pcr - repository.ump.ac.idrepository.ump.ac.id/5417/1/paradhita cover.pdf · dicampur dengan daging...

13
i ANALISIS KANDUNGAN BABI PADA KORNET DAGING SAPI DI WILAYAH PURWOKERTO DENGAN METODE REAL TIME PCR SKRIPSI Untuk memenuhi sebagai persyaratan Mencapai Derajat Sarjana S-1 Diajukan Oleh PARADHITA 0908010152 FAKULTAS FARMASI UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH PURWOKERTO PURWOKERTO 2013 Analisis Kandungan Babi..., Paradhita, Fakultas Farmasi UMP, 2013

Upload: ngotuyen

Post on 20-May-2019

217 views

Category:

Documents


0 download

TRANSCRIPT

Page 1: PCR - repository.ump.ac.idrepository.ump.ac.id/5417/1/PARADHITA COVER.pdf · dicampur dengan daging babi adalah kornet daging sapi. Metode yang digunakan adalah Real-Time PCR menggunakan

i

ANALISIS KANDUNGAN BABI PADA KORNET DAGING SAPI

DI WILAYAH PURWOKERTO DENGAN METODE REAL TIME

PCR

SKRIPSI

Untuk memenuhi sebagai persyaratan

Mencapai Derajat Sarjana S-1

Diajukan Oleh

PARADHITA

0908010152

FAKULTAS FARMASI

UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH PURWOKERTO

PURWOKERTO

2013

Analisis Kandungan Babi..., Paradhita, Fakultas Farmasi UMP, 2013

Page 2: PCR - repository.ump.ac.idrepository.ump.ac.id/5417/1/PARADHITA COVER.pdf · dicampur dengan daging babi adalah kornet daging sapi. Metode yang digunakan adalah Real-Time PCR menggunakan

iii

Analisis Kandungan Babi..., Paradhita, Fakultas Farmasi UMP, 2013

Page 3: PCR - repository.ump.ac.idrepository.ump.ac.id/5417/1/PARADHITA COVER.pdf · dicampur dengan daging babi adalah kornet daging sapi. Metode yang digunakan adalah Real-Time PCR menggunakan

v

INTISARI

PARADHITA. Analisis Kandungan Babi pada Kornet Daging Sapi Di Wilayah

Purwokerto dengan Metode Real time PCR.

Dibawah bimbingan Wiranti Sri Rahayu, M.Si., Apt dan Suparman, M.Sc., Apt

Latar Belakang : Indonesia sebagai negara dengan mayoritas penduduk beragama

Islam selayaknya terus meningkatkan kualitas makanan sesuai dengan syariat Islam

pada Quran surat An Nahl Ayat 115 yang mengharamkan daging babi. Pada

peraturan pemerintah nomor 69 ahun 1999 pasal 10 mengatur pencantuman lebel

halal pada produk makanan, namun masih ditemukan kasus pencampuran daging

babi pada produk makanan. Salah satu produk makanan yang mempunyai potensi

dicampur dengan daging babi adalah kornet daging sapi. Metode yang digunakan

adalah Real-Time PCR menggunakan primer spesies spesifik DNA mitokondria

ND5, metode tersebut mempunyai kelebihan dibandingkan dengan teknik PCR biasa,

Real Time PCR memiliki waktu pengerjaan yang lebih cepat, akurasi dan sensitivitas

yang lebih tinggi.

Tujuan Penelitian : Penelitian ini bertujuan menganalisis adanya kandungan babi

dalam kornet daging sapi yang dijual di wilayah Purwokerto melalui amplifikasi

DNA menggunakan Real-Time PCR.

Metode Penelitian : Jenis penelitian adalah non-eksperimental dan sampel produk

yang di analisis menggunakan Real Time PCR di kumpulkan dari pasar tradisional

dan swalayan di wilayah Purwokerto.

Hasil : Pada Hasil analisis kualitatif elektroforesis gel agarosa menunjukkan DNA

berhasil terisolasi dengan terlihatnya pita-pita (band) yang masing-masing sampel

berbeda ketebalannya. Sampel pembanding yang dicampuri daging babi dengan

konsentrasi 5%, 10%, 25% dan 50% berhasil teramplifikasi . Kurva amplifikasi Real

Time PCR, 5 sampel produk kornet daging sapi di wilayah purwokerto tidak ada yang

teramplifikasi atau tidak mengandung daging babi..

Kesimpulan : seluruh produk kornet daging sapi di wilayah Purwokerto tidak ada

yang mengandung daging babi.

Kata Kunci : halal haram, ND5 dan Real Time PCR

Analisis Kandungan Babi..., Paradhita, Fakultas Farmasi UMP, 2013

Page 4: PCR - repository.ump.ac.idrepository.ump.ac.id/5417/1/PARADHITA COVER.pdf · dicampur dengan daging babi adalah kornet daging sapi. Metode yang digunakan adalah Real-Time PCR menggunakan

vi

Abstract

Paradhita, ANALYSIS OF PORK CONTAIN IN BEEF CORNETS IN

PURWOKERTO BY REAL TIME PCR METHOD

Supervisor Wiranti Sri Rahayu, M.Si.,Apt and Suparman, M.Sc., Apt

Background: Indonesia as Muslims country suppose increase food quality which is

appropriate within Islam’s .role in Quran surah An Nahl verse 115 which forbids

pork. On government regulation number 69 ahun 1999 article 10 set inclusion halal

labels on food products, but still found the case of mixing pork in food products. One

of the food potential mixed with pork is beef cornet. The sample of the product

analyzed by Real Time PCR taken from traditional market and supermarket in

Purwokerto. The method used is a Real-Time PCR using primers specific species

ND5 mitochondrial DNA, the method has advantages compared with regular PCR,

Real Time PCR has a faster processing time, accuracy and higher sensitivity

Objective: the purpose of his research is to analyze pork contaminations on the beef

cornet sold in Purwokerto through DNA amplification using Real Time PCR.

Method: this non-exsperimental research is using Real Time PCR uses specific

species primer of DNA mitochondria ND5. The method is better than usual PCR, it is

faster, more accurate and more sensitive than usual PCR.

Results: On qualitative result analyzing of electrophoresis agarose gel shows that

DNA isolated by seen of the bands which has different thickness in each. While

comparator sample which mix pork in concentration of 5%, 10%, 25% and 50% are

able to be amplified. Sample based on the Real Time PCR amplification curve, there

are no amplifications or pork contaminations on five samples of beef cornet sold in

Purwokerto.

Conclusion: There are no pork contaminations in all of beef cornets sold in

Purwokerto.

Keywords: halal haram, ND5, Real time PCR.

Analisis Kandungan Babi..., Paradhita, Fakultas Farmasi UMP, 2013

Page 5: PCR - repository.ump.ac.idrepository.ump.ac.id/5417/1/PARADHITA COVER.pdf · dicampur dengan daging babi adalah kornet daging sapi. Metode yang digunakan adalah Real-Time PCR menggunakan

vii

PERSEMBAHAN

Alhamdullilah puji syukur atas nikmat yang telah diberikan Allah SWT, yang

senantiasa memberikan pertolongannya, motivasi serta energi yang luar biasa besar

dalam menyelesaikan tahap demi tahap dalam skripsi ini.

Maka dengan segala kerendahan hati dan dengan segenap energi, kupersembahkan

skripsi ini untuk:

Kedua Orang tuaku, yang teramat aku cintai, yang telah memberikan motivasi yang

begitu luar biasa besar, yang telah berjuang keras untuk mensukseskan-ku dan

membahagiakan hidupku, terimakasih atas kasih-sayang dan perjuangan yang luar

biasa besar, yang telah diberikan untukku.

Untuk kedua adik saya Laksmita Tanjung dan Monita Dea Delima

untuk segenap dosen fakultas farmasiUMP , serta dosen pembimbingku yang telah

mendidikku, dan memberikan motivasi, inspirasi serta semangat kegigihan yang luar

biasa besar, bagi masa depan ku kelak.

Fakultas Farmasi, semoga penelitian ini bisa menjadi pertimbangan untuk penelitian

selanjutnya.

Untuk seluruh sahabat bakso pekih dan sahabat ganesha yang sangat luar biasa

memberikan saya support

Analisis Kandungan Babi..., Paradhita, Fakultas Farmasi UMP, 2013

Page 6: PCR - repository.ump.ac.idrepository.ump.ac.id/5417/1/PARADHITA COVER.pdf · dicampur dengan daging babi adalah kornet daging sapi. Metode yang digunakan adalah Real-Time PCR menggunakan

viii

PRAKATA

Puji syukur kehadirat Allah SWT yang telah melimpahkan rahmat serta

hidayahnya sehingga penulis dapat menyelesaikan penulisan skripsi yang berjudul

“Analisis Kandungan Babi pada Kornet Daging Sapi Di Wilayah Purwokerto dengan

Metode Real time PCR ”. Skripsi ini disusun sebagai salah satu syarat untuk

mencapai gelai Sarjana Farmasi di Fakultas Farmasi Universitas Muhammadiyah

Purwokerto.

Penulis sepenuhnya menyadari bahwasanya terselesaikannya skripsi ini tidak

terlepas dari bantuan berbagai pihak. Oleh karena itu penulis ingin mengucapkan rasa

terimakasih kepada :

1. Dr. H Susilo Bambang Yudhoyono selaku Presiden Republik Indonesia.

2. Dr. Nunuk Aries Nurlita, M.Si., Apt selaku Dekan Fakultas Farmasi Universitas

Muhammadiyah Purwokerto.

3. Wiranti Sri Rahayu, M.Si., Apt selaku Pembimbing I yang telah memberikan

bimbingan, saran dan petunjuk dalam penyusunan skripsi.

4. Suparman, M.Sc., Apt selaku Pembimbing II yang telah memberikan bimbingan,

saran dan petunjuk dalam penyusunan skripsi.

5. Seluruh Dosen dan Staf Karyawan Fakultas Farmasi Universitas Muhammadiyah

Purwokerto.

6. Teman teman Farmasi angkatan 2009.

7. Teman teman seperjuangan penelitian handri, isna, lina, agil dan iim.

8. Seluruh sahabat BAKSO PEKIH handry, kukuh,aji, ihsan, toro, heru, budi, gilang

yang selalu memberi keceriaan.

9. Sahabat Panican aditya rahman yang terus memberikan fasilitas sewaktu

penelitian di Jogjakarta

10. Sahabat Ganesha lupus, Tony, yofi, ufan, ranti dan lain lain.

11. Kawan komunitas Stand up comedy Purwokerto yang selalu memeberikan tawa

dan canda.

Analisis Kandungan Babi..., Paradhita, Fakultas Farmasi UMP, 2013

Page 7: PCR - repository.ump.ac.idrepository.ump.ac.id/5417/1/PARADHITA COVER.pdf · dicampur dengan daging babi adalah kornet daging sapi. Metode yang digunakan adalah Real-Time PCR menggunakan

ix

12. Untuk seseorang spesial selalu memberikan warna baru dalam langkah perjalanan

saya.

13. Semua pihak yang telah membantu selama penulis melaksanakan penelitian dan

penulisan skripsi ini hingga selesai yang tidak dapat disebutkan satu persatu.

Penulis menyadari bahwa skripsi ini masih jauh dari kesempurnaan oleh

karena itu saran dan kritik yang membangun sangat diharapkan demi

penyempurnaannya. Semoga penelitian ini dapat bermanfaat bagi penulis khususnya

dan pembaca umumnya.

Purwokerto, 5 Juli 2013

Paradhita

Analisis Kandungan Babi..., Paradhita, Fakultas Farmasi UMP, 2013

Page 8: PCR - repository.ump.ac.idrepository.ump.ac.id/5417/1/PARADHITA COVER.pdf · dicampur dengan daging babi adalah kornet daging sapi. Metode yang digunakan adalah Real-Time PCR menggunakan

x

RIWAYAT HIDUP

A. IDENTITAS

N a m a : Paradhita

N I M : 0908010152

Tempat / Tanggal Lahir : Purbalingga / 18 Februari 1991

A g a m a : Islam

Jenis Kelamin : Laki- laki

A l a m a t : Panican Rt 19 Rw 07 Kec. Kemangkon Kab.

Pubalingga

B. RIWAYAT PENDIDIKAN

1. TK Pertiwi Panican : Lulus tahun 1997

2. SD 2 Panican : Lulus tahun 2003

3. SMP Negri 1 Purbalingga : Lulus tahun 2006

4. SMA Negri 1 Purbalingga : Lulus tahun 2009

5. Fakultas Farmasi UMP : 2009 - sekarang

C. RIWAYAT PRESTASI

1. Juara 2 lomba Stand Up Comedy antar perguruan tinggi se- Jawa Tengan

dalam rangka memperingati hari anti tembakau di UDINUS 2012

2. Juara 2 Stand Up Comedy Competation Amild Tasikmalaya 2012

3. Juara 3 stand Up Comedy Banyumasan koran Satelit Post Purwokerto

2012

D. RIWAYAT KELUARGA

Nama orang tua :

1. Nama ayah : Sudiman (alm)

2. Nama ibu : Oneng Wakhyuni, S.Pd.

Analisis Kandungan Babi..., Paradhita, Fakultas Farmasi UMP, 2013

Page 9: PCR - repository.ump.ac.idrepository.ump.ac.id/5417/1/PARADHITA COVER.pdf · dicampur dengan daging babi adalah kornet daging sapi. Metode yang digunakan adalah Real-Time PCR menggunakan

xi

DAFTAR ISI

Halaman

HALAMAN JUDUL ……………………………………………………. I

HALAMAN PERSETUJUAN ………………………………………..... Ii

HALAMAN PERNYATAAN .................................................................. Iii

INTISARI ……………………………………………………………….. Iv

ABSTRACT …………………………………………………………….. V

HALAMAN PERSEMBAHAN ……………………………………….. Vi

PRAKATA ……………………………………………………………… Vii

RIWAYAT HIDUP …………………………………………………….. Viii

DAFTAR ISI …………………………………………………………….. Ix

DAFTAR TABEL ………………………………………………………. X

DAFTAR GAMBAR ……………………………………………………. Xi

DAFTAR LAMPIRAN …………………………………………………. Xiv

BAB I PENDAHULUAN …………………………………………….. 1

A. Latar Belakang …………………………………………....... 1

B. Perumusan Masalah……………………………………….... 2

C. Tujuan Penelitian …………………………………………... 3

D. Manfaat Penelitian …………………………………………. 3

BAB II TINJAUAN PUSTAKA ……………………………………… 4

A. Hewan Babi …………………………………………............ 4

B. Hukum Daging Babi Dalam Islam ......................................... 4

C. Kornet Daging Sapi ............................................................... 5

D. DNA ....................................................................................... 6

E. Polymerase Chain Reaction ( PCR ) ...................................... 7

F. Real Time PCR ....................................................................... 10

G. Elektroforesis Gel Agarosa 11

Analisis Kandungan Babi..., Paradhita, Fakultas Farmasi UMP, 2013

Page 10: PCR - repository.ump.ac.idrepository.ump.ac.id/5417/1/PARADHITA COVER.pdf · dicampur dengan daging babi adalah kornet daging sapi. Metode yang digunakan adalah Real-Time PCR menggunakan

xii

BAB III METODE PENELITIAN …………………………………….. 12

A. Jenis dan Rancangan Penelitian ……………………………. 12

B. Waktu dan Tempat Penelitian ……………………………… 12

C. Bahan dan Alat Penelitian ………………………………….. 12

D. Cara Penelitian ……………………………………………... 13

E. Analisis Data ……………………………………………….. 15

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN ………………………………. 16

A. Pengumpulan Sampel Kornet Bermerk ..................................

B. Pembuatan kornet Daging Sapi dan daging Babi

(Pembanding)..........................................................................

16

16

C. Isolasi DNA............................................................................ 16

D. Pengujian Kualitas DNA ........................................................ 17

E. Pengujian Kuantitas DNA ...................................................... 18

F. Amplifikasi DNA dengan Real Time PCR ........................... 20

BAB V KESIMPULAN DAN SARAN ………………………………… 23

A. Kesimpulan ………………………………………………… 23

B. Saran ……………………………………………………….. 23

DAFTAR PUSTAKA …………………………………………………… 24

LAMPIRAN ……………………………………………………………... 28

Analisis Kandungan Babi..., Paradhita, Fakultas Farmasi UMP, 2013

Page 11: PCR - repository.ump.ac.idrepository.ump.ac.id/5417/1/PARADHITA COVER.pdf · dicampur dengan daging babi adalah kornet daging sapi. Metode yang digunakan adalah Real-Time PCR menggunakan

xiii

DAFTAR TABEL

Tabel 1. Hasil pengujian Kuantitas DNA …………..................................... 19

Analisis Kandungan Babi..., Paradhita, Fakultas Farmasi UMP, 2013

Page 12: PCR - repository.ump.ac.idrepository.ump.ac.id/5417/1/PARADHITA COVER.pdf · dicampur dengan daging babi adalah kornet daging sapi. Metode yang digunakan adalah Real-Time PCR menggunakan

xiv

DAFTAR GAMBAR

Gambar 1. DNA mitokondria ............................................................................. 7

Gambar 2. Hasil Elektroforeasis ......................................................................... 17

Gambar 3. Kurva Amplifikasi DNA dengan Real Time PCR ............................ 20

Gambar 4. Kurva Melt Curve ............................................................................. 22

Analisis Kandungan Babi..., Paradhita, Fakultas Farmasi UMP, 2013

Page 13: PCR - repository.ump.ac.idrepository.ump.ac.id/5417/1/PARADHITA COVER.pdf · dicampur dengan daging babi adalah kornet daging sapi. Metode yang digunakan adalah Real-Time PCR menggunakan

xv

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1. Perhitungan konsentrasi DNA untuk Real Time PCR ................... 28

Lampiran 2. Tabel komposisi bahan master mix Real time PCR ....................... 29

Lampiran 3. Gambar alat dan bahan ................................................................... 30

Analisis Kandungan Babi..., Paradhita, Fakultas Farmasi UMP, 2013