Bakteri dan jamur tertentu dapat menggunakan substrat karbon C2. Jasad ini mempunyai enzim lengkap dari siklus Krebs dengan tambahan enzim isositrase yang dapat memecah isositrat menjadi suksinat dan glioksilat, dan enzim malat sintetase yang  menyebabkan  kondensasi  asam  glioksilat  dengan  asetil-KoA  menjadi  asam malat. Dengan kedua siklus ini sel dapat membentuk alfa-ketoglutarat yang diperlukan untuk biosintesis. Dan jika asam malat mengalami dekarboksilasi menjadi fosfo-enol-piruvat, dengan reaksi balik glikolisis dan heksosa mono fosfat dapat dibentuk heksosa dan pentosa.

Khusus pada tanaman siklus asam sitrat (Siklus Krebs) ini berlangsung di dalam mitokondria dan glioksisom. Siklus siklus asam sitrat termodifikasi ini dikenal juga sebagai siklus Glioksilat. Suatu peranan kunci dari siklus glioksilat ini adalah mengubah asetil-KoA yang dihasilkan dari asam lemak menjadi suksinat, yang kemudian digunakan sebagai prekursor glukosa (hasil utama) dan biomolekul lain yang diperlukan oleh benih yang bertumbuh.

Seperti pada siklus Krebs, asetil KoA berkondensasi dengan oksaloasetat untuk mengahsilkan sitrat, yang kemudian dikonversi menjadi isositrat. Dua reaksi selanjutnya merupakan ciri unik dari siklus. Pada reaksi pertama, isositrat liase membelah isositrat, mengahsilkan suksinat dan glioksilat. Kemudian, dalam suatu reaksi yang dikatalisis oleh malat sintase, asetil KoA kedua berkondensasi dengan glioksilat, mengahsilkan L-malat. Siklus ini dilengkapi dengan oksidasi dari L-malat menjadi oksaloasetat. Siklus ini, yang memintas dua langkah dekarboksilasi karakteristik dari siklus Krebs, berhasil dalam mengubah dua molekul asetil KoA menjadi satu molekul suksinat. Keseluruhan reaksi dari siklus dinyatakan sebagai berikut :

2 Asetil KoA + NAD+ + H2O                 suksinat + 2 KoA + NADH + H+

Siklus glioksilat keseluruhan sebagai berikut:

hubungan antara siklus glioksilat dan siklus asam sitrat yaitu reaksi pada siklus glioksilat(dalam glioksisom) berjalan bersama dan menyatu dengan siklus asam sitrat (dalam mitokondria), sebagai jalur intermediet antara kedua bagian tersebut. Konversi dari suksinat menjadi oksaloasetat dikatalisis dengan enzim pada siklus asam sitrat.

aktivitas isositrat dehydrogenase menentukan jalur yang akan dilalui. Bila isositrat dehydrogenase berada dalam keadaan tidak aktif akibat fosforilasi dengan bantuan protein kinase maka jalur yang akan diambil via siklus glioksilat. Apabila isositrat dehydrogenase berada dalam keadaan aktif akibat defosforilasi dengan bantuan fosfatase maka akan melalui jalur siklus asam sitrat dan menghasilkan ATP.