung 188 TB ektra paru

8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta

Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar

611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi

mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

14

Universitas Indonesia

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang

Semarang dan Surabaya26

No Spesies MOTT

1 M simle 973

2 Mfortuitum 638

3 Mkansasii 1193

4 Mplhei 253

5 Mgastri 23

6 Mcheconae 33

7 Mscrofulaceum 185

8 Mavium 088

9 Msmegmatis 088

10 Mflavescens 094

11 M teracee complex 009

12 Mszulgai 7

13 Mmalmoense 45

14 Mxenopi 025

15 Mmarinum 1

16 Mgordonae 05

17 Mulcerans 0

18 Muknown 32

Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru

di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii

merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26

II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography

II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang

terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi

oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000

D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827

Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda

adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

15

Universitas Indonesia

untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media

padat18

II32 Immunochromatography MPT64

Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi

sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan

identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932

Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk

mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan

catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup

Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64

Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan

terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian

lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit

sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml

diakses tanggal 12-12-2013) 29

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

16

Universitas Indonesia

Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64

rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant

Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe

MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif

MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal

105 cfuml

31

Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh

Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana

dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat

26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip

(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv

dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410

Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan

kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan

sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan

padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133

isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif

pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil

kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan

karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432

II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)

Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor

asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme

PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat

Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

17

Universitas Indonesia

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi

PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -

Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme

PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33

Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat

tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat

PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman

dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34

Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M

fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan

konsentrasi PNB 103 - 10

5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan

pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat

dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk

menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada

kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435

II5 Niasin paper strip tes

Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak

memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa

spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang

dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36

Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat

menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa

strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB

Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 11: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

x

Universitas Indonesia

ABSTRACT

Name Budi Haryanto

Study Program Clinical Microbiology

Title Benefits Imunocromatography TB Ag MPT64 for

differentiation of Mycobacterium tuberculos

complex and Mycobacterium non tuberculosis

complex

Background Mycobacterium tuberculosis is a facultative intracellular bacterium

causes tuberculosis (TB)The number of patients 17 billion people around the

world and there is an addition of 3 million new cases each year The prevalence of

TB in Indonesia besad on surveillance in 2013 was to 297 per 100000 population

with new cases every year reach in 460000 cases Thus the total number of cases

to 2013 reached approximately 800000-900000 cases One of the efforts to control

the spread of infection is to diagnose TB quickly and accurately so it can be reach

all levels of society There are several factors that hamper the diagnosis of TB one

of them is the time of culture and species identification The identification

Mycobacterium is important to determine the approproate treatment Growing the

bacteria that causes TB ranges from 6-8 weeks Identification takes 3 days to 1

week So the total time required for culture is 7-9 weeks Therefore it needs a

method that can do identification more quickly and accurately

Objective Knowing the value of the sensitivity specificity positive predictive

value (NPP) and negative predictive value (NPN) of an imonochromatograpic (SD

TB AgMPT64reg) test with the gold standard TB PCR

Methods This study used a diagnostic test the gold standard used in this study

was TB PCR Sample Research ATCC mycobaterium non tuberculosis (MOTT)

and isolates of Mycobacterium tuberculosis H37Rv stock Mtuberculosis isolate

which is stored biological materials belong to Department of Microbiology

Faculty of Medicine

Results the sensitivity and specificity of ICT TB Ag MPT64 were 100(CI95

904-100) dan 100(CI95 662-100) NPP 100(CI95 904-

100) NPN 100(CI95 662-100) sensitivity of niacin paper strip dan

PNB LJ were 100(CI95 904-100) spesificity 888(IK95 517-

981) and NPP 973 (IK 95 861-995) NPN 100 (IK95 629-

100)

Conclusion Analysis of the results of this study indicate the identification of ICT

TB test AgMPT64 have the same sensitivity as niacin paper strip test PNB LJ and

had higher specificity values

Key words Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium other than M

tuberculosis (MOTT) imunocromatograpi (ICT) with Ag MPT64 Niacin paper

strip Test Test PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xi

Universitas Indonesia

DAFTAR ISI

HALAMAN JUDUL

HALAMAN PERNYATAAN ORSINILITAS

i

ii

LEMBAR PENGESAHAN iii

LEMBAR PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA ILMIAH iv

KATA PENGANTAR v

ABSTRAK

ABSTRACT

ix

x

DAFTAR ISI xi

DAFTAR GAMBAR xiii

DAFTAR TABEL xiv

DAFTAR LAMPIRAN

DAFTAR TANDA DAN SINGKATAN

xv

xvi

I PENDAHULUAN 1

11 Latar Belakang 1

12 PertanyaanPenelitian 4

13 Tujuan Penelitian 4

14 Manfaat Penelitian 5

II TINJAUAN PUSTAKA 6

21 Mycobacterium sp

211 Morfologi dan Struktur bakteri

212 Fisiologi Pertumbuhan

213 Patogenesis Penyakit Tuberkulosis

6

6

7

10

22 Perbedaan MTB dan MOTT di Indonesia dengan negara lain 12

23 Uji Identifikasi MPT64 14

231 MPT 64 14

232 Immunochromatography MPT64 15

24 P-Nitrobenzoic acid (PNB) 16

25 Paper strip Niasin tes 17

26 Polymerase Chain reaction (PCR) 18

Kerangka Teori 20

Konsep Penelitian 20

III METODOLOGI PENELITIAN 21

31 Desain penelitian 21

32 Waktu dan tempat penelitian 21

33 Sampel Penelitian 21

34 Perkiraan besar Sampel Penelitian 21

35 Kriteria inklusi 22

36 Alur Kerja Penelitian

361 Pembuatan isolat dari Stok Kuman MOTT

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

364 Uji Niasin dengan Paper strip

22

24

24

25

25

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xii

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrasi DNA

3652 Amplifikasi PCR

3653 Analisis Produk PCR

26

26

26

27

37 Difinisi Operasional

371 MT64 SD DUO

372 Uji PNB

373 Uji Niasin paper strip

374 Uji PCR

28

28

28

28

28

38 Analisis Data 29

4 HASIL PENELITIAN 30

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis (MOTT) 30

42 Pemeriksaan Identifikasi dengan MPT64 32

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip 33

44 Pemeriksaan Identifikasi dengan PNB LJ 34

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR 34

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin tes PNB LJ MPT64 PCR

47 Hasil Uji diagnostik dengan tabel 2x2

35

36

5 PEMBAHASAN 38

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu satu minggu

38

38

39

52 Uji Identifikasi SD TB AgMPT64 40

53 Niasin Paper strip BDreg

54 Uji PNB LJ

42

43

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 niasin PNBLJ

551 Keuntungan dan kerugian Uji MPT64

5 52 Keuntungan dan kerugian Uji NiasinPNBLJ

56 Keterbatasan Penelitian

45

45

45

46

6 KESIMPULAN DAN SARAN 47

61 Kesimpulan 47

62 Saran 48

DAFTAR PUSTAKA 49

LAMPIRAN

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xiii

Universitas Indonesia

DAFTAR GAMBAR

Gambar 21 Cara Kerja ICT Ag MPT64

15

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

17

Gambar 41 Morfologi Mycobacterium dalam medium LJ 32

Gambar 42 Hasil Pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 33

Gambar 43 Hasil Identifikasi tes Niasin paper strip 33

Gambar 44 Medium PNB LJ setelah 8 minggu 34

Gambar 45 Hasil PCR

35

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xiv

Universitas Indonesia

DAFTAR TABEL

Tabel 21 Temuan MOTT berdasar Geografis dan kasus klinis 13

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di 3 kota

besar ( Padang Semarang dan Surabaya)

14

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni 30

Tabel 42 Perhitungan Uji Diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD DUOreg

Tabel 43 Perhitungan Uji diagnosa Tabel 2x2 Niasin tes

Tabel 44 Perhitungan Uji Diagnostik Tabel 2x2 PNBLJ

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

36

36

37

37

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xv

Universitas Indonesia

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1 Hasil PCR

Lampiran 2 Foto uji identifikasi MPT64 Niasin paper strip dan PNB LJ

Lampiran 3 Distribusi Sampel Penelitian

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

Lampiran 5 Hasil Uji Niasin Paper strip

Lampiran 6 Hasil Uji PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

Lampiran 8 Hasil Rekapitulasi Uji Identifikasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xvi

Universitas Indonesia

Daftar Lambang dan Singkatan

BTA = Batang Tahan Asam

Bp = basepair

CAS = Asia Tengah

CD4 = Cluster Determinant 4

CD8 = Cluster Determinant 8

oC = Derajat celsius

CI = Confidence interval

DNA = Deoxyribonucleic acid

dNTP = Deoksinukleosida trifosfat

EAI = Afrika Timur-India

H = Haarlem

ICT = imunocromatograpi

IK = Interval kepercayaan

IFN = interferon-

kDa = Kilo dalton

LAM = Amerika latin dan Mediterania

LJ = Lowenstein ndash Jensen

MAC = Mycobacterium avium intracellular complex

MTB = Myobacterium tuberculosis kompleks

MOTT = Mycobacteria other than mycobacterium tuberculosis

MPT64 = Mycobacterium protein tuberculosis

MDR TB = multi drug resistant Tuberculosis

PCR = Polymerase chain reaction

PNB = P-Nitrobenzoic acid

SpolDB4 = spoligotype

TNFα = Tumor necrosis factor α

TB = Tuberkulosis

WHO = World Health organization

= Persen

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

1

Universitas Indonesia

BAB I

PENDAHULUAN

11 Latar Belakang

Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif

penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi

penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama

sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia

dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1

Tujuh puluh lima

persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi

penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini

Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina

India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun

2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai

460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-

900000 kasus3

Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat

antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya

penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat

keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4

Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan

mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua

lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)

didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan

asam56

Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen

dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak

dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu

perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

2

Universitas Indonesia

memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita

TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than

Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat

menimbulkan efek resistensi obat TB8

Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk

menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan

identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang

diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan

metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9

Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi

fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh

pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan

menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat

karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan

hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna

melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9

Selain uji niasin dilakukan juga

pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium

tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut

Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara

lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu

uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan

menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan

oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-

negara berkembang910

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama

pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

3

Universitas Indonesia

terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara

immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8

Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy

dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun

extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji

identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB

menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)

Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life

sciences Germany)10

Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan

oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina

terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat

menghasilkan protein MPT6413

Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di

Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan

pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype

(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12

Perbedaan ini memunculkan pertayaan

apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64

Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat

dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan

bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang

dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan

mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan

dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk

mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia

harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal

Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain

menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

4

Universitas Indonesia

identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk

mengurangi kesalahan identifikasi

Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk

membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan

sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat

digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang

dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang

membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih

Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau

metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena

itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography

dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip

dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan

diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di

Indonesia

I2 Pertanyaan penelitian

Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan

penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif

dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT

(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip

dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR

I3 Tujuan Penelitian

a Tujuan Umum

- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi

menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)

Niasin paper strip dan uji PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

5

Universitas Indonesia

b Tujuan Khusus

- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan

alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg

) dengan mengetahui nila

sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif

dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)

sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding

dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi

dengan PCR13

- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan

cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip

dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB

I4 Manfaat Penelitian

1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau

MOTT

2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan

MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program

pemberantasan penyakit TB di Indonesia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

6

Universitas Indonesia

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

II1 Mycobacterium species

II11 Morfologi dan struktur bakteri

Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae

ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus

atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat

batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding

bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen

lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam

bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam

lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-

C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan

dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping

kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)

Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan

polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya

adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut

menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu

mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis

tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun

dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang

berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks

peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan

membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari

kuman Mycobacterium13-15

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

7

Universitas Indonesia

Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14

1 Lipid

Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul

bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel

Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari

molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk

melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen

serum

2 Protein

Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon

imun seluler penjamu terhadap infeksi16

Beberapa spesies Mycobacterium

terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan

penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein

Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi

reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)

3 Polisakarida

Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti

perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi

hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi

dengan serum pasien

II12 Fisiologi Pertumbuhan

Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa

oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-

70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini

sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda

selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

8

Universitas Indonesia

bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak

setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk

cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua

kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis

complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis

Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan

Mycobacterium mungi)1516

Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat

dibedakan menjadi empat kelompok 17

a) Kelompok 1 (Photochromogen)

Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna

kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan

Mycobacterium marinum)

b) Kelompok 2 (Scotochromogen)

Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan

(Mycobacterium scrofulaceum)

c) Kelompok 3 (Nonchromogen)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan

pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun

tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali

Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri

yang tergolong dalam koloni ini

d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh

yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus

Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

9

Universitas Indonesia

MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari

atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari

Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel

MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam

waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya

pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang

tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15

Perbedaan

dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen

antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa

air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat

membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat

warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat

tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16

Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan

kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien

seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam

amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan

bakteri18

Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media

padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37

oC Medium yang

digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ

Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium

sp15

Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang

berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat

ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama

yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB

tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

10

Universitas Indonesia

oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early

secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya

dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10

Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien

TB1819

II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis

Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB

Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan

menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk

percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit

basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam

udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam

karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021

Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau

sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo

yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih

dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau

ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis

adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara

yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang

mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu

Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan

untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari

bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T

sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )

yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam

infeksi21

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

11

Universitas Indonesia

Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak

dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar

melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah

bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar

ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya

Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif

untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering

terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis

(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk

sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya

Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang

terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan

yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi

fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin

yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon

menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921

Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru

karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan

tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan

semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan

nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus

Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam

percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau

terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa

dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan

lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

12

Universitas Indonesia

II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain

Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun

terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak

sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan

penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain

Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di

Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip

dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM

di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712

Hal ini sama dengan penelitian yang

dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan

hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di

setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12

Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang

menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti

klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323

Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis

yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23

Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya

disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24

Akhir-akhir ini beberapa

pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan

oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies

diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324

Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)

Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22

Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti

oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen

tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di

Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

13

Universitas Indonesia

oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra

paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT

lainnya23-25

Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru

yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan

Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi

kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai

spesies MOTT26

Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26

NO Daerah Frekwensi Kasus

1 Jakarta 17 TB paru

2 Padang Sumbar 802 TB paru

3 Semarang 24 TB paru

4 Surabaya 115 TB paru

5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi

6 JakartaBandung 207 TB Paru

7 JakartaBandung 188 TB ektra paru

8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta

Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar

611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi

mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

14

Universitas Indonesia

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang

Semarang dan Surabaya26

No Spesies MOTT

1 M simle 973

2 Mfortuitum 638

3 Mkansasii 1193

4 Mplhei 253

5 Mgastri 23

6 Mcheconae 33

7 Mscrofulaceum 185

8 Mavium 088

9 Msmegmatis 088

10 Mflavescens 094

11 M teracee complex 009

12 Mszulgai 7

13 Mmalmoense 45

14 Mxenopi 025

15 Mmarinum 1

16 Mgordonae 05

17 Mulcerans 0

18 Muknown 32

Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru

di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii

merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26

II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography

II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang

terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi

oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000

D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827

Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda

adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

15

Universitas Indonesia

untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media

padat18

II32 Immunochromatography MPT64

Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi

sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan

identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932

Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk

mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan

catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup

Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64

Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan

terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian

lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit

sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml

diakses tanggal 12-12-2013) 29

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

16

Universitas Indonesia

Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64

rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant

Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe

MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif

MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal

105 cfuml

31

Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh

Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana

dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat

26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip

(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv

dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410

Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan

kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan

sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan

padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133

isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif

pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil

kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan

karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432

II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)

Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor

asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme

PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat

Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

17

Universitas Indonesia

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi

PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -

Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme

PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33

Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat

tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat

PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman

dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34

Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M

fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan

konsentrasi PNB 103 - 10

5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan

pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat

dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk

menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada

kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435

II5 Niasin paper strip tes

Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak

memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa

spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang

dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36

Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat

menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa

strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB

Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 12: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

xi

Universitas Indonesia

DAFTAR ISI

HALAMAN JUDUL

HALAMAN PERNYATAAN ORSINILITAS

i

ii

LEMBAR PENGESAHAN iii

LEMBAR PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA ILMIAH iv

KATA PENGANTAR v

ABSTRAK

ABSTRACT

ix

x

DAFTAR ISI xi

DAFTAR GAMBAR xiii

DAFTAR TABEL xiv

DAFTAR LAMPIRAN

DAFTAR TANDA DAN SINGKATAN

xv

xvi

I PENDAHULUAN 1

11 Latar Belakang 1

12 PertanyaanPenelitian 4

13 Tujuan Penelitian 4

14 Manfaat Penelitian 5

II TINJAUAN PUSTAKA 6

21 Mycobacterium sp

211 Morfologi dan Struktur bakteri

212 Fisiologi Pertumbuhan

213 Patogenesis Penyakit Tuberkulosis

6

6

7

10

22 Perbedaan MTB dan MOTT di Indonesia dengan negara lain 12

23 Uji Identifikasi MPT64 14

231 MPT 64 14

232 Immunochromatography MPT64 15

24 P-Nitrobenzoic acid (PNB) 16

25 Paper strip Niasin tes 17

26 Polymerase Chain reaction (PCR) 18

Kerangka Teori 20

Konsep Penelitian 20

III METODOLOGI PENELITIAN 21

31 Desain penelitian 21

32 Waktu dan tempat penelitian 21

33 Sampel Penelitian 21

34 Perkiraan besar Sampel Penelitian 21

35 Kriteria inklusi 22

36 Alur Kerja Penelitian

361 Pembuatan isolat dari Stok Kuman MOTT

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

364 Uji Niasin dengan Paper strip

22

24

24

25

25

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xii

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrasi DNA

3652 Amplifikasi PCR

3653 Analisis Produk PCR

26

26

26

27

37 Difinisi Operasional

371 MT64 SD DUO

372 Uji PNB

373 Uji Niasin paper strip

374 Uji PCR

28

28

28

28

28

38 Analisis Data 29

4 HASIL PENELITIAN 30

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis (MOTT) 30

42 Pemeriksaan Identifikasi dengan MPT64 32

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip 33

44 Pemeriksaan Identifikasi dengan PNB LJ 34

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR 34

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin tes PNB LJ MPT64 PCR

47 Hasil Uji diagnostik dengan tabel 2x2

35

36

5 PEMBAHASAN 38

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu satu minggu

38

38

39

52 Uji Identifikasi SD TB AgMPT64 40

53 Niasin Paper strip BDreg

54 Uji PNB LJ

42

43

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 niasin PNBLJ

551 Keuntungan dan kerugian Uji MPT64

5 52 Keuntungan dan kerugian Uji NiasinPNBLJ

56 Keterbatasan Penelitian

45

45

45

46

6 KESIMPULAN DAN SARAN 47

61 Kesimpulan 47

62 Saran 48

DAFTAR PUSTAKA 49

LAMPIRAN

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xiii

Universitas Indonesia

DAFTAR GAMBAR

Gambar 21 Cara Kerja ICT Ag MPT64

15

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

17

Gambar 41 Morfologi Mycobacterium dalam medium LJ 32

Gambar 42 Hasil Pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 33

Gambar 43 Hasil Identifikasi tes Niasin paper strip 33

Gambar 44 Medium PNB LJ setelah 8 minggu 34

Gambar 45 Hasil PCR

35

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xiv

Universitas Indonesia

DAFTAR TABEL

Tabel 21 Temuan MOTT berdasar Geografis dan kasus klinis 13

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di 3 kota

besar ( Padang Semarang dan Surabaya)

14

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni 30

Tabel 42 Perhitungan Uji Diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD DUOreg

Tabel 43 Perhitungan Uji diagnosa Tabel 2x2 Niasin tes

Tabel 44 Perhitungan Uji Diagnostik Tabel 2x2 PNBLJ

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

36

36

37

37

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xv

Universitas Indonesia

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1 Hasil PCR

Lampiran 2 Foto uji identifikasi MPT64 Niasin paper strip dan PNB LJ

Lampiran 3 Distribusi Sampel Penelitian

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

Lampiran 5 Hasil Uji Niasin Paper strip

Lampiran 6 Hasil Uji PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

Lampiran 8 Hasil Rekapitulasi Uji Identifikasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xvi

Universitas Indonesia

Daftar Lambang dan Singkatan

BTA = Batang Tahan Asam

Bp = basepair

CAS = Asia Tengah

CD4 = Cluster Determinant 4

CD8 = Cluster Determinant 8

oC = Derajat celsius

CI = Confidence interval

DNA = Deoxyribonucleic acid

dNTP = Deoksinukleosida trifosfat

EAI = Afrika Timur-India

H = Haarlem

ICT = imunocromatograpi

IK = Interval kepercayaan

IFN = interferon-

kDa = Kilo dalton

LAM = Amerika latin dan Mediterania

LJ = Lowenstein ndash Jensen

MAC = Mycobacterium avium intracellular complex

MTB = Myobacterium tuberculosis kompleks

MOTT = Mycobacteria other than mycobacterium tuberculosis

MPT64 = Mycobacterium protein tuberculosis

MDR TB = multi drug resistant Tuberculosis

PCR = Polymerase chain reaction

PNB = P-Nitrobenzoic acid

SpolDB4 = spoligotype

TNFα = Tumor necrosis factor α

TB = Tuberkulosis

WHO = World Health organization

= Persen

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

1

Universitas Indonesia

BAB I

PENDAHULUAN

11 Latar Belakang

Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif

penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi

penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama

sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia

dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1

Tujuh puluh lima

persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi

penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini

Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina

India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun

2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai

460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-

900000 kasus3

Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat

antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya

penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat

keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4

Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan

mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua

lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)

didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan

asam56

Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen

dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak

dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu

perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

2

Universitas Indonesia

memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita

TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than

Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat

menimbulkan efek resistensi obat TB8

Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk

menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan

identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang

diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan

metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9

Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi

fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh

pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan

menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat

karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan

hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna

melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9

Selain uji niasin dilakukan juga

pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium

tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut

Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara

lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu

uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan

menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan

oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-

negara berkembang910

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama

pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

3

Universitas Indonesia

terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara

immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8

Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy

dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun

extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji

identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB

menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)

Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life

sciences Germany)10

Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan

oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina

terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat

menghasilkan protein MPT6413

Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di

Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan

pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype

(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12

Perbedaan ini memunculkan pertayaan

apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64

Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat

dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan

bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang

dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan

mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan

dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk

mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia

harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal

Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain

menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

4

Universitas Indonesia

identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk

mengurangi kesalahan identifikasi

Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk

membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan

sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat

digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang

dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang

membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih

Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau

metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena

itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography

dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip

dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan

diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di

Indonesia

I2 Pertanyaan penelitian

Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan

penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif

dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT

(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip

dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR

I3 Tujuan Penelitian

a Tujuan Umum

- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi

menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)

Niasin paper strip dan uji PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

5

Universitas Indonesia

b Tujuan Khusus

- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan

alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg

) dengan mengetahui nila

sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif

dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)

sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding

dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi

dengan PCR13

- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan

cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip

dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB

I4 Manfaat Penelitian

1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau

MOTT

2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan

MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program

pemberantasan penyakit TB di Indonesia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

6

Universitas Indonesia

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

II1 Mycobacterium species

II11 Morfologi dan struktur bakteri

Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae

ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus

atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat

batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding

bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen

lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam

bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam

lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-

C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan

dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping

kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)

Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan

polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya

adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut

menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu

mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis

tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun

dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang

berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks

peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan

membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari

kuman Mycobacterium13-15

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

7

Universitas Indonesia

Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14

1 Lipid

Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul

bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel

Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari

molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk

melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen

serum

2 Protein

Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon

imun seluler penjamu terhadap infeksi16

Beberapa spesies Mycobacterium

terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan

penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein

Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi

reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)

3 Polisakarida

Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti

perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi

hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi

dengan serum pasien

II12 Fisiologi Pertumbuhan

Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa

oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-

70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini

sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda

selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

8

Universitas Indonesia

bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak

setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk

cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua

kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis

complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis

Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan

Mycobacterium mungi)1516

Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat

dibedakan menjadi empat kelompok 17

a) Kelompok 1 (Photochromogen)

Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna

kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan

Mycobacterium marinum)

b) Kelompok 2 (Scotochromogen)

Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan

(Mycobacterium scrofulaceum)

c) Kelompok 3 (Nonchromogen)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan

pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun

tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali

Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri

yang tergolong dalam koloni ini

d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh

yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus

Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

9

Universitas Indonesia

MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari

atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari

Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel

MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam

waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya

pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang

tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15

Perbedaan

dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen

antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa

air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat

membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat

warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat

tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16

Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan

kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien

seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam

amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan

bakteri18

Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media

padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37

oC Medium yang

digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ

Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium

sp15

Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang

berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat

ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama

yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB

tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

10

Universitas Indonesia

oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early

secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya

dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10

Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien

TB1819

II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis

Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB

Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan

menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk

percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit

basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam

udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam

karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021

Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau

sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo

yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih

dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau

ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis

adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara

yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang

mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu

Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan

untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari

bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T

sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )

yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam

infeksi21

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

11

Universitas Indonesia

Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak

dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar

melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah

bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar

ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya

Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif

untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering

terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis

(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk

sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya

Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang

terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan

yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi

fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin

yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon

menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921

Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru

karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan

tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan

semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan

nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus

Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam

percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau

terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa

dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan

lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

12

Universitas Indonesia

II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain

Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun

terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak

sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan

penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain

Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di

Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip

dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM

di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712

Hal ini sama dengan penelitian yang

dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan

hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di

setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12

Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang

menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti

klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323

Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis

yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23

Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya

disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24

Akhir-akhir ini beberapa

pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan

oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies

diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324

Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)

Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22

Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti

oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen

tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di

Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

13

Universitas Indonesia

oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra

paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT

lainnya23-25

Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru

yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan

Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi

kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai

spesies MOTT26

Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26

NO Daerah Frekwensi Kasus

1 Jakarta 17 TB paru

2 Padang Sumbar 802 TB paru

3 Semarang 24 TB paru

4 Surabaya 115 TB paru

5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi

6 JakartaBandung 207 TB Paru

7 JakartaBandung 188 TB ektra paru

8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta

Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar

611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi

mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

14

Universitas Indonesia

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang

Semarang dan Surabaya26

No Spesies MOTT

1 M simle 973

2 Mfortuitum 638

3 Mkansasii 1193

4 Mplhei 253

5 Mgastri 23

6 Mcheconae 33

7 Mscrofulaceum 185

8 Mavium 088

9 Msmegmatis 088

10 Mflavescens 094

11 M teracee complex 009

12 Mszulgai 7

13 Mmalmoense 45

14 Mxenopi 025

15 Mmarinum 1

16 Mgordonae 05

17 Mulcerans 0

18 Muknown 32

Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru

di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii

merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26

II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography

II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang

terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi

oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000

D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827

Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda

adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

15

Universitas Indonesia

untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media

padat18

II32 Immunochromatography MPT64

Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi

sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan

identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932

Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk

mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan

catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup

Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64

Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan

terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian

lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit

sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml

diakses tanggal 12-12-2013) 29

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

16

Universitas Indonesia

Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64

rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant

Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe

MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif

MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal

105 cfuml

31

Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh

Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana

dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat

26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip

(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv

dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410

Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan

kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan

sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan

padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133

isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif

pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil

kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan

karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432

II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)

Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor

asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme

PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat

Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

17

Universitas Indonesia

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi

PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -

Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme

PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33

Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat

tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat

PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman

dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34

Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M

fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan

konsentrasi PNB 103 - 10

5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan

pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat

dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk

menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada

kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435

II5 Niasin paper strip tes

Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak

memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa

spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang

dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36

Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat

menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa

strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB

Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 13: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

xii

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrasi DNA

3652 Amplifikasi PCR

3653 Analisis Produk PCR

26

26

26

27

37 Difinisi Operasional

371 MT64 SD DUO

372 Uji PNB

373 Uji Niasin paper strip

374 Uji PCR

28

28

28

28

28

38 Analisis Data 29

4 HASIL PENELITIAN 30

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis (MOTT) 30

42 Pemeriksaan Identifikasi dengan MPT64 32

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip 33

44 Pemeriksaan Identifikasi dengan PNB LJ 34

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR 34

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin tes PNB LJ MPT64 PCR

47 Hasil Uji diagnostik dengan tabel 2x2

35

36

5 PEMBAHASAN 38

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu satu minggu

38

38

39

52 Uji Identifikasi SD TB AgMPT64 40

53 Niasin Paper strip BDreg

54 Uji PNB LJ

42

43

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 niasin PNBLJ

551 Keuntungan dan kerugian Uji MPT64

5 52 Keuntungan dan kerugian Uji NiasinPNBLJ

56 Keterbatasan Penelitian

45

45

45

46

6 KESIMPULAN DAN SARAN 47

61 Kesimpulan 47

62 Saran 48

DAFTAR PUSTAKA 49

LAMPIRAN

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xiii

Universitas Indonesia

DAFTAR GAMBAR

Gambar 21 Cara Kerja ICT Ag MPT64

15

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

17

Gambar 41 Morfologi Mycobacterium dalam medium LJ 32

Gambar 42 Hasil Pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 33

Gambar 43 Hasil Identifikasi tes Niasin paper strip 33

Gambar 44 Medium PNB LJ setelah 8 minggu 34

Gambar 45 Hasil PCR

35

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xiv

Universitas Indonesia

DAFTAR TABEL

Tabel 21 Temuan MOTT berdasar Geografis dan kasus klinis 13

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di 3 kota

besar ( Padang Semarang dan Surabaya)

14

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni 30

Tabel 42 Perhitungan Uji Diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD DUOreg

Tabel 43 Perhitungan Uji diagnosa Tabel 2x2 Niasin tes

Tabel 44 Perhitungan Uji Diagnostik Tabel 2x2 PNBLJ

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

36

36

37

37

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xv

Universitas Indonesia

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1 Hasil PCR

Lampiran 2 Foto uji identifikasi MPT64 Niasin paper strip dan PNB LJ

Lampiran 3 Distribusi Sampel Penelitian

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

Lampiran 5 Hasil Uji Niasin Paper strip

Lampiran 6 Hasil Uji PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

Lampiran 8 Hasil Rekapitulasi Uji Identifikasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xvi

Universitas Indonesia

Daftar Lambang dan Singkatan

BTA = Batang Tahan Asam

Bp = basepair

CAS = Asia Tengah

CD4 = Cluster Determinant 4

CD8 = Cluster Determinant 8

oC = Derajat celsius

CI = Confidence interval

DNA = Deoxyribonucleic acid

dNTP = Deoksinukleosida trifosfat

EAI = Afrika Timur-India

H = Haarlem

ICT = imunocromatograpi

IK = Interval kepercayaan

IFN = interferon-

kDa = Kilo dalton

LAM = Amerika latin dan Mediterania

LJ = Lowenstein ndash Jensen

MAC = Mycobacterium avium intracellular complex

MTB = Myobacterium tuberculosis kompleks

MOTT = Mycobacteria other than mycobacterium tuberculosis

MPT64 = Mycobacterium protein tuberculosis

MDR TB = multi drug resistant Tuberculosis

PCR = Polymerase chain reaction

PNB = P-Nitrobenzoic acid

SpolDB4 = spoligotype

TNFα = Tumor necrosis factor α

TB = Tuberkulosis

WHO = World Health organization

= Persen

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

1

Universitas Indonesia

BAB I

PENDAHULUAN

11 Latar Belakang

Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif

penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi

penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama

sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia

dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1

Tujuh puluh lima

persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi

penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini

Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina

India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun

2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai

460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-

900000 kasus3

Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat

antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya

penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat

keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4

Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan

mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua

lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)

didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan

asam56

Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen

dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak

dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu

perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

2

Universitas Indonesia

memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita

TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than

Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat

menimbulkan efek resistensi obat TB8

Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk

menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan

identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang

diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan

metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9

Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi

fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh

pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan

menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat

karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan

hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna

melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9

Selain uji niasin dilakukan juga

pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium

tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut

Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara

lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu

uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan

menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan

oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-

negara berkembang910

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama

pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

3

Universitas Indonesia

terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara

immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8

Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy

dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun

extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji

identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB

menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)

Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life

sciences Germany)10

Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan

oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina

terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat

menghasilkan protein MPT6413

Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di

Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan

pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype

(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12

Perbedaan ini memunculkan pertayaan

apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64

Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat

dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan

bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang

dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan

mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan

dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk

mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia

harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal

Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain

menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

4

Universitas Indonesia

identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk

mengurangi kesalahan identifikasi

Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk

membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan

sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat

digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang

dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang

membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih

Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau

metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena

itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography

dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip

dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan

diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di

Indonesia

I2 Pertanyaan penelitian

Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan

penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif

dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT

(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip

dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR

I3 Tujuan Penelitian

a Tujuan Umum

- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi

menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)

Niasin paper strip dan uji PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

5

Universitas Indonesia

b Tujuan Khusus

- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan

alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg

) dengan mengetahui nila

sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif

dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)

sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding

dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi

dengan PCR13

- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan

cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip

dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB

I4 Manfaat Penelitian

1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau

MOTT

2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan

MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program

pemberantasan penyakit TB di Indonesia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

6

Universitas Indonesia

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

II1 Mycobacterium species

II11 Morfologi dan struktur bakteri

Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae

ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus

atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat

batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding

bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen

lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam

bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam

lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-

C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan

dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping

kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)

Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan

polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya

adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut

menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu

mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis

tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun

dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang

berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks

peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan

membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari

kuman Mycobacterium13-15

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

7

Universitas Indonesia

Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14

1 Lipid

Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul

bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel

Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari

molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk

melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen

serum

2 Protein

Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon

imun seluler penjamu terhadap infeksi16

Beberapa spesies Mycobacterium

terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan

penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein

Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi

reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)

3 Polisakarida

Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti

perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi

hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi

dengan serum pasien

II12 Fisiologi Pertumbuhan

Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa

oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-

70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini

sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda

selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

8

Universitas Indonesia

bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak

setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk

cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua

kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis

complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis

Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan

Mycobacterium mungi)1516

Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat

dibedakan menjadi empat kelompok 17

a) Kelompok 1 (Photochromogen)

Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna

kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan

Mycobacterium marinum)

b) Kelompok 2 (Scotochromogen)

Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan

(Mycobacterium scrofulaceum)

c) Kelompok 3 (Nonchromogen)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan

pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun

tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali

Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri

yang tergolong dalam koloni ini

d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh

yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus

Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

9

Universitas Indonesia

MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari

atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari

Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel

MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam

waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya

pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang

tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15

Perbedaan

dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen

antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa

air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat

membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat

warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat

tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16

Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan

kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien

seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam

amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan

bakteri18

Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media

padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37

oC Medium yang

digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ

Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium

sp15

Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang

berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat

ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama

yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB

tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

10

Universitas Indonesia

oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early

secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya

dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10

Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien

TB1819

II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis

Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB

Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan

menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk

percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit

basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam

udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam

karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021

Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau

sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo

yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih

dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau

ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis

adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara

yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang

mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu

Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan

untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari

bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T

sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )

yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam

infeksi21

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

11

Universitas Indonesia

Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak

dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar

melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah

bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar

ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya

Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif

untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering

terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis

(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk

sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya

Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang

terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan

yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi

fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin

yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon

menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921

Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru

karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan

tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan

semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan

nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus

Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam

percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau

terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa

dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan

lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

12

Universitas Indonesia

II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain

Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun

terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak

sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan

penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain

Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di

Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip

dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM

di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712

Hal ini sama dengan penelitian yang

dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan

hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di

setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12

Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang

menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti

klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323

Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis

yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23

Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya

disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24

Akhir-akhir ini beberapa

pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan

oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies

diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324

Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)

Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22

Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti

oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen

tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di

Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

13

Universitas Indonesia

oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra

paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT

lainnya23-25

Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru

yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan

Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi

kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai

spesies MOTT26

Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26

NO Daerah Frekwensi Kasus

1 Jakarta 17 TB paru

2 Padang Sumbar 802 TB paru

3 Semarang 24 TB paru

4 Surabaya 115 TB paru

5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi

6 JakartaBandung 207 TB Paru

7 JakartaBandung 188 TB ektra paru

8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta

Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar

611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi

mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

14

Universitas Indonesia

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang

Semarang dan Surabaya26

No Spesies MOTT

1 M simle 973

2 Mfortuitum 638

3 Mkansasii 1193

4 Mplhei 253

5 Mgastri 23

6 Mcheconae 33

7 Mscrofulaceum 185

8 Mavium 088

9 Msmegmatis 088

10 Mflavescens 094

11 M teracee complex 009

12 Mszulgai 7

13 Mmalmoense 45

14 Mxenopi 025

15 Mmarinum 1

16 Mgordonae 05

17 Mulcerans 0

18 Muknown 32

Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru

di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii

merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26

II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography

II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang

terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi

oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000

D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827

Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda

adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

15

Universitas Indonesia

untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media

padat18

II32 Immunochromatography MPT64

Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi

sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan

identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932

Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk

mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan

catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup

Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64

Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan

terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian

lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit

sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml

diakses tanggal 12-12-2013) 29

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

16

Universitas Indonesia

Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64

rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant

Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe

MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif

MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal

105 cfuml

31

Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh

Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana

dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat

26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip

(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv

dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410

Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan

kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan

sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan

padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133

isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif

pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil

kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan

karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432

II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)

Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor

asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme

PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat

Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

17

Universitas Indonesia

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi

PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -

Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme

PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33

Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat

tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat

PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman

dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34

Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M

fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan

konsentrasi PNB 103 - 10

5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan

pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat

dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk

menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada

kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435

II5 Niasin paper strip tes

Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak

memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa

spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang

dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36

Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat

menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa

strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB

Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 14: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

xiii

Universitas Indonesia

DAFTAR GAMBAR

Gambar 21 Cara Kerja ICT Ag MPT64

15

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

17

Gambar 41 Morfologi Mycobacterium dalam medium LJ 32

Gambar 42 Hasil Pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 33

Gambar 43 Hasil Identifikasi tes Niasin paper strip 33

Gambar 44 Medium PNB LJ setelah 8 minggu 34

Gambar 45 Hasil PCR

35

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xiv

Universitas Indonesia

DAFTAR TABEL

Tabel 21 Temuan MOTT berdasar Geografis dan kasus klinis 13

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di 3 kota

besar ( Padang Semarang dan Surabaya)

14

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni 30

Tabel 42 Perhitungan Uji Diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD DUOreg

Tabel 43 Perhitungan Uji diagnosa Tabel 2x2 Niasin tes

Tabel 44 Perhitungan Uji Diagnostik Tabel 2x2 PNBLJ

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

36

36

37

37

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xv

Universitas Indonesia

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1 Hasil PCR

Lampiran 2 Foto uji identifikasi MPT64 Niasin paper strip dan PNB LJ

Lampiran 3 Distribusi Sampel Penelitian

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

Lampiran 5 Hasil Uji Niasin Paper strip

Lampiran 6 Hasil Uji PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

Lampiran 8 Hasil Rekapitulasi Uji Identifikasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xvi

Universitas Indonesia

Daftar Lambang dan Singkatan

BTA = Batang Tahan Asam

Bp = basepair

CAS = Asia Tengah

CD4 = Cluster Determinant 4

CD8 = Cluster Determinant 8

oC = Derajat celsius

CI = Confidence interval

DNA = Deoxyribonucleic acid

dNTP = Deoksinukleosida trifosfat

EAI = Afrika Timur-India

H = Haarlem

ICT = imunocromatograpi

IK = Interval kepercayaan

IFN = interferon-

kDa = Kilo dalton

LAM = Amerika latin dan Mediterania

LJ = Lowenstein ndash Jensen

MAC = Mycobacterium avium intracellular complex

MTB = Myobacterium tuberculosis kompleks

MOTT = Mycobacteria other than mycobacterium tuberculosis

MPT64 = Mycobacterium protein tuberculosis

MDR TB = multi drug resistant Tuberculosis

PCR = Polymerase chain reaction

PNB = P-Nitrobenzoic acid

SpolDB4 = spoligotype

TNFα = Tumor necrosis factor α

TB = Tuberkulosis

WHO = World Health organization

= Persen

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

1

Universitas Indonesia

BAB I

PENDAHULUAN

11 Latar Belakang

Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif

penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi

penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama

sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia

dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1

Tujuh puluh lima

persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi

penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini

Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina

India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun

2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai

460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-

900000 kasus3

Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat

antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya

penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat

keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4

Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan

mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua

lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)

didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan

asam56

Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen

dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak

dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu

perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

2

Universitas Indonesia

memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita

TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than

Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat

menimbulkan efek resistensi obat TB8

Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk

menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan

identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang

diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan

metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9

Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi

fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh

pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan

menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat

karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan

hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna

melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9

Selain uji niasin dilakukan juga

pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium

tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut

Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara

lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu

uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan

menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan

oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-

negara berkembang910

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama

pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

3

Universitas Indonesia

terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara

immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8

Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy

dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun

extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji

identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB

menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)

Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life

sciences Germany)10

Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan

oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina

terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat

menghasilkan protein MPT6413

Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di

Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan

pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype

(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12

Perbedaan ini memunculkan pertayaan

apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64

Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat

dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan

bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang

dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan

mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan

dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk

mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia

harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal

Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain

menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

4

Universitas Indonesia

identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk

mengurangi kesalahan identifikasi

Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk

membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan

sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat

digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang

dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang

membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih

Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau

metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena

itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography

dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip

dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan

diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di

Indonesia

I2 Pertanyaan penelitian

Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan

penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif

dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT

(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip

dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR

I3 Tujuan Penelitian

a Tujuan Umum

- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi

menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)

Niasin paper strip dan uji PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

5

Universitas Indonesia

b Tujuan Khusus

- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan

alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg

) dengan mengetahui nila

sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif

dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)

sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding

dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi

dengan PCR13

- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan

cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip

dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB

I4 Manfaat Penelitian

1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau

MOTT

2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan

MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program

pemberantasan penyakit TB di Indonesia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

6

Universitas Indonesia

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

II1 Mycobacterium species

II11 Morfologi dan struktur bakteri

Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae

ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus

atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat

batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding

bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen

lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam

bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam

lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-

C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan

dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping

kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)

Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan

polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya

adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut

menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu

mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis

tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun

dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang

berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks

peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan

membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari

kuman Mycobacterium13-15

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

7

Universitas Indonesia

Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14

1 Lipid

Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul

bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel

Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari

molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk

melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen

serum

2 Protein

Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon

imun seluler penjamu terhadap infeksi16

Beberapa spesies Mycobacterium

terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan

penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein

Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi

reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)

3 Polisakarida

Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti

perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi

hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi

dengan serum pasien

II12 Fisiologi Pertumbuhan

Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa

oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-

70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini

sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda

selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

8

Universitas Indonesia

bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak

setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk

cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua

kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis

complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis

Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan

Mycobacterium mungi)1516

Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat

dibedakan menjadi empat kelompok 17

a) Kelompok 1 (Photochromogen)

Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna

kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan

Mycobacterium marinum)

b) Kelompok 2 (Scotochromogen)

Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan

(Mycobacterium scrofulaceum)

c) Kelompok 3 (Nonchromogen)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan

pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun

tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali

Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri

yang tergolong dalam koloni ini

d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh

yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus

Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

9

Universitas Indonesia

MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari

atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari

Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel

MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam

waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya

pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang

tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15

Perbedaan

dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen

antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa

air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat

membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat

warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat

tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16

Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan

kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien

seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam

amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan

bakteri18

Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media

padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37

oC Medium yang

digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ

Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium

sp15

Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang

berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat

ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama

yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB

tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

10

Universitas Indonesia

oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early

secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya

dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10

Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien

TB1819

II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis

Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB

Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan

menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk

percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit

basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam

udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam

karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021

Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau

sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo

yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih

dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau

ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis

adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara

yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang

mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu

Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan

untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari

bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T

sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )

yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam

infeksi21

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

11

Universitas Indonesia

Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak

dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar

melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah

bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar

ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya

Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif

untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering

terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis

(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk

sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya

Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang

terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan

yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi

fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin

yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon

menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921

Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru

karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan

tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan

semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan

nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus

Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam

percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau

terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa

dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan

lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

12

Universitas Indonesia

II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain

Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun

terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak

sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan

penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain

Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di

Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip

dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM

di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712

Hal ini sama dengan penelitian yang

dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan

hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di

setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12

Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang

menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti

klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323

Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis

yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23

Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya

disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24

Akhir-akhir ini beberapa

pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan

oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies

diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324

Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)

Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22

Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti

oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen

tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di

Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

13

Universitas Indonesia

oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra

paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT

lainnya23-25

Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru

yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan

Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi

kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai

spesies MOTT26

Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26

NO Daerah Frekwensi Kasus

1 Jakarta 17 TB paru

2 Padang Sumbar 802 TB paru

3 Semarang 24 TB paru

4 Surabaya 115 TB paru

5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi

6 JakartaBandung 207 TB Paru

7 JakartaBandung 188 TB ektra paru

8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta

Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar

611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi

mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

14

Universitas Indonesia

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang

Semarang dan Surabaya26

No Spesies MOTT

1 M simle 973

2 Mfortuitum 638

3 Mkansasii 1193

4 Mplhei 253

5 Mgastri 23

6 Mcheconae 33

7 Mscrofulaceum 185

8 Mavium 088

9 Msmegmatis 088

10 Mflavescens 094

11 M teracee complex 009

12 Mszulgai 7

13 Mmalmoense 45

14 Mxenopi 025

15 Mmarinum 1

16 Mgordonae 05

17 Mulcerans 0

18 Muknown 32

Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru

di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii

merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26

II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography

II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang

terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi

oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000

D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827

Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda

adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

15

Universitas Indonesia

untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media

padat18

II32 Immunochromatography MPT64

Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi

sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan

identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932

Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk

mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan

catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup

Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64

Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan

terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian

lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit

sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml

diakses tanggal 12-12-2013) 29

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

16

Universitas Indonesia

Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64

rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant

Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe

MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif

MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal

105 cfuml

31

Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh

Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana

dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat

26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip

(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv

dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410

Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan

kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan

sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan

padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133

isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif

pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil

kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan

karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432

II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)

Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor

asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme

PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat

Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

17

Universitas Indonesia

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi

PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -

Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme

PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33

Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat

tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat

PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman

dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34

Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M

fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan

konsentrasi PNB 103 - 10

5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan

pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat

dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk

menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada

kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435

II5 Niasin paper strip tes

Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak

memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa

spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang

dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36

Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat

menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa

strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB

Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 15: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

xiv

Universitas Indonesia

DAFTAR TABEL

Tabel 21 Temuan MOTT berdasar Geografis dan kasus klinis 13

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di 3 kota

besar ( Padang Semarang dan Surabaya)

14

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni 30

Tabel 42 Perhitungan Uji Diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD DUOreg

Tabel 43 Perhitungan Uji diagnosa Tabel 2x2 Niasin tes

Tabel 44 Perhitungan Uji Diagnostik Tabel 2x2 PNBLJ

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

36

36

37

37

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xv

Universitas Indonesia

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1 Hasil PCR

Lampiran 2 Foto uji identifikasi MPT64 Niasin paper strip dan PNB LJ

Lampiran 3 Distribusi Sampel Penelitian

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

Lampiran 5 Hasil Uji Niasin Paper strip

Lampiran 6 Hasil Uji PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

Lampiran 8 Hasil Rekapitulasi Uji Identifikasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xvi

Universitas Indonesia

Daftar Lambang dan Singkatan

BTA = Batang Tahan Asam

Bp = basepair

CAS = Asia Tengah

CD4 = Cluster Determinant 4

CD8 = Cluster Determinant 8

oC = Derajat celsius

CI = Confidence interval

DNA = Deoxyribonucleic acid

dNTP = Deoksinukleosida trifosfat

EAI = Afrika Timur-India

H = Haarlem

ICT = imunocromatograpi

IK = Interval kepercayaan

IFN = interferon-

kDa = Kilo dalton

LAM = Amerika latin dan Mediterania

LJ = Lowenstein ndash Jensen

MAC = Mycobacterium avium intracellular complex

MTB = Myobacterium tuberculosis kompleks

MOTT = Mycobacteria other than mycobacterium tuberculosis

MPT64 = Mycobacterium protein tuberculosis

MDR TB = multi drug resistant Tuberculosis

PCR = Polymerase chain reaction

PNB = P-Nitrobenzoic acid

SpolDB4 = spoligotype

TNFα = Tumor necrosis factor α

TB = Tuberkulosis

WHO = World Health organization

= Persen

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

1

Universitas Indonesia

BAB I

PENDAHULUAN

11 Latar Belakang

Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif

penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi

penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama

sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia

dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1

Tujuh puluh lima

persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi

penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini

Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina

India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun

2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai

460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-

900000 kasus3

Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat

antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya

penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat

keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4

Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan

mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua

lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)

didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan

asam56

Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen

dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak

dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu

perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

2

Universitas Indonesia

memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita

TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than

Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat

menimbulkan efek resistensi obat TB8

Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk

menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan

identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang

diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan

metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9

Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi

fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh

pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan

menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat

karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan

hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna

melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9

Selain uji niasin dilakukan juga

pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium

tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut

Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara

lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu

uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan

menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan

oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-

negara berkembang910

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama

pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

3

Universitas Indonesia

terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara

immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8

Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy

dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun

extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji

identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB

menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)

Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life

sciences Germany)10

Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan

oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina

terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat

menghasilkan protein MPT6413

Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di

Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan

pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype

(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12

Perbedaan ini memunculkan pertayaan

apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64

Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat

dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan

bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang

dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan

mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan

dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk

mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia

harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal

Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain

menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

4

Universitas Indonesia

identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk

mengurangi kesalahan identifikasi

Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk

membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan

sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat

digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang

dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang

membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih

Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau

metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena

itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography

dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip

dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan

diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di

Indonesia

I2 Pertanyaan penelitian

Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan

penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif

dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT

(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip

dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR

I3 Tujuan Penelitian

a Tujuan Umum

- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi

menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)

Niasin paper strip dan uji PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

5

Universitas Indonesia

b Tujuan Khusus

- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan

alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg

) dengan mengetahui nila

sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif

dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)

sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding

dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi

dengan PCR13

- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan

cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip

dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB

I4 Manfaat Penelitian

1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau

MOTT

2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan

MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program

pemberantasan penyakit TB di Indonesia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

6

Universitas Indonesia

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

II1 Mycobacterium species

II11 Morfologi dan struktur bakteri

Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae

ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus

atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat

batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding

bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen

lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam

bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam

lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-

C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan

dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping

kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)

Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan

polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya

adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut

menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu

mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis

tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun

dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang

berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks

peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan

membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari

kuman Mycobacterium13-15

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

7

Universitas Indonesia

Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14

1 Lipid

Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul

bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel

Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari

molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk

melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen

serum

2 Protein

Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon

imun seluler penjamu terhadap infeksi16

Beberapa spesies Mycobacterium

terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan

penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein

Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi

reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)

3 Polisakarida

Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti

perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi

hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi

dengan serum pasien

II12 Fisiologi Pertumbuhan

Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa

oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-

70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini

sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda

selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

8

Universitas Indonesia

bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak

setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk

cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua

kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis

complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis

Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan

Mycobacterium mungi)1516

Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat

dibedakan menjadi empat kelompok 17

a) Kelompok 1 (Photochromogen)

Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna

kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan

Mycobacterium marinum)

b) Kelompok 2 (Scotochromogen)

Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan

(Mycobacterium scrofulaceum)

c) Kelompok 3 (Nonchromogen)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan

pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun

tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali

Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri

yang tergolong dalam koloni ini

d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh

yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus

Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

9

Universitas Indonesia

MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari

atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari

Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel

MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam

waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya

pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang

tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15

Perbedaan

dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen

antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa

air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat

membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat

warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat

tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16

Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan

kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien

seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam

amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan

bakteri18

Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media

padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37

oC Medium yang

digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ

Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium

sp15

Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang

berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat

ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama

yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB

tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

10

Universitas Indonesia

oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early

secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya

dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10

Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien

TB1819

II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis

Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB

Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan

menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk

percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit

basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam

udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam

karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021

Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau

sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo

yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih

dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau

ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis

adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara

yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang

mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu

Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan

untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari

bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T

sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )

yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam

infeksi21

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

11

Universitas Indonesia

Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak

dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar

melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah

bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar

ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya

Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif

untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering

terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis

(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk

sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya

Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang

terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan

yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi

fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin

yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon

menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921

Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru

karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan

tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan

semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan

nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus

Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam

percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau

terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa

dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan

lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

12

Universitas Indonesia

II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain

Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun

terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak

sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan

penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain

Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di

Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip

dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM

di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712

Hal ini sama dengan penelitian yang

dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan

hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di

setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12

Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang

menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti

klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323

Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis

yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23

Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya

disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24

Akhir-akhir ini beberapa

pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan

oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies

diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324

Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)

Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22

Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti

oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen

tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di

Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

13

Universitas Indonesia

oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra

paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT

lainnya23-25

Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru

yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan

Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi

kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai

spesies MOTT26

Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26

NO Daerah Frekwensi Kasus

1 Jakarta 17 TB paru

2 Padang Sumbar 802 TB paru

3 Semarang 24 TB paru

4 Surabaya 115 TB paru

5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi

6 JakartaBandung 207 TB Paru

7 JakartaBandung 188 TB ektra paru

8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta

Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar

611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi

mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

14

Universitas Indonesia

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang

Semarang dan Surabaya26

No Spesies MOTT

1 M simle 973

2 Mfortuitum 638

3 Mkansasii 1193

4 Mplhei 253

5 Mgastri 23

6 Mcheconae 33

7 Mscrofulaceum 185

8 Mavium 088

9 Msmegmatis 088

10 Mflavescens 094

11 M teracee complex 009

12 Mszulgai 7

13 Mmalmoense 45

14 Mxenopi 025

15 Mmarinum 1

16 Mgordonae 05

17 Mulcerans 0

18 Muknown 32

Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru

di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii

merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26

II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography

II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang

terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi

oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000

D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827

Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda

adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

15

Universitas Indonesia

untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media

padat18

II32 Immunochromatography MPT64

Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi

sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan

identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932

Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk

mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan

catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup

Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64

Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan

terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian

lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit

sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml

diakses tanggal 12-12-2013) 29

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

16

Universitas Indonesia

Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64

rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant

Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe

MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif

MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal

105 cfuml

31

Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh

Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana

dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat

26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip

(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv

dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410

Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan

kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan

sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan

padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133

isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif

pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil

kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan

karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432

II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)

Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor

asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme

PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat

Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

17

Universitas Indonesia

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi

PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -

Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme

PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33

Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat

tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat

PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman

dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34

Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M

fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan

konsentrasi PNB 103 - 10

5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan

pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat

dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk

menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada

kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435

II5 Niasin paper strip tes

Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak

memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa

spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang

dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36

Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat

menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa

strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB

Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 16: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

xv

Universitas Indonesia

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1 Hasil PCR

Lampiran 2 Foto uji identifikasi MPT64 Niasin paper strip dan PNB LJ

Lampiran 3 Distribusi Sampel Penelitian

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

Lampiran 5 Hasil Uji Niasin Paper strip

Lampiran 6 Hasil Uji PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

Lampiran 8 Hasil Rekapitulasi Uji Identifikasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

xvi

Universitas Indonesia

Daftar Lambang dan Singkatan

BTA = Batang Tahan Asam

Bp = basepair

CAS = Asia Tengah

CD4 = Cluster Determinant 4

CD8 = Cluster Determinant 8

oC = Derajat celsius

CI = Confidence interval

DNA = Deoxyribonucleic acid

dNTP = Deoksinukleosida trifosfat

EAI = Afrika Timur-India

H = Haarlem

ICT = imunocromatograpi

IK = Interval kepercayaan

IFN = interferon-

kDa = Kilo dalton

LAM = Amerika latin dan Mediterania

LJ = Lowenstein ndash Jensen

MAC = Mycobacterium avium intracellular complex

MTB = Myobacterium tuberculosis kompleks

MOTT = Mycobacteria other than mycobacterium tuberculosis

MPT64 = Mycobacterium protein tuberculosis

MDR TB = multi drug resistant Tuberculosis

PCR = Polymerase chain reaction

PNB = P-Nitrobenzoic acid

SpolDB4 = spoligotype

TNFα = Tumor necrosis factor α

TB = Tuberkulosis

WHO = World Health organization

= Persen

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

1

Universitas Indonesia

BAB I

PENDAHULUAN

11 Latar Belakang

Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif

penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi

penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama

sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia

dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1

Tujuh puluh lima

persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi

penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini

Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina

India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun

2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai

460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-

900000 kasus3

Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat

antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya

penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat

keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4

Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan

mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua

lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)

didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan

asam56

Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen

dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak

dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu

perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

2

Universitas Indonesia

memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita

TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than

Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat

menimbulkan efek resistensi obat TB8

Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk

menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan

identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang

diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan

metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9

Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi

fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh

pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan

menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat

karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan

hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna

melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9

Selain uji niasin dilakukan juga

pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium

tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut

Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara

lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu

uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan

menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan

oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-

negara berkembang910

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama

pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

3

Universitas Indonesia

terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara

immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8

Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy

dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun

extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji

identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB

menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)

Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life

sciences Germany)10

Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan

oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina

terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat

menghasilkan protein MPT6413

Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di

Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan

pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype

(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12

Perbedaan ini memunculkan pertayaan

apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64

Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat

dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan

bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang

dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan

mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan

dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk

mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia

harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal

Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain

menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

4

Universitas Indonesia

identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk

mengurangi kesalahan identifikasi

Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk

membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan

sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat

digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang

dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang

membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih

Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau

metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena

itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography

dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip

dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan

diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di

Indonesia

I2 Pertanyaan penelitian

Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan

penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif

dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT

(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip

dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR

I3 Tujuan Penelitian

a Tujuan Umum

- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi

menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)

Niasin paper strip dan uji PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

5

Universitas Indonesia

b Tujuan Khusus

- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan

alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg

) dengan mengetahui nila

sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif

dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)

sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding

dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi

dengan PCR13

- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan

cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip

dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB

I4 Manfaat Penelitian

1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau

MOTT

2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan

MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program

pemberantasan penyakit TB di Indonesia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

6

Universitas Indonesia

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

II1 Mycobacterium species

II11 Morfologi dan struktur bakteri

Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae

ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus

atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat

batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding

bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen

lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam

bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam

lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-

C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan

dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping

kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)

Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan

polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya

adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut

menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu

mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis

tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun

dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang

berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks

peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan

membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari

kuman Mycobacterium13-15

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

7

Universitas Indonesia

Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14

1 Lipid

Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul

bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel

Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari

molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk

melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen

serum

2 Protein

Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon

imun seluler penjamu terhadap infeksi16

Beberapa spesies Mycobacterium

terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan

penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein

Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi

reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)

3 Polisakarida

Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti

perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi

hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi

dengan serum pasien

II12 Fisiologi Pertumbuhan

Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa

oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-

70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini

sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda

selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

8

Universitas Indonesia

bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak

setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk

cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua

kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis

complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis

Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan

Mycobacterium mungi)1516

Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat

dibedakan menjadi empat kelompok 17

a) Kelompok 1 (Photochromogen)

Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna

kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan

Mycobacterium marinum)

b) Kelompok 2 (Scotochromogen)

Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan

(Mycobacterium scrofulaceum)

c) Kelompok 3 (Nonchromogen)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan

pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun

tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali

Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri

yang tergolong dalam koloni ini

d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh

yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus

Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

9

Universitas Indonesia

MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari

atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari

Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel

MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam

waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya

pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang

tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15

Perbedaan

dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen

antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa

air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat

membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat

warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat

tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16

Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan

kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien

seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam

amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan

bakteri18

Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media

padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37

oC Medium yang

digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ

Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium

sp15

Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang

berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat

ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama

yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB

tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

10

Universitas Indonesia

oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early

secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya

dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10

Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien

TB1819

II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis

Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB

Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan

menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk

percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit

basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam

udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam

karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021

Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau

sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo

yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih

dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau

ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis

adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara

yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang

mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu

Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan

untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari

bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T

sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )

yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam

infeksi21

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

11

Universitas Indonesia

Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak

dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar

melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah

bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar

ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya

Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif

untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering

terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis

(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk

sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya

Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang

terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan

yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi

fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin

yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon

menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921

Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru

karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan

tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan

semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan

nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus

Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam

percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau

terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa

dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan

lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

12

Universitas Indonesia

II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain

Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun

terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak

sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan

penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain

Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di

Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip

dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM

di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712

Hal ini sama dengan penelitian yang

dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan

hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di

setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12

Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang

menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti

klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323

Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis

yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23

Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya

disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24

Akhir-akhir ini beberapa

pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan

oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies

diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324

Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)

Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22

Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti

oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen

tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di

Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

13

Universitas Indonesia

oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra

paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT

lainnya23-25

Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru

yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan

Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi

kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai

spesies MOTT26

Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26

NO Daerah Frekwensi Kasus

1 Jakarta 17 TB paru

2 Padang Sumbar 802 TB paru

3 Semarang 24 TB paru

4 Surabaya 115 TB paru

5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi

6 JakartaBandung 207 TB Paru

7 JakartaBandung 188 TB ektra paru

8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta

Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar

611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi

mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

14

Universitas Indonesia

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang

Semarang dan Surabaya26

No Spesies MOTT

1 M simle 973

2 Mfortuitum 638

3 Mkansasii 1193

4 Mplhei 253

5 Mgastri 23

6 Mcheconae 33

7 Mscrofulaceum 185

8 Mavium 088

9 Msmegmatis 088

10 Mflavescens 094

11 M teracee complex 009

12 Mszulgai 7

13 Mmalmoense 45

14 Mxenopi 025

15 Mmarinum 1

16 Mgordonae 05

17 Mulcerans 0

18 Muknown 32

Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru

di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii

merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26

II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography

II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang

terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi

oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000

D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827

Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda

adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

15

Universitas Indonesia

untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media

padat18

II32 Immunochromatography MPT64

Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi

sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan

identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932

Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk

mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan

catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup

Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64

Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan

terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian

lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit

sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml

diakses tanggal 12-12-2013) 29

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

16

Universitas Indonesia

Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64

rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant

Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe

MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif

MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal

105 cfuml

31

Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh

Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana

dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat

26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip

(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv

dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410

Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan

kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan

sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan

padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133

isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif

pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil

kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan

karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432

II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)

Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor

asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme

PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat

Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

17

Universitas Indonesia

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi

PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -

Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme

PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33

Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat

tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat

PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman

dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34

Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M

fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan

konsentrasi PNB 103 - 10

5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan

pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat

dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk

menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada

kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435

II5 Niasin paper strip tes

Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak

memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa

spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang

dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36

Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat

menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa

strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB

Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 17: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

xvi

Universitas Indonesia

Daftar Lambang dan Singkatan

BTA = Batang Tahan Asam

Bp = basepair

CAS = Asia Tengah

CD4 = Cluster Determinant 4

CD8 = Cluster Determinant 8

oC = Derajat celsius

CI = Confidence interval

DNA = Deoxyribonucleic acid

dNTP = Deoksinukleosida trifosfat

EAI = Afrika Timur-India

H = Haarlem

ICT = imunocromatograpi

IK = Interval kepercayaan

IFN = interferon-

kDa = Kilo dalton

LAM = Amerika latin dan Mediterania

LJ = Lowenstein ndash Jensen

MAC = Mycobacterium avium intracellular complex

MTB = Myobacterium tuberculosis kompleks

MOTT = Mycobacteria other than mycobacterium tuberculosis

MPT64 = Mycobacterium protein tuberculosis

MDR TB = multi drug resistant Tuberculosis

PCR = Polymerase chain reaction

PNB = P-Nitrobenzoic acid

SpolDB4 = spoligotype

TNFα = Tumor necrosis factor α

TB = Tuberkulosis

WHO = World Health organization

= Persen

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

1

Universitas Indonesia

BAB I

PENDAHULUAN

11 Latar Belakang

Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif

penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi

penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama

sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia

dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1

Tujuh puluh lima

persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi

penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini

Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina

India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun

2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai

460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-

900000 kasus3

Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat

antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya

penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat

keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4

Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan

mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua

lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)

didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan

asam56

Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen

dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak

dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu

perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

2

Universitas Indonesia

memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita

TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than

Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat

menimbulkan efek resistensi obat TB8

Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk

menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan

identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang

diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan

metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9

Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi

fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh

pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan

menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat

karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan

hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna

melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9

Selain uji niasin dilakukan juga

pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium

tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut

Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara

lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu

uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan

menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan

oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-

negara berkembang910

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama

pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

3

Universitas Indonesia

terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara

immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8

Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy

dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun

extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji

identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB

menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)

Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life

sciences Germany)10

Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan

oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina

terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat

menghasilkan protein MPT6413

Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di

Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan

pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype

(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12

Perbedaan ini memunculkan pertayaan

apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64

Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat

dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan

bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang

dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan

mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan

dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk

mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia

harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal

Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain

menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

4

Universitas Indonesia

identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk

mengurangi kesalahan identifikasi

Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk

membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan

sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat

digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang

dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang

membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih

Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau

metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena

itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography

dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip

dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan

diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di

Indonesia

I2 Pertanyaan penelitian

Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan

penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif

dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT

(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip

dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR

I3 Tujuan Penelitian

a Tujuan Umum

- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi

menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)

Niasin paper strip dan uji PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

5

Universitas Indonesia

b Tujuan Khusus

- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan

alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg

) dengan mengetahui nila

sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif

dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)

sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding

dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi

dengan PCR13

- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan

cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip

dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB

I4 Manfaat Penelitian

1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau

MOTT

2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan

MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program

pemberantasan penyakit TB di Indonesia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

6

Universitas Indonesia

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

II1 Mycobacterium species

II11 Morfologi dan struktur bakteri

Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae

ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus

atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat

batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding

bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen

lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam

bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam

lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-

C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan

dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping

kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)

Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan

polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya

adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut

menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu

mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis

tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun

dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang

berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks

peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan

membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari

kuman Mycobacterium13-15

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

7

Universitas Indonesia

Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14

1 Lipid

Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul

bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel

Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari

molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk

melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen

serum

2 Protein

Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon

imun seluler penjamu terhadap infeksi16

Beberapa spesies Mycobacterium

terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan

penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein

Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi

reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)

3 Polisakarida

Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti

perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi

hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi

dengan serum pasien

II12 Fisiologi Pertumbuhan

Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa

oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-

70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini

sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda

selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

8

Universitas Indonesia

bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak

setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk

cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua

kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis

complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis

Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan

Mycobacterium mungi)1516

Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat

dibedakan menjadi empat kelompok 17

a) Kelompok 1 (Photochromogen)

Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna

kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan

Mycobacterium marinum)

b) Kelompok 2 (Scotochromogen)

Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan

(Mycobacterium scrofulaceum)

c) Kelompok 3 (Nonchromogen)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan

pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun

tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali

Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri

yang tergolong dalam koloni ini

d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh

yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus

Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

9

Universitas Indonesia

MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari

atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari

Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel

MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam

waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya

pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang

tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15

Perbedaan

dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen

antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa

air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat

membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat

warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat

tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16

Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan

kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien

seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam

amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan

bakteri18

Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media

padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37

oC Medium yang

digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ

Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium

sp15

Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang

berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat

ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama

yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB

tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

10

Universitas Indonesia

oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early

secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya

dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10

Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien

TB1819

II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis

Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB

Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan

menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk

percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit

basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam

udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam

karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021

Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau

sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo

yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih

dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau

ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis

adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara

yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang

mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu

Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan

untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari

bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T

sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )

yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam

infeksi21

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

11

Universitas Indonesia

Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak

dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar

melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah

bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar

ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya

Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif

untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering

terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis

(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk

sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya

Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang

terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan

yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi

fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin

yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon

menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921

Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru

karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan

tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan

semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan

nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus

Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam

percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau

terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa

dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan

lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

12

Universitas Indonesia

II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain

Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun

terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak

sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan

penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain

Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di

Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip

dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM

di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712

Hal ini sama dengan penelitian yang

dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan

hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di

setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12

Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang

menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti

klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323

Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis

yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23

Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya

disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24

Akhir-akhir ini beberapa

pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan

oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies

diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324

Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)

Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22

Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti

oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen

tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di

Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

13

Universitas Indonesia

oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra

paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT

lainnya23-25

Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru

yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan

Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi

kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai

spesies MOTT26

Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26

NO Daerah Frekwensi Kasus

1 Jakarta 17 TB paru

2 Padang Sumbar 802 TB paru

3 Semarang 24 TB paru

4 Surabaya 115 TB paru

5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi

6 JakartaBandung 207 TB Paru

7 JakartaBandung 188 TB ektra paru

8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta

Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar

611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi

mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

14

Universitas Indonesia

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang

Semarang dan Surabaya26

No Spesies MOTT

1 M simle 973

2 Mfortuitum 638

3 Mkansasii 1193

4 Mplhei 253

5 Mgastri 23

6 Mcheconae 33

7 Mscrofulaceum 185

8 Mavium 088

9 Msmegmatis 088

10 Mflavescens 094

11 M teracee complex 009

12 Mszulgai 7

13 Mmalmoense 45

14 Mxenopi 025

15 Mmarinum 1

16 Mgordonae 05

17 Mulcerans 0

18 Muknown 32

Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru

di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii

merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26

II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography

II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang

terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi

oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000

D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827

Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda

adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

15

Universitas Indonesia

untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media

padat18

II32 Immunochromatography MPT64

Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi

sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan

identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932

Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk

mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan

catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup

Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64

Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan

terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian

lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit

sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml

diakses tanggal 12-12-2013) 29

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

16

Universitas Indonesia

Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64

rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant

Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe

MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif

MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal

105 cfuml

31

Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh

Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana

dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat

26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip

(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv

dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410

Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan

kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan

sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan

padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133

isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif

pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil

kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan

karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432

II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)

Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor

asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme

PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat

Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

17

Universitas Indonesia

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi

PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -

Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme

PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33

Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat

tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat

PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman

dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34

Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M

fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan

konsentrasi PNB 103 - 10

5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan

pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat

dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk

menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada

kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435

II5 Niasin paper strip tes

Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak

memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa

spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang

dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36

Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat

menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa

strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB

Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 18: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

1

Universitas Indonesia

BAB I

PENDAHULUAN

11 Latar Belakang

Mycobacterium tuberculosis (MTB) merupakan bakteri intraselular fakultatif

penyebab tuberkulosis (TB) Penyakit ini telah lama dikenal dan masih menjadi

penyebab kematian di antara penyakit menular TB menempati urutan pertama

sebagai penyakit menular dengan jumlah penderita 17 milyar orang di seluruh dunia

dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya1

Tujuh puluh lima

persen kelompok umur penderita berusia produktif antara 15-54 tahun2 Prevalensi

penderita TB memang menurun tetapi jumlah penderita masih tinggi Saat ini

Indonesia menempati urutan empat dalam jumlah penderita TB di dunia setelah Cina

India dan Afrika Selatan Prevalensi TB berdasarkan surveilans di Indonesia tahun

2013 sebesar 297 per 100000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai

460000 kasus Dengan demikian total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800000-

900000 kasus3

Ditemukannya kasus gagal terapi akibat MTB yang resisten terhadap obat

antituberkulosis menjadikan TB sebagai masalah pandemi di dunia Serta banyaknya

penderita TB yang juga terinfeksi HIV menjadi masalah baru yang menghambat

keberhasilan program WHO dalam memberantas TB4

Salah satu upaya untuk mengendalikan penyebaran infeksi adalah dengan

mendiagnosis TB secara cepat tepat dan murah sehingga dapat menjangkau semua

lapisan masyarakat Penegakan diagnosis menurut Word Health Organization (WHO)

didasarkan pada penemuan bakteri batang tahan asam dengan pewarnaan tahan

asam56

Ditemukannya bakteri dengan menggunakan pewarnaan Ziehl Neelsen

dapat dilakukan di labolatorium sederhana7 Kekurangan metode ini adalah tidak

dapat membedakan MTB dengan Mycobacterium spesies lainnya Oleh karena itu

perlu dilakukan uji labolatorium lanjutan berupa kultur dan uji identifikasi untuk

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

2

Universitas Indonesia

memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita

TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than

Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat

menimbulkan efek resistensi obat TB8

Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk

menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan

identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang

diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan

metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9

Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi

fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh

pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan

menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat

karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan

hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna

melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9

Selain uji niasin dilakukan juga

pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium

tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut

Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara

lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu

uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan

menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan

oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-

negara berkembang910

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama

pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

3

Universitas Indonesia

terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara

immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8

Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy

dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun

extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji

identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB

menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)

Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life

sciences Germany)10

Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan

oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina

terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat

menghasilkan protein MPT6413

Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di

Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan

pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype

(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12

Perbedaan ini memunculkan pertayaan

apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64

Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat

dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan

bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang

dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan

mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan

dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk

mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia

harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal

Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain

menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

4

Universitas Indonesia

identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk

mengurangi kesalahan identifikasi

Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk

membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan

sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat

digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang

dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang

membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih

Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau

metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena

itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography

dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip

dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan

diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di

Indonesia

I2 Pertanyaan penelitian

Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan

penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif

dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT

(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip

dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR

I3 Tujuan Penelitian

a Tujuan Umum

- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi

menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)

Niasin paper strip dan uji PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

5

Universitas Indonesia

b Tujuan Khusus

- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan

alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg

) dengan mengetahui nila

sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif

dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)

sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding

dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi

dengan PCR13

- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan

cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip

dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB

I4 Manfaat Penelitian

1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau

MOTT

2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan

MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program

pemberantasan penyakit TB di Indonesia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

6

Universitas Indonesia

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

II1 Mycobacterium species

II11 Morfologi dan struktur bakteri

Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae

ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus

atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat

batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding

bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen

lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam

bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam

lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-

C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan

dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping

kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)

Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan

polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya

adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut

menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu

mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis

tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun

dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang

berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks

peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan

membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari

kuman Mycobacterium13-15

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

7

Universitas Indonesia

Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14

1 Lipid

Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul

bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel

Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari

molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk

melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen

serum

2 Protein

Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon

imun seluler penjamu terhadap infeksi16

Beberapa spesies Mycobacterium

terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan

penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein

Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi

reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)

3 Polisakarida

Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti

perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi

hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi

dengan serum pasien

II12 Fisiologi Pertumbuhan

Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa

oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-

70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini

sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda

selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

8

Universitas Indonesia

bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak

setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk

cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua

kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis

complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis

Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan

Mycobacterium mungi)1516

Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat

dibedakan menjadi empat kelompok 17

a) Kelompok 1 (Photochromogen)

Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna

kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan

Mycobacterium marinum)

b) Kelompok 2 (Scotochromogen)

Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan

(Mycobacterium scrofulaceum)

c) Kelompok 3 (Nonchromogen)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan

pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun

tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali

Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri

yang tergolong dalam koloni ini

d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh

yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus

Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

9

Universitas Indonesia

MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari

atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari

Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel

MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam

waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya

pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang

tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15

Perbedaan

dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen

antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa

air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat

membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat

warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat

tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16

Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan

kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien

seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam

amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan

bakteri18

Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media

padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37

oC Medium yang

digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ

Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium

sp15

Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang

berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat

ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama

yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB

tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

10

Universitas Indonesia

oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early

secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya

dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10

Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien

TB1819

II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis

Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB

Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan

menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk

percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit

basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam

udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam

karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021

Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau

sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo

yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih

dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau

ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis

adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara

yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang

mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu

Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan

untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari

bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T

sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )

yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam

infeksi21

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

11

Universitas Indonesia

Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak

dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar

melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah

bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar

ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya

Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif

untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering

terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis

(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk

sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya

Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang

terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan

yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi

fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin

yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon

menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921

Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru

karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan

tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan

semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan

nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus

Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam

percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau

terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa

dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan

lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

12

Universitas Indonesia

II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain

Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun

terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak

sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan

penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain

Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di

Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip

dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM

di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712

Hal ini sama dengan penelitian yang

dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan

hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di

setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12

Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang

menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti

klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323

Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis

yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23

Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya

disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24

Akhir-akhir ini beberapa

pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan

oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies

diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324

Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)

Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22

Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti

oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen

tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di

Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

13

Universitas Indonesia

oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra

paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT

lainnya23-25

Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru

yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan

Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi

kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai

spesies MOTT26

Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26

NO Daerah Frekwensi Kasus

1 Jakarta 17 TB paru

2 Padang Sumbar 802 TB paru

3 Semarang 24 TB paru

4 Surabaya 115 TB paru

5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi

6 JakartaBandung 207 TB Paru

7 JakartaBandung 188 TB ektra paru

8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta

Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar

611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi

mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

14

Universitas Indonesia

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang

Semarang dan Surabaya26

No Spesies MOTT

1 M simle 973

2 Mfortuitum 638

3 Mkansasii 1193

4 Mplhei 253

5 Mgastri 23

6 Mcheconae 33

7 Mscrofulaceum 185

8 Mavium 088

9 Msmegmatis 088

10 Mflavescens 094

11 M teracee complex 009

12 Mszulgai 7

13 Mmalmoense 45

14 Mxenopi 025

15 Mmarinum 1

16 Mgordonae 05

17 Mulcerans 0

18 Muknown 32

Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru

di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii

merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26

II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography

II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang

terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi

oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000

D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827

Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda

adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

15

Universitas Indonesia

untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media

padat18

II32 Immunochromatography MPT64

Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi

sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan

identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932

Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk

mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan

catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup

Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64

Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan

terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian

lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit

sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml

diakses tanggal 12-12-2013) 29

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

16

Universitas Indonesia

Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64

rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant

Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe

MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif

MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal

105 cfuml

31

Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh

Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana

dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat

26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip

(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv

dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410

Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan

kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan

sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan

padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133

isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif

pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil

kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan

karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432

II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)

Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor

asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme

PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat

Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

17

Universitas Indonesia

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi

PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -

Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme

PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33

Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat

tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat

PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman

dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34

Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M

fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan

konsentrasi PNB 103 - 10

5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan

pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat

dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk

menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada

kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435

II5 Niasin paper strip tes

Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak

memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa

spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang

dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36

Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat

menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa

strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB

Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 19: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

2

Universitas Indonesia

memastikan spesies kuman karena akan berhubungan dengan pengobatan penderita

TB4 Pengobatan yang diberikan antara MTB dan Mycobacteria other than

Mycobacterium tuberculosis (MOTT) berbeda kesalahan dalam pengobatan dapat

menimbulkan efek resistensi obat TB8

Faktor yang menghambat diagnosis TB adalah lamanya waktu yang dibutuhkan untuk

menumbuhkan kuman penyebab TB yaitu berkisar 4-8 minggu Pemeriksaan

identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu Total waktu yang

diperlukan untuk pemeriksaan TB adalah 7-8 minggu oleh karena itu dibutuhkan

metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat9

Karakteristrik Mycobacterium dapat dilihat secara fenotip atau genotip Identifikasi

fenotip menggunakan cara konvensional dengan melihat kecepatan tumbuh

pigmentasi dari koloni dan uji biokimia Menurut WHO uji biokimia dilakukan

menggunakan paper strip niasin yang sudah dimodifikasi tidak menggunakan zat

karsinogenik mudah digunakan dan direkomendasikan penggunaanya Pembacaan

hasil uji biokimia peper strip niasin dapat dilakukan dengan melihat perubahan warna

melalui perbandingan kontrol dari MTB H37RV7-9

Selain uji niasin dilakukan juga

pemeriksaan PNB untuk membedakan MTB dan MOTT Identifikasi Mycobacterium

tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut

Identifikasi secara genotip dapat dilakukan dengan beberapa metode molekuler antara

lain metode line probe dan skuensing Dengan metode ini dapat mengurangi waktu

uji identifikasi sampai 2 hari Dikerjakan oleh analis yang terlatih dengan

menggunakan alat-alat khusus dan biaya cukup mahal Hal ini sulit dilaksanakan

oleh laboratorium yang memiliki sumber daya manusia terbatas seperti di negara-

negara berkembang910

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah Protein yang diproduksi selama

pertumbuhan MTB Protein tersebut memiliki berat 24 kDa Protein ini hanya

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

3

Universitas Indonesia

terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara

immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8

Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy

dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun

extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji

identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB

menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)

Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life

sciences Germany)10

Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan

oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina

terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat

menghasilkan protein MPT6413

Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di

Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan

pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype

(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12

Perbedaan ini memunculkan pertayaan

apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64

Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat

dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan

bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang

dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan

mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan

dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk

mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia

harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal

Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain

menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

4

Universitas Indonesia

identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk

mengurangi kesalahan identifikasi

Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk

membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan

sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat

digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang

dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang

membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih

Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau

metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena

itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography

dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip

dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan

diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di

Indonesia

I2 Pertanyaan penelitian

Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan

penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif

dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT

(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip

dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR

I3 Tujuan Penelitian

a Tujuan Umum

- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi

menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)

Niasin paper strip dan uji PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

5

Universitas Indonesia

b Tujuan Khusus

- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan

alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg

) dengan mengetahui nila

sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif

dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)

sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding

dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi

dengan PCR13

- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan

cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip

dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB

I4 Manfaat Penelitian

1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau

MOTT

2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan

MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program

pemberantasan penyakit TB di Indonesia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

6

Universitas Indonesia

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

II1 Mycobacterium species

II11 Morfologi dan struktur bakteri

Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae

ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus

atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat

batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding

bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen

lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam

bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam

lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-

C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan

dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping

kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)

Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan

polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya

adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut

menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu

mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis

tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun

dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang

berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks

peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan

membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari

kuman Mycobacterium13-15

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

7

Universitas Indonesia

Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14

1 Lipid

Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul

bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel

Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari

molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk

melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen

serum

2 Protein

Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon

imun seluler penjamu terhadap infeksi16

Beberapa spesies Mycobacterium

terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan

penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein

Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi

reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)

3 Polisakarida

Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti

perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi

hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi

dengan serum pasien

II12 Fisiologi Pertumbuhan

Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa

oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-

70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini

sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda

selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

8

Universitas Indonesia

bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak

setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk

cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua

kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis

complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis

Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan

Mycobacterium mungi)1516

Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat

dibedakan menjadi empat kelompok 17

a) Kelompok 1 (Photochromogen)

Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna

kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan

Mycobacterium marinum)

b) Kelompok 2 (Scotochromogen)

Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan

(Mycobacterium scrofulaceum)

c) Kelompok 3 (Nonchromogen)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan

pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun

tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali

Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri

yang tergolong dalam koloni ini

d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh

yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus

Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

9

Universitas Indonesia

MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari

atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari

Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel

MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam

waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya

pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang

tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15

Perbedaan

dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen

antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa

air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat

membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat

warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat

tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16

Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan

kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien

seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam

amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan

bakteri18

Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media

padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37

oC Medium yang

digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ

Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium

sp15

Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang

berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat

ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama

yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB

tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

10

Universitas Indonesia

oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early

secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya

dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10

Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien

TB1819

II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis

Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB

Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan

menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk

percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit

basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam

udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam

karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021

Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau

sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo

yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih

dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau

ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis

adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara

yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang

mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu

Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan

untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari

bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T

sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )

yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam

infeksi21

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

11

Universitas Indonesia

Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak

dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar

melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah

bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar

ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya

Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif

untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering

terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis

(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk

sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya

Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang

terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan

yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi

fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin

yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon

menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921

Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru

karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan

tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan

semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan

nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus

Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam

percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau

terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa

dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan

lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

12

Universitas Indonesia

II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain

Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun

terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak

sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan

penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain

Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di

Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip

dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM

di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712

Hal ini sama dengan penelitian yang

dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan

hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di

setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12

Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang

menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti

klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323

Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis

yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23

Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya

disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24

Akhir-akhir ini beberapa

pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan

oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies

diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324

Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)

Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22

Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti

oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen

tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di

Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

13

Universitas Indonesia

oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra

paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT

lainnya23-25

Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru

yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan

Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi

kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai

spesies MOTT26

Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26

NO Daerah Frekwensi Kasus

1 Jakarta 17 TB paru

2 Padang Sumbar 802 TB paru

3 Semarang 24 TB paru

4 Surabaya 115 TB paru

5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi

6 JakartaBandung 207 TB Paru

7 JakartaBandung 188 TB ektra paru

8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta

Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar

611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi

mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

14

Universitas Indonesia

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang

Semarang dan Surabaya26

No Spesies MOTT

1 M simle 973

2 Mfortuitum 638

3 Mkansasii 1193

4 Mplhei 253

5 Mgastri 23

6 Mcheconae 33

7 Mscrofulaceum 185

8 Mavium 088

9 Msmegmatis 088

10 Mflavescens 094

11 M teracee complex 009

12 Mszulgai 7

13 Mmalmoense 45

14 Mxenopi 025

15 Mmarinum 1

16 Mgordonae 05

17 Mulcerans 0

18 Muknown 32

Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru

di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii

merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26

II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography

II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang

terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi

oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000

D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827

Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda

adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

15

Universitas Indonesia

untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media

padat18

II32 Immunochromatography MPT64

Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi

sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan

identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932

Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk

mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan

catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup

Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64

Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan

terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian

lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit

sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml

diakses tanggal 12-12-2013) 29

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

16

Universitas Indonesia

Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64

rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant

Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe

MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif

MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal

105 cfuml

31

Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh

Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana

dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat

26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip

(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv

dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410

Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan

kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan

sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan

padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133

isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif

pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil

kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan

karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432

II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)

Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor

asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme

PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat

Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

17

Universitas Indonesia

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi

PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -

Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme

PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33

Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat

tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat

PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman

dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34

Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M

fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan

konsentrasi PNB 103 - 10

5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan

pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat

dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk

menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada

kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435

II5 Niasin paper strip tes

Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak

memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa

spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang

dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36

Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat

menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa

strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB

Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 20: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

3

Universitas Indonesia

terdapat di MTB dan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi menggunakan cara

immunochromatography (ICT) melalui proses ikatan antigen-antibodi8

Penggunaan uji identifikasi dengan metode ICT MPT64 telah diteliti oleh Shenoy

dkk tahun 2014 mengunakan sampel isolat yang berasal dari pulmonary maupun

extra pulmonary yang ditanam di media cair maupun padat Nilai sensitivitas uji

identifikasi MTB dan MOTT sebesar 100 dengan baku emas pemeriksaan MTB

menggunakan Gen Probe Accu Probe assay (Gen-Probe San Diego Calif)

Identifikasi MOTT menggunakan genotypic Mycobacterium CM assay (Hainrsquos life

sciences Germany)10

Keaneka ragaman genetik dari MTB berbeda-beda seperti penelitian yang dilakukan

oleh Jiang dkk Cina 2013 menggambarkan genotip MTB dari seluruh wilayah Cina

terdiri dari 92 strain Beijing dan 88 strain non Beijing Seluruh genotip dapat

menghasilkan protein MPT6413

Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 di

Indonesia terdapat perbedaan genotip di setiap wilayah dan terdapat genotip dengan

pola yang tidak sama dengan tipe strain yang ada di data internasional spoligotype

(SpolDB4) seperti ldquo orphanrdquo genotip 12

Perbedaan ini memunculkan pertayaan

apakah strain yang berasal dari indonesia dapat menghasilakan MPT64

Penggunaan PCR untuk mendeteksi Mtuberculosis merupakan metode yang cepat

dan spesifik dibandingkan dengan cara konvensional khususnya pembiakan

bakterikultur yang merupakan metode baku emas Singkatnya waktu yang

dibutuhkan dalam penegakan diagnostik dapat mempercepat pengobatan pasien dan

mengurangi penularan Selain cepat pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan

dengan pemeriksaan mikroskopik dan kultur Teknik PCR ini memungkinkan untuk

mendeteksi kuman dalam jumlah sedikit Salah satu kelemahan PCR di Indonesia

harga untuk pemeriksaan PCR masih relatif mahal

Mycobacterium tuberculosis complex dapat dibedakan dengan Mycobacterium lain

menggunakan uji Niasin dan PNB sehingga untuk melakukan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

4

Universitas Indonesia

identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk

mengurangi kesalahan identifikasi

Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk

membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan

sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat

digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang

dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang

membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih

Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau

metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena

itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography

dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip

dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan

diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di

Indonesia

I2 Pertanyaan penelitian

Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan

penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif

dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT

(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip

dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR

I3 Tujuan Penelitian

a Tujuan Umum

- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi

menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)

Niasin paper strip dan uji PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

5

Universitas Indonesia

b Tujuan Khusus

- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan

alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg

) dengan mengetahui nila

sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif

dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)

sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding

dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi

dengan PCR13

- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan

cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip

dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB

I4 Manfaat Penelitian

1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau

MOTT

2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan

MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program

pemberantasan penyakit TB di Indonesia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

6

Universitas Indonesia

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

II1 Mycobacterium species

II11 Morfologi dan struktur bakteri

Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae

ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus

atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat

batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding

bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen

lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam

bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam

lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-

C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan

dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping

kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)

Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan

polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya

adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut

menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu

mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis

tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun

dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang

berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks

peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan

membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari

kuman Mycobacterium13-15

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

7

Universitas Indonesia

Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14

1 Lipid

Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul

bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel

Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari

molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk

melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen

serum

2 Protein

Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon

imun seluler penjamu terhadap infeksi16

Beberapa spesies Mycobacterium

terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan

penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein

Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi

reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)

3 Polisakarida

Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti

perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi

hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi

dengan serum pasien

II12 Fisiologi Pertumbuhan

Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa

oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-

70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini

sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda

selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

8

Universitas Indonesia

bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak

setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk

cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua

kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis

complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis

Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan

Mycobacterium mungi)1516

Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat

dibedakan menjadi empat kelompok 17

a) Kelompok 1 (Photochromogen)

Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna

kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan

Mycobacterium marinum)

b) Kelompok 2 (Scotochromogen)

Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan

(Mycobacterium scrofulaceum)

c) Kelompok 3 (Nonchromogen)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan

pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun

tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali

Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri

yang tergolong dalam koloni ini

d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh

yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus

Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

9

Universitas Indonesia

MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari

atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari

Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel

MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam

waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya

pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang

tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15

Perbedaan

dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen

antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa

air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat

membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat

warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat

tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16

Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan

kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien

seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam

amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan

bakteri18

Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media

padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37

oC Medium yang

digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ

Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium

sp15

Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang

berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat

ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama

yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB

tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

10

Universitas Indonesia

oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early

secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya

dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10

Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien

TB1819

II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis

Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB

Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan

menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk

percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit

basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam

udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam

karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021

Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau

sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo

yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih

dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau

ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis

adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara

yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang

mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu

Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan

untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari

bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T

sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )

yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam

infeksi21

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

11

Universitas Indonesia

Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak

dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar

melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah

bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar

ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya

Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif

untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering

terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis

(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk

sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya

Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang

terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan

yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi

fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin

yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon

menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921

Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru

karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan

tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan

semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan

nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus

Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam

percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau

terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa

dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan

lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

12

Universitas Indonesia

II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain

Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun

terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak

sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan

penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain

Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di

Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip

dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM

di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712

Hal ini sama dengan penelitian yang

dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan

hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di

setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12

Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang

menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti

klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323

Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis

yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23

Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya

disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24

Akhir-akhir ini beberapa

pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan

oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies

diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324

Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)

Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22

Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti

oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen

tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di

Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

13

Universitas Indonesia

oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra

paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT

lainnya23-25

Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru

yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan

Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi

kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai

spesies MOTT26

Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26

NO Daerah Frekwensi Kasus

1 Jakarta 17 TB paru

2 Padang Sumbar 802 TB paru

3 Semarang 24 TB paru

4 Surabaya 115 TB paru

5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi

6 JakartaBandung 207 TB Paru

7 JakartaBandung 188 TB ektra paru

8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta

Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar

611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi

mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

14

Universitas Indonesia

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang

Semarang dan Surabaya26

No Spesies MOTT

1 M simle 973

2 Mfortuitum 638

3 Mkansasii 1193

4 Mplhei 253

5 Mgastri 23

6 Mcheconae 33

7 Mscrofulaceum 185

8 Mavium 088

9 Msmegmatis 088

10 Mflavescens 094

11 M teracee complex 009

12 Mszulgai 7

13 Mmalmoense 45

14 Mxenopi 025

15 Mmarinum 1

16 Mgordonae 05

17 Mulcerans 0

18 Muknown 32

Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru

di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii

merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26

II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography

II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang

terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi

oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000

D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827

Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda

adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

15

Universitas Indonesia

untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media

padat18

II32 Immunochromatography MPT64

Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi

sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan

identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932

Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk

mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan

catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup

Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64

Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan

terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian

lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit

sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml

diakses tanggal 12-12-2013) 29

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

16

Universitas Indonesia

Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64

rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant

Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe

MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif

MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal

105 cfuml

31

Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh

Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana

dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat

26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip

(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv

dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410

Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan

kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan

sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan

padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133

isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif

pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil

kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan

karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432

II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)

Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor

asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme

PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat

Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

17

Universitas Indonesia

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi

PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -

Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme

PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33

Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat

tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat

PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman

dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34

Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M

fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan

konsentrasi PNB 103 - 10

5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan

pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat

dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk

menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada

kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435

II5 Niasin paper strip tes

Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak

memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa

spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang

dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36

Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat

menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa

strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB

Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 21: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

4

Universitas Indonesia

identifikasi Mycobacterium tuberculosis minimum menggunakan 2 uji tersebut untuk

mengurangi kesalahan identifikasi

Dari penelitian sebelumnya didapatkan hasil akurat serta waktu yang cepat untuk

membedakan MTB dan MOTT melalui penggunaan metode ICT MPT64 dengan

sampel pulmonary maupun ekstrapulmonary Pemeriksaan dengan metode ini dapat

digunakan pada daerah dengan fasilitas kultur meskipun sumber daya manusia kurang

dan negara-negara berkembang Berbeda dengan metode molekuler yang

membutuhkan tenaga kerja laboratorium yang ahli dan alat-alat yang canggih

Negara-negara dengan jumlah penderita TB cukup tinggi membutuhkan alat atau

metode differensiasi TB yang cepat dan akurat khususnya di Indonesia Oleh karena

itu perlu dilakukan penelitian untuk membandingkan cara immunochromatography

dengan MPT64 ( SD TB AgMPT64reg) dibandingkan dengan cara Niasin paper strip

dan PNB LJ Diharapkan metode identifikasi ini dapat membantu penegakkan

diagnosa TB menjadi lebih tepat akurat dan mudah sehingga dapat digunakan di

Indonesia

I2 Pertanyaan penelitian

Berdasarkan uraian latar belakang di atas dapat diajukan pertanyaan

penelitian sebagai berikut Bagaimana nilai sensitivitas spesifisitas nilai duga positif

dan negatif uji identifikasikan MTB atau MOTT stok LMK FKUI menggunakan ICT

(SD TB AgMPT64reg) apakah lebih baik dengan uji identifikasi Niasin paper strip

dan PNB LJ dengan baku emas pemeriksaan molekuler PCR

I3 Tujuan Penelitian

a Tujuan Umum

- Mendapatkan data mengenai keberhasilan uji identifikasi

menggunakan ICTdengan MPT64(SD TB AgMPT64reg)

Niasin paper strip dan uji PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

5

Universitas Indonesia

b Tujuan Khusus

- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan

alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg

) dengan mengetahui nila

sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif

dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)

sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding

dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi

dengan PCR13

- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan

cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip

dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB

I4 Manfaat Penelitian

1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau

MOTT

2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan

MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program

pemberantasan penyakit TB di Indonesia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

6

Universitas Indonesia

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

II1 Mycobacterium species

II11 Morfologi dan struktur bakteri

Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae

ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus

atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat

batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding

bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen

lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam

bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam

lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-

C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan

dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping

kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)

Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan

polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya

adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut

menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu

mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis

tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun

dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang

berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks

peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan

membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari

kuman Mycobacterium13-15

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

7

Universitas Indonesia

Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14

1 Lipid

Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul

bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel

Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari

molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk

melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen

serum

2 Protein

Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon

imun seluler penjamu terhadap infeksi16

Beberapa spesies Mycobacterium

terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan

penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein

Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi

reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)

3 Polisakarida

Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti

perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi

hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi

dengan serum pasien

II12 Fisiologi Pertumbuhan

Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa

oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-

70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini

sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda

selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

8

Universitas Indonesia

bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak

setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk

cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua

kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis

complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis

Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan

Mycobacterium mungi)1516

Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat

dibedakan menjadi empat kelompok 17

a) Kelompok 1 (Photochromogen)

Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna

kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan

Mycobacterium marinum)

b) Kelompok 2 (Scotochromogen)

Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan

(Mycobacterium scrofulaceum)

c) Kelompok 3 (Nonchromogen)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan

pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun

tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali

Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri

yang tergolong dalam koloni ini

d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh

yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus

Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

9

Universitas Indonesia

MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari

atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari

Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel

MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam

waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya

pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang

tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15

Perbedaan

dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen

antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa

air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat

membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat

warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat

tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16

Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan

kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien

seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam

amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan

bakteri18

Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media

padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37

oC Medium yang

digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ

Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium

sp15

Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang

berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat

ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama

yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB

tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

10

Universitas Indonesia

oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early

secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya

dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10

Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien

TB1819

II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis

Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB

Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan

menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk

percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit

basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam

udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam

karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021

Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau

sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo

yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih

dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau

ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis

adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara

yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang

mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu

Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan

untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari

bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T

sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )

yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam

infeksi21

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

11

Universitas Indonesia

Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak

dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar

melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah

bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar

ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya

Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif

untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering

terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis

(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk

sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya

Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang

terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan

yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi

fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin

yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon

menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921

Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru

karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan

tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan

semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan

nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus

Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam

percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau

terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa

dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan

lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

12

Universitas Indonesia

II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain

Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun

terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak

sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan

penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain

Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di

Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip

dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM

di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712

Hal ini sama dengan penelitian yang

dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan

hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di

setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12

Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang

menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti

klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323

Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis

yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23

Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya

disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24

Akhir-akhir ini beberapa

pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan

oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies

diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324

Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)

Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22

Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti

oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen

tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di

Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

13

Universitas Indonesia

oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra

paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT

lainnya23-25

Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru

yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan

Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi

kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai

spesies MOTT26

Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26

NO Daerah Frekwensi Kasus

1 Jakarta 17 TB paru

2 Padang Sumbar 802 TB paru

3 Semarang 24 TB paru

4 Surabaya 115 TB paru

5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi

6 JakartaBandung 207 TB Paru

7 JakartaBandung 188 TB ektra paru

8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta

Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar

611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi

mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

14

Universitas Indonesia

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang

Semarang dan Surabaya26

No Spesies MOTT

1 M simle 973

2 Mfortuitum 638

3 Mkansasii 1193

4 Mplhei 253

5 Mgastri 23

6 Mcheconae 33

7 Mscrofulaceum 185

8 Mavium 088

9 Msmegmatis 088

10 Mflavescens 094

11 M teracee complex 009

12 Mszulgai 7

13 Mmalmoense 45

14 Mxenopi 025

15 Mmarinum 1

16 Mgordonae 05

17 Mulcerans 0

18 Muknown 32

Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru

di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii

merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26

II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography

II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang

terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi

oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000

D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827

Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda

adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

15

Universitas Indonesia

untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media

padat18

II32 Immunochromatography MPT64

Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi

sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan

identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932

Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk

mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan

catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup

Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64

Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan

terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian

lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit

sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml

diakses tanggal 12-12-2013) 29

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

16

Universitas Indonesia

Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64

rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant

Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe

MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif

MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal

105 cfuml

31

Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh

Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana

dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat

26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip

(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv

dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410

Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan

kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan

sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan

padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133

isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif

pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil

kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan

karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432

II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)

Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor

asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme

PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat

Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

17

Universitas Indonesia

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi

PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -

Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme

PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33

Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat

tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat

PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman

dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34

Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M

fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan

konsentrasi PNB 103 - 10

5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan

pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat

dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk

menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada

kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435

II5 Niasin paper strip tes

Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak

memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa

spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang

dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36

Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat

menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa

strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB

Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 22: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

5

Universitas Indonesia

b Tujuan Khusus

- Mendapat data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan

alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64reg

) dengan mengetahui nila

sensitivitas spesifisitas nilai prediktif positif dan nilai prediktif negatif

dengan baku emas pemeriksaan PCR TB Pemeriksaan Molekuler (PCR)

sebagai baku emas dikarenakan nilai sensitivitas lebih tinggi dibanding

dengan kultur dan CDC merekomendasikan pemeriksaan identifikasi

dengan PCR13

- Mendapatkan data nilai sensitvitas spesifisitas bila dibandingkan dengan

cara uji identifikasi yang rutin dipakai LMK FKUI (uji Niasin paper strip

dan uji PNB LJ) dengan baku emas pemeriksaan PCR TB

I4 Manfaat Penelitian

1 Mendapatkan metode alternatif dalam menguji identifikasi MTB atau

MOTT

2 Memberikan sumbangan pengetahuan tentang uji identifikasi MTB dan

MOTT yang cepat dan tepat dengan harapan dapat membantu program

pemberantasan penyakit TB di Indonesia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

6

Universitas Indonesia

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

II1 Mycobacterium species

II11 Morfologi dan struktur bakteri

Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae

ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus

atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat

batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding

bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen

lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam

bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam

lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-

C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan

dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping

kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)

Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan

polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya

adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut

menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu

mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis

tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun

dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang

berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks

peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan

membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari

kuman Mycobacterium13-15

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

7

Universitas Indonesia

Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14

1 Lipid

Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul

bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel

Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari

molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk

melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen

serum

2 Protein

Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon

imun seluler penjamu terhadap infeksi16

Beberapa spesies Mycobacterium

terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan

penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein

Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi

reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)

3 Polisakarida

Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti

perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi

hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi

dengan serum pasien

II12 Fisiologi Pertumbuhan

Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa

oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-

70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini

sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda

selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

8

Universitas Indonesia

bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak

setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk

cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua

kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis

complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis

Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan

Mycobacterium mungi)1516

Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat

dibedakan menjadi empat kelompok 17

a) Kelompok 1 (Photochromogen)

Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna

kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan

Mycobacterium marinum)

b) Kelompok 2 (Scotochromogen)

Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan

(Mycobacterium scrofulaceum)

c) Kelompok 3 (Nonchromogen)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan

pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun

tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali

Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri

yang tergolong dalam koloni ini

d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh

yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus

Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

9

Universitas Indonesia

MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari

atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari

Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel

MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam

waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya

pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang

tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15

Perbedaan

dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen

antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa

air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat

membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat

warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat

tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16

Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan

kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien

seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam

amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan

bakteri18

Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media

padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37

oC Medium yang

digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ

Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium

sp15

Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang

berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat

ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama

yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB

tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

10

Universitas Indonesia

oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early

secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya

dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10

Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien

TB1819

II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis

Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB

Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan

menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk

percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit

basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam

udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam

karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021

Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau

sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo

yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih

dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau

ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis

adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara

yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang

mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu

Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan

untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari

bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T

sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )

yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam

infeksi21

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

11

Universitas Indonesia

Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak

dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar

melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah

bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar

ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya

Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif

untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering

terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis

(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk

sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya

Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang

terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan

yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi

fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin

yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon

menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921

Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru

karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan

tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan

semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan

nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus

Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam

percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau

terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa

dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan

lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

12

Universitas Indonesia

II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain

Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun

terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak

sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan

penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain

Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di

Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip

dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM

di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712

Hal ini sama dengan penelitian yang

dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan

hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di

setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12

Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang

menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti

klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323

Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis

yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23

Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya

disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24

Akhir-akhir ini beberapa

pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan

oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies

diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324

Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)

Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22

Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti

oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen

tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di

Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

13

Universitas Indonesia

oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra

paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT

lainnya23-25

Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru

yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan

Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi

kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai

spesies MOTT26

Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26

NO Daerah Frekwensi Kasus

1 Jakarta 17 TB paru

2 Padang Sumbar 802 TB paru

3 Semarang 24 TB paru

4 Surabaya 115 TB paru

5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi

6 JakartaBandung 207 TB Paru

7 JakartaBandung 188 TB ektra paru

8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta

Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar

611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi

mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

14

Universitas Indonesia

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang

Semarang dan Surabaya26

No Spesies MOTT

1 M simle 973

2 Mfortuitum 638

3 Mkansasii 1193

4 Mplhei 253

5 Mgastri 23

6 Mcheconae 33

7 Mscrofulaceum 185

8 Mavium 088

9 Msmegmatis 088

10 Mflavescens 094

11 M teracee complex 009

12 Mszulgai 7

13 Mmalmoense 45

14 Mxenopi 025

15 Mmarinum 1

16 Mgordonae 05

17 Mulcerans 0

18 Muknown 32

Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru

di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii

merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26

II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography

II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang

terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi

oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000

D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827

Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda

adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

15

Universitas Indonesia

untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media

padat18

II32 Immunochromatography MPT64

Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi

sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan

identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932

Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk

mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan

catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup

Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64

Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan

terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian

lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit

sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml

diakses tanggal 12-12-2013) 29

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

16

Universitas Indonesia

Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64

rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant

Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe

MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif

MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal

105 cfuml

31

Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh

Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana

dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat

26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip

(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv

dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410

Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan

kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan

sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan

padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133

isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif

pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil

kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan

karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432

II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)

Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor

asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme

PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat

Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

17

Universitas Indonesia

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi

PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -

Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme

PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33

Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat

tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat

PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman

dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34

Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M

fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan

konsentrasi PNB 103 - 10

5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan

pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat

dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk

menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada

kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435

II5 Niasin paper strip tes

Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak

memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa

spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang

dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36

Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat

menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa

strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB

Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 23: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

6

Universitas Indonesia

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

II1 Mycobacterium species

II11 Morfologi dan struktur bakteri

Bakteri MTB termasuk genus Mycobacterium dari famili Mycobacteriaceae

ordo Actinomycetales Bakteri ini bersifat tahan asam berbentuk batang kurus lurus

atau agak bengkok dengan ujung tumpul berukuran 02-06 Χ 1-10 ųm aerob obligat

batang tidak dapat bergerak tidak berkapsul dan tidak membentuk spora Dinding

bakteri tuberkulosis terdiri dari lemak dan protein Lemak merupakan komponen

lebih dari 60 berat dinding bakteri sehingga memungkinkan bakteri tahan asam

bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan untuk hidup Terdapat asam

lemak berantai panjang yang disebut asam mikolat (asam lemak rantai panjang C78-

C90) keras dan merupakan fosfatidat Di dalam sel sebagian besar lipid berikatan

dengan protein dan polisakarida penyusun utama lapisan lemak tersebut disamping

kompleks lilin (Wax D) fosfatida sulfatida dan trehalosa dimikolat (Cord factor)

Unsur lain yang terdapat pada dinding sel bakteri adalah peptidoglikan dan

polisakarida seperti arabinogalaktan dan arabinomanan Komponen protein utamanya

adalah tuberkuloprotein (tuberculin) Struktur dinding sel yang kompleks tersebut

menyebabkan bakteri Mtuberculosis bersifat tahan asam karena mampu

mempertahankan zat warna apabila diteteskan larutan asam alcohol8 Mtuberculosis

tidak diklasifikasikan kedalam bakteri gram positif maupun negatif walaupun

dinding selnya terdapat peptidoglikan (murein) kerena karakteristik kimiawinya yang

berbeda Struktur sel yang unik ini merupakan penentu virulensi bakteri Kompleks

peptida dengan asam mikolat membentuk granuloma dan fosfolipid yang akan

membentuk nekrosis perkijuan merupakan penanda khas adanya proses aktif dari

kuman Mycobacterium13-15

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

7

Universitas Indonesia

Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14

1 Lipid

Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul

bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel

Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari

molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk

melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen

serum

2 Protein

Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon

imun seluler penjamu terhadap infeksi16

Beberapa spesies Mycobacterium

terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan

penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein

Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi

reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)

3 Polisakarida

Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti

perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi

hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi

dengan serum pasien

II12 Fisiologi Pertumbuhan

Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa

oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-

70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini

sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda

selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

8

Universitas Indonesia

bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak

setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk

cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua

kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis

complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis

Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan

Mycobacterium mungi)1516

Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat

dibedakan menjadi empat kelompok 17

a) Kelompok 1 (Photochromogen)

Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna

kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan

Mycobacterium marinum)

b) Kelompok 2 (Scotochromogen)

Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan

(Mycobacterium scrofulaceum)

c) Kelompok 3 (Nonchromogen)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan

pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun

tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali

Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri

yang tergolong dalam koloni ini

d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh

yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus

Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

9

Universitas Indonesia

MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari

atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari

Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel

MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam

waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya

pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang

tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15

Perbedaan

dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen

antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa

air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat

membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat

warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat

tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16

Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan

kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien

seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam

amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan

bakteri18

Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media

padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37

oC Medium yang

digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ

Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium

sp15

Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang

berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat

ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama

yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB

tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

10

Universitas Indonesia

oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early

secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya

dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10

Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien

TB1819

II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis

Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB

Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan

menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk

percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit

basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam

udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam

karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021

Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau

sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo

yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih

dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau

ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis

adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara

yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang

mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu

Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan

untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari

bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T

sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )

yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam

infeksi21

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

11

Universitas Indonesia

Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak

dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar

melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah

bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar

ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya

Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif

untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering

terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis

(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk

sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya

Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang

terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan

yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi

fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin

yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon

menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921

Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru

karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan

tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan

semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan

nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus

Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam

percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau

terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa

dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan

lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

12

Universitas Indonesia

II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain

Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun

terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak

sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan

penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain

Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di

Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip

dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM

di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712

Hal ini sama dengan penelitian yang

dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan

hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di

setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12

Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang

menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti

klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323

Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis

yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23

Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya

disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24

Akhir-akhir ini beberapa

pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan

oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies

diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324

Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)

Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22

Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti

oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen

tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di

Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

13

Universitas Indonesia

oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra

paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT

lainnya23-25

Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru

yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan

Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi

kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai

spesies MOTT26

Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26

NO Daerah Frekwensi Kasus

1 Jakarta 17 TB paru

2 Padang Sumbar 802 TB paru

3 Semarang 24 TB paru

4 Surabaya 115 TB paru

5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi

6 JakartaBandung 207 TB Paru

7 JakartaBandung 188 TB ektra paru

8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta

Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar

611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi

mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

14

Universitas Indonesia

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang

Semarang dan Surabaya26

No Spesies MOTT

1 M simle 973

2 Mfortuitum 638

3 Mkansasii 1193

4 Mplhei 253

5 Mgastri 23

6 Mcheconae 33

7 Mscrofulaceum 185

8 Mavium 088

9 Msmegmatis 088

10 Mflavescens 094

11 M teracee complex 009

12 Mszulgai 7

13 Mmalmoense 45

14 Mxenopi 025

15 Mmarinum 1

16 Mgordonae 05

17 Mulcerans 0

18 Muknown 32

Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru

di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii

merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26

II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography

II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang

terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi

oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000

D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827

Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda

adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

15

Universitas Indonesia

untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media

padat18

II32 Immunochromatography MPT64

Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi

sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan

identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932

Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk

mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan

catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup

Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64

Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan

terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian

lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit

sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml

diakses tanggal 12-12-2013) 29

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

16

Universitas Indonesia

Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64

rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant

Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe

MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif

MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal

105 cfuml

31

Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh

Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana

dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat

26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip

(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv

dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410

Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan

kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan

sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan

padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133

isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif

pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil

kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan

karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432

II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)

Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor

asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme

PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat

Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

17

Universitas Indonesia

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi

PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -

Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme

PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33

Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat

tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat

PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman

dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34

Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M

fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan

konsentrasi PNB 103 - 10

5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan

pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat

dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk

menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada

kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435

II5 Niasin paper strip tes

Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak

memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa

spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang

dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36

Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat

menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa

strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB

Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 24: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

7

Universitas Indonesia

Penyusun struktur dinding sel Mycobacterium 14

1 Lipid

Dinding sel MTB tersusun dari asam mikolat yang merupakan molekul

bersifat hidrofobik kuat dan berpengaruh pada permeabilitas dinding sel

Virulensi bakteri sangat ditentukan oleh molekul ini Diperkirakan fungsi dari

molekul ini adalah untuk mempertahankan diri dari granul fagosit dan untuk

melindungi bagian ekstraseluler Mycobacterium dari aktivitas komplemen

serum

2 Protein

Protein merupakan antigen yang penting untuk dapat merangsang respon

imun seluler penjamu terhadap infeksi16

Beberapa spesies Mycobacterium

terdiri dari protein yang dapat menimbulkan reaksi tuberculin bila dilakukan

penyuntikan di daerah intrakutan dengan cara menyuntikan Purified Protein

Derivative Protein tiap Mycobacterium terikat dengan wax dan menginduksi

reaksi kekebalan humoral ( reaksi tuberkulin)

3 Polisakarida

Mycobacterium mengandung polisakarida namun belum diketahui secara pasti

perannya dalam patogenesis penyakit Polisakarida bisa menginduksi

hipersensitivitas tipe cepat dan berperan sebagai antigen ketika berinteraksi

dengan serum pasien

II12 Fisiologi Pertumbuhan

Mycobacterium tuberculosis (MTB) bersifat aerob obligat tidak dapat tumbuh tanpa

oksigen Suhu optimal pertumbuhan adalah 370C dan pH pertumbuhan optimal 64-

70 meskipun MTB berada pada kondisi yang optimal pertumbuhan bakteri ini

sangat lambat Bakteri ini mempunyai waktu generasiwaktu pembelahan ganda

selama 14-20 jam dengan rata-rata 18 jam dan cenderung lebih lambat dibandingkan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

8

Universitas Indonesia

bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak

setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk

cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua

kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis

complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis

Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan

Mycobacterium mungi)1516

Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat

dibedakan menjadi empat kelompok 17

a) Kelompok 1 (Photochromogen)

Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna

kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan

Mycobacterium marinum)

b) Kelompok 2 (Scotochromogen)

Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan

(Mycobacterium scrofulaceum)

c) Kelompok 3 (Nonchromogen)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan

pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun

tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali

Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri

yang tergolong dalam koloni ini

d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh

yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus

Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

9

Universitas Indonesia

MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari

atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari

Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel

MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam

waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya

pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang

tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15

Perbedaan

dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen

antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa

air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat

membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat

warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat

tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16

Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan

kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien

seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam

amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan

bakteri18

Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media

padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37

oC Medium yang

digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ

Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium

sp15

Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang

berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat

ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama

yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB

tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

10

Universitas Indonesia

oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early

secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya

dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10

Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien

TB1819

II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis

Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB

Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan

menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk

percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit

basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam

udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam

karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021

Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau

sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo

yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih

dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau

ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis

adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara

yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang

mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu

Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan

untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari

bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T

sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )

yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam

infeksi21

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

11

Universitas Indonesia

Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak

dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar

melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah

bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar

ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya

Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif

untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering

terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis

(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk

sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya

Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang

terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan

yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi

fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin

yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon

menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921

Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru

karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan

tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan

semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan

nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus

Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam

percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau

terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa

dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan

lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

12

Universitas Indonesia

II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain

Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun

terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak

sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan

penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain

Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di

Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip

dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM

di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712

Hal ini sama dengan penelitian yang

dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan

hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di

setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12

Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang

menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti

klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323

Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis

yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23

Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya

disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24

Akhir-akhir ini beberapa

pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan

oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies

diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324

Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)

Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22

Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti

oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen

tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di

Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

13

Universitas Indonesia

oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra

paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT

lainnya23-25

Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru

yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan

Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi

kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai

spesies MOTT26

Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26

NO Daerah Frekwensi Kasus

1 Jakarta 17 TB paru

2 Padang Sumbar 802 TB paru

3 Semarang 24 TB paru

4 Surabaya 115 TB paru

5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi

6 JakartaBandung 207 TB Paru

7 JakartaBandung 188 TB ektra paru

8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta

Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar

611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi

mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

14

Universitas Indonesia

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang

Semarang dan Surabaya26

No Spesies MOTT

1 M simle 973

2 Mfortuitum 638

3 Mkansasii 1193

4 Mplhei 253

5 Mgastri 23

6 Mcheconae 33

7 Mscrofulaceum 185

8 Mavium 088

9 Msmegmatis 088

10 Mflavescens 094

11 M teracee complex 009

12 Mszulgai 7

13 Mmalmoense 45

14 Mxenopi 025

15 Mmarinum 1

16 Mgordonae 05

17 Mulcerans 0

18 Muknown 32

Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru

di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii

merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26

II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography

II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang

terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi

oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000

D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827

Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda

adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

15

Universitas Indonesia

untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media

padat18

II32 Immunochromatography MPT64

Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi

sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan

identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932

Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk

mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan

catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup

Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64

Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan

terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian

lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit

sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml

diakses tanggal 12-12-2013) 29

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

16

Universitas Indonesia

Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64

rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant

Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe

MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif

MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal

105 cfuml

31

Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh

Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana

dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat

26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip

(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv

dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410

Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan

kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan

sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan

padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133

isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif

pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil

kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan

karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432

II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)

Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor

asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme

PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat

Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

17

Universitas Indonesia

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi

PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -

Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme

PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33

Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat

tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat

PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman

dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34

Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M

fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan

konsentrasi PNB 103 - 10

5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan

pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat

dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk

menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada

kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435

II5 Niasin paper strip tes

Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak

memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa

spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang

dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36

Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat

menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa

strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB

Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 25: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

8

Universitas Indonesia

bakteri lainnya Koloni bakteri beberapa spesimen klinik umumnya akan tampak

setelah waktu inkubasi 3-8 minggu Koloni bakteri yang tumbuh biasanya berbentuk

cembung kering berwarna kuning gading Mycobacterium dibagi dalam dua

kelompok utama yaitu terdiri dari MTB dan MOTT Mycobacterium tuberculosis

complex (MTBC) terdiri dari (Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis

Mycobacterium africanum Mycobacterium microti Mycobacterium canettii dan

Mycobacterium mungi)1516

Berdasarkan kemampuan pertumbuhan yang dihasilkan Mycobacterium dapat

dibedakan menjadi empat kelompok 17

a) Kelompok 1 (Photochromogen)

Organisme pada kelompok ini hanya menghasilkan koloni berwarna

kuning-oranye pada saat terpapar cahaya (Mycobacterium kansaii dan

Mycobacterium marinum)

b) Kelompok 2 (Scotochromogen)

Organisme akan menghasilkan pigmen tetapi tanpa pencahayaan

(Mycobacterium scrofulaceum)

c) Kelompok 3 (Nonchromogen)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini akan menghasilkan

pigmen warna kuning-oranye baik dalam kondisi terkena cahaya maupun

tidak dan sering terjadi tidak menghasilkan pigmen sama sekali

Mycobacterium avium intracellular complex (MAC) merupakan bakteri

yang tergolong dalam koloni ini

d) Kelompok 4 (Mycobacterium yang tumbuh dengan cepat)

Organisme yang termasuk dalam kelompok ini memiliki waktu tumbuh

yang sangat cepat yaitu dalam waktu 7 hari (Mycobacterium abscessus

Mycobacterium fortuitum Mycobacterium smegmatis dan M chelonae)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

9

Universitas Indonesia

MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari

atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari

Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel

MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam

waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya

pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang

tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15

Perbedaan

dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen

antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa

air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat

membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat

warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat

tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16

Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan

kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien

seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam

amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan

bakteri18

Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media

padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37

oC Medium yang

digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ

Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium

sp15

Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang

berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat

ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama

yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB

tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

10

Universitas Indonesia

oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early

secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya

dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10

Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien

TB1819

II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis

Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB

Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan

menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk

percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit

basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam

udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam

karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021

Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau

sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo

yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih

dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau

ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis

adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara

yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang

mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu

Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan

untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari

bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T

sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )

yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam

infeksi21

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

11

Universitas Indonesia

Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak

dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar

melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah

bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar

ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya

Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif

untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering

terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis

(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk

sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya

Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang

terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan

yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi

fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin

yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon

menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921

Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru

karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan

tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan

semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan

nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus

Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam

percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau

terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa

dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan

lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

12

Universitas Indonesia

II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain

Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun

terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak

sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan

penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain

Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di

Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip

dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM

di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712

Hal ini sama dengan penelitian yang

dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan

hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di

setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12

Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang

menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti

klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323

Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis

yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23

Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya

disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24

Akhir-akhir ini beberapa

pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan

oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies

diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324

Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)

Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22

Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti

oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen

tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di

Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

13

Universitas Indonesia

oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra

paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT

lainnya23-25

Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru

yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan

Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi

kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai

spesies MOTT26

Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26

NO Daerah Frekwensi Kasus

1 Jakarta 17 TB paru

2 Padang Sumbar 802 TB paru

3 Semarang 24 TB paru

4 Surabaya 115 TB paru

5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi

6 JakartaBandung 207 TB Paru

7 JakartaBandung 188 TB ektra paru

8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta

Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar

611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi

mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

14

Universitas Indonesia

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang

Semarang dan Surabaya26

No Spesies MOTT

1 M simle 973

2 Mfortuitum 638

3 Mkansasii 1193

4 Mplhei 253

5 Mgastri 23

6 Mcheconae 33

7 Mscrofulaceum 185

8 Mavium 088

9 Msmegmatis 088

10 Mflavescens 094

11 M teracee complex 009

12 Mszulgai 7

13 Mmalmoense 45

14 Mxenopi 025

15 Mmarinum 1

16 Mgordonae 05

17 Mulcerans 0

18 Muknown 32

Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru

di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii

merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26

II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography

II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang

terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi

oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000

D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827

Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda

adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

15

Universitas Indonesia

untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media

padat18

II32 Immunochromatography MPT64

Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi

sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan

identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932

Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk

mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan

catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup

Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64

Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan

terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian

lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit

sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml

diakses tanggal 12-12-2013) 29

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

16

Universitas Indonesia

Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64

rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant

Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe

MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif

MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal

105 cfuml

31

Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh

Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana

dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat

26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip

(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv

dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410

Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan

kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan

sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan

padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133

isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif

pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil

kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan

karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432

II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)

Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor

asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme

PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat

Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

17

Universitas Indonesia

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi

PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -

Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme

PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33

Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat

tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat

PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman

dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34

Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M

fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan

konsentrasi PNB 103 - 10

5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan

pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat

dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk

menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada

kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435

II5 Niasin paper strip tes

Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak

memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa

spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang

dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36

Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat

menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa

strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB

Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 26: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

9

Universitas Indonesia

MOTT dapat tumbuh sebagai koloni yang terlihat mata setelah inkubasi tujuh hari

atau lebih dari tujuh hari rata-rata dalam sembilan sampai empat belas hari

Mycobacterium memperoleh energi dari oksidasi senyawa karbon sederhana Satu sel

MTB dapat menghasilkan satu koloni yang dapat terlihat pada media padat dalam

waktu 2 minggu Koloni bakteri dari spesimen klinik umumnya akan tampak adanya

pertumbuhan di medium LJ setelah waktu inkubasi 3 minggu Koloni bakteri yang

tumbuh biasanya berbentuk cembung kering berwarna kuning gading15

Perbedaan

dengan bakteri yang umum adalah mycobacterium resisten terhadap agen

antibakterial seperti penisilin dan mampu bertahan dalam kondisi kekeringan tanpa

air dalam jangka waktu yang sangat lama Sifat biokimia bakteri ini antara lain dapat

membentuk asam nikotinat tidak dapat menghidrolisis Tween -80 dapat mengikat

warna merah netral karena mengandung asam diamino pimelinat dan tidak dapat

tumbuh pada asam 4(p)-nitrobenzoat dan triasetason16

Bakteri ini dapat tumbuh pada media buatan yang sangat sederhana dengan

kandungan gliserol atau komponen lain sebagai sumber karbon dan mikronutrien

seperti garam ammonium sebagai sumber nitrogen Asparagin atau campuran asam

amino dapat ditambahkan ke dalam media tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan

bakteri18

Pertumbuhan Mycobacterium dapat dilihat tanpa bantuan mikroskop pada media

padat dan suhu yang dibutuhkan berkisar antara 30oC ndash 37

oC Medium yang

digunakan untuk pertumbuhan biasanya menggunakan media agar miring LJ

Medium cair digunakan untuk mempersingkat waktu pertumbuhan Mycobacterium

sp15

Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki beberapa antigen spesifik yang

berhasil diidentifikasi diantaranya berasal dari dinding sel kuman yang dapat

ditemukan dalam kultur seperti antigen kompleks 85A 85B 85C Antigen utama

yang dikenal oleh serum pasien TB dan merupakan elemen yang mengatur MTB

tetap laten dan berada terus di dalam pejamu dapat diidentifikasikan secara spesifik

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

10

Universitas Indonesia

oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early

secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya

dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10

Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien

TB1819

II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis

Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB

Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan

menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk

percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit

basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam

udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam

karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021

Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau

sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo

yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih

dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau

ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis

adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara

yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang

mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu

Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan

untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari

bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T

sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )

yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam

infeksi21

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

11

Universitas Indonesia

Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak

dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar

melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah

bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar

ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya

Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif

untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering

terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis

(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk

sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya

Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang

terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan

yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi

fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin

yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon

menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921

Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru

karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan

tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan

semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan

nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus

Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam

percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau

terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa

dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan

lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

12

Universitas Indonesia

II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain

Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun

terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak

sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan

penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain

Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di

Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip

dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM

di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712

Hal ini sama dengan penelitian yang

dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan

hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di

setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12

Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang

menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti

klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323

Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis

yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23

Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya

disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24

Akhir-akhir ini beberapa

pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan

oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies

diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324

Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)

Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22

Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti

oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen

tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di

Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

13

Universitas Indonesia

oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra

paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT

lainnya23-25

Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru

yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan

Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi

kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai

spesies MOTT26

Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26

NO Daerah Frekwensi Kasus

1 Jakarta 17 TB paru

2 Padang Sumbar 802 TB paru

3 Semarang 24 TB paru

4 Surabaya 115 TB paru

5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi

6 JakartaBandung 207 TB Paru

7 JakartaBandung 188 TB ektra paru

8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta

Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar

611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi

mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

14

Universitas Indonesia

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang

Semarang dan Surabaya26

No Spesies MOTT

1 M simle 973

2 Mfortuitum 638

3 Mkansasii 1193

4 Mplhei 253

5 Mgastri 23

6 Mcheconae 33

7 Mscrofulaceum 185

8 Mavium 088

9 Msmegmatis 088

10 Mflavescens 094

11 M teracee complex 009

12 Mszulgai 7

13 Mmalmoense 45

14 Mxenopi 025

15 Mmarinum 1

16 Mgordonae 05

17 Mulcerans 0

18 Muknown 32

Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru

di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii

merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26

II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography

II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang

terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi

oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000

D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827

Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda

adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

15

Universitas Indonesia

untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media

padat18

II32 Immunochromatography MPT64

Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi

sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan

identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932

Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk

mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan

catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup

Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64

Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan

terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian

lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit

sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml

diakses tanggal 12-12-2013) 29

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

16

Universitas Indonesia

Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64

rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant

Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe

MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif

MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal

105 cfuml

31

Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh

Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana

dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat

26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip

(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv

dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410

Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan

kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan

sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan

padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133

isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif

pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil

kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan

karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432

II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)

Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor

asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme

PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat

Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

17

Universitas Indonesia

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi

PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -

Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme

PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33

Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat

tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat

PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman

dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34

Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M

fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan

konsentrasi PNB 103 - 10

5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan

pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat

dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk

menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada

kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435

II5 Niasin paper strip tes

Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak

memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa

spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang

dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36

Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat

menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa

strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB

Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 27: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

10

Universitas Indonesia

oleh protein 16-kDa Antigen spesifik yang berasal dari cairan kultur adalah early

secretory antigenic target 6 (ESAT-6) culture filtrate protein 10 (CFP-10) keduanya

dapat diketahui dengan gen RD-1 (region of difference 1) dan antigen TB10

Ketiganya merupakan antigen dominan yang didapat dari sebagian besar pasien

TB1819

II13 Patogenesis penyakit tuberkulosis

Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit infeksi di paru yang disebabkan oleh MTB

Batuk bersin atau berbicara pada orang yang menderita infeksi paru oleh MTB akan

menghasilkan aerosol sekresi pernapasan yang cepat mengering dan membentuk

percikan droplet nuclei yang ukurannya kurang lebih 1-5 microm dan mengandung sedikit

basil tuberkel (satu sampai tiga basil) droplet nuclei ini akan tetap berada dalam

udara hingga terhirup oleh orang lain kemudian masuk ke alveolar bagian dalam

karena ukurannya kecil mampu melewati lapisan mukosilier bronkus2021

Droplet dapat pula ditularkan ketika induksi sputum dan pemeriksaaan jaringan atau

sputum di laboratorium droplet yang berukuran besar bukan merupakan ldquokendaraanrdquo

yang efektif karena tidak dapat menembus alveoli tetapi partikel tersebut terlebih

dahulu terperangkap di mukosa dan dibawa ke orofaring untuk dibatukkan keluar atau

ditelan Faktor-faktor yang menentukan kecenderungan transmisi Mtuberculosis

adalah jumlah organisme yang keluar ketika batuk konsentrasi organisme di udara

yang ditentukan oleh volume ruangan dan ventilasi lama waktu pajanan seseorang

mehirup udara yang tercemar serta daya tahan tubuh individu

Pertahanan utama paru adalah makrofag alveolar dan MTB memiliki kemampuan

untuk hidup dan tumbuh di dalam makrofag alveolar tersebut Interaksi utama dari

bakteri dengan makrofag akan merangsang respon sel T pembantu (CD4) dan sel T

sitotoksik (CD8) Peran utama CD4 adalah melepaskan interferon-gama (IFN-Ɣ )

yang akan merangsang aktivitas makrofag yang memegang peranan penting dalam

infeksi21

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

11

Universitas Indonesia

Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak

dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar

melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah

bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar

ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya

Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif

untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering

terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis

(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk

sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya

Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang

terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan

yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi

fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin

yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon

menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921

Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru

karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan

tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan

semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan

nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus

Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam

percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau

terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa

dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan

lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

12

Universitas Indonesia

II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain

Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun

terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak

sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan

penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain

Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di

Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip

dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM

di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712

Hal ini sama dengan penelitian yang

dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan

hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di

setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12

Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang

menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti

klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323

Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis

yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23

Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya

disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24

Akhir-akhir ini beberapa

pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan

oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies

diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324

Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)

Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22

Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti

oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen

tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di

Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

13

Universitas Indonesia

oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra

paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT

lainnya23-25

Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru

yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan

Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi

kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai

spesies MOTT26

Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26

NO Daerah Frekwensi Kasus

1 Jakarta 17 TB paru

2 Padang Sumbar 802 TB paru

3 Semarang 24 TB paru

4 Surabaya 115 TB paru

5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi

6 JakartaBandung 207 TB Paru

7 JakartaBandung 188 TB ektra paru

8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta

Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar

611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi

mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

14

Universitas Indonesia

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang

Semarang dan Surabaya26

No Spesies MOTT

1 M simle 973

2 Mfortuitum 638

3 Mkansasii 1193

4 Mplhei 253

5 Mgastri 23

6 Mcheconae 33

7 Mscrofulaceum 185

8 Mavium 088

9 Msmegmatis 088

10 Mflavescens 094

11 M teracee complex 009

12 Mszulgai 7

13 Mmalmoense 45

14 Mxenopi 025

15 Mmarinum 1

16 Mgordonae 05

17 Mulcerans 0

18 Muknown 32

Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru

di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii

merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26

II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography

II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang

terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi

oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000

D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827

Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda

adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

15

Universitas Indonesia

untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media

padat18

II32 Immunochromatography MPT64

Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi

sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan

identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932

Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk

mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan

catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup

Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64

Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan

terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian

lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit

sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml

diakses tanggal 12-12-2013) 29

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

16

Universitas Indonesia

Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64

rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant

Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe

MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif

MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal

105 cfuml

31

Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh

Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana

dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat

26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip

(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv

dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410

Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan

kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan

sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan

padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133

isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif

pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil

kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan

karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432

II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)

Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor

asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme

PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat

Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

17

Universitas Indonesia

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi

PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -

Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme

PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33

Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat

tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat

PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman

dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34

Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M

fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan

konsentrasi PNB 103 - 10

5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan

pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat

dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk

menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada

kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435

II5 Niasin paper strip tes

Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak

memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa

spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang

dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36

Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat

menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa

strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB

Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 28: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

11

Universitas Indonesia

Pada keadaan pertahanan tubuh penderita rendah bakteri akan berkembang biak

dengan cepat di dalam makrofag alveolar yang tidak aktif Bakteri juga dapat keluar

melalui peredaran limfatik dan membuat fokus infeksi terpisah pada kelenjar getah

bening pada bagian hilus paru Dari kelenjar getah bening ini bakteri akan menyebar

ke duktus torasikus menuju sirkulasi dan organ-organ tubuh lainnya

Pada orang dewasa sehat yang terpajan sejumlah kecil bakteri makrofag akan aktif

untuk menghentikan infeksi sebelum terjadi kerusakan paru Oleh karena itu sering

terjadi hasil tes tuberkulin positif tetapi tidak menunjukkan gejala klinis

(asimptomatis) Infeksi tidak berhasil dibersihkan oleh sel fagosit akan membentuk

sel fagosit baru yang akan menyerang daerah infeksi dan berakumulasi di sekitarnya

Makrofag di sekitar bakteri akan bersatu membentuk sel raksasa dan lapisan yang

terdiri dari makrofag dan Sel T akan terbentuk di sekitar fokus pertumbuhan jaringan

yang rusak dan mengandung bakteri Fagosit tidak mampu membunuh bakteri tetapi

fagosit berhasil membatasi pertumbuhan lesi dengan membentuk suatu lapisan fibrin

yang tebal Lapisan ini disebut dengan tuberkel Sel T dan fagosit yang berespon

menghasilkan lesi seperti tuberkel disebut respon granulomatous1921

Fagosit yang tidak dapat membunuh bakteri dapat meyebabkan kerusakan paru

karena lepasnya enzim lisosim yang menyebabkan kerusakan jaringan Bakteri akan

tetap tumbuh dan fagosit terus berusaha menghancurkan sehingga meyebabkan

semakin banyak jaringan yang rusak mencair seperti keju yang disebut dengan

nekrosis kaseosa (caseous necrosis) dan menimbulkan kavitas di dalam bronkus

Materi tuberkel yang dilepaskan dari dinding kavitas akan masuk kedalam

percabangan trakeobronkhial Proses ini dapat terulang lagi kebagian paru lain atau

terbawa kebagian laring telinga tengah atau usus Bakteri akan lebih mudah dibawa

dalam aerosol sehingga penderita dengan lesi cair akan lebih menular dan juga akan

lebih mudah disebarkan ke bagian tubuh yang lain1921

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

12

Universitas Indonesia

II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain

Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun

terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak

sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan

penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain

Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di

Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip

dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM

di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712

Hal ini sama dengan penelitian yang

dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan

hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di

setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12

Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang

menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti

klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323

Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis

yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23

Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya

disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24

Akhir-akhir ini beberapa

pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan

oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies

diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324

Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)

Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22

Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti

oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen

tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di

Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

13

Universitas Indonesia

oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra

paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT

lainnya23-25

Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru

yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan

Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi

kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai

spesies MOTT26

Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26

NO Daerah Frekwensi Kasus

1 Jakarta 17 TB paru

2 Padang Sumbar 802 TB paru

3 Semarang 24 TB paru

4 Surabaya 115 TB paru

5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi

6 JakartaBandung 207 TB Paru

7 JakartaBandung 188 TB ektra paru

8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta

Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar

611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi

mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

14

Universitas Indonesia

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang

Semarang dan Surabaya26

No Spesies MOTT

1 M simle 973

2 Mfortuitum 638

3 Mkansasii 1193

4 Mplhei 253

5 Mgastri 23

6 Mcheconae 33

7 Mscrofulaceum 185

8 Mavium 088

9 Msmegmatis 088

10 Mflavescens 094

11 M teracee complex 009

12 Mszulgai 7

13 Mmalmoense 45

14 Mxenopi 025

15 Mmarinum 1

16 Mgordonae 05

17 Mulcerans 0

18 Muknown 32

Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru

di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii

merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26

II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography

II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang

terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi

oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000

D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827

Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda

adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

15

Universitas Indonesia

untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media

padat18

II32 Immunochromatography MPT64

Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi

sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan

identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932

Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk

mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan

catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup

Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64

Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan

terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian

lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit

sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml

diakses tanggal 12-12-2013) 29

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

16

Universitas Indonesia

Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64

rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant

Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe

MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif

MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal

105 cfuml

31

Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh

Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana

dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat

26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip

(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv

dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410

Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan

kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan

sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan

padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133

isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif

pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil

kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan

karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432

II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)

Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor

asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme

PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat

Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

17

Universitas Indonesia

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi

PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -

Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme

PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33

Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat

tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat

PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman

dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34

Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M

fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan

konsentrasi PNB 103 - 10

5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan

pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat

dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk

menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada

kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435

II5 Niasin paper strip tes

Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak

memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa

spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang

dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36

Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat

menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa

strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB

Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 29: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

12

Universitas Indonesia

II 2 Perbedaan MTB dan MOTT Indonesia dengan Negara lain

Keanekaragaman genotip dari Mycobacterium yang ditemukan dalam 15 tahun

terakhir ini Strain Beijing ditemukan di wiayah Jakarta sebesar 324 dan ini tidak

sama antara pulau-pulau yang tersebar di Indonesia tergantung dari kepadatan

penduduk Berdasarkan penelitian Parwati dkk tahun 2008 terdapat perbedaan strain

Mycobacterium antara Jawa Barat dengan Nusa Tengara Timur Genotip Beijing di

Jawa Barat sebanyak 33 sedangkan di NTT hanya 14 dan lebih dominan genotip

dari EAI dan LAM sebanyak 333 dan 20 Tetapi kedua genotip EAI dan LAM

di Jawa Barat sebanyak 62 dan 8712

Hal ini sama dengan penelitian yang

dilaporkan di Vietnam dimana terdapat 50 stain Bejing di kota Ho Chi Minh dan

hanya 30 di wilayah aliran sungai Mekong Disimpulkan genotip dapat berbeda di

setiap tempat sehingga menambah keragaman dari MTB12

Mycobacterium other than tuberculosis (MOTT) banyak terdapat di alam dan jarang

menimbulkan penyakit bila tidak ada faktor predisposisi Belum ditemukan bukti

klinis penularan dari hewan ke manusia dan dari manusia ke manusia lain1323

Manifestasi klinis yang muncul pada manusia dapat dibagi menjadi 4 sindrom klinis

yaitu penyakit paru kronik limfadenitis penyakit kulit dan penyakit diseminata23

Prevalens infeksi paru yang disebabkan oleh MOTT meningkat dan umumnya

disebabkan oleh Mavium-intracellurare atau Mkansasii24

Akhir-akhir ini beberapa

pusat rujukan melaporkan peningkatan jumlah pasien infeksi paru yang disebabkan

oleh kuman MOTT Lebih dari 125 spesies telah diidentifikasi sekitar 60 spesies

diantaranya dicurigai dan diketahui dapat menyebabkan infeksi pada manusia1324

Patogen tersering MOTT pada penyakit paru adalah Mavium compleks (MAC)

Mkansasii M abscessus M xenopi dan M malmoense22

Infeksi paru oleh MOTT di Amerika Serikat umumnya disebabkan oleh MAC diikuti

oleh Mkansasii sedangkan di Inggris M kansasii merupakan kuman patogen

tersering sedangkan M malmoense ditemukan di Skotlandia dan Mxenopii di

Inggris bagian tenggara Penyebab kuman MOTT di Jepang adalah MAC dan diikuti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

13

Universitas Indonesia

oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra

paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT

lainnya23-25

Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru

yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan

Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi

kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai

spesies MOTT26

Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26

NO Daerah Frekwensi Kasus

1 Jakarta 17 TB paru

2 Padang Sumbar 802 TB paru

3 Semarang 24 TB paru

4 Surabaya 115 TB paru

5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi

6 JakartaBandung 207 TB Paru

7 JakartaBandung 188 TB ektra paru

8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta

Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar

611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi

mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

14

Universitas Indonesia

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang

Semarang dan Surabaya26

No Spesies MOTT

1 M simle 973

2 Mfortuitum 638

3 Mkansasii 1193

4 Mplhei 253

5 Mgastri 23

6 Mcheconae 33

7 Mscrofulaceum 185

8 Mavium 088

9 Msmegmatis 088

10 Mflavescens 094

11 M teracee complex 009

12 Mszulgai 7

13 Mmalmoense 45

14 Mxenopi 025

15 Mmarinum 1

16 Mgordonae 05

17 Mulcerans 0

18 Muknown 32

Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru

di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii

merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26

II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography

II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang

terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi

oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000

D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827

Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda

adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

15

Universitas Indonesia

untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media

padat18

II32 Immunochromatography MPT64

Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi

sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan

identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932

Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk

mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan

catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup

Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64

Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan

terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian

lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit

sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml

diakses tanggal 12-12-2013) 29

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

16

Universitas Indonesia

Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64

rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant

Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe

MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif

MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal

105 cfuml

31

Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh

Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana

dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat

26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip

(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv

dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410

Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan

kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan

sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan

padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133

isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif

pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil

kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan

karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432

II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)

Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor

asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme

PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat

Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

17

Universitas Indonesia

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi

PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -

Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme

PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33

Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat

tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat

PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman

dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34

Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M

fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan

konsentrasi PNB 103 - 10

5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan

pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat

dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk

menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada

kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435

II5 Niasin paper strip tes

Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak

memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa

spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang

dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36

Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat

menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa

strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB

Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 30: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

13

Universitas Indonesia

oleh Mkansasii Survei di Korea menemukan isolat MOTT pada kasus TB ektra

paru sekitar 66 MAC 13 Mfortuitum 9 M chelonae complex dan 12 MOTT

lainnya23-25

Berdasarkan beberapa penelitian tentang MOTT pada TB paru dan TB ekstra paru

yang telah dilakukan oleh Misnadiarly 2008 di Jakarta Bandung Semarang dan

Surabaya dengan melakukan kultur spesimen berupa sputum biopsi dan aspirasi

kelenjar getah bening biopsi sumsum tulang dan lain-lain telah ditemukan berbagai

spesies MOTT26

Tabel 21 Temuan MOTT bedasarkan geografis dan kasus klinis26

NO Daerah Frekwensi Kasus

1 Jakarta 17 TB paru

2 Padang Sumbar 802 TB paru

3 Semarang 24 TB paru

4 Surabaya 115 TB paru

5 BandungJakarta 611 TB gagal terapi

6 JakartaBandung 207 TB Paru

7 JakartaBandung 188 TB ektra paru

8 Bandung 154 TB ektra paru Ket Menggambarkan identitas Bandung tetapi tempat tinggal di Jakarta

Frekuensi terjadinya infeksi MOTT tertinggi terdapat di BandungJakarta sebesar

611 dengan kasus TB gagal terapi dan kasus ektra paru teridentifikasi

mikroorganisme MOTT sebanyak 188 di daerah JakartaBandung ( tabel 21 )26

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

14

Universitas Indonesia

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang

Semarang dan Surabaya26

No Spesies MOTT

1 M simle 973

2 Mfortuitum 638

3 Mkansasii 1193

4 Mplhei 253

5 Mgastri 23

6 Mcheconae 33

7 Mscrofulaceum 185

8 Mavium 088

9 Msmegmatis 088

10 Mflavescens 094

11 M teracee complex 009

12 Mszulgai 7

13 Mmalmoense 45

14 Mxenopi 025

15 Mmarinum 1

16 Mgordonae 05

17 Mulcerans 0

18 Muknown 32

Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru

di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii

merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26

II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography

II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang

terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi

oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000

D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827

Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda

adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

15

Universitas Indonesia

untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media

padat18

II32 Immunochromatography MPT64

Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi

sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan

identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932

Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk

mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan

catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup

Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64

Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan

terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian

lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit

sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml

diakses tanggal 12-12-2013) 29

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

16

Universitas Indonesia

Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64

rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant

Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe

MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif

MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal

105 cfuml

31

Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh

Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana

dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat

26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip

(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv

dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410

Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan

kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan

sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan

padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133

isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif

pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil

kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan

karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432

II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)

Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor

asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme

PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat

Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

17

Universitas Indonesia

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi

PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -

Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme

PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33

Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat

tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat

PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman

dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34

Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M

fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan

konsentrasi PNB 103 - 10

5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan

pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat

dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk

menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada

kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435

II5 Niasin paper strip tes

Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak

memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa

spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang

dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36

Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat

menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa

strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB

Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 31: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

14

Universitas Indonesia

Tabel 22 Spesies MOTT yang ditemukan pada penderita TB paru di kota Padang

Semarang dan Surabaya26

No Spesies MOTT

1 M simle 973

2 Mfortuitum 638

3 Mkansasii 1193

4 Mplhei 253

5 Mgastri 23

6 Mcheconae 33

7 Mscrofulaceum 185

8 Mavium 088

9 Msmegmatis 088

10 Mflavescens 094

11 M teracee complex 009

12 Mszulgai 7

13 Mmalmoense 45

14 Mxenopi 025

15 Mmarinum 1

16 Mgordonae 05

17 Mulcerans 0

18 Muknown 32

Dari penelitian Misnadiarly 2008 didapatkan spesies MOTT dari penderita TB paru

di kota Padang Semarang dan Surabaya sebanyak 17 spesies (tabel22) M kansasii

merupakan spesies yang paling banyak ditemukan 26

II3 Uji identifikasi MPT64-immunochromatography

II31 Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64)

Mycobacterium protein tuberculosis (MPT64) adalah antigen dari MTB yang

terdapat didinding dan diproduksi selama MTB tumbuh8 Protein MPT64 disandi

oleh gen RV1980c yang terdiri dari 228 asam amino dengan massa molekul 24000

D MPT64 hanya ditemukan pada kultur MTB dan Mycobacterium bovis BCG827

Antigen MPT64 terdapat di region RD2 MPT64 terdapat di MTB sebagai penanda

adanya virulensi Pada penelitian Abe dkk MPT 64-ICA sangat mudah digunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

15

Universitas Indonesia

untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media

padat18

II32 Immunochromatography MPT64

Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi

sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan

identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932

Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk

mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan

catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup

Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64

Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan

terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian

lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit

sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml

diakses tanggal 12-12-2013) 29

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

16

Universitas Indonesia

Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64

rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant

Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe

MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif

MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal

105 cfuml

31

Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh

Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana

dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat

26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip

(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv

dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410

Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan

kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan

sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan

padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133

isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif

pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil

kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan

karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432

II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)

Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor

asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme

PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat

Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

17

Universitas Indonesia

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi

PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -

Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme

PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33

Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat

tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat

PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman

dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34

Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M

fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan

konsentrasi PNB 103 - 10

5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan

pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat

dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk

menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada

kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435

II5 Niasin paper strip tes

Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak

memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa

spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang

dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36

Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat

menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa

strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB

Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 32: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

15

Universitas Indonesia

untuk identifikasi MTB kompleks yang dikultur dengan media cair atau media

padat18

II32 Immunochromatography MPT64

Rapid test ICT MPT64 diketahui mempunyai sensitivitas dan spesifisitas tinggi

sehingga menjadi alternatif untuk metode identifikasi Cara kerja dari pemeriksaan

identifiksi MTB dengan ICT MPT64 dapat dilihat di gambar 21282932

Metode identifikasi menggunakan MPT64 juga dapat digunakan untuk

mengidentifikasi isolat MTB yang sudah disimpan dalam jangka waktu lama dengan

catatan mikroorganisme yang tumbuh diisolat masih hidup

Gambar 21 Cara kerja ICT Ag MPT64

Keterangan gambar Antibody diberi label gold atau emas dan bila terdapat antigen dari sampel akan

terikat kemudian terbawa di kertas ICT sehingga menunujukkan garis merah di tempat tes Kemudian

lebel antibody yang tidak terikat antigen akan bergulir ke tempat kontrol yang terdapat anti igG mencit

sehingga terjadi ikatan dan menunjukan garis merah pada control ( httpbl-incjpimno_ehtml

diakses tanggal 12-12-2013) 29

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

16

Universitas Indonesia

Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64

rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant

Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe

MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif

MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal

105 cfuml

31

Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh

Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana

dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat

26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip

(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv

dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410

Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan

kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan

sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan

padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133

isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif

pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil

kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan

karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432

II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)

Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor

asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme

PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat

Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

17

Universitas Indonesia

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi

PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -

Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme

PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33

Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat

tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat

PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman

dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34

Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M

fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan

konsentrasi PNB 103 - 10

5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan

pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat

dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk

menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada

kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435

II5 Niasin paper strip tes

Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak

memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa

spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang

dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36

Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat

menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa

strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB

Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 33: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

16

Universitas Indonesia

Penelitian yang dilakukan oleh Ochang dkk tahun 2013 Menunjukan bahwa MPT64

rapid test dapat berguna dalam identifikasi MTB meskipun telah multi drug resistant

Tuberculosis (MDR TB) dengan sampel yang telah diidentifikasi oleh Hain Genotipe

MTBDRplus (HainLifecience Herhen Jerman) diketahui sampel menunjukan positif

MTB Protein MPT64 dapat teridentifikasi dipengaruhi oleh jumlah kuman minimal

105 cfuml

31

Deteksi MPT64 TB dengan menggunakan SD uji Bioline ICT yang dilakukan oleh

Shenoy dkk 2013 di Karnataka India menyimpulkan metode ini efektif sederhana

dan murah untuk membedakan MTB dan MOTT Dari 208 sampel yang diuji terdapat

26 isolat MOTT Setiap MOTT kemudian dikonfirmasi dengan uji DNA-strip

(HainLifescience GmnH Nehre Germany ) Didapatkan hasil 182 strain H37Rv

dapat mengindikasikan AgMPT64 sementara 26 MOTT tidak ada AgMPT 6410

Hasegawa dkk pada tahun 2002 melakukan penelitian di beberapa pusat layanan

kesehatan untuk mengevaluasi kinerja tes ICT antigen MPT64 dengan menggunakan

sampel kultur positif dan spesimen klinis yang ditanam pada media kultur cair dan

padat sebanyak 304 isolat yang terdiri dari MTBC (171 isolat) dan MOTT (133

isolat) terdiri dari 18 spesies berbeda Seluruh MOTT menunjukan hasil negatif

pada kit ICT MTBC dan M africanum menunjukan hasil positif sedangkan hasil

kultur M bovis dan M bovis BCG beberapa positif hal itu mungkin disebabkan

karena beberapa galur BCG juga memproduksi antigen MPT6432

II 4 P-Nitrobenzoic acid (PNB)

Asam -4- nitrobenzoic (PNB) (gambar 2) merupakan senyawa organik dan prekursor

asam -4-aminobenzoic (PABA) yang dapat menghasilkan asam folat Metabolisme

PNB dapat mereduksi asam aminobenzoic (PABA) sebagai sumber asam folat

Reaksi tersebut dapat dilakukan oleh MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

17

Universitas Indonesia

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi

PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -

Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme

PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33

Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat

tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat

PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman

dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34

Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M

fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan

konsentrasi PNB 103 - 10

5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan

pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat

dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk

menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada

kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435

II5 Niasin paper strip tes

Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak

memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa

spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang

dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36

Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat

menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa

strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB

Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 34: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

17

Universitas Indonesia

Gambar 22 Rumus kimia p-Nitrobenzoic acid

Penelitian yang dilakukan Wang dkk menunjukan MTB tidak mampu mereduksi

PNB menjadi PABA sehingga tidak dapat tumbuh dalam medium agar Lowenstein -

Jensen PNB LJ Sedangkan MOTT dapat tumbuh dikarenakan terdapat metabolisme

PABA Medium PNB LJ dapat digunakan untuk membedakan MOTT dan MTB33

Pertumbuhan MTB dapat dihambat dengan PNB 500mgml dan MOTT masih dapat

tumbuh dengan konsentrasi tersebut Pertumbuhan pada medium cair maupun padat

PNB diperkirakan 3-11 hari dengan rata-rata 5 hari Penggunaan PNB mudah aman

dan akurat untuk dapat membedakan MTB dan MOTT34

Penelitian yang dilakukan Basil dkk 2007 menemukan adanya pertumbuhan M

fortuitum M scarofulaceum dan M avium dalam medium LJ PNB dengan

konsentrasi PNB 103 - 10

5 mgml di medium LJ tetapi tidak terjadi pertumbuhan

pada sampel MTB dengan konsentrasi PNB yang sama Uji identifikasi ini dapat

dilakukan di laboratorium dengan mudah Namun waktu yang dibutuhkan untuk

menunggu hasil kultur PNB LJ agak lama dibandingkan dengan cara ICT dan ada

kemungkinan terjadi kontaminasi saat pengerjaan3435

II5 Niasin paper strip tes

Niasin adalah produk metabolisme Mycobacteria tetapi beberapa spesies tidak

memiliki enzim yang mengubah asam nicotinic menjadi niasin MTB dan beberapa

spesies lain dapat menghasilkan niasin walaupun hanya sedikit dan produk yang

dihasilkan berdifusi ke dalam media kultur36

Spesies M chelonae M bovis dan M marinum tidak memiliki enzim yang dapat

menghasilkan asam nicotinic dan hanya terdapat pada MTB M simiae dan beberapa

strain Oleh karena itu Niasin tes dapat menjadi pemeriksaan identifikasi MTB

Metode konvensional membutuhkan penggunaan sianogen bromida bahan kimia

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 35: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

18

Universitas Indonesia

yang sangat berbahaya yang dilarang di sebagian besar negara uji niasin masih dapat

dilakukan dengan menggunakan tes yang tersedia secara komersial berbentuk strip

Pengujian harus dilakukan dengan kultur langsung untuk mengurangi terjadinya

positif palsu37

Metabolisme niasin menyebabkan berkumpulnya asam nikotinat dalam sebuah

ekstrak air sehingga perlu ditambahkan 1 ml air steril ke permukaan pertumbuhan

agar miring LJ yang sudah dibelah menjadi dua bagian Prinsip pemeriksaan Niasin

adalah usia tumbuh koloni di medium kultur LJ minimal tiga minggu dengan

memperhatikan jumlah koloni tumbuh tidak terlalu rapat atau menumpu karena

ditakutkan niasin tidak dapat keluar dari koloni Reaksi positif ditentukan dari

terbentuknya warna kuning Reaksi niasin saja tidak cukup tetapi dibutuhkan

pengujian biokimia tambahan untuk identifikasi akhir dari MTB kompleks38

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk tahun 1995 di New Delhi India

mendapatkan hasil Mtuberculosis 87 strain positif MTB dan 13 negatif Dari 100

strain MTB yang diuji menggunakan uji niasin strip Strain yang gagal memberikan

tes niasin positif dengan metode kertas strip lalu diulang menggunakan metode

runyon yang dimodifikasi didapatkan 3 strain menjadi positif sehingga 90 strain

memberikan tes niasin positif dan 10 strain memberikan hasil negatif Hal ini dapat

dijelaskan oleh fakta bahwa Rounyon dimodifikasi mampu mendeteksi walaupun

hanya 2μg asam nikotinat per ml dibandingkan dengan metode strip yang mendeteksi

senyawa ini dalam konsentrasi 5microg per ml Strip kertas yang tersedia secara

komersial telah dievaluasi oleh Disalvo dan Lindler dalam penelitiannya Mereka

menyimpulkan bahwa metode kertas strip mudah dilakukan aman dan mampu

memberikan hasil yang sebanding dengan pemeriksaan molekuler identifikasi

MTB363839

II6 Polymerase chain reaction (PCR) Mycobacterium tuberculosis

Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro untuk mengamplifikasi

melipat gandakan suatu fragmen DNA target secara enzimatis Reaksi ini

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 36: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

19

Universitas Indonesia

menggunakan dua primer oligonukleotida yang berlawanan arah dan mengapit

fragmen deoxyribonucleic acid (DNA) yang akan diamplifikasi Prinsip dari teknik

PCR ini adalah amplifikasi DNA sampel dengan primeroligonukleotida yang

spesifik mengenal fragmen DNA yang diinginkan deoksinukleosida trifosfat (dNTP)

dan enzim DNA polimerase termostabil (Taq polimerase) dalam larutan penyangga

yang sesuai Teknik ini terdiri dari 3 tahap yang merupakan siklus berulang Tahap

pertama dimulai dari tahap denaturasi DNA yaitu memisahkan DNA sasaran rantai

ganda menjadi rantai-rantai tunggal Tahap kedua adalah penempelan primer pada

daerah yang sesuai pada DNA sasaran (annealing) dilanjutkan dengan perpanjangan

primer untuk sintesis DNA baru (extension) Suhu yang diperlukan pada setiap tahap

berbeda-beda dan dapat diatur dalam alat PCR (thermal cycler) Pada setiap siklus

akan dihasilkan molekul DNA baru dari kedua rantai cetakan dan terus berganda

sehingga didapatkan jumlah molekul DNA yang bertambah secara deret ukur(2n n =

Jumlah siklus)3940

Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo Metode pemeriksaan

dengan PCR memerlukan potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme yang

akan diidentifikasi dengan merancang komplementer potongan-potongan DNA yang

spesifik dari mikroorganisme tersebut maka dapat dihasilkan pemula DNA atau

disebut juga primer yang terdiri dari Forward Primer TB1 (5` - CCT GCG AGC

GTA GGC GTC GG -3`) dan Reverse primer TB2 (5` - CTC GTC CAG CGC CGC

TTC GG - 3`) Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan

komplementernya dan inilah yang dilipat gandakan atau diamplifikasi sampai jutaan

dalam waktu sekitar empat jam pada mesin PCR Berbagai penelitian memusatkan

perhatian terutama pada genom MTB dengan sekuen IS6110 Primer atau target yang

digunakan pada penelitian ini ialah gen IS6110 yang terdiri dari 123 pasang basa

dengan berat molekul 65kDa dan merupakan gen spesifik untuk MTBC41-43

PCR Konvesional yang dilakukan dalam penelitian menggunakan primer TB1 dan

TB2 berdasarkan optimasi yang didesain oleh Eisnach dkk primer ini mampu

mendeteksi hingga satu kopi kromosom Mtuberculosis44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 37: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

20

Universitas Indonesia

Kerangka teori

Kerangka konsep

MPT64 Niasin dan PNB LJ PCR TB

Membedakan MTB dan MOTT

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 38: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

21

Universitas Indonesia

BAB III

Metode Penelitian

31 Desain penelitian

Metode penelitian ini merupakan uji diferensiasi antara Mycobacterium

tuberculosis kompleks (MTB) dan MOTT dengan mengunakan TB Antigen MPT

64 Niacin PNB dan PCR Analisis dilakukan dengan menggunakan tabel uji

diagnostik yang disajikan dalam tabel 2 x 2 baku emas yang digunakan dalam

penelitian ini dengan pemeriksaan PCR46

32 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Labolatorium mikrobiologi FKUI Jakarta dari bulan

Oktober 2013 sampai dengan Februari 2014

33 Sampel Penelitian

Sampel penelitian menggunakan strain refrensi Mycobaterium non tuberculosis

(MOTT) yang didapat dari Tuberculosis Reference Laboratory National Institute

for Public Health and the Environtment Netherlands dan isolat Mycobacterium

tuberculosis H37RV isolat MTB yang merupakan bahan biologi tersimpan milik

Departemen Mikrobiologi FKUI Sampel yang digunakan adalah sampel yang

saat dikultur ulang dari stok pertumbuhan terlihat dalam 2-8 minggu

34 Perkiraan Besar Sampel

Perkiraan besar sampel dengan mengunakan sampel untuk data nominal uji

diagnostik yaitu

N = Zα2 sen (1-sen)

d2 p

Keterangan

N Besar sampel

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 39: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

22

Universitas Indonesia

Zα Nilai sebaran baku normal untuk tingkat kepercayaan 95 nilainya 196

Sen Sensitivitas dari peneitian sebelumnya 97

d2 Penyimpangan

P Prevalensi Jumlah kultur MTB yang dapat tumbuh dalam 1 tahun966

Nilai Q = 1 ndash 09

Penyimpangan dapat diterima plusmn 10

Interval kepercayaan 95 ( alfa = 005 Z alfa = 196 )

N = (196sup2 X 97 X (1-097) 96601sup2 = 116 sampel MTB dan MOTT

35 Kriteria Inklusi

Krieria inklusi

- Terdapat pertumbuhan dengan Metode kultur konvensional medium agar

LoumlwensteinndashJense (LJ) dalam kurun waktu antara 2 sampai 8 minggu

inkubasi

36 Alur kerja Penelitian

1 Menetukan besaran sampel

2 Menerima stok yang sudah diacak (blinded)

3 Menanam stok dalam medium LJ

4 Melakukan subkultur ulang untuk penelitian

5 Melakukan pengamatan setiap minggu

6 melakukan uji identifikasi MTB dengan cara

a Uji PNB

b Uji MPT 64 SD Duoreg

c Uji PCR TB

d Uji Niacin

7 Pembukaan hasil yang benar (blind)

8 Pengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 40: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

23

Universitas Indonesia

ALUR PENELITIAN

IPengumpulan sampel

(1 Koleksi isolat MTB dan MOTT dari ATCC)

(2 Pada tahap ini sampel diacak tanpa pengetahuan penulis )

IIPertumbuhan Isolat

(1 Sampel yang sudah diacak ditanam dalam kultur Lowenstein-jensen)

(2 iinkubasi dalam su u C )

(3 Setiap minggu dilakukan pengamatan )

(4 Pewarnaan tahan asam (BTA))

IIILakukan uji identifikasi

(1 Dengan menggunakan anti gen MPB64 SD-Dou)

(2 Tes NiacinPNB )

(3 Menggunakan PCR sebagai baku emas)

IVPembukaan hasil yang benar (blind)

VPengolahan data

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 41: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

24

Universitas Indonesia

361 Pembuatan isolat dari stok kuman MOTT (-70 Formareg)

Menumbuhkan MOTT yang disimpan dalam -70degC dengan menanammya kembali

ke dalam agar miring LJ Ambil stok kuman yang ingin ditumbuhkan dalam media

pembekuan yang disimpan di tabung cryo tubes Stok MOTT yang tersimpan hanya

bisa dilakukan penanaman ke medium LJ sebanyak 4 spesieshari dikarena dapat

meyebabkan terjadi kematiam mikroorganisme dan juga penurunan suhu terjadi di

lemari pendingin tempat menyimpan stok bila dibuka terlalu lama untuk mencapai

suhu -70degC membutuhkan waktu lama sehingga dapat membunuh stok

mikroorganisme lain yang disimpan Menumbuhkan MOTT pada medium LJ

dilakukan dalam Biosafety cabinet level 2 (BSC level 2) setelah didalam tabung cryo

mencair sebagian ambil sebanyak 100 ul dengan pipet tipe kemudian tanam dalam

tabung LJ kemudian tutup botol jangan terlalu rapat dan ratakan dengan cara

menggoyang tabung berlahan hingga rata menutupi permukaan LJ setelah yakin

permukaan rata dengan MOTT letakan botol-botol pada rak dengan kemiringan 30deg

selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam kencangkan tutup botol dan

letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan lanjutkan inkubasi di

inkubator Amati pertumbuhan kuman setiap minggu sampai empat minggu

362 Pemeriksaan MPT64 SD Duoreg

Uji identifikasi menggunakan MPT64 dengan menyiapkan koloni yang sudah tumbuh

dimedium LJ Ambil koloni yang tumbuh dipermukaan menggunakan Ose Masukan

buffer MPT64 sebanyak 200 ųl kedalam tabung cryo tubes steril kemudian ose yang

terdapat koloni dimasukan kedalam cryo tubes yang berisi buffer putar-putar ose

sebanyak lima putaran searah jarum jam tarik ose dari cryo tubes ambil sebanyak

100 ųl dengan pipet tipe lalu teteskan kedalam caset MPT64 tunggu 5 menit amati

hasil dengan melihat munculnya garis C dan T uji identifikasi cara MPT64

dilakukan di BSC level 2

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 42: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

25

Universitas Indonesia

363 Uji P-Nitrobenzoic acid (PNB)

PNB LJ merupakan medium padat untuk uji identifikasi pembuatan larutan PNB LJ

terdiri dari 85 ml larutan LJ dan ditambah dengan 15 ml larutan PNB sehingga

menjadi larutan PNB LJ 100 ml Volume setiap tabung medium PNB LJ sebanyak 8

ml diamkan 24 jam dengan suhu ruang 37degC dengan posisi miring kurang lebih 30deg

sampai menjadi agar miring PNB LJ Ambil satu koloni mikroorganisme yang ingin

diperiksa lalu masukkan kedalam tabung mac kerney yang terdapat glass beat putar

dengan vortek selama 2 menit lalu diamkan dalam waktu 10 menit Ambil koloni di

tabung mackarney lalu buat suspensi sebanyak 05-1 McFarland ambil 100 microl dengan

pipet tipe tanam di medium PNB LJ kemudian ratakan dipermukaan dengan cara

menggerakan-gerakan botol ( dikerjakan di BSC 2 ) Letakan botol-botol pada rak

dengan kemiringan 30deg selama 24 jam dengan suhu 35-37degC Setelah 24 jam

kencangkan tutup botol dan letakkan botol pada rak tabung dengan posisi tegak dan

lanjutkan inkubasi di inkubator dengan suhu 37degC Amati pertumbuhan setiap

minggu Pengamatan dilakukan sampai 8 minggu Jika sesudah minggu ke 4 tidak

terlihat adanya koloni lanjutkan inkubasi sampai minggu ke 8 tetapi bila tidak ada

pertumbuhan juga dinyatakan tidak tumbuhan catat hasil pengamatan setiap minggu

pada buku catatan kultur

364 Uji Niasin dengan Paper strip BDreg

Uji identifikasi dengan cara niasin paper strip BDreg Pertama ambil tabung LJ yang

terdapat pertumbuhan koloni kurang lebih umur koloni lebih dari 4 minggu kemudian

belah ditengah-tengah medium LJ dari bawah keatas menggunakan ose steril setelah

terbelah tambahkan aquadest 2 ml miringkan botol hingga aquadest menggenangi

seluruh permukaan LJ kemudian masukan tabung kedalam autoclave dengan suhu

121degC selama 1 jam diamkan hingga panas hilang kemudian ambil 1 ml ekstrak

masukan kedalam tabung reaksi masukan paper strip BDreg kedalam tabung dan

tunggu 15-20 menit pada suhu kamar Kemudian lihat perubahan warna paper strip

yang berada diatas perubahan warna menjadi kuning positif menghasilkan asam

niasin

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 43: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

26

Universitas Indonesia

365 Uji PCR

3651 Ekstrai DNA

Ekstrasi DNA dari kultur medium padat LJ dengan kekeruhan 05 McFarland

pertama masukan aquades 00ųl kedalam cryo tubes lalu ambil koloni LJ dengan ose

masukan dalam cryotube yang berisi aquades kemudian vortex setelah itu lakukan

pemanaskan 100degC dengan termocycler selama 20 menit lalu masukan cryo tubes

yang sudah dipanaskan ke dalam waterbath ultrasonic selama 15 - 25 menit

kemudian sentrifuge dengan kecepatan 13000 g selama 5 menit diambil supernatan

sebanyak 100ul yang berisi DNA Bila tidak langsung dikerjakan dapat disimpan

dalam lemari pendingin dengan suhu -20degC

Isolasi DNA dilakukan dengan hati-hati dan teliti agar tidak terjadi kontaminasi

Semua proses menggunakan tip filter (aerosol-barrier) yang diganti setiap kali

pengambilan cairan setiap langkah dilakukan dalam kondisi ruang

3652 Amplifikasi PCR

Metode Kemudian tahap selanjutnya adalah PCR dengan Eisenach dkk44

PCR

dilakukan dengan menggunakan kit enzim HotStarTaq (Qiagen) terdiri dari 10 x

PCR Buffer Hotstar 5x larutan Q 25 mM MgCL2 HotStar Taq DNA polimerase

10mM dNTP Mix DNA-ase free water primer TB 1 dan TB 2 dengan gen target

IS6110 Cara kerja pertama kali dibuat larutan premix PCR yang kemudian ditambah

dengan cetakan (DNA sampel) dan terakhir kontrol positif Ketiga langkah prosedur

tersebut dilakukan dalam ruangan terpisah dan menggunakan peralatan yang berbeda

untuk menghindari terjadinya kontaminasiVolume reaksi PCR yang digunakan 20 microl

terdiri dari 16 microl larutan premix dan 4microl DNA sampel Larutkan 10x PCR buffer

(Qiagen) 25 MM MgCL2 10 mM dNTP mix 5x Q solution dan 10microl PCR Tb

kemudian cairkan untuk menjadi campuran utama reaksi PCR (master mix solution)

yang terdiri dari 060 microl primer campuran PCR Tb yang mengandung 10 microMmicroL

primer tb1 dan Tb2 dengan konsentrasi akhir masing-masing primer adalah 03 microM

2microl larutan penyangga reaksi 10x dengan konsentrasi 1x 080microl 25 mM MgCL2 040

microl mM dNTP mix 012 microl Hotstar Taq DNA polimerase dan sisanya ditambah DNA-

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 44: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

27

Universitas Indonesia

ase free water Volume premix untuk satu kali reaksi adalah 16microl dan volumnya

dilebihkan 10 dari total volum yang dibutuhkan

16 microl PCR mix dialikuot ke dalam PCR tube 02mL dan ditambahkan 4 microl DNA

sampel kemudian vortex 15 detik Campuran DNA dan PCR mix dalam tube PCR

dimasukan kedalam thermal cycler (MJ Mini Biorad PCR system) dengan siklus yang

telah diprogram initial PCR Activation Step pada suhu 95degC selama 15 menit

denaturasi pada suhu 94degC selama 30 detik annealing atau penempelan primer pada

suhu 60degC selama 30 detik extension atau pemanjangan pada suhu 72degC selama 30

detik dengan jumlah siklus sebanyak 40 siklus dan pemanjangan akhir pada

suhu72degC selama 5 menit

3653 Analisis Produk PCR

Deteksi DNA hasil PCR dilakukan dengan mewarnai gel agarose dengan larutan

etadium bromida setelah proses elektroforesis Pewarnaan bertujuan untuk

mengetahui ada fragmen DNA berukuran 123 bp sebagai hasil amplifikasi

Elektroforeisis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut 15 agarosa dalam

larutan penyangga TEA 1x dilarutkan dengan pemanas pada suhu 100degC setelah

pendinginan sampai 50degC larutan dituangkan ke dalam lempeng plastik pencetak gel

(plusmn30ml) yang telah dipasang sisir pada ujungnya Setelah beku sisir diangkat Gel

agarosa dimasukan kedalam tangki elektroforesis (Mini Sub DNA cell) yang berisi

larutan penyangga TEA 1x sampai terendam Produk PCR dicampur dengan loading

bufffer 6x dengan perbandingan 51 Sebagai penanda ukuran DNAmarker

digunakan ƟX1 4 Hae III sebanyak 00 ng dalam loading buffer 1x Produk PCR

dan penanda ukuran DNA kemudian dimasukan ke dalam masing-masing sumur pada

gel agarosa Elektroforesis dijalankan pada 50 Volt selama 30 menit Setelah proses

selesai keluarkan gel dan diwarnai debgan larutan etadium bromida 004 selama 5

menit Gel kemudian dibilas dengan air suling 10-30 menit Hasil elektroforesis dapat

dilihat dengan meletakkan gel pada transluminator ulta violet kemudian difoto

dengan kamera polaroid

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 45: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

28

Universitas Indonesia

37 Definisi operasional

371 MPT 64 SDDuoreg

Muncul satu garis dibawa tanda ldquoCrdquo Negatif (MOTT)

Muncul dua garis dibawah tanda ldquoTrdquo dan ldquoCrdquo positif ( MTB )

372 UJI PNB

Terdapat pertumbuhan berupa koloni halus berwarna kuning seperti tetesan

embun di permukaan LJ +PNB ( MOTT digolongkan ldquoResistenrdquo )

Tidak terdapat pertumbuhanm hingga minggu ke ndash 8 ( MTB digolongkan

kedalam ldquosensitifrdquo )

373 UJI Niasin paper strip BDreg

Positif perubahan warna kuning di paper strip niasin (MTB)

Negatif tidak terdapat perubahan di paper strip niasin warna ( MOTT )

374 UJI PCR

Positif terdapat pita PCR 123 bp diantara marker 100-200 bp

Negatif tidak terdapat pita PCR 123 bp diantara 100-200 bp

375 Uji Niasin paper strip BDregPNB LJ

MTB Niasin perubahan warna kuning di paper strip dan tidak terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

MOTT Niasin tes tidak ada perubahan warna kuning di paper strip dan terdapat

pertumbuhan koloni di medium PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 46: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

29

Universitas Indonesia

38 Analisis data

Uji identifikasi dengan PCR

Metode indentifikasi

MPT64 PNB Niasin paper strip dan

PNB + Niasin paper strip

1 Dilakukan analisis sensitivitas (untuk memperlihatkan kemampuan

mengidentifikasi antara MOTT dengan MTB) dan spesifisitas

(menunjukan kemampuna dalam menentukan tidak adanya MTB)

Sensitivitas dan spesifisitas dihasilkan dalam bentuk presentase

Sensitivitas = a (a+c)

Spesifisitas = d (b+d)

2 Menentukan nilai duga positif (ND + atau NDP) yaitu alat tes dapat

mengetahui apabila benar positif dan nilai duga negatif (ND- atau NDN)

yaitu probabilitas tidak dapat menidentifikasi apabila memang negatif

Nilai prediksi positif = a (a+b)

Nilai prediktif negatif = d (c+d)

MTB MOTT Jumlah

MTB a b a+b

MOTT c d c+d

Jumlah a+c b+d a+b+c+d

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 47: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

30

Universitas Indonesia

BAB IV

HASIL PENELITIAN

41 Pertumbuhan Mycobacterium non tuberculosis ( MOTT)

Isolat yang tumbuh kurang dari satu minggu tidak diikutsertakan uji identifikasi

seperti M gastri ATCC 15754 M chelonae dan M fortuitum ATCC 6841 karena

menurut Runyon classification jika terdapat pertumbuhan mycobacterium dalam

medium padat dan cair dengan kurun waktu kurang dari satu minggu digolongkan

MOTT rapid grower

Tabel 41 Waktu yang dibutuhkan MOTT tumbuh dan morfologi koloni

NO Mycobacterium non tuberkulosis (MOTT) Hari

tumbuh

Morfologi koloni

1 M scrofulaceum ATCC 19981 15 Warna kuning berminyak dan

bergerombol diatas permukaan

agar

2 M shimoidei ATCC 27962

8 Warna putih pucat tumbuh

terpisah setiap koloni

3 Mtriviale ATCC 23292 8 Warna putih pucat bergerombol

4 Mkansasii ATCC 14822 15 Warna kuning pucat rata di

permukaan LJ

5 M flavescens ATCC 23033 19 Warna kuning morfologinya

bergerombol padat di permukaan

LJ

6 M avium ATCC 12814 8 Warna kuning bergerombol dan

berminyak

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 48: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

31

Universitas Indonesia

7 M smegmatis ATCC 10143 15 Warna koloni kuning pucat

tumbuh menyebar dan terpisah-

pisah berbentuk seperti bunga kol

dipermukaan medium Suasana

medium kering

8 M terrae ATCC 15755 15 Warna putih pucat dipermukaan

koloni tumbuh rata diseluruh

permukaan LJ

9 Mavium ATCC 25291 15 Warna koloni kuning tersebar

merata dan berminyak

Jumlah sampel MOTT yang digunakan sebanyak 15 spesies tetapi yang dapat tumbuh

dimedium LJ sebanyak 13 spesies dan 2 spesies yang tidak dapat tumbuh

diantaranya adalah Mmalmoense ATCC 18698 dan M szulgai ATCC 5095 Waktu

tumbuh dari sampel MOTT dan morfologi koloni dapat dilihat pada tabel 41 dan

gambar 41

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 49: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

32

Universitas Indonesia

Gambar 41 Dengan melihat morfologi pertumbuhan koloni MOTT memang terdapat

perbedaan dan persaman dengan morfologi MTB (warna kuning mengkilat dan

memiliki koloni keriput kasar koloni bergerombol dan menyebar di permukaan agar

LJ)45

Lampiran 3 memperlihatkan distribusi jumlah sampel yang digunakan dalam

penelitian MOTT sebanyak sembilan sampel yang memenuhi kriteria dapat tumbuh

lebih dari satu minggu seperti MTB Sedangkan sampel MTB sebanyak tiga puluh

karena keterbatasan biaya penelitian dan stok MTB yang bisa dikultur ulang terbatas

jumlahnya H37RV sebanyak tujuh sampel dikarena ingin menguji kontrol positif

yang telah dipasase sebanyak dua kali

42 Pemeriksaan identifikasi dengan MPT64

Sebanyak 46 sampel yang dilakukan pemeriksaan identifikasi MTB dengan uji

MPT64 didapatkan hasil pemeriksaan yang dilakukan peneliti sama dengan data

spesies isolat Sembilan MOTT menghasilkan satu garis merah disimpulkan benar

MOTT sejumlah 100 tiga puluh MTB menghasilkan dua garis merah gambar 42

disimpulkan benar MTB 100 dan H37RV sebanyak tujuh sampel menghasilkan

dua garis merah sehingga disimpulkan MTB sejumlah 100 lampiran 4

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 50: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

33

Universitas Indonesia

Garis kontrol positif Garis tes Tb Ag MPT64

Gambar 42 Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan uji MPT64

Hasil pemeriksaan identifikasi menggunakan MPT64 SD Duoreg terdapat penanda

garis pink diatas lsquoCrdquo dan garis pink yang samar diatas ldquoTrdquo

43 Pemeriksaan identifikasi dengan Niasin paper strip

Pemeriksaan identifikasi dengan niasin sebanyak sembilan sampel MOTT

didapatkan delapan sampel sama dengan data spesies isolat tetapi ada satu sampel

yang hasilnya berbeda dengan data spesies isolat MOTT dianggap sebagai MTB

sehingga hasil yang benar 8888 dan yang salah 1111 Tiga puluh sampel MTB

adalah 100 true MTB (lampiran 5) dan tujuh sampel H37RV dihasilkan 100 true

MTB Uji niasin dapat dilihat dari perubahan warna menjadi kuning di paper strip

gambar 43

Gambar 43 Hasil identifikasi tes niasin dengan hasil positif terdapat perubahan

warna dari putih menjadi kuning di paper strip

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 51: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

34

Universitas Indonesia

44 Pemeriksaan identifikasi dengan PNB LJ

Hasil pemeriksaan menggunakan uji identifikasi PNB dari sembilan MOTT yang

diuji dengan PNB LJ didapatkan delapan isolat sama dengan data spesies isolat tetapi

satu isolat berbeda mikrorganisme dengan data MOTT dilaporkan sebagai MTB

True MOTT sebanyak 888 sedangkan false MOTT sebesar 111 Tiga puluh

sampel MTB adalah 100 true MTB (lampiran 6) dan tujuh sampel H37RV

dihasilkan 100 true MTB MTB tidak akan tumbuh di medium PNB LJ gambar 44

tetapi sebaliknya MOTT akan tumbuh

A B

Gambar 44 Pemeriksaan PNB A Bakteri MTB tidak terdapat pertumbuhan di agar PNB LJ

(sensitif) B Bakteri MOTT tumbuh di agar PNB LJ

45 Pemeriksaan identifikasi dengan PCR

Pemeriksaan identifiksi dengan menggunakan PCR didapatkan hasil pemeriksaan

yang dilakukan peneliti sama dengan data spesies isolat yang benar dari sembilan

sampel MOTT yang benar sebanyak 100 (lampiran 7) MTB sebanyak tiga puluh

sampel menghasilkan benar MTB 100 (gambar 46) dan tujuh sampel H37RV

menghasilkan benar MTB 100

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 52: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

35

Universitas Indonesia

Hasil produk PCR dapat dilihat gambar 46 Marker paling bawah adalah 100 bp

dan yang ingin dicari 123 bp diantara marker garis paling bawah dan sebelumnya

sejajar dengan kontrol positif

200 bp

100 bp

Kontrol (+) H37RV123bp

Gambar 46 Hasil PCR di agarose dengan metode elektroforesis terdapat kontrol positif dan negatif

Terdapat di 123 bp menunjukan hasil positif

46 Hasil Uji Identifikasi dengan Niasin paper strip BDreg PNB MPT64 SD

Duoregdan PCR

Hasil rekapitulasi uji identifikasi MTB dan MOTT dengan menggunakan MPT64

Niasin tes PNB LJ dan PCR didapatkan dari 46 sampel yang diuji terdapat satu

MOTT yaitu Msemgmatis yang teridentifikasi menjadi MTB dengan uji identifikasi

Niacin tes dan PNB LJ Dengan uji identifikasi cara MPT64 dan PCR dihasilkan

identifikasi sesuai dengan data spesies isolat dengan MOTT (lampiran 8)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 53: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

36

Universitas Indonesia

47 Hasil uji diagnostik dengan tabel 2x2

Tabel 42 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 MPT64 SD Duoreg

Pemeriksaan PCR

MPT64 SD Duo reg

Dari pemeriksaan uji identifikasi didapatkan nilai sensitivitas MPT64 SD Duoreg100

(IK95 904-100) dan spesifisitas 100(IK95 662-100) Nilai prediksi

positif sebanyak 100 (IK95 904-100) dan nilai prediksi negatif sebanyak

100 (IK95 662-100) Baku emas yang digunakan adalah pemeriksaan PCR

tabel 42

Tabel 43 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin paper strip BDreg

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas Niasin paper strip BDreg 100 (IK95 904-100) dan

spesifisitas 888 (IK95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK95

861-995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100)

table 43

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 0 37

MOTT 0 9 9

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 54: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

37

Universitas Indonesia

Tabel 44 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 PNB LJ

Pemeriksaan PCR

PNB LJ

Nilai sensitivitas PNB tes 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai

prediksi negatif sebanyak 100 (IK95 629-100) tabel 44

Tabel 45 Perhitungan uji diagnostik tabel 2x2 Niasin tes dan PNB LJ

Pemeriksaan PCR

Niasin paper strip BDreg dan

PNB LJ

Nilai sensitivitas dan spesifitas Uji Identifikasi dengan Niasin tes dan PNB LJ Nilai

sensitivitas 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK 95 517-

981) Nilai prediksi positif 9736 (IK 95 861-995) dan Nilai prediksi

negatif sebanyak 100( IK 95 629-100) tabel 45

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

MTB MOTT Jumlah

MTB 37 1 38

MOTT 0 8 8

Jumlah 37 9 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 55: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

38

Universitas Indonesia

Bab V

PEMBAHASAN

51 Pertumbuhan MOTT

511 MOTT yang tidak dapat tumbuh

Mycobacterium non tuberculsis (MOTT) yang tidak dapat tumbuh dalam penelitian

ini Mmalmoense adalah sepesies mycobacterium yang ditemukan pada tahun 1977

yang berasal dari pasien di daerah Malmo (Swedia) Organisme ini banyak ditemukan

dari spesimen sputum dan aspirasi jarum halus kelenjar getah bening leher penderita

lebih banyak anak-anak di daerah Eropa Utara48

Organisme ini dapat juga

ditemukan di tanah maupun di air Koloni M malmoense ini tidak berwarna

walaupun telah disinari oleh cahaya Waktu pertumbuhan dalam medium padat cukup

lama (16 minggu)49

Dilaporkan pada penelitian yang dilakukan oleh Pavlile dkk

ditemukan penderita Mmalmoense 4 penderita dari 5469 sampel yang dikirim ke

labratorium rujukan di beberapa negara bagian USA48

Penegakan diagnostik sulit

ditegakkan karena sulitnya menumbuhkan organisme ini dan waktu tumbuh yang

lama tetapi penelitian dari Jenkins dan Tsukamura pertumbuhan menjadi cepat

ketika ditanam di medium cair Penelitian yang dilakukan saat ini tidak terdapat

pertumbuhan dengan medium LJ dapat dikatakan bahwa sulit menumbuhkan

Mmalmoense tetapi penelitian yang dilakukan oleh Falkinham dkk melaporkan

pertumbuhan Mmalmoense dapat optimum dengan kombinasi pH rendah dan tingi

kadar piruvat di medium padat (LJ) 50

Sedangkan medium LJ yang dipakai pada

penelitian ini tidak mengkombinasi dengan ph rendah dan piruvat yang tinggi ini

mungkin menjadi faktor tidak tumbuh Mmalmoense

M szulgai merupakan kelompok organisme dari MOTT yang tumbuhnya lambat di

medium pertumbuhan padat (LJ) pertama kali dijelaskan adanya organisme tersebut

oleh Ingen dkk tahun 1972 Dinamakan szulgai karena ingin mengabadikan nama

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 56: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

39

Universitas Indonesia

ahli mikrobiologi Polandia dr T Szulgai yang mengembangkan metode analisis

struktur lipid Mszulgai sehingga dapat teridentifikasi dan memasukannya ke dalam

golongan MOTT51

Organisme Mszulgai jarang terisolasi dari manusia namun

banyak dari lingkungan Mszulgai dapat menyebabkan infeksi paru yang sering

diderita oleh manusia secara klinis dan radiologis infeksi tersebut sama seperti

infeksi tuberkulosis paru52

Waktu tumbuh Mszulgai dimedium padat 10-25 hari

dengan suhu 37degC organisme ini termasuk dalam golongan scotochromogenic

(tumbuh dalam keadaan gelap) atau menjadi golongan photochromogenic (tumbuh

dalam keadan adanya cahaya) bila suhu pertumbuhan menjadi 25degC memiliki koloni

halus sampai kasar dipermukaan medium memiliki pigmen oranye bila tidak terkena

cahaya53

Ketidaktumbuhan koloni dari mikroorganisme ini dapat disebabkan oleh

penyimpanan suhu inkubator yang terlalu tinggi 37degC ditambah dengan ruangan

yang terdapat pencahayaan sehingga tidak tumbuh atau memang organisme sudah

mati ketika di freezer -70degC sehingga Mszulgai tidak dapat tumbuh di medium LJ

512 MOTT yang dapat tumbuh dalam waktu kurang dari 1 minggu

Tiga spesies isolat penelitian yang tumbuh kurang dari 1 minggu diantaranya adalah

Mgastri Mchelonae dan M fortuitum MOTT yang dapat tumbuh kurang dari satu

minggu menurut Runyon classification Mycobacterium abscessus Mycobacterium

fortuitum Mycobacterium smegmatis M chelonae M fortuitum dan M chelonae17

Mgastri dapat tumbuh dimedia agar Lowenstein-Jensen (LJ) atau Middlebrook 7H10

suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme ini antara 25degC-40degC waktu yang

dibutuhkan untuk tumbuh 7 hari atau lebih54

Jika melihat pengelompokan yang

dilakukan oleh Runyon organisme ini termasuk dikelompokan ke tiga

Nonchromogen Penelitian yang dilakukan oleh Velayati dkk pertumbuhan M gastri

yang diambil dari bilasan lambung anak dan ditanam di medium agar LJ

membutuhkan waktu 3-4 minggu tumbuh koloni yang halus sampai kasar di

permukan agar suhu yang dipakai dalam inkubasi berkisar antara 25-40degC55

Penelitian yang dilakukan Park dkk tentang sifat Mgastri yang dapat menggunakan

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 57: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

40

Universitas Indonesia

karbon monoksida (CO) sebagai sumber energi untuk tumbuh56

Dapat

dimungkinkan terlalu rapatnya peneliti menutup ulir dari medium LJ sehingga

oksigen yang terdapat di tabung sedikit seperti sifat mycobacterium merupakan

mikroerofilik yang membutuhkan kadar oksigen sedikit sehingga pertumbuhan

menjadi cepat18

Mchelonae pada suhu 35-37degC akan tampak menjadi slow grower tetapi bila suhu

berubah menjadi 25-30degC akan menjadi rapid grower Tumbuh cepat maupun lambat

pada biakan MOTT tak selalu jelas batasnya seperti contoh diatas23

Sehingga

pengamatan tumbuhnya MOTT diwajibkan setiap minggu

52 Uji identifikasi menggunakan SD TB Ag MPT64

Hasil penelitian yang telah dijelaskan di bab sebelumnya bahwa sensitivitas

pemeriksaan identifikasi mycobacterium yang ditanam dalam medium agar

Lowenstein-Jensen (LJ) dengan menggunakan SD TB Ag MPT64 sebesar 100

dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini berarti bahwa

kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan SD TB Ag MPT64 terhadap

pemeriksana PCR adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya kemampuan pemeriksaan SD TB Ag MPT64 dalam mengetahui hasil

negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662

sampai 100 Nilai duga positif 100 dengan nilai interval kepercayaan 95

904-100 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji

diagnostik positif adalah 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada

populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 904 sampai 100

Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan 95 662-100 Hal

ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 58: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

41

Universitas Indonesia

sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 662 sampai 100 MPT64

merupakan cairan protein yang digunakan untuk pemeriksaan identifikasi secara

cepat yang dilakukan pertama kali oleh peneliti Jepang dengan hasil sensitivitas dan

spesifisitas tinggi Sensitivitas dan spesifisitas hasil penelitian yang dikerjakan saat

ini berbeda dengan penelitian yang diakukan penelitian lain di laporkan sensitivitas

dan spesifitas yang sama sebesar 986 dan 979untuk pemeriksaan TB Capilia

(Tauns Numazu Jepang) yang dilakukan oleh Arora dkk menggunakan 72 sampel

sputum dengan baku emas uji biokimia ( niasin nitrate dan semi quantitative

catalase test ) 991 dan 100 untuk uji cepat SD TB Ag MPT64 (Standard

Diagnostics Seoul Korea Selatan) yang dilakukan oleh Kanade dkk di India

menggunakan 150 sampel isolat tuberkulosis pulmoner maupun ektrapulmoner

dengan baku emas pemeriksaan genotypic Mycobacterium (Hain Life Sciences

Germany)857

Perbedaan dapat dikarenakan jumlah sampel yang digunakan penelitian

saat ini lebih sedikit dan baku emas yang digunakan berbeda dengan peneliti atau

dapat disebabkan karena sampel yang digunakan adalah stok yang sudah diketahui

genotip1112

Organisme yang ditanam dalam medium LJ dapat teridentifikasi oleh SD TB Ag

MPT64 sebanyak 37 MTB sesuai dengan sampel yang diujikan begitu pula dengan

sampel MOTT yang diujikan sebanyak sembilan organisme seluruhnya dapat

teridentifikasi Penelitian ini sama seperti yang dilakukan oleh Hasegawa dkk

digambarkan bahwa dengan menggunakan antigen MPT64 didapatkan hasil positif

MTB dari organisme yang ditanam dimedium LJ32

Saat ini pemeriksaan MPT64 tidak dianjurkan secara langsung dari sputum cairan

pleura jaringan atau BAL melainkan harus ditanam dalam medium kultur sehingga

harus menunggu waktu untuk melihat hasil penyebab infeksi MTB atau MOTT57

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 59: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

42

Universitas Indonesia

53 Niasin paper strip BDreg

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

niasin paper strip sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-

100 Hal ini berarti bahwa kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengidentifikasi dengan hasil positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita

percaya bahwa 95 nilai sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel

tersebut terletak di antara 904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan niasin

paper strip terhadap pemeriksaaan PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan

95 517-981 Artinya kemampuan pemeriksaan niasin paper strip dalam

mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada MTB sebesar 88 dan kita percaya

bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga positif 973 dengan nilai interval

kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti bahwa probabilitas terdapat MTB

apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973 dan kita percaya bahwa 95 nilai

duga positif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah 100 dengan interval kepercayaan

95 629-100 Hal ini artinya berarti probabilitas tidak terdapatnya MTB apabila

uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai duga negatif

pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 629sampai

100

Nilai sensitivitas dan spesifisitas uji identifikasi dengan niasin paper strip yang

dilakukan oleh Sutantangjai dkk di Thailand sebesar 100 Sampel isolat sputum

dan stok MOTT sebanyak delapan puluh empat dengan baku emas kultur MTB di

medium LJ cair maupun padat Terdapat perbedaan nilai spesifisitas dengan penelitia

saat ini Kemungkinan terjadi besar sampel dan pemakaian baku emas yang berbeda

dengan penelitian ini dan subjektifitas ketika melihat hasil uji niasin pada peneliti

pada penelitian Sutantangjai dkk M smegmatis tidak menggambarkan perubahan

warna ketika uji niasin58

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 60: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

43

Universitas Indonesia

Niasin (nicotinic acid) dapat diproduksi oleh organisme mycobacterium yang

kemudian dimetabolisme menjadi adenin dinukleotida nicotinamide (NAD) Namun

ada beberapa spesies dari mycobacterium yang tidak dapat memetabolisme enzim

tersebut diantaranya adalah MTB kompleks Msimiae M chelonae Mbovis dan

Mmarinum 59

Penelitian yang dilakukan oleh Gadre dkk menggambarkan niasin paper strip dapat

mengidentifikasi MOTT dengan benar sebanyak 25 organisme tetapi tidak dijelaskan

spesises MOTT apa saja yang teridentifikasi36

Dalam tulisan Babady dkk berpendapat banyak bebarapa laboratorium meninggalkan

cara identifikasi mycobactyerium menggunakan metode niasin paper strip

dikarenakan hasil dari identifikasi diragukan dan harga yang mahal untuk paper

strip59

Petunjuk teknis yang dikeluarkan oleh DEPKES mewajibkan pemeriksaan

identifikasi MTB minimal dengan metode niasin paper strip dan PNB LJ44

Untuk

menghindari terjadinya negatif palsu

54 Uji PNB LJ

Nilai sensitivitas dari pemeriksaan identifikasi Mycobacterium menggunakan metode

PNB LJ sebesar 100 dengan nilai interval kepercayaan 95 904-100 Hal ini

berarti bahwa kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengidentifikasi dengan hasil

positif dan benar terdapat MTB sebesar 100 dan kita percaya bahwa 95 nilai

sensitivitas pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara

904 sampai 100 Nilai spesifisitas pemeriksaan PNB LJ terhadap pemeriksaaan

PCR adalah 888 dengan interval kepercayaan 95 517-981 Hal ini artinya

kemampuan pemeriksaan PNB LJ dalam mengetahui hasil negatif dan benar tidak ada

MTB sebesar 88 dan kita percaya bahwa 95 nilai spesifisitas pada populasi yang

diwakili oleh sampel tersebut terletak di antara 517 sampai 981 Nilai duga

positif 973 dengan nilai interval kepercayaan 95 861-995 Hal ini berarti

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 61: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

44

Universitas Indonesia

bahwa probabilitas terdapat MTB apabila hasil uji diagnostik positif adalah 973

dan kita percaya bahwa 95 nilai duga positif pada populasi yang diwakili oleh

sampel tersebut terletak di antara 861 sampai 995 Nilai duga negatif adalah

100 dengan interval kepercayaan 95 629-100 Hal ini artinya probabilitas

tidak terdapatnya MTB apabila uji diagnostik negatif sebesar 100 dan kita percaya

bahwa 95 nilai duga negatif pada populasi yang diwakili oleh sampel tersebut

terletak di antara 629 sampai 100

Sensitivitas dan spesifisitas dari PNB dalam medium cair adalah 997 dan 899

yang dilaporkan oleh penelitian Singhal dkk dengan jumlah sampel 716 pulmoner

maupun ekstrapulmoner dengan baku emas pertumbuhan kultur MGIT61

Hasil

tersebut berbeda seperti yang dilakukan didalam penelitian ini Dapat disebabkan

perbedaan baku emas metode identifikasi dan jumlah sempel yang dipakai

Hasil penelitian yang dilakukan oleh Sharma dkk di India Terdapat MOTT tidak

tumbuh di medium LJ PNB 4 isolat M marinum yang diujikan dengan pemeriksaan

uji identifikasi menggunakan PNB LJ terdapat satu tidak tumbuh di medium LJ PNB

tetapi tiga diantaranya tumbuh dimedium LJ PNB62

Sedangkan penelitian yang

dilakukan di Brazil oleh Giampanglia dkk dari 52 strains MOTT terdapat 2 strains

yang dapat tumbuh (resisten) diantaranya M peregrinum dan M xenopi 34

Keadaan

ini sama seperti yang dialami oleh penelitan saat ini terdapat satu strain MOTT yang

tumbuh di medium PNB LJ yaitu Msmegmatis

Perbedaan hasil penelitian diatas tentang identifikasi MOTT dengan cara PNB LJ

sehingga dibutuhkan cara untuk identifikasi yang dapat mendiagnostik lebih baik

MTB dapat dibedakan dengan mycobacterium lain menggunakan uji PNB dan Uji

niasin paper strip sehingga untuk melakukan identifikasi MTB minimum

menggunakan dua metode uji yang berbeda44

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 62: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

45

Universitas Indonesia

55 Keuntungan dan kerugian Uji Identifikasi MPT64 Uji Niasin PNB LJ

551 Keuntungan dan kerugian MPT64 63643839

Kelebihan atau keuntungan uji identifikasi MTB menggunakan imunocromatograpi

Ag MPT64 diantaranya

1 MPT 64 merupakan cairan protein spesifik yang hanya diproduksi oleh MTB

2 Dapat dilakukan laboratorium dengan sumberdaya terbatas dan negara-negara

dengan pendapatan perkapita penduduknya rendah

3 Nilai sensitivitas dan spesifisitas tinggi sama dengan pemeriksaan molekuler

4 Dapat membedakan mikroorganisme MTB dan MOTT

Uji identifikasi imunocromatograpi Ag MPT64 juga memiliki kekurangan dalam hal

pemeriksaan diantaranya adalah

1 Jumlah koloni dalam pemeriksaan harus lebih dari 105 CFU ml medium

padat maupun cair dibutuhkan laboratorium khusus dengan tingkat

keamanan yang tinggi Dan waktu inkubasi yang cukup

2 Bila terjadi mutasi protein MPT64 dapat menghasilkan negatif palsu

3 Tidak dapat langsung dilakukan pemeriksaan yang berasal dari sampel pasien

(harus di tanam dalam medium kultur)

552 Keuntungan dan kerugian uji identifikasi menggunakan uji niasin dan

PNB LJ 41445965

Keuntungan dalam uji identifikasi menggunakan cara yang konfensional seperti

menggunakan niasin dengan paper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 63: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

46

Universitas Indonesia

1 Pengunaan dengan paper strip lebih mudah tidak perlu memakai zat

karsinogenik

2 Nilai sensitifitas paper strip lebih tinggi dibanding yang konvensional

3 Uji identifikasi niasin paper strip telah direkomendasikan oleh WHO

4 Merupakan uji identifikasi yang tidak dapat berdiri sendiri sehingga pengujian

identifikasi dengan niasin harus bersama dengan uji identifikasi metode lain

seperti LJ PNB dengan tujuan mengurangi hasil negatif palsu

Kerugian dalam uji identifikasi menggunakan niasin paper strip dan PNB LJ

1 Pemeriksaan uji identifikasi memerlukan alat dan bahan yang banyak

2 Biaya yang dikeluarkan mahal

3 Waktu yang dibutuhkan dalam menunggu hasil cukup lama(satu minggu

untuk PNB LJ)

4 Diperlukan tenaga analis yang teliti dan berpengalaman dalam mengerjakan

uji identifikasi tersebut

56 keterbatasan penelitian

Penelitian ini terdapat keterbatasan terutama jumlah sampel yang tidak dapat

memenuhi jumlah sampel yang dihitung sehingga nilai interval kepercayan

melebar seperti nilai spesifisitas MPT64 dan nilai prediksi negatif Nilai

sepesifisitas Niasin PNB LJ dan nilai praduga positif Jumlah sampel yang

tidak memenuhi besar sampel dikarenakan biaya penelitian yang terbatas dan

isolat yang dapat tumbuh setelah di tanam ulang dengan medium LJ sebagian

tidak tumbuh

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 64: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

47

Universitas Indonesia

BAB VI

KESIMPULAN DAN SARAN

61 Simpulan

611 Diferensiasi spesies MOTT dengan MTB dapat dilakukan dengan

metode ICT menggunakan Ag MPT64 Hasil menunjukan seluruh

sampel yang diperiksa dengan ICT Ag MPT64 100 sesuai dengan

data spesies isolat dan sesuai dengan pemeriksaan molekuler PCR TB

Uji difrensiasi dengan cara PNB LJ dan uji Niasin paper strip

menunjukan hasil 889 sesuai dengan data spesies isolat

612 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB menggunakan

imunocromatografi (ICT) Ag MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan spesifisitas 100( IK 95 662-100) Nilai prediksi positif

sebanyak 100 (IK 95 904-100) dan nilai prediksi negatif

sebanyak 100 (IK 95 662-100)

613 Nilai sensitivitas uji identifikasi untuk MTB dengan Niasin tes dan

PNB LJ 100 (IK 95 904-100) dan spesifisitas 888 (IK

95 517-981) Nilai prediksi positif 973 (IK 95 861-

995) dan Nilai prediksi negatif sebanyak 100( IK 95 629-

100)

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 65: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

48

Universitas Indonesia

62 Saran

621 Nilai sensitivitas dan spesifistas MPT64 100 (IK 95 904-100)

dan 100( IK 95 662-100) Dapat di jadikan baku emas

pemeriksaan identifikasi karena sarat dijadikan baku emas nilai

sensitivitas harus lebih dari 80 tetapi memerlukan kajian untuk

melihat apakah terdapat mutasi pada MPT64

622 Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan jumlah sampel lebih

besar dan lebih bervariasi

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 66: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

49

Universitas Indonesia

DAFTAR PUSTAKA

1 Abe C Hirano K Tomiyama T Simple and rapid identification of the

Mycobacterium tuberculosis complex by immunochromatographic

assay using anti-MPB64 monoclonal antibodies Journal Of Clinical

Microbiology 1999 37 3693-97

2 Anonim Tuberculosis slows global development Tersedia pada URL

httpwwwtballianceorgdhyeconomic-impactphp diunduh tanggal

13 Mei 2014

3 Yoga T Jumlah penderita TB tahun 2013 secara survailens Tersedia pada

URL httphealthkompascomread201403031415171Indonesia

diunduh 13 Mei 2014

4 Kumar V Urs T Rang R MPT64 antigen detection for rapid confirmation

of M tuberculosis isolates BMC Research notes 2011 479-84

5 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology Edisi

2 Saunders Elsevier Philadelphia 1995 1031-32

6 Gounder C Carvalho F Conde B Bidhai W Kritski A Richard E and

Dorman E Field evaluation of a rapid immunochromatographic test for

Tuberculosis Journal Of Clinical Microbiology 2002 47 1989-93

7 Chen P Shi AM Feng A Liu Wang B Shi X Ma A et al A highly

efficient Ziehl-Neelsen stain Identifying de novo intracellular

Mycobacterium tuberculosis and improving detection of extracellular

M tuberculosis in cerebrospinal fluid Journal Of Clinical

Microbiology 2012 50 1166-70

8 Kanade S Nataraj G Suryawanshi R Mehta P Utility Of MPT 64 antigen

detection assay for rapid characterization of mycobacteria in a resource

constrained setting Indian Journal of Tuberculosis 201259 92-96

9 Maurya A Nag V Kant S Kushwaha RA et al Evaluation of an

Immunochromatographic test for diferensiasi between Mycobacterium

tuberculosis complex amp Non tuberculous Mycobacteria in clinical

isolates from extra-pulmonary tuberculosis Indian J Med Res 2012

135 901-06

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 67: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

50

Universitas Indonesia

10 Sehenoy VP Mukhopadhyay C Rapid immunochromatographic test for

the identification and discrimination of Mycobacterium tuberculosis

Complex Isolat from Non-tuberculous Mycobacteria Journal of

Clinical and Diagnostic Research 2014 53 7098-104

11 Jannah D Rahmawati I Rujito L Sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan

Imunokromatografi tuberkulosis dibandingkan dengan kultur

Lowenstein-Jensen Sains Medika 2009 2 106-14

12 Parwati I Crevel R Sudiro TM Alisjahbana B Pakasi T et al

Mycobacterium tuberculosis population structures differ significantly

on two Indonesian islands Journal Of Clinical Microbiology 2008 46

3639-45

13 Jiang Y Liu H Wang H Zhao X et al Polymorphism of antigen MPT64

in Mycobacterium tuberculosis strains Journal Of Clinical

Microbiology 2013 51 1558-62

14 Brooks Gf Butel JS Morse SA Mycobacterium tuberculosis Dalam

Jawetz Melnick amp Adelbergrsquos Medical Microbiology Edisi 21

Prentice Hall International Inc USA 1998 279-88

15 Forbes B Sa m Weissfeld AS Bailey and Scottrsquos Dalam Diagnostic

Microbiology Edisi 12 Mosby Inc Philadelphia 2007 478-85

16 Eisenstadt J Hall GC Gibson SM Dunbar DF Mycobacterium

tuberculosis and other non tuberculosis mycobacteria Dalam Mahon

CR Manuselis G Editors Textbook of diagnostic microbiology WB

Saunders Co Philadelphia 1995 1049-72

17 Shinnick TM Good RC Tuberculosis commentary diagnostic

mycobacteriology laboratory practices Journal Clinical Infectious

diseases 1995 21 291-9

18 Wayne LG Cultivation of Mycobacterium tuberculosis for research

purposes Dalam Bloom BR Editor Tuberculosis

pathogenesisprotection and control ASM pres Washington DC1995

73-83

19 Warren JR Mycobacterial Infection Dalam Shulman ST Editor The

biologic and clinical basis of infectious diaseases Edisi 5 WB Saunder

Co Philadelphia 1997 157-75

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 68: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

51

Universitas Indonesia

20 Des-Pres RM Heim CR Mycobacterium Tuberculosis Dalam Mandel

Editor Principles and practice of infectious diseases Edisi 3

Churchill Livingstone New York 1990 1877-903

21 Salyers AA Bacterial pathogenesis Dalam Whitt DD Editor A molecular

approach ASM Press Washington DC 1994 307-21

22 Restiawati NM Burhan E Diagnosis dan penatalaksanaan Mycobacterium

other than tuberculosis (MOTT) J Respir Indo 201131 156-64

23 Erasmus JJ McAdams HP Farell MA Patz EF Pulmonary

nontuberculous mycobacterial infection Journal Radio Grapics

1999191487-503

24 Koh WJ Kwon OJ Lee KS Diagnosis and treatment of tuberculous

mycobacterial pulmonary disease J Korean Med Sci 2005 20 913-25

25 Non-Tuberculosis Mycobacteria Guidelines for Tuberculosis control in

new Zealand[cited 2010 july 10th

] Tersedia Pada URL

URLhttpwwwnzggorgnzguidelines0033chapter_19 pdf diunduh

tanggal 23 Juli 2014

26 Misnadiarly Non Tuberculous Mycobacteria pada Rheumatoid Arthritis

Osteomyelitis Osteoporosis dan Penyakit Muskuloskeletal Lainnya

Scientific Journal of Pharmaceutical development and medical

application 2008 21 60-62

27 Zhu C Liu J Ling Y Yang H Liu Z Zheng R Qin L Hu Z Evaluation of

the clinical value of ELISA based on MPT64 antibody aptamer for

serological diagnosis of pulmonary tuberculosis BMC Infectious

Diseases 2012 12 96-103

28 Anonim One step Identification of Mycobacterium tuberculosis Complex

by RAPID Tes Tersedia pada URL httpwwwstandardiacompdf

Diunduh pada tanggal 23 Sep 2014

29 Anonim Principle of Immunochromatography Kit Diakses URL

httpwwwbl-incjpimno_ehtml Diunduh pada tanggal 26 april 2014

30 Sundari R Noormartany Pemeriksaan uji serap imun-rapid

imunokromatografi pada penderita yang telah didiagnosis tuberkulosis

paru di Poliklinik Paru RSUP Dr Hasan Sadikin Bandung Dalam

Pekan Ilmiah FKUP 1998 1-9

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 69: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

52

Universitas Indonesia

31 Ochang EA Oduyebo O Onwuezobe I Obeten S Ogban G Emanghe U

Rapid confirmation of drug susceptibility in Mycobacterium

tuberculosis using MPT 64 Ag based test Asian Pacific Journal

Tropical Diseasa 2013 3 207-10

32 Hasegawa N Miura T Ishii K Yamaguchi K Lindner T Merritt

Matthews J Siddiqi S New simple and rapid test for culture

confirmation of Mycobacterium tuberculosis complex a Multicenter

Study Journal Of Clinical Microbiology 2002 40 908-12

33 Wang G Yu X Liang Q Chen S Wilson S Huang H Evalution of simple

in-house test to presumptively differentiate Mycobacterium tuberculosis

complex from Nontuberculous Mycobacteria by detection of p-

Nitrobenzoic acid metabolites Plose one 2008 8 80-87

34 Giampaglia C Martins M Inumaru V Butuem I Telles M Evaluation of

rapid differentiation test for the Mycobacterium tuberculosis Complex

by selective inhibition with r-nitrobenzoic acid and thiophene-2-

carboxylic acid hydrazide Int J Tuberc Lung Dis 2005 9 206-09

35 Basil MV Kumar S Yadav J Kumar N Bose M A Simple Method to

Differtiate between Mycobacterium tuberculosis and Non-Tuberculous

Mycobacteria Directly on Clinical Specimens Southeast Asian J Trop

Med Public Health 2007 38 111-14

36 Gadre DV Mahajan M Singh N Agarwal D Talwar V Niacin Test for

Mycobacteria a comparative study of two methods Indian Journal of

Tuberculosis 1995 42 225-26

37 Young W Maslansky A Lefar M Kronish D Development of a paper

Strip Test for Detection of Niacin Produced by Mycobacteria Appljed

Microbiology 1970 20 939-45

38 Tim penyusun KEMENKES RI Petunjuk Teknis Pemeriksaan Biakan

Identifikasi dan Uji Kepekaan Mycobacterium Kementrian Kesehatan

RI Dirjen Bina Upaya Kesehatan Direktorat Jenderal Pengendalian

penyakit dan Penyehatan Lingkungan 2012 Hal 44

39 Disalvo AS Linder G Evaluation of a paper strip test for detection of

niacin production by Mycobacteria Amer J Clin Path 1970 53 871

40 Rosilawati ML Deteksi Mycobacterium tuberculosis dengan reaksi

berantai polimerase ldquoPolymerase c ain reactionrdquo (PCR) Jakarta

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 70: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

53

Universitas Indonesia

Program pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia

1998 Thesis

41 Kox LFF Rienthong D Miranda AM Udamsantisuk Ellis K Vanleeuwen

J et al A more reliable PCR for detection of Mycobacterium

tuberculosis in clinical sampel Journal Of Clinical Microbiology 1994

32 672-8

42 Putra I Surjanto E Suradi Aditama T Nilai Diagnostik Pemeriksaan

Reaksi Rantai Polimerase pada Tuberkulosis Paru Sputum Basil Tahan

Asam Negatif J Respir Indo 2008 28 136-44

43 Makeshkumar V Madhavan R Narayanan S Polymerase chain reaction

targeting insertion sequence for the diagnosis of extrapulmonary

tuberculosis Indian J Med Res 2014 139 161- 66

44 Eisenach K Ceva M Bates J Crawford j Polymerase chain reaction

amplofocation of repetatif DNA sequence specific for Mycobacterium

tuberculosis Departemen of patholigy Anatomy medicine and

Microbiology University of Arkansas USA 1990 Tersedia pada URL

httpjiddpxfordjournalsorgcontent1615977fullpdf+html Diakses

November 2014

45 Kusumawati L Deteksi sekaligus pembedaan galur secara langsung dari

spesimen klinik dan isolat Mycobacterium tuberculosis dengan teknik

spoligotyping Jakarta Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran

Universitas Indonesia 2001 Thesis

46 The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Diagnosis of

Tuberculosis Disease Chapter 4 2012 hal 47

47 Barani R Sarangan G Antony T Periyasamy S Kindo AJ Srikanth P

Improved detection of Mycobacterium tuberculosis using two

Idependent PCR targets in a tertiary care centre in South India J Infect

India 2012 6 46-52

48 Pavlile D Falkinham J Potentially pathogenic Mycobacteria in the

ecology of Mycobacteria Dalam Kaizda J Editor Impact on Animalrsquos

and Humanrsquos Healt Chapter 3 Springer London 2009 42-50

49 Frebault V Portaels F Propose Minimal For the Mycobacterium and for

description of New Slowly Growing Mycobacterium Species

Internasional Journal of systematic Bacteriology 1992 54315-23

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 71: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

54

Universitas Indonesia

50 Falkinham J Nontuberculous mycobacteria in the environment Clin

Chest Med 2002 23 529-551

51 Ingen J Boeree M Lange W Haas P Dekhuijzen R Soolingen D Clinical

relevance of Mycobacterium szulgai in The Netherlands Clinical

Infectious Diseases 2008 46 1200ndash5

52 Tortoli E Chianura L Fabbro L et al Infections due to the newly

described species Mycobacterium parascrofulaceum Journal of

Clinical Microbiology 2005 43 4286-7

53 Velez P Kasperbauer S Iseman Atypical Mycobacterium Tersedia pada

URL httpwwwantimicrobeorgms07asp diakses tanggal 13 sept

2014

54 Tsukamura M Differentiation betwen Mycobacterium Kansasii and

Mgastri Journal of General Microbiology 1993 74 193-94

55 Velayati A Boloorsaze M Farnia P Mohammad F Karam M

Zahirifard S Masjedi M Mycobacterium gastri causing disseminated

Infectionin children of same family J Pediatric Pulmonology 2005 39

284ndash87

56 Park S Hwang E Park H Kim J Heo J Lee K Song T Kim E Ro Y

Kim S Kim Y Growth of mycobacteria on carbon monoxide and

methanol Journal of Bacteriology 2003 56 142ndash47

57 Arora J Singhal R Bhalla M Reza S Visalakship Behera D Myneedu V

Diagnostic Utility of Capilia TB Assay for Identification of

Mycobacterium tuberculosis Complex Current Research In

Tuberculosis 2012 4 13-18

58 Sutantangjai M Fasksri K Chaicumpar K Chaimanee P Lulitanond

VNamwat W Evaluation of an Immunochromatographic test kit for

detecting Mycobacterium Tuberculosis Compleks in sputum sampel and

on solid and liquid cultures Southeast Asian J Trop MedPublic Health

2014 24 358-64

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 72: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

55

Universitas Indonesia

59 Babady N Wengenack N Clinical Laboratory Diagnostics for

Mycobacterium tuberculosis Dalam Joan P Editor Understanding

Tuberculosis ndash Global Experiences and Innovative Approaches to the

Diagnosis Cardona 2012 24 8-12

60 Singhal R Arora J Bhalla M Lal P Reza S Behera D Myneedu V

Presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

based on cord formation in BACTEC MGIT 960 medium Indian

Journal of Medical Microbiology 2012 30 218-21

61 Simeo F Chimara E Oliveira R Yamauchi J Latrilha F Telles M Cord

Factor of Mycobacterial colonies an efficient combined screening test

for the Presumptive Identification of Mycobacterium tuberculosis

complex on solid media Jornal Pneumologia 2009 351212-16

62 Sharma B Pal N Malhotra B Vyas L Evaluation of a rapid differentiation

test for Mycobacterium tuberculosis from other Mycobacteria by

Selective Inhibition with P-nitrobenzoic Acid using MGIT 960 J Lab

Physicians 2010 2 89-92

63 Bekmurzayeva A Sypabekova M Kanayeva D Tuberculosis diagnosis

using immunodominant secreted antigens of Mycobacterium

tuberculosis J Elsevier Tubercukosis 2013 93 381-88

64 Roche P Feng C Britton W Human T-cell epitopes on the Mycobacterium

tuberculosis secreted protein MPT64 Scand J Immunol 1996 43662-

70

65 Rieder H Deun A Kan K Kim S Chonde T Trebucq A Urbanczik R

Priorities for Tuberculosis Bacteriology Services In Low-Income

Countries Inter Union Agains Tuber and Lung Diases Second Edition

2007 80-81

66 Wit MA Koopmans MP Kortbeek LM van Leeuwen NJ Vinje J

Duynhoven YT Etiology of gastroenteritis in sentinel general practices

in the netherlands Clin Infect Dis 2001 33280-8

67 Sudrungrot S National Tuberculosis seminar IOM Damak Nepal Lab

Management 2014 Tersedia pada URL

httpwwwslideservecomclavisnational-tuberculosis-seminar

diakses bulan Oktober 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 73: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

56

Universitas Indonesia

68 Ngamlert K Sinthuwattanawibool C McCarthy k Sohn H Starks A

Kanjanamongkolsiri P Anek-vorapong R Tasaneeyapan T et al

Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium

tuberculosis complex identification from broth-based culture in

Bangkok Thailand Tropical Medicine and International Health 2014

7 748ndash53

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 74: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

Lampiran 1 Hasil PCR

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 75: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

Sampel penambahan baru

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 76: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

Lampiran 2 Foto Uji Identifikasi MPT64 Niasin peper strip dan PNB LJ

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 77: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 78: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 79: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

Lampiran 3 Distribusi sampel penelitian

Jenis specimen Jumlah Presentase

MOTT 9 195

MTB

30

653

H37RV

7

152

Jumlah 46 100

Lampiran 4 Hasil Uji Identifikasi MPT64

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

Lampiran 5 Hasil uji Niasin paper strip

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 45 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 80: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

Lampiran 6 Hasil pemeriksaan PNB LJ

Lampiran 7 Hasil Uji PCR

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 9(100) 0(0) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46(100) 0 46

TRUE () FALSE () Jumlah

MOTT 8(888) 1(111) 9

H37RV 7(100) 0(0) 7

MTB 30(100) 0(0) 30

Jumlah 46 1 46

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 81: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

Lampiran 8 Hasil rekapitulasi uji identifikasi

NO Sampel MPT64 Niasin paper strip PNB LJ PCR

1 H37RV + + S +

2 H37RV + + S +

3 MKansasii - - R -

4 Msimblei - - R -

5

MAvium ATCC

12814 - - R -

6 Mflavescens - - R -

7 H37RV + + S +

8 Msmegmatis - + S -

9 H37RV + + S +

10 H37RV + + S +

11 Mterrae - - R -

12 Mscrofulaceum - - R -

13

MAvium IwG MT

49 - - R -

14 H37RV + + S +

15 MTriviale - - R -

16 H3717 + + S +

17 H2964 + + S +

18 H3773 + + S +

19 H2941 + + S +

20 H3730 + + S +

21 H3767 + + S +

22 H2890 + + S +

23 H3611 + + S +

24 H3846 + + S +

25 H3627 + + S +

26 H3494 + + S +

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran
Page 82: UNIVERSITAS INDONESIA Manfaat Uji Imunokromatografi TB Ag

27 H3725 + + S +

28 H3643 + + S +

29 H3593 + + S +

30 H3512 + + S +

31 H3072 + + S +

32 H3098 + + S +

33 H3021 + + S +

34 H3724 + + S +

35 H3716 + + S +

36 H3025 + + S +

37 H3731 + + S +

38 H2962 + + S +

39 H3512P + + S +

40 2 + + S +

41 3 + + S +

42 4 + + S +

43 5 + + S +

44 6 + + S +

45 7 + + S +

46 H37RV + + S +

Ket MOTT pemeriksaan PNB R (resisten) dan Niasin tes (-)

MTB pemeriksaan PNB S (sensitif) dan Niasin tes ( + )

Manfaat ujihellip Budi Haryanto FK UI 2014

  • Halaman Judul
  • abstrak
  • DAFTAR ISI
  • BAB I
  • BAB II
  • BAB III
  • BAB IV
  • Bab V
  • BAB VI
  • Daftar Pustaka
  • Lampiran