klasifikasi mikroba
DESCRIPTION
biologiTRANSCRIPT
Klasifikasi Mikroorganisme
Pertemuan ke-2 Mikrobiologi Pertanian(AET 209)
Taksonomi
Ilmu yang mempelajari klasifikasi mikroorganisme Untuk menunjukkan hubungan di antara mikroorganisme cara untuk memperoleh identifikasi universal dari satu organisme Mengapa kita harus perduli kalau mereka saling berhubungan?
Taksonomi berkaitan dengan:
Klasifikasi
Penamaan (Nomenclature)
Identifikasi
Q & A • Pneumocystis jirovecii awalnya diidentifikasi
sebagai protozoa hingga analisa DNA
menunjukkannya sebagai jamur.
• Mengapa sangat penting
mengklasifikasikan suatu organisme?
Dari lebih 2600 spesies yang telah diidentifikasi
• Hanya lebih kurang 250 atau 10% yang merupakan patogen
KLASIFIKASI
Klasifikasi:
Pembagian sistematika dari suatu organisme menjadi taksa tertentu berdasarkan karakteristik yang sama
Klasifikasi secara konvensionalKarakteristik utama yang digunakan adalah:
• Bentuk sel • Ukuran sel• Morfologi koloni• Karakteristik ultrastruktur • Kebiasaan pewarnaan• Mekanisme pergerakan• Isi sel• Sumber karbon & nitrogen
• Bahan penyusun dinding sel• Sumber energi • Hasil Fermentasi• Suhu pertumbuhan optimum
& kisarannya• Toleransi osmosis • Hubungan oksigen • pH optimum & kisaran
pertumbuhan• Sensitivitas terhadap
metabolic inhibitors & antibiotics
Klasifikasi Phylogeny
Menunjukkan hubungan evolusioner dan sejarah di antara organisme
Beberapa diperoleh dari data fosil
Hanya mungkin dengan menggunakan teknik molekuler:
- Genetic Homology:Base composition (GC ratio)Nucleic acid hybridisation. Ribosomal RNA (rRNA) sequence analysisProtein profiles and amino acid sequences
Hierarchy
Klasifikasi Intraspecies
Biotypes Biochemical properties.
SerotypesAntigenic features.
Phage Types Bacteriophage susceptibility.
Colicin TypesProduction of bacteriocins.
Defenisi “Spesies”
Spesies
Taksonomi dari unit dasar, yang mewakili jenis organisme yang spesifik dan dikenali
Bagi organisme yang bereproduksi secara seksual, definisi dasar dari spesies adalah yang mampu bereproduksi secara sesuai.
Definisi ini banyak yang gagal bagi banyak spesies mikroba (termsuk bakteri), karena mereka tidak bereproduksi secara seksual.
Defenisi “Spesies”
“Spesies” di dalam mikrobiologi:
- Koleksi strain mikroba yang berbagi banyak properti dan berbeda secara nyata dari grup strain lainnya.
- Spesies diidentifikasi dengan membandingkan dengan “type strains” yang telah diketahui.
“type strain” adalah kultur murni yang telah dikarakterisasi dengan baik,sebagai referensi untuk identifikasi yang belum diketahui.
- Ada beberapa koleksi dari type strain; Contoh. American Type Culture Collection (ATCC), Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH (DSMZ)
The Three-Domain System
The Three-Domain System
Asal Usul Eukaryota oleh Proses Endosimbiosis
Asal Usul Eukaryota oleh Proses Endosimbiosis
• Asal usul sel eukaryota yang pertama telah menjadi perdebatan
• Eukaryota modern memiliki DNA di dalam nukleus (inti sel), mitokondria and chloroplasts
• Menganalisa properti DNA ini and prokaryota modern• Baik Bakteri maupun Archaea saling berkontribusi nyata satu
dan lainnya – Hubunga Symbiosis – 2 spesies hidup dengan
bersentuhan secara langsung – Endosimbiosis – satu organisme hidup di dalam
organisme lain • Data mendukung teori ini
Bakteri Archaea
Prokaryota Memiliki dinding sel
peptidoglycan Binary fission Menggunakan bahan
kimia organik/inorganik atau fotosintesis untuk memperoleh energi
Prokayota Tidak memiliki
peptidoglycan Hidup pada lingkungan
yang ekstrim Termasuk:
- Methanogens
- Extreme halophiles
- Extreme thermophiles
Jenis-Jenis EukaryotaProtozoa Algae
• Eukaryota bersel tunggal• Menyerap bahan kimia
organik • Dapat pindah
menggunakan pseudopods, cilia atau flagella
• Cth. Amoeba
• Eukaryote bersel tunggal/banyak
• Memiliki dinding sel bersellulosa
• Mendapatkan energi melalui fotosintesis
• Menghasilkan bahan molekuler and organik
Jamur Eukaryota Dinding sel mengandung chitin Menggunakan bahan kimia organik untuk menghasilkan energi Lumut dan jamur adalah multiselluler, mengandung miselia (yang terdiri dari benang-benang yang disebut hifa) Yeasts adalah bersel tunggal (unicellular)
Klasifikasi virus?
• Tidak ditempatkan di Domain atau Kingdom
• Kenapa?
• Spesies biasanya suatu populasi virus dengan karakteristik yang sama yang menempati suatu niche ekologi yang tertentu
Nomenclature
Nomenclature
Penamaan ilmiah dari suatu mikroorganisme Diatur oleh Peraturan Internasional (The International Code of Nomenclature of Prokaryotes). Species/genus baru divalidasi dan dipublikasi di The International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (former: The International Journal of Bacteriology)
Peraturan untuk Penamaan Mikroorganisme
Hanya ada 1 nama yang benar untuk 1 organisme
Nama yang menyebabkan kesalahan harus ditolak
Semua nama harus ditulis dalam huruf Latin
- Kata pertama (Genus) selalu ditulis dengan huruf besar
- Kata kedua (Species) tidak ditulis dengan huruf besar
- Nama genus dan species Species, ditulis dengan
digarisbawahi atau dicetak miring
- Nama yang benar dari satu species atau taksa yang lebih
tinggi harus ditentukan oleh publikasi yang sah, dan
dan nanya harus sesuai dengan peraturan penamaan
Nama Ilmiah
Mungkin merupakan suatu penghargaan bagi seorang ilmuwan
Asal usul dalam bahasa Latin
Contoh. Escherichia coli (E. coli)
- penemu: Theodor Escherich
- menjelaskan tempat hidupnya (habitat) (colon/intestine)
Contoh. Staphylococcus aureus (S. aureus)- Clustered (staphylo), spherical (cocci)- Gold colored colonies (aureus)
Contoh. Ralstonia solanacearum (R. solanacearum)
- penemu : Ericka Ralston
- menginfeksi tanaman famili Solanaceae
Nomenclature
Nama umum/nama deskriptif :
Nama-nama mikroorganisme mungkin umum digunakan, tapi bukan nama secara taksonomiContoh:
• Tubercle bacillus / disease = tuberculosis (Mycobacterium tuberculosis)
• Meningococcus/ disease = meningitis
(Neiserria meningitidis)
• Group A streptococcus (Streptococcus pyogenes)
Identifikasi
Bergey's Manual- Metode untuk membedakan dan
mengidentifikasi bakteri yang disusun dalam Bergey's Manual of Determinative Bacteriology
- Bergey's Manual of Systematic BacteriologyMenyediakan penjelasan mengenai karakteristik fisik
dan kimia dan sistem identifikasi dari bakteri yang penting
• Morphological characteristics• Presence of various enzymes• Serological tests• Phage typing• Fatty acid profiles• DNA finger printing• Sequence of ribosomal RNA• Is still very difficult
Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology
Metode Identification• Morphological characteristics: Useful for identifying eukaryotes
• Differential staining: Gram staining, acid-fast staining
• Biochemical tests: Determines presence of bacterial enzymes A dichotomous key
Contoh Identifikasi Bakteri dengan MenggunakanMetode Klasik Mikrobiologi
Contoh Tes Biokimia untuk Identifikasi Bakteri
Contoh Tes Biokimia untuk Identifikasi Bakteri
Design a rapid test for
a Staphylococcus aureus
Serology (ilmu yang mempelajari tentang serum dan respon imun nya)
Combine known antiserum + unknown bacteriumSlide agglutinationELISAWestern blotSouthern Blot DNA chip
Phage Typing
Menentukan kepekaan suatu strain terhadap phage atau virus bakteri tertentu
DNA Fingerprinting
Terima Kasih