interaksi-mikroba-tanaman.doc
TRANSCRIPT
7/31/2019 interaksi-mikroba-tanaman.doc
http://slidepdf.com/reader/full/interaksi-mikroba-tanamandoc 1/27
Interaksi Mikroba-Tanaman
Produksi produk pertanian dalam jumlah yang mencukupi kebutuhan manusia di dunia
masih merupakan permasalahan yang sangat penting. Dengan kata lain, pentingnya pertanian
dalam struktur ekonomi global, walaupun perkiraan persis nilai moneternya sangat susah dibuat.Tabel 9.1 menyantumkan perkiraan harga bahan pangan, tetapi karena beberapa alasan (termasuk
sedikit alasan yang dapat dipercaya), figur-figur tersebut tidak nyata. Contohnya, kami
menyebutkan harga ekspor/impor daging, tetapi, mungkin harga-harga ini berbeda dari harga lokal,karena kualitas daging ekspor berbeda dari daging lokal dan karena peraturan ekspor pemerintah.
Meskipun begitu, perkiraan tidak tepat ini menunjukan bahwa pertanian merupakan salah satu
sektor perekonomian utama manusia. Perkembangan industri pertanian membawa dampak yangsangat luar biasa dibidang ekonomi, dan metode bioteknologi menunjukkan dua strategi yang
bermanfaat bagi perkembangan lebih besar.
• Perbaikan dengan penggunaan mikroorganisme patogen simbiotik atau yang potensial mikroorganisme.
Tanaman berada dekat dengan banyak mikroorganime. Permukaan daun ditutupilapisan simbiotik dan terkadang dengan bakteri-bakteri patogen dan yeast, dan
tanah yang dekat dengan akar diisi spesies bakteri yang berbeda dengan bakteriyang ditemukan di tanah yang dijauhkan dari tanaman. Ada beberapa percobaan
yang bisa dilakukan untuk memodifikasi mikroorganisme simbiotik sehingga
menguntungkan tanaman. Contoh yang disebutkan pada Bab 1 termasuk penggunaan ice nucleation-defective Pseudomonas syringae untuk mengurangi
bahaya pembekuan dan penggunaan spesies Rhizobium yang sudah dimodifikasi
untuk meningkatkan nutrisi nitrogen pada tanaman yang diolah.
Tabel 9.1
Produk Pertanian di seluruh dunia (1986)
Produksi setiap tahun perkiraan harga
(jutaan ton) (milyaran dolar)
Biji-bijian 1867 270
Umbi-umbiana,b 592 51
Sayur mayor c,d 414 192
Buah-buahane 326 205
Minyak f 130 27
Gula (mentah) 100 13Kopi (hijau) 5.2 23
Biji coklat 2.0 4.4
Teh 2.3 3.9
Serat sayurang 21 36
Tembakau 6.1 22
Karet 4.4 3.7Daging 155 306
Susu 521 175telur 31 25
Angka produksi berasal dari production yearbook 1986 FAO (Food and Agriculture of the United
state). Sedangkan harga masing-masing produk berasal dari Trade yearbook FAO 1986 dimana
harga-harga tersebut merupakan rata-rata harga impor internasional.akentang merupakan komoditi yang mendominasi pada kategori ini
7/31/2019 interaksi-mikroba-tanaman.doc
http://slidepdf.com/reader/full/interaksi-mikroba-tanamandoc 2/27
bharga komoditi dikalkulasi dengan mengasumsikan umbi-umbian selain kentang harganya adalah
50% dari harga kentang.c produksi sayur mayur tidak dimasukkan di banyak Negara. Sayur-sayuran diperkirakan 40% dari
total produksi dibeberapa Negara.dstatistik dari 14 kategori sayur tersedia dalam FAO year book, tetapi hany terdiri dari setengahtotal produksi sayur. Sangat susah menentukan harga pasrinya karena perbedaan yang besar dan
kerumitan kategorinya. Oleh karena itu kami menyederhanakan situasi dan mengambil, sepertiharga satuan, harga satuan tomat dan bawang merah (dua jenisa sayuran yang tumbuh dalam
jumlah yang besar). Dengan demikian harganya hanya perkiraan.eapel, pisang, jeruk, dan anggur dihitung mencapai 2/3 dari total produksi buah. Harga satuannya
dihitung dengan merata-ratakan harga buah-buahan tersebut.f kedelai merupakan produk utama pada kategori inig75%dari kategori ini adalah koton. Sekitar 20% adalah goni
• Perbaikan dengan produksi tanaman transgenik.
Tanaman olahan menunjukkan usaha perbaikan yang sungguh-sunguh selama bertahun-tahun (kadang berabad-abad). Program pengembangbiakaan tanaman
secara traditional dilaksanakan dengan dua metode: pemilihan mutasi spontan yang
menguntungkan dan pemasukan ciri yang diinginkan dari spesies yang terkaitdengan cara pengembangan silang. Metode pertama sangat tidak efisien dan
lambat; yang kedua dibatasi dengan kekurangan bahan yang dapat dipakai.
Teknologi DNA Rekombinan membawa perubahan revolusioner pada usahatersebut. Hal ini memungkinkan peneliti untuk mendefinisikan gen secara jelas
dengan ciri-ciri yang jelas, mengklon gen, dan mentransfernya pada tanaman yang
diteliti. Gen-gen tersebut dapat diambil dari organisme yang tidah ada sangkut
pautnya dengan tanaman target- bahkan dari bakteri ataupun binatang.
Pentransferan gen yang sudah diklon dari prokariotik bakteri kedalam eukariotik yang lebih
tinggi seperti kedalam tanaman sangatlah susah. Namun, ada dua spesies bakteri, Agrobacteriumtumefaciens dan A. rhizogenes, yang mentransfer bagian kecil DNA kedalam tanaman seperti
bagian dari siklus hidup normalnya. Sampai saat ini, system pentransferan DNA alami menjadi
sesuatu yang sentral dalam konstruksi variasi tanaman dengan ciri-ciri yang lebih unggul. Peran Agrobacterium saat ini dalam rancangan genetik pada tanaman menunjukan manfaat mempelajari
pisiologi dari terbentuknya bakteri secara alami untuk mengetahui kegunaan bakteri ini pada
teknologi baru.Beberapa langkah dimana pertanian dapat memberikan keuntungan dari rancangan genetik
diteliti di bab ini. Tujuan nyata dari peningkatan hasil panen dapat diwujudkan baik dengan
manipulasi tanaman secara langsung ataupun secara tidak langsung dengan menambahkan gen
asing yang mengkode penyakit atau sifat resisten serangga. Salah satu tujuan jangka panjang yangmenarik adalah menggabungkannya kapasitas dan fikasai nitrogen kedalam tanaman yang diolah.
Yang lainnya adalah untuk meningkatkan kualitas produk. Beberapa strategi dapat didefinisikan
pada level molekular. Seperti contohnya, untuk membuat roti berkualitas tinggi, tepung teriguharus mengandung protein (glutenin yang berat molekulnya tinggi) yang mampu memberikan
elastisitas, dan protein ini rupanya terlibat dalam rantai polipeptida yang berisikan banyak putaran.
Akan menjadi sangat mudah mengubah ciri-ciri protein ini dengan mutagenesis site-directed danuntuk memasukan allele yang memberikan peningkatan elastisiti yang diinginkan kedalam terigu
kultivar yang lain. Tujuan jangka panjang yang lain adalah untuk mengubak komposisi asam
amino protein biji-bijian. Benih merupakan sumber utama protein untuk sebagian besar populasi di
7/31/2019 interaksi-mikroba-tanaman.doc
http://slidepdf.com/reader/full/interaksi-mikroba-tanamandoc 3/27
dunia, karena benih kurang akan asam amino esensial tertentu, seperti metionin dan lisin. Mungkin
simpanan protein didalam benih dapat dirancang untuk mengubah komposisinya dan
meningkatkan kadar nutrisinya. Seperti contoh yang lainya, dengan mengubah level ekspresi dariasam lemak desaturase, salah satunya mungkin menghasilkan minyak sayur dengan ciri yang
diinginkan. Akhirnya, perbaikan yang akan mengubah panen yang lebih mudah, tidak cepat busuk
selama transportasi, dan tahan lama memiliki nilai ekonomi yang sangat potensial.
Penggunaan Simbion dan Patogen
Seperti yang akan kita lihat nanti, banyak usaha penelitian pertanian menunjukan pemasukan gen-gen asing yang berpotensi menguntungkan ke dalam persediaan tanaman. Namun,
karena ada banyak bakteri simbiotik tergabung secara normal dengan organ berbagai macam
tanaman, rencana yang lebih sederhana mungkin untuk memodifikasi bakteri-bakteri tersebut dan
kemudian memakai interaksi bakteri dengan tanaman untuk memasukan ciri yang sudahdimodifikasi pada tempat yang sesuai. Pilihan pendekatan ini lebih mudah secara teknik, karena
rangcangan DNA bakteri dengan metode DNA rekombinan saat ini lebih sering dilakukan,
mengingat manipulasi penanaman DNA belum sempurna.
Perlindungan Tanaman dari Bahaya Pembekuan dengan Bakteri Simbiotik terencena (engineered)
Salah satu contoh awal modifikasi bakteri simbiotik yang berhasil adalah pada Pseudomonas syringae, yang ditemukan pada daun tanaman dengan konsentrasi tinggi. Banyak
strain dari bakteri ini memproduksi protein ice nucleation yang rupanya terletak pada permukaan
sel bakteri, dan keberadaan protein ini menyebabkan terbentuknya es pada suhu dibawah 0ºC,mengakibatkan bahaya pembekuan yang sangat berarti pada tanaman panen dan memudahkan
pemasukan bakteri kedalam jaringan tanaman. Steven Lindow dan koleganya adalah orang
pertama yang mengklon gen ice nucleation pada P. syringae dengan vektor kosmid. E. coli yang
menerima molekul DNA rekombinan disaring untuk pengintian formasi es pada suhu -9 ºC. Delesidibuat dalam gen ini dengan metode DNA rekombinan, dan delesi tersebut dikembalikan kedalam
kromosom P. syringae dengan proses rekombinan homolog. Hasil dari strain es serupa dengan
strain es inang pada semua ciri, penggunaan berlebih mutan pada daun strawberry, misalnya,memudahkan kolonisasi yang sukses dengan bakteri tipe liar (wild type), sehingga melindungi
tanaman dari bahaya pembekuan.
Penggunaan Nitrogen-Banteri Fiksasi untuk Memperbaiki Hasil Panen.
Fokus penelitian sekarang--salah satunya yang memiliki pengaruh yang luas—adalah
proses fiksasi nitrogen. Semua binatang dan tanaman dan sebagian besar bakteri tergantung dari
ketersediaan beberapa bentuk nitrogen kombinasi pada lingkungannya: nitrat (NO3-), ammonia
(NH3), dan nitrogen-nitrogen sejenisnya-yang mengandung senyawa organik seperti asam amino.
Jumlah besar N2, yang tersedia di atmosper tidak mencukupi dunia biologi kecuali proses fiksasi
nitrogen. Nitrogen telah difiksasi atau dirubah menjadi pupuk (sebagian besar garam amoniak),
dengan proses industri sejak awal abad ini. Karena N2 merupakan senyawa stabil yang luar biasa,
perubahan N2 menjadi NH3 membutuhkan kondisi yang keras--temperatur lebih dari 500ºC dantekanan melebihi 200 atm. Dengan demikian pembuatan pupuk kimia menghabiskan porsi energi
yang sangat berarti. Disamping itu, jumlah besar pupuk yang digunakan pada lahan justru diserap
oleh sungai, kolam, dan bahkan samudra, yang kemudian menyebabkan polusi air yang cukup
berarti, termasuk pertumbuhan alga yang tidak diinginkan dan mikroorganisme lain.
7/31/2019 interaksi-mikroba-tanaman.doc
http://slidepdf.com/reader/full/interaksi-mikroba-tanamandoc 4/27
Berbeda halnya, proses biologi fiksasi nitrogen, dilaksanakan oleh sejumlah kecil spesies
prokariotik, tidak membutuhkan bahan bakar ataupun tenaga elektrik dan karena proses ini diatur
sesuai dengan kebutuhan akan nitrogen dilingkungan yang diberikan, maka tidak menimbulkan polusi terhadap lingkungan. Dengan demikian, meningkatkan perluasan fiksasi nitrogen biologi
merupakan tujuan penting dibidang bioteknologi. Menariknya, meskipun sejumlah besar pupuk
kimia saat ini digunakan, diperkirakan banyak nitrogen atmosper yang difiksasi dengan organisme perbaikan nitrogen. Sesuai dengan salah satu perkiraan, proses biologi memfiksasi enam kali lebih
nitrogen (24 x 107 ton/tahun) dari pada nitrogen yang diubah menjadi pupuk kimia melalui proses
industri. Meskipun kemajuan kecil pada perluasan proses biologi akan memberikan dampak luas.Proses biologi fiksasi nitrogen sangat kompleks dan memerlukan banyak molekul ATP,
karena enzim yang terlibat dalam proses ini harus mengatasi banyak rintangan energi aktivasi yang
sama seperti sistesis kimia amonia. Dua enzim yang dibutuhkan adalah: Komponen I (nitrogenase)
komponen II (nitrogenase reductase). Setelah komponen II dikurangi dengan reduktan biologi yangkuat (ferredoxin atau flavodoxin), 16 molekul (sudah dipercaya) ATP dihidrolisis untuk
menyempurnakan reduksi komponen I. Hanya dengan komponen II yang sudah direduksi saja
tidak mampu mengatasi ringtangan energi aktivasi. Komponen I yang direduksi kemudian
mereduksi N2 menjadi dua molekul NH3 (Gb. 9.1). Fiksasi nitrogen adalh reaksi reduktif yangkuat, dan enzim yang terlibat selalu dinonaktifkan secara takterbalikkan ketika berinteraksi dengan
oksigen. Kepekaan oksigen sangat penting untuk memengertikan biologi tentang N2- fiksasimikroorganisme seperti yang digambarkan dibawah ini.
Kemampuan memfiksasi nitrogen ditemukan pada anggota terpencar kingdom eubakteri.
Beberapa genus fiksasi nitrogen memiliki jarak yang cukup jauh dengan yang lainnya, yangmenunjukan bahwa fungsinya mungkin ditransfer “secara menyamping”—yakni diantara
organisme yang berbeda---selama evolusi. Beberapa kelompok fiksasi nitrogen adalah organisme
bebas. Salah duanya adalah Clostridium dan Klebsiella fiksasi nitrogen yang berada pada kondisi
anaerob, penyerapan yang konsisten dengan kepekaan oksigen enzim. Bakteri yang hidup bebaslainnya dapat memfiksasi nitrogen bahkan dalam kondisi aerob, karena masing-masing organisme
ini mengembangkan perlindungan untuk melindungi alat fiksasi nitrogen dari oksigen. Dengan
demikian kyanobacteri, yang melaksanakan fotosintesis, menunjukan fiksasi nitrogen hanya padasel-sel khusus yang disebut heterosit, yang tidak menghasilkan oksigen. Azotobacter membutuhkan
oksigen dalam jumlah yang besar, dan dalam pelaksanaanya bakteri ini melindungi alat fiksasi
nitrogennya. Kelompok bakteri yang lain yang memfiksasi nitrogen hanya ketika bakteri tersebutmemiliki hubungan simbion dengan tanaman. Hasil studi terbaik tentang pengikat nitrogen
simbiotik adalah Rhizhobium, yang menyerang jaringan akar tanaman leguminous, seperti alfalfa,
kacang polong, semanggi, dan kedelai serta tinggal didalam sel vakuola. Vakuola menjadi terisikan
dengan ikatan oksigen-protein, leghemoglobin, yang dihasilkan tanaman. Kondisi ini menciptakanlingkungan yang rendah akan oksigen dimana Rhizobium dapat melaksanakan fiksasi nitrogen.
7/31/2019 interaksi-mikroba-tanaman.doc
http://slidepdf.com/reader/full/interaksi-mikroba-tanamandoc 5/27
Gb. 9.1
Mekanisme enzim fiksasi nitrogen
Organisasi gen yang terlibat dalam fiksasi oksigen pertama kali diuraikan pada Klebsiella.Sungguh, pada genus tersebut sejumlah besar gen diorganisaikan menjadi kelompok tunggal gennif (Gb. 9.2). penemuan ini mengantarkan, pada awal 1970an, pada suatu ide bahwa kloning
terhadap kelompok gen tersebut kemudian meletakkan hasil klon pada tanaman panen yang
diinginkan mungkin memproduksi persediaan tanaman tanpa pupuk kimia—sebuah kemungkinanyang jika disadari akan merevolusi pertanian. Tentu saja situasinya jauh lebih rumit. Pertama, jika
alat fiksasi nitrogen diproduksi dalam sel tanaman yang tidak tersedia mekanisme perlindungan
yang dibutuhkan, proses fiksasi ini akan dinonaktifkan oleh oksigen. Kedua, sejumlah besar ATPyang dibutuhkan dalam proses ini juga harus tersedia. Pentingnya keberadaan ATP sangat jelas
ketika kita membandingkan jumlah nitrogen yang difiksasi oleh simbion dan bakteri yang hidup
bebas. Tanah yang ditutupi semanggi merah, membawa pasangan simbionnya, Rhizobium,
memfiksasi kira-kira 300 kg N/hektar/tahun. Sebaliknya, bakteri yang hidup bebas seperti Azotobakter , pada tanah yang sama, hanya memfiksasi dalam jumlah yang kecil (sekitar 1 kg N/
hektar/tehun). Diantara organisme yang hidup bebas, kyanobakteri menyumbangkan lebih besar,
tetapi jumlah N2 yang difiksasi oleh bakteri tersebut dalam kondisi yang terbaik, jumlahnya lebihkecil dibanding aktivitas Rhizobium-kombinasi semanggi. Perbedaan ini diakibatkan oleh
pemasukan energi yang besar. Tanaman Leguminous tersusun dengan Rhizobiun dan menunjukan
simbiosis yang sukses dengan mengekspresikan lebih dari 20 gen secara rinci untuk tujuantersebut. Salah satu sumbangan dari tanaman inang ini adalah menyediakan aliran senyawa yang
terus-menerus, seperti asam dikarboksilik, yang merupakan sumber energi bakteri. Fiksasi N2 oleh
organisme yang hidup bebas selalu dibatasi dengan persediaan energi yang terbatas (hal inimenjelaskan keberhasilan bakteri kyanobakteri, yang merupakan fototropik). Pemasukan
sederhana gen nif tidak memberikan kemampuan pada tanaman untuk fiksasi Nitrogen.
7/31/2019 interaksi-mikroba-tanaman.doc
http://slidepdf.com/reader/full/interaksi-mikroba-tanamandoc 6/27
Gb. 9.2
Gen organisasi fiksasi nitrogen (nif) pada Klebsiella pneumonia, Azotobacter vinelandii, dan Bradyrhizobium
japonicum. Organisme dua terakhir garis putus-putus menunjukakan wilayah dimana gen yang lain dan ORF berada,
tidak ditunjukan skalanya. Pada Bradyrhizobium, gen nod terlibat dalam pembentukan nodul akar simbiotik; gen fix
merupakan gen fiksasi nitrogen yang tidak memiliki homolog pada K. pneumoniae hidup bebas atau A. vinelandii.
Karena mutan sebagian besar gen fix masih mengijinkan fiksasi nitrogen secara lambat pada kultur bebas tanamantetapi tidak fiksasi dalam tanaman. Mutan ini mungkin berfungsi dalam penggunaan reduktan yang terdapat pada
tanaman. Setelah Dean; D.R., Jacobson, M.R.(1992) Nitrogenase genetik biokimia, di Stacey, G., Burris., dan
Evans, H.J. (eds), Biological Nitrogen Fixation, pp. 763-834 (Chapman dan Hall)
Kesadaran inilah yang membawa peneliti untuk mencoba lebih banyak pendekatansederhana yang berhubungan dengan perbaikan N2 simbiotik-fiksasi bakteri, seperti Rhizobium.
Salah satu target yang mungkin untuk perbaikan adalah kadar fiksasi nitrogennya. Pada spesies
Rhizobium, semua gen yang terlibat dalam proses fiksasi nitrogen, dan juga sebagian besar genyang terlibat interaksi dengan tanaman diketahui berada dalam plasmid (“Plasmid Sym”).
Ukurannya berkisar 200-300 kb dalam R. leguminosarum sampai 1200-1500 kb dalam R. meliloti.
Penggabungan ekspresi protein regulator pada gen tesebut, atau peningkatan sederhana jumlah
7/31/2019 interaksi-mikroba-tanaman.doc
http://slidepdf.com/reader/full/interaksi-mikroba-tanamandoc 7/27
duplikat gen ditemukan untuk memproduksi peningkatan kecil namun berarti pada jumlah nitrogen
yang difiksasi pada tanaman inang yang sesuai.
Area lain yang memiliki potensi untuk perbaikan adalah interaksi antara inang-bakteri.Meskipun interaksi antara Rhizobium dengan inangnya sangat komplek, banyak gen yang sesuai
diidenfikasi. Rhizobium tidak hanya mengenali tanaman yang diujikan sebagai inang tetapi juga
menginduksi semua kumpulan reaksi didalamnya, yang menyebabkan akar-akar serabutmengeriting, benang infeksi terbentuk, benang tersebut kemudian berkembang menjadi membrane
yang menyelubungi bakteri. Bakteri ini juga menginduksi tanaman untuk mengeluarkan
leghemoglobin, memenuhi tempat disekitaran bakteri dan menyalurkan dengan konstan sejumlah besar sumber energi bagi bakteri (seperti asam dikarboksilik), seperti yang dijelaskan sebelumnya.
Seperti contohnya, produk gen Rhizobium nodD menanggapi senyawa flavonoid khusus yang
diproduksi oleh tanaman dan mengaktifkan gen lain yang terlibat dalam nodulasi. Dengan
menggabungkan susunan nodD, akan memungkinkan untuk mengubah (dan kadang memperluas)spesifikasi inang dari strain Rhizobium yang diujikan. Pada proses nodulasi berikutnya, produk gen
nodH dan nodQ Rhizobium mensintesis berat molekulaar rendah (low-molecular-weight) menandai
molekul yang dikenali oleh tanaman inang khusus, yang menanggapi keritingnya akar rambut dan
sebagainya. Mengganti gen dari spesies Rhizobium yang berbeda pada gen-gen tersebutmenghasilkan penggabungan yang sukses pada susunan inang.
Hasil ini sangat mengagumkan, tetapi belum ada yang mampu memproduksi strain“perbaikan” yang menunjukan secara efektif dibawah kondisi penelitian. Salah satu masalah utama
adalah bahwa strain yang dimasukkan dari sumber eksternal tidak selalu mampu bersaing pada
tanah alami. Lahan dimana tanaman leguminous ditumbuhkan pada basis regular, tanah yangdigunakan cenderung mengandung banyak strain Rhizobium yang khusunya cocok bertahan pada
lingkungan yang berbeda, meskipun efesiensi fiksasi N2nya bisa tidak bersaing dengan strain
rancangan terbaru. Studi menunjukan ketika strain Rhizobium yang seharusnya memfiksasi N2
yang lebih efisien dimasukkan pada lahan tersebut, strain ini sangat jarang mampu bertahan akantekanan reaksi dari strain asli. Tujuan lain dari pemasukan strain Rhizobium yang diatur secara
genetik supaya menempel pada hasil produksi kolonisasi yang lebih baik dan kelompok yang lebih
yang mampu bertahan—namun sayangnya, kondisi ini merupakan bidang yang sedikit diketahuioleh peneliti.
Usaha untuk memperluas jagkauan inang Rhizobium yakni untuk menyertakan tanaman
nonleguminous, telah disebutkan sebelumnya. Namun, sedikit dari sifat kompleks interaksiRhizobium—tanaman inang akan tidak mudah. Banyak penelitian dilakukan pada asosiatif dengan
alay fiksasi N2, yang hubungan simbiotiknya dengan tanaman jauh. Spesies Azospirillum misalnya,
tumbuh berasosiasi dengan tanaman bahan pangan monokotil seperti tanaman tebu, ikatan dengan
inangnya hanya berupa lembaran, dan sebagian besar mengkoloni pada permukaan akar. Ada hargayang harus dibayar untuk hilangnya ciri interaksi. Tanaman tidak dapat memnyediakan nutrisi
secara berkesinambungan ke bakteri dibawah kondisi seperti itu, efisiensi fiksasi N2 dalam sistem
seperti tersebut tidak dapat terbentuk dalam jumlah yang tinggi
Produksi Tanaman Transgenik
Seperti yang kita baca sebelumnya, penerapan bioteknologi yang penting dalam pertanianadalah produksi persediaan tanaman yang sudah diperbaiki. Pemasukan gen klon dengan ciri yang
diinginkan kedalam tanaman bukanlah permasalahan yang sepele. Sel tanaman dikelilingi oleh
dinding sel yang tebal dan kaku, dan DNA biasanya tidak bisa dimasukkan kecuali dinding sel
tersebut dihilangkan terlebih dahulu. Meskipun potongan DNA asing dapat dimasukkan kedalam
7/31/2019 interaksi-mikroba-tanaman.doc
http://slidepdf.com/reader/full/interaksi-mikroba-tanamandoc 8/27
sel tanaman secara sukses, DNA tersebut tidak direplikasi pada keturunan yang sukses. Seperti
yang kita lihat pada Bab 3 dan 4, pendekatan sederhana untuk mengatasi kesulitan ini adalah
dengan meletakkan segmen klon DNA ke dalam plasmid, yang akan mereflikasi secara tak terbatas pada inang tertentu. Eukariotik rendah seperti yeast kadang-kadang mengandung plasmid, yang
digunakan untuk mengkonstruksi kumpulan vektor. Namun, sebagian besar sel tanaman tidak
diketahui apakah mengandung plasmid DNA. Pilihan yang lain, adalah menggabungkan DNA klonkedalam kromosom inang, namun ini merupakan peristiwa yang tidak pasti.
Untuk memproduksi tanamn transgenik, ada beberapa langkah-langkah penting yakni
pemasukan material genetik klon kedalam inti sel tanaman secara efisien dan penggabungan yangmudah gen klon kedalam kromosom tanaman. Akan sangat menarik jika digunakan metode terbaik
untuk melakukan langkah-langkah tersebut dengan menggunakan sistem yang sudah berada dalam
cirri dasar, sistem dimana plan-path-ogenic bakteri Agrobacterium tumefaciens memasukan
sejumlah DNA plasmidnya kedalam tanaman dan menyelipkannya kedalam genom tanaman.(penekanan ini merupakan pentingya praktik pada studi “sejarah sifat dasar interaksi Bakteri-
tanaman)
Pemasukan Gen Klon ke dalam Tanaman dengan Menggunakan Agrobacteriumtumefaciens.Gb. 9.3. Struktur Ti Plasmid, dengan wilayah vir nya dan T-DNA. Disamping itu, plasmid tersebut mengandungreflikasi asli dan beberapa gen yang membantu kolonisasi tanaman inang, seperti gen yang menurunkan oktopin dan
nopalin
A. Tumefaciens merupakan bakteri Gram-negative yang menyebabkan tidak terkontrolnya penggandaan sel yang ditransformasi, sel yang seperti sel tumor—penyakitnya diketahui sebagai
crown gall—pada tanaman inang. Menariknya, homologi rRNA menunjukan A. tumefacien
berhubungan dekat dengan Rhizobium, tetapi A. tumefaciens juga mengandung sejumlah besar (200 kb atau bahkan lebih) plasmid “penginduksi tumor”, Ti Plasmid(Gb. 9.3). Wilayah kecil
plasmid , wilayah vir (virulence), mengandung sekitar dua lusin gen yang terlibat dalam infeksi
tanaman dan pada transfer sejumlah kecil bagian plasmid, T-DNA, kedalam sel tanaman (Figure9.4). Baru-baru ini pengetahuan akan proses yang rumit ini menunjukan perkembangan yang
mengagumkan.Gen wilayah vir menjadi aktif menanggapi zat yang menetes dari jaringan tanaman yang
terluka. Zat ini merupakan tanda yang menunjukan sel A. tumefaciens yang berada didepantanaman yang terluka dan mudah diserang. Protein yang menyadari dan menannggapi tanda
tersebut, VirA dan VirG, merupakan anggota family protein regulator prokariotik, yang sering
disebut sistem dua komponen, yang membuat beberapa organisme mampu menanggapi secaraadaptip untuk mengubah keosmolaran, ketersediaan sumber nitrogen, keberadaaan
chemoattractant, dan sebagainya (Gb. 9.5). Sistem dua komponen secara khusus mengandung
7/31/2019 interaksi-mikroba-tanaman.doc
http://slidepdf.com/reader/full/interaksi-mikroba-tanamandoc 9/27
protein sensor yang terletak dalam membrane sitoplamik. Keberadaan molekul sinyal
mengaktifkan fungsi protein kinase dari sensor ini, dengan konsekuensi posporilasi pada
komponen kedua, regulator respon dan protein transducer. Posporilasi ini mengaktifkan regulator respon, dan contohnya dapat mengaktifkan transkripsi dari gen yang bersangkutan.
Gb. 9.4. Susunan dan fungsi wilayah virulen Ti Plasmid. Tnada panah besar menunjukkan arah transkripsi. C dan M
menunjukkan sitoplasmik dan lokasi membran produk gen secara berturut-turut. Menurut Zambryski, P. (1988) proses-proses dasar yang mendasari Agrobacterium —memediasi transfer DNA kedalam sel tanaman, Ann. Rev.
Genet. 22:1-30; dan Kuldau, G.A.,et al. (1990) operon virB Agrobacterium tumefaciens pTiC58 mengkode 11 ORF,
Mol. Gen. Genet . 221:256-266.
Gb. 9.5. Sistem regulator dua komponen bakteri. Sebuah sistem disusun oleh dua protein, histidin kinase dan
regulator respon. Sekarang diketahui lebih dari lusinan contoh. Semua histidin kinase sama sesuai dalam pemberian
tiga wilayah homologi (ditunjukan dengan I, II, III) dan semua regulator respon memberikan susunan yang sama
pada wilayah N-terminalnya. (ditunjukan dengan kotak). Pada banyak kasus, histidin kinase merupakan membrane protein (wilaya tak tertuga trans-membran ditunjukan dengan kotak hitam) dan merasakan sifat dasar dari
lingkungan luar—sebagai contoh, tekanan osmosis (EnvZ), keberadaan hexose fospat (UhpB), atau keberadaan
tanda dari tanaman terluka seperti asetosiringone (VirA). Pengaktifan histidin kinase menghasilkan posporilasi
residu histidin yang diawetkan pada wilayah I protein ini, kemudian fospat ditransfer ke residu aspartat terawetkan pada protein regulator respon. Ini kemudian mengaktifkan regulator respon, yang secara khusus mempengaruhi
kadar transkripsi relevan gen (OmpR, diposporilasi oleh EnvZ, meregulasi gen porin; UhpA, diposporilasi oleh
UhpB, meregulasi ekspresi pengangkutan gen hexose fosfat, and VirG, diposporilasi oleh VirA, menstimulasi
transkripsi gen vir ). Beberapa sistem memiliki sitosolik histidin kinase, seperti CheA yang berfungsi padakemotaksis dengan memposporilasi CheY, yang bertindak mengartikan rotasi flagellar. Untuk penjelasan terbaru
tentang sistem dua komponen, lihat Parkinson, J.S., dan , E.C. (1992), Ann.Rev.Genet.26:71-112.
Gb. 9.6.
Struktur asetosiringone
Pada sistem VirA-VirG, VirA sebagai protein membran, rupanya bersikap sebagai sensor. VirA diaktifkansecara sinergis oleh keberadaan senyawa phenolik, seperti asetosiringon (Gb. 9.6), keluarnya jaringan tanaman yang
rusak, dan keberadaan D-glukosa, D-galaktosa, I-arabinose, dan gula lain yang umum terdapat di tanaman. Gula
tersebut terikat pada protein pengikatan dalam periplasma, dan kemudian protein pengikat berinteraksi dengan
wilayah periplasmik VirA. Mekanisme interaksi asetosiringon masih belum jelas diketahui. VirA yang aktif
7/31/2019 interaksi-mikroba-tanaman.doc
http://slidepdf.com/reader/full/interaksi-mikroba-tanamandoc 10/27
memposporilasi wilayah sitoplasmiknya sendiri, dan kelompok fosfat ditransfer kedalam VirG, yang berada dalam
sitoplasma. VirG yang diposporilasi kemudian mengikat wilayah promoter dari gen vir yang lain dan mengaktifkan
transkripsinya.
Langkah selanjutnya adalah menyayat Ti DNA pada titik khusus dengan “nucleus pembatas” yang dikode
oleh gen virD1 dan virD2. Fragmen DNA standar tunggal yang kira-kira 22 kb disebut T-strand, disadari dihasilkandari reaksi pelepasan, dan pada waktu yang sama, strand pengganti disintesis (Gb. 9.7). Proses tersebut dilanjutkan
dengan transfer T-strand secara rapi, yang dimulai dengan pembatasan “kanan”, kedalam sel tanaman. Prosestersebut-penyayatan DNA strand ganda dan pelepasan serta pemasukan fragmen strand tunggal-sungguh sama
dengan peristiwa yang terjadi pada konjugasi bakteri, dan dua proses diperkirakan memiliki origin biasa yang
evolusioner.
Gb. 9.7. Penyayatan dan transfer T-DNA. Ujung panah yang di atas menunjukan susunan pembatas 25-bp, yang
dibelah dengan endonukleus khusus. Sintesa stran pengganti (garis putus-putus) menghasilkan T-DNA sebagai
strand tunggal (T strand), yang dimasukkan kedalam sel tanaman. Dari Zambryski,P ., et al (1989), Transfer dan
Fungsi gen T-DNA Plasmid Ti dan Ri Agrobacterium dalam tanaman, cell 56:193-201, dengan perseijinan
Produk dari gen VirE2, DNA strand tunggal yang mengikat protein, mengikat T-strand, sepertinya
memudahkan pelepasan dan pemasukan. Protein VirD2 berdempetan dengan ujung 5’ T-strand dan diperkirakan
berfungsi sebagai “pengemudi” yang mengantarkan DNA kedalam sel tanaman.
Penyuntikan dikatalisasi oleh produk gen vir B. Lokus vir B berisi 11 gen, fakta yang rupanya menunjukkan
kerumitan proses pengangkutannya. Beberapa dari virB ditemukan dalam membrane sitoplasmik, dimana gen-gen
ini berfungsi sebagai saluran. Setidak-tidaknya salah satu dari gen tersebut berisi sebuah binding fold-nukleotida dan
dihipotesis menjadi pasangan ATP hidrolisis pada proses transfer.Setelah T-strand disuntikan kedalam sel tanaman, T-strand harus memasuki sel intisel, strand pelengkap
harus disintesis, dan produk strand ganda, T-DNA harus digabungkan dengan genom tanaman. Proses ini masih
belum banyak bisa diidenfikasi.
Ketika T-DNA telah digabungkan kedalam salah satu kromosom tanaman, beberapa gen pada fragmen
mulai diekspresi. Gen-gen tersebut mengkode sintesis opin dan hormon tanaman. Opin (asam amino derivative yang
hanya bisa dipakai oleh sel anggota Agrobacterium; lihat Gb. 9.8) memudahkan penyerangan pada tanaman oleh
banyak sel Agrobacterium, dan hormon (auxin: asam indoleasetik, sitokinin: N6-isopentiladenin) menstimulasi divisi
dan pertumbuhan sel tanaman, yang memproduksi ciri tumor atau gall.
7/31/2019 interaksi-mikroba-tanaman.doc
http://slidepdf.com/reader/full/interaksi-mikroba-tanamandoc 11/27
Gb. 9.8. Struktur opin, oktopin, dan nopalin. Senyawa ini dibuat dari residu arginina (ditulis tebal) digabungkan
dengan senyawa acidic. Agrobacterium juga memproduksi family senyawa yang sama dimana residu argenina
diganti oleh asam amino dasar yang lain.
Sistem Ti Agrobacterium tampaknya hampir dibuat jahitan untuk ekploitasi yang dilakukan
oleh ilmuwan bioteknologi. Transfer T-DNA ditentukan secara esensial dengan pengulangan
“tepi” 25-bp. DNA diantara pengulangan tersebut ditransfer dan diintegrasi tanpa memperhatikan
susunannya. Karena itu, insersi materi genetis yang tak berhubungan ke tengah segmen T-DNA
plasmid tidak memiliki pengaruh negatif pada transfer dan integrasi segmen tersebut ke dalam sel
inang.
Sayangnya, plasmid Ti terlalu besar untuk dimanipulasi secara in vitro. Oleh karena itu,
bagian DNA asing yang diklon hampir selalu dimasukkan ke dalam plasmid vektor yang lebih
kecil terlebih dahulu. Kemudian satu dari dua strategi digunakan untuk mentransfer susunan yang
diklon ke dalam tanaman.
• Penggunaan kointegrasi menengah. Dalam hal ini, lebih sering frekuensi metode
yang digunakan, gen asing diinsersi ke dalam vektor kecil, seperti turunan pBR322
(begitu sering digunakan untuk kloning dalam E .coli), dengan metode in vitro yang biasa
dilakukan dalam teknologi DNA rekombinan. Kemudian sel A. tumefaciens yang
mengandung plasmid Ti yang dimodifikasi (memproduksi non-tumor) diubah dengan
plasmid rekombinan ini. Plasmid Ti yang dimodifikasi juga mengandung potongan
susunan pBR322 diantara tepi kanan dan kiri daerah T-DNAnya. Karena homolog
dengan replikon pBR322 ini, rekombinasi dapat terjadi untuk meregenerasi suatu plasmid
kointegrasi yang mengandung keseluruhan susunan dari plasmid yang lebih kecil antara
tepi T-DNA bagian kanan dan kirinya (gambar 9.9). Jika populasi dipilih untuk
keberadaan gen penanda, seperti gen plasmid pBR322 yang resisten terhadap obat-
obatan, hanya sel-sel yang mengandung kointegrasi yang bertahan dari seleksi. Sel yang
7/31/2019 interaksi-mikroba-tanaman.doc
http://slidepdf.com/reader/full/interaksi-mikroba-tanamandoc 12/27
terkointegrasi menginjeksi susunan diantara kedua tepi, yang mengandung gen asing, ke
dalam tanaman.
Metode kointegrasi memiliki beberapa kebalikan. Potongan DNA yang diinjeksi
relatif besar, mengandung banyak informasi yang tidak berkaitan, jadi susah untum
mengontrol proses transfer gen dengan pasti. Seringkali, hanya sebagian dari DNA ini
yang terintegrasi dalam genom tanaman. Lebih jauh lagi, gen “penanda” resisten
terhadap antibiotik mungkin ditransfer dalam plasmid Ti dengan mekanisme selain
rekombinasi homolog, dan karenanya tidak ada jaminan bahwa sel donor Agrobacterium
mengandung kointegrasi yang diharapkan. Akhirnya, mengetahui struktur kointegrasi
dengan metode in vitro biasa sulit dilakukan karena ukurannya yang besar. Pertimbangan
atas poin ini menimbulkan perkembangan pendekatan plasmid biner.
• Penggunaan vektor biner . Metode ini mengambil keuntungan dari fakta bahwa gen-
gen vir pada suatu plasmid dapat mengkatalis pemotongan dan transfer susunan T-DNA
yang berlokasi pada plasmid lainnya; itulah, gen-gen ini dapat bertindak dalam trans.
Pendekatan plasmid biner meliputi kloning fragmen DNA yang diinginkan ke dalam
susunan T-DNA vektor plasmid dengN cakupan inang yang luas yang mampu bereplikasi
baik dalam E. coli maupun A. tumefaciens. Plasmid DNA kemudian dimasukkan ke
dalam sel A. tumefaciens yang mengandung plasmid Ti “dilucuti” dengan gen-gen vir
kecuali susunan T-DNA. Gen-gen vir dari plasmid yang dilucuti mempengaruhi transfer T-DNA sari plasmid lain tanpa pembentukan kointegrasi menengah (gambar. 9.10).
Dalam metode ini, hanya potongan DNA yang telah diselipkan diantara tepi kanan dan
kiri dari plasmid yang lebih kecil yang ditransfer ke dalam tanaman, memungkinkan
kontrol proses secara lebih tepat.
Kedua metode ini memerlukan beberapa perubahan dalam plasmid Ti. Dalam plasmid Ti
yang digunakan untuk metode kointegrasi, gen-gen penghasil tumor dinonaktifkan atau
dihilangkan; sebaliknya, sel-sel tanaman yang berubah akan menjadi tumor, bukan “tanaman
transgenic” sehat. Terlebih lagi, susunan pBR diinsersi ke dalam daerah T-DNA, sebagaimana
ditunjukkan dalam gambar 9.9. Dalam plasmid Ti yang digunakan untuk strategi plasmid biner,
keseluruhan wilayah T-DNA dihilangkan (lihat gambar 9. 10); sebaliknya, T-DNA dari plasmid Ti
akan bersaing dengan injeksi T-DNA dari plasmid yang lebih kecil.
7/31/2019 interaksi-mikroba-tanaman.doc
http://slidepdf.com/reader/full/interaksi-mikroba-tanamandoc 13/27
Strategi manapun yang digunakan, site insersi gen-gen asing biasanya terapit diantara
susunan promoter yang berfungsi secara efektif dalam tanaman dan susunan terminator. Protein
promoter 35S dan virus mozaik bunga kol (CaMV) cukup dikenal karena kemampuan ekspresinya
yang tinggi dalam berbagai varieatas tanaman. Susunan terminator yang terkenal adalah susunan
nopalin sintetase. (Suatu terminator efektif menjamin ujung 3’ dari mRNA diproses dan
dipoliadenilasi sehingga mRNA memperoleh tingkat stabilitas yang memadai).
Disamping itu, daerah yang dimasukkan dalam tanaman harus mengandung penanda yang
baik sehingga sel-sel tanaman yang telah menerima dan mengintegrasi gen-gen asing dapat
diterima dengan mudah. β-Glukuronidase merupakan suatu penanda yang aktivitasnya dapat siap
dideteksi dalam jaringan tanaman. Bahkan penanda yang lebih bermanfaat adalah yang
memungkinkan pemilihan, tidak hanya menutupi, untuk sel-sel tanaman dengan T-DNA yang
terintegrasi. Sekarang ini, penanda yang paling populer dari jenis ini adalah gen neomisin
(aminoglikosida) fosfotransferase II, yang secara efektif menonaktifkan antibiotik aminoglikosida
yang aktivitasnya dapat terdeteksi melawan sel tanaman, seperti neomisin dan kanamisin.
Gambar 9.9
Transfer T-DNA melalui pembentukan kointegrasi plasmid. Plasmid pBR mengandung suatu
penanda yang dapat dipilih dalam A. tumefaciens, seperti penanda resistensi terhadap antibiotik
yang sesuai )kotak terbuka). DNA asing diklon dalam plasmid pBR, dan plasmid gabungan
7/31/2019 interaksi-mikroba-tanaman.doc
http://slidepdf.com/reader/full/interaksi-mikroba-tanamandoc 14/27
dimasukkan dalam A. tumefaciens yang telah mengandung plasmid Ti yang sudah “dilucuti dengan
menghilangkan gen-gen yang bertanggungjawab atas produksi tumor dan telah diubah lebih jauh
dengan menggabungkan fragmen kecil dari susunan pBR di tengah T-DNA. Asal replikasi dalam
plasmid pBR berfungsi dengan baik dalam E. coli tapi tidak berfungsi sama sekali dalam A.
tumefaciens. Karenanya pemilihan antibiotik hanya memperkaya sel-sel yang mengandung
kointegrasi, yang dibentuk dengan rekombinasi homolog, menggunakan susunan homolog pBR,
diantara plasmid Ti dan plasmid pBR. Karena kointegrasi mengandung seluruh gen vir , gen asing
tersebut akan ditransfer ke dalam tanaman sebagai bagian dari T-DNA yang termodifikasi. Dari
Lurquin, P.F. (1987). Ekspresi gen asing dalam sel tanaman, Prog. Nucl. Acid Res. 34:143-188,
dengan ijin.
Gambar 9.10. Transfer T-DNA dengan sistem vektor biner. DNA
asing diklon ke tengah plasmid T-DNA, ditunjukkan di bagian
atas, yang mengandung satu atau lebih origin replikasi yang
berfungsi baik dalam E. coli maupun dalam A. tumefaciens.
Dalam vektor tertentu yang ditunjukkan, susunan T-DNA asli
telah digantikan oleh site kloning berganda (MCS), diikuti oleh
suatu susunan terminator fungsional dalam tanaman, bertempat
diantara susunan tepi kiri (LB) dan kanan (RB). Plasmid tersebut
juga mengandung gen resisten terhadap antibiotik (dalam hal ini
aminoglikosida fosforitransferase, aph, untuk memungkinkan
pemilihan sel yang mengandung plasmid pada cawan yang berisi
aminoglikosida). Plasmid gabungan ini dimasukkan ke dalam sel
A. tumefaciens yang mengandung plasmid lainnya, ditunjukkan di bagian bawah. Plasmid yang
lebih besar, suatu turunan plasmid Ti, hanya mengandung daerah vir dan origin replikasi dan
secara keseluruhan tidak ada wilayah T-DNA. Karena kedua plasmid tidak memiliki susunan
umum, tidak ada pembentukan gabungan dan kointegrasi. Meskipun demikian, produk gen vir
pada plasmid yang lebih besar dapat memediasi transfer tersebut, ke dalam tanaman, dari susunan
T-DNA plasmid lainnya.
7/31/2019 interaksi-mikroba-tanaman.doc
http://slidepdf.com/reader/full/interaksi-mikroba-tanamandoc 15/27
Contoh-contoh Tanaman Transgenik
Kami contohkan A. tumefaciens
Sistem Agrobacterium merupakan sistem yang mengagumkan untuk memasukkan gen asing ke
dalam kromosom tanaman. Transfer ke dalam sel tanaman utuh terjadi pada frekuensi tinggi, T-
DNA juga biasanya terintegrasi ke dalam kromosom tanaman pada frekuensi tinggi tanpa
mengalami perubahan structural, dan sel-sel yang telah menerima T-DNA dapat dipilih dengan
mudah dengan menggunakan resisten antibiotik sperti penanda resisten terhadap neomisin.
Akhirnya, tanaman transgenic diproduksi dengan cara ini cukup stabil setidaknya untuk beberapa
generasi. Akibatnya, hampir seluruh tanaman transgenic yang ada dengan ciri-ciri yang secara
potensi diinginkan telah dikumpulkan dengan metode ini.
Dalam kasus yang lebih sederhana, ciri-ciri yang diinginkan muncul dalam tanaman
transgenik melalui ekspresi berkelanjutan dari gen-gen asing. Di bawah ini kami mendaftar
beberapa contoh tanaman transgenic jenis ini.
Tanaman yang Resisten terhadap Herbisida
Keuntungan membuat tanaman panen resisten terhadap herbisida telah terbukti nyata.
Walaupun ada ketakutan bahwa resistensi semacam ini dapat dengan cepat meningkatkan
penggunaan bahan kimia herbisida, terdapat beberapa alasan untuk mengharapkan bahwa tanaman
transgenik ini akan mempromosikan penggunaannya yang lebih aman, herbisida yang dapat
terdegradasi, mungkin dalam jumlah yang lebih sedikit. Satu contoh meelibatkan herbisida
glikofosfat, yang menginhibisi 5-enolpirovilshikimat 3-fosfat sintase – suatu enzim yang terlibat
dalam biosintesis asam amino aromatik – dengan berperan sebagai analog structural dari fosfoenol
piruvat (Gambar 9.11). Enzim ini telah dimurnikan dari tanaman panen dan disusun, dan probe
DNA yang berhubungan dengan susunan assam aminonya telah disintesis. Probe ini digunakan
untuk mengisolasi cDNA untuk enzim dari baris penyimpanan cDNA sel tanaman yang diketahui
untuk memproduksi 5-enolpiruvilsikamat 3-fosfat sintase. Gen cDNA kemudian diklon dibelakang
promoter CaMV kuat, dan kompleks gen promoter dimasukkan ke dalam sel tanaman (sebagai
contoh, petunia) melalui vektor plasmid Ti yang dilucuti. Tanaman transgenik memperoduksi
enzim target yang jauh lebih tinggi levelnya dan karena itu secara signifikan lebih resisten terhadap
glikofosfat (Gambar 9.12). Hasil ini memberikan harapan karena glikofosfat memiliki kadar racun
yang sangat rendah, untuk hewan dan didegradasi secara cepat dalam tanah.
7/31/2019 interaksi-mikroba-tanaman.doc
http://slidepdf.com/reader/full/interaksi-mikroba-tanamandoc 16/27
Variasi strategi ini merupakan pemasukkan gen-gen mutan dari enzim target. Campuran
Sulfonilurea beraksi pada tanaman dengan menghambat asetolaktat sintase, suatu enzim yang
terlibat dalam cabang rantai sintesis asam amino. Mutan tanaman yang ditunjukkan resisten
terhadap herbisida yang dipilih dalam Arabidopsis ini. Ukuran yang kecil dan generasi yang
pendek (Kotak 9.1) dari Arabidopsis memungkinkan pemilihan tipe ini pada keseluruhan level
tanaman. Gen asetolaktat sintase dari mutan Arabidopsis diklon dengan menggunakan susunan
homolog dengan enzim yeast yang diketahui dan ditunjukkan untuk membedakan oleh basa
tunggal dengan tipe liar, berakibat pada perubahan residu asam amino tunggal. Ketika gen mutan
ini dimasukkan ke dalam tanaman tembakau, tanaman transgenik hampir 100 kali resisten terhadap
sulfonylurea klorosulfuron.
Mengubah level atau sifat enzim yang ditargetkan dengan herbisida karenanya merupakan
pendekatan yang efektif untuk memproduksi tanaman yang resisten terhadap herbisida. Meskipun
demikian, pendekatan ini memiliki beberapa keterbatasan. Pertama, hanya menghasilkan resistensi
tingkat sedang, karena jumlah herbisida yang lebih besar akan tetap menghambat enzim target
yang diproduksi secara berlebih atau yang kurang sensitif. Kedua, produksi yang berlebihan dari
salah satu enzim dalam jalur kompleks dapat mengganggu pengaturan jalur tertentu dan bisa
memperlambat pertumbuhan tanaman. Ketiga, sulit untuk mengubah suatu enzim sehingga enzim
tersebut belum dapat mengikat analog racun dengan baik berlanjut untuk mengikat substrat yang
sebenarnya dalam cara yang melebihi atau kurang normal. Anggapan seperti ini telah mendorong
eksplorasi metode alternatif untuk mengembangkan resistensi terhadap herbisida dalam tanaman.
Satu teknik yang sangat sukses dalam hal produksi resistensi pada tanaman transgenik
merupakan pemasukan gen-gen yang mengkode enzim herbicide-detoxifying. Sebuah contoh
menarik melibatkan fosfinotrisin, suatu analog asam glutamik yang menghambat glutamine
sintetase (Gambar 9.13). Walaupun fosfinotrisin disintesis secara kimia dan dijual secara komersial
sebagai herbisida, senyawa itu sebenarnya ditemukan separuh aktif dari antibiotik, bialaphos,
diproduksi oleh suatu strain Streptomyces. Seperti yang dijelaskan dalam bab 13, mikroorganisme
yang mensekresi antibiotik seringkali memproduksi enzim-enzim yang menguraikan racun
antibiotik untuk melindungi dirinya sendiri. Streptomyces yang memproduksi bialaphos bukanlah
suatu perkecualian, dan Streptomyces memproduksi enzim yang menonaktifkan baik bialaphos
maupun fosfinotrisin oleh asetilasi. Gen yang mengkode enzim ini diklon dari Streptomyces,
diletakkan di belakang promoter CaMV 35S, dan dimasukkan ke dalam tanaman yang dipanen,
7/31/2019 interaksi-mikroba-tanaman.doc
http://slidepdf.com/reader/full/interaksi-mikroba-tanamandoc 17/27
seperti kentang. Tanaman transgenik menunjukkan resistensi yang kuat terhadap fosfinotrisin,
bahkan dalam tes dibawah kondisi lapangan.
Gambar 9.11
Glikofosfat dan cara reaksinya. Glikofpsfat, bertindak sebagai suatu analog fosfoenolpiruvat,
menghambat pembentukan 5-enolenolpiruvilsikamat 3-fosfat, suatu prekusor asam amino
aromatik.
Gambar 9.12
Produksi tanaman resisten terhadap gliposat. Gen untuk 5-enolenolpiruvilsikamat 3-fosfat sintase,
diklon di belakang promoter kuat, dimasukkan ke dalam tanaman petunia sebagaimana diterangkan
dalam teks. Ketika tanaman petunia transgenik ini (atas) dan tanaman kontrol yang tak diubah
7/31/2019 interaksi-mikroba-tanaman.doc
http://slidepdf.com/reader/full/interaksi-mikroba-tanamandoc 18/27
(bawah) disebarkan dengan Roundup (suatu pestisida yang mengandung glikoposat), setelah tiga
minggu tanaman kontrol mati tapi tanaman transgenik, tanaman yang resisten benar-benar sehat.
Dari Shah, D.M., et al. (1986), teknik toleransi terhadap herbisida dalam tanaman transgenik,
Science 233: 478-481, dengan ijin.
Kotak 9.1 Arabidopsis
Arabidopsis merupakan tanaman krusiferus kecil yang secara cepat menjadi spesies pilihan untuk
studi genetic dan DNA rekombinan dalam tanaman – hal ini mengasumsikan seperti posisi E. coli
diantara prokariot. Keuntungannya yang banyak meliputi genom yang berjumlah sedikit (70,000
kb, hanya 5 kali ukuran genom ragi dan hanya 10% ukuran genom tanaman panen khusus) dengan
jumlah DNA repetitive yang sedikit. Arabidopsis juga memiliki siklus reproduksi yang cepat
(benih dapat dikumpulkan 6 minggu setelah perkecambahan); melakukan penyerbukan sendiri, jadi
strain mutan dapat dirawat dengan mudah; dan dapat menjadi suspect pengubahan Ahrobacterium,
jadi materi genetic dapat dimasukkan dengan metodologi DNA rekombinan. Untuk tinjauan, Lihat
Estelle, M.A., dan Somerville, C.R. (1989). Mutan-mutan Arabidopsis, Tr. Genet . 2:89-93; dan
Meyerowitz, E.M. (1989). Arabidopsis, rumput laut yang berguna, Sel 56:263-269.
Gambar 9.13
Fosfinotrisin dan cara reaksinya. Fosfinotrisin merupakan analogi glutamate. Fosfinotrisin
berikatan dengan glutamate sintetase untuk menghambat sintesis glutamine. Bialaphos, suatu
antibiotik yang diproduksi oleh spesies Streptomyces, merupakan tripeptida (fosfinotrisinil-alanil-
alanin) yang diubah menjadi fosfinotrisin oleh peptidase tanaman.
7/31/2019 interaksi-mikroba-tanaman.doc
http://slidepdf.com/reader/full/interaksi-mikroba-tanamandoc 19/27
Tanaman yang Resisten terhadap Serangga
Bacillus thuringiensis digunakan dalam kontrol biologis ulat karena sel-sel yang berspora
mengandung protein racun (Bab 6). Gen untuk suatu protein racun diklon di belakang promoter
yang secara efektif diekspresi dalam tanaman dan dimasukkan ke dalam sel tanaman melalui
vektor plasmid Ti, sehinggamenghasilkan tanaman yang beracun bagi ulat. Masalah terbesarnya
dengan cara ini adalah rendahnya tingkat ekspresi protein racun dalam tanaman, yang agaknya
berhubungan dengan fakta bahwa gen tersebut berasal dari suatu bakteri. Namun, metode ini telah
memproduksi tanaman tomat dan tembakau yang terbukti cukup resisten terhadap ulat dalam lahan
yang diujikan. Bagaimana pun juga, kapas, seringkali diserang serangga yang lebih resisten
terhadap racun B. thuringiensis, dan tingkat ekspresi yang rendah dari racun ini dalam kapas
transgenik menyediakan sedikit perlindungan bagi tanaman. Baru-baru ini, susunan pengkode dari
racun tersebut diubah secara meluas untuk menggantikan kodon yang jarang digunakan dalam
tanaman selain juga untuk menghalangi pembentukan struktur sekunder yang kuat dalam mRNA.
Saat tanaman kapas disediakan dengan gen yang termodifikasi (ditempatkan di belakang promoter
CaMV dengan daerah yang mempertinggi duplikasi), produksi racun bakterinya meningkat 100
kali, dan tanaman-tanaman itu menunjukkan resistensi yang mengesankan terhadap serangga
Lepidoptera biasa yang merusak tanaman tak termodifikasi.
Beberapa benih mengandung konsentrasi penghambat protease yang tinggi, yang dipikirkan
untuk mengganggu proses pencernaan serangga. Kloning gen penghambat tripsin cowpea, sebagai
contoh, dan transfernya ke tanaman tembakau telah menghasilkan ketahanan yang baik terhadap
berbagai jenis serangga pemakan daun. Dalam hal ini, tidak ada masalah dengan ekspresi
proteinnya. Produksi protein itu mencapai tingkat setinggi 1% dari totao protein tanaman, agaknya
karena gen yang diklon berasal dari tanaman asli. Juga berbeda dengan racun B. thuringiensis,
perlindungan itu mencakup berbagai jenis serangga secara luas.
Tanaman yang Resisten terhadap Virus
Metode yang paling sering digunakan untuk memproduksi tanaman yang resisten terhadap virus
terbuka dari observasi dimana, seringkali, tanaman yang terinfeksi oleh virus yang hampir bersifat
virulen kemudian resisten terhadap superinfeksi virus yang sangat virulen dan masih berkaitan.
Karenanya, infeksi yang disengaja dengan strain virus avirulen telah digunakan untuk
memproduksi perlindungan pada tanaman panen. Bagaimanapun, metode tersebut tidak aman
7/31/2019 interaksi-mikroba-tanaman.doc
http://slidepdf.com/reader/full/interaksi-mikroba-tanamandoc 20/27
secara total, karena strain yang avirulen mungkin bermutasi untuk memproduksi strain yang
patogen secara signifikan. Sebagian besar virus tanaman merupakan virus strand RNA positif yang
dilapisi oleh sub unit protein (Gambar 9.14). Ketika virus tersebut memasuki sel tanaman yang
terluka, proses replikasi dimulai, dimulai dari pelucutan progresif dari virus dari ujung RNA 5’.
Berbagai observasi menyatakan bahwa resistensi silang antar virus terjadi karena keberadaan
selimut protein virus dalam sel tanaman yang terinfeksi sebelumnya dipengaruhi oleh proses
pelucutan lapisan selimut virus ini. Tentunya, tanaman transgenik, yang genomnya mengandung
gen-gen protein selimut virus mozaik tembakau (TMV) yang disisipkan dan yang secara
berkesinambungan mensintesis protein selimut, menunjukkan resistensi terhadap infeksi virus.
Fenotif tanaman ini sesuai dengan pemikiran bahwa resistensi merupakan hasil dari terbukanya
lapisan selimut partikel virus: Walaupun sel tanaman resisten terhadap partikel TMV utuh, sel-sel
tersebut masih sensitif terhadap RNA TMV atau partikel TMV yang tak diselimuti protein virus.
Gen selimut protein biasanya diletakkan di belakang promoter kuat seperti promoter 35S
CaMV dan dimasukkan ke dalam genom tanaman melalui sistem Ti Agrobacterium. Tanaman
transgenik menunjukkan ketahanan yang signifikan terhadap TMV, virus mozaik alfalfa, virus
mozaik mentimun, virus streak tembakau, dan virus derik tembakau telah diproduksi dengan cara
ini. Dalam eksperimen baru-baru ini, dua gen protein selimut virus, dari virus kentang X dan virus
kentang Y, dimasukkan secara serempak ke dalam kultivar kentang yang penting secara komersial,
dan salah satu tanaman transgenik yang dihasilkan terbukti cukup tahan terhadap kedua jeis virus
di bawah kondisi lapangan yang dites. Dalam sebagian besar sistem, tingkat ketahanan lebih atau
kurang sejajar dengan tingkat selimut protein yang dihasilkan.
Pendekatan lainnya untuk menciptakan tanaman yang resisten terhadap virus melibatkan
kloning gen satelit RNA. Populasi dari beberapa virus tanaman meliputi partikel subpopulasi yang
menyerupai virus yang mengandung molekul DNA yang lebih kecil disebut RNA satelit. RNA
satelit tidak tampak mengkode protein apa pun, tapi bereplikasi dengan enzim yang dikode untuk
RNA virus normal dan kemudian dikemas ke dalam partikel yang menyerupai virus dengan
selimut protein virus. Yang menarik adalah bahwa beberapa RDA satelit menghambat replikasi
virus dengan kuat, sepertinya karena memiliki afinitas yang sangat tinggi terhadap alat replikasi
virus. Sehingga saat cDNA dibuat dari satelit RNA diselipkan di antara promoter CaMV 35S dan
terminator yang sesuai dan ditransfer ke dalam tanaman melalui sistem Agrobacterium, banyak
tanaman transgenik menunjukkan ketahanan signifikan terhadap virus ringspot tembakau dan virus
7/31/2019 interaksi-mikroba-tanaman.doc
http://slidepdf.com/reader/full/interaksi-mikroba-tanamandoc 21/27
mozaik mentimun. Sebuah promoter kuat diperlukan karena RNA satelit harus diproduksi dengan
transkripsi “gen” ini. Dibandingkan dengan ketahanan yang dihasilkan oleh produksi selimut
protein berlebih, jenis ketahanan ini dilaporkan lebih sulit ditangani dengan dosis virus yang lebih
tinggi.
Di masa depan, dimungkinkan untuk mengambil keuntungan dari “respon hipersensitif”
dengan dimana tanaman bereaksi terhadap infeksi virus, bakteri dan fungi. Satu aspek dari respon
ini adalah produksi metabolit sekunder dengan berat molekuler rendah, seperti phytoalesxins
(Kotak 9.2). Tampaknya peningkatan genetis dari reaksi ini akan memproduksi tanaman dengan
resistensi umum terhadap agen infeksi dengan cakupan yang luas. Merupakan suatu pendekatan
yang cukup sulit secara teknis, karena gen-gen yang terlibat diatur dalam cara yang rumit.
Gambar 9.14. Struktur TMV (virus mozaik tembakau). Gambar ini menunjukkan hanya 1/20 dari
panjang partikel virus berbentuk batang. RNA rantai tunggal digulung diantara heliks yang
dibentuk oleh subunit protein. Untuk RNA virus yang akan direplikasi, pertama-tama harus dibuka
selimutnya dengan protein pembersih. Proses ini dimulai dari ujung 5’ dari RNA. Dan
dilangsungkan dengan proses translasi menggunakan RNA virus ini sebagai pesannya. After Klug,
A., dan Caspar D.L.D. (1960), Struktur virus-virus kecil, Adv. Virus Res. 7:225-325, dengan ijin.
Kotak 9.2.
Tidak seperti hewan, tanaman tidak dapat memproduksi antibody untuk melawan mikroorganisme
penyerang. Banyak tanaman memproduksi, sebagai suatu respon terhadap infeksi mikroba,
metabolit sekunder dengan berat molekul rendah – fitoaleksin – yang menghambat pertumbuhan
7/31/2019 interaksi-mikroba-tanaman.doc
http://slidepdf.com/reader/full/interaksi-mikroba-tanamandoc 22/27
mikroorganisme penyerang. Struktur fitoaleksin bersifat spesifik pada spesies tanaman yang
menghasilkannya. Di sini kami menunjukkan dua contoh, faseolin (suatu gabungan isoflavonoid
yang diproduksi oleh kacang hijau) dan rishitin (suatu norsesquiterpene yang diproduksi oleh
kentang).
Modifikasi Gen-gen Tanaman Endogen
Dalam sebagian besar contoh yang telah kita diskusikan, tanaman panen telah
dikembangkan dengan memasukkan gen-gen yang diambil dari organisme yang terkait. Tanaman
transgenik telah didesain untuk mengekspresi gen-gen ini sesuai aturan, seringkali pada tingkatan
yang cukup tinggi. Namun, hal ini bukan merupakan satu-satunya cara untuk memproduksi
peningkatan stok. Banyak pengembangan dapat diajukan dengan menggunakan teknologi DNA
rekombinan untuk mengubah gen-gen endogen spesies.
Satu wilayah dimana beberapa kesuskesan telah dicapai melalui cara ini yaitu modifikasi
warna bunga. Jalur biosintesis pigmen bunga diketahui secara detail, jadi dimungkinkan untuk
membawan gen dari spesies tanaman yang berbeda untuk menghasilkan warna yang “tidak alami”
yang secara dramatis mengubah penampilan bunga tersebut. Salah satu contoh, gen jagung
dimasukkan ke dalam petunia (melalui agen sistem Agrobacterium) untuk menghasilkan bunga
dengan warna merah bata.
Aktivitas lainnya yang sangat menarik adalah upaya utuk menunda pelunakan buah, seperti
tomat. Memperlambat proses pelunakan akan memperpanjang waktu penyimpanan buah-buahan
dan memudahkan transportasinya. Bukti menunjukkan bahwa hidrolisis poligalakturonat, suatu
komponen polisakarida dinding sel buah-buahan, dengan enzim poligalakturonase terlibat dalam
pelunakan tomat. Gen yang mengkode enzim ini diklon, dan diletakkan di belakang promoter
CaMV 35S kuat dalam orientasi terbalik. Konstruksi ini kemudian dimasukkan ke dalam tanaman
tomat melalui sistem Ti Agrobacterium. Tanaman transgenik yang dihasilkan, memproduksi
7/31/2019 interaksi-mikroba-tanaman.doc
http://slidepdf.com/reader/full/interaksi-mikroba-tanamandoc 23/27
poligalakturonase dalam tingkat yang jauh lebih rendah, karena “antisense mRNA” yang
dihasilkan dari pembacaan gen dalam orientasi terbalik dengan translasi mRNA normal, mungkin
dengan cara mendinginkannya. Namun, efek terakhir dari rendahnya ekspresi poligalakturonase
kontroversial, beberapa pengujian tidak menunjukkan perbedaan baik dalam proses pelunakan
maupun dalam hirolisis pektin dinding sel. Meskipun demikian, pengurangan tingkat enzim ini
tampak menghambat degradasi pektin menjadi fragmen-fragmen kecil, dan dilaporkan mengurangi
kerusakan selama perpindahan. Salah satu versi tomat yang direkayasa ini sekarang sedang
dipasarkan di Amerika Serikat. Walaupun ada keprihatinan atas keberadaannya, dalam produk
seperti ini, dari gen-gen yang resisten terhadap antibiotik yang digunakan untuk memilih sel
tanaman trasgenik, terdapat beberapa metode yang dapat dilakukan untuk menghilangkan gen-gen
penanda dari tanaman.
Wilayah nyata untuk eksploitasi masa depan adalah modifikasi susunan nukleotida gen-gen
untuk protein biji-bijian baik untuk meningkatkan nilai nutrisi atau mengembangkan kualitas
prosesnya, seperti disebutkan di awal bab ini. Beberapa contoh lainnyajuga telah diuraikan. Akan
tetapi upaya-upaya untuk mengembangkan hasil panen tanaman atau untuk mengubah sifatnya
dalam cara utama biasanya membutuhkan manuver rumit dan tajam. Tanaman merupakan
organism kompleks yang mengandung organ dan jaringan yang sangat berdiferensiasi yang diatur
dalam tata cara yang bergantung pada waktu dan lingkungan. Tantangannya adalah untuk
menemukan cara pengaturan gen-gen endogen dalam cara yang terkoordinasi secara seksama. Ini
merupakan tujuan yang sulit, tapi mungkin dapat dicapai, mempertimbangkan bahwa kemajuan
kuat sedang dibuat dalam pengertian kita tentang bagaimana gen-gen tanaman diatur.
Sistem Agrobacterium telah digunakan dalam memproduksi hampir seluruh contoh
tanaman transgenik yang telah dijeaskan sejauh ini. Agrobacterium memiliki spisifikasi inang yang
luas dan secara prinsip dapat mempengaruhi sebagian besar tanaman dikotil. Namun, setelah
transfer gen termediasi Agrobacterium terjadi, langkah selanjutnya mengacu pada produksi
tanaman transgenik kadang sulit dikerjakan. Pada sebagian besar kasus hal ini tergantung pada
kesuliatn meregenerasi tanaman lengkap diluar sel yang mampu menerima T-DNA. Pengguanan
jaringan embrioik (seperti epikotil dan hipokotil) sebagai penerima T-DNA sekarang sedang
sieksplorasi, karena potensi regenerasinya yang tinggi.
Pemasukan Fragmen DNA secara Langsung
7/31/2019 interaksi-mikroba-tanaman.doc
http://slidepdf.com/reader/full/interaksi-mikroba-tanamandoc 24/27
Di alam, Agrobacterium tidak menginfeksi tanaman monokotil (monokot), subklas
tanaman yang meliputi seluruh hasil biji-bijian. Tampaknya, hal ini terutama tergantung pada
respon luka yang sangat lemah yang ditemukan pada jaringan tanaman biji-bijian, dan sampai saat
belakangan ini sudah tidak ada metode reproduksi yang sukses untuk memasukkan dan
menggabungkan T-DNA ke dalam spesies ini. Walaupun transfer gen Agrobacterium terintegrasi
ke dalam jaringan embriobik padi dilaporkan baru-baru ini, masih tetap dapat dilihat apakah
pendekatan tersebut dapat direproduksi pada spesies dan varietas berbeda.
Kesulitan dengan sistem yang dimediasi Agrobacterium telah mengacu pada jumlah usaha
untuk memasukkan DNA langsung ke dalam sel tanaman dengan metode berikut ini:
• Inkubasi protoplas tanaman dengan DNA. Protoplas bertidak sebagai DNA dalam
kehadiran polietilenglikol (Bab 4). Saat protoplas dibuat dari sel-sel embrionik,
seringkali dimungkinkan untuk meregenerasi tanaman transgenik.
• Fusi liposom yang mengandung DNA dengan protoplas. Metode ini akan bekerja
untuk tanaman yang dapat diregenerasi dari protoplas. Namun, sebanyak-banyaknya
DNA yang dapat dimasukkan secara efisien dengan menggunakan polietilenglikol,
metode ini tampaknya tidak menawarkan banyak keuntungan.
• Pemasukan DNA ke dalam protoplas dengan elektroporasi. Aplikasi sementara dari
voltasi elektrik tinggi melintasi membrane protoplas akan menghasilkan pori yang
vesar, melalui dimana DNA dalam membrane berdifusi secara spontan (Bab 4). Lagi, pendekatan ini tidak menawarkan keuntungan yang besar melebihi metode pertama
yang dijelaskan.
• Bombardemen sel - sel tanaman dengan mikroproyektil yang diselimuti DNA. Pelet
mikroskopik dilapisi dengan larutan DNA dan secara harfiah “ditembakkan” ke
dalam jaringan dan sel. Metode ini, kadang disebut biolistik, memiliki potensi besar
karena tidak melibatkan proses regenerasi sel dan jaringan yang seringkali merupakan
proses yang rumit di luar protoplas. Meskipun demikian, ada sejumlah kekurangan.
Keterbatasan yang paling penting adalah begitu rendahnya frekuensi pemasukan dan
integrasi DNA asing dengan sukses, yang berarti bahwa seseorang harus meneliti
sejumlah besar sel-sel keturunan untuk menemukan hasil yang memperoleh gen baru.
Tidak satupun dari semua metode ini memperoleh efisiensi dan ketahanan uji dari metode
transfer gen dimediasi Agrobacterium yang digunakan pada tanaman dikotil. Meskipun demikian,
7/31/2019 interaksi-mikroba-tanaman.doc
http://slidepdf.com/reader/full/interaksi-mikroba-tanamandoc 25/27
kita tahu bahwa pemsukan secara langsung dari DNA asing ke dalam sel dan protoplas tanaman
berakibat pada integrasi DNA ke dalam genom tanaman, kadang dengan efisiensi yang tingginya
masuk akal, bahkan walaupun sel-sel tanaman tidak dipenuhi dengan sistem eksogen yang spesifik
untuk mengkatalisasi reaksi integrasi. Metode-metode ini, khususnya pemasukan langsung DNA
ke dalam protoplas dengan polietilenglikol atau dengan elektroporasi, telah digunakan dengan
sukses untuk memproduksi tanaman transgenik pada monokotil yang penting secara ekonomi
seperti padi, gandung dan jagung.
Ringkasan
Banyak spesies mikroorganisme berinteraksi dengan tanaman baik sebagai simbion maupun
patogen, dan ilmuwan telah mengambil keuntungan dari hubungan dekat ini dalam usahanya untuk
mengembangkan produksi pertanian melalui bioteknologi. Sebagai contoh, bakteri patogen
tanaman, dinonaktifkan melalui delesi gen-gen yang esensial untuk pathogenesis yang disengaja
(seperti gen nukleasi es) telah digunakan dengan sukses sebagai kompetitor melawan patogen
alami. Usaha serupa sedang dilakukan untuk meningkatkan sifat – seperti, cakupan sel inang – dari
simbion bermanfaatseperti bakteri fiksasi nitrogen. Pada sebagian besar kasus, bagaimanapun juga,
fokus pengembangan adalah konstitusi genetik dari tanaman yang diberikan – yaitu, produksi
tanaman transgenik. Tapi bahkan kasus-kasus ini telah mengeksploitasi kapasitas alami patogen
tanaman Agrobacterium tumefaciens untuk memasukkan sebagian plasmid DNA, T-DNAnya, ke
dalam sel tanaman. Pemasukan gen-gen eksogen dari tanaman atau mikroorganisme lainnya
dengan cara ini telah mengakibatkan produksi tanaman yang tahan terhadap herbisida, pestisida
serangga, atau virus. Mungkin bahkan strategi lainnya yang signifikan dalam studi adalah untuk
mengembangkan kualitas produk pertanian melalui manipulasi gen-gen tanaman endogen. Buah
dan sayuran dengan ketahanan penyimpanan yang dikembangkan dan bunga dengan warna yang
baru dan tak terduga telah diproduksi dengan sukses. Bahkan produksi protein pangan dengan nilai
nutrisi yang lebih tinggi, atau hasil panen yang lebih banyak, yang mungkin diluar jangkauan.
Pemahaman yang lebih baik atas pengaturan gen tanaman, bagaimanapun juga, tampaknya
diperlukan sebelum tujuan-tujuan ini dapat diraih.
Daftar Pustaka yang Dipilih
7/31/2019 interaksi-mikroba-tanaman.doc
http://slidepdf.com/reader/full/interaksi-mikroba-tanamandoc 26/27
Umum
Grierson, D. (ed.), 1991. Plant Genetic Engineering . Chapman dan Hall.
Penggunaan Mikroorganisme Simbiotik
Lindow, S.E., Panopoulos, N.J., dan McFarland, B.L., 1989. Genetic engineering of bacteria from
managed and natural habitats. Science. 144:1300-1305.
Stacey, G., Burris, R.H., dan Evans, H.J. (eds.), 1992. Nitrogen Fixation. Chapman dan Hall.
Long, S.R., 1989. Rhizobium-legume nodulation: Life together in the underground. Cell 56:203-
214.
Martinez, E., Romero, D., dan Palacios, R., 1990. The Rhizobium genome. CRC Crit. Rev. Plant
Sci. 9:59-93.
Paau, A.S., 1991. Improvement of Rhizobium inoculants by mutation, genetic engineering and
formulation. Biotechnol . Adv. 9:173-181.
Quispel, A., 1991. A critical evaluation of the prospects for nitrogen fixation with non-legumes.
Plants Soil 137:1-11.
Sistem Ti Agrobacterium
Zambryski, P., Tempe, J., dan Schell., 1989. Transfer and function of T-DNA genes from
Agrobacterium Ti and Ri Plasmids in plants. Cells 56:193-201.
Jin, S.G., Prusti, R.K., Roitsch, T., Ankenbauer, R.G., and Nester, E.W., 1990.
Photophosporylation of the VirG protein of Agrobacterium tumefaciens by the
autophosphorilated VirA protein: Essential role in biological activity of VirG. J. Bacteriol .
172:4945-50.
Shimoda, N., et al., 1990. Control of expression of Agrobacterium vir genes by synergistic actions
of phenolic signal molecules and monosaccharides. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 87:6684-6688.
Cangelosi, G.A., Ankenbauer, R.G., dan Nester, E.W. 1990. Sugars induce the Agrobacterium
virulence genes through a periplasmic binding protein and a transmembrane signal protein.
Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 87:6708-12.
Zambryski, P.C., 1992. Chronicles from the Agrobacterium-plant cell DNA transfer story. Ann.
Rev. Plant Physiol. Plant Mol. Biol. 43:465-490.
7/31/2019 interaksi-mikroba-tanaman.doc
http://slidepdf.com/reader/full/interaksi-mikroba-tanamandoc 27/27
Produksi Tanaman Transgenik dengan Pengubahan Melalui Agrobacterium
Gasser, C.S., dan Fraley, R.T., 1989. Genetically engineered plants for crop improvement. Science
244:1293-1299.
Oxtoby, E., dan Hughes, M.A., 1990. Engineering herbicide tolerance into crops. Tr. Biotechnol .
8:61-65.
Barton, K.A., Whiteley, H.R., dan Yang, N.-S., 1987. Bacillus thuringiensis delta-endotoxin
expressed in transgenic Nicotiana tabacum provides resistance to lepidopteran insects. Plant
Physiol . 85:1103-1109.
Register, J.C., Lawton, M.A., Dron, M., dan Dixon, R.A., 1989. Signals and transduction
mechanism for activation of plant defenses against microbial attack. Cell 56:215-224.
Raineri, D.M., Bottino, P., Gordon, M.P., dan Nester, E.W., 1990. Agrobacterium-mediated
transformation of rice (Oryza sativa L.). Bio/Technology. 11:895-902.
Tucker, G.A., 1990. Genetic manipulation of fruit ripening plants for altered starch content and
composition. Tr. Biotechnol . 11:63-68.
Beck, C.I., dan Ulrich, T., 1993. Biotechnology in the food industry. Bio/Technology 11:895-902.
Goldsbrough, A.P., Lastrella, C.N., dan Yoder, J.L., 1993. Transposition mediated re-positioning
and subsequent elimination of marker genes from transgenic tomato. Bio/Technology 11:1286-
1292.
Transformasi Sel Tanaman dengan Pemasukan DNA Langsung
Potrykus, I., 1990. Gene transfer to cereals: An assessment. Bio/Technology 8:535-542.
Oard, J.H., 1991. Physical methods for the transformation of plant cells. Biotech. Adv. 9:1-11.