kolokium ajeng - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/achmad...

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

Kolokium Ajeng

Ajeng Siti Fatimah, Achmad Farajallah dan  Arif Wibowo. 2009.  Karakterisasi GenomMitokondria Gen 12SrRNA - COIII pada Ikan Belida Batik Anggota Famili Notopteridae. Kolokium disampaikan Tanggal 17 Desember 2009. DepartemenBiologi FMIPA IPB.

PENDAHULUANLatar Belakang

Ikan belida tergolong dalam Famili Notopteridae, genus Chitala dengan daerahpersebaran meliputi India, Pakistan, Bangladesh, Srilanka, Nepal, Thailand danIndonesia (Jawa, Sumatera dan Kalimantan).

Ikan belida memiliki nilai ekonomi yang tinggi karena dagingnya yang enak danpola sisiknya yang unik sehingga dimanfaatkan untuk konsumsi ataupun ikan hias,bahkan di Sumatera Selatan digunakan sebagai maskot dan pembuatan makanankhas lokal (Madang 1999). Secara umum populasi Chitala sp. di seluruh dunia terusmenurun khususnya di Sumatra Selatan penurunan populasi terutama diakibatkankerusakan habitat dan penangkapan langsung dari alam. Oleh karena itu, Conservation Assessment and Management Plan (CAMP) mengkategorikan Chitalasp. sebagai spesies langka (Sarkar et al. 2008). Pemerintah juga mengeluarkan SKMentan No.716/Kpts/UM/ 10/1980 dan PP 7/1999 yang menyatakan bahwa semuajenis ikan dari genus Notopterus merupakan ikan yang dilindungi. Salah satu upayauntuk melestarikan ikan belida ialah dengan mengumpulkan informasisebanyak-banyaknya baik informasi morfologi maupun genetik. Informasi genetikantara lain didapatkan dengan melakukan karakterisasi genom mitokondria sebagaidasar aplikasi lanjutan yang terkait dengan populasi belida.

Genom mitokondria hewan merupakan genom sitoplasmik yang diwariskan secaramaternal, dan tidak mengalami rekombinasi. Dengan begitu, keragaman yangditemukan pada genom mitokondria disebabkan oleh kejadian mutasi. Genommitokondria terdiri  atas 2  gen penyandi  rRNA, 22  tRNA, dan 13 protein yangterlibat dalam rangkaian rantai  respirasi selular, dan satu ruas yang berfungsisebagai pengontrol transkripsi yang dikenal sebagai dloop. Pada saat ini, genommitokondria sangat populer dijadikan sebagai penanda molekular untukmempelajari berbagai fenomena populasi hewan, baik analisis intraspesies maupuninterspesies.

page 1 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

Tujuan

Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi runutan nukleotida genommitokondria gen 12SrRNA-COIII pada ikan belida batik anggota Famili Notopteridae.

Waktu dan Tempat

Penelitian akan dilaksanakan pada bulan Februari-Agustus 2010 di LaboratoriumZoologi Departemen Biologi, FMIPA, IPB.

BAHAN DAN METODE

Alat dan Bahan

Alat-alat yang akan digunakan ialah Thermocycler TaKaRa MP4, Genomic DNA minikit for fresh blood (Geneaid), PCR kit, dan beberapa labware.

Metode

Ekstraksi dan Isolasi DNA. Isolasi DNA akan dilakukan menggunakan GenomicDNA mini kit for blood (Geneaid) yang dimodifikasi. Sel-sel darah ikan belida yangdisimpan dalam alkohol 70% dicuci dengan air destilata dua kali kemudiandisuspensukan dalam bufer STE (NaCl 1M, Tris-HCL 10mM, EDTA 0.1mM, pH 8)hingga volume 350µl. Sel sel darah dilisis dengan SDS 1% dan proteinase K 0.125mg/ml pada suhu 55oC selama 1 jam sambil dikocok pelan. Metode ekstraksi DNAselanjutnya mengikuti petunjuk Genomic DNA mini kit for fresh blood(Geneaid).

Amplifikasi dan Visualisasi Fragmen DNA. Amplifikasi genom mitokondria akanmenggunakan primer yang didesain menggunakan Primer 3 (http://frodo.wi.mit.edu/primer3/). Primer  akan dilekatkan ke bagian yang paling

page 2 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

conserved dari hasil pensejajaran genom mitokondria dari 7 spesies anggotaNotopteridae yang ada di GeneBank (www.ncbi.nlm.nih.gov) (Tabel), pada ruasantara gen 12SrRNA sampai ke COIII dengan opsi: product size: 7000-9000, primersize: min 20 – opt 24 – max 27, Tm: min 56 – opt 60 – max 63, GC content: min 33%– opt 48% –max 55%. Reaksi PCR akan dilakukan dengan volume 25 µl yangkomposisi pereaksi dan kondisinya akan dioptimasikan. Komposisi perteaksi yangakan dioptimasikan adalah konsentrasi MgCl2 dan dNTP, sedangkan kondisi PCRyang akan dioptimasikan adalah suhu annealing.  Produk PCR akan diujimenggunakan PAGE 6% dalam bufer 1x TBE  (10 Mm Tris-HCL, 1 M asam borat, danEDTA 0.1 Mm) yang dijalankan pada kondisi 180 Mv selama 40 menit. SelanjutnyaDNA akan diwarnai dengan pewarnaan sensitif perak.

Tabel Tujuh spesies anggota Notopteridae di GenBank

No. No.Akses

Spesies No. No.Akses

Spesies

1 AP008921

Chitala blanci 5 AP008925

Notopterusnotopterus

2 AP008922

Chitala lopis 6 AP008926

Papyrocranuscongoensis

3 AP008923

Chitala ornata 7 AP008927

Xenomystus nigri

4 AP008924

Notopterusnotopterus

Perunutan Produk PCR. Produk  PCR berupa pita tunggal di atas gel poliakrilamid dan berukuran sesuai desainprimer akan dimurnikan untuk dijadikan cetakan dalam PCR for sequencing. Tahap pertama PCR for sequencingakan menggunakan primer yang sama dengan sewaktu amplifikasi awal. Runutan DNA yang diperoleh,kemudian dijadikan input untuk mendesain primer berikutnya (primer walking). 

Analisis DNA Sequencing. Analisis runutan DNA akan dilakukan menggunakan MEGA 4 (MolecularEvolutionary Genetics Analysis) (Kumar et al. 2008) dan dibandingkan dengan hasil  pensejajaran  runutannukleotida dari tujuh spesies anggota Notopteridae.

Rencana Kegiatan Penelitian

page 3 / 102page 3 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

Kegiatan Bulan ke-1 2 3 4 5 6Ekstraksi dan isolasi DNA √

Optimasi PCR √DNA Sequencing √ √ √ √

Analisis DNA sequencing √ √ √ √Penyusunan Skripsi √ √ √

Seminar √

DAFTARPUSTAKA

Inoue JG,Kumaza

page 4 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

waY,MiyaM,NishidaM.2009.Thehistoricalbiogeography ofthefreshwaterknifefishesusingmitogenomicapproaches:AMesozoicorigin oftheAsiannotopterids(Acti

page 5 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

nopterygii:Osteoglossomorpha).MolecularPhylogeneticsandEvolution 51(2009)486–499.

Kumar S,Dudley J,NeiM &TamuraK(2008)MEGA: Abiologist-centricsoft

page 6 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

ware forevolutionaryanalysisofDNAandproteinsequences.BriefingsinBioinformatics 9:299-306.

MadangK .1999.MorfologiHabitatdanKeragamanGenetikKerabatIkan

page 7 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

BelidaDiPerairanSumateraSelatan.Disertasi.ProgramPascaSarjanaInstitutPertanianBogor.

Ratnayani K,WirajanaIN,LaksmiwatAAIAM.2007.AnalisisVariasi

page 8 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

DaerahD-LoopDNAMitokondriapadaSatuIndividu SukuBaliNormal.JurnalKimia 1(1),Januari2007 :7-14.

SarkarUK,NegiRS,DeepakPK,LakraWS,Paul

page 9 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

SK.2008.Biologicalparametersoftheendangeredfish Chitalachitala (Osteoglossiformes:Notopteridae)fromsomeIndianrivers. FisheriesResearch 90(2008)170–177.Aj

page 10 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

engSitiFatimah, AchmadFarajallahdan  ArifWibowo.2009. KarakterisasiGenomMitokondriaGen12SrRNA-COIIIpadaIkanBelidaBatikAnggotaFamili Notopteridae.

page 11 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

KolokiumdisampaikanTanggal17Desember2009.DepartemenBiologiFMIPAIPB.

PENDAHULUAN

LatarBelakang

Ikanbelidatergolong

page 12 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

dalamFamiliNotopteridae,genus ChitaladengandaerahpersebaranmeliputiIndia,Pakistan,Bangladesh,Srilanka,Nepal,ThailanddanIndonesia(Jawa,SumateradanKali

page 13 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

mantan).

Ikanbelidamemilikinilaiekonomiyangtinggikarenadagingnyayangenakdanpolasisiknyayanguniksehinggadimanfaatkanuntukkonsums

page 14 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

iataupunikanhias,bahkandiSumateraSelatandigunakansebagaimaskotdanpembuatanmakanankhaslokal(Madang1999).SecaraumumpopulasiChitalasp.diselu

page 15 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

ruhduniaterusmenurunkhususnyadiSumatraSelatanpenurunanpopulasiterutamadiakibatkankerusakanhabitatdanpenangkapanlangsungdarialam.Olehkarenaitu,

page 16 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

ConservationAssessmentandManagementPlan(CAMP)mengkategorikanChitalasp.sebagaispesieslangka(Sarkar etal.2008).Pemerintahjugamengeluarkan SKMentanNo.716/K

page 17 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

pts/UM/10/1980danPP7/1999yangmenyatakanbahwasemuajenisikandarigenus Notopterusmerupakanikanyangdilindungi.Salahsatuupayauntukmelestarikanikan

page 18 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

belidaialahdenganmengumpulkaninformasisebanyak-banyaknyabaikinformasimorfologimaupungenetik.Informasigenetikantaralaindidapatkandenganmelakukan

page 19 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

karakterisasigenommitokondriasebagaidasaraplikasilanjutanyangterkaitdenganpopulasibelida.

Genommitokondriahewanmerupakangenomsitoplasmikyang

page 20 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

diwariskansecaramaternal,dantidakmengalamirekombinasi.Denganbegitu,keragamanyangditemukanpadagenommitokondriadisebabkanolehkejadianmutasi.Gen

page 21 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

ommitokondriaterdiri atas 2 genpenyandi rRNA,22 tRNA,dan13proteinyangterlibatdalamrangkaianrantai respirasiselular,dansaturuasyangberfungsisebagai

page 22 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

pengontroltranskripsiyangdikenalsebagaidloop.Padasaatini,genommitokondriasangatpopulerdijadikansebagaipenandamolekularuntukmempelajariberbagai

page 23 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

fenomenapopulasihewan,baikanalisisintraspesiesmaupuninterspesies.

Tujuan

Penelitianinibertujuanuntukmengkarakterisasirunutannukleotidagen

page 24 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

ommitokondriagen12SrRNA-COIIIpadaikanbelidabatikanggotaFamiliNotopteridae.

WaktudanTempat

Penelitianakandilaksanakanpad

page 25 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

abulanFebruari-Agustus2010 diLaboratoriumZoologiDepartemenBiologi,FMIPA,IPB.

BAHANDANMETODE

AlatdanBahan

Alat-

page 26 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

alatyangakandigunakanialah ThermocyclerTaKaRaMP4, GenomicDNAminikitforfreshblood(Geneaid),PCRkit,danbeberapalabware.

Metode

page 27 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

EkstraksidanIsolasiDNA. IsolasiDNAakandilakukanmenggunakan GenomicDNAminikitforblood(Geneaid) yangdimodifikasi.Sel-seldarahikanbelidayang

page 28 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

disimpandalamalkohol70%dicucidenganairdestilataduakalikemudiandisuspensukandalambuferSTE(NaCl1M,Tris-HCL10mM,EDTA0.1mM,pH8)hinggavolume

page 29 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

350µl.SelseldarahdilisisdenganSDS1%danproteinase K0.125mg/mlpadasuhu 55oCselama1jamsambildikocokpelan.MetodeekstraksiDNAselanjutnyamengiku

page 30 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

tipetunjukGenomicDNAminikitforfreshblood(Geneaid).

AmplifikasidanVisualisasiFragmenDNA. Amplifikasigenommitokondriaakanmenggunakanprim

page 31 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

eryangdidesainmenggunakanPrimer 3(http://frodo.wi.mit.edu/primer3/).Primer akandilekatkankebagianyangpaling conserveddarihasilpensejajarangenommito

page 32 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

kondriadari7spesiesanggotaNotopteridaeyangadadiGeneBank(www.ncbi.nlm.nih.gov)(Tabel),padaruasantaragen12SrRNAsampaikeCOIIIdenganopsi:product

page 33 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

size:7000-9000,primersize:min20 –opt24 –max27,Tm:min56 –opt60 –max63,GCcontent:min33%–opt48%–max55%.ReaksiPCRakandilakukandenganvolume25µl

page 34 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

yangkomposisipereaksidankondisinyaakandioptimasikan.KomposisiperteaksiyangakandioptimasikanadalahkonsentrasiMgCl2dandNTP,sedangkankondisi

page 35 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

PCRyangakandioptimasikanadalahsuhuannealing. ProdukPCRakandiujimenggunakanPAGE6%dalambufer 1xTBE (10MmTris-HCL,1 Masamborat,danEDTA

page 36 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

0.1Mm)yangdijalankanpadakondisi180Mvselama40menit.SelanjutnyaDNAakandiwarnaidenganpewarnaansensitifperak.

TabelTujuhspesiesanggota

page 37 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

Notopteridae diGenBank

No. No.Akses

Spesies No. No.Akses

Spesies

1 AP008921

Chitala blanci 5 AP008925

Notopterusnotopterus

2 AP008922

Chitala lopis 6 AP008926

Papyrocranuscongoensis

3 AP008923

Chitala ornata 7 AP008927

Xenomystus nigri

4 AP008924

Notopterusnotopterus

Perunutan Produk PCR. Produk  PCR berupa pita tunggal di atas gel poliakrilamid dan berukuran sesuai desainprimer akan dimurnikan untuk dijadikan cetakan dalam PCR for sequencing. Tahap pertama PCR for sequencingakan menggunakan primer yang sama dengan sewaktu amplifikasi awal. Runutan DNA yang diperoleh,kemudian dijadikan input untuk mendesain primer berikutnya (primer walking). 

Analisis DNA Sequencing. Analisis runutan DNA akan dilakukan menggunakan MEGA 4 (MolecularEvolutionary Genetics Analysis) (Kumar et al. 2008) dan dibandingkan dengan hasil  pensejajaran  runutannukleotida dari tujuh spesies anggota Notopteridae.

Rencana Kegiatan Penelitian

Kegiatan Bulan ke-1 2 3 4 5 6Ekstraksi dan isolasi DNA √

Optimasi PCR √DNA Sequencing √ √ √ √

Analisis DNA sequencing √ √ √ √Penyusunan Skripsi √ √ √

Seminar √

page 38 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

DAFTARPUSTAKA

Inoue JG,KumazawaY,MiyaM,NishidaM.2009.Thehistoric

page 39 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

albiogeography ofthefreshwaterknifefishesusingmitogenomicapproaches:AMesozoicorigin oftheAsiannotopterids(Actinopterygii:Osteoglossomorpha).Molecular

page 40 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

PhylogeneticsandEvolution 51(2009)486–499.

Kumar S,Dudley J,NeiM &TamuraK(2008)MEGA: Abiologist-centricsoftware forevolutionaryanalysisofDNAandprotein

page 41 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

sequences.BriefingsinBioinformatics 9:299-306.

MadangK .1999.MorfologiHabitatdanKeragamanGenetikKerabatIkanBelidaDiPerairanSumateraSelatan.Disertasi

page 42 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

.ProgramPascaSarjanaInstitutPertanianBogor.

Ratnayani K,WirajanaIN,LaksmiwatAAIAM.2007.AnalisisVariasiDaerahD-LoopDNAMitokondriapadaSatuIndi

page 43 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

vidu SukuBaliNormal.JurnalKimia 1(1),Januari2007 :7-14.

SarkarUK,NegiRS,DeepakPK,LakraWS,PaulSK.2008.Biologicalparametersoftheend

page 44 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

angeredfish Chitalachitala (Osteoglossiformes:Notopteridae)fromsomeIndianrivers. FisheriesResearch 90(2008)170–177.AjengSitiFatimah, AchmadFarajallahdan  Arif

page 45 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

Wibowo.2009. KarakterisasiGenomMitokondriaGen12SrRNA-COIIIpadaIkanBelidaBatikAnggotaFamili Notopteridae. KolokiumdisampaikanTanggal17Desember

page 46 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

2009.DepartemenBiologiFMIPAIPB.

PENDAHULUAN

LatarBelakang

IkanbelidatergolongdalamFamiliNotopteridae,genus Chitala

page 47 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

dengandaerahpersebaranmeliputiIndia,Pakistan,Bangladesh,Srilanka,Nepal,ThailanddanIndonesia(Jawa,SumateradanKalimantan).

Ikanbelidamemilikinilai

page 48 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

ekonomiyangtinggikarenadagingnyayangenakdanpolasisiknyayanguniksehinggadimanfaatkanuntukkonsumsiataupunikanhias,bahkandiSumatera

page 49 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

Selatandigunakansebagaimaskotdanpembuatanmakanankhaslokal(Madang1999).SecaraumumpopulasiChitalasp.diseluruhduniaterusmenurunkhususnyadiSum

page 50 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

atraSelatanpenurunanpopulasiterutamadiakibatkankerusakanhabitatdanpenangkapanlangsungdarialam.Olehkarenaitu, ConservationAssessmentandManagement

page 51 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

Plan(CAMP)mengkategorikanChitalasp.sebagaispesieslangka(Sarkar etal.2008).Pemerintahjugamengeluarkan SKMentanNo.716/Kpts/UM/10/1980danPP7/1999yangmenyata

page 52 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

kanbahwasemuajenisikandarigenus Notopterusmerupakanikanyangdilindungi.Salahsatuupayauntukmelestarikanikanbelidaialahdenganmengumpulkaninformas

page 53 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

isebanyak-banyaknyabaikinformasimorfologimaupungenetik.Informasigenetikantaralaindidapatkandenganmelakukankarakterisasigenommitokondriasebagaidasar

page 54 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

aplikasilanjutanyangterkaitdenganpopulasibelida.

Genommitokondriahewanmerupakangenomsitoplasmikyangdiwariskansecaramaternal,dantidakmen

page 55 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

galamirekombinasi.Denganbegitu,keragamanyangditemukanpadagenommitokondriadisebabkanolehkejadianmutasi.Genommitokondriaterdiri atas 2 genpenyandi 

page 56 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

rRNA,22 tRNA,dan13proteinyangterlibatdalamrangkaianrantai respirasiselular,dansaturuasyangberfungsisebagaipengontroltranskripsiyangdikenalsebagai

page 57 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

dloop.Padasaatini,genommitokondriasangatpopulerdijadikansebagaipenandamolekularuntukmempelajariberbagaifenomenapopulasihewan,baikanalisisintraspes

page 58 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

iesmaupuninterspesies.

Tujuan

Penelitianinibertujuanuntukmengkarakterisasirunutannukleotidagenommitokondriagen12SrRNA-COIIIpadaikan

page 59 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

belidabatikanggotaFamiliNotopteridae.

WaktudanTempat

PenelitianakandilaksanakanpadabulanFebruari-Agustus2010 diLaboratoriu

page 60 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

mZoologiDepartemenBiologi,FMIPA,IPB.

BAHANDANMETODE

AlatdanBahan

Alat-alatyangakandigunakanialah Thermoc

page 61 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

yclerTaKaRaMP4, GenomicDNAminikitforfreshblood(Geneaid),PCRkit,danbeberapalabware.

Metode

EkstraksidanIsolasiDNA. Isolasi

page 62 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

DNAakandilakukanmenggunakan GenomicDNAminikitforblood(Geneaid) yangdimodifikasi.Sel-seldarahikanbelidayangdisimpandalamalkohol70%dicuci

page 63 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

denganairdestilataduakalikemudiandisuspensukandalambuferSTE(NaCl1M,Tris-HCL10mM,EDTA0.1mM,pH8)hinggavolume350µl.Selseldarahdilisisdengan

page 64 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

SDS1%danproteinase K0.125mg/mlpadasuhu 55oCselama1jamsambildikocokpelan.MetodeekstraksiDNAselanjutnyamengikutipetunjukGenomicDNAminikitfor

page 65 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

freshblood(Geneaid).

AmplifikasidanVisualisasiFragmenDNA. AmplifikasigenommitokondriaakanmenggunakanprimeryangdidesainmenggunakanPrim

page 66 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

er 3(http://frodo.wi.mit.edu/primer3/).Primer akandilekatkankebagianyangpaling conserveddarihasilpensejajarangenommitokondriadari7spesiesanggotaNotopte

page 67 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

ridaeyangadadiGeneBank(www.ncbi.nlm.nih.gov)(Tabel),padaruasantaragen12SrRNAsampaikeCOIIIdenganopsi:productsize:7000-9000,primersize:min20 –opt

page 68 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

24 –max27,Tm:min56 –opt60 –max63,GCcontent:min33%–opt48%–max55%.ReaksiPCRakandilakukandenganvolume25µlyangkomposisipereaksidankondisin

page 69 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

yaakandioptimasikan.KomposisiperteaksiyangakandioptimasikanadalahkonsentrasiMgCl2dandNTP,sedangkankondisiPCRyangakandioptimasikanadal

page 70 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

ahsuhuannealing. ProdukPCRakandiujimenggunakanPAGE6%dalambufer 1xTBE (10MmTris-HCL,1 Masamborat,danEDTA0.1Mm)yangdijalankanpadakon

page 71 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

disi180Mvselama40menit.SelanjutnyaDNAakandiwarnaidenganpewarnaansensitifperak.

TabelTujuhspesiesanggotaNotopteridae diGenBank

No. No.Akses

Spesies No. No.Akses

Spesies

page 72 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

page 73 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

1

page 74 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

AP008921

page 75 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

Chitala blanci

page 76 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

5

page 77 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

AP008925

page 78 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

Notopterusnotopterus

page 79 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

2

page 80 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

AP008922

page 81 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

Chitala lopis

page 82 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

6

page 83 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

AP008926

page 84 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

Papyrocranuscongoensis

page 85 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

3

page 86 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

AP008923

page 87 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

Chitala ornata

page 88 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

7

page 89 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

AP008927

page 90 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

Xenomystus nigri

page 91 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

4

page 92 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

AP008924

page 93 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

Notopterusnotopterus

page 94 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

Perunutan Produk PCR. Produk  PCR berupa pita tunggal di atas gel poliakrilamid dan berukuran sesuai desainprimer akan dimurnikan untuk dijadikan cetakan dalam PCR for sequencing. Tahap pertama PCR for sequencingakan menggunakan primer yang sama dengan sewaktu amplifikasi awal. Runutan DNA yang diperoleh,kemudian dijadikan input untuk mendesain primer berikutnya (primer walking). 

Analisis DNA Sequencing. Analisis runutan DNA akan dilakukan menggunakan MEGA 4 (MolecularEvolutionary Genetics Analysis) (Kumar et al. 2008) dan dibandingkan dengan hasil  pensejajaran  runutannukleotida dari tujuh spesies anggota Notopteridae.

Rencana Kegiatan Penelitian

Kegiatan Bulan ke-1 2 3 4 5 6Ekstraksi dan isolasi DNA √

Optimasi PCR √DNA Sequencing √ √ √ √

Analisis DNA sequencing √ √ √ √Penyusunan Skripsi √ √ √

Seminar √

page 95 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

DAFTARPUSTAKA

Inoue JG,KumazawaY,MiyaM,NishidaM.2009.Thehistoricalbiogeography ofthefreshwaterknifefishesusing

page 96 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

mitogenomicapproaches:AMesozoicorigin oftheAsiannotopterids(Actinopterygii:Osteoglossomorpha).MolecularPhylogeneticsandEvolution 51(2009)486–499.

page 97 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

Kumar S,Dudley J,NeiM &TamuraK(2008)MEGA: Abiologist-centricsoftware forevolutionaryanalysisofDNAandproteinsequences.BriefingsinBioinformatics 9:299-306.

Mad

page 98 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

angK .1999.MorfologiHabitatdanKeragamanGenetikKerabatIkanBelidaDiPerairanSumateraSelatan.Disertasi.ProgramPascaSarjanaInstitutPertanianBogor.

page 99 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

Ratnayani K,WirajanaIN,LaksmiwatAAIAM.2007.AnalisisVariasiDaerahD-LoopDNAMitokondriapadaSatuIndividu SukuBaliNormal.JurnalKimia 1(1),Januari2007 :

page 100 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

7-14.

SarkarUK,NegiRS,DeepakPK,LakraWS,PaulSK.2008.Biologicalparametersoftheendangeredfish Chitalachitala (Osteoglossiformes:Notopteridae)from

page 101 / 102

Achmad Farajallah | Kolokium Ajeng Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2010/04/09/kolokium-ajeng/

someIndianrivers. FisheriesResearch 90(2008)170–177.