Deteksi Asam NukleatAgum Gumelar Soinandi 1206201914

ABSTRAKAsam nukleat merupakan molekul raksasa yang memiliki fungsi khusus yaitu, menyimpan informasi genetik dan menurunkannya kepada keturunanya. Asam nukleat dalam sel ada dua jenis yaitu DNA (deoxyribonucleic acid) atau asam deoksiribonukleat dan RNA (ribonucleic acid ) atau asam ribonukleat. Baik DNA maupun RNA berupa anion dan pada umumnya terikat oleh protein dan bersifat basa. Dalam deteksi asam nukleat, dapat diklasifikasikan menjadi beberapa macam. Pertama dapat ditinjau jenis analisisnya yaitu kuantitatif dan kualitatif. Analisis kuantitatif merupakan analisis yang didasarkan pada perhitungan dan yang bersifat numeris seperti PCR, microarray, SAGE methode, dan spektroskopi UV-VIS. Sedangkan analisis kualitatif merupakan analisis yang menghasilkan beberapa susunan klasifikasi genetik dan karakteristik yang ada pada sampel uji seperti pada metode hibridisasi in situ, elektroforesis gen agrarosa, blotting, RFLP, dan squencing. Selain berdasarkan jenis analisisnya, pendeteksian asam nukleat juga dapat diklasifikasikan berdasarkan subjek atau jenis sampel seperti pada metode blotting yang dikategorikan berdasarkan subjek penelitian yaitu RNA, DNA, dan protein. Pendeteksian dari asam nukleat banyak sekali dimanfaatkan dalam bidang kedokteran dan biokimia, umumnya analisis gen-gen sel abnormal. Kata kunci: PCR, Microarray, Sentrifugasi, SAGE methodes, Sprekstroskopi, Hibridisasi in situ, Elektroforesis, Blotting, RFLP, dan Pewarnaan.

Analisis Kuantitatif Analisis kuantitatif pada asam nukleat merupakan analisis yang didasarkan pada perolehan data yang bersifat statistik dan angka (lebih bersifat numeris). Analisis kuantitatif dari pengujian asam nukleat meliputi PCR, microarray, SAGE, dan spektroskopi.

PCR (polymerase Chain Reaction)PCR merupakan suatu amplifikasi DNA enzimatik yang sangat sensitive dan spesifik terhadap suatu organisme tertentu berdasarkan target gen primer yang dimiliki dan juga merupakan salah satu metode analisis yang bersifat kuantitatif dengan tujuan untuk memperbanyak rantai DNA secara eksponensial. Dengan kata lain, analisis PCR berfungsi sebagai kloning DNA.

Gambar Polymerase Chain ReactionPrinsip dasar dari metode PCR adalah dengan memanfaatkan kode genetik dari sebuah DNA sampel yang akan diuji untuk diamplikasi jumlahnya. Proses pengaplikasian dari kode genetik tersebut dimulai dari proses denaturasi DNA. Denaturasi DNA ditujukan agar DNA dapat terpisah menjadi 2 rantai yang terpisah agar dapat terhibidrisasi. Proses denaturasi DNA dapat dilakukan dengan cara memanaskan DNA sampel hingga suhu mencapai 92oC. Setelah DNA terdenaturasi, suhu didinginkan hingga 55oC agar DNA tetap terpisah. DNA yang terdenaturasi kemudian dihibridisasi dengan potongan DNA primer pada suhu 72oC. Potongan DNA primer berisikan 3 basa nukleotida utama dari fragmen DNA yang hendak di perbanyak jumlahnya. Setelah terhibridisasi, potongan DNA primer akan melengkapi fragmen DNA. Pada akhir siklus pertama akan diperoleh 2 potongan DNA panjang. Pada siklus kedua, proses yang sama juga dilakukan, hanya saja terdapat hasil yang berbeda. Pada akhir siklus kedua, akan diperoleh 4 potongan DNA yang panjang. Pada siklus ketiga, akan diperoleh 8 potongan DNA dimana 6 potongan panjang, dan 2 potongan pendek. Potongan pendek merupakan hasil yang diperoleh dari metode PCR tersebut. Pada siklus berikutnya, jumlah potongan pendek akan dihasilkan dengan derajat eksponensial. Pada siklus ke-4 akan dihasilkan sebanyak 8. Pada siklus ke-5 jumlahnya menjadi 22. Pada siklus ke-10 jumlahnya menjadi 1004. Nilai tersebut dapat dirumuskan berdasarkan persamaan eksponensial berikut,

dengan, Nn merupakan jumlah potongan DNA pada n-siklus, No merupakan jumlah potongan DNA target pada awal siklus, n merupakan jumlah siklus, dan E merupakan nilai sensitifitas (0