BAB 1

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Karantina ikan merupakan instrumen dalam subsistem perdagangan

produk perikanan ditingkat nasional maupun internasional, melalui sertifikat

kesehatan ikan yang terpercaya. Bandara Internasional Soekarno-Hatta

merupakan salah satu tempat yang memiliki balai besar karantina ikan. Seluruh

aktivitas pengiriman dan pemasukan ikan yang melalui bandara tersebut akan

dikenakan tindakan karantina terlebih dahulu. Tindakan pemeriksaan pada ikan

yang dilintaskan merupakan salah satu upaya yang dilakauakan untuk mencegah

penyebaran dan masuknya hama dan penyakit ikan karantina dari luar negri,

dari satu area, ke area lain dalam negri, atau keluarnya hama dan penyakit ikan

dari dalam wilayah negara republik Indonesia.

Sebagaian besar lobster air tawar yang dilalulintaskan di balai besar

karantina ikan Soekarno-Hatta adalah fresh lobster (lobster hidup) dari jenis

Cherax sp. Lobster Air Tawar atau Freshwater, Crayfish adalah salah satu

genus yang termasuk dalam kelompok udang (Crustacea) lobster air tawar yang

secara alami memiliki ukuran tubuh relatif besar dan memiliki siklus hidup hanya

di lingkungan air tawar. Lobster air tawar (Cherax sp) merupakan salah satu

komuditas hasil budidaya perikanan yang mempunyai nilai ekonomis yang cukup

tinggi dan dapat menghasilkan devisa bagi negara. Dalam perkembangan

budidayanya di berbagai negara terdapat banyak permasalahan antara lain

semakin menurunnya kualitas dan kuantitas udang yang dihasilkan akibat

terjangkit penyakit dan penggunaan benur yang berkualitas rendah. Secara

umum memang ditemukan beberapa penyakit udang yang disebabkan oleh

berbagai jenis jamur, bakteri maupun virus (Suyanto dan Takarina, 2009). Salah

satu cara untuk mendeteksi penyakit ikan yang disebabkan oleh virus adalah

dengan menggunkan PCR. Metode tersebut dilakuakan untuk memperkecil

peluang masuknya patogen berbahaya yang mungkin lolos dari pemeriksaan

mikroskopis.

1

Pentingnya kelembagaan karantina ikan ini, mendorong mahasiswa untuk

melaksanakan kuliah kerja profesi terkait dengan pemerikasaaan penyakit viral

yang menyerang lobster air tawar (Cherax sp) dengan menggunakan teknik

PCR dibalai besar karantina ikan soekarno-hatta.

1.2 Tujuan

1. Dapat mengetahui prosedur/tindakan karantina ikan di Balai Besar

Karantina Ikan Soekarno-Hatta.

2. Dapat mengetahui metode pemeriksaan penyakit viral penyebab penyakit

virus pada lobster air tawar (Cherax sp) dengan menggunakan PCR di

Balai Besar Karantina Ikan Soekarno-Hatta

3. Dapat mengetahui jenis penyakit virus dengan menggunakan teknik PCR

pada lobster air tawar (Cherax sp) yang dilintaskan di Balai Besar

Karantina Ikan Soekarno-Hatta

1.3 Manfaat

Kuliah kerja profesi ini diharapkan dapat memperluas wawasan,

pengalaman praktek dan meningkatakan keterampilan kerja dalam bidang

perikanan, khususnya mengetahui prosedur tindakan karantina ikan dan

mengetahui metode pemeriksaan penyakit viral pada lobster air tawar (Cherax

sp) yang dilintaskan di balai besar karantina ikan soekarno-hatta, cengkareng,

Tanggerang Provinsi Banten

2

BAB 2

TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Kegiatan Operasional BBKIS-H

Kegiatan operasional karantina ikan meliputi tindak karantina ekspor,

impor dan antar area baik domestic masuk maupun domestic keluar. Kegiatan

karantina impor dilakukan tindak karantina pemeriksaan kelengkapan dan

keabsahan dokumen persyaratan teknis maupun persyaratan adminitrasi.

Pemeriksaan jenis, jumlah dan ukuran, pemeriksaan visual dilakukan diinstalasi

dan dilakukan pengambilan sampel untuk pemeriksaan laboratorium disesuaikan

dengan target HPIK yang terdapat pada lampiran Keputusan Menteri Kelautan

dan perkembangan HPI/HPIK No. 17/MEN/2003. Selanjutnya juga dilakukan

pengamatan dan perkembangan HPI/HPIK di instalasi selama proses karantina.

Tindakan penahanan, penolakan dan pemusnahan sampel yang selama

ini dilakukan oleh pihak karantina dikarenakan tidak dilengkapinya persyaratan

administrasi karantina impor dan belum pernah didasarkan atas ditemukannya

HPIK golongan 1 atau HPIK golongan 2 yang tidak dibebaskan dengan tindakan

perlakuan. Pada kegiatan ekspor dilakukan pemeriksaan atau kunjungan di farm,

pemeriksaan manajemen dan sanitasi serta kondisi kesehatan ikan-ikan yang

dikirim. Sedangkan untuk kegiatan domestik masuk dilakukan uji klinis secara

visual untuk mendapatkan sertifikat pelepasan.

1 Prosedur Pemasukan Media Pembawa (Impor Atau Domestik Masuk)

Setiap media pembawa hama dan penyakit ikan karantina yang

dimasaukan keadalam wilayah negara Republik Indonesia wajib :

1. Dilengkapi sertifikat kesehatan dari negara asal dan negara transit bagi

ikan, kecuali media pembawa yang tergolong benda lain

2. Melalui tempat-tempat pemsasukan yang telah ditetapkan

3. Dilaporkan dan diserahkan kepada petugas karantina ditempat-tempat

pemasukan untuk keperluan tindakan karantina

3

Prosedur pemasukan media pembawa tidak impor maupun domestik

masuk yang dilakukan di BBKI-SH dimulai dengan pelaporan penerimaan sample

yang dilakukan oleh pemilik kepala petugas karantina disertai health certificate

atau surat rekomendasi. Waktu pelaporan adalah 2 hari sebelum sample datang

untuk ikan hidup, 5 hari sebelum sample datang untuk kiriman pos brupa ikan

mati, 1 hari sebelum sample datang untuk muatan berupa ikan mati serta pada

saat tiba untuk bdarang bawaan atau benda lain. Petugas karantina akan

melakukan pemeriksaan kelengkapan dan kebenaran isi dokumen media

pembawa (jenis dan kesehatan). Apabila persyaratan lain tidak dipenuhi atau

jenis, jumlah dan ukuran media pembawa tidak sesuai, maka akan dilakukan

penahanan. Selama tiga hari pemilik diminta melengkapi dokumen, apabila

dalam awaktu tiga hari dokumen tersebut belum dipenuhi atau tidak diurus dan

tidak diketahui pemiliknya maka akan dilakukan penolakan dan dilakukan

pemusnahan terhadap media pembawa tersebut.

Jika dokumen tersebut terpenuhi atau bisa dipenuhi sebelum 3 hari maka

sample dibawa ke laboratorium untuk diperiksa parasit, bakteri, jamur dan virus

sesuai dengan permintaan. Pemeriksaan klinis dan laboratoris dilakukan oleh

petugas fungsional meliputi pengasingan dan pengamatan. Media pembawa

yang tertular hama penyakit ikan karantina (HPIK) akan langsung dibebaskan

dengan pemebrian sertifikat pelepasan. Media pembawa yang tertular hama

penyakit ikan karantina (HPIK) golongan II akan diberikan perlakuan sebelum

dibebaskan, sedangkan media pembawa yang tertular hama penyakit ikan

karantiana (HPIK) golongan I akan dimusnahkan.

2 Prosedur Pengeluaran Media Pembawa (Ekspor Atau Domestik Luar)

Setiap media pembawa hama dan penyakit ikan karantina yang dibawa

atau dikirim dari satu area ke area lain didalam wilayah negara Republik

Indonesia wajib :

1. Dilengkapi sertifikat kesehatan dari area asal dan negara transit bagi

ikan, kecuali media pembawa yang tergolong benda lain

2. Melalui tempat-tempat pengeluaran yang telah ditetapkan

3. Dilaporkan dan diserahkan kepada petugas karantina ditempat-tempat

pengeluaran untuk keperluan tindakan karantina

4

Prosedur pengeluaran media pembawa baik ekspor maupun domestik

luar yang dilakuakan di BBKI-SH dimulai dengan pelaporan penerimaan sample

yang dilakukan oleh pemilik kepala petugas karantina. Waktu pelaporan adalah

paling lamabat sebelum keberangkatan untuk ikan dalam bentuk barang bawaan

dan 1 hari sebelum dilakukan tindakan karantina bagi barang muatan, kiriman

pos dan benda lain. Petugas karantina akan melakukan pemeriksaan jenis,

jumlah, ukuran dan persayaratan kesehatan yang diinginkan penerima.

Pemeriksaan kelengkapan dan kebenaran isis dokumen media pemabawa juga

dilakuakan untuk komodiatas yang dilindungi. Apabila persyaratan tidak dipenuhi

atau jenis,jumlah dan ukuran media pembawa tidak sesuai maka dilakukan

pemeriksaan lanjutan. Jiak masih belum memenuhi maka dilakukan perlakuan

untuk media pembawa yang diduga yang diduga tertular HPIK golongan II, jika

tidak bisa disembuhkan atau diduga tertular HPIK golongan II maka health

certificate tidak diterbitkan dan media pembawa tersebut tidak bisa

dilalulintaskan.

Tindakan penahanan, penolakan dan pemusnahan sampel yang selama

ini dilakukan oleh pihak karantina dikarenakan tidak dilengkapinya persyaratan

administrasi karantina impor dan belum pernah didasarkan atas ditemukannya

HPIK golongan 1 atau HPIK golongan 2 yang tidak dibebaskan dengan tindakan

perlakuan. Pada kegiatan ekspor dilakukan pemeriksaan atau kunjungan di farm,

pemeriksaan manajemen dan sanitasi serta kondisi kesehatan ikan-ikan yang

dikirim. Sedangkan untuk kegiatan domestik masuk dilakukan uji klinis secara

visual untuk mendapatkan sertifikat pelepasan.

2.2 Lobster Air Tawar (Cherax sp)

Lobster Air Tawar atau Freshwater, Crayfish adalah salah satu genus

yang termasuk dalam kelompok udang (Crustacea) air tawar yang secara alami

memiliki ukuran tubuh relatif besar dan memiliki siklus hidup hanya di lingkungan

air tawar. Beberapa nama internasional lobster air tawar ini adalah Crayfish,

Crawfish, dan Crawdad. Berdasarkan penyebarannya, didunia ini ada 3 famili

lobster air tawar, yakni famili Astacidae, Cambaridae, dan Parastacidae. Lobster

air tawar Astacidae dan Cambaridae tersebar dibelahan dunia utara, sedangkan

Parastacidae menyebar di dunia bagian selatan, seperti Australia, Indonesia

bagian timur, Selandia Baru, dan Papua Nugini. Berdasarkan penelitian dan

5

kajian ilmiah diketahui bahwa habitat alam lobster air tawar adalah danau, rawa,

atau sungai yang berlokasi didaerah pegunungan. Disamping itu, diketahui pula

bahwa lobster air tawar bersifat endemik karena terdapat spesifikasi pada

spesies lobster air tawar yang ditemukan di habitat alam tertentu (native).

2.3 Infeksi Virus

Saat ini budidaya udang yang menerapkan teknologi intensif terserang

penyakit infeksi yang disebabkan oleh organisme patogen berupa virus, bakteri,

parasit dan jamur. Secara alamiah organisme pathogen tersebut sudah berada

dalam perairan, dan akan merugikan biota perairan bila pada kondisi tertentu

yang kurang mendukung karena menurunnya kualitas lingkungan serta kualitas

pakan. Tingkat patogenitas (virulensi) masing-masing jenis organisme patogen

berbeda walaupun ditimbulkan oleh jenis yang sama. Hal tersebut sangat

bergantung pada jenis dan ukuran udang yang diserang, serta kondisi

lingkungan perairan lokasi serangan. Penyakit merupakan salah satu faktor

pembatas utama pada peningkatan produksi udang yang berkelanjutan. Penyakit

udang bisa dibagi atas menular dan tidak menular berdasarkan asalnya (Lightner

and Redman, 1998). Penyakit menular disebabkan oleh virus, bekteri, fungi, dan

parasit. Faktor biologi seperti keberadaan mikroba dalam kolam berperan atas

rentannya udang oleh patogen.

2.4 Polymerase Chain Reaction

Reaksi berantai polimerase (Polymerase Chain Reaction, PCR) adalah

suatu metode enzimatis untuk melipat gandakan secara eksponensial suatu

sekuen nukleotida tertentu dengan cara in vitro. Metode ini pertama kali

dikembangkan pada tahun 1985 oleh Kary B. Mullis seorang peneliti di

perusahaan CETUS Corporation. Metode ini sekarang telah banyak digunakan

untuk berbagai macam manipulasi dan analisis genetik. Pada awal

perkembangannya metode ini hanya digunakan untuk melipatgandakan molekul

DNA, tetapi kemudian dikembangkan lebih lanjut sehingga dapat digunakan pula

untuk melipat gandakan dan melakukan kuantitasi molekul mRNA (Yuwono,

2006).

6

BAB 3

METODOLOGI

3.1 Waktu dan Tempat

Kuliah Kerja Profesi (KKP) dilaksanakan pada tanggal 1 Februari – 29

Februari 2012, yang bertempat di Balai Besar Karantina Ikan Soekarno-Hatta.

Cengkareng-Tanggerang, Provinsi Banten

3.2 Alat dan Bahan

Peralatan dan bahan yang digunakan dalam pemeriksaan penyakit virus

menggunakan teknik PCR pada lobster air tawar (Cherax sp) dapat dilihat pada

Tabel 1. sebagai berikut :

Tabel 1. Alat dan Bahan PCR

No Alat Bahan

1Micropipet (0,2-2µl, 10, 20µl-100µl,

100-1000µl)

Preparasi : ethanol 70%

2 Mikrotip (10µl, 20-100µl, 100-1000µl) Tissue, Plastik

3 Sentrifugator Ekstraksi DNA : lysis buffer,

ethanol 95%, TAE buffer

Ekstraksi RNA : RNA ekstrak

solution, chlorofom,ethanol 75%,

DEPC

4 Alat elektroforesis

5 Vortex mixer

6 Thermoblock

7 Mikrotube (0,2 ml dan 1,5)

8 Thermalcycler Amplifikas : a. Master mix

b. Primer9 UV- iluminator

10 Minispin Elektroforesis :a. Agarose 2 %

b. 6x loding dey, c. DNA ladder

d. TAE Buffer

11 Alat bedah (pisau, gunting, pinset)

12 Cetakan Agar

13 Lemari es/Frezzer Staining dan Observasi Gel :

a. TAE Buffer,

b. Ethidium bromide, c. Kertas foto

14 Mortal

15 Alat tulis

7

3.3 Metode Kuliah Kerja Profesi

Metode yang digunakan dalam KKP ini adalah metode deskriptif Kuliah

Kerja Profesi dilakukan dengan ikut berpartisipasi langsung pada setiap kegiatan

yang berkaitan dengan tujuan dari pelaksanaan Kuliah Keraja Profesi. Partisipasi

ini mulai dari: 1). Ikut serta dalam setiap kegiatan pemeriksaan terhadap ikan

yang terindikasi terserang penyakit; 2). Ikut serta dalam kegiatan analisa virus

yang khususnya menggunakan PCR.

3.4 Metode Pengumpulan Data

Pada kegiatan KKP diperlu pendekatan terstruktur dalam usaha

memperoleh Data. Adapun metode pengumpulan Data yang digunakan penulis

adalah sebagai berikut :

1) Observasi

Kuliah Kerja Profesi dilakukan dengan cara observasi langsung terhadap

kegiatan-kegiatan di BBKI-SH Soekarno-Hatta yang berkaitan dengan analisa

virus dengan PCR. Diharapkan dari observasi ini dapat diperoleh gambaran

mengenai cara analisa virus dengan PCR khususnya virus yang biasa

menyerang udang.

2) Wawancara

Wawancara dilakukan kepada pimpinan BBKI-SH berserta staf,

coordinator teknisi, teknisi lapangan, teknisi lab serta semua pihak yang

berkompeten secara langsung maupun tidak langsung terhadap pelaksanaan

Kuliah Kerja Profesi (KKP) yang dilakukan. Wawancara ini bertujuan untuk

mengumpulkan data primer terkait dengan materi kegiatan Kuliah Kerja Profesi.

3) Studi Literatur

Studi literatur merupakan data sekunder yang diperoleh dari berbagai

sumber seperti majalah, jurnal, data statistik, artikel, dan lain-lain yang

merupakan data pendukung pelaksanaan kegiatan Penelitian.

8

BAB 4

HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Hasil

1. Identifikasi virus target

Sampel lobster air tawar (Cherax sp) yang diperiksa selama pelaksanaan

Kuliah Kerja Profesi (KKP) merupakan lobster impor dan ekspor. Sampel lobster

yang diperiksa berdasarkan target virus berjumlah 2 jenis virus yaitu WSSV dan

TSV dari ke-2 target virus masing-masing virus diekstraksi sesuai dengan jenis

virusnya RNA dan DNA.

Tabel 1 Sampel lobster air tawar dan target virus yang diperiksa

No Tanggal Jenis sampel KodeTarget

VirusTarget Organ

1

10

februari

2012

CheraxIM 035

IM 036WSSV

kaki renang,

karapas,

hemolimph,

insang

2

13

Februari

2012

Caribina

CheraxIL 05

WSSV,

TSV

kaki renang,

karapas,

hemolimph,

insang

3

16

Februari

2012

CheraxIM 044

IM 045

WSSV,

TSV

kaki renang,

karapas,

hemolimph,

insang

4

17

Februari

2012

Cherax E 2073 WSSV

kaki renang,

karapas,

hemolimph,

insang

9

2. Visualisasi pita DNA

Berikut merupakan beberapa hasil pemerikasaan virus TSV dan WSSV

pada Lobster air tawar (Cherax sp) dengan teknik PCR

Gambar 2 Visualisai TSV

Pita DNA pada gel eletroforesis yang dipapar sinar UV pada

transiluminator. Keterangan : 1 = marker; 2= kontrol negatif ;3 = sampel virus

target TSV; 4= kontrol positif. Hasil visualisasi pita DNA pada gel agarose

menunjukan tidak adanya pita pada sampel lobter air tawar (Cherax sp). Hal ini

berarti sampel tersebut tidak terdeteksi adanya virus TSV yang berarti sampel

lobster air tawar (Cherax sp) negatif terserang virus TSV.

Gambar 3 Visualisasi WWSV

10

Pita DNA pada gel eletroforesis yang dipapar sinar UV pada

transiluminator. Keterangan : 1 = marker; 2= kontrol negatif ;3 = sampel virus

target WSSV; 4= kontrol positif. Hasil visualisasi pita DNA pada gel agarose

menunjukan tidak adanya pita pada sampel lobter air tawar (Cherax sp). Hal ini

berarti sampel tersebut tidak terdeteksi adanya virus WSSV yang berarti sampel

lobster air tawar (Cherax sp) negatif terserang virus WSSV.

4.2 Pembahasan

Laboratorium balai besar karantina ikan soekarno-hatta telah

melaksanakan kegiatan rutin pemeriksaan hama dan penyakit ikan terhadap ikan

impor, ekspor domestik masuk dan domestik keluar. Pemeriksaan yang

dilakukan meliputi pemeriksaan penyakit ikan golongan parasit, jamur, bakteri

dan virus. Pemeriksaan penyakit golongan virus yang termasuk HPIK

menggunakan metode PCR.

Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah suatu reaksi berantai yang

menggunakan enzim polimerase, yaitu enzim yang secara alami berada dalam

tubuh mahluk hidup dan tugasnya adalah menyalin materi genetik. Selama

kuliah kerja profesi (KKP) di BBKISH , untuk mendeteksi virus Taura Syndrome

Virus (TSV) dan white spot syndrom virus (WSSV) menggunakan PCR. Uji PCR

terdiri dari beberapa tahap, yang sering dilakukan selama KKP adalah tahap

pemilihan organ dan ekstarksi sample, amplifikasi, elektroforesis dan observasi

menggunakan UV-transiluminator. Adapun prosedur untuk PCR, pada dasarnya

teknik PCR setiap siklusnya terdiri atas tiga tahap reaksi yaitu :

1. denaturation DNA, yaitu pemecahan DNA target (dalam hal ini DNA

WSSV) untaian ganda menjadi dua untaian tunggal yang identik. Seacra

umum untaian ganda DNA akan mengalamindenaturasi pada suhu 94oC,

waktu denaturasi yang baik untuk setiap putaran berkisar antara 30 detik

sampai 2 menit. Waktu denaturasi yang optimal untuk beberapa macam

cetakan adalah 1 menit.

2. annealing, yaitu pelekatan primer kepala DNA untai tunggal, dalam tahap

ini temperatur harus diturunkan secepat mungkin untuk mencegah

terjadinya pelekatan kembali anatara untai tunggal DNA. Suhu untuk

11

annealing 55oC. Waktu yang umumnya dipergunakan dalam proses

primer annealing berkisar antara 30 detik sampai 2 menit.

3. elongation, yaitu pemanajanagan primer denganbantuan enzim taq

polymerase menggunakan rantai komplementer sebagai tamplet dan

deoksiribonukleotida sebagai bahan utama untuk memebentuk untai DNA

yang lengkap. Kisaran temperatur untuk proses annealing adalah 70o-

80oC, sedangkan temperatur optimalnya 72oC sehingga pada akhir

proses ini, akan terbentuk 2 buah DNA untai tunggal yang baru yang

komplemen terhadap sequence (urutan) DNA target.

Tabel. 2 Siklus thermalcycler untuk amplifikasi TSV

No Reaksi Suhu Waktu Jumlah siklus

1 Reverse transcription 42oC 30 menit -

2 Pre-denaturation 95oC 5 menit -

3 Denaturation 94oC 30 menit 32 siklus

4 Annealing 55 oC 30 menit 32

5 Elongation 72 oC 30 menit 32

6 Fainal elongation 72 oC 7 menit 1

Taura syndrom virus (TSV) disebabkan oleh virus dari genus Cricket

paralysis like virus, famili Picornaviridae atau nodaviridae yang mempunyai arti

virus RNA berukuran keci. TSV merupakan RNA virus, yaitu virus yang

menggunakan RNA sebagai materi genetik untuk menyimpan informasi genetik

pada organisme hidup selama proses replikasi. Semua virus RNA memiliki

kemampuan bermutasi yang sangat tinggi bila dibandingkan dengan virus DNA

(Anonim 2004). Selama kegiatan KKP lobster air tawar (Cherax sp) yang

diperiksa TSV bagian tubuh yang diperiksa adalah hemoliph, pleopad sebanyak

30 mg.

Tabel. 3 Siklus thermalcycler untuk amplifikasi WSSV

No Reaksi Suhu Waktu Jumlah siklus

1 Pre-denaturation 95 oC 2 menit -

2 Denaturation 94 oC 30 detik 35 siklus

3 Annealing 60 oC 30 detik 35 siklus

4 Elongation 72 oC 60 detik 35 siklus

12

5 Fainal Elongation 72 oC 7 menit 1 siklus

WSSV adalah virus DNA double stranded yang memiliki sirkuler yang

besar terdiri atas 300 Kbp dengan virion-virion yang menyerupai Baculoviridae.

Virus ini tampaknya menginfeksi semua spesies dari budidaya krustasea dan

juga bermacam-macam inang seperti serangga dan rotifer seperti juga Artemia.

Kematian di kolam mencapai hampir 100% dalam 3-10 hari setelah terlihatnya

tanda-tanda terinfeksi. Udang yang terinfeksi menunjukan gejala awal kurang

nafsu makan dan gerakan yang lambat. Gejala lain dari udang yang terinfeksi

adalah bintik-bintik putih pada karapas. Selama kegiatan KKP bagian tubuh

lobster air tawar (Cherax sp) yang diperikasa penyakit WSSV diambil adalah

kaki renang, karapas, hemolimph, insang sebanyak 10-20 mg.

Hasil pemeriksaaan penyakit golongan virus dari lobster air tawar (Cherax

sp) impor,ekspor dan domestik selama pelaksanaan kuliah kerja profesi (KKP)

dari tanggal 1 februari sampai 29 februari 2012 menunjukan hasil negatif TSV

dan negativ WSSV. Hasil negatif didapat setelah melalui rangkaian proses PCR

karena pita atau hand sample yang tingginya sejajar dengan kontrol negatif, hal

tersebut karena tidak adanya DNA target yang teramplifikasi.

Permasalahan dalam teknik PCR

Beberapa permasalahan yang sering ditemukan saat pembacaan hasil

PCR adalah sering ditemukan adanya usapan tipis (smear) yang dapat

mengganggu pembacaan pita DNA. Selain itu tidak terdapat pita DNA hasil

pelipat gandaan, dan munculnya pita-pita DNA yang nonspesifik, atau pita DNA

yang terlalu tipis. Hal ini dapat disebabkan karena beberapa hal antara lain :

reagen yang digunakan dalam keadaan tidak baik, konsentrasi bahan yang

digunakan dalam PCR terlalu rendah, kualitas bahan yang digunakan dalam

keadaan tidak baik (kadaluarsa), dan tidak optimalnya suhu annealing dapat

menyebabkan pita DNA terlalu tipis atau munculnya pita-pita yang non spesifik

13

BAB 5

KESIMPULAN DAN SARAN

5.1 Kesimpulan

1. Selama pelaksanaan kuliah kerja profesi (KKP) dalam pemeriksaan jenis

sample krustacea teknik PCR digunakan untuk mendeteksi virus TSV dan

WSSV pada lobster air tawar (Cherax sp)

2. Hasil pemeriksaan virus TSV dan WSSV pada lobster air tawar (Cherax

sp) selama pelaksanaan kuliah kerja profesi (KKP) dari tanggal 1 februari

sampai 29 februari 2012 menunjukan hasil negatif.

5.2 Saran

Analisa keberadaan virus menggunakan metode PCR sangat penting dan

bermanfaat untuk mendeteksi keberadaan virus. maka disarankan BBKI-SH

untuk melakukan penelitian lebih lanjut mengenai pengaplikasian metode PCR

dalam mendiagnosa berbagai jenis penyakit ikan untuk mencegah masuknya

penyakit ikan ke dalam wilayah Republik Indonesia melalui jalur impor.

14