Isolation and Screening of

Microorganisms

Nyoman S. Antara, Ph.D.

Industrial Microbiology

Isolasi Mikroorganisme

Mikroba di alam selalu tercampur

Isolasi mikroba untuk produk yang spesifik

Sumber mikroba

Jenis Mikroba

Produk spesifik:– Metabolite products

– Enzyme

– Transformation compounds

– Biomass

Isolasi Bakteri

Memisahkan bakteri dari campuran mikroba

Kultur (spesies) tunggal untuk dipelajari lebih lanjut

Dua metode konvensional isolasi bakteri:

– Metode cawan gores

– Metode cawan tuang

Cawan Gores

Cawan Tuang

Isolation of Lactic Acid Bacteria from Urutan

GYP medium (per L)

Glucose 10 g

Yeast extraxt 10 g

Peptone 5 g

Beef extract 2 g

Na-acetate 3H2O 2 g

Tween 5% sol. 10 ml

Salt sol.* 5 ml

Bromocresol purple 60 mg

Agar 12 g

CaCO3 5 g

pH 6.8

*each ml contains: MgSO4 7H2O, 40 mg;

MnSO4.4H2O, 2 mg; FeSO4.7H2O, 7 mg;

NaCl, 2 mg

GYP medium

Urutan

Day

1

Day

2

Day

3

Day

5

Isolation

From day 1 2 3 5 Total

Number of

isolates19 22 19 11 71

Phenotypic characterization

Gram staining and

catalase test

Cell morphology

Gas production from glucose

Utilization of sugars

Growth at various temperatures

13 representative isolates:

Stereoisomers of lactic acid

Sequence of 16S rDNA

71 isolates

Rod: 9 groups

Cocci: 4 groups

Penapisan/Screening

Seleksi mikroba tertentu

Uji produksi

Uji produktivitas

Seleksi gen

Rekayasa genetik

Isolasi Actinomycetes

Actinomycetes : anggota family dari Actinomycetales

Dieksploitasi untuk produksi antibiotik, enzim, dan senyawa komersial lainnya

Hampir 5000 paten sudah dihasilkan dari klas actinomycetes

Streptomyces merupakan genus yang paling banyak dieksploitasi

Actinomycetes dapat ditemukan di mana-mana, tanah merupakan reservoar paling besar, juga diisolasi dari sedimen lumpur danau, sungai, dan juga dari fresh water dan marine environment

Selective Pretreatment

Pretreatment Selection for

Dry heat, 120oC for 1 h Micromonospora,

Microbispora, and

Streptosporangium

Moist heat, 45oC for 2 h Rhodococcus

Moist heat, 50oC for 10 min Elimination of spreading

bacterial colonies on soil

plate

Moist heat, 70oC for 30 min Micromonospora

Selective Media

Actinomycetes dapat survive dan tumbuh pada media dengan nutrisi sangat rendah

Media dengan carbon-to-nitrogen ratio yang tinggi

Kandungan sumber karbon dan nitrogen yang kompleks mengurangi tumbuhnya bakteri

Ke dalam media harus ditambahkan cycloheximide (50 ug/ml) dan nystatin (50 ug/ml) untuk mencegah tumbuhnya fungi

Incubation Condition

Suhu inkubasi 25 – 30oC

Streptomyces diinkubasi selama 7 – 14 hari

Micromonospora diinkubasi selama 14 – 21 hari

Genera lain perlu tambahan waktu inkubasi 3 – 5 minggu

Actinomycetes termofilik diinkubasi pada suhu 45 – 50oC, selama 2 – 5 hari, cawan di cek setiap hari

Preservation of Isolates

Isolate Actinomycetes jangan disimpan dengan agar miring

Lyofilisasi digunakan untuk preservasi dalam jangka waktu lama

Sering digunakan cryoprotective: susu skim, beef serum, 12% sucrose broth steril

Pembekuan juga bisa digunakan untuk mengawetkan Actinomycetes

Viabilitas terbaik bila disimpan pada suhu -70oC

Penggunaan suhu -20 – 50oC dapat bertahan 1 – 5 tahun

Isolation of Filamentous Fungi

Materials

Collecting Samples

Media

Basic Techniques

Purifying Cultures

Maintaining Cultures

Identification

Filamentous Fungi

Eucaryotic organism

Occupy a wide range of habitats

Oriental foods, soy sauce and tempe, and European cheeses

Six general catagories of fungal products:– Organic acids

– Pharmaceuticals

– Enzymes

– Insecticides

– Polysaccharides

– biomass

Citric acid produced by A. niger