Jamur yang biasa digunakan untuk tempe ini merupakan kelompok Zygomycota yang memang terdiri dari benang-benang hifa yang bersekat.Rhizopus Oligosporus Seperti telah dijelaskan bahwa jenis jamur yang lazim digunakan dalam pembuatan tempe berasal dari kelompok Zygomycota. Spesifikasi jenis jamur dari kelompok tersebut yang digunakan untuk tempe adalah Rhizopus Oligosporus dan Rhizopus Stolonifer. Namun, secara umu, jenis jamur yang paling umum digunakan oleh petani tempe adalah jenis Rhizopus Oligosporus. Jamur ini sering juga disebut dengan jamur benang. Karakteristiknya berupa koloni abu-abu dengan sedikit degradasi coklat. Ketinggian jamur tempe ini bisa mencapai 1 mm. SEKILAS TENTANG JAMUR TEMPE Rhizopus Oligosporus menghasilkan sebuah enzim bernama Fitase. Kerja enzim ini adalah memecah Fitat dan membuat komponen senyawa makro pada kacang kedelai dilebur atau dipecah menjadi kompenen mikro yang lebih sederhana. Hal ini yang menjadikan zat gizi pada tempe jauh lebih mudah untuk diolah oleh tubuh kita. Jamur ini juga bisa memfermentasikan substrat lainnya, memproduksi beberapa enzim (salah satu enzim yang diproduksi yaitu enzim golongan protase) dan bahkan bisa digunkana untuk mengolah beberapa jenis limbah.

Mucorsp (jagung)1.Ciri-ciria. Sporanya berupa sel-sel bulat berdinding dan mempunyai banyak intib. Hidup sebagai saprofit pada sisa tumbuhan dan hewan namun ada pula yang sebagai parasitc. Perkembangbiakan dengan aseksual dengan menghasilkan aplanosporad. Miselium terdapat pada substratnya dengan sporangium pada ujungnya2.ManfaatSaprofit pada roti dan sisa makanan, membentk spora bulat di dalam sporangium.jamur ini mampu hidup pada kotoran hewan dan memiliki kemampuan untk menguraikan sisa-sia organism sehingga membantu dalam proses mineralisasi.Saccharomycessp1.Ciri-ciria. Hifa bersekatb. Berinti banyakc. Spora tidak berflageld. Bersifat parasit pada tumbuhan dan saprofit pada sampahe. Memiliki spora yang terdapat pada kantung-kantung penyimpanan yang disebut askus (konidia).f. Bersifat uniselluler2.Manfaatsaccharomyces. Sering disebutkhamir atauyeast. Jenisnya banyak, antara lainsaccharomyces cerevisiaedansaccharomyces ovale. Keduanya dimanfatkan untuk membuat tape, alkohol atau roti. Sedangsaccharomyces sakedigunakan untuk membuat sake (minuman khas jepang) .Dalam keadaan anaerob, bila subtracnya mengandung senyawa karbohidrat, saccharomycesakan menghasilkan fermen, yang dapat mengubah gula menjadi alkohol +CO2 dengan membebaskan senyawa energi.Aspergillussp (nasi)1.Ciri-ciria. Spesies ini kasmopolit didaerah tropis dan subtropis dan mudah diisolasi ditanah, beras, gandum dan jagungb. Memiliki bulu dasar berwarna putih atau kuning dengan lapisan konidiospora tebal berwarna coklat gelap sampai hitam2. ManfaatJenisAspergillus niger,mengahasilkan asam sitrat.Aspergillus oryzae,untuk merombak zat pati dalam pembuatan minuman beralkoholdan mengempukkan adonan roti.Aspergillus nidulans,parasit pada telinga menyebabkan automatikosis.Aspergillus soyae,untuk pembuatan kecap.Aspergillus wentii, untuk membuat kecap, sake, tauco, asam sitrat, asam oksalat, dan asam formiat.