Pepaya memiliki bermacam-macam bagian tanaman yang dapat dimanfaatkan sebagai tanaman obat mulai dari daun, bunga danjuga buah. Daun pepaya mengandung enzime papain, carpain, pseudo-carpaine, nicotine, continine, myosmine, glykosida carposide,dll Buahnya mengandung vitamin A, B dan C. Pepaya termasuk salah satu tanaman yang oleh WHO diangap sangat penting untuksumber obat-obatan alami. Daun pepaya sudah digunakan sebagai bahan ramuan obat di 23 negara dan mendapat prioritas sebagaitanaman obat utama menurut WHO.Bunga pepaya mengandung khasiat sebagai anti tumor. Daun pepaya bersifat sebagai anti oksidan, sari rapat, obat penyembuh lukasetelah melahirkan, mengencangkan otot vagina, menurnukan tekanan darah tinggi, mencegah perkembangan sel tumor danmenurunkan pembengkakan hati (Kardono et al., 2003). Manfaat empiris dari daun pepaya adalah getah daun muda dari pepayagandul untuk obat pencahar, daun merangsang sekresi empedu, obat sakit perut, demam malaria, penyakit cacing, membantu prosespencernaan. Penelitian mengenai khasiat daun pepaya yang diambil dari berbagai sumber menunjukkan bahwa papain pada daunpepaya memiliki efek terapi pada penderita inflamasi/ pembengkakan pada organ hati, mata, kelamin dan usus halus.Pembengkakan organ hati ditemukan pada penyakit DBD. Disamping itu daun pepaya juga memiliki aktivitas anti oksidan, antikoagulan, menyembuhkan luka lambung dan usus.

Enzim papain dari getah pepaya dapat disadap dari buahnya yang berumur 2,5- 3 bulan dimana dapat digunakan untuk pengempukan daging disamping sebagai penjernih pada industri minuman bir, industri tekstil, industri penyamakan kulit, industri farmasi dan alat-alat kecantikan ( kosmetik ). Enzim papain memiliki daya tahan terhadap panas. Suhu optimumnya berkisar 60-70oC. Aktivitasnya berkurang sekitar 20% pada pemanasan 70o C selama 30 menit pada pH 7. Papain menghidrolisis serabut otot dan elastin lebih baik dari kolagen. Papain cocok dipergunakan sebagai pengempukan daging karena aktif pada keadaan pH daging.

Pada kenyataannya yang paling banyak menggunakan papain adalah industri minuman, tepatnya industri pembuatan bir. Bir yang dibuat tanpa menggunakan papain menjadi tidak jernih dan berkabut bila disimpan dalam keadaan dingin. Selain itu, beberapa industri lain juga memanfaatkan daya enzimatis papain ini. Industri makanan yang menggunakan papain diantaranya industri keju, pengembangan kue, biskuit dan roti. Industri makanan ternak menggunakan papain untuk menghasilkan konsentrat protein ikan.Industri farmasi menggunakan papain untuk pengobatan penderita gangguan saluran pencernaan, penderita dispepsia, dan gastritis.