URUTAN NUKLEOTIDA DNA MITOKONDRIA FRAGMEN D-LOOP PADA JARINGAN DARI LAPISAN MESODERM

Oleh: Eva Naulina Simarmata

(10506065)

Pembimbing:Achmad Saifuddin Noer, Ph.D

slide 1 dari 1626 Mei 2010 Presentasi Seminar TA

AGENDA PRESENTASI• LATAR BELAKANG• TINJAUAN PUSTAKA• METODOLOGI PENELITIAN• HASIL• PEMBAHASAN• KESIMPULAN

slide 2 dari 1626 Mei 2010 Presentasi Seminar TA

LATAR BELAKANG• DNA mitokondria fragmen D-loop dapat digunakan

untuk keperluan analisis forensik

• Pada proses embriogenesis, terbentuk lapisan embrionik, yaitu ektoderm, endoderm, dan mesoderm yang akan terdiferensiasi menjadi organ-organ tertentu

• Tujuan penelitian adalah mengetahui apakah ada perubahan atau perbedaan urutan nukleotida mtDNA fragmen D-loop pada jaringan psoas dan diafragma yang berasal dari lapisan mesoderm satu individu

slide 3 dari 1626 Mei 2010 Presentasi Seminar TA

MITOKONDRIA

slide 4 dari 1626 Mei 2010 Presentasi Seminar TA

DNA MITOKONDRIA• Karakteristik DNA mitokondria:

– diwariskan secara garis keturunan maternal

– memiliki laju mutasi 10-17 kali lebih cepat dibandingkan DNA inti

– terdapat dalam jumlah kopi yang jauh lebih banyak daripada molekul DNA inti

– memiliki daerah Displacement loop (D-loop) tingkat polimorfisme tertinggi dan tingkat variasi terbesar antara individu-individu yang tidak mempunyai hubungan kekerabatan.

slide 5 dari 1626 Mei 2010 Presentasi Seminar TA

EMBRIOGENESIS

slide 6 dari 1626 Mei 2010 Presentasi Seminar TA

Psoas Diafragma

MESODERM• Lapisan mesoderm memegang

peranan fundamental dalam

pembentukan dan pengaturan

sumbu tubuh pada vertebrata serta

pada perkembangan berikutnya.

• Mesoderm akan membentuk organ

atau jaringan, di antaranya: tulang,

otot, sistem kardiovaskuker, sistem

reproduksi, sel darah, ginjal, dan

limfa.

26 Mei 2010 Presentasi Seminar TA slide 7 dari 16

METODOLOGI PENELITIANPenyiapan Sampel yaitu Psoas & Diafragma

Individu A (didapat dari Yohanes Ngili)

Lisis Sel

Polymerase Chain Reaction

Elektroforesis Gel Agarosa

Penentuan Urutan Nukleotida dengan Metode Dideoksi Sanger

Analisis in silico slide 8 dari 1626 Mei 2010 Presentasi Seminar TA

ELEKTROFORESIS GEL AGAROSA• Metode untuk memvisualisasi hasil PCR

– Ada atau tidak adanya pita

– Ukuran pita dibandingkan dengan marker (misal pUC19/Hinfl)

– Konsentrasi pita (berdasarkan intensitas pita)

• Komponen yang diperlukan:– Gel agarosa

– Loading buffer

– Buffer TAE

– EtBr

26 Mei 2010 Presentasi Seminar TA slide 9 dari 16

HASIL

Hasil Elektroforesis Gel Agarosa

Marker pUC19 /HinfI

Kontrol (+)

Kontrol (-)

Psoas Diafragma

1419 pb

517 pb397 pb

214 pb75 pb

± 0,9 kb

slide 10 dari 1626 Mei 2010 Presentasi Seminar TA

HASIL

slide 11 dari 16

Elektroforegram sampel dengan Primer M1Fenomena Heteroplasmi pada Sampel dengan Primer M1

T(16189)CA(16183)CT(16172)C C(16168)T

T(16189)C

26 Mei 2010 Presentasi Seminar TA

HASIL

slide 12 dari 16

Elektroforegram sampel dengan Primer HV2R

Eva

26 Mei 2010 Presentasi Seminar TA

T(152)C

PEMBAHASAN• Tidak ada perbedaan urutan

nukleotida antara psoas dan diafragma individu A

• Perbedaan urutan nukleotida kedua sampel dengan rCRS terdapat pada tabel berikut ini

No. Posisi Mutasi Jenis Mutasi

1 C(16111)T Substitusi2 C(16168)T Substitusi3 T(16172)C Substitusi4 A(16183)C Substitusi5 T(16189)C Substitusi6 T(16519)C Substitusi7 A(73)G Substitusi8 T(152)C Substitusi9 C(253)T Substitusi

10 T(310)TC Insersi

slide 13 dari 1626 Mei 2010 Presentasi Seminar TA

PEMBAHASAN• Mutasi T(16189)C yang menghasilkan

rangkaian poli-C.• Pada hasil direct sequencing dengan primer

M1, daerah setelah poli-C tidak dapat dibaca elektroforegram bertumpuk.

• Hal ini menunjukkan adanya fenomena heteroplasmi (Yuniarti, 2009).

• Daerah HV1 dan HV2 (D-loop) merupakan ‘hotspot’ untuk terjadinya heteroplasmi ini.

slide 14 dari 1626 Mei 2010 Presentasi Seminar TA

PEMBAHASAN• Hasil sesuai dengan yang diperoleh oleh Ngili• Mutasi pada daerah non-pengode:

– tidak mengubah urutan asam amino dari protein yang dikode (Dwiyanti, 2006)

– tidak mengubah fisiologi mitokondria atau sel (Raifuddin, 2007)

• Jaringan-jaringan yang berasal dari lapisan embrionik satu individu ada yang memiliki urutan nukleotida yang sama dan ada pula yang berbeda (Unwakoly, 2010)

• Kesamaan urutan nukleotida ini memberikan keuntungan bagi analisis forensik

slide 15 dari 1626 Mei 2010 Presentasi Seminar TA

KESIMPULAN• Urutan nukleotida antara psoas dan

diafragma yang berasal dari lapisan mesoderm individu A adalah sama.

• Tidak ada perubahan urutan nukleotida mtDNA D-loop pada saat embriogenesis individu tertentu.

• Diperlukan penelitian lebih lanjut terhadap individu-individu lain untuk mengetahui apakah ada perubahan urutan nukleotida mtDNA D-loop pada saat embriogenesis.

slide 16 dari 1626 Mei 2010 Presentasi Seminar TA