PENGAMATAN VIRUS PADA BAKTERI DENGAN METODE PLAQUE

Oleh:

Nama : Muhammad Abdullah Kamal MuktarNIM : B1J010182Kelompok : 5Rombongan : I

LAPORAN PRAKTIKUM VIROLOGI

KEMENTERIAN PENDIDIKAN DAN KEBUDAYAANUNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN

FAKULTAS BIOLOGI PURWOKERTO

2013

I. PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Virus merupakan penyebab infeksi terkecil (berdiameter 20-300 nm).

Genom virus hanya mengandung satu jenis asam nukleat (RNA atau DNA). Asam

nukleat virus terbungkus dalam suatu kulit protein, yang dapat dikelilingi oleh

selaput yang mengandung lemak. Seluruh unit infektif disebut virion. Virus tidak

aktif dalam lingkungan di luar sel. Virus hanya bereplikasi di dalam sel hidup,

sebagai parasit pada tingkat genetic.

Virus merupakan mahluk peralihan antara benda mati dan benda hidup.

Disebut benda mati karena dapat dikristalkan dan tidak mempunyai protoplasma

atau aseluler dan di alam bebas virus mengalami dormansi atau istirahat dan akan

terbawa oleh angin dan ketika menemukan tempat yang cocok maka virus itu akan

aktif dan jika tempat itu tidak cocok maka virus akan terlempar dan terbawa oleh

angin lagi. Virus juga bersifat virulen dan hanya mampu hidup pada organisme

yang hidup. Virus hanya memiliki DNA atau RNA saja.Disebut benda hidup

karena mempunyai DNA/RNA dan dapat bereproduksi. Ukuran virus lebih kecil

dari bakteri yakni sekitar 200-300 milimikron. Bentuk virus ada yang poligonal,

bulat, T dll. Contoh virus berbentuk T adalah bakteriofag atu sering disebut fag

saja. Virus ini menyerang bakteri epidemik misalnya e.coli (Deri, 2008).

Ukuran virus yang sangat kecil inilah yang menyebabkan virus sulit

untuk dideteksi. Plaque merupakan metode yang digunakan untuk mengisolasi

virus ke strain baru karena plaque timbul dari virion single. Virion yang berasal

dalam plaque mungkin hasil yang sama. Beberapa virion yang berasal dari plaque

dapat dipilih dan di inokulasikan ke dalam kultur bakteri yang baru.

B. Tujuan

Tujuan praktikum Pengamatan Virus pada Bakteri dengan Metode Plaque

adalah untuk mengetahui ada tidaknya virus pada sampel yang melisiskan sel

bakteri. Yang terlihat dari zona jernih atau adanya plaque yang terbentuk di dalam

media NA yang telah diinokulasikan sampel dan bakteri E. coli.

II. MATERI DAN MEODE

A. Materi

Alat-alat yang digunakan dalam praktikum ini adalah cawan petri, cotton

bud steril, korek api, pembakar bunsen, wrapper, pipet ukur 1 ml, filler, botol

steril, drugalsky, dan inkubator.

Bahan yang digunakan dalam praktikum ini yaitu media Natrium Agar,

bakteri Escherechia coli cair, alkohol dan air sampel yang berasal dari limbah

peternakan cair.

B. Metode

Cara kerja praktikum Pengamatan Virus pada Bakteri adalah sebagai

berikut:

1. Sampel limbah cair yang diduga mengandung virus dimasukkan ke dalam

botol sampel

2. Media pertumbuhan bakteri (NA) disiapkan

3. Diambil cotton bud steril dan dicelupkan pada E. coli cair secara aseptis

4. Dilawnkan secara aseptis cutton bud yang telah dicelupkan E. coli pada

media NA cawan

5. Sampel air diinokulasikan secara aseptis kedalam medium NA yang telah

disiapkan

6. Kemudian di inkubasi selama 2-4 x 24 jam

7. Diamati pembentukan plaque yang terjadi

III. HASIL DAN PEMBAHASAN

A. Hasil

Tabel 1. Data Pengamatan Metode Plaque Rombongan I

No. Kelompok Jenis Limbah CairKeterangan Plaque

Kontrol Sample

1 1 Kotoran sapi - +

2 2 Kotoran kambing + -

3 3 Kotoran ayam + +

4 4 Kotoran kelinci + -

5 5 Kotoran sapi + -

6 6 Kotoran kambing - -

7 7 Kotoran ayam - +

8 8 Kotoran kelinci - +

keterangan: (+) terdapat zona jernih ; (-) tidak terdapat zona jernih

Gambar 1. Sampel dengan E. coliGambar 2. Kontrol tanpa E. coli

B. Pembahasan

Berdasarkan hasil pengamatan praktikum kali ini kelompok 5 memperoleh

hasil positif pada kontrol dan negatif pada perlakuan atau sampel limbah air sapi

yang dituangkan oleh E. Coli. Hasil positif dapat dilihat adanya zona jernih di

media NA, sedangkan hasil negatif tidak ditemukannya zona jernih yang

dipastikan virus melisiskan inangnya. Metode tersebut dinamakan dengan metode

Plaque. Perbandingan juga terlihat di kelompok 6 yang tidak didapatkannya zona

jernih di kedua cawan perlakuan. Hal ini bisa saja karena fase yang ditemukan

bukan litik, melainkan fase lisogenik (Deri, 2008).

Metode Plaque didasarkan pada timbulnya daerah kecil yang bersih

disebabkan oleh adanya pelisisan dinding sel bakteri yang disebabkan oleh virus.

Metode ini dapat digunakan untuk menguji adanya bakteriofag pada hewan

ataupun pada tumbuhan. Metode plaque digunakan untuk mengukur atau melihat

virus secara teliti sampai ke konsentrasi yang tepat (Smith, 1980).

Cara kerja dalam metode plaque ini dengan cara memindahkan air sampel

yang telah disterilisasi diplating duplo sebanyak 0,1ml ke dalam medium NA

yang telah disiapkan kemudian diratakan agar semua sampel merata kedalam

media setelah itu diinkubasi selama 2-4 x 24 jam setelah itu amati pembentukan

plaque yang terjadi pada koloni pertumbuhan bakteri. Adanya infeksi kecil bersih

atau kosong menandakan adanya virus yang melisiskan bakteri menunjukkan hasil

positif, sedangkan menurut pustaka adalah sel bakteri dan virus dimasukkan ke

dalam top agar lalu dicampur dan dimasukkan ke dalam cawan yang berisikan

natrium agar hingga terbentuk lapisan antara top agar dengan agar NA kemudian

media diinkubasi dan hasilnya terlihat adanya plaque phaga yang terbentuk pada

media (Madigan et al., 1997).

Virus menginfeksi sel bakteri, sel hewan, atau sel tumbuhan untuk

bereproduksi. Ada dua macam cara virus menginfeksi sel hospes, yaitu secara litik

dan secara lisogenik. Virus yang melisiskan sel bakteri adalah bakteriofage.

Bakteriofage termasuk ke dalam ordo Caudovirales. Salah satu contoh

bakteriofage adalah T4 virus yang menyerang bakteri Eschericia coli. Virus yang

membunuh bakteri melalui lisis intraseluler telah ditemukan sejak abad ke-20 oleh

Frederick Twort dan disebut sebagai bacteriophages atau phages (Anderson,

2011).

Virus bereproduksi dengan menginfeksi organisme lain dengan

memasukan DNA atau RNAnya saja. Ada 2 daur yang terjadi pada virus ketika

menginfeksi organisme lain (E. coli), diantaranya:

1. Daur Litik

Disebut daur litik karena ketika pada fase pembebasan membran plasma

bakteri akan lisis/pecah, berikut fase-fase pada daur ini:

a. Fase adsorpsi

Fase ini adalah fase melekatnya virus pada membran plasma bakteri.

b. Fase penetrasi/ injeksi

Fase ini adalah fase virus merusak membran plasma bakteri dengan enzim

lisozim yang dipunyanya, kemudian setelah membran tersebut

terhidrolisis/rusak barulah virus memasukkan DNA/RNAnya ke dalam tubuh

inang.

c. Fase sintesis

Fase dimana terjadinya membentuk DNA/RNA baru virus oleh DNA dan RNA

bakteri.

d. Fase replikasi

Fase ini dimana terjadinya pembentukan selubung protein/kapsid.

e. Fase perakitan

Pada fase ini terjadi perakitan faga-faga baru.

f. Fase pembebasan

Setelah sejumlah fag-fag baru terbentuk kemudian membran plasma bakteri

pecah dan virus-virus tersebut keluar kemudian berpencar dan menginfeksi

organisme lainya (Smith, 1980).

2. Daur Lisogenik

Pada daur ini membran plasma tidak mengalami lisis, tetapi setelah daur

ini selesai dilanjutkan lagi ke daur litik. Daur ini terdapat beberapa fase yakni:

a. Fase Adsorpsi

Pada fase ini terjadi pelekatan virus pada membran plasma bakteri.

b. Fase Penetrasi/injeksi

Fase pemasukan DNA/RNA virus pada bakteri.

c. Fase Penggabungan

Pada fase ini DNA/RNA virus bergabung dengan DNA dan RNA bakteri.

d. Fase Replikasi

Pada fase ini terjadi pembentukan kapsid/selubung protein virus. Setelah fase

replikasi diatas berarti daur lisogenik telah selesai kemudian dilanjutkan ke

fase-fase yang terdapat pada daur litik seperti:

e. Fase Perakitan

Kemudian pada fase ini terjadi perakitan fag-fag baru yang sudah sempurna

f. Fase pembebasan

Fase ini adalah fase lisisnya membran bakteri dan keluarnya fag-fag baru yang

telah terbentuk ke udara (Deri, 2008).

Praktikum kali ini menggunakan limbah cair dari berbagai hewan ternak

dari sapi, kambing, ayam dan kelinci. Limbah cair tersebut diasumsikan bahwa

terdapatnya virus pada kotoran atau limbah hewan ternak tersebut. Setelah

diinkubasi 2x24 jam dengan suhu 37oC didapatkan zona jernih yang diasumsikan

bahwa adanya lisis didalam media NA kontrol maupun media NA ditambah

dengan bakteri E. Coli. Hal tersebut dengan hasil uji coba kelompok 2 yang

mendapatkan hasil positif dikedua cawan.

Penyakit yang disebabkan oleh virus dan biasa menyerang unggas

diantaranya adalah New Castle Disease. Virus ND merupakan infeksi viral yang

menyebabkan gangguan pada saraf pernapasan. Penyakit ini disebabkan oleh virus

Paramyxoviridae. Limbah kotoran sapi maupun kambing kemungkinan virus yang

menyerang hewan ternak antara lain cowpox (cacar sapi), sheeppox (cacar domba

dan kambing), coronavirus yang dapat menyerang pada manusia dan sapi yang

menyebabkan gastroentritis atau penyebab selesma. Sedangkan pada limbah

kotoran kelinci, dapat ditemukan virus influenza dan Poxvirus (Sardjito, 1993).

IV. KESIMPULAN DAN SARAN

A. Kesimpulan

Berdasarkan hasil dan pembahasan, dapat diambil kesimpulan sebagai

berikut:

Metode plaque merupakan metode yang digunakan untuk mengetahui

adanya virus yang melisiskan sel bakteri. Pada limbah cair kotoran kambing,

terdapat virus yang melisiskan sel bakteri. Hal ini terlihat dari adanya plaque

(zona jernih) setelah E.coli diinkubasikan kedalam cawan.

B. Saran

Metode plaque merupakan metode yang sederhana dalam mendeteksi

adanya virus, tetapi perlu ketelitian agar hasil yang disimpulkan akurat, karena

zona yang terbentuk pada hasil praktikum tidak terlalu jelas.

DAFTAR REFERENSI

Anderson, Bradley. 2011. Comparative Analysis of The Traditional Plaque Assay and Real Time QPCR- and Nanosight-Based Assay. Journal of Bacteriophage 1:2, 86-93 Landes Bioscience

Deri, A. 2008. Jenis atau Macam Daur Infeksi Virus (Litik & Lisogenik) + Contoh Virus Pada Hewan Dan Tumbuhan. Perpustakaan Online Indonesia.

Madigan, Michael T., John M., Jack P. 1997. Brock Biology of Microorganism. Prentice Hall International, United States of America.

Smith, K.M.1980. Introduction to Virology. Chapman and Hall, London.

Sardjito R. 1993. Mikrobiologi Kedokteran. Binarupa Aksara, jakarta.

Wijesinghe, L.P. 2010. A Study on the Bactericidal Efficiency of Selected Chemical Disinfectants and Antiseptics. OUSL Journal Vol. 6, pp. 44- 58