Ada bukti bahwa banyak perbedaan dalam urutan DNA antara spesies yang tidak adaptif. Perbedaan di antara spesies lainnya , baik di dalam bentuk dan dna , adalah adaptif. Apakah variasi adaptif dan nonadaptive berbeda dalam kesimpulan filogenetik untuk utilitas mereka ? Anda bisa mencari jalan di mana pengetahuan tentang karakters fungsi adaptif yang akan mempengaruhi penilaian Anda baik atau tidak itu memberikan bukti untuk hubungan antar taksa (di antara kelompok)?Homologi adalah alat/ organ tubuh yang asal filogenetik serta struktur dalamnya pada dasarnya sama, namun fungsinya dapat berlainan, misalnya sirip ikan paus fungsinya untuk berenang diperairan sehingga organ ini menyesuaikan dengan tempat hidupnya di air, homolog dengan kaki depan anjing atau kuda yang fungsinya untuk berjalan. Sayap burung fungsinya untuk terbang, sedangkan tangan manusia untuk memegang. Karena arah evolusinya berbeda-beda, maka terjadilah perubahan adaptif yang berbeda-beda pada organ sehingga fungsi organ tersebut menjadi berbeda. Homologi alat-alat tubuh pada berbagai mahluk hidup ini merupakan petunjuk tentang adanya evolusi. Contoh yang dikenal adalah apa yang diamati oleh Darwin di Kepulauan Galapagos. Di Kepulauan Galapagos yang memiliki lingkungan yang beraneka ragam itu dijumpai adanya 14 jenis burung finch. Sedangkan di Ekuador yang jaraknya 600 mil dari Kepulauan Galapagos, dijumpai satu spesies burung finch. Diduga, burung finch yang terdapat di dalam Ekuador mengadakan migrasi hingga sampai di Kepulauan Galapagos. Di lingkungannya yang baru, burung tersebut berkompetisi, serta menyesyaikan diri dengan makanan yang berbeda-beda. Homologi organ sangat mendukung teori yang menyatakan bahwa suatu organisme berasal dari satu nenek moyang yang kemudian mengalami radiasi adaptif, membentuk species-species baru (terjadi perkembangan evolusi dipergensi). Jadi, ada perbedaan dalam utilitas mereka, seperti tangan manusia, cakar singa, cakar anjing, anggota badan dari monyet, jari kaki gajah, kaki kuda kuku sapi dan sirip ikan paus adalah semua organ homolog tetapi mereka menunjukkan adaptif dan dengan demikian fungsi berbeda akan memiliki utilitas yang berbeda, dan struktur yang berbeda.

Sedangkan pada non adaptif, alat-alat tubuhnya mempunyai bentuk dasar yang berbeda namun karena perkembangan evolusi yang konvergen alat-alat tersebut mempunyai fungsi yang sama/ alat-alat tubuh yang fungsinya sama tetapi asal filogenetik, perkembangan embrional, dan strukturnya berbeda. Tetapi jika kita melihat tangan dari spesies yang berbeda dari sebuah genus , misalnya gorila yang berbeda seperti monyet dan manusia, manusia yang melakukan pekerjaan yang berbeda . Dari yang kita temukan organ tubuhnya belum diadaptasi lebih jauh dan terlihat mirip dengan demikian mereka melakukan fungsi yang sama, dan mereka bisa melakukan pekerjaan yang berbeda dari itu , tanpa ada adaptasi. Ini menunjukkan non-adaptive . Dan memiliki utilitas yang sama. Fungsi yang berbeda ini dilakukan oleh organ yang diadaptasi dari berbagai organ dan genus non-adapted dari genus yang sama menunjukkan hubungan di antara kelompok, dan juga memberikan bukti bahwa kita telah berevolusi dari nenek moyang yang sama. Contohnya: Sayap Kupu-kupu dengan sayap Burung, bentuk dasar yang berbeda namun fungsinya sama untuk terbang. Terjadinya evolusi konvergensi terjadi karena adanya modifikasi dari kutup gen. pada evolusi ini tidak pernah dihasilkan organism baru, tetapi hanya menghasilkan variasi sehingga populasi terakhir dengan jelas memperlihatkan perbedaan dengan moyangnya.Karakterisasi variasi merupakan salah satu tugas biologi evolusi yang paling penting. Metode statistik yang digunakan untuk melakukan hal ini dapat diterapkan pada data dari berbagai macam. Analisis genetik kuantitatif, yang juga digunakan ekstensif dalam pengembangbiakan tanaman dan hewan domestik, merupakan alat penting untuk mengukur dan membedakan antara variasi genetik dan nongenetic dalam karakteristik fenotipik. Satu metode pembuatan perbedaan ini melibatkan mengukur kesamaan antara kerabat, yang membutuhkan pengetahuan tentang hubungan antar individu dalam populasi alami. Penanda genetik molekuler sering dapat memberikan informasi tersebut. Metode filogenetik, atau silsilah, inferensi telah berhasil dikembangkan, dan banyak hubungan antara organisme telah ditetapkan (meskipun masih banyak yang harus dilakukan). Metode inferensi filogenetik memberikan bukti pada hubungan antara organisme, dan ini, pada gilirannya, memberikan dasar untuk studi lainnya yang tak terhitung banyaknya. Sejarah perubahan evolusioner dalam karakteristik tertentu, misalnya, dapat disimpulkan dari distribusi mereka pada pohon filogenetik. Di antara serangga, kita dapat mengatakan bahwa perilaku sosial berevolusi secara independen setidaknya 15 kali, karena masing-masing dari 15 kelompok spesies sosial yang paling terkait erat dengan kelompok non-sosial yang berbeda. Selain itu, perbandingan antara spesies serangga sosial telah menunjukkan bahwa sosialitas semakin rumit telah berkembang secara bertahap. Studi filogenetik telah mengungkapkan beberapa peristiwa yang luar biasa dalam sejarah kehidupan. Mungkin yang paling menakjubkan dari penemuan ini adalah bahwa beberapa bagian penting dari eukariota ' sel, seperti mitokondria dan kloroplas, adalah keturunan dari bakteri yang hidup bebas yang menjadi simbion intraseluler. Metode inferensi filogenetik juga menghasilkan "pohon gen," diagram hubungan antara gen varian dalam suatu spesies dan antar spesies. Pada Saat dianalisis dalam model genetik populasi, pohon gen dapat mengungkapkan banyak tentang sejarah populasi, seperti usia mereka, ukuran, dan sejarah mereka.