STRUKTUR PROTEINKelompok :

Aulia Nurlatifah

260110100115

Kallista Tritama W 260110100117

Maria Nathania 260110100120

Larasati Tunggadewi 260110100128

Bella Fika Gamila260110100131

PERTANYAAN DAN JAWABAN : 1. ( Yuli, 2011) : Perbedaan turn tipe 1 dan 2?

Jawaban : pada dasarnya perbedaan turn tipe 1 dan 2 terletak pada strukturnya pada tipe 1 struktur turn menghadap ke depan dan berkebelakangan dengan tipe 2. Dan pada tipe 1 terdapat gugus asam amino glisin pada carbon nomer 3 nya, sedangkapan pada tipe 2 tidak ada (di jawab oleh : Kallista T.W)

2. ( Iqbal, 2010) Konformasi pada struktur tersier ?

Jawaban : konformasi merupakan sesuatu yang menunjukan susunan ruang dari gugus substituen molekul organik bebas untuk mencapai posisi yang berbeda- beda di dalam ruang tanpa memutuskan ikatan dan berkumpul di sekitar inti ( di jawab oleh : Kallista T.W)

Jawaban tambahan : Lapisan yang tumpang-tindih di atas pola struktur sekunder adalah struktur tersier protein yang terdisi atas pemutarbalikan tak beraturan dari ikatan antara rantai- rantai samping (gugus R) berbagai asam amino. salah satu jenis ikatan yang berperan dalam struktus tersier di sebut interaksi hidrofobik. Ketika polipeptida melipat membentuk konformasi fungsionalnya, asam amino dengan rantai samping hidrofobik (non polar) umumnya mengumpul membentuk kumpulan pada inti protein itu, menjauhi kontak air. Konformasi suatu protein bisa semakin di perkuan oleh ikatan kovalen kuat yang di sebut jembatan disulfida. Jembatan disulfida terbentuk ketika dua monomer sistein, asam amino dengan gugus sulfhidril (-SH) pada rantai sampingnya saling mendekat satu sama lain melaui pelipatan ikatan tersebut. Semua jenis ikatan ikatan yang berbeda ini terjadi pada satu protein seperti pada gambar di bawah ini : ( di jawab oleh Aulia Nurlatifah)3. (Prisilia, 2011) Kenapa di alam lebih banyak struktur alfa ?

Jawaban : Karena struktur alfa lebih stabil secara termodinamis dibandingkan struktur beta asam amino, sehingga dapat terbentuk dengan mudah secara alami. Sementara itu, struktur asam amino beta harus dibentuk melalui sintesis-sintesis kimia tertentu. ( di jawab oleh Bella Fika )

4. (Saras, 2011) Pengaruh struktur helix-loop-helix terhadap transcription factor ?

Jawaban : Beberapa jenis transcription factor merupakan protein helix-loop-helix yang saling berikatan pada ujung karboksil terminalnya membentuk struktur dimer. Bagian amino terminal pada struktur tersebut kemudian akan berikatan pada sekuens DNA spesifik yang selanjutnya akan mempengaruhi regulasi siklus sel, seperti perkembangan sistem kardiovaskular, pembentukan sel-sel darah (hematopoiesis), neurogenesis, dan sebagainya ( di jawab oleh Bella Fika)

5. Lani ( 2011 ) : plot ramachandran dan yang mana ?Jawaban : Dijelaskan dengan menggunakan gambar

Tanda (+) dan (-) pada psi dan phi tergantung pada arah perpitaran struktur ( di jawab oleh Larasati Tunggadewi)6. Aida ( 2010 ) : plot ramachandran gambarannya bagaimana ? gimana caranya ?Jawaban : Dijelaskan dengan menggunakan gambar

Contoh bentuk gambaran glisin :

( di jawab oleh Larasati Tunggadewi)7. Kirthikaa ( 34 ) : denaturasi protein & efek ? ikatan penstabil ?Jawaban : Denaturasi adalah terjadinya kerusakan struktur protein yang di sebabkan oleh faktor faktir baik fisika ( benturan, panas ) atau kimia ( perubahan PH ). Faktir- faktir tersebut menyebabkan ikatan penstabil struktur protein ( ikatan sulfida , ikatan hidrogen , dll ) rusak sehingga bentuk protein yang asalnya globular menjadi renggang, dan menyebabkan fungsi dari protein itu sendiri berubah. ( di jawab oleh Maria Nathania )8. Keefthy ( 45 ( 2011 )) : denaturasi reversible dan irreversible ?Jawaban : Denaturasi protein itu ada yang reversible dan irreversible dapat terjadi karena perubahan kondisi yang tidak terlalu ekstrim, sehingga kondisi di balikan pada keadaan semula pada protein dapat berkonformasi kepada strukturuktur asalnya. ( di jawab oleh Maria Nathania ) Jawaban tambahan oleh Elwitha , 2011 : denaturasi reversible juga hanya terjadi pada struktur kuarterner, tersier dan sekunder. Jika struktur primer yang terkena denaturasi maka protein tersebut tidak akan bisa kembali ke bentuk awalnya. 9. Meriam ( 24 ( 2010 )) : gugus samping reaktif dan spesifik seperti apa ?Jawaban : Gugus samping (gugus R) setiap asam amino berbeda2, tergantung berikatan dengan gugus apa. Bisa menentukan sifat asam atau basa, kelarutannya dalam air (hidrofob atau hidrofil), kepolarannya

a)Dengan rantai samping alifatik (asam amino non polar) : Glisin, Alanin, Valin, Leusin, Isoleusin.

b)Dengan rantai samping yang mengandung gugus hidroksil (OH), (asam amino polar) : Serin, Treonin, Tirosin.

c)Dengan rantai samping yang mengandung atom sulfur (asam amino polar) : Sistein dan metionin.

d)Dengan rantai samping yang mengandung gugus asam atau amidanya(gugus R bermuatan negative) : Asam aspartat, Aspargin, Asam glutamate, Glutamin.

e)Dengan rantai samping yang mengandung gugus basa (gugus R bermuatan positif): Arginin, lisin, Histidin

f)Yang mengandung cincin aromatic : Histidin, Fenilalanin, Tirosin, Triptofan.

( di jawab oleh Larasati Tunggadewi)10. Firda ( 96 ) : ciri protein serabut?Jawaban : ProteinserabutCiri: 1. serabut panjang, tidak larut dalam air dan mempunyai fungsi struktural atau pelindungcontoh:- kolagen: jenisproteinyang terdapat padajaringanikat- keratin: jenisproteinyang terdapat dalam bulu domba, sutera alam, rambut, kuku, kulit- aktin: (interaksi otot)- fibrin: pembekuan darah.

( di jawab oleh Aulia )6