Pelanggaran HAMKasus Bulukumba merupakan kasus yang terjadi pada tahun 2003. Dilatar belakangi oleh PT. London Sumatra (Lonsum) yang melakukan perluasan area perkebunan, namun upaya ini ditolak oleh warga sekitar. Polisi Tembak Warga di Bulukumba. Anggota Brigade Mobil Kepolisian Resor Bulukumba, Sulawesi Selatan, dilaporkan menembak seorang warga Desa Bonto Biraeng, Kecamatan Kajang, Bulukumba, Senin (3 Oktober 2011) sekitar pukul 17.00 Wita. Ansu, warga yang tertembak tersebut, ditembak di bagian punggung. Warga Kajang sejak lama menuntut PT London mengembalikan tanah mereka.

Peristiwa Abepura, PapuaPeristiwa ini terjadi di Abepura, Papua pada tahun 2003. Terjadi akibat penyisiran yang membabi buta terhadap pelaku yang diduga menyerang Mapolsek Abepura. Komnas HAM menyimpulkan bahwa telah terjadi pelanggaran HAM di peristiwa Abepura.

. Kerusuhan Timor-Timur Pasca Jejak PendapatKerusuhan ini terjadi pada tahun 1999. Dilatar belakangi oleh Agresi Militer dan puluhan warga sipil meninggal dan sebagian luka-luka.

Kasus Timor-Timur Pasca ReferendumPerisiwa yang terjadi pada tahun 1974-1999 memakan ratusan ribu korban jiwa. Peristiwa yang dimulai dari Agresi Militer oleh TNI (Operasi Seroja) terhadap pemerintahan Fretelin yang sah di Timor-Timur. Sejak saat itu Timor-Timur selalu menjadi daerah operasi militer rutin yang rawan terhadap tindak kekerasan.

Kasus-kasus di PapuaPada tahun 1966, kasus-kasus di Papua telah memakan ribuan korban jiwa. Peristiwa ini terjadi akibat Operasi instensif yang dilakukan TNI untuk menghadapi Organisasi Papua Merdeka (OPM). Sebagian lagi berkaitan dengan masalah penguasaan sumber daya alam antar perusahaan tambang internasional, aparat pemerintah menghadapi warga sipil.

Kasus-kasus di Aceh pra DOMTerjadi pada tahun 1976-1989, memakan banyak ribuan korban jiwa. Peristiwa yang terjadi semenjak dideklarasikan Gerakan Aceh Merdeka (GAM) Hasan Di Tiro, Aceh selalu menjadi daerah operasi militer dengan itensitas kekerasan yang tinggi.

17. Penembakan Misterius (Petrus)Diantara tahun 1982-1985, peristiwa ini mulai terjadi. Petrus adalah sebuah peristiwa penculikan, penganiayaan dan penembakan terhadap para preman yang sering menganggu ketertiban masyarakat. Pelakunya tidak diketahui siapa, namun kemungkinan pelakunya adalah aparat kepolisian yang menyamar (tidak memakai seragam). Kasus ini termasuk pelanggaran HAM, karena banyaknya korban Petrus yang meninggal karena ditembak. Kebanyakan korban Petrus ditemukan meninggal dengan keadaan tangan dan lehernya diikat dan dibuang di kebun, hutan dan lain-lain. Terhitung, ratusan orang yang menjadi korban Petrus, kebanyakan tewas karena ditembak.

18. Kasus-kasus TKI (Tenaga Kerja Indonesia) di luar negeri

Ada beberapa kasus pelanggaran HAM yang menimpa beberapa TKI yang bekerja di luar negeri. Telah terjadi banyak penganiayaan, seperti dipukul, disetrika, diestrum listrik, pelecehan seksual, pemerkosaan, bahkan pembunuhan terhadap para tenaga kerja Indonesia, meskipun sudah ada Undang-Undang dari Pemerintah yang mengatur tentang perlindungan atas TKI yang bekerja di luar negeri.