analisis keragaman genetik delapan aksesi sorgum …eprints.umm.ac.id/39559/1/pendahuluan.pdf ·...

ANALISIS KERAGAMAN GENETIK

DELAPAN AKSESI SORGUM (Sorghum bicolor (L.) Moench)

DAERAH JAWA TIMUR MENGGUNAKAN PENANDA RAPD

SKRIPSI

Diajukan untuk Memenuhi Sebagian Persyaratan

Mencapai Derajat Sarjana S-1

Jurusan Agronomi

Diajukan Oleh:

Dian Abdillah

NIM. 201310200311070

PROGRAM STUDI AGROTEKNOLOGI

JURUSAN AGRONOMI

FAKULTAS PERTANIAN-PETERNAKAN

UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH MALANG

2018

HALAMAN PERSETUJUAN




Oleh:

DIAN ABDILLAH

NIM: 201310200311070

Disetujui oleh:

Pembimbing Utama Tanggal 1 Februari 2018

Dr. Ir. Agus Zainudin, M.P.

NIP. 10591090238

Pembimbing Pendamping Tanggal 1 Februari 2018

Dr. Ir. Maftuchah, M.P.

NIP. 196803121992121002

Malang, 23 Februari 2018

Menyetujui:

An. Dekan,

Wakil Dekan I, Ketua Jurusan,

Dr. Ir. Aris Winaya, M.M, M.Si. Dr. Ir. Ali Ikhwan, M.P.

NIP. 196405141990031002 NIP. 196410201991011001

SKRIPSI




Oleh:

DIAN ABDILLAH

NIM: 201310200311070

Disusun berdasarkan Surat Keputusan Dekan

Fakultas Pertanian Peternakan Universitas Muhammadiyah Malang

Nomor: E.6.I/186.a/FPP-UMM/II/2018 dan rekomendasi Komisi Skripsi

Fakultas Pertanian Peternakan UMM pada tanggal: 7 Februari 2018

dan keputusan Ujian Sidang yang dilaksanakan pada tanggal 1 Februari 2018

Dewan Penguji:

Dr. Ir. Agus Zainudin, M.P. Dr. Ir. Maftuchah, M.P.

Ketua/Pembimbing Utama Anggota/Pembimbing Pendamping

Dr. Ir. Ali Ikhwan, M.P. Dr. Ir. Fatimah Nursandi, M.Si.

Anggota Anggota

Malang, 23 Februari 2018

Mengesahkan:

Dekan, Ketua Jurusan,

Dr. Ir. David Hermawan, M.P., IPM. Dr. Ir. Ali Ikhwan, M.P.

NIP. 19640526199003 NIP. 196410201991011001

SURAT PERNYATAAN

Saya yang bertanda tangan di bawah ini:

Nama : Dian Abdillah

NIM : 201310200311070

Jurusan/Prodi : Agronomi/Agroteknologi

Fakultas : Pertanian Peternakan

Menyatakan bahwa karya ilmiah yang berjudul: “Analisis Keragaman Genetik

Delapan Aksesi Sorgum (Sorghum bicolor (L.) Moench) Daerah Jawa Timur

Menggunakan Penanda RAPD” adalah bukan karya orang lain, baik sebagian

maupun keseluruhan kecuali dalam bentuk kutipan yang diacu dalam naskah ini

dan telah disebut sumbernya.

Demikian pernyataan ini saya buat dengan sebenar-benarnya dan apabila

pernyataan ini tidak benar maka saya bersedia mendapatkan sanksi akademik.

Malang, 30 Januari 2018

Mengetahui, Yang Menyatakan,

Pembimbing Utama,

Dr. Ir. Agus Zainudin, M.P. Dian Abdillah

RIWAYAT HIDUP

Dian Abdillah, dilahirkan di desa Tulaan, Gunung Meriah,

Aceh Singkil pada 16 Agustus 1995 sebagai anak ketiga

dari tiga bersaudara. Penulis lahir dari orang tua Suratman

(Alm.) dan Evi Susanti. Menyelesaikan pendidikan dasar di

kompleks pendidikan Muhammadiyah Gunung Meriah

pada tahun 2007, penulis melanjutkan pendidikan tingkat

menengah pertama di SMPN 1 Gunung Meriah dan pada

tahun 2013 selesai menempuh pendidikan sekolah menengah atas jurusan IPA di

SMAN 1 Gunung Meriah. Selama duduk di bangku sekolah menengah atas, penulis

aktif di berbagai organisasi di antaranya Organisasi Siswa Intra Sekolah (OSIS)

sebagai Ketua Bidang Kerohanian, ekskul Kerohanian Islam (ROHIS) sebagai

Ketua Umum, Kelompok Ilmiah Remaja (KIR), English Club, Paduan Suara

Sekolah, Ikatan Pelajar Muhammadiyah (IPM), dan Forum Rohis Aceh Singkil

(FORIS) sebagai Ketua Umum dan salah satu pendiri organisasi tersebut. Meskipun

mengikuti berbagai kegiatan organisasi, penulis tetap berusaha menjaga prestasi

akademik sehingga dua kali terpilih menjadi juara umum akademik se SMAN 1

Gunung Meriah pada kelas X dan tiga besar siswa terbaik di kelas XII. Selain itu

penulis juga mengikuti Olimpiade Geografi dan Bahasa Inggris serta lomba Cerdas

Cermat Empat Pilar MPR Provinsi Aceh pada tahun 2011.

Kecintaan penulis terhadap ilmu alam dan dunia agrikultur menuntun

penulis memilih melanjutkan pendidikan di Program Studi Agroteknologi, Jurusan

Agronomi, Fakultas Pertanian Peternakan Universitas Muhammadiyah Malang

pada tahun 2013. Semasa perkuliahan penulis aktif di UKM Kerohanian Jamaah

AR. Fachruddin UMM serta Himpunan Mahasiswa Jurusan Agronomi Tahun 2014-

2015 dan bertanggung jawab di Divisi Iptek. Selain itu, penulis juga aktif sebagai

asisten praktikum Dasar-Dasar Agronomi dan Pengenalan Jasad Pengganggu

Tanaman di Laboratorium Agronomi UMM. Penulis pernah lolos pendanaan Dikti

dalam penulisan Program Kreativitas Mahasiswa (PKM) bidang Penelitian-Eksakta

pada tahun 2014 dengan judul “Pengaruh Teknik Pematahan Dormansi dengan

Vernalisasi dan Perendaman Giberelin Terhadap Pembungaan Subang Gladiol

(Gladiolus hybridus L.)”.

Bacalah dengan menyebut nama Tuhanmu,

Dia telah menciptakan manusia dari segumpal darah.

Bacalah, dan Tuhanmulah Yang Maha Pemurah,

Yang mengajar manusia dengan perantaraan kalam,

Dia mengajarkan manusia apa yang tidak diketahuinya.

[QS. Al-‘Alaq: 1-5]

O Ever Living One, O Eternal One, by Your mercy I call on You

to set right all my affairs. Do not place me in charge of my

soul even for the blinking of an eye

[Shahih Al-Hakim 1/545]

رب إنه صلتى ونسكى ومحياى ومماتى لله

لمين ٱلع

i

KATA PENGANTAR

Puji syukur ke hadirat Allah SWT, atas berkat rahmat dan karunia-Nya

penulis dapat menyelesaikan penelitian hingga penyusunan laporan skripsi tepat

pada waktunya tanpa halangan yang berarti. Penelitian yang dilakukan membahas

mengenai “Analisis Keragaman Genetik Delapan Aksesi Sorgum (Sorghum bicolor

(L.) Moench) Daerah Jawa Timur Menggunakan Penanda RAPD”. Laporan ini

disusun untuk memenuhi persyaratan kelengkapan tugas skripsi Strata Satu (S1)

pada Program Studi Agroteknologi Jurusan Agronomi Fakultas Pertanian-

Peternakan Universitas Muhammadiyah Malang.

Penelitian dan penulisan laporan skripsi ini tidak terlepas dari berbagai

bimbingan dan arahan, bantuan, serta motivasi dari berbagai pihak. Oleh karena itu,

penulis ingin menyampaikan rasa terima kasih sebanyak-banyaknya kepada seluruh

pihak yang telah terlibat. Secara khusus penulis menyampaikan rasa hormat dan

terima kasih kepada:

1. Bapak Dr. Ir. Agus Zainudin, M.P., selaku pembimbing utama yang telah

meluangkan waktunya untuk memberikan arahan serta bimbingan selama

penelitian hingga penulisan laporan ini.

2. Ibu Dr. Ir. Maftuchah, M.P., selaku pembimbing pendamping yang juga

telah memberikan berbagai bimbingan dan arahan kepada penulis.

3. Ibu Sulistyawati, yang telah memberikan banyak bantuan dan wawasan

mengenai penelitian yang dilakukan oleh penulis.

4. Bapak Kholis M., yang telah membantu dan memberi arahan dalam

berbagai kegiatan di Laboratorium.

5. Serta semua pihak yang telah membantu dan tidak dapat saya sebutkan satu-

persatu.

Penulis menyadari bahwa laporan penelitian ini masih terdapat banyak

kekurangan, oleh karena itu penulis menerima segala kritik dan saran yang

membangun dari semua pihak. Pada akhirnya, semoga tulisan ini dapat bermanfaat

bagi penulis dan pembaca serta dapat menjadi sumbangsih bagi ilmu pengetahuan.

Malang, Januari 2018

Penulis

ii

DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR ....................................................................................... i

DAFTAR ISI ...................................................................................................... ii

DAFTAR TABEL ............................................................................................. iv

DAFTAR GAMBAR ......................................................................................... v

DAFTAR LAMPIRAN ..................................................................................... vii

RINGKASAN .................................................................................................... viii

SUMMARY ....................................................................................................... ix

I. PENDAHULUAN .......................................................................................... 1

1.1 Latar Belakang ........................................................................................ 1

1.2 Rumusan Masalah ................................................................................... 4

1.3 Tujuan Penelitian ..................................................................................... 4

1.4 Hipotesis .................................................................................................. 5

1.5 Manfaat .................................................................................................... 5

II. TINJAUAN PUSTAKA ............................................................................... 6

2.1 Taksonomi Tanaman Sorgum ................................................................. 6

2.2 Morfologi Sorgum ................................................................................... 9

2.3 Kandungan Nutrisi Sorgum ..................................................................... 12

2.4 Studi Keragaman Genetik Sorgum .......................................................... 14

2.5 Kekerabatan dan Variasi Genetik Tanaman Berdasarkan Penanda

RAPD ...................................................................................................... 18

III. METODE PENELITIAN .......................................................................... 23

3.1 Tempat dan Waktu .................................................................................. 23

3.2 Bahan dan Alat ........................................................................................ 23

3.3 Pelaksanaan Penelitian ............................................................................ 24

3.3.1 Penanaman Sampel ........................................................................ 25

3.3.2 Pengambilan Sampel untuk Isolasi DNA ...................................... 25

3.3.3 Isolasi DNA ................................................................................... 26

3.3.4 Analisis Kemurnian dan Konsentrasi Isolat DNA ......................... 29

3.3.5 Visualisasi DNA dengan Elektroforesis Gel Agarose ................... 30

3.3.6 Analisis DNA dengan PCR-RAPD ................................................ 31

3.4 Variabel Pengamatan ............................................................................... 33

3.5 Analisis Data ........................................................................................... 34

IV. HASIL DAN PEMBAHASAN ................................................................... 36

4.1 Hasil ........................................................................................................ 36

iii

4.1.1 Analisis Kualitatif DNA ................................................................ 36

4.1.2 Analisis Kuantitatif DNA .............................................................. 38

4.1.3 Analisis DNA dengan PCR-RAPD ................................................ 39

4.1.4 Analisis Keragaman Genetik Sorgum Berdasarkan RAPD ........... 47

4.2 Pembahasan ............................................................................................. 49

4.2.1 Kualitas Hasil Isolasi DNA Delapan Aksesi Sorgum .................... 49

4.2.2 Kemurnian dan Konsentrasi DNA Hasil Isolasi ............................ 52

4.2.3 Analisis DNA Delapan Aksesi Sorgum Berdasarkan Hasil PCR-

RAPD ............................................................................................. 54

4.2.4 Keragaman Delapan Aksesi Sorgum Daerah Jawa Timur

Berdasarkan RAPD ........................................................................ 58

V. KESIMPULAN DAN SARAN .................................................................... 62

5.1 Kesimpulan .............................................................................................. 62

5.2 Saran ........................................................................................................ 62

DAFTAR PUSTAKA ........................................................................................ 63

LAMPIRAN ....................................................................................................... 69

iv

DAFTAR TABEL

Nomor Teks Halaman

Perbandingan nutrisi sorgum biji dengan beberapa tanaman sereal lain ..... 13

Keuntungan komparatif sorgum manis terhadap tebu dan jagung ............... 13

Varietas sorgum yang dilepas di Indonesia.................................................. 16

Koleksi plasma nutfah sorgum oleh Balitsereal, Maros, tahun 2010-2012 . 17

Aksesi sorgum yang digunakan dalam penelitian ........................................ 23

Komposisi larutan bufer 1 ............................................................................ 26

Komposisi larutan bufer 2 ............................................................................ 27

Komponen reaksi PCR ................................................................................. 31

Penentuan suhu dan waktu yang digunakan dalam reaksi PCR................... 32

Jenis dan urutan basa dari 11 primer RAPD yang diseleksi ........................ 32

Hasil pengukuran kemurnian dan konsentrasi DNA sampel hasil isolasi ... 38

Tingkat polimorfisme DNA sorgum berdasarkan primer RAPD yang

diujikan ........................................................................................................ 46

Nilai kemiripan 8 aksesi sorgum daerah Jawa Timur berdasarkan

gabungan lima primer RAPD (dalam persen) .............................................. 48

Data biner delapan aksesi sorgum berdasarkan primer OPA 02 .................. 72





v

DAFTAR GAMBAR

Nomor Teks Halaman

1. Panikel dan spikelet dari lima ras sorgum: (1) bicolor; (2) caudatum; (3)

durra; (4) guinea; (5) kafir (Sumber: Kumar, 2016). ................................... 8

2. Bentuk-bentuk malai sorgum (Sumber: Andriani dan Isnaini, 2013). ......... 11

3. Visualisasi elektroforesis hasil isolasi DNA 8 aksesi sorgum. .................... 37

4. Hasil amplifikasi DNA dengan menggunakan primer OPA 02:

(a) visualisasi dengan elektroforesis gel agarose; (b) Zymogram hasil

amplifikasi menggunakan software GelAnalyzer 2010. .............................. 40













9. Dendogram tingkat kemiripan delapan aksesi sorgum daerah Jawa Timur

berdasarkan koefisien Dice menggunakan data biner dari gabungan lima

primer RAPD. .............................................................................................. 47

10. Aplikasi GelAnalyzer 2010. ......................................................................... 74

11. Tampilan baris menu GelAnalyzer 2010 ..................................................... 74

12. Jendela direktori pemilihan file yang akan dianalisis .................................. 74

13. Tampilan jendela analisis gel ....................................................................... 75

14. Baris marker yang akan dikalibrasi. ............................................................. 75

15. Tampilan kurva berdasarkan intensitas pita pada gel. ................................. 76

16. Baris marker yang telah dikalibrasi. ............................................................ 76

17. Pita amplikon yang telah dianalisis dengan GelAalyzer 2010 ..................... 77

18. Jendela direktori penyimpanan hasil analisis. .............................................. 77

19. Susunan data hasil scoring pita DNA hasil amplifikasi di Ms. Excel ......... 78

20. Jendela dialog “Save As” di Ms. Excel........................................................ 78

vi

21. Ikon aplikasi ntedit dari NTSYSpc 2.02 ...................................................... 79

22. Cara mengimport data biner dari Excel ke ntedit. ....................................... 79

23. Data biner yang berhasil diimport ke ntedit. ................................................ 79

24. Ikon aplikasi NTSYS. .................................................................................. 80

25. Tampilan operasional SimQual pada NTSYSpc .......................................... 80

26. Tampilan jendela menu clustering SAHN pada NTSYSpc 2.02 ................. 81

27. Jendela “Tree Plot” yang menampilkan hasil dendogram pengelompokan

pada NTSYSpc 2.02. .................................................................................... 81

28. Tampilan jendela menu “Plot Options”. ...................................................... 82

29. Tabel nilai kemiripan pada NTSYSpc 2.02. ................................................ 82

30. Benih delapan aksesi sorgum yang digunakan dalam penelitian: (a) aksesi

Pasuruan; (b) aksesi Sampang-1; (c) aksesi Sampang-2; (d) aksesi

Jombang; (e) aksesi Lamongan-1; (f) aksesi Lamongan-2; (g) aksesi

Tuban; dan (h) aksesi Tulungagung. ............................................................ 83

31. Pengambilan sampel daun sorgum untuk isolasi DNA: (a) lahan

penanaman sorgum; (b) pemotongan daun yang dipilih; (c) penyimpanan

daun pada kantung plastik bersegel; (d) penyimpanan sampel di coolbox. . 84

32. Kegiatan isolasi DNA: (a) beberapa alat untuk ekstraksi DNA; (b) bufer

isolasi DNA; (c) beberapa larutan untuk isolasi DNA; (d) tube sampel

kapasitas 1500 µl; (e) daun sorgum yang telah digerus; (f) inkubasi sampel

yang telah diberi bufer ekstraksi; (g) sentrifugasi sampel; (h) sampel yang

telah disentrifus. ........................................................................................... 85

33. Proses analisis DNA hasil isolasi: (a) elektroforesis gel agarose; (b)

visualisasi hasil elektroforesis dengan UV-Transilluminator; (c) analisis

kemurnian dan konsentrasi DNA dengan spektrofotometer; (d) analisis

dengan PCR-RAPD. .................................................................................... 85

vii

DAFTAR LAMPIRAN

Nomor Teks Halaman

1. Protokol Pembuatan Larutan Stok ............................................................... 69

2. Data Biner Delapan Aksesi Sorgum Jawa Timur Berdasarkan Primer

OPA 02, OPA 10, OPA 13, OPA 19, dan OPA 20 ...................................... 72

3. Protokol Perhitungan Berat Molekul Fragmen DNA Berdasarkan Jarak

Migrasi Menggunakan GelAnalyzer 2010 ................................................... 74

4. Protokol Analisis Data Biner Menggunakan Software NTSYSpc Versi

2.02 ............................................................................................................... 78

5. Dokumentasi Pelaksanaan Kegiatan Penelitian ........................................... 83

63

DAFTAR PUSTAKA

Abdellatif, K. F., dan H. M. AbouZeid. 2011. “Assessment of genetic diversity of

Mediterranean bread wheat using Randomly Amplified Polymorphic DNA

(RAPD) markers.” Journal of Genetic Engineering and Biotechnology 9:

157 –163.

Agisimanto, D., C. Martasari, dan A. Supriyanto. 2007. “ Perbedaan Primer RAPD

dan ISSR dalam identifikasi Hubungan Kekerabatan Genetik Jeruk Siam

(Citrus suhuniensis L. Tan) Indonesia.” Jurnal Hortikultura 17 (2): 101-

110.

Akhare, A. A., S. B. Sakhare, P. L. Kulwal, D. B. Dhumale, dan A. Kharkar. 2008.

“RAPD profile studies in sorghum for identification of hybrids and their

parents.” International Journal of Integrative Biology 3 (1): 18-24.

Andriani, A., dan M. Isnaini. 2013. “Morfologi dan Fase Pertumbuhan Sorgum.”

Dalam Sorgum: Inovasi Teknologi dan Pengembangan, oleh Kementerian

Pertanian Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian, disunting oleh

Sumarno, D. S. Damardjati, M. Syam dan Hermanto, 50-71. Jakarta:

IAARD Press.

Anggereini, E. 2008. “Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD), Suatu

Metode Analisis DNA Dalam Menjelaskan Berbagai Fenomena Biologi.”

Biospecies 1 (2): 73-76.

Applied Maths. 2018. Difference between Jaccard and Dice coefficient. Diakses 30

Januari, 2018. http://www.applied-maths.com/knowledge-base/difference-

between-jaccard-and-dice-coefficient

Azrai, M., S. Human, dan S. Sunarti. 2013. “Pembentukan Varietas Unggul Sorgum

untuk Pangan.” Dalam Sorgum: Inovasi Teknologi dan Pengembangan,

oleh Kementerian Pertanian Badan Penelitian dan Pengembangan

Pertanian, disunting oleh Sumarno, D. S. Damardjati, M. Syam dan

Hermanto, 110-141. Jakarta, IAARD Press.

Bafeel, S. O. 2015. “Genetic diversity among different physiological traits of

Sorghum bicolor cultivars of subtropical origin.” Genetics and Molecular

Research 14 (3): 9974-9984.

Bhagyawant, S. S. 2016. “RAPD-SCAR Markers: An Interface Tool for

Authentication of Traits.” Journal of Biosciences and Medicines 4: 1-9.

Bustamam, M., dan Mahrup. 2003. Panduan Pengoperasian Program Numerical

Taxonomy System (NTSYS-pc) Versi 1.8 dan WinBoot untuk Analisis

Klaster. Bogor: Balai Penelitian Bioteknologi dan Sumberdaya Genetk

Pertanian.

Calderón-Cortés, N., M. Quesada, H. Cano-Camacho, dan G. Zavala-Páramo. 2010.

“A Simple and Rapid Method for DNA Isolation from Xylophagous

Insects.” International Journal of Molecular Sciences 11: 5056-5064.

Capriyati, R., Tohari, dan D. Kastono. 2014. “Pengaruh Jarak Tanam dalam

Tumpangsari Sorgum Manis (Sorghum bicolor L. Moench) dan Dua

64

Habitus Wijen (Sesamum indicum L.) Terhadap Pertumbuhan dan Hasil.”

Vegetalika 3 (3): 49-62.

Carsono, N., P. N. Lukman, F. Damayanti, U. Susanto, dan S. Sari. 2014.

“Identifikasi Polimorfis Marka-marka Molekuler Yang Diduga Berkaitan

Dengan Karakter Daya Hasil Tinggi Pada 30 Genotip Padi.” Chimica et

Natura Acta 2 (1): 91-95.

Carvalho, V. P., C. F. Ruas, J. M. Ferreira, R. M. P. Moreira, dan P. M. Ruas. 2004.

“Genetic diversity among maize (Zea mays L.) landraces assessed by RAPD

markers.” Genetics and Molecular Biology 27 (2): 228-236.

Dalvi, U. S., U. D. Chavan, dan J. V. Patil. 2012. “Varietal Identification of

Sorghum (Sorghum bicolor (L.) Monech) Cultivars by RAPD Markers.”

Indian J Agric Biochem 25 (1): 48-51.

Dharmayanti, N. L. P. I. 2011. "Filogenetika Molekuler: Metode Taksonomi

Organisme Berdasarkan Sejarah Evolusi". WARTAZOA 21 (1): 1-10.

Dyahrini, W., dan Gusni. 2016. “Potensi sorgum sebagai alternatif pangan

pengganti beras di Bandung Raya untuk meningkatkan kesejahteraan

masyarakat dalam rangka mendukung ketahanan pangan nasional.”

Conference on Management and Behavioral Studies. Jakarta. 371-382.

Grewal, A., A. Sharma, S. Pahuja, dan S. Khatak. 2013. “Dna extraction

optimization in Sorghum (Sorghum bicolor l. Moench) for marker analysis.”

World Journal of Pharmacy and Pharmaceutical Sciences 2 (6): 5046-5051.

Gusmiaty, M. Restu, dan I. Pontuluran. 2012. “Seleksi primer untuk analisis

keragaman genetik jenis Bitti (Vitex cofassus).” Jurnal Perennial 8 (1): 25-

29.

Hariprasanna, K., dan S. Rakshit. 2016. “Economic Importance of Sorghum.”

Dalam The Sorghum Genome, disunting oleh S. Rakshit dan Y. H. Wang,

1-25. Cham: Springer International Publishing.

Iqbal, A., B. Sadia, A. I. Khan, F. S. Awan, R. A. Kainth, dan H. A. Sadaqat. 2010.

“Biodiversity in the sorghum (Sorghum bicolor L. Moench) germplasm of

Pakistan.” Genetics and Molecular Research 9 (2): 756-764.

Iriany, R. N., dan A. T. Makkulawu. 2013. “Asal Usul dan Taksonomi Tanaman

Sorgum.” Dalam Sorgum: Inovasi Teknologi dan Pengembangan, oleh

Kementerian Pertanian Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian,

disunting oleh Sumarno, D. S. Damardjati, M. Syam dan Hermanto, 38-49.

Jakarta.

Irmawati. 2003. Perubahan Keragaman Genetik Ikan Kerapu Tikus Generasi

Pertama pada Stok Hatchery. Tesis, Bogor: Institut Pertanian Bogor.

Ishak, M., R. Sudirja, dan A. Ismail. 2012. “Zonasi kesesuaian lahan untuk

pengembangan tanaman sorgum manis (Sorgum bicolor (l) Moench) di

kabupaten Sumedang berdasar analisis geologi, penggunaan lahan, iklim,

dan topografi.” Bionatura-Jurnal Ilmu-ilmu Hayati dan Fisik 14 (3): 173 -

183.

65

Kawar, P. G., R. M. Devarumath, dan Y. Nerkar. 2009. “Use of RAPD markers for

assessment of genetic diversity in sugarcane cultivars.” 8: 67-71.

Krishna, R. B., S. R. R. Reddy, H. Javangula, D. Swapna, dan K. J. Reddy. 2012.

“An easy and simple method of isolation and purification of genomic DNA

from the leaves of Gymnema sylvestre-An anti-diabetic plant.”

International of Life Science & Pharma Research 2 (1): L15-L20.

Kumar, A. A. 2016. “Botany, Taxonomy and Breeding.” Dalam The Shorgum

Genome, disunting oleh S. Rakshit dan Y. H. Wang, 27-45. Cham: Springer

International Publishing.

Kumar, A. A., B. V. S. Reddy, H. C. Sarma, C. T. Hash, P. S. Rao, B. Ramaiah,

dan P. S. Reddy. 2011. “Recent Advances in Sorghum Genetic

Enhancement Research at ICRISAT.” American Journal of Plant Sciences

2: 589-600.

Kusumawati, A., N. E. Putri, dan I. Suliansyah. 2013. “Karakterisasi dan evaluasi

beberapa genotipe Sorgum (Sorghum bicolor L) di Sukarami Kabupaten

Solok.” Jurnal Agroteknologi 4 (1): 7-12.

Langga, I. F., M. Restu, dan T. Kuswinanti. 2012. “Optimalisasi suhu dan lama

inkubasi dalam ekstraksi tanaman Bitti (Vitex cofassus Reinw) serta analisis

keragaman genetik dengan teknik RAPD-PCR.” J. Sains & Teknologi 12

(3): 265 – 276.

Lekgari, A., dan I. Dweikat. 2014. “Assessment of Genetic Variability of 142 Sweet

Sorghum Germplasm of Diverse Origin with Molecular and Morphological

Markers.” Open Journal of Ecology 4: 371-393.

Li, J. J., G. L. Pei, H. X. Pang, A. Bilderbeck, S. S. Chen, dan S. H. Tao. 2006. “A

new method for RAPD primers selection based on primer bias in nucleotide

sequence data.” Journal of Biotechnology 126: 415–423.

Lin, J., X. C. Wang, Y. H. Chang, dan J. G. Fang. 2011. “Development of a novel

and efficient strategy for practical identification of Pyrus spp (Rosaceae)

cultivar using RAPD fingerprints.” Genetic and Molecular Research 10 (2):

932-942.

Maftuchah, dan A. Zainudin. 2006. “Pengembangan metode isolasi DNA genom

pada tanaman Jarak Pagar (Jatropha curcas L.).” Humanity 2 (1): 63-69.

Martin, V., P. Lenka, B. Zelmira, dan G. Zdenka. 2017. “Assessment of RAPD

Polymorphism in Maize (Zea mays L.) Genotypes.” Agrobiodiversity 514–

518.

Mofokeng, M. A., G. Watson, H. Shimelis, dan P. Tongoona. 2012. “Comparison

between random amplified polymorphic DNA (RAPD) and simple

sequence repeat (SSR) markers with high resolution melt analyses in genetic

variation analysis among selected sorghum genotypes.” African Journal of

Biotechnology 11 (102): 16697-16707.

Motlhaodi, T., M. Geleta, T. Bryngelsson, M. Fatih, S. Chite, dan R. Ortiz. 2014.

“Genetic diversity in ex-situ conserved sorghum accessions of Botswana as

66

estimated by microsatellite markers.” Australian Journal of Crop Science 8

(1): 35-43.

Nagaral, M. S., V. C. Patil, dan D. P. Biradar. 2009. “RAPD Based assessment of

genetic diversity in pop sorghum.” Karnataka J. Agric. Sci. 22 (2): 261-263.

Nasir, M. 2002. Bioteknologi: Potensi dan keberhasilannya dalam Bidang

Pertanian. Jakarta: Raja Grafindo Persada.

Nei, M., dan W. Li. 1979. “Mathematical model for studying genetic variation in

terms of restriction endonucleases.” Proc. Natl. Acad. Sct. 76 (10): 5269-

5273

Nugroho, K., R. T. Terryana, dan P. Lestari. 2015. “Optimasi Metode Isolasi DNA

pada Jatropha spp.” Jurnal Agroteknologi 5 (2): 15-22.

Pabendon, M. B., S. B. Santoso, dan N. Argosubekti. 2013. “Prospek Sorgum

Manis sebagai Bahan Baku Bioetanol.” Dalam Sorgum: Inovasi Tenknologi

dan Pengembangan, oleh Kementerian Pertanian Badan Penelitian dan

Pengembangan Pertanian, disunting oleh Sumarno, D. S. Damardjati, M.

Syam dan Hermanto, 138-152. Jakarta: IAARD Press.

Palan, B. V., A. A. Kale, B. D. Pawar, A. S. Jadhav, S. R. Gadakh, dan V. P.

Chimote. 2014. “Molecular Analysis of Cytoplasmic Male Sterile System

of Sorghum (Sorghum bicolour (L.) Moench) By RAPD and ISSR

Markers.” Vegetos 27 (2): 207-212.

Poespadarsono, S. 1998. Dasar-Dasar Pemuliaan Tanaman. Bogor: PAU Institut

Pertanian Bogor.

Porebski, S., L. G. Bailey, dan B. R. Baum. 1997. “Modification of a CTAB DNA

Extraction Protocol for Plants Containing High Polysaccharide and

Polyphenol Components.” Plant Molecular Biology Reporter 15 (1): 8-15.

Prakash, S. P. J., K. R. Biji, M. Gomez, K. G. Murthy, dan R. C. Babu. 2006.

“Genetic diversity analysis of sorghum (Sorghum bicolor L. Moench)

accessions using RAPD markers.” Indian J. Crop Science 1 (1-2): 109-112.

Rajput, C. B., S. P. Mehtre, D. N. Dames, dan B. P. Kadam. 2012. “Assessment of

genetic diversity of sorghum [Sorghum bicolor (L.) Moench] using SSR.”

Adv. Plant Sci 25 (1): 95-102.

Randriani, E., C. Tresniawati, dan Syafaruddin. 2012. “Pemanfaatan teknik random

amplified polymorphic dna (RAPD) untuk pengelompokan secara genetik

plasma nutfah jambu mete (Anacardium occidentale l.).” Buletin RISTRI 3

(1): 1-6.

Reddy, B. V. S., S. Ramesh, S. P. Reddy, A. A. Kumar, K. K. Sharma, K. S. M.

Chetty, dan A. R. Palaniswamy. 2006. “Sweet sorghum: food, feed, fodder

and fuel crop.” The International Crops Research Institute for the SemiArid

Tropics (ICRISAT). Patancheru, Andhra-Pradesh, India. 8.

Reddy, D. C., S. Audilakshmi, R. Madhusudhana, dan N. Seetharama. 2012.

“Comparative analysis of genetic similarity among sorghum (Sorghum

bicolor (L.) Moench) lines as revealed by morphological and molecular

markers.” Plant Genet. Resour 10 (1): 49-58.

67

Rismunandar. 2006. Sorgum Tanaman Serba Guna. Bandung: Sinar Baru.

Rohlf, F. J. 2000. NTSYSpc: Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis

System. New York: Applied Biostatistics Inc.

Ruwaida, I. P. 2009. Analisis keragaman dna tanaman durian sukun (Durio

zibethinus Murr.) Berdasarkan penanda RAPD. Tesis, Program Studi

Agronomi, Program Pascasarjana, Universitas Sebelas Maret, Surakarta:

Universitas Sebelas Maret.

Sambrook, J., E. F. Fritsch, dan T. Maniatis. 1989. Molecular Cloning: a

Laboratory Manual. New York: Cold Spring Harbour Laboratory Press.

Santoso, S. B., M. S. Pabbage, dan M. B. Pabendon. 2013. “Plasma Nutfah

Sorgum.” Dalam Sorgum: Inovasi Teknologi dan Pengembangan, oleh

Kementerian Pertanian Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian,

disunting oleh Sumarno, D. S. Damardjati, M. Syam dan Hermanto, 72-97.

Jakarta: IAARD Press.

Sathelly, K., R. Govindannagari, S. Pandey, S. K. Kompelli, Viasarada, dan T.

Kaul. 2014. “A Simple and Efficient Method for High Quality DNA

Extraction from Sweet Sorghum [Sorghum bicolor (L.) Moench].” Annals

of Plant Sciences 3 (7): 761-764.

Sembiring, H., dan N. A. Subekti. 2013. “Produsen Utama Sorgum Dunia.” Dalam

Sorgum: Inovasi Teknologi dan Pengembangan, 1-6. Jakarta: IAARD

Press.

Subagio, H., dan M. Aqil. 2014. “Perakitan dan Pengembangan Varietas Unggul

Sorgum untuk Pangan, Pakan, dan Bioenergi.” Iptek Tanaman Pangan 9

(1): 39-50.

Subagio, H., dan Suryawati. 2013. “Wilayah Penghasil dan Ragam Penggunaan

Sorgum di Indonesia.” Dalam Sorgum: Inovasi Teknologi dan

Pengembangan, oleh Kementerian Pertanian Badan Penelitian dan

Pengembangan Pertanian, disunting oleh Sumarno, D. S. Damardjati, M.

Syam dan Hermanto, 24-37. Jakarta: IAARD Press.

Sukartini. 2008. “Analisis Jarak Genetik dan Kekerabatan Aksesi-aksesi Pisang

berdasarkan Primer Random Amplified Polymorphic DNA.” J. Hort 18 (3):

261-266.

Susilowati, S. H., dan H. P. Saliem. 2013. “Perdagangan Sorgum di Pasar Dunia

dan Asia serta Prospek Pengembangannya di Indonesia.” Dalam Sorgum:

Inovasi Teknologi dan Pengembangan, oleh Kementerian Pertanian Badan

Penelitian dan Pengembangan Pertanian, disunting oleh Sumarno, D. S.

Damardjati, M. Syam dan Hermanto, 7-23. Jakarta: IAARD Press.

Tenda, E., M. Tulalo, dan Miftahorrachman. 2009. “Hubungan kekerabatan genetik

antar sembilan aksesi kelapa asal Provinsi Sulawesi Utara.” Jurnal Littri 15

(3): 139-144.

Teshale, E. T., S. Bansal, A. Mishra, Vijaipal, dan V. K. Khanna. 2003. “DNA

fingerprinting of wheat genotypes by RAPD markers.” Wheat Information

Service (96): 23-27.

68

USDA. 2017. Classification for Kingdom Plantae Down to Species Sorghum

bicolor (L.) Moench. Diakses 23 Desember, 2017.

https://plants.usda.gov/java/ClassificationServlet?source=display&classid

=SOBI2.

Waugh, R. 1997. “RAPD Analysis: Use for Genome Characterization, Tagging

Traits and Mapping.” Dalam Plant Molecular Biology-A Laboratory

Manual, oleh G. Kallen, C. K. Iddings dan M. Mizushima, 305-328. Berlin:

Springer.

Williams, J. G. K., A. R. Kubelik, K. J. Livak, J. A. Rafalski, dan S. V. Tingey.

1990. “DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as

genetic markers.” Nucleic Acids Res 18: 6531 -6535.

Zainudin, A., Maftuchah, C. Martasari, dan T. J Santoso. 2010. “Keragaman

genetik beberapa kultivar tanaman mangga berdasarkan penanda molekuler

Mikrosatelit.” Kongres Ketiga Komisi Daerah Sumber Daya Genetik 1-15.

analisis keragaman genetik delapan aksesi sorgum …eprints.umm.ac.id/39559/1/pendahuluan.pdf ·...

Documents