Produk samping dari pabrik biodiesel ditampung di tangki penampungan bahan baku (TP-01) pada temperatur kamar kemudian dipompa masuk ke rotary drum vacuum filter (RDVF) untuk memisahkan larutan dan endapan. Larutan yang dihasilkan kemudian di pompa ke tangki netralisasi untuk menghilangkan NaOH yang sisa dengan cara menambahkan CH3COOH 30% pada kondisi operasi temperatur 30 oC dan tekanan 1 atm, sedangkan untuk endapan berupa sabun dan kotoran serta larutan yang ikut dialirkan langsung ke tangki penampungan.Dari tangki netralisasi (TN) larutan yang sudah dinetralkan kemudian dimasukkan ke dalam Rotary Drum Vakum Filter (RDVF-02) untuk memisahkan garam asetat yang terbentuk dari larutan. Larutan yang dihasilkan kemudian dipompakan ke Dekanter untuk memisahkan Metil Ester dan tripalmitin dari Larutan, sedangkan untuk endapan yang berupa sabun dan larutan yang terbentuk ditampung.

Dari Dekanter Larutan kemudian dimasukkan ke dalam menara distilasi (MD) untuk menguapkan metanol dan air yang terkandung dalam larutan tersebut sehingga gliserol yang dihasilkan mencapai 99%. Pada menara distilasi digunakan steam sebagai media pemanas yang berfungsi sebagai pemanasan lanjut di reboiler (RB) dan untuk mempertahankan temperatur. Menara distilasi beroperasi pada tekanan 1 atm dan temperatur 91oC Sehingga pada puncak menara distilasi produk yang dihasilkan adalah metanol dan air. Produk pada bottom distilasi adalah gliserol dengan tingkat kemurnian hampir mencapai 99%. Gliserol tersebut kemudian didinginkan sampai temperatur 30 oC pada cooler, lalu disimpan pada tangki penampungan produk.