Ada beberapa alasan untuk melakukan preparasi sampel dalam metode yang modern seperti LC-MS/MS, diantaranya untuk menghilangkan komponen matriks dalam sampel, mencegah berkurangnya respon detektor terhadap analit, dan optimasi hasil yang diperoleh. Seperti sampel berupa obat dalam cairan biologis, yang dalam sampel tersebut terkandung juga protein. Preparasi yang dapat dilakukan diantaranya ultrafiltrasi, pengendapan protein, SPE dan juga LLE. Keberhasilan dari teknik-teknik pemisahan tersebut adalah memisahkan lemak, garam, dan komponen seluler atau protein dari sampel sebelum dianalisis dengan LC-MS/MS. Table 1 merupakan klasifikasi preparasi sampel yang dapat digunakan berdasarkan matriks yang terkandung dalam sampel (Rossi and Michael, 2002).Tabel 1.Klasifikasi Preparasi Sampel

(Rossi and Michael, 2002).Ketika melakukan pemilihan preparasi sampel untuk analisis menggunakan LC-MS/MS beberapa hal yang harus dipertimbangkan seperti kompisisi dari matriks sampel, struktur dari analit, lamanya waktu preparasi yang dibutuhkan, dan prosedur kerja dari preparasi sampel yang dilakukan. Terkait dengan matriks yang ada pada sampel, tabel 2 menunjukkan matriks-matriks yang mungkin terdapat pada berbagai jenis sampel (Rossi and Michael, 2002).

Tabel 2. Kandungan matriks dalam berbagai jenis sampel

(Rossi and Michael, 2002).Tabel 1 dan 2 memiliki hubungan dimana kandungan matriks yang terdapat dalam jenis sampel yang kita gunakan dapat dilihat pada tabel 2. Berdasarkan tabel 2, dilakukan rujukan pada tabel 1, sehingga berdasarkan kandungan matriks yang ada pada sampel dapat ditentukan preparasi yang akan digunakan. Selain dari matriksnya, pemilihan preparasi sampel pada analisis dengan LC-MS/MS juga dapat didasarkan pada struktur analitnya. Dari struktur kimianya, dapat memberikan informasi tentang rentang pH senyawa akan terionisasi, kepolarannya, dan reaktivitas kimianya. Prinsip dari penentuan pH dapat dimanfaatkan pada preparasi sampel menggunakan LLE dan RP-SPE. Apabila senyawa memiliki sifat kepolaran tinggi karena adanya gugus asam karboksilat, metoksi dan amida pada strukturnya dengan pKa sekitar 4, dapat digunakan LLE pada preparasi sampelnya. Selain LLE, dapat digunakan pengendapan protein, dan RP-SPE tergantung pada jenis sampel yang digunakan (Rossi and Michael, 2002).Hal lain yang diperhatikan adalah waktu yang dibutuhkan untuk preparasi sampel. Pada analisis menggunakan sampel biologi diperlukan kecepatan dan akurasi yang tepat, sehingga preparasi sampel yang dibutuhkan memerlukan pengembangan metode agar preparasi dapat dilakukan lebih cepat. Berdasarkan dasar pemilihan tersebut, jenis sampel plasma dapat dipreparasi menggunakan LLE.