laporan praktikum isolasi elektroforesis dna kelompok 2

Isolasi & Elektroforesis DNA 2010

BAB I

PENDAHULUAN

1.1. Landasan Teori

DNA adalah molekul utama yang mengkode semua informasi yang

dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam organisme. DNA ini tersusun

atas 3 komponen utama yaitu gula deoksiribosa, basa nitrogen, dan fosfat

yang tergabung membentuk nukleotida. DNA terdapat di dalam setiap sel

makhluk hidup yang sangat berperan penting sebagai pembawa informasi

hereditas yang menentukan stuktur protein dan proses metabolisme lain.

Lamdji (1998, dalam wahyuni: 2009) mengatakan bahwa penelitian

keragaman genetik tanaman buah merupakan salah satu kegiatan penting

untuk mendukung pemuliaan tanaman. Perbedaan tanaman dapat dideteksi

melalui beberapa penanda, antara lain dengan pola pita DNA. Dalam

Wahyuni (2009), Nicholl (1993) dan Surzycki (2000) pun menyatakan ada

tiga langkah utama dalam ekstraksi DNA, yaitu perusakan dinding sel (lisis),

pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein, serta

pemurnian DNA.\

Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan

tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil yang

berbeda, hal ini dikarenakan adanya senyawa polifenol dan polisakarida

dalam konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA. Jika

isolasi DNA dilakukan dengan sample buah, maka kadar air pada masing-

masing buah berbeda, dapat memberi hasil yang berbeda-beda pula. Semakin

tinggi kadar air, maka sel yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit,

sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit.

Untuk mendeteksi potongan-potongan DNA berupa bands-DNA pada

gel agarose digunakan pewarna yang mengandung fluoresen dengan

konsentrasi rendah, seperti intercalating agent ethidium bromide (EtBr).

Hanya sedikit DNA 1ng dapat dideteksi secara langsung dengan cara gel

diletakkan pada media UV-transilluminator (Fatchiyah,2006).

Kelompok 2 1


Fachiyah (2006) pun mengemukakan beberapa faktor yang

mempengaruhi Elektroforesis migration rate selama DNA bergerak

menembus gel agarose, sebagai berikut:

1. Ukuran molekul DNA

Molekul yang lebih besar akan bergerak lebih lambat, missal DNA linier

lebih cepat dibanding DNA sirkuler. Jarak migrasi molekul DNA pada gel

adalah laju terbalik proporsional log-10 dari jumlah pasangan basa.

2. Konsentrasi gel agarose

Fragmen DNA yang bervariasi ukuran molekulnya akan berberak sesuai

dengan konsentrasi dari gel agarose yang digunakan. Rumusnya adalah:

log=log-KrT dimana adalah free electrophoresis mobility, Kr adalah

retardation coefficient, dan T adalah gel konsentrasi serta adalah

electrophoretic mobility DNA.

Tabel 1. konsentrasi gel agarose dan ukuran molekul DNA

No Konsentrasi Gel

Agarose (%)

Effisiensi range Pemisahan

pada DNA linier (kb)

1 0.3 60-5

2 0.6 20-1

3 0.7 10-0.8

4 0.9 7-0.5

5 1.2 6-0.4

6 1.5 4-0.2

7 2.0 3-0.1

3. Konformasi DNA

Laju migrasi juga tergantung pada bentuk/konformasi DNA, kita tahu

bahwa ada 3 macam bentuk DNA yaitu super-helix circular (I), circular-

opened (II), dan linier (III). Meskipun ketiga bentuk itu mempunyai berat

yang sama tetapi laju migrasi pada gel elektroforesis berbeda. Perbedaan

laju migrasi ini karena:

Kelompok 2 2


konsentrasi gel agarose

kekuatan arus listrik dan ionik buffer yang digunakan

densitas kembaran superheliks pada bentuk I

pada beberapa kondisi bentuk I lebih cepat dibanding bentuk III

tergantung juga kenaikan kuantitas EtBr: konsentrasi EtBr meningkat,

pengikatan DNA meningkat pula sehingga mobilitas meningkat tajam,

contoh untuk bentuk I

konsentrasi EtBr kritis antara 0.1g/ml-0.5l/mg

4. Penggunaan Voltage dan arah dari bidang elektris

Voltage rendah menyebabkan laju migrasi DNA linier proporsional.

Idealnya untuk DNA 2kb pada gel agarose bergerak 5v/cm. Arah dari

bidang elektris konstans untuk DNA 50-100kb bergerak dengan laju yang

sama, akan berubah secara periodik sesuai kecepatan pergerakan DNA

akan berubah juga.

5. Komposisi basa DNA atau temperature

Baik komposisi basa maupun temperature tidak begitu berpengaruh,

mobilitas DNA stabil pada temp. 4-30C. Dan elektroforesis gel agarose

dilakukan pada suhu kamar

6. Keberadaan pewarna DNA

Iintercalating agent ethidium bromide (EtBr) adalah pewarna fluoresen

untuk deteksi asam nukleat, EtBr ini akan mengikat pada sela-sela

pasangan basa DNA. EtBr dapat mengurangi mobilitas DNA linier sampai

15%. Hanya sedikit DNA 1ng dapat dideteksi secara langsung dengan

cara gel diletakkan pada media UV-transilluminator. EtBr dapat digunakan

untuk mendeteksi single- atau double-stranded asam nukleat (DNA atau

RNA). Meskipun, affinity dari EtBr-dye ini untuk single-stranded asam

nukleat relative rendah dan pendaran fluorensen minimum. PERHATIAN!

EtBr ini powerful mutagen, pengguna harus selalu memakai sarung

tangan pada saat bekerja, dan lindungi mata anda dengan kaca pelindung

pada saat mengamati di atas UV-transilluminator.

Kelompok 2 3


7. Komposisi buffer elektroforesis

Buffer elektroforesis yang digunakan harus sesuai dengan pelarut yang

digunakan untuk pembuatan gel agarose. Missal:

Tris-acetate; umum dipakai untuk preparative, kemampuannya paling

rendah, tetapi efektif untuk isolasi DNA dari gel agarose baik

elektroelusi maupun gel ekstraksi.

Tris-borat; resolusi cukup baik, tapi untuk mengisolasi kembali DNA

dari agarose kurang effektif, karena ada interaksi dengan agarose.

1.2. Latar Belakang

Dewasa ini telah banyak dilakukan isolasi DNA yang bertujuan untuk

mengembangkan ilmu pengetahuan terutama dalam ilmu Genetika. Isolasi

DNA telah banyak dilakukan dan dikembangkan di dunia ilmiah karena

teknologi – teknologi modern telah menjamah ilmu genetika. Isolasi DNA

ini dapat dilakukan dengan cara dan bahan sederhana, hingga dengan

teknologi modern. Mengenai hal ini, pada dasarnya isolasi DNA dapat

dilakukan dari berbagai sumber, antara lain organ manusia, darah, daun,

daging buah, kalus, akar batang, daging dan sisik ikan. Namun, penggunaan

tumbuhan sebagai sumber lebih banyak dilakukan dalam pengisolasian

DNA dewasa ini. Pengisolasian DNA pada sumber dilakukan terutama

untuk pengenalan DNA secara lebih jelas karena dari isolasi ini DNA dapat

terpisah dari kumpulannya, yaitu kromosom. Setelah dilakukan isolasi,

biasanya DNA akan dielektroforesis.

Elektroforesis dilakukan untuk memisahkan, mengidentifikasi,

mengkarekterisasi dan purifikasi dari molekul DNA/ RNA. Elektroforesis

merupakan cara pengamatan DNA dengan bantuan sinar Ultra violet. Cara

pemisahan dengan elektroforesis ini merupakan alat pendukung yang sangat

pokok dalam teknologi DNA rekombinan, dengan aplikasi yang begitu luas

baik untuk pemisahan untai tunggal atau untai ganda molekul DNA.

Elektroforesis digunakan untuk pengamatan DNA dalam penampakan

flouresensinya.

Kelompok 2 4


Berdasarkan hal-hal tersebut diatas dan tak lepas dari tujuan

peningkatan khazanah ilmu pengetahuan terutama dalam bidang ilmu

Genetika, maka kami mengadakan praktikum isolasi hingga elektroforesis

DNA.

1.3. Tujuan

Tujuan praktikum isolasi dan elektroforesis DNA ini diantaranya :

1. Melakukan isolasi DNA dari berbagai jenis tanaman.

2. Mengetahui proses elektroforesis DNA.

3. Memahami cara kerja senyawa yang digunakan untuk mengisolasi DNA

dan Elektroforesis DNA.

BAB II

METODE KERJA

Kelompok 2 5

Diambil daging buah yang sudah matang atau sayuran

Dihancurkan daging buah atau sayuran dengan

menggunakan blender atau sendok yang ditekan – tekan

diatas saringan

Ditampung daging buah dan sayuran yang telah halus

Dimasukkan ke dalam tabung 1,5 ml daging buah atau

sayuran yang telah halus sebanyak 0,1 ml atau 100 µl

Ditambahkan buffer ekstraksi sebanyak 4 x volume total

sampel


2.1. Alat dan Bahan

A. Isolasi DNA Tanaman

Untuk melaksanakan isolasi DNA tanaman, diperlukan alat-alat

seperti mikropipet berbagai ukuran, pipet berukuran, tabung 1,5 ml, tips

mikropipet berbagai ukuran, saringan, gelas kimia, sendok, penangas,

vortex, mini sentrifuga, dan blender/lumping. Sedangkan untuk bahan-

bahannya, diperlukan Buffer ekstraksi (100 mM Tris-HCl, pH 8; 50 mM

EDTA; 500 mM NaCl, CTAB 2%), Potasium asetat 5M, SDS 20%,

Kloroform: Isoamil alcohol (24:1), Alkohol 100% (pa), TE (10 mM Tris-

HCl, 1 mM EDTA pH 8), Buah-buahan/sayuran (Bayam, Anggur

Hitam), dan CTAB 2%.

B. Elektroforesis DNA

Untuk melaksanakan elektroforesis DNA, diperlukan alat-alat

seperti Elektroforesisi unit (meliputi comb dan tray), Power supply,

Mikropipet digital, dan Transilluminator UV. Sedangkan untuk bahan-

bahannya diperlukan Buffer TAE 10 x (400mM Tris asetat, 10 mM

EDTA pH 8), Etidium Bromida, Loading Buffer, DNA Marker, dan

Agarose.

2.2. Langkah Kerja

A. Isolasi DNA Tanaman

Kelompok 2 6

Dipindahkan fasa atas ke dalam tabung 1,5 ml yang baru, dan endapan dijaga sampai tidak terbawa

Ditambahkan klorofom 5 tetes : isoamol alcohol (24:1) sebanyak ½ x volume total sampel

Dihomogenkan sampel dengan cara membolak balik tabung sebanyak 50 x

Disentrifuga sampel pada kecepatan 14.000 rpm selama 10 menit

Dipindahkan fasa atas ke dalam tabung baru

Ditambahkan alcohol sebanyak 100 % (-20 c) sebanyak minimal 2x volume total sampel

Ditambahkan buffer ekstraksi sebanyak 4 x volume total

sampel

Ditambahkan SDS 20% sebanyak 20 µl

Dihomogenkan dengan alat vortex selama 5 detik

Diinkubasi dalam penangas air pada suhu 65oC selama 20 menit

Ditambahkan 100 µl 5 M potasium asetat

Dihomogenkan dengan cara membolak-balik tabung sebanyak 50x

Disimpan dalam wadah berisi es selama 10 menit

Disentrifugasi sampel pada kecepatan 14.000 rpm selama 10 menit


Kelompok 2 7

Disentrifuga sampel pada kecepatan 14.000 rpm selama 10 menit.

Alkohol dibuang dengan hati-hati, agar endapan DNA tidak

terbuang

Sampel dicuci dengan alcohol 70 % 1 x, kemudian dikeringkan sampel pada oven dengan suhu 50 oC selama 10 menit

Dilarutkan endapan DNA dengan TE sebanyak 30 µl

Disimpan sampel pada suhu 4oC, dibiarkan minimal selama 24 jam agar DNA dapat terlatut dengan sempurna

DNA yang diperoleh akan dielektriforensis dan juga diamplifikasi dengan alat PCR

Disiapkan tray / cetakan gel elektroforensis untuk membuat cetakan gel. Ditutup rapat sisi-sisi yang terbuka dengan

menggunakan selotip.

Dibuat gel agarose dengan konsentrasi yang dikehendaki dalam buffer TAE 1 x.


B. Elektroforensis DNA

Kelompok 2 8


BAB III

HASIL PENGAMATAN

Kelompok 2 9


3.1. Hasil Pengamatan Isolasi DNA

Tabel 2. Pengamatan Urutan Poses Isolasi DNANo Gambar Urutan Proses Isolasi DNA Foto Hasil Pengamatan1 Isolasi DNA buah strawberry 0,1 mL

Warna larutan merah pekat (merah darah)Strawberry pekat larutannyah, belum terbentuk endapan, butiran kasar masih tersebar di sekitar larutan.2

Setelah diinkubasi dalam penangas air suhu 60˚C selama 20 menitWarna larutan merah mudaBelum terlihat adanya endapan, hanya butiran halus yang tersuspensi.3Setelah disimpan dalam wadah es selama 10 menitWarna larutan >> merah pucat

Tidak ada endapan

Kelompok 2 10


4Setelah di sentrifuge dengan kecepatan 14000 rpm selama 10 menitWarna larutan pink pudarTerbentuk endapan5

Setelah sentrifuge kedua dengan kecepatan 14000rpm selama 10 menit.Warna larutan pink pudar

Warna larutan bening dan tidak ada endapan6Setelah ditambahkan alkohol 00% sebanyak 2x volume total sampel.Larutan beningDNA

Kelompok 2 11


3.2. Hasil Pengamatan Elektroforesis DNA

Tabel 3. Pengamatan Urutan Poses Elektroforesis DNANo Foto Hasil Pengamatan Keterangan

1Sampel DNA ( telah dilarutkan dalan TE

sebanyak 30 mikroliter ) yang telah

disimpan pada suhu 4˚C selama 24 jam

dan siap di elekstroforesis.

2

Loading dye,

Loading dye akan ditambahkan ke dalam

sampel dengan perbandingan 5 bagian

sampel DNA dan 2 bagian loading dye3

Kelompok 2 12


4Sampel dimasukkan ke dalam sumur yang

terdapat dalam gel, alat siap dipasang dan

disambungkan ke sumber listrik

( elektroforesis pada daya 100 volt

selama 30 menit )

5 Fragmen DNA yg sempurna, karena

tidak terurai

Fragmen DNA yang banyak terurai dan

kurang sempurna

Kontrol fragmen-fragmen DNA

Kelompok 2 13


BAB IV

PEMBAHASAN

4.1. Pembahasan Isolasi DNA

Isolasi DNA pada dasarnya dapat dilakukan dengan merusak dinding

dan membrane sel dan juga membrane inti. Berdasarkan hasil pengamatan,

larutan yang berisi strawberry dan buffer berwarna merah sesuai dengan

warna buah strawberry. Penambahan buffer ekstraksi ini berfungsi untuk

melisiskan membran sel. Dan penambahan SDS 20% bertujuan untuk

melisiskan dinding sel dan mendenaturasi protein sehingga DNA pada

jaringan buah strawberry dapat diisolasi. Larutan dalam tabung tersebut

dihomogenkan dengan menggunakan vorteks.

Kemudian diinkubasi sehingga menghasilkan perubahan warna

larutan. Penginkubasian sampel dalam waterbath bersuhu 65oC selama 20

menit ini dilakukan untuk mengoptimalikan kerja buffer ekstrak. Langkah

selanjutnya adalah penambahan Potassium asetat yang bertujuan untuk

membentuk senyawa kompleks CTAB-Potassium asetat-protein-debris sel.

Yang kemudian dilanjutkan dengan sentrifugasi yang bertujuan untuk

memisahkan debris dan komponen sel lain yang menjadi pengotor dengan

DNA. Proses ini menghasilkan larutan dengan dua fasa, yakni fasa atas dan

endapan. Kemudian, setelah fasa atas di ambil dan dipindahkan ke dalam

tabung baru, ditambahkan Phenol:Chloroform:Isolamyl Alkohol (PCI) yang

dilakukan untuk mengekstraksi DNA dari kontaminan. Fenol merupakan

pelarut organik yang dapat melarutkan protein, lipid dan molekul lain

seperti polisakarida, yang diharapkan akan didapatkan supernatan yang

berisi DNA bebas kontaminan. Kloroform berfungsi sebagai pendenaturasi

protein,tetapi DNA dan RNA tidak terdenaturasi karena tidak larut didalam

pelarut organik seperti kloroform.

Kemudian dilakukan penambahan alkohol sebagai presipitasi DNA

setelah dilakukan sentrifugasi dan pemindahan fasa. Penambahan alkohol

ini berfungsi sebagai penghilang kloroform. Sebab apabila kloroform masih

berada di dalam sampel maka dikhawatirkan akan menghambat kerja enzim-

Kelompok 2 14


enzim restriksi atau enzim lain yang digunakan untuk analisis molekuler.

Dihasilkanlah larutan bening dan gumpalan di dalam tabung. Gumpalan

tersebut merupakan DNA dari jaringan buah strawberry.

4.2. Pembahasan Elektroforesis DNA

Pada praktikum elektroforesis ini, sampel diambil dari sampel

molekul DNA yang telah dilarutkan dalam TE sebanyak 30 mikroliter dan

telah disimpan pada suhu 4˚C selama 24 jam. Lalu penambahan Loading

dye ke dalam sampel dengan perbandingan 5 bagian sampel DNA dan 2

bagian loading dye.

Dalam proses elektroforesis, sampel molekul DNA ditempatkan ke

dalam sumur (well) pada gel yang ditempatkan di dalam larutan penyangga,

kemudian dialirkan listrik dengan kutub yang terpisah satu sisi dengan sisi

lainnya. Molekul-molekul sampel tersebut akan bergerak di dalam matriks

gel ke arah salah satu kutub listrik sesuai dengan muatannya. Dalam hal

asam nukleat, arah pergerakan adalah menuju elektroda positif, disebabkan

oleh muatan negatif alami pada rangka gula-fosfat yang dimilikinya. Untuk

menjaga agar laju perpindahan asam nukleat benar-benar hanya berdasarkan

ukuran (yaitu panjangnya), zat seperti natrium hidroksida atau formamida

digunakan untuk menjaga agar asam nukleat berbentuk lurus. Sementara itu,

protein didenaturasi dengan deterjen (misalnya natrium dodesil sulfat, SDS)

untuk membuat protein tersebut berbentuk linear dan bermuatan negatif

pada sisi luarnya sehingga pada saat dielektroforesis akan menuju ke kutub

positif secara seragam. Setelah proses elektroforesis selesai, dilakukan

proses pewarnaan (staining) agar molekul sampel yang telah terpisah dapat

dideteksi. Dalam praktikum ini kami menggunakan Etidium bromida

sebagai zat pewarnanya,. Etium bromida akan berinteraksi dengan basa dari

molekul DNA dan akan memberikan warna orange fluoresance yang dapat

dilihat di bawah sinar ultraviolet.

Ketika dilihat di bawah sinar ultraviolet akan terlihat pita-pita (band)

pada lajur-lajur (lane) yang berbeda pada gel; satu lajur merupakan arah

pergerakan sampel dari sumur gel. Pita-pita yang berjarak sama dari sumur

Kelompok 2 15

http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Etidium_bromida&action=edit

http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Deterjen&action=edit

http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Formamida&action=edit

http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Natrium_hidroksida&action=edit

http://id.wikipedia.org/wiki/Fosfat

http://id.wikipedia.org/wiki/Gula

http://id.wikipedia.org/wiki/Elektroda

http://id.wikipedia.org/wiki/Muatan_listrik

http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Kutub_listrik&action=edit

http://id.wikipedia.org/wiki/Listrik

http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Larutan_penyangga&action=edit


gel pada akhir elektroforesis mengandung molekul-molekul yang bergerak

di dalam gel selama elektroforesis dengan kecepatan yang sama, yang

berarti bahwa molekul-molekul tersebut berukuran sama. Penanda (marker)

yang merupakan campuran molekul dengan ukuran berbeda-beda dapat

digunakan untuk menentukan ukuran molekul dalam pita sampel dengan

meng-elektroforesis penanda tersebut pada lajur di gel yang paralel dengan

sampel. Pita-pita pada lajur marker tersebut dapat dibandingkan dengan pita

sampel untuk menentukan ukurannya. Jarak pita dari sumur gel berbanding

terbalik terhadap logaritma ukuran molekul. Dalam Hasil pengamatan

terlihat bahwa terdapat fragmen DNA yang terlihat terurai dan tidak terurai.

Semakin sedikit DNA yang terurai, maka semakin baik hasil elektroforesis

DNA nya.

Kelompok 2 16

http://id.wikipedia.org/wiki/Logaritma

http://id.wikipedia.org/wiki/Penanda_genetik


BAB V

PENUTUP

5.1. Kesimpulan

Untuk melakukan isolasi DNA dari jaringan tumbuhan, diperlukan

beberapa senyawa kimia tertentu. Senyawa-senyawa tersebut diantaranya

buffer ekstraksi yang berfungsi untuk melisiskan membran sel, SDS 20%

yang berfungsi untuk melisiskan dinding sel dan mendenaturasi protein,

Potassium asetat yang bertujuan untuk membentuk senyawa kompleks

CTAB-Potassium asetat-protein-debris sel, Phenol:Chloroform:Isolamyl

Alkohol (PCI) yang berfungsi untuk mengekstraksi DNA dari kontaminan,

Fenol yang berfungsi untuk mendapatkan supernatan yang berisi DNA

bebas kontaminan, Kloroform yang berfungsi sebagai pendenaturasi protein

kecuali DNA dan RNA, dan alkohol yang berfungsi sebagai penghilang

kloroform.

Sedangkan, dalam melaksanakan elektroforesis DNA, diperlukan

Buffer TAE 10 x (400mM Tris asetat, 10 mM EDTA pH 8), Agarose,

Loading Buffer, DNA Marker, dan Etidium Bromida yang akan mewarnai

DNA.

5.2. Saran

Pada saat praktikum, sebaiknya langkah-langkah kegiatan praktikum

dilakukan dengan sesuai dan sangat hati-hati karena kesalahan yang terjadi

dapat mengakibatkan pengaruh yang kurang baik terhadap hasil. Hal ini

terutama dalam penggunaan bahan harus sesuai dengan aturan yang telah

ditentukan dalam petunjuk kegiatan praktikum.

Kelompok 2 17


JAWABAN PERTANYAAN

A. Pertanyaan tentang Isolasi DNA

1. Hitunglah jumlah senyawa yang dimasukkan pada tahapan kerja nomer 5,

14, dan 18!

Jawab :

Pada tahapan kerja nomor 5, buffer ekstraksi yang ditambahkan adalah

sebanyak: 400 µL

Pada tahapan kerja nomor 14, kloroform: isoamil alcohol (24:1) yang

ditambahkan adalah sebanyak: 250µl dan 125 µl

Pada tahapan kerja nomor 18, alcohol yang ditambahkan adalah

sebanyak: 1000 µl.

2. Jelaskan apa fungsi senyawa-senyawa yang digunakan dalam proses isolasi

DNA!

Jawab :

Buffer ekstraksi : untuk melisiskan membran sel dan membran fosfolipid

bilayer.

SDS 20% : pelarut lipid dari membran sel, melisiskan dinding sel dan

mendenaturasi protein.

Potassium asetat : berikatan dengan debris sel dan protein sehingga

membentuk senyawa kompleks dengan CTAB-Potassium asetat-protein-

debris sel.

Kloroform & Isoamil alcohol : mendenaturasi protein yang masih

menempel pada kromosom.

Alcohol : mempresipitasi asam nukleat.

B. Pertanyaan tentang Elektroforesis DNA

1. Coba sebutkan manakah yang disebut DNA pada hasil elektroforesis Anda!

Jawab :

Kelompok 2 18


Pita DNA yg sempurna, karena

tidak terurai

Pita DNA yang banyak terurai

dan kurang sempurna

Pita penanda (marker) DNA

2. Mengapa DNA Anda hanya dapat diamati dengan bantuan sinar UV?

Jelaskan!

Jawab :

Molekul DNA hanya dapat diamati dengan bantuan sinar ultraviolet

karena pada pewarnaan molekul DNA tersebut menggunakan zat pewarna

etidium bromida dan etidium bromida akan berinteraksi dengan basa dari

molekul DNA dan akan memberikan warna orange fluoresance yang

dapat dilihat dengan bantuan sinar ultraviolet.

3. Apakah etidium bromida? Bagaimana cara kerja etium bromida dalam

proses pewarnaan DNA?

Jawab :

Etidium merupakan sebuah molekul yang dapat mengikat kuat pada

DNA. Etidium juga biasa digunakan dalam biokimia untuk memvisualisasi

potong-potongan DNA yang telah di pisahkan pada gel elektroforesis.

Molekul etidium berpendar fluor ketika diiluminasi dengan cahaya

ultraviolet (UV) pada kisaran visible UV. Etidium mengikat dengan cara

menyisip di antara ikatan basa pada untai ganda DNA. Struktur cincin

etidium adalah hidrofobik dan mirip dengan struktur cincin pada DNA.

Etidium dapat membentuk kontak van der Walls tertutup dengan pasangan

basa dan hal ini merupakan jawaban bahwa mengapa etidium mengikat

pada lokasi hidrofobik molekul DNA (Wicaksono, 2009).

Kelompok 2 19

laporan praktikum isolasi elektroforesis dna kelompok 2

Documents